Result of FASTA (omim) for
pF1KB7710
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7710, 465 aa
1>>>pF1KB7710 465 - 465 aa - 465 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2202+/-0.000453; mu= 5.4832+/- 0.028
mean_var=240.9861+/-49.706, 0's: 0 Z-trim(118.0): 218 B-trim: 385 in 1/53
Lambda= 0.082619
statistics sampled from 30275 (30499) to 30275 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.714), E-opt: 0.2 (0.358), width: 16
Scan time: 8.450
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_006769 (OMIM: 605701) tripartite motif-containi ( 481) 1190 155.2 3.6e-37
XP_011512525 (OMIM: 605701) PREDICTED: tripartite ( 499) 1190 155.2 3.7e-37
XP_011512523 (OMIM: 605701) PREDICTED: tripartite ( 499) 1190 155.2 3.7e-37
XP_011512524 (OMIM: 605701) PREDICTED: tripartite ( 499) 1190 155.2 3.7e-37
NP_439893 (OMIM: 605701) tripartite motif-containi ( 395) 831 112.3 2.4e-24
XP_011512527 (OMIM: 605701) PREDICTED: tripartite ( 413) 831 112.4 2.5e-24
NP_976038 (OMIM: 609315) tripartite motif-containi ( 511) 813 110.3 1.3e-23
NP_976042 (OMIM: 609315) tripartite motif-containi ( 329) 637 89.1 1.9e-17
NP_976041 (OMIM: 609315) tripartite motif-containi ( 303) 623 87.4 5.8e-17
NP_976040 (OMIM: 609315) tripartite motif-containi ( 303) 623 87.4 5.8e-17
NP_976039 (OMIM: 609315) tripartite motif-containi ( 303) 623 87.4 5.8e-17
XP_016865392 (OMIM: 609315) PREDICTED: tripartite ( 303) 623 87.4 5.8e-17
XP_005249435 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 615 86.7 1.7e-16
XP_005249434 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 615 86.7 1.7e-16
XP_006715243 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 615 86.7 1.7e-16
XP_005249432 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 615 86.7 1.7e-16
XP_005249433 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 615 86.7 1.7e-16
NP_001229712 (OMIM: 600830) tripartite motif-conta ( 539) 615 86.7 1.7e-16
NP_003440 (OMIM: 600830) tripartite motif-containi ( 539) 615 86.7 1.7e-16
XP_005249431 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 615 86.7 1.7e-16
NP_892030 (OMIM: 616017) E3 ubiquitin-protein liga ( 500) 600 84.9 5.4e-16
NP_006501 (OMIM: 602165) zinc finger protein RFP [ ( 513) 577 82.2 3.7e-15
XP_016857901 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 467) 576 82.0 3.8e-15
NP_477514 (OMIM: 607564) tripartite motif-containi ( 488) 547 78.6 4.3e-14
NP_001003818 (OMIM: 607564) tripartite motif-conta ( 516) 547 78.6 4.4e-14
XP_006714995 (OMIM: 610530) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 520) 539 77.7 8.6e-14
XP_006714992 (OMIM: 610530) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 543) 539 77.7 8.9e-14
NP_291027 (OMIM: 610530) E3 ubiquitin-protein liga ( 630) 540 77.9 9e-14
NP_963921 (OMIM: 610530) E3 ubiquitin-protein liga ( 518) 532 76.8 1.5e-13
XP_006714993 (OMIM: 610530) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 541) 532 76.8 1.6e-13
XP_006714994 (OMIM: 610530) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 525) 531 76.7 1.7e-13
NP_060543 (OMIM: 613184) E3 ubiquitin-protein liga ( 485) 500 73.0 2.1e-12
NP_001268380 (OMIM: 612548) E3 ubiquitin-protein l ( 487) 479 70.5 1.2e-11
NP_835226 (OMIM: 612548) E3 ubiquitin-protein liga ( 487) 479 70.5 1.2e-11
NP_001268379 (OMIM: 612548) E3 ubiquitin-protein l ( 486) 471 69.5 2.3e-11
XP_011514091 (OMIM: 612548) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 486) 471 69.5 2.3e-11
XP_016878725 (OMIM: 134610,249100,608107) PREDICTE ( 780) 474 70.1 2.4e-11
NP_001008275 (OMIM: 613288) tripartite motif-conta ( 477) 458 68.0 6.5e-11
NP_001723 (OMIM: 601610) butyrophilin subfamily 1 ( 526) 431 64.8 6.5e-10
XP_005249397 (OMIM: 601610) PREDICTED: butyrophili ( 626) 431 64.9 7.3e-10
NP_542783 (OMIM: 616017) E3 ubiquitin-protein liga ( 341) 418 63.0 1.4e-09
NP_001288073 (OMIM: 616017) E3 ubiquitin-protein l ( 296) 404 61.3 4.1e-09
XP_011512567 (OMIM: 609316) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 421) 406 61.7 4.4e-09
NP_008959 (OMIM: 609316) E3 ubiquitin-protein liga ( 425) 406 61.7 4.4e-09
NP_742013 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 488) 402 61.3 6.8e-09
XP_011538873 (OMIM: 111620,111750,609017) PREDICTE ( 468) 400 61.0 7.8e-09
NP_061008 (OMIM: 111620,111750,609017) erythroid m ( 475) 400 61.1 7.9e-09
XP_011538872 (OMIM: 111620,111750,609017) PREDICTE ( 475) 400 61.1 7.9e-09
XP_006710376 (OMIM: 111620,111750,609017) PREDICTE ( 475) 400 61.1 7.9e-09
NP_001017922 (OMIM: 111620,111750,609017) erythroi ( 475) 400 61.1 7.9e-09
>>NP_006769 (OMIM: 605701) tripartite motif-containing p (481 aa)
initn: 1376 init1: 1190 opt: 1190 Z-score: 788.4 bits: 155.2 E(85289): 3.6e-37
Smith-Waterman score: 1308; 43.1% identity (69.4% similar) in 480 aa overlap (1-463:1-479)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MPATPSLKVVHELPACTLCAGPLEDAVTIPCGHTFCRLCLPALSQMGAQSSGKILLCPLC
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NP_006 MASAASVTSLADEVNCPICQGTLREPVTIDCGHNFCRACLTRYCEIPGPDLEESPTCPLC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100
pF1KB7 QEE----------------EQAETPMAPVPLGPLGET-YCEEHGEKIYFFCENDAEFLCV
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NP_006 KEPFRPGSFRPNWQLANVVENIERLQLVSTLG-LGEEDVCQEHGEKIYFFCEDDEMQLCV
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 FCREGPTHQAHTVGFLDEAIQPYRDRLRSRLEALSTERDEIEDVKCQEDQKLQVLLTQIE
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NP_006 VCREAGEHATHTMRFLEDAAAPYREQIHKCLKCLRKEREEIQEIQSRENKRMQVLLTQVS
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 SKKHQVETAFERLQQELEQQRCLLLARLRELEQQIWKERDEYITKVSEEVTRLGAQVKEL
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NP_006 TKRQQVISEFAHLRKFLEEQQSILLAQLESQDGDILRQRDEFDLLVAGEICRFSALIEEL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 EEKCQQPASELLQDVRVNQSRCEMKTFVSPEAISPDLVKKIRDFHRKILTLPEMMRMFSE
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NP_006 EEKNERPARELLTDIRSTLIRCETRKCRKPVAVSPELGQRIRDFPQQALPLQREMKMFLE
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 NLAHHLEIDSGVITLDPQTASRSLVLSEDRKSVRYTRQKKSLPDSPLRFDGLPAVLGFPG
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NP_006 KLCFELDYEPAHISLDPQTSHPKLLLSEDHQRAQFSYKWQNSPDNPQRFDRATCVLAHTG
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 FSSGRHRWQVDLQLGDGGGCTVGVAGEGVRRKGEMGLSAEDGVWAVIISHQQCWASTSPG
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NP_006 ITGGRHTWVVSIDLAHGGSCTVGVVSEDVQRKGELRLRPEEGVWAVRLAWGFVSALGSFP
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 TDLPLSEIPRGVRVALDYEAGQVTLHNAQTQEPIFTFTASFSGKVFPFFAVWKKGSCLTL
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NP_006 TRLTLKEQPRQVRVSLDYEVGWVTFTNAVTREPIYTFTASFTRKVIPFFGLWGRGSSFSL
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 KG
NP_006 SS
480
>>XP_011512525 (OMIM: 605701) PREDICTED: tripartite moti (499 aa)
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Smith-Waterman score: 1283; 43.6% identity (70.0% similar) in 470 aa overlap (11-463:33-497)
10 20 30 40
pF1KB7 MPATPSLKVVHELPACTLCAGPLEDAVTIPCGHTFCRLCL
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XP_011 ERLEWHLHSVTQSPTCPQKNISSDSGQLTYHHFPS----TGTLREPVTIDCGHNFCRACL
10 20 30 40 50
50 60 70 80
pF1KB7 PALSQMGAQSSGKILLCPLCQEE----------------EQAETPMAPVPLGPLGET-YC
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XP_011 TRYCEIPGPDLEESPTCPLCKEPFRPGSFRPNWQLANVVENIERLQLVSTLG-LGEEDVC
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90 100 110 120 130 140
pF1KB7 EEHGEKIYFFCENDAEFLCVFCREGPTHQAHTVGFLDEAIQPYRDRLRSRLEALSTERDE
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XP_011 QEHGEKIYFFCEDDEMQLCVVCREAGEHATHTMRFLEDAAAPYREQIHKCLKCLRKEREE
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 IEDVKCQEDQKLQVLLTQIESKKHQVETAFERLQQELEQQRCLLLARLRELEQQIWKERD
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XP_011 IQEIQSRENKRMQVLLTQVSTKRQQVISEFAHLRKFLEEQQSILLAQLESQDGDILRQRD
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 EYITKVSEEVTRLGAQVKELEEKCQQPASELLQDVRVNQSRCEMKTFVSPEAISPDLVKK
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XP_011 EFDLLVAGEICRFSALIEELEEKNERPARELLTDIRSTLIRCETRKCRKPVAVSPELGQR
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270 280 290 300 310 320
pF1KB7 IRDFHRKILTLPEMMRMFSENLAHHLEIDSGVITLDPQTASRSLVLSEDRKSVRYTRQKK
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XP_011 IRDFPQQALPLQREMKMFLEKLCFELDYEPAHISLDPQTSHPKLLLSEDHQRAQFSYKWQ
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330 340 350 360 370 380
pF1KB7 SLPDSPLRFDGLPAVLGFPGFSSGRHRWQVDLQLGDGGGCTVGVAGEGVRRKGEMGLSAE
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XP_011 NSPDNPQRFDRATCVLAHTGITGGRHTWVVSIDLAHGGSCTVGVVSEDVQRKGELRLRPE
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KB7 DGVWAVIISHQQCWASTSPGTDLPLSEIPRGVRVALDYEAGQVTLHNAQTQEPIFTFTAS
.::::: .. : : : : :.: :: :::.::::.: ::. :: :.:::.:::::
XP_011 EGVWAVRLAWGFVSALGSFPTRLTLKEQPRQVRVSLDYEVGWVTFTNAVTREPIYTFTAS
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450 460
pF1KB7 FSGKVFPFFAVWKKGSCLTLKG
:. ::.:::..: .:: ..:
XP_011 FTRKVIPFFGLWGRGSSFSLSS
480 490
>>XP_011512523 (OMIM: 605701) PREDICTED: tripartite moti (499 aa)
initn: 1350 init1: 1190 opt: 1190 Z-score: 788.2 bits: 155.2 E(85289): 3.7e-37
Smith-Waterman score: 1283; 43.6% identity (70.0% similar) in 470 aa overlap (11-463:33-497)
10 20 30 40
pF1KB7 MPATPSLKVVHELPACTLCAGPLEDAVTIPCGHTFCRLCL
:..:. .: :.. ::: :::.::: ::
XP_011 ERLEWHLHSVTQSPTCPQKNISSDSGQLTYHHFPS----TGTLREPVTIDCGHNFCRACL
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50 60 70 80
pF1KB7 PALSQMGAQSSGKILLCPLCQEE----------------EQAETPMAPVPLGPLGET-YC
.. . . . ::::.: :. : . :: ::: :
XP_011 TRYCEIPGPDLEESPTCPLCKEPFRPGSFRPNWQLANVVENIERLQLVSTLG-LGEEDVC
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90 100 110 120 130 140
pF1KB7 EEHGEKIYFFCENDAEFLCVFCREGPTHQAHTVGFLDEAIQPYRDRLRSRLEALSTERDE
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XP_011 QEHGEKIYFFCEDDEMQLCVVCREAGEHATHTMRFLEDAAAPYREQIHKCLKCLRKEREE
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 IEDVKCQEDQKLQVLLTQIESKKHQVETAFERLQQELEQQRCLLLARLRELEQQIWKERD
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XP_011 IQEIQSRENKRMQVLLTQVSTKRQQVISEFAHLRKFLEEQQSILLAQLESQDGDILRQRD
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210 220 230 240 250 260
pF1KB7 EYITKVSEEVTRLGAQVKELEEKCQQPASELLQDVRVNQSRCEMKTFVSPEAISPDLVKK
:. :. :. :..: ..::::: ..:: ::: :.: . ::: . .: :.::.: ..
XP_011 EFDLLVAGEICRFSALIEELEEKNERPARELLTDIRSTLIRCETRKCRKPVAVSPELGQR
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270 280 290 300 310 320
pF1KB7 IRDFHRKILTLPEMMRMFSENLAHHLEIDSGVITLDPQTASRSLVLSEDRKSVRYTRQKK
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XP_011 IRDFPQQALPLQREMKMFLEKLCFELDYEPAHISLDPQTSHPKLLLSEDHQRAQFSYKWQ
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330 340 350 360 370 380
pF1KB7 SLPDSPLRFDGLPAVLGFPGFSSGRHRWQVDLQLGDGGGCTVGVAGEGVRRKGEMGLSAE
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XP_011 NSPDNPQRFDRATCVLAHTGITGGRHTWVVSIDLAHGGSCTVGVVSEDVQRKGELRLRPE
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390 400 410 420 430 440
pF1KB7 DGVWAVIISHQQCWASTSPGTDLPLSEIPRGVRVALDYEAGQVTLHNAQTQEPIFTFTAS
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XP_011 EGVWAVRLAWGFVSALGSFPTRLTLKEQPRQVRVSLDYEVGWVTFTNAVTREPIYTFTAS
420 430 440 450 460 470
450 460
pF1KB7 FSGKVFPFFAVWKKGSCLTLKG
:. ::.:::..: .:: ..:
XP_011 FTRKVIPFFGLWGRGSSFSLSS
480 490
>>XP_011512524 (OMIM: 605701) PREDICTED: tripartite moti (499 aa)
initn: 1350 init1: 1190 opt: 1190 Z-score: 788.2 bits: 155.2 E(85289): 3.7e-37
Smith-Waterman score: 1283; 43.6% identity (70.0% similar) in 470 aa overlap (11-463:33-497)
10 20 30 40
pF1KB7 MPATPSLKVVHELPACTLCAGPLEDAVTIPCGHTFCRLCL
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XP_011 ERLEWHLHSVTQSPTCPQKNISSDSGQLTYHHFPS----TGTLREPVTIDCGHNFCRACL
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pF1KB7 PALSQMGAQSSGKILLCPLCQEE----------------EQAETPMAPVPLGPLGET-YC
.. . . . ::::.: :. : . :: ::: :
XP_011 TRYCEIPGPDLEESPTCPLCKEPFRPGSFRPNWQLANVVENIERLQLVSTLG-LGEEDVC
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pF1KB7 EEHGEKIYFFCENDAEFLCVFCREGPTHQAHTVGFLDEAIQPYRDRLRSRLEALSTERDE
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XP_011 QEHGEKIYFFCEDDEMQLCVVCREAGEHATHTMRFLEDAAAPYREQIHKCLKCLRKEREE
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 IEDVKCQEDQKLQVLLTQIESKKHQVETAFERLQQELEQQRCLLLARLRELEQQIWKERD
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XP_011 IQEIQSRENKRMQVLLTQVSTKRQQVISEFAHLRKFLEEQQSILLAQLESQDGDILRQRD
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210 220 230 240 250 260
pF1KB7 EYITKVSEEVTRLGAQVKELEEKCQQPASELLQDVRVNQSRCEMKTFVSPEAISPDLVKK
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XP_011 EFDLLVAGEICRFSALIEELEEKNERPARELLTDIRSTLIRCETRKCRKPVAVSPELGQR
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XP_011 IRDFPQQALPLQREMKMFLEKLCFELDYEPAHISLDPQTSHPKLLLSEDHQRAQFSYKWQ
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330 340 350 360 370 380
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450 460
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XP_011 FTRKVIPFFGLWGRGSSFSLSS
480 490
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::: ..:: ::: :.: . ::: . .: :.::.: ..:::: .. : : . :.:: :
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...::: : .. ::.: :
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:.... .:....::::::. .:..:: . : .:.. ::.:. .:::.:. . .: ..::
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XP_011 EFDLLVAGEICRFSALIEELEEKNERPARELLTDIRSTLIRCETRKCRKPVAVSPELGQR
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140 150 160 170 180 190
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:..:. : .. : . : .. . :: :. .....: . :. :. : .:. ::.::.:
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..: .. .:. . : ..: :.. :.:.: .:: . : .::::.::. :.:: :
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440 450 460
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NP_976 LDLKGVRLGERAQDLPNHPCRFDTNTRVLASCGFSSGRHHWEVEV--GSKDGWAFGVARE
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pF1KB7 GVRRKGEMGLSAEDGVWAVIISHQQCWASTSPGTDLPLS--EIPRGVRVALDYEAGQVTL
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pF1KB7 HNAQTQEPIFTFTASFSGKVFPFFAVWKKGSCLTLKG
. .. .. ..:: ..:. .:::.:.: . :. : .
NP_976 YAVEDMRHLYTFRVNFQERVFPLFSVCSTGTYLRIWP
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pF1KB7 SPEAISPDLVKKIRDFHRKILTLPEMMRMFSENLAHHLEIDSGV-ITLDPQTASRSLVLS
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100 110 120 130 140 150
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NP_976 LDLKGVRLGERAQDLPNHPCRFDTNTRVLASCGFSSGRHHWEVEV--GSKDGWAFGVARE
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NP_976 SVRRKGLTPFTPEEGVWALQLNGGQYWAVTSPERS-PLSCGHLSR-VRVALDLEVGAVSF
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pF1KB7 HNAQTQEPIFTFTASFSGKVFPFFAVWKKGSCLTLKG
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NP_976 YAVEDMRHLYTFRVNFQERVFPLFSVCSTGTYLRIWP
270 280 290 300
465 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 09:12:17 2016 done: Fri Nov 4 09:12:18 2016
Total Scan time: 8.450 Total Display time: 0.070
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]