Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7611
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7611, 302 aa
1>>>pF1KB7611 302 - 302 aa - 302 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9189+/-0.000867; mu= 1.8630+/- 0.053
mean_var=274.5364+/-57.084, 0's: 0 Z-trim(116.8): 172 B-trim: 960 in 1/50
Lambda= 0.077406
statistics sampled from 17257 (17449) to 17257 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.831), E-opt: 0.2 (0.536), width: 16
Scan time: 2.470
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7532.1 PITX3 gene_id:5309|Hs108|chr10 ( 302) 2058 242.1 3.8e-64
CCDS3693.1 PITX2 gene_id:5308|Hs108|chr4 ( 271) 1011 125.2 5.6e-29
CCDS3692.1 PITX2 gene_id:5308|Hs108|chr4 ( 317) 1010 125.1 6.7e-29
CCDS3694.1 PITX2 gene_id:5308|Hs108|chr4 ( 324) 1008 124.9 8e-29
CCDS4182.1 PITX1 gene_id:5307|Hs108|chr5 ( 314) 801 101.8 7.1e-22
>>CCDS7532.1 PITX3 gene_id:5309|Hs108|chr10 (302 aa)
initn: 2058 init1: 2058 opt: 2058 Z-score: 1265.1 bits: 242.1 E(32554): 3.8e-64
Smith-Waterman score: 2058; 100.0% identity (100.0% similar) in 302 aa overlap (1-302:1-302)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEFGLLSEAEARSPALSLSDAGTPHPQLPEHGCKGQEHSDSEKASASLPGGSPEDGSLKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MEFGLLSEAEARSPALSLSDAGTPHPQLPEHGCKGQEHSDSEKASASLPGGSPEDGSLKK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KQRRQRTHFTSQQLQELEATFQRNRYPDMSTREEIAVWTNLTEARVRVWFKNRRAKWRKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KQRRQRTHFTSQQLQELEATFQRNRYPDMSTREEIAVWTNLTEARVRVWFKNRRAKWRKR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 ERSQQAELCKGSFAAPLGGLVPPYEEVYPGYSYGNWPPKALAPPLAAKTFPFAFNSVNVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ERSQQAELCKGSFAAPLGGLVPPYEEVYPGYSYGNWPPKALAPPLAAKTFPFAFNSVNVG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 PLASQPVFSPPSSIAASMVPSAAAAPGTVPGPGALQGLGGGPPGLAPAAVSSGAVSCPYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PLASQPVFSPPSSIAASMVPSAAAAPGTVPGPGALQGLGGGPPGLAPAAVSSGAVSCPYA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 SAAAAAAAAASSPYVYRDPCNSSLASLRLKAKQHASFSYPAVHGPPPAANLSPCQYAVER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SAAAAAAAAASSPYVYRDPCNSSLASLRLKAKQHASFSYPAVHGPPPAANLSPCQYAVER
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 PV
::
CCDS75 PV
>>CCDS3693.1 PITX2 gene_id:5308|Hs108|chr4 (271 aa)
initn: 1012 init1: 712 opt: 1011 Z-score: 633.8 bits: 125.2 E(32554): 5.6e-29
Smith-Waterman score: 1011; 61.0% identity (79.8% similar) in 277 aa overlap (33-302:12-271)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 FGLLSEAEARSPALSLSDAGTPHPQLPEHGCKGQEHSDSEKASASLPGGSPEDGSLKKKQ
: :.. :.... :. :: : ::.:
CCDS36 METNCRKLVSACVQLEKDKSQQGKNEDVGA--EDPSKKKRQ
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RRQRTHFTSQQLQELEATFQRNRYPDMSTREEIAVWTNLTEARVRVWFKNRRAKWRKRER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 RRQRTHFTSQQLQELEATFQRNRYPDMSTREEIAVWTNLTEARVRVWFKNRRAKWRKRER
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 SQQAELCKGSFAAPLGGLVPPYEEVYPGYSYGNWPPKAL-APPLAAKTFPFAFNSVNVGP
.:::::::..:. ..::. ::...::::::.:: :.: . :..:.::: :::.::.:
CCDS36 NQQAELCKNGFGPQFNGLMQPYDDMYPGYSYNNWAAKGLTSASLSTKSFPF-FNSMNVNP
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KB7 LASQPVFSPPSSIAASMVPSAAAAPGTVPG-PGA-LQGLGG----GPPGLAPAAVSSGAV
:.:: .::::.::. :: :.. .:..: : ::. :..:.. . :.: .:: . :
CCDS36 LSSQSMFSPPNSIS-SMSMSSSMVPSAVTGVPGSSLNSLNNLNNLSSPSLN-SAVPTPA-
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 SCPYASAAAAAAAAASSPYVYRDPCNSSLASLRLKAKQHASFSYPAVHGPPPAANLSPCQ
:::: . :::::: :::::::::::::::.::.: .:..: :.::: ::
CCDS36 -CPYAPP--------TPPYVYRDTCNSSLASLRLKAKQHSSFGYASVQNP--ASNLSACQ
220 230 240 250 260
300
pF1KB7 YAVERPV
:::.:::
CCDS36 YAVDRPV
270
>>CCDS3692.1 PITX2 gene_id:5308|Hs108|chr4 (317 aa)
initn: 1012 init1: 712 opt: 1010 Z-score: 632.3 bits: 125.1 E(32554): 6.7e-29
Smith-Waterman score: 1010; 61.1% identity (80.4% similar) in 275 aa overlap (35-302:59-317)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 LLSEAEARSPALSLSDAGTPHPQLPEHGCKGQEHSDSEKASASLPGGSPEDGSLKKKQRR
: ...:. . . . :. :: : ::.:::
CCDS36 DSEIKKVEFTDSPESRKEAASSKFFPRQHPGANEKDKSQQGKNEDVGA-EDPSKKKRQRR
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 QRTHFTSQQLQELEATFQRNRYPDMSTREEIAVWTNLTEARVRVWFKNRRAKWRKRERSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:
CCDS36 QRTHFTSQQLQELEATFQRNRYPDMSTREEIAVWTNLTEARVRVWFKNRRAKWRKRERNQ
90 100 110 120 130 140
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 QAELCKGSFAAPLGGLVPPYEEVYPGYSYGNWPPKAL-APPLAAKTFPFAFNSVNVGPLA
::::::..:. ..::. ::...::::::.:: :.: . :..:.::: :::.::.::.
CCDS36 QAELCKNGFGPQFNGLMQPYDDMYPGYSYNNWAAKGLTSASLSTKSFPF-FNSMNVNPLS
150 160 170 180 190 200
190 200 210 220 230
pF1KB7 SQPVFSPPSSIAASMVPSAAAAPGTVPG-PGA-LQGLGG----GPPGLAPAAVSSGAVSC
:: .::::.::. :: :.. .:..: : ::. :..:.. . :.: .:: . : :
CCDS36 SQSMFSPPNSIS-SMSMSSSMVPSAVTGVPGSSLNSLNNLNNLSSPSLN-SAVPTPA--C
210 220 230 240 250 260
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 PYASAAAAAAAAASSPYVYRDPCNSSLASLRLKAKQHASFSYPAVHGPPPAANLSPCQYA
::: . :::::: :::::::::::::::.::.: .:..: :.::: ::::
CCDS36 PYAPP--------TPPYVYRDTCNSSLASLRLKAKQHSSFGYASVQNP--ASNLSACQYA
270 280 290 300 310
300
pF1KB7 VERPV
:.:::
CCDS36 VDRPV
>>CCDS3694.1 PITX2 gene_id:5308|Hs108|chr4 (324 aa)
initn: 932 init1: 712 opt: 1008 Z-score: 631.0 bits: 124.9 E(32554): 8e-29
Smith-Waterman score: 1013; 56.9% identity (77.6% similar) in 304 aa overlap (6-302:47-324)
10 20 30
pF1KB7 MEFGLLSEAEARSPALSLSDAGTPHPQLPEHGCKG
:. .. : . ..::...:. ... .:
CCDS36 TKLSAVSSSSCHHPQPLAMASVLAPGQPRSLDSSKHRLEVHTISDTSSPEAAEKDKSQQG
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 QEHSDSEKASASLPGGSPEDGSLKKKQRRQRTHFTSQQLQELEATFQRNRYPDMSTREEI
. .: ..: :: : ::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 K----NEDVGA-------EDPSKKKRQRRQRTHFTSQQLQELEATFQRNRYPDMSTREEI
80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 AVWTNLTEARVRVWFKNRRAKWRKRERSQQAELCKGSFAAPLGGLVPPYEEVYPGYSYGN
:::::::::::::::::::::::::::.:::::::..:. ..::. ::...::::::.:
CCDS36 AVWTNLTEARVRVWFKNRRAKWRKRERNQQAELCKNGFGPQFNGLMQPYDDMYPGYSYNN
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 WPPKAL-APPLAAKTFPFAFNSVNVGPLASQPVFSPPSSIAASMVPSAAAAPGTVPG-PG
: :.: . :..:.::: :::.::.::.:: .::::.::. :: :.. .:..: : ::
CCDS36 WAAKGLTSASLSTKSFPF-FNSMNVNPLSSQSMFSPPNSIS-SMSMSSSMVPSAVTGVPG
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260
pF1KB7 A-LQGLGG----GPPGLAPAAVSSGAVSCPYASAAAAAAAAASSPYVYRDPCNSSLASLR
. :..:.. . :.: .:: . : :::: . :::::: :::::::::
CCDS36 SSLNSLNNLNNLSSPSLN-SAVPTPA--CPYAPP--------TPPYVYRDTCNSSLASLR
250 260 270 280 290
270 280 290 300
pF1KB7 LKAKQHASFSYPAVHGPPPAANLSPCQYAVERPV
::::::.::.: .:..: :.::: :::::.:::
CCDS36 LKAKQHSSFGYASVQNP--ASNLSACQYAVDRPV
300 310 320
>>CCDS4182.1 PITX1 gene_id:5307|Hs108|chr5 (314 aa)
initn: 841 init1: 558 opt: 801 Z-score: 506.2 bits: 101.8 E(32554): 7.1e-22
Smith-Waterman score: 969; 56.3% identity (75.3% similar) in 300 aa overlap (3-296:31-312)
10 20 30
pF1KB7 MEFGLLSEAEARSPALSLSDAGTPHPQLPEHG
: : :. : : : : . . .:::.
CCDS41 MDAFKGGMSLERLPEGLRPPPPPPHDMGPAFHLARPADPREP-LENSASESSDTELPEKE
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 CKGQEHSDSEKASASLPG-GSPEDGSLKKKQRRQRTHFTSQQLQELEATFQRNRYPDMST
.: : . : ..:. : :. .: . ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 -RGGEPKGPEDSGAGGTGCGGADDPAKKKKQRRQRTHFTSQQLQELEATFQRNRYPDMSM
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 REEIAVWTNLTEARVRVWFKNRRAKWRKRERSQQAELCKGSFAAPLGGLVPPYEEVYP-G
:::::::::::: ::::::::::::::::::.:: .::::... ..::: :::.:: :
CCDS41 REEIAVWTNLTEPRVRVWFKNRRAKWRKRERNQQLDLCKGGYVPQFSGLVQPYEDVYAAG
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
pF1KB7 YSYGNWPPKALAP-PLAAKTFPFAFNSVNVGPLASQPVFSPPSSIAASMVPSAAAAPGTV
:::.:: :.::: ::..:.: : :::.. ::.:: .:: ::::.. .::. . ::.:
CCDS41 YSYNNWAAKSLAPAPLSTKSFTF-FNSMS--PLSSQSMFSAPSSISSMTMPSSMG-PGAV
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 PG-PGA-LQGLGGGPPGLAPAAVSSGAVSCPYASAAAAAAAAASSPY-VYRDPCNSSLAS
:: :.. :..... . .:.: :: :::.. : ::: :::: :::::::
CCDS41 PGMPNSGLNNINNLTGSSLNSAMSPGA--CPYGTPA--------SPYSVYRDTCNSSLAS
240 250 260 270 280
270 280 290 300
pF1KB7 LRLKAKQHASFSYPAVHGPPPAANLSPCQYAVERPV
::::.:::.::.: ...: ::..:. :::
CCDS41 LRLKSKQHSSFGYGGLQG--PASGLNACQYNS
290 300 310
302 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 08:57:22 2016 done: Fri Nov 4 08:57:22 2016
Total Scan time: 2.470 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]