Result of FASTA (ccds) for pF1KB7273
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7273, 1332 aa
  1>>>pF1KB7273 1332 - 1332 aa - 1332 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.1489+/-0.00133; mu= -17.7283+/- 0.081
 mean_var=535.0902+/-109.001, 0's: 0 Z-trim(113.6): 64  B-trim: 242 in 1/54
 Lambda= 0.055445
 statistics sampled from 14152 (14200) to 14152 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.724), E-opt: 0.2 (0.436), width:  16
 Scan time:  6.300

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS9697.1 SOS2 gene_id:6655|Hs108|chr14           (1332) 9052 740.1 9.1e-213
CCDS1802.1 SOS1 gene_id:6654|Hs108|chr2            (1333) 6229 514.3 8.6e-145


>>CCDS9697.1 SOS2 gene_id:6655|Hs108|chr14                (1332 aa)
 initn: 9052 init1: 9052 opt: 9052  Z-score: 3933.3  bits: 740.1 E(32554): 9.1e-213
Smith-Waterman score: 9052; 100.0% identity (100.0% similar) in 1332 aa overlap (1-1332:1-1332)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MQQAPQPYEFFSEENSPKWRGLLVSALRKVQEQVHPTLSANEESLYYIEELIFQLLNKLC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 MQQAPQPYEFFSEENSPKWRGLLVSALRKVQEQVHPTLSANEESLYYIEELIFQLLNKLC
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 MAQPRTVQDVEERVQKTFPHPIDKWAIADAQSAIEKRKRRNPLLLPVDKIHPSLKEVLGY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 MAQPRTVQDVEERVQKTFPHPIDKWAIADAQSAIEKRKRRNPLLLPVDKIHPSLKEVLGY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 KVDYHVSLYIVAVLEYISADILKLAGNYVFNIRHYEISQQDIKVSMCADKVLMDMFDQDD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 KVDYHVSLYIVAVLEYISADILKLAGNYVFNIRHYEISQQDIKVSMCADKVLMDMFDQDD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 IGLVSLCEDEPSSSGELNYYDLVRTEIAEERQYLRELNMIIKVFREAFLSDRKLFKPSDI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 IGLVSLCEDEPSSSGELNYYDLVRTEIAEERQYLRELNMIIKVFREAFLSDRKLFKPSDI
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 EKIFSNISDIHELTVKLLGLIEDTVEMTDESSPHPLAGSCFEDLAEEQAFDPYETLSQDI
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CCDS96 EKIFSNISDIHELTVKLLGLIEDTVEMTDESSPHPLAGSCFEDLAEEQAFDPYETLSQDI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 LSPEFHEHFNKLMARPAVALHFQSIADGFKEAVRYVLPRLMLVPVYHCWHYFELLKQLKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 LSPEFHEHFNKLMARPAVALHFQSIADGFKEAVRYVLPRLMLVPVYHCWHYFELLKQLKA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 CSEEQEDRECLNQAITALMNLQGSMDRIYKQYSPRRRPGDPVCPFYSHQLRSKHLAIKKM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 CSEEQEDRECLNQAITALMNLQGSMDRIYKQYSPRRRPGDPVCPFYSHQLRSKHLAIKKM
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 NEIQKNIDGWEGKDIGQCCNEFIMEGPLTRIGAKHERHIFLFDGLMISCKPNHGQTRLPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 NEIQKNIDGWEGKDIGQCCNEFIMEGPLTRIGAKHERHIFLFDGLMISCKPNHGQTRLPG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB7 YSSAEYRLKEKFVMRKIQICDKEDTCEHKHAFELVSKDENSIIFAAKSAEEKNNWMAALI
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CCDS96 YSSAEYRLKEKFVMRKIQICDKEDTCEHKHAFELVSKDENSIIFAAKSAEEKNNWMAALI
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB7 SLHYRSTLDRMLDSVLLKEENEQPLRLPSPEVYRFVVKDSEENIVFEDNLQSRSGIPIIK
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CCDS96 SLHYRSTLDRMLDSVLLKEENEQPLRLPSPEVYRFVVKDSEENIVFEDNLQSRSGIPIIK
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB7 GGTVVKLIERLTYHMYADPNFVRTFLTTYRSFCKPQELLSLLIERFEIPEPEPTDADKLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 GGTVVKLIERLTYHMYADPNFVRTFLTTYRSFCKPQELLSLLIERFEIPEPEPTDADKLA
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB7 IEKGEQPISADLKRFRKEYVQPVQLRILNVFRHWVEHHFYDFERDLELLERLESFISSVR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 IEKGEQPISADLKRFRKEYVQPVQLRILNVFRHWVEHHFYDFERDLELLERLESFISSVR
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB7 GKAMKKWVESIAKIIRRKKQAQANGVSHNITFESPPPPIEWHISKPGQFETFDLMTLHPI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 GKAMKKWVESIAKIIRRKKQAQANGVSHNITFESPPPPIEWHISKPGQFETFDLMTLHPI
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB7 EIARQLTLLESDLYRKVQPSELVGSVWTKEDKEINSPNLLKMIRHTTNLTLWFEKCIVEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 EIARQLTLLESDLYRKVQPSELVGSVWTKEDKEINSPNLLKMIRHTTNLTLWFEKCIVEA
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB7 ENFEERVAVLSRIIEILQVFQDLNNFNGVLEIVSAVNSVSVYRLDHTFEALQERKRKILD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 ENFEERVAVLSRIIEILQVFQDLNNFNGVLEIVSAVNSVSVYRLDHTFEALQERKRKILD
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB7 EAVELSQDHFKKYLVKLKSINPPCVPFFGIYLTNILKTEEGNNDFLKKKGKDLINFSKRR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 EAVELSQDHFKKYLVKLKSINPPCVPFFGIYLTNILKTEEGNNDFLKKKGKDLINFSKRR
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB7 KVAEITGEIQQYQNQPYCLRIEPDMRRFFENLNPMGSASEKEFTDYLFNKSLEIEPRNCK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 KVAEITGEIQQYQNQPYCLRIEPDMRRFFENLNPMGSASEKEFTDYLFNKSLEIEPRNCK
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB7 QPPRFPRKSTFSLKSPGIRPNTGRHGSTSGTLRGHPTPLEREPCKISFSRIAETELESTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 QPPRFPRKSTFSLKSPGIRPNTGRHGSTSGTLRGHPTPLEREPCKISFSRIAETELESTV
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB7 SAPTSPNTPSTPPVSASSDLSVFLDVDLNSSCGSNSIFAPVLLPHSKSFFSSCGSLHKLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 SAPTSPNTPSTPPVSASSDLSVFLDVDLNSSCGSNSIFAPVLLPHSKSFFSSCGSLHKLS
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KB7 EEPLIPPPLPPRKKFDHDASNSKGNMKSDDDPPAIPPRQPPPPKVKPRVPVPTGAFDGPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 EEPLIPPPLPPRKKFDHDASNSKGNMKSDDDPPAIPPRQPPPPKVKPRVPVPTGAFDGPL
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KB7 HSPPPPPPRDPLPDTPPPVPLRPPEHFINCPFNLQPPPLGHLHRDSDWLRDISTCPNSPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 HSPPPPPPRDPLPDTPPPVPLRPPEHFINCPFNLQPPPLGHLHRDSDWLRDISTCPNSPS
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290      1300      1310      1320
pF1KB7 TPPSTPSPRVPRRCYVLSSSQNNLAHPPAPPVPPRQNSSPHLPKLPPKTYKRELSHPPLY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 TPPSTPSPRVPRRCYVLSSSQNNLAHPPAPPVPPRQNSSPHLPKLPPKTYKRELSHPPLY
             1270      1280      1290      1300      1310      1320

             1330  
pF1KB7 RLPLLENAETPQ
       ::::::::::::
CCDS96 RLPLLENAETPQ
             1330  

>>CCDS1802.1 SOS1 gene_id:6654|Hs108|chr2                 (1333 aa)
 initn: 4614 init1: 4562 opt: 6229  Z-score: 2712.9  bits: 514.3 E(32554): 8.6e-145
Smith-Waterman score: 6229; 69.5% identity (85.6% similar) in 1351 aa overlap (1-1330:1-1332)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MQQAPQPYEFFSEENSPKWRGLLVSALRKVQEQVHPTLSANEESLYYIEELIFQLLNKLC
       ::    :::::::::.:::::::: ::.::: :::::: .:...: :.::::.:::: ::
CCDS18 MQAQQLPYEFFSEENAPKWRGLLVPALKKVQGQVHPTLESNDDALQYVEELILQLLNMLC
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 MAQPRTVQDVEERVQKTFPHPIDKWAIADAQSAIEKRKRRNPLLLPVDKIHPSLKEVLGY
       .::::...::::::::.:::::::::::::::::::::::::: :::.:::: :::::::
CCDS18 QAQPRSASDVEERVQKSFPHPIDKWAIADAQSAIEKRKRRNPLSLPVEKIHPLLKEVLGY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170          
pF1KB7 KVDYHVSLYIVAVLEYISADILKLAGNYVFNIRHYEISQQDIKVSMCADKVLMDMFDQD-
       :.:..::.::::::::::::::::.:::: :::::::..:::::.::::::::::: :: 
CCDS18 KIDHQVSVYIVAVLEYISADILKLVGNYVRNIRHYEITKQDIKVAMCADKVLMDMFHQDV
              130       140       150       160       170       180

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB7 -DIGLVSLCEDEPSSSGELNYYDLVRTEIAEERQYLRELNMIIKVFREAFLSDRKLFKPS
        ::...:: ..:::.::: .:::::.. .:: :::.::::.::::::: :.:. :::. .
CCDS18 EDINILSLTDEEPSTSGEQTYYDLVKAFMAEIRQYIRELNLIIKVFREPFVSNSKLFSAN
              190       200       210       220       230       240

      240       250       260       270       280       290        
pF1KB7 DIEKIFSNISDIHELTVKLLGLIEDTVEMTDESSPHPLAGSCFEDLAEEQAFDPYETLSQ
       :.:.::: : :::::.::::: ::::::::::.:::::.:::::::::: ::::::. ..
CCDS18 DVENIFSRIVDIHELSVKLLGHIEDTVEMTDEGSPHPLVGSCFEDLAEELAFDPYESYAR
              250       260       270       280       290       300

      300       310       320       330       340       350        
pF1KB7 DILSPEFHEHFNKLMARPAVALHFQSIADGFKEAVRYVLPRLMLVPVYHCWHYFELLKQL
       ::: : ::..: . ...:..::..:::..::::::.::::::.:.::::: :::::::::
CCDS18 DILRPGFHDRFLSQLSKPGAALYLQSIGEGFKEAVQYVLPRLLLAPVYHCLHYFELLKQL
              310       320       330       340       350       360

      360       370       380       390       400       410        
pF1KB7 KACSEEQEDRECLNQAITALMNLQGSMDRIYKQYSPRRRPGDPVCPFYSHQLRSKHLAIK
       .  ::.:::.:::.::::::.:.:..:..: ..   .:: .. .: :::.:...:.::::
CCDS18 EEKSEDQEDKECLKQAITALLNVQSGMEKICSKSLAKRRLSESACRFYSQQMKGKQLAIK
              370       380       390       400       410       420

      420       430       440       450       460       470        
pF1KB7 KMNEIQKNIDGWEGKDIGQCCNEFIMEGPLTRIGAKHERHIFLFDGLMISCKPNHGQTRL
       :::::::::::::::::::::::::::: :::.:::::::::::::::: :: :::: ::
CCDS18 KMNEIQKNIDGWEGKDIGQCCNEFIMEGTLTRVGAKHERHIFLFDGLMICCKSNHGQPRL
              430       440       450       460       470       480

      480       490       500       510       520       530        
pF1KB7 PGYSSAEYRLKEKFVMRKIQICDKEDTCEHKHAFELVSKDENSIIFAAKSAEEKNNWMAA
       :: :.::::::::: :::.:: ::.:: :.:::::.. :::::.::.:::::::::::::
CCDS18 PGASNAEYRLKEKFFMRKVQINDKDDTNEYKHAFEIILKDENSVIFSAKSAEEKNNWMAA
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