Result of FASTA (ccds) for pF1KB7186
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7186, 437 aa
  1>>>pF1KB7186 437 - 437 aa - 437 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7049+/-0.000762; mu= 12.5170+/- 0.046
 mean_var=119.7131+/-24.374, 0's: 0 Z-trim(113.1): 11  B-trim: 601 in 2/51
 Lambda= 0.117220
 statistics sampled from 13749 (13758) to 13749 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.769), E-opt: 0.2 (0.423), width:  16
 Scan time:  3.200

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS13259.1 SPAG4 gene_id:6676|Hs108|chr20         ( 437) 2951 509.7 2.3e-144
CCDS13209.1 SUN5 gene_id:140732|Hs108|chr20        ( 379)  770 140.8 2.3e-33
CCDS13978.1 SUN2 gene_id:25777|Hs108|chr22         ( 717)  543 102.6 1.3e-21
CCDS56231.1 SUN2 gene_id:25777|Hs108|chr22         ( 738)  543 102.6 1.4e-21
CCDS64647.1 SUN3 gene_id:256979|Hs108|chr7         ( 345)  533 100.7 2.4e-21
CCDS34636.1 SUN3 gene_id:256979|Hs108|chr7         ( 357)  533 100.7 2.5e-21
CCDS55080.1 SUN1 gene_id:23353|Hs108|chr7          ( 682)  490 93.6 6.4e-19
CCDS43533.1 SUN1 gene_id:23353|Hs108|chr7          ( 702)  490 93.6 6.6e-19
CCDS47525.1 SUN1 gene_id:23353|Hs108|chr7          ( 785)  490 93.7 7.2e-19


>>CCDS13259.1 SPAG4 gene_id:6676|Hs108|chr20              (437 aa)
 initn: 2951 init1: 2951 opt: 2951  Z-score: 2705.1  bits: 509.7 E(32554): 2.3e-144
Smith-Waterman score: 2951; 100.0% identity (100.0% similar) in 437 aa overlap (1-437:1-437)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MRRSSRPGSASSSRKHTPNFFSENSSMSITSEDSKGLRSAEPGPGEPEGRRARGPSCGEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MRRSSRPGSASSSRKHTPNFFSENSSMSITSEDSKGLRSAEPGPGEPEGRRARGPSCGEP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 ALSAGVPGGTTWAGSSQQKPAPRSHNWQTACGAATVRGGASEPTGSPVVSEEPLDLLPTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ALSAGVPGGTTWAGSSQQKPAPRSHNWQTACGAATVRGGASEPTGSPVVSEEPLDLLPTL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 DLRQEMPPPRVFKSFLSLLFQGLSVLLSLAGDVLVSMYREVCSIRFLFTAVSLLSLFLSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DLRQEMPPPRVFKSFLSLLFQGLSVLLSLAGDVLVSMYREVCSIRFLFTAVSLLSLFLSA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 FWLGLLYLVSPLENEPKEMLTLSEYHERVRSQGQQLQQLQAELDKLHKEVSTVRAANSER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FWLGLLYLVSPLENEPKEMLTLSEYHERVRSQGQQLQQLQAELDKLHKEVSTVRAANSER
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 VAKLVFQRLNEDFVRKPDYALSSVGASIDLQKTSHDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VAKLVFQRLNEDFVRKPDYALSSVGASIDLQKTSHDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPTV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 ILEPHVFPGNCWAFEGDQGQVVIQLPGRVQLSDITLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ILEPHVFPGNCWAFEGDQGQVVIQLPGRVQLSDITLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVFG
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 LQVYDETEVSLGKFTFDVEKSEIQTFHLQNDPPAAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRVRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LQVYDETEVSLGKFTFDVEKSEIQTFHLQNDPPAAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRVRA
              370       380       390       400       410       420

              430       
pF1KB7 HGVRTSEGAEGSAQGPH
       :::::::::::::::::
CCDS13 HGVRTSEGAEGSAQGPH
              430       

>>CCDS13209.1 SUN5 gene_id:140732|Hs108|chr20             (379 aa)
 initn: 657 init1: 479 opt: 770  Z-score: 712.6  bits: 140.8 E(32554): 2.3e-33
Smith-Waterman score: 770; 37.1% identity (64.9% similar) in 385 aa overlap (63-437:7-375)

             40        50        60        70        80        90  
pF1KB7 DSKGLRSAEPGPGEPEGRRARGPSCGEPALSAGVPGGTTWAGSSQQKPAPRSHNWQTACG
                                     : : ::.     .  ..: ::    .   :
CCDS13                         MPRSSRSPGDPGALL--EDVAHNPRPRRIAQR---G
                                       10          20        30    

            100       110       120       130       140       150  
pF1KB7 AATVRGGASEPTGSPVVSEEPLDLLPTLDLRQEMPPPRVFKSFLSLLFQGLSVLLSLAGD
         : :   .: : :: .... :  ::. .  : .   . . . .: .      : . : .
CCDS13 RNTSR--MAEDT-SPNMNDNIL--LPVRNNDQALGLTQCMLGCVSWFTCFACSLRTQAQQ
                40         50          60        70        80      

            160         170       180       190              200   
pF1KB7 VLVSMYRE--VCSIRFLFTAVSLLSLFLSAFWLGLLYLVSPLE-------NEPKEMLTLS
       :: .  :   .:.  .  :.. ::  :  .::.  ..: : ..       : : . : : 
CCDS13 VLFNTCRCKLLCQKLMEKTGILLLCAF--GFWMFSIHLPSKMKVWQDDSINGPLQSLRL-
         90       100       110         120       130       140    

           210       220       230        240       250       260  
pF1KB7 EYHERVRSQGQQLQQLQAELDKLHKEVSTVRAANSE-RVAKLVFQRLNEDFVRKPDYALS
        :.:.:: .. ..:.:.. ...:  ... ..: ..: ..:. ... .. :...:::.::.
CCDS13 -YQEKVRHHSGEIQDLRGSMNQLIAKLQEMEAMSDEQKMAQKIMKMIHGDYIEKPDFALK
            150       160       170       180       190       200  

            270       280       290       300       310       320  
pF1KB7 SVGASIDLQKTSHDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPTVILEPHVFPGNCWAFEGDQGQVV
       :.:::::...::  :  ...  .:: ...::::.:: :::::.: ::::::::::.:::.
CCDS13 SIGASIDFEHTSVTYNHEKAHSYWNWIQLWNYAQPPDVILEPNVTPGNCWAFEGDRGQVT
            210       220       230       240       250       260  

            330       340       350       360       370       380  
pF1KB7 IQLPGRVQLSDITLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVFGLQVYDETEVSLGKFTFDVEKSE
       :::  .: ::..:::: : ..  .:. ..::.::...:..   . :: :: : :. :.  
CCDS13 IQLAQKVYLSNLTLQHIPKTISLSGSLDTAPKDFVIYGMEGSPKEEVFLGAFQFQPENI-
            270       280       290       300       310       320  

            390       400       410       420       430           
pF1KB7 IQTFHLQNDPPAAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRVRAHGVRTSEGAEGSAQGPH    
       :: : :::.:  ::  ::..: ::::.: ::::::::.::  ..   :   :.:.    
CCDS13 IQMFPLQNQPARAFSAVKVKISSNWGNPGFTCLYRVRVHG-SVAPPREQPHQNPYPKRD
             330       340       350       360        370         

>>CCDS13978.1 SUN2 gene_id:25777|Hs108|chr22              (717 aa)
 initn: 520 init1: 319 opt: 543  Z-score: 501.3  bits: 102.6 E(32554): 1.3e-21
Smith-Waterman score: 543; 39.7% identity (68.2% similar) in 214 aa overlap (212-422:500-713)

             190       200       210       220         230         
pF1KB7 WLGLLYLVSPLENEPKEMLTLSEYHERVRSQGQQLQQLQAELD-KLHKE-VSTVRAANSE
                                     ::.. ..  : :.  :.:: :  :   . .
CCDS13 GGRVGLLQREEMQAQLRELESKILTHVAEMQGKSAREAAASLSLTLQKEGVIGVTEEQVH
     470       480       490       500       510       520         

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB7 RVAKLVFQRLNEDFVRKPDYALSSVGASIDLQKTSHDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPT
       ...: ..:: .:: .   :::: : :::.   . :. :  ...      . .: ... : 
CCDS13 HIVKQALQRYSEDRIGLADYALESGGASVISTRCSETYETKTALLSLFGIPLWYHSQSPR
     530       540       550       560       570       580         

     300       310       320       330       340       350         
pF1KB7 VILEPHVFPGNCWAFEGDQGQVVIQLPGRVQLSDITLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVF
       :::.: : :::::::.: :: .:..: .:.. . .::.: : ..  ..  .:::.:::.:
CCDS13 VILQPDVHPGNCWAFQGPQGFAVVRLSARIRPTAVTLEHVPKALSPNSTISSAPKDFAIF
     590       600       610       620       630       640         

     360       370        380       390       400       410        
pF1KB7 GLQVYDETEVSL-GKFTFDVEKSEIQTFHLQNDPPAAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRV
       :..   . : .: ::::.: .   :::::.:    :..  :...::.:::::..::.:: 
CCDS13 GFDEDLQQEGTLLGKFTYDQDGEPIQTFHFQAPTMATYQVVELRILTNWGHPEYTCIYRF
     650       660       670       680       690       700         

      420       430       
pF1KB7 RAHGVRTSEGAEGSAQGPH
       :.::               
CCDS13 RVHGEPAH           
     710                  

>>CCDS56231.1 SUN2 gene_id:25777|Hs108|chr22              (738 aa)
 initn: 554 init1: 319 opt: 543  Z-score: 501.1  bits: 102.6 E(32554): 1.4e-21
Smith-Waterman score: 543; 39.7% identity (68.2% similar) in 214 aa overlap (212-422:521-734)

             190       200       210       220         230         
pF1KB7 WLGLLYLVSPLENEPKEMLTLSEYHERVRSQGQQLQQLQAELD-KLHKE-VSTVRAANSE
                                     ::.. ..  : :.  :.:: :  :   . .
CCDS56 GGRVGLLQREEMQAQLRELESKILTHVAEMQGKSAREAAASLSLTLQKEGVIGVTEEQVH
              500       510       520       530       540       550

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB7 RVAKLVFQRLNEDFVRKPDYALSSVGASIDLQKTSHDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPT
       ...: ..:: .:: .   :::: : :::.   . :. :  ...      . .: ... : 
CCDS56 HIVKQALQRYSEDRIGLADYALESGGASVISTRCSETYETKTALLSLFGIPLWYHSQSPR
              560       570       580       590       600       610

     300       310       320       330       340       350         
pF1KB7 VILEPHVFPGNCWAFEGDQGQVVIQLPGRVQLSDITLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVF
       :::.: : :::::::.: :: .:..: .:.. . .::.: : ..  ..  .:::.:::.:
CCDS56 VILQPDVHPGNCWAFQGPQGFAVVRLSARIRPTAVTLEHVPKALSPNSTISSAPKDFAIF
              620       630       640       650       660       670

     360       370        380       390       400       410        
pF1KB7 GLQVYDETEVSL-GKFTFDVEKSEIQTFHLQNDPPAAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRV
       :..   . : .: ::::.: .   :::::.:    :..  :...::.:::::..::.:: 
CCDS56 GFDEDLQQEGTLLGKFTYDQDGEPIQTFHFQAPTMATYQVVELRILTNWGHPEYTCIYRF
              680       690       700       710       720       730

      420       430       
pF1KB7 RAHGVRTSEGAEGSAQGPH
       :.::               
CCDS56 RVHGEPAH           
                          

>>CCDS64647.1 SUN3 gene_id:256979|Hs108|chr7              (345 aa)
 initn: 535 init1: 330 opt: 533  Z-score: 496.6  bits: 100.7 E(32554): 2.4e-21
Smith-Waterman score: 533; 36.4% identity (68.6% similar) in 239 aa overlap (192-422:104-339)

             170       180       190       200       210       220 
pF1KB7 CSIRFLFTAVSLLSLFLSAFWLGLLYLVSPLENEPKEMLTLSEYHERVRSQGQQLQQLQA
                                     :::. ...: : :  . ...    :.... 
CCDS64 AEYGSRLYKYQARLRMPKEQLELLKKESQNLENNFRQILFLIEQIDVLKAL---LRDMKD
            80        90       100       110       120          130

             230           240          250       260       270    
pF1KB7 ELDKLHKEVS---TVRAAN-SERVAKLV---FQRLNEDFVRKPDYALSSVGASIDLQKTS
        .:. :.  .    :.  . .:.:..::   ...: :: :.  ::::.:.::::    ::
CCDS64 GMDNNHNWNTHGDPVEDPDHTEEVSNLVNYVLKKLREDQVEMADYALKSAGASIIEAGTS
              140       150       160       170       180       190

          280       290       300       310       320       330    
pF1KB7 HDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPTVILEPHVFPGNCWAFEGDQGQVVIQLPGRVQLSDI
       ..: . ..  .:. ..: :.  :: .::.: :.::.:::: :.::...:.:  ..  . .
CCDS64 ESYKNNKAKLYWHGIGFLNHEMPPDIILQPDVYPGKCWAFPGSQGHTLIKLATKIIPTAV
              200       210       220       230       240       250

          340       350       360        370       380       390   
pF1KB7 TLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVFGLQVYDE-TEVSLGKFTFDVEKSEIQTFHLQNDPP
       :..:   .:  .:. .:::..:.:.:.    :  :. ::.: ..   . .:::.::.   
CCDS64 TMEHISEKVSPSGNISSAPKEFSVYGITKKCEGEEIFLGQFIYNKTGTTVQTFELQHAVS
              260       270       280       290       300       310

           400       410       420       430       
pF1KB7 AAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRVRAHGVRTSEGAEGSAQGPH
         .  ::..:.::::::..::::: :.::               
CCDS64 EYLLCVKLNIFSNWGHPKYTCLYRFRVHGTPGKHI         
              320       330       340              

>>CCDS34636.1 SUN3 gene_id:256979|Hs108|chr7              (357 aa)
 initn: 511 init1: 330 opt: 533  Z-score: 496.4  bits: 100.7 E(32554): 2.5e-21
Smith-Waterman score: 533; 36.4% identity (68.6% similar) in 239 aa overlap (192-422:116-351)

             170       180       190       200       210       220 
pF1KB7 CSIRFLFTAVSLLSLFLSAFWLGLLYLVSPLENEPKEMLTLSEYHERVRSQGQQLQQLQA
                                     :::. ...: : :  . ...    :.... 
CCDS34 AEYGSRLYKYQARLRMPKEQLELLKKESQNLENNFRQILFLIEQIDVLKAL---LRDMKD
          90       100       110       120       130          140  

             230           240          250       260       270    
pF1KB7 ELDKLHKEVS---TVRAAN-SERVAKLV---FQRLNEDFVRKPDYALSSVGASIDLQKTS
        .:. :.  .    :.  . .:.:..::   ...: :: :.  ::::.:.::::    ::
CCDS34 GMDNNHNWNTHGDPVEDPDHTEEVSNLVNYVLKKLREDQVEMADYALKSAGASIIEAGTS
            150       160       170       180       190       200  

          280       290       300       310       320       330    
pF1KB7 HDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPTVILEPHVFPGNCWAFEGDQGQVVIQLPGRVQLSDI
       ..: . ..  .:. ..: :.  :: .::.: :.::.:::: :.::...:.:  ..  . .
CCDS34 ESYKNNKAKLYWHGIGFLNHEMPPDIILQPDVYPGKCWAFPGSQGHTLIKLATKIIPTAV
            210       220       230       240       250       260  

          340       350       360        370       380       390   
pF1KB7 TLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVFGLQVYDE-TEVSLGKFTFDVEKSEIQTFHLQNDPP
       :..:   .:  .:. .:::..:.:.:.    :  :. ::.: ..   . .:::.::.   
CCDS34 TMEHISEKVSPSGNISSAPKEFSVYGITKKCEGEEIFLGQFIYNKTGTTVQTFELQHAVS
            270       280       290       300       310       320  

           400       410       420       430       
pF1KB7 AAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRVRAHGVRTSEGAEGSAQGPH
         .  ::..:.::::::..::::: :.::               
CCDS34 EYLLCVKLNIFSNWGHPKYTCLYRFRVHGTPGKHI         
            330       340       350                

>>CCDS55080.1 SUN1 gene_id:23353|Hs108|chr7               (682 aa)
 initn: 382 init1: 208 opt: 490  Z-score: 453.1  bits: 93.6 E(32554): 6.4e-19
Smith-Waterman score: 490; 30.4% identity (60.8% similar) in 332 aa overlap (102-422:354-678)

              80        90       100       110       120        130
pF1KB7 WAGSSQQKPAPRSHNWQTACGAATVRGGASEPTGSPVVSEEPLDLLPTLD-LRQEMPPPR
                                     : : . ..:    .::::.. :. :.   .
CCDS55 FHQEHEVRMSHLEDILGKLREKSEAIQKELEQTKQKTISAVGEQLLPTVEHLQLELDQLK
           330       340       350       360       370       380   

              140       150       160       170              180   
pF1KB7 VFKSFLSLLFQGLSVLLSLAGDVLVSMYREVCSIRFLFTA-------VSLLSLFLSAFWL
          :    .  :  .. ..   : :.. ::.  ...::.         .::. : : : .
CCDS55 SELSSWRHVKTGCETVDAVQERVDVQV-REM--VKLLFSEDQQGGSLEQLLQRFSSQF-V
           390       400       410          420       430          

           190       200       210       220        230       240  
pF1KB7 GLLYLVSPLENEPKEMLTLSEYHERVRSQGQQLQQLQAELDKLHKE-VSTVRAANSERVA
       .   : . :..   ..:    .:  :    .::   .: .. . .  .: .  :... ..
CCDS55 SKGDLQTMLRDLQLQILRNVTHHVSVT---KQLPTSEAVVSAVSEAGASGITEAQARAIV
     440       450       460          470       480       490      

            250       260       270       280       290       300  
pF1KB7 KLVFQRLNEDFVRKPDYALSSVGASIDLQKTSHDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPTVIL
       . ...  ..: .   :.:: : :.::   . :. :  ... .    . .: ... : :..
CCDS55 NSALKLYSQDKTGMVDFALESGGGSILSTRCSETYETKTALMSLFGIPLWYFSQSPRVVI
        500       510       520       530       540       550      

            310       320       330       340       350       360  
pF1KB7 EPHVFPGNCWAFEGDQGQVVIQLPGRVQLSDITLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVFGLQ
       .: ..:::::::.:.:: .:..:   .. . .::.: : ..  ::. .:::.::::.::.
CCDS55 QPDIYPGNCWAFKGSQGYLVVRLSMMIHPAAFTLEHIPKTLSPTGNISSAPKDFAVYGLE
        560       570       580       590       600       610      

             370       380       390        400       410       420
pF1KB7 V-YDETEVSLGKFTFDVEKSEIQTFHLQNDPP-AAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRVRA
         :.:    ::.::.: .   .: :.  . :  .::  :...:.::::::..::::: :.
CCDS55 NEYQEEGQLLGQFTYDQDGESLQMFQALKRPDDTAFQIVELRIFSNWGHPEYTCLYRFRV
        620       630       640       650       660       670      

              430       
pF1KB7 HGVRTSEGAEGSAQGPH
       ::               
CCDS55 HGEPVK           
        680             

>>CCDS43533.1 SUN1 gene_id:23353|Hs108|chr7               (702 aa)
 initn: 409 init1: 208 opt: 490  Z-score: 453.0  bits: 93.6 E(32554): 6.6e-19
Smith-Waterman score: 490; 30.4% identity (60.8% similar) in 332 aa overlap (102-422:374-698)

              80        90       100       110       120        130
pF1KB7 WAGSSQQKPAPRSHNWQTACGAATVRGGASEPTGSPVVSEEPLDLLPTLD-LRQEMPPPR
                                     : : . ..:    .::::.. :. :.   .
CCDS43 FHQEHEVRMSHLEDILGKLREKSEAIQKELEQTKQKTISAVGEQLLPTVEHLQLELDQLK
           350       360       370       380       390       400   

              140       150       160       170              180   
pF1KB7 VFKSFLSLLFQGLSVLLSLAGDVLVSMYREVCSIRFLFTA-------VSLLSLFLSAFWL
          :    .  :  .. ..   : :.. ::.  ...::.         .::. : : : .
CCDS43 SELSSWRHVKTGCETVDAVQERVDVQV-REM--VKLLFSEDQQGGSLEQLLQRFSSQF-V
           410       420       430          440       450          

           190       200       210       220        230       240  
pF1KB7 GLLYLVSPLENEPKEMLTLSEYHERVRSQGQQLQQLQAELDKLHKE-VSTVRAANSERVA
       .   : . :..   ..:    .:  :    .::   .: .. . .  .: .  :... ..
CCDS43 SKGDLQTMLRDLQLQILRNVTHHVSVT---KQLPTSEAVVSAVSEAGASGITEAQARAIV
     460       470       480          490       500       510      

            250       260       270       280       290       300  
pF1KB7 KLVFQRLNEDFVRKPDYALSSVGASIDLQKTSHDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPTVIL
       . ...  ..: .   :.:: : :.::   . :. :  ... .    . .: ... : :..
CCDS43 NSALKLYSQDKTGMVDFALESGGGSILSTRCSETYETKTALMSLFGIPLWYFSQSPRVVI
        520       530       540       550       560       570      

            310       320       330       340       350       360  
pF1KB7 EPHVFPGNCWAFEGDQGQVVIQLPGRVQLSDITLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVFGLQ
       .: ..:::::::.:.:: .:..:   .. . .::.: : ..  ::. .:::.::::.::.
CCDS43 QPDIYPGNCWAFKGSQGYLVVRLSMMIHPAAFTLEHIPKTLSPTGNISSAPKDFAVYGLE
        580       590       600       610       620       630      

             370       380       390        400       410       420
pF1KB7 V-YDETEVSLGKFTFDVEKSEIQTFHLQNDPP-AAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRVRA
         :.:    ::.::.: .   .: :.  . :  .::  :...:.::::::..::::: :.
CCDS43 NEYQEEGQLLGQFTYDQDGESLQMFQALKRPDDTAFQIVELRIFSNWGHPEYTCLYRFRV
        640       650       660       670       680       690      

              430       
pF1KB7 HGVRTSEGAEGSAQGPH
       ::               
CCDS43 HGEPVK           
        700             

>>CCDS47525.1 SUN1 gene_id:23353|Hs108|chr7               (785 aa)
 initn: 409 init1: 208 opt: 490  Z-score: 452.3  bits: 93.7 E(32554): 7.2e-19
Smith-Waterman score: 490; 30.4% identity (60.8% similar) in 332 aa overlap (102-422:457-781)

              80        90       100       110       120        130
pF1KB7 WAGSSQQKPAPRSHNWQTACGAATVRGGASEPTGSPVVSEEPLDLLPTLD-LRQEMPPPR
                                     : : . ..:    .::::.. :. :.   .
CCDS47 FHQEHEVRMSHLEDILGKLREKSEAIQKELEQTKQKTISAVGEQLLPTVEHLQLELDQLK
        430       440       450       460       470       480      

              140       150       160       170              180   
pF1KB7 VFKSFLSLLFQGLSVLLSLAGDVLVSMYREVCSIRFLFTA-------VSLLSLFLSAFWL
          :    .  :  .. ..   : :.. ::.  ...::.         .::. : : : .
CCDS47 SELSSWRHVKTGCETVDAVQERVDVQV-REM--VKLLFSEDQQGGSLEQLLQRFSSQF-V
        490       500       510          520       530       540   

           190       200       210       220        230       240  
pF1KB7 GLLYLVSPLENEPKEMLTLSEYHERVRSQGQQLQQLQAELDKLHKE-VSTVRAANSERVA
       .   : . :..   ..:    .:  :    .::   .: .. . .  .: .  :... ..
CCDS47 SKGDLQTMLRDLQLQILRNVTHHVSVT---KQLPTSEAVVSAVSEAGASGITEAQARAIV
            550       560          570       580       590         

            250       260       270       280       290       300  
pF1KB7 KLVFQRLNEDFVRKPDYALSSVGASIDLQKTSHDYADRNTAYFWNRFSFWNYARPPTVIL
       . ...  ..: .   :.:: : :.::   . :. :  ... .    . .: ... : :..
CCDS47 NSALKLYSQDKTGMVDFALESGGGSILSTRCSETYETKTALMSLFGIPLWYFSQSPRVVI
     600       610       620       630       640       650         

            310       320       330       340       350       360  
pF1KB7 EPHVFPGNCWAFEGDQGQVVIQLPGRVQLSDITLQHPPPSVEHTGGANSAPRDFAVFGLQ
       .: ..:::::::.:.:: .:..:   .. . .::.: : ..  ::. .:::.::::.::.
CCDS47 QPDIYPGNCWAFKGSQGYLVVRLSMMIHPAAFTLEHIPKTLSPTGNISSAPKDFAVYGLE
     660       670       680       690       700       710         

             370       380       390        400       410       420
pF1KB7 V-YDETEVSLGKFTFDVEKSEIQTFHLQNDPP-AAFPKVKIQILSNWGHPRFTCLYRVRA
         :.:    ::.::.: .   .: :.  . :  .::  :...:.::::::..::::: :.
CCDS47 NEYQEEGQLLGQFTYDQDGESLQMFQALKRPDDTAFQIVELRIFSNWGHPEYTCLYRFRV
     720       730       740       750       760       770         

              430       
pF1KB7 HGVRTSEGAEGSAQGPH
       ::               
CCDS47 HGEPVK           
     780                




437 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 05:41:38 2016 done: Fri Nov  4 05:41:38 2016
 Total Scan time:  3.200 Total Display time:  0.030

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com