Result of FASTA (ccds) for pF1KB7062
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7062, 664 aa
  1>>>pF1KB7062 664 - 664 aa - 664 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0078+/-0.00134; mu= 16.3018+/- 0.080
 mean_var=100.2993+/-20.554, 0's: 0 Z-trim(102.1): 106  B-trim: 0 in 0/49
 Lambda= 0.128063
 statistics sampled from 6715 (6820) to 6715 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.55), E-opt: 0.2 (0.209), width:  16
 Scan time:  3.500

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS6350.1 RNF139 gene_id:11236|Hs108|chr8         ( 664) 4406 825.7       0
CCDS56390.1 RNF145 gene_id:153830|Hs108|chr5       ( 663)  782 156.1 1.5e-37
CCDS56391.1 RNF145 gene_id:153830|Hs108|chr5       ( 677)  782 156.1 1.5e-37
CCDS56392.1 RNF145 gene_id:153830|Hs108|chr5       ( 680)  782 156.1 1.5e-37
CCDS4344.1 RNF145 gene_id:153830|Hs108|chr5        ( 691)  782 156.1 1.5e-37
CCDS56393.1 RNF145 gene_id:153830|Hs108|chr5       ( 693)  782 156.1 1.5e-37


>>CCDS6350.1 RNF139 gene_id:11236|Hs108|chr8              (664 aa)
 initn: 4406 init1: 4406 opt: 4406  Z-score: 4406.3  bits: 825.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4406; 100.0% identity (100.0% similar) in 664 aa overlap (1-664:1-664)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MAAVGPPQQQVRMAHQQVWAALEVALRVPCLYIIDAIFNSYPDSSQSRFCIVLQIFLRLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 MAAVGPPQQQVRMAHQQVWAALEVALRVPCLYIIDAIFNSYPDSSQSRFCIVLQIFLRLF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 GVFASSIVLILSQRSLFKFYTYSSAFLLAATSVLVNYYASLHIDFYGAYNTSAFGIELLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 GVFASSIVLILSQRSLFKFYTYSSAFLLAATSVLVNYYASLHIDFYGAYNTSAFGIELLP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 RKGPSLWMALIVLQLTFGIGYVTLLQIHSIYSQLIILDLLVPVIGLITELPLHIRETLLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 RKGPSLWMALIVLQLTFGIGYVTLLQIHSIYSQLIILDLLVPVIGLITELPLHIRETLLF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 TSSLILTLNTVFVLAVKLKWFYYSTRYVYLLVRHMYRIYGLQLLMEDTWKRIRFPDILRV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 TSSLILTLNTVFVLAVKLKWFYYSTRYVYLLVRHMYRIYGLQLLMEDTWKRIRFPDILRV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 FWLTRVTAQATVLMYILRMANETDSFFISWDDFWDLICNLIISGCDSTLTVLGMSAVISS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 FWLTRVTAQATVLMYILRMANETDSFFISWDDFWDLICNLIISGCDSTLTVLGMSAVISS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 VAHYLGLGILAFIGSTEEDDRRLGFVAPVLFFILALQTGLSGLRPEERLIRLSRNMCLLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 VAHYLGLGILAFIGSTEEDDRRLGFVAPVLFFILALQTGLSGLRPEERLIRLSRNMCLLL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 TAVLHFIHGMTDPVLMSLSASHVSSFRRHFPVLFVSACLFILPVLLSYVLWHHYALNTWL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 TAVLHFIHGMTDPVLMSLSASHVSSFRRHFPVLFVSACLFILPVLLSYVLWHHYALNTWL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 FAVTAFCVELCLKVIVSLTVYTLFMIDGYYNVLWEKLDDYVYYVRSTGSIIEFIFGVVMF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 FAVTAFCVELCLKVIVSLTVYTLFMIDGYYNVLWEKLDDYVYYVRSTGSIIEFIFGVVMF
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB7 GNGAYTMMFESGSKIRAFMMCLHAYFNIYLQAKNGWKTFMNRRTAVKKINSLPEIKGSRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 GNGAYTMMFESGSKIRAFMMCLHAYFNIYLQAKNGWKTFMNRRTAVKKINSLPEIKGSRL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB7 QEINDVCAICYHEFTTSARITPCNHYFHALCLRKWLYIQDTCPMCHQKVYIEDDIKDNSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 QEINDVCAICYHEFTTSARITPCNHYFHALCLRKWLYIQDTCPMCHQKVYIEDDIKDNSN
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB7 VSNNNGFIPPNETPEEAVREAAAESDRELNEDDSTDCDDDVQRERNGVIQHTGAAAEEFN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 VSNNNGFIPPNETPEEAVREAAAESDRELNEDDSTDCDDDVQRERNGVIQHTGAAAEEFN
              610       620       630       640       650       660

           
pF1KB7 DDTD
       ::::
CCDS63 DDTD
           

>>CCDS56390.1 RNF145 gene_id:153830|Hs108|chr5            (663 aa)
 initn: 626 init1: 478 opt: 782  Z-score: 787.8  bits: 156.1 E(32554): 1.5e-37
Smith-Waterman score: 824; 28.9% identity (60.8% similar) in 599 aa overlap (14-586:3-575)

               10        20        30                40        50  
pF1KB7 MAAVGPPQQQVRMAHQQVWAALEVALRVPCLYIIDAI--------FNSYPDSSQSRFCIV
                    :.... :.:.:::::: ....:..        :..   :: :   . 
CCDS56            MAAKEKLEAVLNVALRVPSIMLLDVLYRWDVSSFFQQIQRSSLSNNPLF
                          10        20        30        40         

                 60        70        80         90       100       
pF1KB7 LQIFLRL----FGVFASSIVLILSQRSLFKFYTYS-SAFLLAATSVLVNYYASLHIDFYG
          .: :     : . : ..: : .. : ..: :  .:.:: :   .   :.  ...:  
CCDS56 QYKYLALNMHYVGYILSVVLLTLPRQHLVQLYLYFLTALLLYAGHQISRDYVRSELEF--
      50        60        70        80        90       100         

       110        120       130       140       150       160      
pF1KB7 AYNTSAFGIEL-LPRKGPSLWMALIVLQLTFGIGYVTLLQIHSIYSQLIILDLLVPVIGL
       ::.   .   : . :   .:   :.:  :   .  .  . . : .        ..:... 
CCDS56 AYEGPMYLEPLSMNRFTTALIGQLVVCTLCSCVMKTKQIWLFSAH--------MLPLLAR
       110       120       130       140       150                 

        170       180          190       200       210       220   
pF1KB7 ITELPLHIRETLLFTS--SLILT-LNTVFVLAVKLKWFYYSTRYVYLLVRHMYRIYGLQL
       .  .::   ::... .  ..:.: :.... :. .:   :  .. .:  . .. ..:::  
CCDS56 LCLVPL---ETIVIINKFAMIFTGLEVLYFLGSNLLVPYNLAKSAYRELVQVVEVYGLLA
     160          170       180       190       200       210      

           230       240       250       260       270       280   
pF1KB7 LMEDTWKRIRFPDILRVFWLTRVTAQATVLMYILRMANETDSFFISWDDFWDLICNLIIS
       :  . :...  : .. ::::.  . :  .  :.      : .   : . .  :. . :  
CCDS56 LGMSLWNQLVVPVLFMVFWLVLFALQ--IYSYF-----STRDQPASRERLLFLFLTSIAE
        220       230       240              250       260         

           290       300              310       320       330      
pF1KB7 GCDSTLTVLGMSAVISSVA-------HYLGLGILAFIGSTEEDDRRLGFVAPVLFFILAL
        :..  ..::.  ..: ::       ..   :  ::...   .    :..  : ..:::.
CCDS56 CCSTPYSLLGLVFTVSFVALGVLTLCKFYLQGYRAFMNDPAMNR---GMTEGVTLLILAV
     270       280       290       300       310          320      

        340       350       360       370       380       390      
pF1KB7 QTGLSGLRPEERLIRLSRNMCLLLTAVLHFIHGMTDPVLMSLSASHVSSFRRHFPVLFVS
       ::::  :.  .: . ::  . ......:. .  ..::....:.::. .:. .:: .  ::
CCDS56 QTGLIELQVVHRAFLLSIILFIVVASILQSMLEIADPIVLALGASRDKSLWKHFRA--VS
        330       340       350       360       370       380      

        400         410       420       430       440       450    
pF1KB7 ACLFIL--PVLLSYVLWHHYALNTWLFAVTAFCVELCLKVIVSLTVYTLFMIDGYYNVLW
        :::.:  :. ..:.. . . .. ::. . .  .   :.:. .: .:.:::.. . .   
CCDS56 LCLFLLVFPAYMAYMICQFFHMDFWLLIIISSSILTSLQVLGTLFIYVLFMVEEFRKEPV
          390       400       410       420       430       440    

          460       470       480       490       500       510    
pF1KB7 EKLDDYVYYVRSTGSIIEFIFGVVMFGNGAYTMMFESGSKIRAFMMCLHAYFNIYLQAKN
       :..:: .::: .:  ..::. .. . . :.   .:   . . .... .:.:.:..:.:. 
CCDS56 ENMDDVIYYVNGTYRLLEFLVALCVVAYGVSETIFGEWTVMGSMIIFIHSYYNVWLRAQL
          450       460       470       480       490       500    

          520       530       540       550       560       570    
pF1KB7 GWKTFMNRRTAVKKINSLPEIKGSRLQEINDVCAICYHEFTTSARITPCNHYFHALCLRK
       :::.:. :: ::.::.:::     .:.. ::.:::::...  :: ::::.:.::: ::.:
CCDS56 GWKSFLLRRDAVNKIKSLPIATKEQLEKHNDICAICYQDMK-SAVITPCSHFFHAGCLKK
          510       520       530       540        550       560   

          580       590       600       610       620       630    
pF1KB7 WLYIQDTCPMCHQKVYIEDDIKDNSNVSNNNGFIPPNETPEEAVREAAAESDRELNEDDS
       :::.:.:::.::                                                
CCDS56 WLYVQETCPLCHCHLKNSSQLPGLGTEPVLQPHAGAEQNVMFQEGTEPPGQEHTPGTRIQ
           570       580       590       600       610       620   

>>CCDS56391.1 RNF145 gene_id:153830|Hs108|chr5            (677 aa)
 initn: 626 init1: 478 opt: 782  Z-score: 787.6  bits: 156.1 E(32554): 1.5e-37
Smith-Waterman score: 824; 28.9% identity (60.8% similar) in 599 aa overlap (14-586:17-589)

                  10        20        30                40         
pF1KB7    MAAVGPPQQQVRMAHQQVWAALEVALRVPCLYIIDAI--------FNSYPDSSQSRF
                       :.... :.:.:::::: ....:..        :..   :: :  
CCDS56 MVFSKKKKKKKKNNMAAKEKLEAVLNVALRVPSIMLLDVLYRWDVSSFFQQIQRSSLSNN
               10        20        30        40        50        60

      50            60        70        80         90       100    
pF1KB7 CIVLQIFLRL----FGVFASSIVLILSQRSLFKFYTYS-SAFLLAATSVLVNYYASLHID
        .    .: :     : . : ..: : .. : ..: :  .:.:: :   .   :.  ...
CCDS56 PLFQYKYLALNMHYVGYILSVVLLTLPRQHLVQLYLYFLTALLLYAGHQISRDYVRSELE
               70        80        90       100       110       120

          110        120       130       140       150       160   
pF1KB7 FYGAYNTSAFGIEL-LPRKGPSLWMALIVLQLTFGIGYVTLLQIHSIYSQLIILDLLVPV
       :  ::.   .   : . :   .:   :.:  :   .  .  . . : .        ..:.
CCDS56 F--AYEGPMYLEPLSMNRFTTALIGQLVVCTLCSCVMKTKQIWLFSAH--------MLPL
                130       140       150       160               170

           170       180          190       200       210       220
pF1KB7 IGLITELPLHIRETLLFTS--SLILT-LNTVFVLAVKLKWFYYSTRYVYLLVRHMYRIYG
       .. .  .::   ::... .  ..:.: :.... :. .:   :  .. .:  . .. ..::
CCDS56 LARLCLVPL---ETIVIINKFAMIFTGLEVLYFLGSNLLVPYNLAKSAYRELVQVVEVYG
                 180       190       200       210       220       

              230       240       250       260       270       280
pF1KB7 LQLLMEDTWKRIRFPDILRVFWLTRVTAQATVLMYILRMANETDSFFISWDDFWDLICNL
       :  :  . :...  : .. ::::.  . :  .  :.      : .   : . .  :. . 
CCDS56 LLALGMSLWNQLVVPVLFMVFWLVLFALQ--IYSYF-----STRDQPASRERLLFLFLTS
       230       240       250         260            270       280

              290       300              310       320       330   
pF1KB7 IISGCDSTLTVLGMSAVISSVA-------HYLGLGILAFIGSTEEDDRRLGFVAPVLFFI
       :   :..  ..::.  ..: ::       ..   :  ::...   .    :..  : ..:
CCDS56 IAECCSTPYSLLGLVFTVSFVALGVLTLCKFYLQGYRAFMNDPAMNR---GMTEGVTLLI
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CCDS56 LAVQTGLIELQVVHRAFLLSIILFIVVASILQSMLEIADPIVLALGASRDKSLWKHFRA-
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        :: :::.:  :. ..:.. . . .. ::. . .  .   :.:. .: .:.:::.. . .
CCDS56 -VSLCLFLLVFPAYMAYMICQFFHMDFWLLIIISSSILTSLQVLGTLFIYVLFMVEEFRK
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CCDS56 SNNPLFQYKYLALNMHYVGYILSVVLLTLPRQHLVQLYLYFLTALLLYAGHQISRDYVRS
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CCDS56 LPLLARLCLVPL---ETIVIINKFAMIFTGLEVLYFLGSNLLVPYNLAKSAYRELVQVVE
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CCDS56 VYGLLALGMSLWNQLVVPVLFMVFWLVLFALQ--IYSYF-----STRDQPASRERLLFLF
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CCDS56 LTSIAECCSTPYSLLGLVFTVSFVALGVLTLCKFYLQGYRAFMNDPAMNR---GMTEGVT
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CCDS56 LLILAVQTGLIELQVVHRAFLLSIILFIVVASILQSMLEIADPIVLALGASRDKSLWKHF
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pF1KB7 PVLFVSACLFIL--PVLLSYVLWHHYALNTWLFAVTAFCVELCLKVIVSLTVYTLFMIDG
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CCDS56 RA--VSLCLFLLVFPAYMAYMICQFFHMDFWLLIIISSSILTSLQVLGTLFIYVLFMVEE
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pF1KB7 YYNVLWEKLDDYVYYVRSTGSIIEFIFGVVMFGNGAYTMMFESGSKIRAFMMCLHAYFNI
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CCDS56 FRKEPVENMDDVIYYVNGTYRLLEFLVALCVVAYGVSETIFGEWTVMGSMIIFIHSYYNV
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pF1KB7 YLQAKNGWKTFMNRRTAVKKINSLPEIKGSRLQEINDVCAICYHEFTTSARITPCNHYFH
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CCDS43 SFFQQIQRSSLSNNPLFQYKYLALNMHYVGYILSVVLLTLPRQHLVQLYLYFLTALLLYA
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CCDS43 GHQISRDYVRSELEF--AYEGPMYLEPLSMNRFTTALIGQLVVCTLCSCVMKTKQIWLFS
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pF1KB7 IYSQLIILDLLVPVIGLITELPLHIRETLLFTS--SLILT-LNTVFVLAVKLKWFYYSTR
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CCDS43 AH--------MLPLLARLCLVPL---ETIVIINKFAMIFTGLEVLYFLGSNLLVPYNLAK
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pF1KB7 YVYLLVRHMYRIYGLQLLMEDTWKRIRFPDILRVFWLTRVTAQATVLMYILRMANETDSF
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CCDS43 SAYRELVQVVEVYGLLALGMSLWNQLVVPVLFMVFWLVLFALQ--IYSYF-----STRDQ
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CCDS43 PASRERLLFLFLTSIAECCSTPYSLLGLVFTVSFVALGVLTLCKFYLQGYRAFMNDPAMN
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CCDS43 R---GMTEGVTLLILAVQTGLIELQVVHRAFLLSIILFIVVASILQSMLEIADPIVLALG
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CCDS43 ASRDKSLWKHFRA--VSLCLFLLVFPAYMAYMICQFFHMDFWLLIIISSSILTSLQVLGT
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CCDS43 LFIYVLFMVEEFRKEPVENMDDVIYYVNGTYRLLEFLVALCVVAYGVSETIFGEWTVMGS
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>>CCDS56393.1 RNF145 gene_id:153830|Hs108|chr5            (693 aa)
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CCDS56 RDRISPSNSPTWSLQVFSKKKKKKKKNNMAAKEKLEAVLNVALRVPSIMLLDVLYRWDVS
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CCDS56 SFFQQIQRSSLSNNPLFQYKYLALNMHYVGYILSVVLLTLPRQHLVQLYLYFLTALLLYA
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