Result of FASTA (omim) for pF1KB4677
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4677, 971 aa
  1>>>pF1KB4677 971 - 971 aa - 971 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3973+/-0.000506; mu= 21.0613+/- 0.031
 mean_var=71.2708+/-14.749, 0's: 0 Z-trim(107.3): 43  B-trim: 159 in 1/49
 Lambda= 0.151921
 statistics sampled from 15367 (15388) to 15367 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.52), E-opt: 0.2 (0.18), width:  16
 Scan time: 13.370

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_001307 (OMIM: 601342) exportin-2 isoform 1 [Hom ( 971) 6316 1394.7       0
XP_011526901 (OMIM: 601342) PREDICTED: exportin-2  ( 945) 6146 1357.4       0
NP_001243064 (OMIM: 601342) exportin-2 isoform 2 [ ( 915) 4305 953.9       0
NP_006382 (OMIM: 605586) importin-7 [Homo sapiens] (1038)  362 89.8 8.2e-17
XP_016874182 (OMIM: 605600) PREDICTED: importin-8  ( 532)  258 66.8 3.5e-10
NP_006381 (OMIM: 605600) importin-8 isoform 1 [Hom (1037)  260 67.4 4.4e-10
NP_057422 (OMIM: 610889) importin-11 isoform 2 [Ho ( 975)  231 61.0 3.4e-08
NP_001128251 (OMIM: 610889) importin-11 isoform 1  (1015)  231 61.0 3.6e-08
XP_016874180 (OMIM: 605600) PREDICTED: importin-8  (1020)  230 60.8 4.1e-08
XP_016874181 (OMIM: 605600) PREDICTED: importin-8  ( 975)  206 55.5 1.5e-06
XP_016864947 (OMIM: 602901) PREDICTED: transportin ( 858)  172 48.1 0.00024
NP_694858 (OMIM: 602901) transportin-1 isoform 2 [ ( 890)  172 48.1 0.00025
XP_005248557 (OMIM: 602901) PREDICTED: transportin ( 890)  172 48.1 0.00025
XP_005248558 (OMIM: 602901) PREDICTED: transportin ( 866)  170 47.6 0.00033
NP_002261 (OMIM: 602901) transportin-1 isoform 1 [ ( 898)  170 47.6 0.00034


>>NP_001307 (OMIM: 601342) exportin-2 isoform 1 [Homo sa  (971 aa)
 initn: 6316 init1: 6316 opt: 6316  Z-score: 7475.9  bits: 1394.7 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6316; 100.0% identity (100.0% similar) in 971 aa overlap (1-971:1-971)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MELSDANLQTLTEYLKKTLDPDPAIRRPAEKFLESVEGNQNYPLLLLTLLEKSQDNVIKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MELSDANLQTLTEYLKKTLDPDPAIRRPAEKFLESVEGNQNYPLLLLTLLEKSQDNVIKV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 CASVTFKNYIKRNWRIVEDEPNKICEADRVAIKANIVHLMLSSPEQIQKQLSDAISIIGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CASVTFKNYIKRNWRIVEDEPNKICEADRVAIKANIVHLMLSSPEQIQKQLSDAISIIGR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 EDFPQKWPDLLTEMVNRFQSGDFHVINGVLRTAHSLFKRYRHEFKSNELWTEIKLVLDAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EDFPQKWPDLLTEMVNRFQSGDFHVINGVLRTAHSLFKRYRHEFKSNELWTEIKLVLDAF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 ALPLTNLFKATIELCSTHANDASALRILFSSLILISKLFYSLNFQDLPEFFEDNMETWMN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ALPLTNLFKATIELCSTHANDASALRILFSSLILISKLFYSLNFQDLPEFFEDNMETWMN
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 NFHTLLTLDNKLLQTDDEEEAGLLELLKSQICDNAALYAQKYDEEFQRYLPRFVTAIWNL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NFHTLLTLDNKLLQTDDEEEAGLLELLKSQICDNAALYAQKYDEEFQRYLPRFVTAIWNL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 LVTTGQEVKYDLLVSNAIQFLASVCERPHYKNLFEDQNTLTSICEKVIVPNMEFRAADEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LVTTGQEVKYDLLVSNAIQFLASVCERPHYKNLFEDQNTLTSICEKVIVPNMEFRAADEE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 AFEDNSEEYIRRDLEGSDIDTRRRAACDLVRGLCKFFEGPVTGIFSGYVNSMLQEYAKNP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AFEDNSEEYIRRDLEGSDIDTRRRAACDLVRGLCKFFEGPVTGIFSGYVNSMLQEYAKNP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 SVNWKHKDAAIYLVTSLASKAQTQKHGITQANELVNLTEFFVNHILPDLKSANVNEFPVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SVNWKHKDAAIYLVTSLASKAQTQKHGITQANELVNLTEFFVNHILPDLKSANVNEFPVL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 KADGIKYIMIFRNQVPKEHLLVSIPLLINHLQAESIVVHTYAAHALERLFTMRGPNNATL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KADGIKYIMIFRNQVPKEHLLVSIPLLINHLQAESIVVHTYAAHALERLFTMRGPNNATL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB4 FTAAEIAPFVEILLTNLFKALTLPGSSENEYIMKAIMRSFSLLQEAIIPYIPTLITQLTQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FTAAEIAPFVEILLTNLFKALTLPGSSENEYIMKAIMRSFSLLQEAIIPYIPTLITQLTQ
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB4 KLLAVSKNPSKPHFNHYMFEAICLSIRITCKANPAAVVNFEEALFLVFTEILQNDVQEFI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KLLAVSKNPSKPHFNHYMFEAICLSIRITCKANPAAVVNFEEALFLVFTEILQNDVQEFI
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB4 PYVFQVMSLLLETHKNDIPSSYMALFPHLLQPVLWERTGNIPALVRLLQAFLERGSNTIA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PYVFQVMSLLLETHKNDIPSSYMALFPHLLQPVLWERTGNIPALVRLLQAFLERGSNTIA
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB4 SAAADKIPGLLGVFQKLIASKANDHQGFYLLNSIIEHMPPESVDQYRKQIFILLFQRLQN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAAADKIPGLLGVFQKLIASKANDHQGFYLLNSIIEHMPPESVDQYRKQIFILLFQRLQN
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB4 SKTTKFIKSFLVFINLYCIKYGALALQEIFDGIQPKMFGMVLEKIIIPEIQKVSGNVEKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SKTTKFIKSFLVFINLYCIKYGALALQEIFDGIQPKMFGMVLEKIIIPEIQKVSGNVEKK
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB4 ICAVGITKLLTECPPMMDTEYTKLWTPLLQSLIGLFELPEDDTIPDEEHFIDIEDTPGYQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ICAVGITKLLTECPPMMDTEYTKLWTPLLQSLIGLFELPEDDTIPDEEHFIDIEDTPGYQ
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB4 TAFSQLAFAGKKEHDPVGQMVNNPKIHLAQSLHKLSTACPGRVPSMVSTSLNAEALQYLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TAFSQLAFAGKKEHDPVGQMVNNPKIHLAQSLHKLSTACPGRVPSMVSTSLNAEALQYLQ
              910       920       930       940       950       960

              970 
pF1KB4 GYLQAASVTLL
       :::::::::::
NP_001 GYLQAASVTLL
              970 

>>XP_011526901 (OMIM: 601342) PREDICTED: exportin-2 isof  (945 aa)
 initn: 6146 init1: 6146 opt: 6146  Z-score: 7274.7  bits: 1357.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6146; 100.0% identity (100.0% similar) in 942 aa overlap (1-942:1-942)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MELSDANLQTLTEYLKKTLDPDPAIRRPAEKFLESVEGNQNYPLLLLTLLEKSQDNVIKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MELSDANLQTLTEYLKKTLDPDPAIRRPAEKFLESVEGNQNYPLLLLTLLEKSQDNVIKV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 CASVTFKNYIKRNWRIVEDEPNKICEADRVAIKANIVHLMLSSPEQIQKQLSDAISIIGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CASVTFKNYIKRNWRIVEDEPNKICEADRVAIKANIVHLMLSSPEQIQKQLSDAISIIGR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 EDFPQKWPDLLTEMVNRFQSGDFHVINGVLRTAHSLFKRYRHEFKSNELWTEIKLVLDAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EDFPQKWPDLLTEMVNRFQSGDFHVINGVLRTAHSLFKRYRHEFKSNELWTEIKLVLDAF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 ALPLTNLFKATIELCSTHANDASALRILFSSLILISKLFYSLNFQDLPEFFEDNMETWMN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ALPLTNLFKATIELCSTHANDASALRILFSSLILISKLFYSLNFQDLPEFFEDNMETWMN
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 NFHTLLTLDNKLLQTDDEEEAGLLELLKSQICDNAALYAQKYDEEFQRYLPRFVTAIWNL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NFHTLLTLDNKLLQTDDEEEAGLLELLKSQICDNAALYAQKYDEEFQRYLPRFVTAIWNL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 LVTTGQEVKYDLLVSNAIQFLASVCERPHYKNLFEDQNTLTSICEKVIVPNMEFRAADEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LVTTGQEVKYDLLVSNAIQFLASVCERPHYKNLFEDQNTLTSICEKVIVPNMEFRAADEE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 AFEDNSEEYIRRDLEGSDIDTRRRAACDLVRGLCKFFEGPVTGIFSGYVNSMLQEYAKNP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AFEDNSEEYIRRDLEGSDIDTRRRAACDLVRGLCKFFEGPVTGIFSGYVNSMLQEYAKNP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 SVNWKHKDAAIYLVTSLASKAQTQKHGITQANELVNLTEFFVNHILPDLKSANVNEFPVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SVNWKHKDAAIYLVTSLASKAQTQKHGITQANELVNLTEFFVNHILPDLKSANVNEFPVL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 KADGIKYIMIFRNQVPKEHLLVSIPLLINHLQAESIVVHTYAAHALERLFTMRGPNNATL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KADGIKYIMIFRNQVPKEHLLVSIPLLINHLQAESIVVHTYAAHALERLFTMRGPNNATL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB4 FTAAEIAPFVEILLTNLFKALTLPGSSENEYIMKAIMRSFSLLQEAIIPYIPTLITQLTQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FTAAEIAPFVEILLTNLFKALTLPGSSENEYIMKAIMRSFSLLQEAIIPYIPTLITQLTQ
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB4 KLLAVSKNPSKPHFNHYMFEAICLSIRITCKANPAAVVNFEEALFLVFTEILQNDVQEFI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KLLAVSKNPSKPHFNHYMFEAICLSIRITCKANPAAVVNFEEALFLVFTEILQNDVQEFI
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB4 PYVFQVMSLLLETHKNDIPSSYMALFPHLLQPVLWERTGNIPALVRLLQAFLERGSNTIA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PYVFQVMSLLLETHKNDIPSSYMALFPHLLQPVLWERTGNIPALVRLLQAFLERGSNTIA
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB4 SAAADKIPGLLGVFQKLIASKANDHQGFYLLNSIIEHMPPESVDQYRKQIFILLFQRLQN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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XP_011 SKTTKFIKSFLVFINLYCIKYGALALQEIFDGIQPKMFGMVLEKIIIPEIQKVSGNVEKK
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ICAVGITKLLTECPPMMDTEYTKLWTPLLQSLIGLFELPEDDTIPDEEHFIDIEDTPGYQ
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pF1KB4 TAFSQLAFAGKKEHDPVGQMVNNPKIHLAQSLHKLSTACPGRVPSMVSTSLNAEALQYLQ
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              970 
pF1KB4 GYLQAASVTLL

>>NP_001243064 (OMIM: 601342) exportin-2 isoform 2 [Homo  (915 aa)
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Smith-Waterman score: 5829; 94.2% identity (94.2% similar) in 971 aa overlap (1-971:1-915)

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NP_001 SVNWKHKDAAIYLVTSLASKAQTQKHGITQANELVNLTEFFVNHILPDLKSANVNEFPVL
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NP_001 KLLAVSKNPSKPHFNHYMFEAICLSIRITCKANPAAVVNFEEALFLVFTEILQNDVQEFI
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pF1KB4 PYVFQVMSLLLETHKNDIPSSYMALFPHLLQPVLWERTGNIPALVRLLQAFLERGSNTIA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PYVFQVMSLLLETHKNDIPSSYMALFPHLLQPVLWERTGNIPALVRLLQAFLERGSNTIA
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAAADKIPGLLGVFQKLIASKANDHQGFYLLNSIIEHMPPESVDQYRKQIFILLFQRLQN
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SKTTKFIKSFLVFINLYCIKYGALALQEIFDGIQPKMFGMVLEKIIIPEIQKVSGNVEKK
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pF1KB4 ICAVGITKLLTECPPMMDTEYTKLWTPLLQSLIGLFELPEDDTIPDEEHFIDIEDTPGYQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ICAVGITKLLTECPPMMDTEYTKLWTPLLQSLIGLFELPEDDTIPDEEHFIDIEDTPGYQ
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pF1KB4 TAFSQLAFAGKKEHDPVGQMVNNPKIHLAQSLHKLSTACPGRVPSMVSTSLNAEALQYLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TAFSQLAFAGKKEHDPVGQMVNNPKIHLAQSLHKLSTACPGRVPSMVSTSLNAEALQYLQ
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              970 
pF1KB4 GYLQAASVTLL
       :::::::::::
NP_001 GYLQAASVTLL
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>>NP_006382 (OMIM: 605586) importin-7 [Homo sapiens]      (1038 aa)
 initn: 302 init1: 120 opt: 362  Z-score: 422.8  bits: 89.8 E(85289): 8.2e-17
Smith-Waterman score: 460; 21.9% identity (52.3% similar) in 933 aa overlap (10-895:5-888)

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pF1KB4 MELSDANLQTLTEYLKKTLDPDPAIRRPAEKFLESVEGNQNYPLLLLTLLEKSQ-DNVIK
                :. : :. :.:  ::.:. ::. :. .. . :.   :: .  . : :  ..
NP_006      MDPNTIIEALRGTMD--PALREAAERQLNEAHKSLNFVSTLLQITMSEQLDLPVR
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pF1KB4 VCASVTFKNYIKRNWRIVEDEPNKIC-----EADRVAIKANIVHLMLSSPEQIQKQLSDA
         . . .::.: . :   :  :. :      : ::  :. :::. .. ::: :. ::.  
NP_006 QAGVIYLKNMITQYWPDRETAPGDISPYTIPEEDRHCIRENIVEAIIHSPELIRVQLTTC
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pF1KB4 ISIIGREDFPQKWPDLLTEMVNRFQSGDFHVINGVLRTAHSLFKRYRHEFKSNELWTEIK
       :  : ..:.:..:  .. ..   .:: .     :.:   ..: : :  :.:. :  . . 
NP_006 IHHIIKHDYPSRWTAIVDKIGFYLQSDNSACWLGILLCLYQLVKNY--EYKKPEERSPLV
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pF1KB4 LVLDAFALP-LTNLFKATIELCSTHANDASALRILFSSLILISKLFYSLNFQDLP-EFF-
        ... : :: : . :   :.: :    : :   .:... :.  :.::.:    :: :.. 
NP_006 AAMQHF-LPVLKDRF---IQLLS----DQSDQSVLIQKQIF--KIFYALVQYTLPLELIN
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pF1KB4 EDNMETWMNNFHTLLTLD--NKLLQT--DDEEEAGLLELLKSQICDNAALY---------
       ..:.  :.. ..:... :  :. ::.  ::. :    .  :  .   : :.         
NP_006 QQNLTEWIEILKTVVNRDVPNETLQVEEDDRPELPWWKCKKWALHILARLFERYGSPGNV
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pF1KB4 AQKYDEEFQRYLPRFVTAIWNLLVTTGQEVKYDLLVSNAI--QFLASVCER-PH---YKN
       ...:.:  . .:  :.... ..:. .  . :    ..  .  : :  . .   :   .::
NP_006 SKEYNEFAEVFLKAFAVGVQQVLLKVLYQYKEKQYMAPRVLQQTLNYINQGVSHALTWKN
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pF1KB4 LFEDQNTLTSICEKVIVPNMEFRAADEEAFEDNSEEYIRRDLEG-SDIDTRRRAACDLVR
       :   .  . .: . :: : : .  :::: ....  ::::  ..   :. .   ::  :. 
NP_006 L---KPHIQGIIQDVIFPLMCYTDADEELWQEDPYEYIRMKFDVFEDFISPTTAAQTLLF
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pF1KB4 GLCKFFEGPVTGIFSGYVNSMLQEYAKNPSVNWKHKDAAIYLVTSLASKAQTQKHGITQA
         :.  .  :     :.  ..: :    :... ..::.:.... :::     .:    : 
NP_006 TACSK-RKEVLQKTMGFCYQILTE----PNADPRKKDGALHMIGSLAEILLKKKIYKDQM
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pF1KB4 NELVNLTEFFVNHILPDLKSANVNEFPVLKADGIKYIMIFRNQVPK--EHLLVSIPLLIN
       . ...      ::..: ..:    :.  ..: .   .  : .   :  ..: ... :   
NP_006 EYMLQ------NHVFPLFSS----ELGYMRARACWVLHYFCEVKFKSDQNLQTALELTRR
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pF1KB4 HL-QAESIVVHTYAAHALERLFTMRGPNNATLFTAAEIAPFVEILLTNLFKALTLPGSSE
        : . . . :.. :: ::. :..  . ..:  .    :.::.. ..  :.. .     .:
NP_006 CLIDDREMPVKVEAAIALQVLIS--NQEKAKEY----ITPFIRPVMQALLHIIR---ETE
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pF1KB4 NEYIMKAIMRSFSLLQEAIIPYIPTLITQLTQKL-LAVSKNPSKPHFNHYMFEAI----C
       :. . ..:.. .   .: . :    .  .:.. .  ... .:..   .     :.     
NP_006 NDDLTNVIQKMICEYSEEVTPIAVEMTQHLAMTFNQVIQTGPDEEGSDDKAVTAMGILNT
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pF1KB4 LSIRITCKANPAAVVNFEEALFL-VFTEILQNDVQEFIPYVFQVMSLLLETHKNDIPSSY
       ..  ..   .   ...  :.. : :.  .::. : ::   .:   ::      ...  ..
NP_006 IDTLLSVVEDHKEITQQLEGICLQVIGTVLQQHVLEFYEEIF---SLAHSLTCQQVSPQM
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NP_001 LS---CVIERVNMQIRPYV------GCLVQYLPLLWKQSEEHNMLRCAILTTLIHLVQG-
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NP_001 LGADSKNLYPFLL-PVIQLSTDVSQPPHVYLLEDGLELWLVTLENSPC-ITPELLRIFQN
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NP_001 MSPLLELSSENLRTCFKIINGYIFLSSTEFLQTYAVGLCQSFCELLKEITTEGQVQVLKV
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NP_001 VEN--ALKVNPILGPQMFQPILPYVFKGIIEGERYPVVMSTYLGVMGRVL-LQNTSFFSS
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