Result of FASTA (ccds) for pF1KA0868
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA0868, 1331 aa
  1>>>pF1KA0868 1331 - 1331 aa - 1331 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0378+/-0.00137; mu= 19.5988+/- 0.082
 mean_var=104.7374+/-20.134, 0's: 0 Z-trim(103.1): 115  B-trim: 10 in 1/49
 Lambda= 0.125321
 statistics sampled from 7139 (7261) to 7139 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.566), E-opt: 0.2 (0.223), width:  16
 Scan time:  5.050

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS5889.1 CNTNAP2 gene_id:26047|Hs108|chr7        (1331) 9171 1670.5       0
CCDS46401.1 CNTNAP5 gene_id:129684|Hs108|chr2      (1306) 4421 811.7       0
CCDS73915.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16      (1308) 4253 781.3       0
CCDS6616.1 CNTNAP3 gene_id:79937|Hs108|chr9        (1288) 4107 754.9 3.2e-217
CCDS75836.1 CNTNAP3B gene_id:728577|Hs108|chr9     (1288) 4078 749.6 1.2e-215
CCDS11436.1 CNTNAP1 gene_id:8506|Hs108|chr17       (1384) 3322 613.0 1.8e-174
CCDS10924.2 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16      (1235) 2988 552.6 2.5e-156
CCDS82015.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16      (1260) 2988 552.6 2.5e-156
CCDS81831.1 NRXN3 gene_id:9369|Hs108|chr14         (1571)  540 110.0 5.1e-23
CCDS82450.1 NRXN1 gene_id:9378|Hs108|chr2          (1496)  519 106.2 6.8e-22
CCDS82449.1 NRXN1 gene_id:9378|Hs108|chr2          (1499)  519 106.2 6.8e-22
CCDS9870.1 NRXN3 gene_id:9369|Hs108|chr14          (1061)  382 81.3 1.5e-14
CCDS54360.1 NRXN1 gene_id:9378|Hs108|chr2          (1477)  376 80.4 4.1e-14
CCDS46282.1 NRXN1 gene_id:9378|Hs108|chr2          (1547)  354 76.4 6.7e-13
CCDS82451.1 NRXN1 gene_id:9378|Hs108|chr2          (1507)  353 76.2 7.4e-13
CCDS81918.1 MFGE8 gene_id:4240|Hs108|chr15         ( 343)  335 72.4 2.3e-12
CCDS10347.1 MFGE8 gene_id:4240|Hs108|chr15         ( 387)  335 72.5 2.5e-12
CCDS56363.1 EGFLAM gene_id:133584|Hs108|chr5       (1017)  339 73.6 3.2e-12
CCDS31597.1 NRXN2 gene_id:9379|Hs108|chr11         (1642)  326 71.4 2.3e-11
CCDS1281.1 F5 gene_id:2153|Hs108|chr1              (2224)  317 69.9   9e-11


>>CCDS5889.1 CNTNAP2 gene_id:26047|Hs108|chr7             (1331 aa)
 initn: 9171 init1: 9171 opt: 9171  Z-score: 8961.3  bits: 1670.5 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 9171; 100.0% identity (100.0% similar) in 1331 aa overlap (1-1331:1-1331)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA0 MQAAPRAGCGAALLLWIVSSCLCRAWTAPSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSISGSYSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MQAAPRAGCGAALLLWIVSSCLCRAWTAPSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSISGSYSP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA0 GYAKINKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYRMLYSDT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GYAKINKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYRMLYSDT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA0 GRNWKPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGLRIEVYG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GRNWKPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGLRIEVYG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA0 CSYWADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGDYITLEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 CSYWADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGDYITLEL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA0 KKAKLVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDRSMQHFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 KKAKLVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDRSMQHFR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA0 TNGEFDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRKKLEPSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TNGEFDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRKKLEPSN
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA0 VGNLSFSCVEPYTVPVFFNATSYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVFSHFADNLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 VGNLSFSCVEPYTVPVFFNATSYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVFSHFADNLG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA0 NVEIDLTESKVGVHINITQTKMSQIDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFAILTIDGDEAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 NVEIDLTESKVGVHINITQTKMSQIDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFAILTIDGDEAS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA0 AVRTNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSHSVLQPSFQGCMQLIQVDDQLVNLYEVAQRK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AVRTNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSHSVLQPSFQGCMQLIQVDDQLVNLYEVAQRK
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA0 PGSFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGATCHNSIYEPSCE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PGSFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGATCHNSIYEPSCE
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KA0 AYKHLGQTSNYYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSHDLQMQTPVVGYNPEKYSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AYKHLGQTSNYYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSHDLQMQTPVVGYNPEKYSV
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KA0 TQLVYSASMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDGSPYTWWVGKANEKHYYWGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TQLVYSASMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDGSPYTWWVGKANEKHYYWGG
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KA0 SGPGIQKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRKDAGFLSYKDHLPVSQVVVGDTDRQGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SGPGIQKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRKDAGFLSYKDHLPVSQVVVGDTDRQGS
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KA0 EAKLSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYFKTLTPWGVFLENM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EAKLSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYFKTLTPWGVFLENM
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KA0 GKEDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPTPLNDDQWHRVTAERNVKQASLQVDR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GKEDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPTPLNDDQWHRVTAERNVKQASLQVDR
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KA0 LPQQIRKAPTEGHTRLELYSQLFVGGAGGQQGFLGCIRSLRMNGVTLDLEERAKVTSGFI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LPQQIRKAPTEGHTRLELYSQLFVGGAGGQQGFLGCIRSLRMNGVTLDLEERAKVTSGFI
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KA0 SGCSGHCTSYGTNCENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDVGAFFEEGMWLRYNFQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SGCSGHCTSYGTNCENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDVGAFFEEGMWLRYNFQ
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KA0 APATNARDSSSRVDNAPDQQNSHPDLAQEEIRFSFSTTKAPCILLYISSFTTDFLAVLVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 APATNARDSSSRVDNAPDQQNSHPDLAQEEIRFSFSTTKAPCILLYISSFTTDFLAVLVK
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KA0 PTGSLQIRYNLGGTREPYNIDVDHRNMANGQPHSVNITRHEKTIFLKLDHYPSVSYHLPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PTGSLQIRYNLGGTREPYNIDVDHRNMANGQPHSVNITRHEKTIFLKLDHYPSVSYHLPS
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KA0 SSDTLFNSPKSLFLGKVIETGKIDQEIHKYNTPGFTGCLSRVQFNQIAPLKAALRQTNAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SSDTLFNSPKSLFLGKVIETGKIDQEIHKYNTPGFTGCLSRVQFNQIAPLKAALRQTNAS
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KA0 AHVHIQGELVESNCGASPLTLSPMSSATDPWHLDHLDSASADFPYNPGQGQAIRNGVNRN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AHVHIQGELVESNCGASPLTLSPMSSATDPWHLDHLDSASADFPYNPGQGQAIRNGVNRN
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290      1300      1310      1320
pF1KA0 SAIIGGVIAVVIFTILCTLVFLIRYMFRHKGTYHTNEAKGAESAESADAAIMNNDPNFTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SAIIGGVIAVVIFTILCTLVFLIRYMFRHKGTYHTNEAKGAESAESADAAIMNNDPNFTE
             1270      1280      1290      1300      1310      1320

             1330 
pF1KA0 TIDESKKEWLI
       :::::::::::
CCDS58 TIDESKKEWLI
             1330 

>>CCDS46401.1 CNTNAP5 gene_id:129684|Hs108|chr2           (1306 aa)
 initn: 3956 init1: 2077 opt: 4421  Z-score: 4320.1  bits: 811.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4586; 50.8% identity (78.2% similar) in 1314 aa overlap (30-1331:25-1306)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA0 MQAAPRAGCGAALLLWIVSSCLCRAWTAPSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSISGSYSP
                                    .:. .::.::.: :  .::::::...:..::
CCDS46      MDSLPRLTSVLTLLFSGLWHLGLTATNYNCDDPLASLLSPMAFSSSSDLTGTHSP
                    10        20        30        40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KA0 GYAKINKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYRMLYSDT
         :..: : :.:::::.::.  ::::.:.::: .:.:.::::::.::::::.: ...:::
CCDS46 --AQLNWRVGTGGWSPADSNAQQWLQMDLGNRVEITAVATQGRYGSSDWVTSYSLMFSDT
            60        70        80        90       100       110   

              130       140       150       160       170       180
pF1KA0 GRNWKPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGLRIEVYG
       ::::: :.:. .::.: ::.:.:.::.:.: : . ::.::.:::.::  :.::.:.::::
CCDS46 GRNWKQYKQEDSIWTFAGNMNADSVVHHKLLHSVRARFVRFVPLEWNPSGKIGMRVEVYG
           120       130       140       150       160       170   

              190       200       210       220       230       240
pF1KA0 CSYWADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGDYITLEL
       ::: .:: .:::.  : ::: .: :.::::::.:.::. ...::..:::::.::.:::::
CCDS46 CSYKSDVADFDGRSSLLYRFNQKLMSTLKDVISLKFKSMQGDGVLFHGEGQRGDHITLEL
           180       190       200       210       220       230   

              250       260       270       280       290       300
pF1KA0 KKAKLVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDRSMQHFR
       .:..:.: ::::...     .  :.  ::::::.:::::.::: :...:.:.:.  ::::
CCDS46 QKGRLALHLNLGDSKARLSSSLPSATLGSLLDDQHWHSVLIERVGKQVNFTVDKHTQHFR
           240       250       260       270       280       290   

              310       320       330       340       350       360
pF1KA0 TNGEFDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRKKLEPSN
       :.:: : ::.:::..:::::  :::..  .:::.::.:.. :::::: :::.:.: .  .
CCDS46 TKGETDALDIDYELSFGGIPVPGKPGTFLKKNFHGCIENLYYNGVNIIDLAKRRKHQIYT
           300       310       320       330       340       350   

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pF1KA0 VGNLSFSCVEPYTVPV-FFNAT-SYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVFSHFADN
        ::..::: ::  ::. : :.. ::: .::  . : .:::::::::: .:::. ......
CCDS46 -GNVTFSCSEPQIVPITFVNSSGSYLLLPGTPQIDGLSVSFQFRTWNKDGLLLSTELSEG
            360       370       380       390       400       410  

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pF1KA0 LGNVEIDLTESKVGVHINITQTKMSQ--IDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFAILTIDG
        :.. ..:   . :. . ..  ::..   .: .::.:::: :: : . :..:   ::.: 
CCDS46 SGTLLLSL---EGGI-LRLVIQKMTERVAEILTGSNLNDGLWHSVSINARRNRITLTLDD
            420           430       440       450       460        

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pF1KA0 DEASAVRTNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSHSVLQP--SFQGCMQLIQVDDQLVNLY
       . :  .  .. .:. .:..:.:::  .....:.   :.:  .:::::.:: .:.:  .: 
CCDS46 EAAPPAPDSTWVQIYSGNSYYFGGCPDNLTDSQ--CLNPIKAFQGCMRLIFIDNQPKDLI
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pF1KA0 EVAQRKPGSFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGATCHNSI
        : : . :.:... ::.:.: :::.::.:::::.:::.: .: :.:..:.:.::::::::
CCDS46 SVQQGSLGNFSDLHIDLCSIKDRCLPNYCEHGGSCSQSWTTFYCNCSDTSYTGATCHNSI
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pF1KA0 YEPSCEAYKHLGQTSNYYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSHDLQMQTPVVGYN
       :: :::.:.: :.:.....:: :::::::::.::::.::::.:: :.:.    : : : :
CCDS46 YEQSCEVYRHQGNTAGFFYIDSDGSGPLGPLQVYCNITEDKIWTSVQHNNTELTRVRGAN
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pF1KA0 PEKYSVTQLVYSASMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDGSPYTWWVGKANEK
       :::  .  : :..::.:. :. :..:.::: :.: :. :::::::::.:.:::.:..::.
CCDS46 PEKPYAMALDYGGSMEQLEAVIDGSEHCEQEVAYHCRRSRLLNTPDGTPFTWWIGRSNER
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pF1KA0 HYYWGGSGPGIQKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRKDAGFLSYKDHLPVSQVVVGD
       : ::::: ::.:.: ::....: : ...::::::  .: .:.::::.::::::.:.:. :
CCDS46 HPYWGGSPPGVQQCECGLDESCLDIQHFCNCDADKDEWTNDTGFLSFKDHLPVTQIVITD
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pF1KA0 TDRQGSEAKLSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYFKTLTPWG
       :::..:::   .::::: ::: .:::.:: . .::::: ::..: ::::::.::: .  :
CCDS46 TDRSNSEAAWRIGPLRCYGDRRFWNAVSFYTEASYLHFPTFHAEFSADISFFFKTTALSG
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pF1KA0 VFLENMGKEDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPTPLNDDQWHRVTAERNVKQA
       :::::.: .:::.::..: .:..:..::::::::.::.::. :::.::: : ::::.:..
CCDS46 VFLENLGIKDFIRLEISSPSEITFAIDVGNGPVELVVQSPSLLNDNQWHYVRAERNLKET
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pF1KA0 SLQVDRLPQQIRKAPTEGHTRLELYSQLFVGGAGG-QQGFLGCIRSLRMNGVTLDLEERA
       ::::: ::.. :..  ::: ::.: :::::::... :.:::::::::..::  .::::::
CCDS46 SLQVDNLPRSTRETSEEGHFRLQLNSQLFVGGTSSRQKGFLGCIRSLHLNGQKMDLEERA
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pF1KA0 KVTSGFISGCSGHCTSYGTNCENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDVGAFFEEGM
       :::::   :: :::.:::. :.:::::.:...:: :::.:. :.: ::.:.:.: :: : 
CCDS46 KVTSGVRPGCPGHCSSYGSICHNGGKCVEKHNGYLCDCTNSPYEGPFCKKEVSAVFEAGT
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pF1KA0 WLRYNFQAP---ATNARDSSSRV--DNAPDQQNSHPDLAQEEIRFSFSTTKAPCILLYIS
        . : :: :   . :   ::: .  :.::...:         : .:: ::.:: .::.:.
CCDS46 SVTYMFQEPYPVTKNISLSSSAIYTDSAPSKEN---------IALSFVTTQAPSLLLFIN
       1010      1020      1030               1040      1050       

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pF1KA0 SFTTDFLAVLVKPTGSLQIRYNLGGTREPYNIDVDHRNMANGQPHSVNITRHEKTIFLKL
       : . ::..::.  .::::.::.:.  .: . . .:  :.:: . : ..:.:. . . ...
CCDS46 SSSQDFVVVLLCKNGSLQVRYHLN-KEETHVFTIDADNFANRRMHHLKINREGRELTIQM
      1060      1070      1080       1090      1100      1110      

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pF1KA0 DHYPSVSYHLPSSSDTLFNSPKSLFLGKVIETGKIDQEIHKYNTPGFTGCLSRVQFNQIA
       :.   .::..  : .. :   .:: :::: :.  .:.:. : :. ::.::.: ::.:.::
CCDS46 DQQLRLSYNF--SPEVEFRVIRSLTLGKVTENLGLDSEVAKANAMGFAGCMSSVQYNHIA
       1120        1130      1140      1150      1160      1170    

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pF1KA0 PLKAALRQTNASAHVHIQGELVESNCGASPLTLSPMSSATDPWHLDHLDSASADFPYNPG
       :::::::.... : : ..: :.::.::   .. : ....:       . :.:  :  .  
CCDS46 PLKAALRHATV-APVTVHGTLTESSCGF--MVDSDVNAVTT------VHSSSDPFG-KTD
         1180       1190      1200        1210            1220     

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pF1KA0 QGQAIRNGVNRNSAIIGGVIAVVIFTILCTLVFLIRYMFRHKGTYHTNEAKGAESAESAD
       . . . :.:  .::.:::::::::: :.: . .. :....:: ...:.. :  :  :. :
CCDS46 EREPLTNAVRSDSAVIGGVIAVVIFIIFCIIGIMTRFLYQHKQSHRTSQMKEKEYPENLD
         1230      1240      1250      1260      1270      1280    

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pF1KA0 AAIMNNDPNFTETIDESKKEWLI
       ...  :. .. .:..: :.:..:
CCDS46 SSF-RNEIDLQNTVSECKREYFI
          1290      1300      

>>CCDS73915.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16           (1308 aa)
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               10        20        30        40        50        60
pF1KA0 MQAAPRAGCGAALLLWIVSSCLCRAWTAPSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSISGSYSP
                ::.:   .. :      .  ..:  ::.::::.::...::::: .:.:..:
CCDS73     MGSVTGAVLKTLLLLSTQNWNRVEAGNSYDCDDPLVSALPQASFSSSSELSSSHGP
                   10        20        30        40        50      

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pF1KA0 GYAKINKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYRMLYSDT
       :.:..:.: :::::::  :..:::::.:.:.: ...:.:::: :.::.:::.: ...::.
CCDS73 GFARLNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDS
         60        70        80        90       100       110      

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pF1KA0 GRNWKPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGLRIEVYG
       : ::: :.:. .::.: :: :.:.:: ..::  : ::..:..::.:: .::::.::::.:
CCDS73 GWNWKQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFG
        120       130       140       150       160       170      

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pF1KA0 CSYWADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGDYITLEL
       :.: ..:...::.  : ::: .:... .::.:.:.::: .:.:..:: :: .::.:::.:
CCDS73 CAYRSEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQL
        180       190       200       210       220       230      

              250       260       270       280       290       300
pF1KA0 KKAKLVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDRSMQHFR
       ..:.: : .: :  .:      ...  ::::::.:::::.:.: :...:.:.:.  .::.
CCDS73 RRARLFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFH
        240       250       260       270       280       290      

              310       320       330       340       350       360
pF1KA0 TNGEFDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRKKLEPSN
       . :::. ..:::::.:::::  ::  :  ..::.::.:.. ::::.: :::...: .   
CCDS73 ARGEFNLMNLDYEISFGGIPAPGKSVSFPHRNFHGCLENLYYNGVDIIDLAKQQKPQIIA
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pF1KA0 VGNLSFSCVEPYTVPV-FFNATSYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVFSHFADNL
       .::.:::: .: ..:: :... ::: .:   ...  :..:::::::  :::.::..    
CCDS73 MGNVSFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLIS
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pF1KA0 GNVEIDLTESKVGVHINITQTKMSQIDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFAILTIDGDEA
       :.. . :...:.  . :. :      ::..:  ::::::: : . ::.:   ...::. :
CCDS73 GGILLFLSDGKL--KSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMA
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pF1KA0 SAVRTNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSHSVLQPSFQGCMQLIQVDDQLVNLYEVAQR
       ::.   .: :. .:  :.:::  ..  .:. .    .:::::.::... ..:.:  : : 
CCDS73 SAAPLLGPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLGGFQGCMRLISISGKVVDLISVQQG
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pF1KA0 KPGSFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGATCHNSIYEPSC
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CCDS73 SLGNFSDLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGATCHNSIYEQSC
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CCDS73 EAYKHRGNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMTET-AWTIIQHNGSDLTRVRNTNPENPY
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pF1KA0 VTQLVYSASMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDGSPYTWWVGKANEKHYYWG
       .  . : :::.:..:  . ::.:::  .:.:: :::.:  ::.: .::::..:: . :::
CCDS73 AGFFEYVASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWWVGRTNETQTYWG
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pF1KA0 GSGPGIQKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRKDAGFLSYKDHLPVSQVVVGDTDRQG
       ::.: .:::.::.: :: : .:::::::: ..: .:.:.:.::.::::...:. :: :  
CCDS73 GSSPDLQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPVTKIVITDTGRLH
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pF1KA0 SEAKLSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYFKTLTPWGVFLEN
       :::  ..::: :::::..::.::: . .::::: ::.:: :::.::.::: .  ::::::
CCDS73 SEAAYKLGPLLCQGDRSFWNSASFDTEASYLHFPTFHGELSADVSFFFKTTASSGVFLEN
           780       790       800       810       820       830   

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pF1KA0 MGKEDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPTPLNDDQWHRVTAERNVKQASLQVD
       .:  :::..::.: : :.::::::::: :: :.::: .::.:::.: .:::.:.::::::
CCDS73 LGIADFIRIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRVERNMKEASLQVD
           840       850       860       870       880       890   

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pF1KA0 RLPQQIRKAPTEGHTRLELYSQLFVGG-AGGQQGFLGCIRSLRMNGVTLDLEERAKVTSG
       .:  . . ::..::. :.: ::::::: :  :.:::::::::..::.::::::::.::  
CCDS73 QLTPKTQPAPADGHVLLQLNSQLFVGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGMTLDLEERAQVTPE
           900       910       920       930       940       950   

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pF1KA0 FISGCSGHCTSYGTNCENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDVGAFFEEGMWLRYN
          :: :::.:::  :.::::: ::  :. :::. .:: : ::.....:.:  :  . ::
CCDS73 VQPGCRGHCSSYGKLCRNGGKCRERPIGFFCDCTFSAYTGPFCSNEISAYFGSGSSVIYN
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pF1KA0 FQAPATNARDSSSRVDNAPDQQNSHPD--LAQEEIRFSFSTTKAPCILLYISSFTTDFLA
       ::     ...:::..       . : :  :..: :.::: ::..: .::..:::  ..:.
CCDS73 FQENYLLSKNSSSHA------ASFHGDMKLSREMIKFSFRTTRTPSLLLFVSSFYKEYLS
          1020            1030      1040      1050      1060       

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pF1KA0 VLVKPTGSLQIRYNLGGTREPYNIDVDHRNMANGQPHSVNITRHEKTIFLKLDHYPSVSY
       :..  .:::::::.:.  .::  .. : .:::.:: : . :.:.: ..:...:     . 
CCDS73 VIIAKNGSLQIRYKLNKYQEPDVVNFDFKNMADGQLHHIMINREEGVVFIEIDDNRRRQV
      1070      1080      1090      1100      1110      1120       

       1140      1150      1160      1170      1180      1190      
pF1KA0 HLPSSSDTLFNSPKSLFLGKVIETGKIDQEIHKYNTPGFTGCLSRVQFNQIAPLKAALRQ
       ::  :: : :.. ::: ::...: . .::.    .. ::::::: ::....:::::::. 
CCDS73 HL--SSGTEFSAVKSLVLGRILEHSDVDQDTALAGAQGFTGCLSAVQLSHVAPLKAALHP
        1130      1140      1150      1160      1170      1180     

       1200      1210      1220      1230      1240      1250      
pF1KA0 TNASAHVHIQGELVESNCGASPLTLSPMSSATDPWHLDHLDSASADFPYNPGQGQAIRNG
       .. .  : . :...::.: :.: : .     :  .  ::  :.. :   .:     . :.
CCDS73 SHPDP-VTVTGHVTESSCMAQPGTDATSRERTHSFA-DH--SGTID-DREP-----LANA
        1190       1200      1210      1220          1230          

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pF1KA0 VNRNSAIIGGVIAVVIFTILCTLVFLIRYMFRHKGTYHTNEAKGAESAESADAAIMNNDP
       .. .::.:::.:::::: .::  .. .: ....:  :. .::: .:...::.: ..... 
CCDS73 IKSDSAVIGGLIAVVIFILLCITAIAVR-IYQQKRLYKRSEAKRSENVDSAEA-VLKSEL
        1240      1250      1260       1270      1280       1290   

       1320      1330 
pF1KA0 NFTETIDESKKEWLI
       :. ....:..::.. 
CCDS73 NIQNAVNENQKEYFF
          1300        

>>CCDS6616.1 CNTNAP3 gene_id:79937|Hs108|chr9             (1288 aa)
 initn: 3579 init1: 1327 opt: 4107  Z-score: 4013.3  bits: 754.9 E(32554): 3.2e-217
Smith-Waterman score: 4214; 47.0% identity (75.0% similar) in 1306 aa overlap (12-1305:2-1287)

               10        20              30        40        50    
pF1KA0 MQAAPRAGCGAALLLWIVSSCL----CRAWT--APSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSI
                  : . : : . :     ..:.  . ..   :: ::.:.::. .::::: .
CCDS66           MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDAPLASALPRSSFSSSSEL
                         10        20        30        40        50

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pF1KA0 SGSYSPGYAKINKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYR
       :.:..::....:.: :::::.:  :..:::::.:.:.: ...:.:::: :.::::::.: 
CCDS66 SSSHGPGFSRLNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYL
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pF1KA0 MLYSDTGRNWKPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGL
       ...:: ::::: :... .::.:::: :.:.::...:: :. ::..:..:: :: .::::.
CCDS66 LMFSDGGRNWKQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGM
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pF1KA0 RIEVYGCSYWADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGD
       :::::::.: ..:. :::. .: ::. .: .: ..:::.:.::. .:.:..:: :::.:.
CCDS66 RIEVYGCAYKSEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGN
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pF1KA0 YITLELKKAKLVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDR
       .::::: :.:::. :: :. .:    . ...  ::::::.:::::.::    ..:.:.:.
CCDS66 HITLELIKGKLVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDK
              240       250       260       270       280       290

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pF1KA0 SMQHFRTNGEFDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRK
         .::...:. .::::..::.:::::  :.  .  ::.:.::.:.. ::::..:.::...
CCDS66 HTHHFQAKGDSSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKH
              300       310       320       330       340       350

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pF1KA0 KLEPSNVGNLSFSCVEPYTVPV-FFNATSYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVFS
       : .   .::.:::: .: :::: :... ::: .::  ..:  ::.:::::::  : :.:.
CCDS66 KPQILMMGNVSFSCPQPQTVPVTFLSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFG
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pF1KA0 HFADNLGNVEIDLTESKVGVHINITQTKMSQIDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFAILT
       ..  . :.  . : ..:  ..... :  .:  ....:.:::::::: : : :: .   ..
CCDS66 ELRRGSGSFVLFLKDGK--LKLSLFQPGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVV
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pF1KA0 IDGDEASAVRTNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSHSVLQPSFQGCMQLIQVDDQLVNL
       .: :  .::.    . . .:. :.::: :.. ..:. .    .::::..:: . :. :. 
CCDS66 VDDD--TAVQPLVAVLIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDP
      470         480       490       500       510       520      

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pF1KA0 YEVAQRKPGSFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGATCHNS
         : :   ::: ...:: :.: :::.:..:::::.:::.::.:.: :  :::.: :::.:
CCDS66 ILVQQGALGSFRDLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSS
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pF1KA0 IYEPSCEAYKHLGQTSNYYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSHDLQMQTPVVGY
       .:: ::::.:: :. :. :.:: ::::::::. :::::: : .::.:.:     . . : 
CCDS66 LYEQSCEAHKHRGNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAVTLRGA
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pF1KA0 -NPEKYSVTQLVYSASMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDGSPYTWWVGKAN
        . .  :.....:.:.  :. . .. :: ::: ..  :  .:  .. ::.: .::::..:
CCDS66 PSGHPRSAVSFAYAAGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTN
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pF1KA0 EKHYYWGGSGPGIQKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRKDAGFLSYKDHLPVSQVVV
       : :  :::: :  :::.::.: :: : .:::::::  ..: .:.  :: :.::::.:.:.
CCDS66 ETHTSWGGSLPDAQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVM
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pF1KA0 GDTDRQGSEAKLSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYFKTLTP
        :. :  :::  ..::: :.::...::.::: . .::::: .:.:: .::. :.::: . 
CCDS66 TDAGRPHSEAAYTLGPLLCRGDQSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVS
        770       780       790       800       810       820      

            840       850       860       870       880       890  
pF1KA0 WGVFLENMGKEDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPTPLNDDQWHRVTAERNVK
        :::.::.:  :::..::.. :::.::::::::: :..:.::::.::.:::.: ::::::
CCDS66 SGVFMENLGITDFIRIELRAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVK
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        ::::::.:::... ::..::.::.: ::::.:: :  :.:::::::::..:::.:::::
CCDS66 GASLQVDQLPQKMQPAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEE
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pF1KA0 RAKVTSGFISGCSGHCTSYGTNCENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDVGAFFEE
       :: :: :   ::.:::..::  :.:::.: :. .: .:::. .:::: ::.....:.:  
CCDS66 RATVTPGVEPGCAGHCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFAT
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pF1KA0 GMWLRYNFQAPATNARDSSSRVDNAPDQQNSHPD--LAQEEIRFSFSTTKAPCILLYISS
       :  . :.::   : ...::: :..       : :  :..: : .:: ::..: .:::.::
CCDS66 GSSMTYHFQEHYTLSENSSSLVSSL------HRDVTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSS
       1010      1020      1030            1040      1050      1060

    1070      1080      1090      1100      1110      1120         
pF1KA0 FTTDFLAVLVKPTGSLQIRYNLGGTREPYNIDVDHRNMANGQPHSVNITRHEKTIFLKLD
       :  ..:.:..  .:::::::.:   ..:  .  : .:::.:: :.:.:.:.: .......
CCDS66 FYEEYLSVILANNGSLQIRYKLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVN
             1070      1080      1090      1100      1110      1120

    1130      1140      1150      1160      1170      1180         
pF1KA0 HYPSVSYHLPSSSDTLFNSPKSLFLGKVIETGKIDQEIHKYNTPGFTGCLSRVQFNQIAP
       .  :.. ..  :: : ::. :::.::::.:..  : . ..  : ::::::: :.:.. ::
CCDS66 Q--STKKQVILSSGTEFNAVKSLILGKVLEAAGADPDTRRAATSGFTGCLSAVRFGRAAP
               1130      1140      1150      1160      1170        

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pF1KA0 LKAALRQTNASAHVHIQGELVE-SNCGASPLTLSPMSSATDPWHLDHLDSASADFPYNPG
       :::::: .. : .: ..:...  . :.:.  . ::    .         :. ::      
CCDS66 LKAALRPSGPS-RVTVRGHVAPMARCAAGAASGSPARELAPRLAGGAGRSGPAD------
     1180       1190      1200      1210      1220      1230       

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pF1KA0 QGQAIRNGVNRNSAIIGGVIAVVIFTILCTLVFLIRYMFRHKGTYHTNEAKGAESAESAD
       .:. . :.  :.::.:::::::::: .::  .. :: .....   . ::.: ... :   
CCDS66 EGEPLVNADRRDSAVIGGVIAVVIFILLCITAIAIR-IYQQRKLRKENESKVSKKEEC  
            1240      1250      1260       1270      1280          

     1310      1320      1330 
pF1KA0 AAIMNNDPNFTETIDESKKEWLI

>>CCDS75836.1 CNTNAP3B gene_id:728577|Hs108|chr9          (1288 aa)
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Smith-Waterman score: 4174; 46.9% identity (75.2% similar) in 1306 aa overlap (12-1305:2-1287)

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pF1KA0 MQAAPRAGCGAALLLWIVSSCL----CRAWT--APSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSI
                  : . : : . :     ..:.  . ..   :: ::.:.::. .::::: .
CCDS75           MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDSPLASALPRSSFSSSSEL
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pF1KA0 SGSYSPGYAKINKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYR
       :.:..::....:.: :::::.:  :..:::::.:.:.: ...:.:::: :.::::::.: 
CCDS75 SSSHGPGFSRLNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYL
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pF1KA0 MLYSDTGRNWKPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGL
       ...:: ::::: :... .::.:::: :.:.::...:: :. ::..:..:: :: .::::.
CCDS75 LMFSDGGRNWKQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGM
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       :::::::.: ..:. :::. .: : . .: .: ..:::.:.::. .:.:..:: :::.:.
CCDS75 RIEVYGCAYKSEVVYFDGQSALLYTLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGN
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       .::::: :.:::. :: :. .:    . ...  ::::::.:::::.::    ..:.:.:.
CCDS75 HITLELIKGKLVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDK
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pF1KA0 SMQHFRTNGEFDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRK
         .::...:. . :::..::.::::   :.  . .::.:.::.:.. ::::..:.::...
CCDS75 HTHHFQAKGDSSNLDLNFEISFGGILSPGRSRAFTRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKH
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pF1KA0 KLEPSNVGNLSFSCVEPYTVPV-FFNATSYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVFS
       : .   .::.:::: .: :::: :... ::: .::  ..:  ::.:::::::  : :.:.
CCDS75 KPQILMMGNVSFSCPQPQTVPVTFLSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFG
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pF1KA0 HFADNLGNVEIDLTESKVGVHINITQTKMSQIDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFAILT
       ..  . :.  . : ..:  ..... :. .:  ....:.:::::::: : : :: .   ..
CCDS75 ELQRGSGSFVLFLKDGK--LKLSLFQAGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVV
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pF1KA0 IDGDEASAVRTNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSHSVLQPSFQGCMQLIQVDDQLVNL
       .: :  .::.    . . .:. :.::: :.. ..:. .    .::::..:: . :. :. 
CCDS75 VDDD--TAVQPLVAVLIDSGDTYYFGGCLGNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDP
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pF1KA0 YEVAQRKPGSFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGATCHNS
         : :   ::: ...:: :.: :::.:..:::::.:::.::.:.: :  :::.: :::.:
CCDS75 ILVQQGALGSFRDLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSS
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       .:: ::::.:: :. :. :.:: ::::::::. :::::: :..::.: :     . . : 
CCDS75 LYEQSCEAHKHRGNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADSAWTVVRHGGPDAVTLRGA
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pF1KA0 -NPEKYSVTQLVYSASMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDGSPYTWWVGKAN
        . .  :.....:.:.  :. : .. :: ::: ..  :  .:  .. ::.: .::::..:
CCDS75 PSGHPLSAVSFAYAAGAGQLRAAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTN
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       : :  :::: :  :::.::.: :: : .:::::::  ..: .:.  :: :.::::.:.:.
CCDS75 ETHTSWGGSLPDAQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGQNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVM
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pF1KA0 GDTDRQGSEAKLSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYFKTLTP
        :: .  :::  ..::: :.::...::.::: . .::::: .:.:: .::. :.::: . 
CCDS75 TDTGQPHSEADYTLGPLLCRGDKSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVS
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pF1KA0 WGVFLENMGKEDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPTPLNDDQWHRVTAERNVK
        :::.::.:  :::..::.. :::.::::::::: :..:.::::.::.:::.: ::::::
CCDS75 SGVFMENLGITDFIRIELRAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVK
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        ::::::.:::... ::..::.::.: ::::.:: :  :.:::::::::..:::.:::::
CCDS75 GASLQVDQLPQKMQPAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEE
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CCDS75 RATVTPGVEPGCAGHCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFAT
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       :  . :.::   : ...::: :..       : :  :..: : .:: ::..: .:::.::
CCDS75 GSSMTYHFQEHYTLSENSSSLVSSL------HRDVTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSS
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pF1KA0 FTTDFLAVLVKPTGSLQIRYNLGGTREPYNIDVDHRNMANGQPHSVNITRHEKTIFLKLD
       :  ..:.:..  .:::::::.:   ..:  .  : .:::.:: :.:.:.:.: .......
CCDS75 FYEEYLSVILANNGSLQIRYKLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVN
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pF1KA0 HYPSVSYHLPSSSDTLFNSPKSLFLGKVIETGKIDQEIHKYNTPGFTGCLSRVQFNQIAP
       .  :.. ..  :: : ::. :::.::::.:..  : . ..  : ::::::: :.:.  ::
CCDS75 Q--SAKKQVILSSGTEFNAVKSLILGKVLEAAGADPDTRRAATSGFTGCLSAVRFGCAAP
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pF1KA0 LKAALRQTNASAHVHIQGELVE-SNCGASPLTLSPMSSATDPWHLDHLDSASADFPYNPG
       :::::: .. : .: ..:...  . :.:.  . :: .    : .:    .:. . : .  
CCDS75 LKAALRPSGPS-RVTVRGHVAPMARCAAGAASGSP-ARELAP-RLA--GGAGRSGPVD--
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pF1KA0 QGQAIRNGVNRNSAIIGGVIAVVIFTILCTLVFLIRYMFRHKGTYHTNEAKGAESAESAD
       .:. . :.  :.::.::::::: :: .::  .. :: .....   . ::.: ... :   
CCDS75 EGEPLVNADRRDSAVIGGVIAVEIFILLCITAIAIR-IYQQRKLRKENESKVSKKEEC  
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     1310      1320      1330 
pF1KA0 AAIMNNDPNFTETIDESKKEWLI

>>CCDS11436.1 CNTNAP1 gene_id:8506|Hs108|chr17            (1384 aa)
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pF1KA0 PRAGCGAALLLWIVSSCLCRAWTAPSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSISGSYSPGYAK
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CCDS11       MMHLRLFCILLAAVSGAEGWGYYGCDEELVGPLYARSLGASSYYSLLTAPRFAR
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CCDS11 LH---GISGWSPRIGDPNPWLQIDLMKKHRIRAVATQGSFNSWDWVTRYMLLYGDRVDSW
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CCDS11 TPFYQRGHNSTFFGNVNESAVVRHDLHFHFTARYIRIVPLAWNPRGKIGLRLGLYGCPYK
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pF1KA0 ADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGDYITLELKKAK
       ::.. :::  .. :::     ..: ::.:..::: :..:..::.:: ::::.::::. :.
CCDS11 ADILYFDGDDAISYRFPRGVSRSLWDVFAFSFKTEEKDGLLLHAEGAQGDYVTLELEGAH
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pF1KA0 LVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDRSMQHFRTNGE
       :.: ..:::. . :  :::.: .:..:.:.::: : ..: ::..:.:::  .:.:  ::.
CCDS11 LLLHMSLGSSPIQPRPGHTTVSAGGVLNDQHWHYVRVDRFGRDVNFTLDGYVQRFILNGD
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pF1KA0 FDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRKKLEPSNVGNL
       :. :.:: :. .::.  ... . . :.::.::.:.. .: :::.::: :.. . .  :..
CCDS11 FERLNLDTEMFIGGLVGAARKNLAYRHNFRGCIENVIFNRVNIADLAVRRHSRITFEGKV
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pF1KA0 SFSCVEPYTVPVFFNAT-SYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVFSHFADNLGNVE
       .: :..:   :. :..  ....:::   .  ..:::.::::. .:::.::...:.::.::
CCDS11 AFRCLDPVPHPINFGGPHNFVQVPGFPRRGRLAVSFRFRTWDLTGLLLFSRLGDGLGHVE
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pF1KA0 IDLTESKVGVHINITQTKMSQIDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFAILTIDGDEASAVR
       . :.:..:.:  .:.:.  .......:  :::: :::: :.:.:: :...::  :.. ::
CCDS11 LTLSEGQVNV--SIAQSGRKKLQFAAGYRLNDGFWHEVNFVAQENHAVISIDDVEGAEVR
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pF1KA0 TNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNN-SSHSVLQPSFQGCMQLIQVDDQLVNLYEVAQRKPG
       .. :: ..:: .:::::  .  .  . ::  : .:.:::.:..:: :::::  :  :. :
CCDS11 VSYPLLIRTGTSYFFGGCPKPASRWDCHSN-QTAFHGCMELLKVDGQLVNLTLVEGRRLG
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            550       560       570       580       590       600  
pF1KA0 SFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGATCHNSIYEPSCEAY
        .:.: .: :.: ::: :: ::: :.: :.::.: : :. :::.: :::. .:. :::::
CCDS11 FYAEVLFDTCGITDRCSPNMCEHDGRCYQSWDDFICYCELTGYKGETCHTPLYKESCEAY
      530       540       550       560       570       580        

            610       620       630       640       650       660  
pF1KA0 KHLGQTSNYYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSHDLQMQTPVVGYNPEKYSVTQ
       .  :.::. . ::::::::: :. :::.. :...::.: ::    : :.: . :.  .  
CCDS11 RLSGKTSGNFTIDPDGSGPLKPFVVYCDIRENRAWTVVRHDRLWTTRVTGSSMERPFLGA
      590       600       610       620       630       640        

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pF1KA0 LVY-SASMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDGSPYTWWVGKANEKHYYWGGS
       . : .:: ...::.......:::.. . :  ::::::  : ::..:.:. .:.:.:::::
CCDS11 IQYWNASWEEVSALANASQHCEQWIEFSCYNSRLLNTAGGYPYSFWIGRNEEQHFYWGGS
      650       660       670       680       690       700        

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pF1KA0 GPGIQKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRKDAGFLSYKDHLPVSQVVVGDTDRQGSE
        ::::.::::..:.:.::  :::::::  ::: : :.:.. :::::.:::.:::.:. ::
CCDS11 QPGIQRCACGLDRSCVDPALYCNCDADQPQWRTDKGLLTFVDHLPVTQVVIGDTNRSTSE
      710       720       730       740       750       760        

             790       800       810       820       830       840 
pF1KA0 AKLSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYFKTLTPWGVFLENMG
       :.. . :::: :::: ::. :: . .. :.:  .... : :.::::.: .: ::::::::
CCDS11 AQFFLRPLRCYGDRNSWNTISF-HTGAALRFPPIRANHSLDVSFYFRTSAPSGVFLENMG
      770       780       790        800       810       820       

                   850       860       870        880       890    
pF1KA0 ------KEDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPT-PLNDDQWHRVTAERNVKQA
             .. ....::... .: :.::::::  ...:.:    .:::.:: : :: :::::
CCDS11 GPYCQWRRPYVRVELNTSRDVVFAFDVGNGDENLTVHSDDFEFNDDEWHLVRAEINVKQA
       830       840       850       860       870       880       

          900       910       920        930       940       950   
pF1KA0 SLQVDRLPQQIRKAPTEGHTRLELYSQLFVGGAG-GQQGFLGCIRSLRMNGVTLDLEERA
        :.::. :  .:  : . .  .:  . :.::.:   .. :.::.:..:.:::::.:: ::
CCDS11 RLRVDHRPWVLRPMPLQTYIWMEYDQPLYVGSAELKRRPFVGCLRAMRLNGVTLNLEGRA
       890       900       910       920       930       940       

           960       970       980       990      1000      1010   
pF1KA0 KVTSGFISGCSGHCTSYGTNCENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDVGAFFEEGM
       ... :   .:.:::.     : .::.:.:::  :.:::. ::.:: .::.:.:.::: : 
CCDS11 NASEGTSPNCTGHCAHPRLPCFHGGRCVERYSYYTCDCDLTAFDGPYCNHDIGGFFEPGT
       950       960       970       980       990      1000       

          1020       1030                                     1040 
pF1KA0 WLRYNFQ-APATNARDSSS-------------------------------RVDNAPDQQN
       :.:::.: :  . ::. :                                :. . :    
CCDS11 WMRYNLQSALRSAAREFSHMLSRPVPGYEPGYIPGYDTPGYVPGYHGPGYRLPDYPRPGR
      1010      1020      1030      1040      1050      1060       

                   1050      1060      1070      1080      1090    
pF1KA0 SHP-------DLAQEEIRFSFSTTKAPCILLYISSFTTDFLAVLVKPTGSLQIRYNLGGT
         :       ... ::. :::::..:: .:::.:::. :..:::.:  :.::.::.:: .
CCDS11 PVPGYRGPVYNVTGEEVSFSFSTSSAPAVLLYVSSFVRDYMAVLIKDDGTLQLRYQLGTS
      1070      1080      1090      1100      1110      1120       

         1100      1110      1120      1130      1140      1150    
pF1KA0 REPYNIDVDHRNMANGQPHSVNITRHEKTIFLKLDHYPSVSYHLPSSSDTLFNSPKSLFL
         ::  ..  : ...:::::.::::  ...:...:..: .  ..    :. ..:::.:.:
CCDS11 --PYVYQLTTRPVTDGQPHSINITRVYRNLFIQVDYFPLTEQKFSLLVDSQLDSPKALYL
        1130      1140      1150      1160      1170      1180     

         1160      1170      1180      1190          1200          
pF1KA0 GKVIETGKIDQEIHKYNTPGFTGCLSRVQFNQIAPLKAALR----QTNASAH-VHIQGEL
       :.:.::: :: ::..::::::.:::: :.::..::::. .:    .:   :. ...::::
CCDS11 GRVMETGVIDPEIQRYNTPGFSGCLSGVRFNNVAPLKTHFRTPRPMTAELAEALRVQGEL
        1190      1200      1210      1220      1230      1240     

    1210      1220      1230      1240      1250      1260         
pF1KA0 VESNCGASPLTLSPMSSATDPWHLDHLDSASADFPYNPGQGQAIRNGVNRNSAIIGGVIA
        :::::: :  .: .    :::.:        ::::   .: .        . ..: ..:
CCDS11 SESNCGAMPRLVSEVPPELDPWYLP------PDFPYYHDEGWV--------AILLGFLVA
        1250      1260      1270            1280              1290 

    1270      1280      1290      1300      1310      1320         
pF1KA0 VVIFTILCTLVFLIRYMFRHKGTYHTNEAKGAESAESADAAIMNNDPNFTETIDESKKEW
        ... ..  ::..     :.::.::::: :.:                            
CCDS11 FLLLGLVGMLVLFYLQNHRYKGSYHTNEPKAAHEYHPGSKPPLPTSGPAQVPTPTAAPNQ
            1300      1310      1320      1330      1340      1350 

    1330                                
pF1KA0 LI                               
                                        
CCDS11 APASAPAPAPTPAPAPGPRDQNLPQILEESRSE
            1360      1370      1380    

>>CCDS10924.2 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16           (1235 aa)
 initn: 2830 init1: 1229 opt: 2988  Z-score: 2920.2  bits: 552.6 E(32554): 2.5e-156
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           10        20        30        40        50        60    
pF1KA0 PRAGCGAALLLWIVSSCLCRAWTAPSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSISGSYSPGYAK
                                     ::.::::.::...::::: .:.:..::.:.
CCDS10                          MWNYDCDDPLVSALPQASFSSSSELSSSHGPGFAR
                                        10        20        30     

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pF1KA0 INKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYRMLYSDTGRNW
       .:.: :::::::  :..:::::.:.:.: ...:.:::: :.::.:::.: ...::.: ::
CCDS10 LNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDSGWNW
          40        50        60        70        80        90     

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pF1KA0 KPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGLRIEVYGCSYW
       : :.:. .::.: :: :.:.:: ..::  : ::..:..::.:: .::::.::::.::.: 
CCDS10 KQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYR
         100       110       120       130       140       150     

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pF1KA0 ADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGDYITLELKKAK
       ..:...::.  : ::: .:... .::.:.:.::: .:.:..:: :: .::.:::.:..:.
CCDS10 SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
         160       170       180       190       200       210     

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pF1KA0 LVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDRSMQHFRTNGE
       : : .: :  .:      ...  ::::::.:::::.:.: :...:.:.:.  .::.. ::
CCDS10 LFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFHARGE
         220       230       240       250       260       270     

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pF1KA0 FDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRKKLEPSNVGNL
       :. ..::::                                                ::.
CCDS10 FNLMNLDYE------------------------------------------------GNV
         280                                                       

          370        380       390       400       410       420   
pF1KA0 SFSCVEPYTVPV-FFNATSYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVFSHFADNLGNVE
       :::: .: ..:: :... ::: .:   ...  :..:::::::  :::.::..    :.. 
CCDS10 SFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLISGGIL
       290       300       310       320       330       340       

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pF1KA0 IDLTESKVGVHINITQTKMSQIDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFAILTIDGDEASAVR
       . :...:.  . :. :      ::..:  ::::::: : . ::.:   ...::. :::. 
CCDS10 LFLSDGKL--KSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMASAAP
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pF1KA0 TNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSHSVLQPSFQGCMQLIQVDDQLVNLYEVAQRKPGS
         .: :. .:  :.:::  ..  .:. .    .:::::.::... ..:.:  : : . :.
CCDS10 LLGPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLGGFQGCMRLISISGKVVDLISVQQGSLGN
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       :....:: :.: :::.::.:::::.:::.:..:.:.: .::: :::::::::: ::::::
CCDS10 FSDLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGATCHNSIYEQSCEAYK
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       : :.::..:.:: :::::: :. .::::::  .:::..:. .  : : . :::.  .  .
CCDS10 HRGNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMTET-AWTIIQHNGSDLTRVRNTNPENPYAGFF
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        : :::.:..:  . ::.:::  .:.:: :::.:  ::.: .::::..:: . :::::.:
CCDS10 EYVASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWWVGRTNETQTYWGGSSP
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pF1KA0 GIQKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRKDAGFLSYKDHLPVSQVVVGDTDRQGSEAK
        .:::.::.: :: : .:::::::: ..: .:.:.:.::.::::...:. :: :  ::: 
CCDS10 DLQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPVTKIVITDTGRLHSEAA
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pF1KA0 LSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYFKTLTPWGVFLENMGKE
        ..::: :::::..::.::: . .::::: ::.:: :::.::.::: .  ::::::.:  
CCDS10 YKLGPLLCQGDRSFWNSASFDTEASYLHFPTFHGELSADVSFFFKTTASSGVFLENLGIA
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       :::..::.: : :.::::::::: :: :.::: .::.:::.: .:::.:.::::::.:  
CCDS10 DFIRIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRVERNMKEASLQVDQLTP
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pF1KA0 QIRKAPTEGHTRLELYSQLFVGG-AGGQQGFLGCIRSLRMNGVTLDLEERAKVTSGFISG
       . . ::..::. :.: ::::::: :  :.:::::::::..::.::::::::.::     :
CCDS10 KTQPAPADGHVLLQLNSQLFVGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGMTLDLEERAQVTPEVQPG
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            970       980       990      1000      1010      1020  
pF1KA0 CSGHCTSYGTNCENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDVGAFFEEGMWLRYNFQAP
       : :::.:::  :.::::: ::  :. :::. .:: : ::.....:.:  :  . ::::  
CCDS10 CRGHCSSYGKLCRNGGKCRERPIGFFCDCTFSAYTGPFCSNEISAYFGSGSSVIYNFQEN
          890       900       910       920       930       940    

           1030      1040        1050      1060      1070      1080
pF1KA0 ATNARDSSSRVDNAPDQQNSHPD--LAQEEIRFSFSTTKAPCILLYISSFTTDFLAVLVK
          ...:::..       . : :  :..: :.::: ::..: .::..:::  ..:.:.. 
CCDS10 YLLSKNSSSHA------ASFHGDMKLSREMIKFSFRTTRTPSLLLFVSSFYKEYLSVIIA
          950             960       970       980       990        

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KA0 PTGSLQIRYNLGGTREPYNIDVDHRNMANGQPHSVNITRHEKTIFLKLDHYPSVSYHLPS
        .:::::::.:.  .::  .. : .:::.:: : . :.:.: ..:...:     . ::  
CCDS10 KNGSLQIRYKLNKYQEPDVVNFDFKNMADGQLHHIMINREEGVVFIEIDDNRRRQVHL--
     1000      1010      1020      1030      1040      1050        

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pF1KA0 SSDTLFNSPKSLFLGKVIETGKIDQEIHKYNTPGFTGCLSRVQFNQIAPLKAALRQTNAS
       :: : :.. ::: ::...: . .::.    .. ::::::: ::....:::::::. .. .
CCDS10 SSGTEFSAVKSLVLGRILEHSDVDQDTALAGAQGFTGCLSAVQLSHVAPLKAALHPSHPD
       1060      1070      1080      1090      1100      1110      

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KA0 AHVHIQGELVESNCGASPLTLSPMSSATDPWHLDHLDSASADFPYNPGQGQAIRNGVNRN
         : . :...::.: :.: : .     :  .  ::  :.. :      . . . :... .
CCDS10 P-VTVTGHVTESSCMAQPGTDATSRERTHSFA-DH--SGTID------DREPLANAIKSD
        1120      1130      1140         1150            1160      

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pF1KA0 SAIIGGVIAVVIFTILCTLVFLIRYMFRHKGTYHTNEAKGAESAESADAAIMNNDPNFTE
       ::.:::.:::::: .::  .. .: ....:  :. .::: .:...::.: ..... :. .
CCDS10 SAVIGGLIAVVIFILLCITAIAVR-IYQQKRLYKRSEAKRSENVDSAEA-VLKSELNIQN
       1170      1180      1190       1200      1210       1220    

             1330 
pF1KA0 TIDESKKEWLI
       ...:..::.. 
CCDS10 AVNENQKEYFF
         1230     

>>CCDS82015.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16           (1260 aa)
 initn: 2836 init1: 1229 opt: 2988  Z-score: 2920.1  bits: 552.6 E(32554): 2.5e-156
Smith-Waterman score: 4146; 46.6% identity (73.4% similar) in 1325 aa overlap (10-1330:6-1259)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA0 MQAAPRAGCGAALLLWIVSSCLCRAWTAPSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSISGSYSP
                ::.:   .. :      .  ..:  ::.::::.::...::::: .:.:..:
CCDS82     MGSVTGAVLKTLLLLSTQNWNRVEAGNSYDCDDPLVSALPQASFSSSSELSSSHGP
                   10        20        30        40        50      

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pF1KA0 GYAKINKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYRMLYSDT
       :.:..:.: :::::::  :..:::::.:.:.: ...:.:::: :.::.:::.: ...::.
CCDS82 GFARLNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDS
         60        70        80        90       100       110      

              130       140       150       160       170       180
pF1KA0 GRNWKPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGLRIEVYG
       : ::: :.:. .::.: :: :.:.:: ..::  : ::..:..::.:: .::::.::::.:
CCDS82 GWNWKQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFG
        120       130       140       150       160       170      

              190       200       210       220       230       240
pF1KA0 CSYWADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGDYITLEL
       :.: ..:...::.  : ::: .:... .::.:.:.::: .:.:..:: :: .::.:::.:
CCDS82 CAYRSEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQL
        180       190       200       210       220       230      

              250       260       270       280       290       300
pF1KA0 KKAKLVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDRSMQHFR
       ..:.: : .: :  .:      ...  ::::::.:::::.:.: :...:.:.:.  .::.
CCDS82 RRARLFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFH
        240       250       260       270       280       290      

              310       320       330       340       350       360
pF1KA0 TNGEFDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRKKLEPSN
       . :::. ..::::                                               
CCDS82 ARGEFNLMNLDYE-----------------------------------------------
        300                                                        

              370        380       390       400       410         
pF1KA0 VGNLSFSCVEPYTVPV-FFNATSYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVFSHFADNL
        ::.:::: .: ..:: :... ::: .:   ...  :..:::::::  :::.::..    
CCDS82 -GNVSFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLIS
      310       320       330       340       350       360        

     420       430       440       450       460       470         
pF1KA0 GNVEIDLTESKVGVHINITQTKMSQIDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFAILTIDGDEA
       :.. . :...:  .. :. :      ::..:  ::::::: : . ::.:   ...::. :
CCDS82 GGILLFLSDGK--LKSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMA
      370         380       390       400       410       420      

     480       490       500       510       520       530         
pF1KA0 SAVRTNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSHSVLQPSFQGCMQLIQVDDQLVNLYEVAQR
       ::.   .: :. .:  :.:::  ..  .:. .    .:::::.::... ..:.:  : : 
CCDS82 SAAPLLGPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLGGFQGCMRLISISGKVVDLISVQQG
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pF1KA0 KPGSFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGATCHNSIYEPSC
       . :.:....:: :.: :::.::.:::::.:::.:..:.:.: .::: :::::::::: ::
CCDS82 SLGNFSDLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGATCHNSIYEQSC
        490       500       510       520       530       540      

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pF1KA0 EAYKHLGQTSNYYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSHDLQMQTPVVGYNPEKYS
       ::::: :.::..:.:: :::::: :. .::::::  .:::..:. .  : : . :::.  
CCDS82 EAYKHRGNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMTET-AWTIIQHNGSDLTRVRNTNPENPY
        550       560       570       580        590       600     

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pF1KA0 VTQLVYSASMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDGSPYTWWVGKANEKHYYWG
       .  . : :::.:..:  . ::.:::  .:.:: :::.:  ::.: .::::..:: . :::
CCDS82 AGFFEYVASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWWVGRTNETQTYWG
         610       620       630       640       650       660     

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pF1KA0 GSGPGIQKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRKDAGFLSYKDHLPVSQVVVGDTDRQG
       ::.: .:::.::.: :: : .:::::::: ..: .:.:.:.::.::::...:. :: :  
CCDS82 GSSPDLQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPVTKIVITDTGRLH
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pF1KA0 SEAKLSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYFKTLTPWGVFLEN
       :::  ..::: :::::..::.::: . .::::: ::.:: :::.::.::: .  ::::::
CCDS82 SEAAYKLGPLLCQGDRSFWNSASFDTEASYLHFPTFHGELSADVSFFFKTTASSGVFLEN
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pF1KA0 MGKEDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPTPLNDDQWHRVTAERNVKQASLQVD
       .:  :::..::.: : :.::::::::: :: :.::: .::.:::.: .:::.:.::::::
CCDS82 LGIADFIRIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRVERNMKEASLQVD
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pF1KA0 RLPQQIRKAPTEGHTRLELYSQLFVGG-AGGQQGFLGCIRSLRMNGVTLDLEERAKVTSG
       .:  . . ::..::. :.: ::::::: :  :.:::::::::..::.::::::::.::  
CCDS82 QLTPKTQPAPADGHVLLQLNSQLFVGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGMTLDLEERAQVTPE
         850       860       870       880       890       900     

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pF1KA0 FISGCSGHCTSYGTNCENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDVGAFFEEGMWLRYN
          :: :::.:::  :.::::: ::  :. :::. .:: : ::.....:.:  :  . ::
CCDS82 VQPGCRGHCSSYGKLCRNGGKCRERPIGFFCDCTFSAYTGPFCSNEISAYFGSGSSVIYN
         910       920       930       940       950       960     

     1020      1030      1040        1050      1060      1070      
pF1KA0 FQAPATNARDSSSRVDNAPDQQNSHPD--LAQEEIRFSFSTTKAPCILLYISSFTTDFLA
       ::     ...:::..       . : :  :..: :.::: ::..: .::..:::  ..:.
CCDS82 FQENYLLSKNSSSHA------ASFHGDMKLSREMIKFSFRTTRTPSLLLFVSSFYKEYLS
         970       980             990      1000      1010         

       1080      1090      1100      1110      1120      1130      
pF1KA0 VLVKPTGSLQIRYNLGGTREPYNIDVDHRNMANGQPHSVNITRHEKTIFLKLDHYPSVSY
       :..  .:::::::.:.  .::  .. : .:::.:: : . :.:.: ..:...:     . 
CCDS82 VIIAKNGSLQIRYKLNKYQEPDVVNFDFKNMADGQLHHIMINREEGVVFIEIDDNRRRQV
    1020      1030      1040      1050      1060      1070         

       1140      1150      1160      1170      1180      1190      
pF1KA0 HLPSSSDTLFNSPKSLFLGKVIETGKIDQEIHKYNTPGFTGCLSRVQFNQIAPLKAALRQ
       ::  :: : :.. ::: ::...: . .::.    .. ::::::: ::....:::::::. 
CCDS82 HL--SSGTEFSAVKSLVLGRILEHSDVDQDTALAGAQGFTGCLSAVQLSHVAPLKAALHP
    1080        1090      1100      1110      1120      1130       

       1200      1210      1220      1230      1240      1250      
pF1KA0 TNASAHVHIQGELVESNCGASPLTLSPMSSATDPWHLDHLDSASADFPYNPGQGQAIRNG
       .. .  : . :...::.: :.: : .     :  .  ::  :.. :   .:     . :.
CCDS82 SHPDP-VTVTGHVTESSCMAQPGTDATSRERTHSFA-DH--SGTID-DREP-----LANA
      1140       1150      1160      1170          1180            

       1260      1270      1280      1290      1300      1310      
pF1KA0 VNRNSAIIGGVIAVVIFTILCTLVFLIRYMFRHKGTYHTNEAKGAESAESADAAIMNNDP
       .. .::.:::.:::::: .::  .. .: ....:  :. .::: .:...::.: ..... 
CCDS82 IKSDSAVIGGLIAVVIFILLCITAIAVR-IYQQKRLYKRSEAKRSENVDSAEA-VLKSEL
      1190      1200      1210       1220      1230       1240     

       1320      1330 
pF1KA0 NFTETIDESKKEWLI
       :. ....:..::.. 
CCDS82 NIQNAVNENQKEYFF
        1250      1260

>>CCDS81831.1 NRXN3 gene_id:9369|Hs108|chr14              (1571 aa)
 initn: 373 init1: 201 opt: 540  Z-score: 526.8  bits: 110.0 E(32554): 5.1e-23
Smith-Waterman score: 875; 25.8% identity (53.9% similar) in 1021 aa overlap (186-1142:257-1207)

         160       170       180       190       200       210     
pF1KA0 ARYVRIVPLDWNGEGRIGLRIEVYGCSYWADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALN
                                     .: .: :   : : . .. ... .: :.:.
CCDS81 TGYGGKLCSEDVSQDPGLSHLMMSEQAREENVATFRGSEYLCYDLSQNPIQSSSDEITLS
        230       240       250       260       270       280      

         220       230       240       250       260       270     
pF1KA0 FKTSESEGVILHGEGQQGDYITLELKKAKLVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHH
       ::: . .:.:::  :...::..: :: . . : .::::. .  :   .  ..:.. .:. 
CCDS81 FKTWQRNGLILH-TGKSADYVNLALKDGAVSLVINLGSGAFEAI---VEPVNGKF-NDNA
        290        300       310       320          330        340 

         280       290        300       310       320        330   
pF1KA0 WHSVVIERQGRSINLTLDRSMQHF-RTNGEFDYLDLDYEITFGGIPFSGK-PSSSSRKNF
       ::.: . :. :......:  .     :. .. .:  :  .  :: : ..  :.:   .::
CCDS81 WHDVKVTRNLRQVTISVDGILTTTGYTQEDYTMLGSDDFFYVGGSPSTADLPGSPVSNNF
             350       360       370       380       390       400 

           340        350       360          370        380        
pF1KA0 KGCMESINYNGVNIT-DLARRKKLEPSNV---GNLSFSCVEPYTV-PVFFNAT-SYLEVP
        ::.. . :.. .:  .:.:  ..  ...   :.. :.: .  :. :. :..  .:. .:
CCDS81 MGCLKEVVYKNNDIRLELSRLARIADTKMKIYGEVVFKCENVATLDPINFETPEAYISLP
             410       420       430       440       450       460 

       390       400       410       420       430        440      
pF1KA0 GRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVFSHFADNLGNVEIDLTESKVGVH-INITQTKMSQI-
          .. . :.::.::: .::::..:.:   .  .   .  ..::    ... . ..  . 
CCDS81 KWNTKRMGSISFDFRTTEPNGLILFTHGKPQERKDARSQKNTKVDFFAVELLDGNLYLLL
             470       480       490       500       510       520 

         450               460       470       480       490       
pF1KA0 DISSGS--------GLNDGQWHEVRFLAKENFAILTIDGDEASAVRTNSPLQVKTGEKYF
       :..::.          :::.:..: .      . ..... ..  . ..    .     ..
CCDS81 DMGSGTIKVKATQKKANDGEWYHVDIQRDGRSGTISVNSRRTPFTASGESEILDLEGDMY
             530       540       550       560       570       580 

       500             510       520       530       540       550 
pF1KA0 FGGF------LNQMNNSSHSVLQPSFQGCMQLIQVDDQLVNLYEVAQRKPGSFANVSID-
       .::.      :   ..   ..:. .. ::.. . .: .  :. ..:. . .. .. : . 
CCDS81 LGGLPENRAGLILPTELWTAMLNYGYVGCIRDLFIDGRSKNIRQLAEMQNAAGVKSSCSR
             590       600       610       620       630       640 

              560       570       580       590       600       610
pF1KA0 MCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGATCHNSIYEPSCEAYKHLGQTSN
       : :   .:    :.... :.. :. : : :  ::: : ::.    : :  .:        
CCDS81 MSA--KQCDSYPCKNNAVCKDGWNRFICDCTGTGYWGRTCE---REASILSY--------
               650       660       670       680                   

              620       630       640       650       660       670
pF1KA0 YYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSHDLQMQTPVVGYNPEKYSVTQLVYSASMD
             :::           :    .  .: :    ..    .. . :..  :: ..: :
CCDS81 ------DGS-----------MYMKIIMPMVMHTEAEDVSFRFMSQRAYGL--LVATTSRD
            690                  700       710       720           

              680       690         700       710           720    
pF1KA0 QISAITDSAEYCEQYVSYFCKMS--RLLNTPDGSPYTWWVGKA---NEKH-YYWGGSGPG
         :: :   :     :. . ...  :.  . . .: : ..:.    :: :       : .
CCDS81 --SADTLRLELDGGRVKLMVNLDCIRINCNSSKGPETLYAGQKLNDNEWHTVRVVRRGKS
       730       740       750       760       770       780       

               730       740       750            760       770    
pF1KA0 IQ-----KCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRK-----DAGFLSYKDHLPVSQVVVGD
       ..       : :   .      . : ..     ..      ..:... . :  . ..  :
CCDS81 LKLTVDDDVAEGTMVGDHTRLEFHNIETGIMTEKRYISVVPSSFIGHLQSLMFNGLLYID
       790       800       810       820       830       840       

          780       790         800       810       820       830  
pF1KA0 TDRQGSEAKLSVGPLRCQ-GDRNYW-NAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYFKTLTP
         ..:.   ..   :. . : ::   . ..: . :::: ..:.:. ::  . : ::: .:
CCDS81 LCKNGD---IDYCELKARFGLRNIIADPVTFKTKSSYLSLATLQAYTSMHLFFQFKTTSP
       850          860       870       880       890       900    

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pF1KA0 WGVFLENMGK-EDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPTPLNDDQWHRVTAER-N
        : .: : :  .::: .:: ..  . . ::.::::  :   :  ::::.::: :.  : :
CCDS81 DGFILFNSGDGNDFIAVELVKGY-IHYVFDLGNGPNVIKGNSDRPLNDNQWHNVVITRDN
          910       920        930       940       950       960   

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pF1KA0 VKQASLQVDRLPQQIRKAPTEGHTRLELYSQLFVGG-AGG-----------QQGFLGCIR
        .  ::.::    ..     .:   :.: ..:...: : :           ..:: ::. 
CCDS81 SNTHSLKVD---TKVVTQVINGAKNLDLKGDLYMAGLAQGMYSNLPKLVASRDGFQGCLA
           970          980       990      1000      1010      1020

      940       950       960        970        980       990      
pF1KA0 SLRMNGVTLDLEERAKVTSGFIS-GCSGHCTSYGTN-CENGGKCLERYHGYSCDCSNTAY
       :. .::   :: . :   :: :  :: :  :.   . : : : :.....:..:::: :.:
CCDS81 SVDLNGRLPDLINDALHRSGQIERGCEGPSTTCQEDSCANQGVCMQQWEGFTCDCSMTSY
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

       1000         1010      1020      1030      1040      1050   
pF1KA0 DGTFCNKDVGA---FFEEGMWLRYNFQAPATNARDSSSRVDNAPDQQNSHPDLAQEEIRF
       .:. :: : ::   : . :  . :..  ::                 :..:.  ....  
CCDS81 SGNQCN-DPGATYIFGKSGGLILYTW--PA-----------------NDRPSTRSDRLAV
              1090      1100                         1110      1120

          1060      1070        1080      1090      1100      1110 
pF1KA0 SFSTTKAPCILLYISSFTT--DFLAVLVKPTGSLQIRYNLGGTREPYNIDVDHRNMANGQ
       .::::    ::. :.:     ::: . ..  :.. . .:.: .    .:  ..  . .:.
CCDS81 GFSTTVKDGILVRIDSAPGLGDFLQLHIEQ-GKIGVVFNIGTV--DISIKEERTPVNDGK
             1130      1140      1150       1160        1170       

            1120      1130      1140      1150      1160      1170 
pF1KA0 PHSVNITRHEKTIFLKLDHYPSVSYHLPSSSDTLFNSPKSLFLGKVIETGKIDQEIHKYN
        : : .::.  .  :..:..: :. : :...                             
CCDS81 YHVVRFTRNGGNATLQVDNWP-VNEHYPTGNTDNERFQMVKQKIPFKYNRPVEEWLQEKG
      1180      1190       1200      1210      1220      1230      

            1180      1190      1200      1210      1220      1230 
pF1KA0 TPGFTGCLSRVQFNQIAPLKAALRQTNASAHVHIQGELVESNCGASPLTLSPMSSATDPW
                                                                   
CCDS81 RQLTIFNTQAQIAIGGKDKGRLFQGQLSGLYYDGLKVLNMAAENNPNIKINGSVRLVGEV
       1240      1250      1260      1270      1280      1290      

>>CCDS82450.1 NRXN1 gene_id:9378|Hs108|chr2               (1496 aa)
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pF1KA0 AFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGLRIEVYGCSYWAD--VINFDG
                                     : : ::   : .   : :   .  . .: :
CCDS82 LNGGVCSVVDDQAVCDCSRTGFRGKDCSQEDNNVEGLAHLMMGDQGKSKGKEEYIATFKG
      230       240       250       260       270       280        

            200       210       220       230       240       250  
pF1KA0 HVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGDYITLELKKAKLVLSLNLG
          . : . .. ... .: :.:.::: . .:..::  :...::..: ::.. . : .:::
CCDS82 SEYFCYDLSQNPIQSSSDEITLSFKTLQRNGLMLH-TGKSADYVNLALKNGAVSLVINLG
      290       300       310       320        330       340       

            260       270       280       290        300       310 
pF1KA0 SNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDRSMQHF-RTNGEFDYLDLD
       :   : . . .  ..:.. .:. ::.: . :. :......:  .     :. .. .:  :
CCDS82 S---GAFEALVEPVNGKF-NDNAWHDVKVTRNLRQVTISVDGILTTTGYTQEDYTMLGSD
          350       360        370       380       390       400   

             320        330       340        350        360        
pF1KA0 YEITFGGIPFSGK-PSSSSRKNFKGCMESINYNGVNIT-DLAR-RKKLEPSNV--GNLSF
         .  :: : ..  :.:   .:: ::.. . :.. ..  .:.:  :. .:.    : ..:
CCDS82 DFFYVGGSPSTADLPGSPVSNNFMGCLKEVVYKNNDVRLELSRLAKQGDPKMKIHGVVAF
           410       420       430       440       450       460   

        370        380        390       400       410       420    
pF1KA0 SCVEPYTV-PVFFNAT-SYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVFSHFADNLGNVEI
       .: .  :. :. :..  :.. .:    .   :.::.::: .::::..:::   .    . 
CCDS82 KCENVATLDPITFETPESFISLPKWNAKKTGSISFDFRTTEPNGLILFSH---GKPRHQK
           470       480       490       500       510          520

          430       440             450               460       470
pF1KA0 DLTESKVGVHINITQTKMSQ------IDISSGS--------GLNDGQWHEVRFLAKENFA
       :  . .. .....   .: .      .:..::.         .:::.:..: :      .
CCDS82 DAKHPQM-IKVDFFAIEMLDGHLYLLLDMGSGTIKIKALLKKVNDGEWYHVDFQRDGRSG
               530       540       550       560       570         

              480       490       500       510             520    
pF1KA0 ILTIDGDEASAVRTNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSH------SVLQPSFQGCMQLI
        ....  ..  .  .    .   .. ..::. ..  .         ..:. .. ::.. .
CCDS82 TISVNTLRTPYTAPGESEILDLDDELYLGGLPENKAGLVFPTEVWTALLNYGYVGCIRDL
     580       590       600       610       620       630         

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pF1KA0 QVDDQLVNLYEVAQRKPGSFANVSIDMCA--IIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDE
        .: :  .. ..:. .  : :.:. . :.      :. : :...: : . :. . : :. 
CCDS82 FIDGQSKDIRQMAEVQ--STAGVKPS-CSKETAKPCLSNPCKNNGMCRDGWNRYVCDCSG
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pF1KA0 TGYSGATCHNSIYEPSCEAYKHLGQTSNYYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSH
       ::: : .:.    : .  .:              :::       .. ..    :    ..
CCDS82 TGYLGRSCER---EATVLSY--------------DGS-------MFMKIQLPVVMHTEAE
        700          710                            720       730  

            650       660        670       680       690       700 
pF1KA0 DLQMQTPVVGYNPEKYSVTQLVYSA-SMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDG
       :....      . . :.. . . :  : : .    :...  .  :.  :   :.  . . 
CCDS82 DVSLRF----RSQRAYGILMATTSRDSADTLRLELDAGRV-KLTVNLDC--IRINCNSSK
                740       750       760        770         780     

                710        720             730       740       750 
pF1KA0 SPYTWWVG---KANEKH-YYWGGSGPGI------QKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQ
       .: : ..:   . :: :       : ..      :.   :   .      . : ..    
CCDS82 GPETLFAGYNLNDNEWHTVRVVRRGKSLKLTVDDQQAMTGQMAGDHTRLEFHNIETGIIT
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pF1KA0 WRK-----DAGFLSYKDHLPVSQVVVGDTDRQGSEAKLSVGPLRCQ-GDRNYW-NAASFP
        :.      ..:... . :  . ..  :  ..:.   ..   :  . : ::   . ..: 
CCDS82 ERRYLSSVPSNFIGHLQSLTFNGMAYIDLCKNGD---IDYCELNARFGFRNIIADPVTFK
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pF1KA0 NPSSYLHFSTFQGETSADISFYFKTLTPWGVFLENMGK-EDFIKLELKSATEVSFSFDVG
       . :::. ..:.:. ::  . : ::: .  :..: : :  .::: .:: ..  . . ::.:
CCDS82 TKSSYVALATLQAYTSMHLFFQFKTTSLDGLILYNSGDGNDFIVVELVKGY-LHYVFDLG
            910       920       930       940       950        960 

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pF1KA0 NGPVEIVVRSPTPLNDDQWHRVTAERNVKQASLQVDRLPQQIRKAPTEGHTRLELYSQLF
       ::   :   :  ::::.::: :   :..  ..:.. ..  .:    : :   :.: :.:.
CCDS82 NGANLIKGSSNKPLNDNQWHNVMISRDT--SNLHTVKIDTKITTQITAGARNLDLKSDLY
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pF1KA0 VGGAG------------GQQGFLGCIRSLRMNGVTLDLEERAKVTSGFIS-GCSGHCTSY
       .::..            ...:: ::. :. .::   ::   :   .: :  :: :  :. 
CCDS82 IGGVAKETYKSLPKLVHAKEGFQGCLASVDLNGRLPDLISDALFCNGQIERGCEGPSTTC
    1020      1030      1040      1050      1060      1070         

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pF1KA0 GTN-CENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDVGA--FFEEGMWLRYNFQAPATNAR
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pF1KA0 DSSSRVDNAPDQQNSHPDLAQEEIRFSFSTTKAPCILLYI--SSFTTDFLAVLVKPTGSL
                :   :..:.   ... ..:::..   .:. .  ::   :.: . ..  :..
CCDS82 ---------P---NDRPSTRADRLAIGFSTVQKEAVLVRVDSSSGLGDYLELHIHQ-GKI
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pF1KA0 QIRYNLGGTREPYNIDVDHRNMANGQPHSVNITRHEKTIFLKLDHYPSVSYHLPSSSDT-
        ...:.:   .   :. ..  . .:. : : .::   .  :..: .: .  .  ...:. 
CCDS82 GVKFNVG--TDDIAIEESNAIINDGKYHVVRFTRSGGNATLQVDSWPVIERYPAGNNDNE
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pF1KA0 -LFNSPKSL--FLGKVIETGKIDQ--EIHKYNTPG------------FTGCLSRVQFNQI
        :  . . .   ::.:..   .:.  ..  .:. .            : : :: . .: .
CCDS82 RLAIARQRIPYRLGRVVDEWLLDKGRQLTIFNSQATIIIGGKEQGQPFQGQLSGLYYNGL
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         :. ::  ..: .  ..:.. ::.     .::.  :                       
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pF1KA0 -SPLTLSPMSSATDPWHLDHLDSASADF---PYNPGQGQAIRNG-----------VNRNS
        .: :  :.:..::   .   .  : :    : .:....  : :           . ..:
CCDS82 GKPPTKEPISQTTDDILVASAECPSDDEDIDPCEPSSANPTRAGGREPYPGSAEVIRESS
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CCDS82 STTGMVVGIVAAAALCILILLYAMYKYRNRDEGSYHVDESRNYISNSAQSNGAVVKEKQP
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CCDS82 SSAKSSNKNKKNKDKEYYV
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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