Result of FASTA (omim) for pF1KB7869
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7869, 561 aa
  1>>>pF1KB7869 561 - 561 aa - 561 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0774+/-0.000519; mu= 12.0701+/- 0.032
 mean_var=259.0227+/-51.848, 0's: 0 Z-trim(117.6): 1992  B-trim: 155 in 2/48
 Lambda= 0.079690
 statistics sampled from 27488 (29804) to 27488 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.696), E-opt: 0.2 (0.349), width:  16
 Scan time:  8.530

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_011514861 (OMIM: 601260) PREDICTED: zinc finger ( 563) 1126 143.5 1.7e-33
NP_001333510 (OMIM: 601260) zinc finger protein wi ( 563) 1126 143.5 1.7e-33
NP_003430 (OMIM: 601260) zinc finger protein with  ( 563) 1126 143.5 1.7e-33
NP_001273983 (OMIM: 601260) zinc finger protein wi ( 527) 1096 140.0 1.8e-32
NP_001333509 (OMIM: 601260) zinc finger protein wi ( 527) 1096 140.0 1.8e-32
XP_011529614 (OMIM: 300627) PREDICTED: zinc finger ( 518) 1094 139.8   2e-32
NP_689908 (OMIM: 300627) zinc finger protein 449 [ ( 518) 1094 139.8   2e-32
XP_006720895 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger ( 644) 1069 137.1 1.7e-31
NP_061983 (OMIM: 611643) zinc finger protein with  ( 545) 1061 136.0 2.9e-31
XP_005249152 (OMIM: 611643) PREDICTED: zinc finger ( 545) 1061 136.0 2.9e-31
XP_006720894 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1023 131.8 6.8e-30
XP_011512890 (OMIM: 611643) PREDICTED: zinc finger ( 516)  992 128.1 6.9e-29
XP_011540503 (OMIM: 611703) PREDICTED: zinc finger ( 452)  960 124.3 8.2e-28
NP_001070663 (OMIM: 611703) zinc finger protein 43 ( 470)  960 124.3 8.4e-28
NP_085137 (OMIM: 611703) zinc finger protein 436 [ ( 470)  960 124.3 8.4e-28
XP_016882723 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 518)  953 123.6 1.5e-27
NP_001243102 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 ( 531)  953 123.6 1.6e-27
XP_011526566 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 536)  953 123.6 1.6e-27
NP_003420 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 is ( 595)  953 123.7 1.7e-27
NP_001243100 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 ( 625)  953 123.7 1.7e-27
XP_011526565 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 640)  953 123.7 1.7e-27
NP_009066 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 is ( 498)  944 122.5 3.1e-27
XP_011515622 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 499)  942 122.3 3.6e-27
XP_016869365 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 499)  942 122.3 3.6e-27
NP_001273699 (OMIM: 194526) zinc finger protein 34 ( 520)  942 122.3 3.7e-27
XP_011515620 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 539)  942 122.4 3.8e-27
NP_001273698 (OMIM: 194526) zinc finger protein 34 ( 539)  942 122.4 3.8e-27
XP_016869364 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 539)  942 122.4 3.8e-27
XP_011515618 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 539)  942 122.4 3.8e-27
XP_011515617 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 539)  942 122.4 3.8e-27
NP_085057 (OMIM: 194526) zinc finger protein 34 is ( 560)  942 122.4 3.9e-27
XP_011515616 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 560)  942 122.4 3.9e-27
XP_016869362 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 560)  942 122.4 3.9e-27
XP_016869363 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 560)  942 122.4 3.9e-27
XP_016869361 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 560)  942 122.4 3.9e-27
NP_001265220 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3  ( 410)  936 121.5 5.3e-27
XP_006716174 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger ( 410)  936 121.5 5.3e-27
XP_016868072 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger ( 410)  936 121.5 5.3e-27
NP_001265221 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3  ( 410)  936 121.5 5.3e-27
XP_016868071 (OMIM: 194510) PREDICTED: zinc finger ( 410)  936 121.5 5.3e-27
NP_001265213 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3  ( 446)  936 121.5 5.5e-27
NP_001265216 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3  ( 446)  936 121.5 5.5e-27
NP_116313 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3 iso ( 446)  936 121.5 5.5e-27
NP_001265219 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3  ( 446)  936 121.5 5.5e-27
NP_001305064 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3  ( 446)  936 121.5 5.5e-27
NP_001305065 (OMIM: 194510) zinc finger protein 3  ( 453)  936 121.6 5.6e-27
NP_001273625 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474)  935 121.5 6.2e-27
NP_001273626 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474)  935 121.5 6.2e-27
NP_001309189 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474)  935 121.5 6.2e-27
XP_006717342 (OMIM: 194552) PREDICTED: zinc finger ( 474)  935 121.5 6.2e-27


>>XP_011514861 (OMIM: 601260) PREDICTED: zinc finger pro  (563 aa)
 initn: 556 init1: 556 opt: 1126  Z-score: 722.5  bits: 143.5 E(85289): 1.7e-33
Smith-Waterman score: 1132; 37.9% identity (64.4% similar) in 554 aa overlap (20-547:1-539)

               10        20              30        40          50  
pF1KB7 MNSSLTAQRRGSDAELGPWVMAARSKDA------APSQRDGLLPVKVEEDSPGS--WEPN
                          .:.:.:..:      : ...::.. :::::..  .  :  .
XP_011                    MMTAESREATGLSPQAAQEKDGIVIVKVEEEDEEDHMWGQD
                                  10        20        30        40 

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pF1KB7 ---YPAASPDPETSRLHFRQLRYQEVAGPEEALSRLRELCRRWLRPELLSKEQILELLVL
            .  ::::  : .::.. ::.. ::.::::::.:::..:::::. .::::::::::
XP_011 STLQDTPPPDPEIFRQRFRRFCYQNTFGPREALSRLKELCHQWLRPEINTKEQILELLVL
              50        60        70        80        90       100 

     110       120       130       140       150       160         
pF1KB7 EQFLTILPEELQAWVREHCPESGEEAVAVVRALQRALDGTSSQGMVTFEDTAVSLTWEEW
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XP_011 EQFLSILPKELQVWLQEYRPDSGEEAVTLLEDLELDLSGQQVPGQVHGPE----MLARGM
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pF1KB7 ERLDPARR----DFCRESAQKD--SGSTVPPSLESRVENKELIPMQQILEEAEPQGQLQE
         :::...    :. .:..:.    .:  :  :.::.     ::     .:. :. : . 
XP_011 VPLDPVQESSSFDLHHEATQSHFKHSSRKPRLLQSRALPAAHIPAPP--HEGSPRDQAMA
       160       170       180       190       200         210     

             230       240       250       260       270       280 
pF1KB7 A--FQGKRPLFSKCGSTHEDRVEKQSGDPLPLKLENSPEAEGLNSISDVNKNGSIEGED-
       .  : .    . :  .   . . .. :     . . : . .  :  :   ..:  ..:. 
XP_011 SALFTADSQAMVKIEDMAVSLILEEWGCQNLARRNLSRDNRQENYGSAFPQGGENRNENE
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pF1KB7 ---SKNNELQNSARCSNLVLCQHIPKAERPTDSEEHGNKCKQSFHMVTWHVLKPHKSDSG
          :: .  ..::  .. .  ..   .:.  .  . :.. ... .  :    . .: :::
XP_011 ESTSKAETSEDSASRGETTGRSQKEFGEKRDQEGKTGERQQKNPEEKT----RKEKRDSG
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pF1KB7 DSFHHSSLFETQRQLHEER-PYKCGN-CGKSFKQRSDLFRHQRIHTGEKPYGCQECGKSF
        .. ..     .. .  :: : . :.  :.::.  :..   ... :: : . :.:::: :
XP_011 PAIGKD-----KKTITGERGPREKGKGLGRSFSLSSNFTTPEEVPTGTKSHRCDECGKCF
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pF1KB7 SQSAALTKHQRTHTGEKPYTCLKCGERFRQNSHLNRHQSTHSRDKHFKCEECGET-CHIS
       ..:..: .:.  ::::::: : .::. :  ::.:  ::  :. .:  .:.:::..  : :
XP_011 TRSSSLIRHKIIHTGEKPYECSECGKAFSLNSNLVLHQRIHTGEKPHECNECGKAFSHSS
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pF1KB7 NLFRHQRLHKGERPYKCEECEKSFKQRSDLFKHHRIHTGEKPYGCSVCGKRFNQSATLIK
       ::. :::.:.::.::.:.:: :.:.: ::: ::.::::::::: :: ::: ::... :: 
XP_011 NLILHQRIHSGEKPYECNECGKAFSQSSDLTKHQRIHTGEKPYECSECGKAFNRNSYLIL
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pF1KB7 HQRIHTGEKPYKCLECGERFRQSTHLIRHQRIHQNKVLSAGRGGSRL          
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XP_011 HRRIHTREKPYKCTKCGKAFTRSSTLTLHHRIHARERASEYSPASLDAFGAFLKSCV
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>>NP_001333510 (OMIM: 601260) zinc finger protein with K  (563 aa)
 initn: 556 init1: 556 opt: 1126  Z-score: 722.5  bits: 143.5 E(85289): 1.7e-33
Smith-Waterman score: 1132; 37.9% identity (64.4% similar) in 554 aa overlap (20-547:1-539)

               10        20              30        40          50  
pF1KB7 MNSSLTAQRRGSDAELGPWVMAARSKDA------APSQRDGLLPVKVEEDSPGS--WEPN
                          .:.:.:..:      : ...::.. :::::..  .  :  .
NP_001                    MMTAESREATGLSPQAAQEKDGIVIVKVEEEDEEDHMWGQD
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pF1KB7 ---YPAASPDPETSRLHFRQLRYQEVAGPEEALSRLRELCRRWLRPELLSKEQILELLVL
            .  ::::  : .::.. ::.. ::.::::::.:::..:::::. .::::::::::
NP_001 STLQDTPPPDPEIFRQRFRRFCYQNTFGPREALSRLKELCHQWLRPEINTKEQILELLVL
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pF1KB7 EQFLTILPEELQAWVREHCPESGEEAVAVVRALQRALDGTSSQGMVTFEDTAVSLTWEEW
       ::::.:::.:::.:..:. :.::::::.... :.  :.: .  :.:   .    .  .  
NP_001 EQFLSILPKELQVWLQEYRPDSGEEAVTLLEDLELDLSGQQVPGQVHGPE----MLARGM
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pF1KB7 ERLDPARR----DFCRESAQKD--SGSTVPPSLESRVENKELIPMQQILEEAEPQGQLQE
         :::...    :. .:..:.    .:  :  :.::.     ::     .:. :. : . 
NP_001 VPLDPVQESSSFDLHHEATQSHFKHSSRKPRLLQSRALPAAHIPAPP--HEGSPRDQAMA
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pF1KB7 A--FQGKRPLFSKCGSTHEDRVEKQSGDPLPLKLENSPEAEGLNSISDVNKNGSIEGED-
       .  : .    . :  .   . . .. :     . . : . .  :  :   ..:  ..:. 
NP_001 SALFTADSQAMVKIEDMAVSLILEEWGCQNLARRNLSRDNRQENYGSAFPQGGENRNENE
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pF1KB7 ---SKNNELQNSARCSNLVLCQHIPKAERPTDSEEHGNKCKQSFHMVTWHVLKPHKSDSG
          :: .  ..::  .. .  ..   .:.  .  . :.. ... .  :    . .: :::
NP_001 ESTSKAETSEDSASRGETTGRSQKEFGEKRDQEGKTGERQQKNPEEKT----RKEKRDSG
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pF1KB7 DSFHHSSLFETQRQLHEER-PYKCGN-CGKSFKQRSDLFRHQRIHTGEKPYGCQECGKSF
        .. ..     .. .  :: : . :.  :.::.  :..   ... :: : . :.:::: :
NP_001 PAIGKD-----KKTITGERGPREKGKGLGRSFSLSSNFTTPEEVPTGTKSHRCDECGKCF
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pF1KB7 SQSAALTKHQRTHTGEKPYTCLKCGERFRQNSHLNRHQSTHSRDKHFKCEECGET-CHIS
       ..:..: .:.  ::::::: : .::. :  ::.:  ::  :. .:  .:.:::..  : :
NP_001 TRSSSLIRHKIIHTGEKPYECSECGKAFSLNSNLVLHQRIHTGEKPHECNECGKAFSHSS
        390       400       410       420       430       440      

          460       470       480       490       500       510    
pF1KB7 NLFRHQRLHKGERPYKCEECEKSFKQRSDLFKHHRIHTGEKPYGCSVCGKRFNQSATLIK
       ::. :::.:.::.::.:.:: :.:.: ::: ::.::::::::: :: ::: ::... :: 
NP_001 NLILHQRIHSGEKPYECNECGKAFSQSSDLTKHQRIHTGEKPYECSECGKAFNRNSYLIL
        450       460       470       480       490       500      

          520       530       540       550       560           
pF1KB7 HQRIHTGEKPYKCLECGERFRQSTHLIRHQRIHQNKVLSAGRGGSRL          
       :.:::: :::::: .::. : .:. :  :.:::                        
NP_001 HRRIHTREKPYKCTKCGKAFTRSSTLTLHHRIHARERASEYSPASLDAFGAFLKSCV
        510       520       530       540       550       560   

>>NP_003430 (OMIM: 601260) zinc finger protein with KRAB  (563 aa)
 initn: 556 init1: 556 opt: 1126  Z-score: 722.5  bits: 143.5 E(85289): 1.7e-33
Smith-Waterman score: 1132; 37.9% identity (64.4% similar) in 554 aa overlap (20-547:1-539)

               10        20              30        40          50  
pF1KB7 MNSSLTAQRRGSDAELGPWVMAARSKDA------APSQRDGLLPVKVEEDSPGS--WEPN
                          .:.:.:..:      : ...::.. :::::..  .  :  .
NP_003                    MMTAESREATGLSPQAAQEKDGIVIVKVEEEDEEDHMWGQD
                                  10        20        30        40 

                60        70        80        90       100         
pF1KB7 ---YPAASPDPETSRLHFRQLRYQEVAGPEEALSRLRELCRRWLRPELLSKEQILELLVL
            .  ::::  : .::.. ::.. ::.::::::.:::..:::::. .::::::::::
NP_003 STLQDTPPPDPEIFRQRFRRFCYQNTFGPREALSRLKELCHQWLRPEINTKEQILELLVL
              50        60        70        80        90       100 

     110       120       130       140       150       160         
pF1KB7 EQFLTILPEELQAWVREHCPESGEEAVAVVRALQRALDGTSSQGMVTFEDTAVSLTWEEW
       ::::.:::.:::.:..:. :.::::::.... :.  :.: .  :.:   .    .  .  
NP_003 EQFLSILPKELQVWLQEYRPDSGEEAVTLLEDLELDLSGQQVPGQVHGPE----MLARGM
             110       120       130       140       150           

     170           180         190       200       210       220   
pF1KB7 ERLDPARR----DFCRESAQKD--SGSTVPPSLESRVENKELIPMQQILEEAEPQGQLQE
         :::...    :. .:..:.    .:  :  :.::.     ::     .:. :. : . 
NP_003 VPLDPVQESSSFDLHHEATQSHFKHSSRKPRLLQSRALPAAHIPAPP--HEGSPRDQAMA
       160       170       180       190       200         210     

             230       240       250       260       270       280 
pF1KB7 A--FQGKRPLFSKCGSTHEDRVEKQSGDPLPLKLENSPEAEGLNSISDVNKNGSIEGED-
       .  : .    . :  .   . . .. :     . . : . .  :  :   ..:  ..:. 
NP_003 SALFTADSQAMVKIEDMAVSLILEEWGCQNLARRNLSRDNRQENYGSAFPQGGENRNENE
         220       230       240       250       260       270     

                 290       300       310       320       330       
pF1KB7 ---SKNNELQNSARCSNLVLCQHIPKAERPTDSEEHGNKCKQSFHMVTWHVLKPHKSDSG
          :: .  ..::  .. .  ..   .:.  .  . :.. ... .  :    . .: :::
NP_003 ESTSKAETSEDSASRGETTGRSQKEFGEKRDQEGKTGERQQKNPEEKT----RKEKRDSG
         280       290       300       310       320           330 

       340       350        360        370       380       390     
pF1KB7 DSFHHSSLFETQRQLHEER-PYKCGN-CGKSFKQRSDLFRHQRIHTGEKPYGCQECGKSF
        .. ..     .. .  :: : . :.  :.::.  :..   ... :: : . :.:::: :
NP_003 PAIGKD-----KKTITGERGPREKGKGLGRSFSLSSNFTTPEEVPTGTKSHRCDECGKCF
                  340       350       360       370       380      

         400       410       420       430       440       450     
pF1KB7 SQSAALTKHQRTHTGEKPYTCLKCGERFRQNSHLNRHQSTHSRDKHFKCEECGET-CHIS
       ..:..: .:.  ::::::: : .::. :  ::.:  ::  :. .:  .:.:::..  : :
NP_003 TRSSSLIRHKIIHTGEKPYECSECGKAFSLNSNLVLHQRIHTGEKPHECNECGKAFSHSS
        390       400       410       420       430       440      

          460       470       480       490       500       510    
pF1KB7 NLFRHQRLHKGERPYKCEECEKSFKQRSDLFKHHRIHTGEKPYGCSVCGKRFNQSATLIK
       ::. :::.:.::.::.:.:: :.:.: ::: ::.::::::::: :: ::: ::... :: 
NP_003 NLILHQRIHSGEKPYECNECGKAFSQSSDLTKHQRIHTGEKPYECSECGKAFNRNSYLIL
        450       460       470       480       490       500      

          520       530       540       550       560           
pF1KB7 HQRIHTGEKPYKCLECGERFRQSTHLIRHQRIHQNKVLSAGRGGSRL          
       :.:::: :::::: .::. : .:. :  :.:::                        
NP_003 HRRIHTREKPYKCTKCGKAFTRSSTLTLHHRIHARERASEYSPASLDAFGAFLKSCV
        510       520       530       540       550       560   

>>NP_001273983 (OMIM: 601260) zinc finger protein with K  (527 aa)
 initn: 556 init1: 556 opt: 1096  Z-score: 704.1  bits: 140.0 E(85289): 1.8e-32
Smith-Waterman score: 1096; 39.0% identity (65.0% similar) in 505 aa overlap (58-547:14-503)

        30        40        50        60        70        80       
pF1KB7 AAPSQRDGLLPVKVEEDSPGSWEPNYPAASPDPETSRLHFRQLRYQEVAGPEEALSRLRE
                                     ::::  : .::.. ::.. ::.::::::.:
NP_001                  MWGQDSTLQDTPPPDPEIFRQRFRRFCYQNTFGPREALSRLKE
                                10        20        30        40   

        90       100       110       120       130       140       
pF1KB7 LCRRWLRPELLSKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVREHCPESGEEAVAVVRALQRALD
       ::..:::::. .::::::::::::::.:::.:::.:..:. :.::::::.... :.  :.
NP_001 LCHQWLRPEINTKEQILELLVLEQFLSILPKELQVWLQEYRPDSGEEAVTLLEDLELDLS
            50        60        70        80        90       100   

       150       160       170           180         190       200 
pF1KB7 GTSSQGMVTFEDTAVSLTWEEWERLDPARR----DFCRESAQKD--SGSTVPPSLESRVE
       : .  :.:   .    .  .    :::...    :. .:..:.    .:  :  :.::. 
NP_001 GQQVPGQVHGPE----MLARGMVPLDPVQESSSFDLHHEATQSHFKHSSRKPRLLQSRAL
           110           120       130       140       150         

             210       220         230       240       250         
pF1KB7 NKELIPMQQILEEAEPQGQLQEA--FQGKRPLFSKCGSTHEDRVEKQSGDPLPLKLENSP
           ::     .:. :. : . .  : .    . :  .   . . .. :     . . : 
NP_001 PAAHIPAPP--HEGSPRDQAMASALFTADSQAMVKIEDMAVSLILEEWGCQNLARRNLSR
     160         170       180       190       200       210       

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pF1KB7 EAEGLNSISDVNKNGSIEGED----SKNNELQNSARCSNLVLCQHIPKAERPTDSEEHGN
       . .  :  :   ..:  ..:.    :: .  ..::  .. .  ..   .:.  .  . :.
NP_001 DNRQENYGSAFPQGGENRNENEESTSKAETSEDSASRGETTGRSQKEFGEKRDQEGKTGE
       220       230       240       250       260       270       

         320       330       340       350        360        370   
pF1KB7 KCKQSFHMVTWHVLKPHKSDSGDSFHHSSLFETQRQLHEER-PYKCGN-CGKSFKQRSDL
       . ... .  :    . .: ::: ..      . .. .  :: : . :.  :.::.  :..
NP_001 RQQKNPEEKT----RKEKRDSGPAIG-----KDKKTITGERGPREKGKGLGRSFSLSSNF
       280           290            300       310       320        

           380       390       400       410       420       430   
pF1KB7 FRHQRIHTGEKPYGCQECGKSFSQSAALTKHQRTHTGEKPYTCLKCGERFRQNSHLNRHQ
          ... :: : . :.:::: :..:..: .:.  ::::::: : .::. :  ::.:  ::
NP_001 TTPEEVPTGTKSHRCDECGKCFTRSSSLIRHKIIHTGEKPYECSECGKAFSLNSNLVLHQ
      330       340       350       360       370       380        

           440       450        460       470       480       490  
pF1KB7 STHSRDKHFKCEECGET-CHISNLFRHQRLHKGERPYKCEECEKSFKQRSDLFKHHRIHT
         :. .:  .:.:::..  : :::. :::.:.::.::.:.:: :.:.: ::: ::.::::
NP_001 RIHTGEKPHECNECGKAFSHSSNLILHQRIHSGEKPYECNECGKAFSQSSDLTKHQRIHT
      390       400       410       420       430       440        

            500       510       520       530       540       550  
pF1KB7 GEKPYGCSVCGKRFNQSATLIKHQRIHTGEKPYKCLECGERFRQSTHLIRHQRIHQNKVL
       ::::: :: ::: ::... :: :.:::: :::::: .::. : .:. :  :.:::     
NP_001 GEKPYECSECGKAFNRNSYLILHRRIHTREKPYKCTKCGKAFTRSSTLTLHHRIHARERA
      450       460       470       480       490       500        

            560           
pF1KB7 SAGRGGSRL          
                          
NP_001 SEYSPASLDAFGAFLKSCV
      510       520       

>>NP_001333509 (OMIM: 601260) zinc finger protein with K  (527 aa)
 initn: 556 init1: 556 opt: 1096  Z-score: 704.1  bits: 140.0 E(85289): 1.8e-32
Smith-Waterman score: 1096; 39.0% identity (65.0% similar) in 505 aa overlap (58-547:14-503)

        30        40        50        60        70        80       
pF1KB7 AAPSQRDGLLPVKVEEDSPGSWEPNYPAASPDPETSRLHFRQLRYQEVAGPEEALSRLRE
                                     ::::  : .::.. ::.. ::.::::::.:
NP_001                  MWGQDSTLQDTPPPDPEIFRQRFRRFCYQNTFGPREALSRLKE
                                10        20        30        40   

        90       100       110       120       130       140       
pF1KB7 LCRRWLRPELLSKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVREHCPESGEEAVAVVRALQRALD
       ::..:::::. .::::::::::::::.:::.:::.:..:. :.::::::.... :.  :.
NP_001 LCHQWLRPEINTKEQILELLVLEQFLSILPKELQVWLQEYRPDSGEEAVTLLEDLELDLS
            50        60        70        80        90       100   

       150       160       170           180         190       200 
pF1KB7 GTSSQGMVTFEDTAVSLTWEEWERLDPARR----DFCRESAQKD--SGSTVPPSLESRVE
       : .  :.:   .    .  .    :::...    :. .:..:.    .:  :  :.::. 
NP_001 GQQVPGQVHGPE----MLARGMVPLDPVQESSSFDLHHEATQSHFKHSSRKPRLLQSRAL
           110           120       130       140       150         

             210       220         230       240       250         
pF1KB7 NKELIPMQQILEEAEPQGQLQEA--FQGKRPLFSKCGSTHEDRVEKQSGDPLPLKLENSP
           ::     .:. :. : . .  : .    . :  .   . . .. :     . . : 
NP_001 PAAHIPAPP--HEGSPRDQAMASALFTADSQAMVKIEDMAVSLILEEWGCQNLARRNLSR
     160         170       180       190       200       210       

     260       270       280           290       300       310     
pF1KB7 EAEGLNSISDVNKNGSIEGED----SKNNELQNSARCSNLVLCQHIPKAERPTDSEEHGN
       . .  :  :   ..:  ..:.    :: .  ..::  .. .  ..   .:.  .  . :.
NP_001 DNRQENYGSAFPQGGENRNENEESTSKAETSEDSASRGETTGRSQKEFGEKRDQEGKTGE
       220       230       240       250       260       270       

         320       330       340       350        360        370   
pF1KB7 KCKQSFHMVTWHVLKPHKSDSGDSFHHSSLFETQRQLHEER-PYKCGN-CGKSFKQRSDL
       . ... .  :    . .: ::: ..      . .. .  :: : . :.  :.::.  :..
NP_001 RQQKNPEEKT----RKEKRDSGPAIG-----KDKKTITGERGPREKGKGLGRSFSLSSNF
       280           290            300       310       320        

           380       390       400       410       420       430   
pF1KB7 FRHQRIHTGEKPYGCQECGKSFSQSAALTKHQRTHTGEKPYTCLKCGERFRQNSHLNRHQ
          ... :: : . :.:::: :..:..: .:.  ::::::: : .::. :  ::.:  ::
NP_001 TTPEEVPTGTKSHRCDECGKCFTRSSSLIRHKIIHTGEKPYECSECGKAFSLNSNLVLHQ
      330       340       350       360       370       380        

           440       450        460       470       480       490  
pF1KB7 STHSRDKHFKCEECGET-CHISNLFRHQRLHKGERPYKCEECEKSFKQRSDLFKHHRIHT
         :. .:  .:.:::..  : :::. :::.:.::.::.:.:: :.:.: ::: ::.::::
NP_001 RIHTGEKPHECNECGKAFSHSSNLILHQRIHSGEKPYECNECGKAFSQSSDLTKHQRIHT
      390       400       410       420       430       440        

            500       510       520       530       540       550  
pF1KB7 GEKPYGCSVCGKRFNQSATLIKHQRIHTGEKPYKCLECGERFRQSTHLIRHQRIHQNKVL
       ::::: :: ::: ::... :: :.:::: :::::: .::. : .:. :  :.:::     
NP_001 GEKPYECSECGKAFNRNSYLILHRRIHTREKPYKCTKCGKAFTRSSTLTLHHRIHARERA
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      510       520       

>>XP_011529614 (OMIM: 300627) PREDICTED: zinc finger pro  (518 aa)
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pF1KB7 LIRHQRIHQNKVLSAGRGGSRL
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XP_011 LIMHQVTHFRGLI         
         510                 

>>NP_689908 (OMIM: 300627) zinc finger protein 449 [Homo  (518 aa)
 initn: 1921 init1: 458 opt: 1094  Z-score: 703.0  bits: 139.8 E(85289): 2e-32
Smith-Waterman score: 1110; 37.6% identity (64.7% similar) in 518 aa overlap (59-547:25-513)

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pF1KB7 QQILEEAEPQGQLQEAF--QGKRPLFSKCGSTHEDRVEKQSGDPLP-----LKLENS--P
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pF1KB7 -TDSEEHGNKCKQSFHMVTWHVLKPHKSDSGDSFHHSSLFET------QRQLHEERPYKC
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pF1KB7 GNCGKSFKQRSDLFRHQRIHTGEKPYGCQECGKSFSQSAALTKHQRTHTGEKPYTCLKCG
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XP_006                       MASGPGSQEREGLLIVKLEEDCAWSQELPPPDPGPSPE
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pF1KB7 TSRLHFRQLRYQEVAGPEEALSRLRELCRRWLRPELLSKEQILELLVLEQFLTILPEELQ
       .:.:.::..:.::.:::.::::::.:::. :::::. .::::::::::::::::::.:.:
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pF1KB7 AWVREHCPESGEEAVAVVRALQRALDGTSSQGMVTFEDTAVSLTWEEWERLDPARRDFCR
       . :.:  ::::::::..:. .:: :    .:  :: .  .. .  ::   :. ::..   
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pF1KB7 EDRVEKQSGDPLPLKLEN-------------SPEAEGL--NSISDVNKNGSIEGEDSKNN
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pF1KB7 ELQNSARCS-NL---VLCQHIPKAERPTDSEEHGNKCKQSFHMVTWHVLKPHKSDSGDSF
            . :: :.   ::     ..: :  : : :    .:  .  :    : ..   ...
XP_006 LEGVPSVCSENIHPQVLLPDQARGEVPW-SPELGRPHDRS--QGDWA--PPPEGGMEQAL
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pF1KB7 HH-SSLFETQR--QLHEERPYKCGNCGKSFKQRSDLFRHQRIHT----------------
          ::  :  :  .:. .. . :  :::.:.. :.:.::::::.                
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pF1KB7 ------------GEKPYGCQECGKSFSQSAALTKHQRTHTGEKPYTCLKCGERFRQNSHL
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pF1KB7 NRHQSTHSRDKHFKCEECGET-CHISNLFRHQRLHKGERPYKCEECEKSFKQRSDLFKHH
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XP_006 HRHQRTHTGEKPYKCPECGEIFAHSSNLLRHQRIHTGERPYKCPECGKSFSRSSHLVIHE
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pF1KB7 RIHTGEKPYGCSVCGKRFNQSATLIKHQRIHTGEKP-YKCLECGERFRQSTHLIRHQRIH
       : :  :. :  : ::.  ..:. .. ..  : .::  ..:: ::. :::. :: :::: :
XP_006 RTHERERLYPFSECGEAVSDSTPFLTNHGAHKAEKKLFECLTCGKSFRQGMHLTRHQRTH
      500       510       520       530       540       550        

       550       560                                               
pF1KB7 QNKVLSAGRGGSRL                                              
                                                                   
XP_006 TGEKPYKCTLCGENFSHRSNLIRHQRIHTGEKPYTCHECGDSFSHSSNRIRHLRTHTGER
      560       570       580       590       600       610        

>--
 initn: 799 init1: 387 opt: 396  Z-score: 268.3  bits: 59.7 E(85289): 3.3e-08
Smith-Waterman score: 396; 61.4% identity (81.9% similar) in 83 aa overlap (355-437:561-643)

          330       340       350       360       370       380    
pF1KB7 TWHVLKPHKSDSGDSFHHSSLFETQRQLHEERPYKCGNCGKSFKQRSDLFRHQRIHTGEK
                                     :.::::  ::..:..::.:.::::::::::
XP_006 AEKKLFECLTCGKSFRQGMHLTRHQRTHTGEKPYKCTLCGENFSHRSNLIRHQRIHTGEK
              540       550       560       570       580       590

          390       400       410       420       430       440    
pF1KB7 PYGCQECGKSFSQSAALTKHQRTHTGEKPYTCLKCGERFRQNSHLNRHQSTHSRDKHFKC
       :: :.::: :::.:.   .: ::::::.:: : .::: : ..:.:  :: ::.       
XP_006 PYTCHECGDSFSHSSNRIRHLRTHTGERPYKCSECGESFSRSSRLMSHQRTHTG      
              600       610       620       630       640          

          450       460       470       480       490       500    
pF1KB7 EECGETCHISNLFRHQRLHKGERPYKCEECEKSFKQRSDLFKHHRIHTGEKPYGCSVCGK

>>NP_061983 (OMIM: 611643) zinc finger protein with KRAB  (545 aa)
 initn: 2049 init1: 606 opt: 1061  Z-score: 682.2  bits: 136.0 E(85289): 2.9e-31
Smith-Waterman score: 1117; 37.3% identity (61.7% similar) in 579 aa overlap (18-550:5-540)

               10        20        30        40        50          
pF1KB7 MNSSLTAQRRGSDAELGPWVMAARSKDAAPSQRDGLLPVKVEEDSPGSWEPNYPAA-SP-
                        :   :: . ..: .:  ::: ::::..  ..   .  :  :: 
NP_061              MAREPRKNAALDAQSAEDQT-GLLTVKVEKEEASALTAEVRAPCSPA
                            10        20         30        40      

        60        70        80        90       100       110       
pF1KB7 -DPETSRLHFRQLRYQEVAGPEEALSRLRELCRRWLRPELLSKEQILELLVLEQFLTILP
         :: :: .:: .:: :.:::.:::::::::: .::.::. :::::::::::::::::::
NP_061 RGPERSRQRFRGFRYPEAAGPREALSRLRELCGQWLQPEMHSKEQILELLVLEQFLTILP
         50        60        70        80        90       100      

       120       130       140       150       160       170       
pF1KB7 EELQAWVREHCPESGEEAVAVVRALQRALDGTSSQGMVTFEDTAVSLTWEEWERLDPARR
        .::.::::. ::::::.:.... :.: ::  . :  :                 : ...
NP_061 GNLQSWVREQHPESGEEVVVLLEYLERQLDEPAPQVPVG----------------DQGQE
        110       120       130       140                       150

       180         190       200       210       220       230     
pF1KB7 DFCRESA--QKDSGSTVPPSLESRVENKELIPMQQILEEAEPQGQLQEAFQGKRPLFSKC
        .: . :   . .::          ....  ::. ....    .:  .    . : ... 
NP_061 LLCCKMALLTQTQGS----------QSSQCQPMKALFKHESLGSQPLHDRVLQVPGLAQG
              160                 170       180       190       200

         240       250               260       270       280       
pF1KB7 GSTHEDRVEKQSGDPLP---LKLEN-----SPEAEGLNSISDVNKNGSIEGED-----SK
       :  .:: .  .   :     ::.:.     .:    :.: :.::   . . :.     : 
NP_061 GCCREDAMVASRLTPGSQGLLKMEDVALTLTPGWTQLDS-SQVNLYRDEKQENHSSLVSL
              210       220       230        240       250         

            290       300       310       320       330       340  
pF1KB7 NNELQNSARCSNLVLCQHIPKAERPTDSEEHGNKCKQSFHMVTWHVLKPHKSDSGDSFHH
       ..:.:...:  .:   ...:.       .:::. :    :.    .  : ....:.  ..
NP_061 GGEIQTKSR--DLPPVKKLPE-------KEHGKIC----HLREDIAQIPTHAEAGE--QE
     260         270              280           290       300      

            350       360       370       380       390       400  
pF1KB7 SSLFETQRQLHEERPYKCGNCGKSFKQRSDLFRHQRIHTGEKPYGCQECGKSFSQSAALT
       . : . :..    : . : .::::: : : : .:.::::::::: :..:::.:  :.::.
NP_061 GRLQRKQKNAIGSRRHYCHECGKSFAQSSGLTKHRRIHTGEKPYECEDCGKTFIGSSALV
          310       320       330       340       350       360    

            410       420       430       440       450        460 
pF1KB7 KHQRTHTGEKPYTCLKCGERFRQNSHLNRHQSTHSRDKHFKCEECGETCHIS-NLFRHQR
        :::.::::::: : .::. : ..:.: .:: ::. .: ..:..::.:   : .:..:..
NP_061 IHQRVHTGEKPYECEECGKVFSHSSNLIKHQRTHTGEKPYECDDCGKTFSQSCSLLEHHK
          370       380       390       400       410       420    

             470       480       490                               
pF1KB7 LHKGERPYKCEECEKSFKQRSDLFKHHRIH-------------------------TGEKP
       .: ::.::.:. : :.:.. : :..:.:::                         . : :
NP_061 IHTGEKPYQCNMCGKAFRRNSHLLRHQRIHGDKNVQNPEHGESWESQGRTESQWENTEAP
          430       440       450       460       470       480    

          500       510       520       530       540       550    
pF1KB7 --YGCSVCGKRFNQSATLIKHQRIHTGEKPYKCLECGERFRQSTHLIRHQRIHQNKVLSA
         : :. : . :... .::.::.::::::::.:  ::. : ....:..::: : .:    
NP_061 VSYKCNECERSFTRNRSLIEHQKIHTGEKPYQCDTCGKGFTRTSYLVQHQRSHVGKKTLS
          490       500       510       520       530       540    

          560 
pF1KB7 GRGGSRL
              
NP_061 Q      
              

>>XP_005249152 (OMIM: 611643) PREDICTED: zinc finger pro  (545 aa)
 initn: 2049 init1: 606 opt: 1061  Z-score: 682.2  bits: 136.0 E(85289): 2.9e-31
Smith-Waterman score: 1117; 37.3% identity (61.7% similar) in 579 aa overlap (18-550:5-540)

               10        20        30        40        50          
pF1KB7 MNSSLTAQRRGSDAELGPWVMAARSKDAAPSQRDGLLPVKVEEDSPGSWEPNYPAA-SP-
                        :   :: . ..: .:  ::: ::::..  ..   .  :  :: 
XP_005              MAREPRKNAALDAQSAEDQT-GLLTVKVEKEEASALTAEVRAPCSPA
                            10        20         30        40      

        60        70        80        90       100       110       
pF1KB7 -DPETSRLHFRQLRYQEVAGPEEALSRLRELCRRWLRPELLSKEQILELLVLEQFLTILP
         :: :: .:: .:: :.:::.:::::::::: .::.::. :::::::::::::::::::
XP_005 RGPERSRQRFRGFRYPEAAGPREALSRLRELCGQWLQPEMHSKEQILELLVLEQFLTILP
         50        60        70        80        90       100      

       120       130       140       150       160       170       
pF1KB7 EELQAWVREHCPESGEEAVAVVRALQRALDGTSSQGMVTFEDTAVSLTWEEWERLDPARR
        .::.::::. ::::::.:.... :.: ::  . :  :                 : ...
XP_005 GNLQSWVREQHPESGEEVVVLLEYLERQLDEPAPQVPVG----------------DQGQE
        110       120       130       140                       150

       180         190       200       210       220       230     
pF1KB7 DFCRESA--QKDSGSTVPPSLESRVENKELIPMQQILEEAEPQGQLQEAFQGKRPLFSKC
        .: . :   . .::          ....  ::. ....    .:  .    . : ... 
XP_005 LLCCKMALLTQTQGS----------QSSQCQPMKALFKHESLGSQPLHDRVLQVPGLAQG
              160                 170       180       190       200

         240       250               260       270       280       
pF1KB7 GSTHEDRVEKQSGDPLP---LKLEN-----SPEAEGLNSISDVNKNGSIEGED-----SK
       :  .:: .  .   :     ::.:.     .:    :.: :.::   . . :.     : 
XP_005 GCCREDAMVASRLTPGSQGLLKMEDVALTLTPGWTQLDS-SQVNLYRDEKQENHSSLVSL
              210       220       230        240       250         

            290       300       310       320       330       340  
pF1KB7 NNELQNSARCSNLVLCQHIPKAERPTDSEEHGNKCKQSFHMVTWHVLKPHKSDSGDSFHH
       ..:.:...:  .:   ...:.       .:::. :    :.    .  : ....:.  ..
XP_005 GGEIQTKSR--DLPPVKKLPE-------KEHGKIC----HLREDIAQIPTHAEAGE--QE
     260         270              280           290       300      

            350       360       370       380       390       400  
pF1KB7 SSLFETQRQLHEERPYKCGNCGKSFKQRSDLFRHQRIHTGEKPYGCQECGKSFSQSAALT
       . : . :..    : . : .::::: : : : .:.::::::::: :..:::.:  :.::.
XP_005 GRLQRKQKNAIGSRRHYCHECGKSFAQSSGLTKHRRIHTGEKPYECEDCGKTFIGSSALV
          310       320       330       340       350       360    

            410       420       430       440       450        460 
pF1KB7 KHQRTHTGEKPYTCLKCGERFRQNSHLNRHQSTHSRDKHFKCEECGETCHIS-NLFRHQR
        :::.::::::: : .::. : ..:.: .:: ::. .: ..:..::.:   : .:..:..
XP_005 IHQRVHTGEKPYECEECGKVFSHSSNLIKHQRTHTGEKPYECDDCGKTFSQSCSLLEHHK
          370       380       390       400       410       420    

             470       480       490                               
pF1KB7 LHKGERPYKCEECEKSFKQRSDLFKHHRIH-------------------------TGEKP
       .: ::.::.:. : :.:.. : :..:.:::                         . : :
XP_005 IHTGEKPYQCNMCGKAFRRNSHLLRHQRIHGDKNVQNPEHGESWESQGRTESQWENTEAP
          430       440       450       460       470       480    

          500       510       520       530       540       550    
pF1KB7 --YGCSVCGKRFNQSATLIKHQRIHTGEKPYKCLECGERFRQSTHLIRHQRIHQNKVLSA
         : :. : . :... .::.::.::::::::.:  ::. : ....:..::: : .:    
XP_005 VSYKCNECERSFTRNRSLIEHQKIHTGEKPYQCDTCGKGFTRTSYLVQHQRSHVGKKTLS
          490       500       510       520       530       540    

          560 
pF1KB7 GRGGSRL
              
XP_005 Q      
              




561 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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