Result of FASTA (ccds) for pF1KB9484
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9484, 2045 aa
  1>>>pF1KB9484 2045 - 2045 aa - 2045 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.7885+/-0.00126; mu= 6.9888+/- 0.076
 mean_var=353.4466+/-69.340, 0's: 0 Z-trim(113.7): 134  B-trim: 29 in 1/52
 Lambda= 0.068220
 statistics sampled from 14218 (14350) to 14218 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.732), E-opt: 0.2 (0.441), width:  16
 Scan time:  7.530

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS30551.1 AGRN gene_id:375790|Hs108|chr1         (2045) 14597 1452.6       0
CCDS30625.1 HSPG2 gene_id:3339|Hs108|chr1          (4391)  701 85.3   6e-15
CCDS3925.1 EGFLAM gene_id:133584|Hs108|chr5        ( 775)  671 81.6 1.5e-14
CCDS3924.1 EGFLAM gene_id:133584|Hs108|chr5        (1009)  671 81.7 1.7e-14
CCDS56363.1 EGFLAM gene_id:133584|Hs108|chr5       (1017)  671 81.7 1.7e-14
CCDS47445.1 EYS gene_id:346007|Hs108|chr6          (3144)  570 72.3 3.6e-11


>>CCDS30551.1 AGRN gene_id:375790|Hs108|chr1              (2045 aa)
 initn: 14597 init1: 14597 opt: 14597  Z-score: 7777.3  bits: 1452.6 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 14597; 100.0% identity (100.0% similar) in 2045 aa overlap (1-2045:1-2045)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MAGRSHPGPLRPLLPLLVVAACVLPGAGGTCPERALERREEEANVVLTGTVEEILNVDPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MAGRSHPGPLRPLLPLLVVAACVLPGAGGTCPERALERREEEANVVLTGTVEEILNVDPV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 QHTYSCKVRVWRYLKGKDLVARESLLDGGNKVVISGFGDPLICDNQVSTGDTRIFFVNPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 QHTYSCKVRVWRYLKGKDLVARESLLDGGNKVVISGFGDPLICDNQVSTGDTRIFFVNPA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 PPYLWPAHKNELMLNSSLMRITLRNLEEVEFCVEDKPGTHFTPVPPTPPDACRGMLCGFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 PPYLWPAHKNELMLNSSLMRITLRNLEEVEFCVEDKPGTHFTPVPPTPPDACRGMLCGFG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 AVCEPNAEGPGRASCVCKKSPCPSVVAPVCGSDASTYSNECELQRAQCSQQRRIRLLSRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 AVCEPNAEGPGRASCVCKKSPCPSVVAPVCGSDASTYSNECELQRAQCSQQRRIRLLSRG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 PCGSRDPCSNVTCSFGSTCARSADGLTASCLCPATCRGAPEGTVCGSDGADYPGECQLLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 PCGSRDPCSNVTCSFGSTCARSADGLTASCLCPATCRGAPEGTVCGSDGADYPGECQLLR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 RACARQENVFKKFDGPCDPCQGALPDPSRSCRVNPRTRRPEMLLRPESCPARQAPVCGDD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RACARQENVFKKFDGPCDPCQGALPDPSRSCRVNPRTRRPEMLLRPESCPARQAPVCGDD
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 GVTYENDCVMGRSGAARGLLLQKVRSGQCQGRDQCPEPCRFNAVCLSRRGRPRCSCDRVT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GVTYENDCVMGRSGAARGLLLQKVRSGQCQGRDQCPEPCRFNAVCLSRRGRPRCSCDRVT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 CDGAYRPVCAQDGRTYDSDCWRQQAECRQQRAIPSKHQGPCDQAPSPCLGVQCAFGATCA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 CDGAYRPVCAQDGRTYDSDCWRQQAECRQQRAIPSKHQGPCDQAPSPCLGVQCAFGATCA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB9 VKNGQAACECLQACSSLYDPVCGSDGVTYGSACELEATACTLGREIQVARKGPCDRCGQC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 VKNGQAACECLQACSSLYDPVCGSDGVTYGSACELEATACTLGREIQVARKGPCDRCGQC
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB9 RFGALCEAETGRCVCPSECVALAQPVCGSDGHTYPSECMLHVHACTHQISLHVASAGPCE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RFGALCEAETGRCVCPSECVALAQPVCGSDGHTYPSECMLHVHACTHQISLHVASAGPCE
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB9 TCGDAVCAFGAVCSAGQCVCPRCEHPPPGPVCGSDGVTYGSACELREAACLQQTQIEEAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 TCGDAVCAFGAVCSAGQCVCPRCEHPPPGPVCGSDGVTYGSACELREAACLQQTQIEEAR
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB9 AGPCEQAECGSGGSGSGEDGDCEQELCRQRGGIWDEDSEDGPCVCDFSCQSVPGSPVCGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 AGPCEQAECGSGGSGSGEDGDCEQELCRQRGGIWDEDSEDGPCVCDFSCQSVPGSPVCGS
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB9 DGVTYSTECELKKARCESQRGLYVAAQGACRGPTFAPLPPVAPLHCAQTPYGCCQDNITA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 DGVTYSTECELKKARCESQRGLYVAAQGACRGPTFAPLPPVAPLHCAQTPYGCCQDNITA
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB9 ARGVGLAGCPSACQCNPHGSYGGTCDPATGQCSCRPGVGGLRCDRCEPGFWNFRGIVTDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ARGVGLAGCPSACQCNPHGSYGGTCDPATGQCSCRPGVGGLRCDRCEPGFWNFRGIVTDG
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB9 RSGCTPCSCDPQGAVRDDCEQMTGLCSCKPGVAGPKCGQCPDGRALGPAGCEADASAPAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RSGCTPCSCDPQGAVRDDCEQMTGLCSCKPGVAGPKCGQCPDGRALGPAGCEADASAPAT
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB9 CAEMRCEFGARCVEESGSAHCVCPMLTCPEANATKVCGSDGVTYGNECQLKTIACRQGLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 CAEMRCEFGARCVEESGSAHCVCPMLTCPEANATKVCGSDGVTYGNECQLKTIACRQGLQ
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB9 ISIQSLGPCQEAVAPSTHPTSASVTVTTPGLLLSQALPAPPGALPLAPSSTAHSQTTPPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ISIQSLGPCQEAVAPSTHPTSASVTVTTPGLLLSQALPAPPGALPLAPSSTAHSQTTPPP
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB9 SSRPRTTASVPRTTVWPVLTVPPTAPSPAPSLVASAFGESGSTDGSSDEELSGDQEASGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 SSRPRTTASVPRTTVWPVLTVPPTAPSPAPSLVASAFGESGSTDGSSDEELSGDQEASGG
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB9 GSGGLEPLEGSSVATPGPPVERASCYNSALGCCSDGKTPSLDAEGSNCPATKVFQGVLEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GSGGLEPLEGSSVATPGPPVERASCYNSALGCCSDGKTPSLDAEGSNCPATKVFQGVLEL
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KB9 EGVEGQELFYTPEMADPKSELFGETARSIESTLDDLFRNSDVKKDFRSVRLRDLGPGKSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 EGVEGQELFYTPEMADPKSELFGETARSIESTLDDLFRNSDVKKDFRSVRLRDLGPGKSV
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KB9 RAIVDVHFDPTTAFRAPDVARALLRQIQVSRRRSLGVRRPLQEHVRFMDFDWFPAFITGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RAIVDVHFDPTTAFRAPDVARALLRQIQVSRRRSLGVRRPLQEHVRFMDFDWFPAFITGA
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290      1300      1310      1320
pF1KB9 TSGAIAAGATARATTASRLPSSAVTPRAPHPSHTSQPVAKTTAAPTTRRPPTTAPSRVPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 TSGAIAAGATARATTASRLPSSAVTPRAPHPSHTSQPVAKTTAAPTTRRPPTTAPSRVPG
             1270      1280      1290      1300      1310      1320

             1330      1340      1350      1360      1370      1380
pF1KB9 RRPPAPQQPPKPCDSQPCFHGGTCQDWALGGGFTCSCPAGRGGAVCEKVLGAPVPAFEGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RRPPAPQQPPKPCDSQPCFHGGTCQDWALGGGFTCSCPAGRGGAVCEKVLGAPVPAFEGR
             1330      1340      1350      1360      1370      1380

             1390      1400      1410      1420      1430      1440
pF1KB9 SFLAFPTLRAYHTLRLALEFRALEPQGLLLYNGNARGKDFLALALLDGRVQLRFDTGSGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 SFLAFPTLRAYHTLRLALEFRALEPQGLLLYNGNARGKDFLALALLDGRVQLRFDTGSGP
             1390      1400      1410      1420      1430      1440

             1450      1460      1470      1480      1490      1500
pF1KB9 AVLTSAVPVEPGQWHRLELSRHWRRGTLSVDGETPVLGESPSGTDGLNLDTDLFVGGVPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 AVLTSAVPVEPGQWHRLELSRHWRRGTLSVDGETPVLGESPSGTDGLNLDTDLFVGGVPE
             1450      1460      1470      1480      1490      1500

             1510      1520      1530      1540      1550      1560
pF1KB9 DQAAVALERTFVGAGLRGCIRLLDVNNQRLELGIGPGAATRGSGVGECGDHPCLPNPCHG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 DQAAVALERTFVGAGLRGCIRLLDVNNQRLELGIGPGAATRGSGVGECGDHPCLPNPCHG
             1510      1520      1530      1540      1550      1560

             1570      1580      1590      1600      1610      1620
pF1KB9 GAPCQNLEAGRFHCQCPPGRVGPTCADEKSPCQPNPCHGAAPCRVLPEGGAQCECPLGRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GAPCQNLEAGRFHCQCPPGRVGPTCADEKSPCQPNPCHGAAPCRVLPEGGAQCECPLGRE
             1570      1580      1590      1600      1610      1620

             1630      1640      1650      1660      1670      1680
pF1KB9 GTFCQTASGQDGSGPFLADFNGFSHLELRGLHTFARDLGEKMALEVVFLARGPSGLLLYN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GTFCQTASGQDGSGPFLADFNGFSHLELRGLHTFARDLGEKMALEVVFLARGPSGLLLYN
             1630      1640      1650      1660      1670      1680

             1690      1700      1710      1720      1730      1740
pF1KB9 GQKTDGKGDFVSLALRDRRLEFRYDLGKGAAVIRSREPVTLGAWTRVSLERNGRKGALRV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GQKTDGKGDFVSLALRDRRLEFRYDLGKGAAVIRSREPVTLGAWTRVSLERNGRKGALRV
             1690      1700      1710      1720      1730      1740

             1750      1760      1770      1780      1790      1800
pF1KB9 GDGPRVLGESPVPHTVLNLKEPLYVGGAPDFSKLARAAAVSSGFDGAIQLVSLGGRQLLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GDGPRVLGESPVPHTVLNLKEPLYVGGAPDFSKLARAAAVSSGFDGAIQLVSLGGRQLLT
             1750      1760      1770      1780      1790      1800

             1810      1820      1830      1840      1850      1860
pF1KB9 PEHVLRQVDVTSFAGHPCTRASGHPCLNGASCVPREAAYVCLCPGGFSGPHCEKGLVEKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 PEHVLRQVDVTSFAGHPCTRASGHPCLNGASCVPREAAYVCLCPGGFSGPHCEKGLVEKS
             1810      1820      1830      1840      1850      1860

             1870      1880      1890      1900      1910      1920
pF1KB9 AGDVDTLAFDGRTFVEYLNAVTESEKALQSNHFELSLRTEATQGLVLWSGKATERADYVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 AGDVDTLAFDGRTFVEYLNAVTESEKALQSNHFELSLRTEATQGLVLWSGKATERADYVA
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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CCDS30 PCPTP
            

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       . .   :.  .     ..:     :  :   .:      .:. . :.:   :. . . ::
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CCDS30 RVGSSLPGRATARNELLHFERAAPEDSGRYRCRVTNKVGSAEAFAQLLVQG---PPGSLP
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CCDS30 ATSIPAGSTPTVQVTPQLETKSIGASVEFHCAVPSDRGTQLRWFKEGGQLPPGHSVQDGV
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CCDS30 LRIQNLDQSCQGTYICQAHGP----WGKAQASAQLVIQAL---PSVLINIRT-SVQTVVV
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CCDS30 SWSKLDGSLPPDSRLE----NNMLMLPSVRPQD---AGTYVCTATNRQGKVKAFAHLQVP
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CCDS30 NGTSQGKFQGLDLNEELYLGGYP-DYGAIP--KAGLSSGFIGCVRELRIQGEEI---VFH
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CCDS30 DLNLTAHGISHCPT--CRDRPCQNGGQCHDSESSSYVCVCPAGFTGSRCEHSQALHCHPE
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        :   : :   :.: :  :.: ::: :  :.   :   . : :.  .  :.: : .:   
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         .  ... :.: :   .:.:.::..: :.    ::::::.   .:::::.::.: ::.:
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CCDS30 SAEPLALGRWHRVSAERLNKDGSLRVNGGRPVLRSSPGKSQGLNLHTLLYLGGVEPSVPL
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       . :. .:. : : .  ::..:..: ::   .  :     . . :: :   .:: .::.:.
CCDS30 SPATNMSAHFRGCVGEVSVNGKRLDLTYSFLGSQGIGQCYDSSPCER---QPCQHGATCM
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pF1KB9 P----------------------------REAAY--------VCLCPGGFSGPHCEKGL-
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CCDS30 PAGEYEFQCLCRDGFKGDLCEHEENPCQLREPCLHGGTCQGTRCLCLPGFSGPRCQQGSG
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pF1KB9 ---------VEKSAG------------DVDTLAFDGRTFVEYLNAVTESEKALQSNHFEL
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CCDS30 HGIAESDWHLEGSGGNDAPGQYGAYFHDDGFLAFPGHVFSRSLPEVPET--------IEL
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        .:: ...::.::.:    .: .  :...:.. :::: . :.:::  . : :  :.: ..
CCDS30 EVRTSTASGLLLWQGVEVGEAGQGKDFISLGLQDGHLVFRYQLGSGEARLVSEDPINDGE
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pF1KB9 WLRVVAHREQREGSLQVGNEAPVTGSSPLGATQLDTDGALWLGGLPELPVGPALPKAYGT
       : ::.: :: :.::.:: .:  :.: ::   . ... :....:: :.  :.      ...
CCDS30 WHRVTALREGRRGSIQVDGEELVSGRSPGPNVAVNAKGSVYIGGAPD--VATLTGGRFSS
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pF1KB9 GFVGCLRDVVVGRHPLHLLEDAVTKPELRPCPTP       
       :..::....:.                              
CCDS30 GITGCVKNLVLHSARPGAPPPQPLDLQHRAQAGANTRPCPS
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>>CCDS3925.1 EGFLAM gene_id:133584|Hs108|chr5             (775 aa)
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pF1KB9 PGRRPPAPQQP--PKPCDSQPCFHGGTCQDWALGGGFTCSCPAGRGGAVCEKVLGAPVPA
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pF1KB9 FEGRSFLAFPTLR-AYHTLRLALEFRALEPQGLLLYNG-NARGK-DFLALALLDGRVQLR
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