Result of FASTA (omim) for pF1KB9467
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9467, 1181 aa
  1>>>pF1KB9467 1181 - 1181 aa - 1181 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8715+/-0.0006; mu= 19.0963+/- 0.037
 mean_var=71.8594+/-14.928, 0's: 0 Z-trim(106.4): 177  B-trim: 482 in 1/52
 Lambda= 0.151298
 statistics sampled from 14316 (14514) to 14316 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.504), E-opt: 0.2 (0.17), width:  16
 Scan time: 14.650

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_002194 (OMIM: 192974,614200) integrin alpha-2 p (1181) 7727 1697.2       0
NP_003628 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isoform (1167) 2280 508.2 1.2e-142
XP_016858112 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1180) 2221 495.4 9.1e-139
XP_016858111 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1181) 2187 487.9 1.6e-136
XP_005277493 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1105) 2083 465.2  1e-129
NP_001004439 (OMIM: 604789) integrin alpha-11 prec (1188) 2042 456.3 5.3e-127
XP_016858113 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1143) 2038 455.4 9.3e-127
XP_016858114 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1143) 2010 449.3 6.5e-125
NP_001289970 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isof (1024) 1886 422.2 8.2e-117
NP_001289969 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isof (1036) 1886 422.2 8.3e-117
XP_011508385 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1002) 1862 417.0  3e-115
XP_005254285 (OMIM: 604789) PREDICTED: integrin al (1086) 1859 416.3 5.2e-115
XP_016858115 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al (1100) 1801 403.7 3.4e-111
XP_016858116 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al ( 835) 1791 401.4 1.2e-110
NP_852478 (OMIM: 192968) integrin alpha-1 precurso (1179) 1742 390.8 2.7e-107
XP_011519665 (OMIM: 604789) PREDICTED: integrin al (1119) 1661 373.1 5.4e-102
XP_016858117 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al ( 796) 1353 305.8 6.9e-82
XP_016878704 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1164) 1037 236.9 5.6e-61
XP_011544141 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1173) 1037 236.9 5.7e-61
XP_011522127 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1185) 1013 231.7 2.2e-59
XP_016880075 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1191) 1013 231.7 2.2e-59
XP_011522125 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1217) 1013 231.7 2.2e-59
NP_002199 (OMIM: 604682) integrin alpha-E precurso (1179) 1012 231.5 2.5e-59
XP_011544138 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1189) 1001 229.1 1.3e-58
XP_011544148 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al ( 790)  995 227.7 2.3e-58
XP_011544145 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1028)  995 227.7 2.9e-58
XP_011544139 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1189)  995 227.8 3.3e-58
XP_011544137 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1190)  995 227.8 3.3e-58
XP_011508386 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al ( 658)  980 224.4 1.9e-57
XP_011544147 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al ( 813)  981 224.6   2e-57
XP_011544150 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al ( 690)  975 223.3 4.2e-57
XP_011522130 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1137)  966 221.4 2.6e-56
XP_011522129 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1163)  966 221.4 2.6e-56
XP_016880076 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al ( 848)  923 212.0 1.3e-53
NP_000623 (OMIM: 120980,609939) integrin alpha-M i (1152)  907 208.5 1.9e-52
XP_011544146 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al ( 998)  848 195.6 1.3e-48
NP_000878 (OMIM: 151510) integrin alpha-X isoform  (1163)  843 194.6 3.1e-48
NP_001273304 (OMIM: 151510) integrin alpha-X isofo (1169)  843 194.6 3.2e-48
XP_011544152 (OMIM: 120980,609939) PREDICTED: inte (1091)  793 183.6 5.7e-45
XP_011544153 (OMIM: 120980,609939) PREDICTED: inte ( 622)  786 182.0   1e-44
NP_001107852 (OMIM: 153370) integrin alpha-L isofo (1086)  777 180.2 6.4e-44
NP_001139280 (OMIM: 120980,609939) integrin alpha- (1153)  777 180.2 6.8e-44
XP_005255370 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1169)  777 180.2 6.9e-44
XP_011544151 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1074)  769 178.4 2.1e-43
XP_006721107 (OMIM: 153370) PREDICTED: integrin al (1087)  769 178.4 2.2e-43
NP_002200 (OMIM: 153370) integrin alpha-L isoform  (1170)  769 178.4 2.3e-43
XP_016878705 (OMIM: 120980,609939) PREDICTED: inte ( 917)  767 177.9 2.5e-43
XP_011544154 (OMIM: 151510) PREDICTED: integrin al ( 798)  747 173.6 4.6e-42
NP_005344 (OMIM: 602453) integrin alpha-D isoform  (1161)  741 172.3 1.6e-41
XP_011544143 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1160)  740 172.1 1.8e-41


>>NP_002194 (OMIM: 192974,614200) integrin alpha-2 precu  (1181 aa)
 initn: 7727 init1: 7727 opt: 7727  Z-score: 9107.5  bits: 1697.2 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 7727; 100.0% identity (100.0% similar) in 1181 aa overlap (1-1181:1-1181)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MGPERTGAAPLPLLLVLALSQGILNCCLAYNVGLPEAKIFSGPSSEQFGYAVQQFINPKG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MGPERTGAAPLPLLLVLALSQGILNCCLAYNVGLPEAKIFSGPSSEQFGYAVQQFINPKG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 NWLLVGSPWSGFPENRMGDVYKCPVDLSTATCEKLNLQTSTSIPNVTEMKTNMSLGLILT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NWLLVGSPWSGFPENRMGDVYKCPVDLSTATCEKLNLQTSTSIPNVTEMKTNMSLGLILT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 RNMGTGGFLTCGPLWAQQCGNQYYTTGVCSDISPDFQLSASFSPATQPCPSLIDVVVVCD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RNMGTGGFLTCGPLWAQQCGNQYYTTGVCSDISPDFQLSASFSPATQPCPSLIDVVVVCD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 ESNSIYPWDAVKNFLEKFVQGLDIGPTKTQVGLIQYANNPRVVFNLNTYKTKEEMIVATS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ESNSIYPWDAVKNFLEKFVQGLDIGPTKTQVGLIQYANNPRVVFNLNTYKTKEEMIVATS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 QTSQYGGDLTNTFGAIQYARKYAYSAASGGRRSATKVMVVVTDGESHDGSMLKAVIDQCN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QTSQYGGDLTNTFGAIQYARKYAYSAASGGRRSATKVMVVVTDGESHDGSMLKAVIDQCN
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 HDNILRFGIAVLGYLNRNALDTKNLIKEIKAIASIPTERYFFNVSDEAALLEKAGTLGEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 HDNILRFGIAVLGYLNRNALDTKNLIKEIKAIASIPTERYFFNVSDEAALLEKAGTLGEQ
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 IFSIEGTVQGGDNFQMEMSQVGFSADYSSQNDILMLGAVGAFGWSGTIVQKTSHGHLIFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IFSIEGTVQGGDNFQMEMSQVGFSADYSSQNDILMLGAVGAFGWSGTIVQKTSHGHLIFP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB9 KQAFDQILQDRNHSSYLGYSVAAISTGESTHFVAGAPRANYTGQIVLYSVNENGNITVIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KQAFDQILQDRNHSSYLGYSVAAISTGESTHFVAGAPRANYTGQIVLYSVNENGNITVIQ
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB9 AHRGDQIGSYFGSVLCSVDVDKDTITDVLLVGAPMYMSDLKKEEGRVYLFTIKEGILGQH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AHRGDQIGSYFGSVLCSVDVDKDTITDVLLVGAPMYMSDLKKEEGRVYLFTIKEGILGQH
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB9 QFLEGPEGIENTRFGSAIAALSDINMDGFNDVIVGSPLENQNSGAVYIYNGHQGTIRTKY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QFLEGPEGIENTRFGSAIAALSDINMDGFNDVIVGSPLENQNSGAVYIYNGHQGTIRTKY
              550       560       570       580       590       600

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pF1KB9 SQKILGSDGAFRSHLQYFGRSLDGYGDLNGDSITDVSIGAFGQVVQLWSQSIADVAIEAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SQKILGSDGAFRSHLQYFGRSLDGYGDLNGDSITDVSIGAFGQVVQLWSQSIADVAIEAS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB9 FTPEKITLVNKNAQIILKLCFSAKFRPTKQNNQVAIVYNITLDADGFSSRVTSRGLFKEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FTPEKITLVNKNAQIILKLCFSAKFRPTKQNNQVAIVYNITLDADGFSSRVTSRGLFKEN
              670       680       690       700       710       720

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pF1KB9 NERCLQKNMVVNQAQSCPEHIIYIQEPSDVVNSLDLRVDISLENPGTSPALEAYSETAKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NERCLQKNMVVNQAQSCPEHIIYIQEPSDVVNSLDLRVDISLENPGTSPALEAYSETAKV
              730       740       750       760       770       780

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pF1KB9 FSIPFHKDCGEDGLCISDLVLDVRQIPAAQEQPFIVSNQNKRLTFSVTLKNKRESAYNTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FSIPFHKDCGEDGLCISDLVLDVRQIPAAQEQPFIVSNQNKRLTFSVTLKNKRESAYNTG
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              850       860       870       880       890       900
pF1KB9 IVVDFSENLFFASFSLPVDGTEVTCQVAASQKSVACDVGYPALKREQQVTFTINFDFNLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IVVDFSENLFFASFSLPVDGTEVTCQVAASQKSVACDVGYPALKREQQVTFTINFDFNLQ
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB9 NLQNQASLSFQALSESQEENKADNLVNLKIPLLYDAEIHLTRSTNINFYEISSDGNVPSI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NLQNQASLSFQALSESQEENKADNLVNLKIPLLYDAEIHLTRSTNINFYEISSDGNVPSI
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB9 VHSFEDVGPKFIFSLKVTTGSVPVSMATVIIHIPQYTKEKNPLMYLTGVQTDKAGDISCN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VHSFEDVGPKFIFSLKVTTGSVPVSMATVIIHIPQYTKEKNPLMYLTGVQTDKAGDISCN
              970       980       990      1000      1010      1020

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pF1KB9 ADINPLKIGQTSSSVSFKSENFRHTKELNCRTASCSNVTCWLKDVHMKGEYFVNVTTRIW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ADINPLKIGQTSSSVSFKSENFRHTKELNCRTASCSNVTCWLKDVHMKGEYFVNVTTRIW
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

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pF1KB9 NGTFASSTFQTVQLTAAAEINTYNPEIYVIEDNTVTIPLMIMKPDEKAEVPTGVIIGSII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NGTFASSTFQTVQLTAAAEINTYNPEIYVIEDNTVTIPLMIMKPDEKAEVPTGVIIGSII
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180 
pF1KB9 AGILLLLALVAILWKLGFFKRKYEKMTKNPDEIDETTELSS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AGILLLLALVAILWKLGFFKRKYEKMTKNPDEIDETTELSS
             1150      1160      1170      1180 

>>NP_003628 (OMIM: 604042) integrin alpha-10 isoform 1 p  (1167 aa)
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NP_001 SILKTPKQRITASELA--TGLQYFGCSIHGQLDLNEDGLIDLAVGALGNAVILWSRPVVQ
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NP_001 INASLHFEPSKINIFHRDCKRSGRDATCLAAFLCFTPIFLAPHFQTTTVGIRYNATMDE-
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pF1KB9 GFSSRVTSRGLFKENNERCLQKNMVVNQAQSCPEHI-IYIQEPSDVVNSLDLRVDISLEN
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NP_001 ---RRYTPRAHLDEGGDRFTNRAVLLSSGQELCERINFHVLDTADYVKPVTFSVEYSLED
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pF1KB9 PGTSPALEAYSETAKVFSIPFHKDCGEDGLCISDLVLDVRQ-IPAAQE-------QP---
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NP_001 PDHGPMLDDGWPTTLRVSVPFWNGCNEDEHCVPDLVLDARSDLPTAMEYCQRVLRKPAQD
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       ..  : ::.. :.. : :.:.. .:::.... ::.. .    : .. .. .:: :  :: 
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pF1KB9 GLCISDLVLDVRQ-IPAAQEQPFIVSNQNKRLTFSVTLKNKRESAYNTGIVVDFSENLFF
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pF1KB9 ASFSLPVDGTEVTCQVAA-SQKSVACDVGYPALKREQQVTFTINFDFNLQNLQNQASLSF
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pF1KB9 CEKLNLQTSTSIPNVTEMKTNMSLGLILTRNMGTGGFLTCGPLWAQQCGNQYYTTGVCSD
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XP_016 CAKGHLG-DYQLGNSSHPAVNMHLGMSLLETDGDGGFMACAPLWSRACGSSVFSSGICAR
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pF1KB9 VFSIPFHKDCGEDGLCISDLVLDVRQ-IPAAQEQPFIVSNQNKRLTFSVTLKNKRESAYN
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NP_001 QKLVPFSKDCGPDNECVTDLVLQVNMDIRGSRKAPFVVRGGRRKVLVSTTLENRKENAYN
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pF1KB9 TGIVVDFSENLFFASFSLPVDGTEVTCQVAA-SQKSVACDVGYPALKREQQVTFTINFDF
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NP_001 TSLSLIFSRNLHLASLT-PQRESPIKVECAAPSAHARLCSVGHPVFQTGAKVTFLLEFEF
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pF1KB9 NLQNLQNQASLSFQALSESQEENKA--DNLVNLKIPLLYDAEIHLTRSTNINFYEISSDG
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NP_001 SCSSLLSQVFVKLTASSDSLERNGTLQDNTAQTSAYIQYEPHLLFSSESTLHRYEVHPYG
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pF1KB9 NVPSIVHSFEDVGPKFIFSLKVTT-GSVPVSMATVIIHIPQYTKEKNPLMYLTGVQTDKA
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NP_001 SCIVQNLTEPP---GPP-----VHPEELQHTNRLNGSNTQCQVVRCHLGQLAKGTEVSVG
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