FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6007, 834 aa 1>>>pF1KB6007 834 - 834 aa - 834 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5384+/-0.000529; mu= 14.1413+/- 0.032 mean_var=130.1379+/-26.671, 0's: 0 Z-trim(110.6): 205 B-trim: 197 in 1/53 Lambda= 0.112427 statistics sampled from 18744 (19002) to 18744 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.581), E-opt: 0.2 (0.223), width: 16 Scan time: 10.810 The best scores are: opt bits E(85289) NP_031394 (OMIM: 605182) ras GTPase-activating pro ( 834) 5599 921.1 0 XP_011533144 (OMIM: 605182) PREDICTED: ras GTPase- ( 802) 5391 887.4 0 XP_011533143 (OMIM: 605182) PREDICTED: ras GTPase- ( 802) 5391 887.4 0 NP_001307751 (OMIM: 605182) ras GTPase-activating ( 802) 5391 887.4 0 NP_006497 (OMIM: 601589) ras GTPase-activating pro ( 849) 3531 585.7 2.9e-166 NP_001290174 (OMIM: 601589) ras GTPase-activating ( 850) 3522 584.3 8e-166 NP_001290175 (OMIM: 601589) ras GTPase-activating ( 853) 3504 581.3 6.1e-165 XP_016862458 (OMIM: 601589) PREDICTED: ras GTPase- ( 871) 3497 580.2 1.4e-164 XP_011511361 (OMIM: 601589) PREDICTED: ras GTPase- ( 853) 3488 578.7 3.7e-164 XP_016862457 (OMIM: 601589) PREDICTED: ras GTPase- ( 872) 3488 578.7 3.7e-164 NP_001307750 (OMIM: 605182) ras GTPase-activating ( 451) 3030 504.2 5.3e-142 XP_016875928 (OMIM: 605182) PREDICTED: ras GTPase- ( 451) 3030 504.2 5.3e-142 XP_016875927 (OMIM: 605182) PREDICTED: ras GTPase- ( 451) 3030 504.2 5.3e-142 XP_016862459 (OMIM: 601589) PREDICTED: ras GTPase- ( 707) 2665 445.2 4.9e-124 XP_016862460 (OMIM: 601589) PREDICTED: ras GTPase- ( 573) 2243 376.6 1.7e-103 XP_016862461 (OMIM: 601589) PREDICTED: ras GTPase- ( 442) 1821 308.1 5.6e-83 NP_008920 (OMIM: 607943) ras GTPase-activating pro ( 803) 816 145.3 1e-33 XP_016867150 (OMIM: 607943) PREDICTED: ras GTPase- ( 840) 816 145.3 1.1e-33 XP_011514025 (OMIM: 607943) PREDICTED: ras GTPase- ( 682) 626 114.4 1.7e-24 NP_001073346 (OMIM: 607943) ras GTPase-activating ( 757) 625 114.3 2.1e-24 XP_016867151 (OMIM: 607943) PREDICTED: ras GTPase- ( 794) 625 114.3 2.2e-24 NP_001180450 (OMIM: 604118) rasGAP-activating-like ( 776) 465 88.4 1.4e-16 XP_011537156 (OMIM: 604118) PREDICTED: rasGAP-acti ( 447) 450 85.7 5e-16 XP_011516573 (OMIM: 609205) PREDICTED: disabled ho (1065) 435 83.6 5.1e-15 XP_016869789 (OMIM: 609205) PREDICTED: disabled ho (1065) 435 83.6 5.1e-15 NP_619723 (OMIM: 609205) disabled homolog 2-intera (1065) 435 83.6 5.1e-15 XP_011516572 (OMIM: 609205) PREDICTED: disabled ho (1065) 435 83.6 5.1e-15 XP_005251781 (OMIM: 609205) PREDICTED: disabled ho (1128) 435 83.7 5.3e-15 XP_011516569 (OMIM: 609205) PREDICTED: disabled ho (1131) 435 83.7 5.3e-15 NP_115941 (OMIM: 609205) disabled homolog 2-intera (1132) 435 83.7 5.3e-15 XP_016869788 (OMIM: 609205) PREDICTED: disabled ho (1141) 435 83.7 5.3e-15 XP_011516568 (OMIM: 609205) PREDICTED: disabled ho (1153) 435 83.7 5.4e-15 XP_011516567 (OMIM: 609205) PREDICTED: disabled ho (1160) 435 83.7 5.4e-15 XP_005251778 (OMIM: 609205) PREDICTED: disabled ho (1161) 435 83.7 5.4e-15 XP_016869787 (OMIM: 609205) PREDICTED: disabled ho (1164) 435 83.7 5.4e-15 XP_011516566 (OMIM: 609205) PREDICTED: disabled ho (1182) 435 83.7 5.5e-15 XP_005251776 (OMIM: 609205) PREDICTED: disabled ho (1189) 435 83.7 5.5e-15 XP_016858344 (OMIM: 606136) PREDICTED: ras GTPase- (1138) 434 83.5 5.9e-15 NP_004832 (OMIM: 606136) ras GTPase-activating pro (1139) 434 83.5 6e-15 XP_005245679 (OMIM: 606136) PREDICTED: ras GTPase- (1142) 434 83.5 6e-15 XP_016858343 (OMIM: 606136) PREDICTED: ras GTPase- (1145) 434 83.5 6e-15 XP_016858342 (OMIM: 606136) PREDICTED: ras GTPase- (1234) 434 83.5 6.3e-15 NP_733793 (OMIM: 606136) ras GTPase-activating pro (1280) 434 83.5 6.5e-15 XP_011508469 (OMIM: 606136) PREDICTED: ras GTPase- (1287) 434 83.5 6.5e-15 XP_011508468 (OMIM: 606136) PREDICTED: ras GTPase- (1290) 434 83.5 6.5e-15 XP_016858341 (OMIM: 606136) PREDICTED: ras GTPase- (1409) 434 83.6 7e-15 XP_016858340 (OMIM: 606136) PREDICTED: ras GTPase- (1412) 434 83.6 7e-15 XP_016858339 (OMIM: 606136) PREDICTED: ras GTPase- (1416) 434 83.6 7e-15 XP_016858338 (OMIM: 606136) PREDICTED: ras GTPase- (1419) 434 83.6 7e-15 NP_006763 (OMIM: 603384,612621) ras/Rap GTPase-act (1343) 427 82.4 1.5e-14 >>NP_031394 (OMIM: 605182) ras GTPase-activating protein (834 aa) initn: 5599 init1: 5599 opt: 5599 Z-score: 4918.8 bits: 921.1 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5599; 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NP_006 PLINGQSCDPYATVSLVGPSRNDQKKTKVKKKTSNPQFNEIFYFEVTRSSSYTRKSQFQV 190 200 210 220 230 240 220 230 240 250 260 270 pF1KB6 EEEDVDKLEIRVDLWNASNLKFGDEFLGELRIPLKVLRQSSSYEAWYFLQPRDNGSKSLK ::::..:::::.:::: .:: : ::::...:..::: .::..:::.:::::::.:: : NP_006 EEEDIEKLEIRIDLWNNGNL-VQDVFLGEIKVPVNVLRTDSSHQAWYLLQPRDNGNKSSK 250 260 270 280 290 300 280 290 300 310 320 330 pF1KB6 PDDLGSLRLNVVYTEDHVFSSDYYSPLRDLLLKSADVEPVSASAAHILGEVCREKQEAAV :::::::::. ::::.:. :.::.::. ::::: ::.:.:::::.::.:.::.:..:.. 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NP_001 AAPAAAAASSEAPAASATAEPEAGDQDSREVRVLQSLRGKICEAKNLLPYLGPHKMRDCF 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 pF1KB6 CTVNLDQEEVFRTKIVEKSLCPFYGEDFYCEIPRSFRHLSFYIFDRDVFRRDSIIGKVAI ::.:::::::.::..::::: ::..:.:: ::::.:..::::..:..:..:: :::::: NP_001 CTINLDQEEVYRTQVVEKSLSPFFSEEFYFEIPRTFQYLSFYVYDKNVLQRDLRIGKVAI 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 pF1KB6 QKEDLQKYHNRDTWFQLQHVDADSEVQGKVHLELRLSEVITDTGVVCHKLATRIVECQGL .:::: .. ...:::.:: ::..:::::::::::.:.:.::..:.::..:...: :.:: NP_001 KKEDLCNHSGKETWFSLQPVDSNSEVQGKVHLELKLNELITENGTVCQQLVVHIKACHGL 130 140 150 160 170 180 160 170 180 190 200 210 pF1KB6 PIVNGQ-CDPYATVTLAGPFRSEAKKTKVKRKTNNPQFDEVFYFEVTRPCSYSKKSHFDF :..::: :::::::.:.:: :.. ::::::.::.::::.:.::::::: ::..::.:. 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NP_001 TIAVYQGPQKEPDDYSNFVIEDSVTTFKTIQQIKSIIEKLDEPHEKYRKKRSSSAKYGSK 790 800 810 820 830 840 820 830 pF1KB6 EHPIGDKSFQNYIRQQSETSTHSI :.:: :. NP_001 ENPIVGKAS 850 >>NP_001290175 (OMIM: 601589) ras GTPase-activating prot (853 aa) initn: 3057 init1: 1943 opt: 3504 Z-score: 3082.2 bits: 581.3 E(85289): 6.1e-165 Smith-Waterman score: 3504; 61.1% identity (86.6% similar) in 821 aa overlap (8-818:34-852) 10 20 30 pF1KB6 MAVEDEGLRVFQSVKIKIGEAKNLPSYPGPSKMRDCY .::.::.. :: ::::: : :: :::::. NP_001 AAPAAAAASSEAPAASATAEPEAGDQDSREVRVLQSLRGKICEAKNLLPYLGPHKMRDCF 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 pF1KB6 CTVNLDQEEVFRTKIVEKSLCPFYGEDFYCEIPRSFRHLSFYIFDRDVFRRDSIIGKVAI ::.:::::::.::..::::: ::..:.:: ::::.:..::::..:..:..:: :::::: NP_001 CTINLDQEEVYRTQVVEKSLSPFFSEEFYFEIPRTFQYLSFYVYDKNVLQRDLRIGKVAI 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 pF1KB6 QKEDLQKYHNRDTWFQLQHVDADSEVQGKVHLELRLSEVITDTGVVCHKLATRIVECQGL .:::: .. ...:::.:: ::..:::::::::::.:.:.::..:.::..:...: :.:: NP_001 KKEDLCNHSGKETWFSLQPVDSNSEVQGKVHLELKLNELITENGTVCQQLVVHIKACHGL 130 140 150 160 170 180 160 170 180 190 200 210 pF1KB6 PIVNGQ-CDPYATVTLAGPFRSEAKKTKVKRKTNNPQFDEVFYFEVTRPCSYSKKSHFDF :..::: :::::::.:.:: :.. ::::::.::.::::.:.::::::: ::..::.:. NP_001 PLINGQSCDPYATVSLVGPSRNDQKKTKVKKKTSNPQFNEIFYFEVTRSSSYTRKSQFQV 190 200 210 220 230 240 220 230 240 250 260 270 pF1KB6 EEEDVDKLEIRVDLWNASNLKFGDEFLGELRIPLKVLRQSSSYEAWYFLQPRDNGSKSLK ::::..:::::.:::: .:: : ::::...:..::: .::..:::.:::::::.:: : NP_001 EEEDIEKLEIRIDLWNNGNL-VQDVFLGEIKVPVNVLRTDSSHQAWYLLQPRDNGNKSSK 250 260 270 280 290 300 280 290 300 310 320 330 pF1KB6 PDDLGSLRLNVVYTEDHVFSSDYYSPLRDLLLKSADVEPVSASAAHILGEVCREKQEAAV :::::::::. ::::.:. :.::.::. ::::: ::.:.:::::.::.:.::.:..:.. NP_001 TDDLGSLRLNICYTEDYVLPSEYYGPLKTLLLKSPDVQPISASAAYILSEICRDKNDAVL 310 320 330 340 350 360 340 350 360 370 380 390 pF1KB6 PLVRLFLHYGRVVPFISAIASAEVKRTQDPNTIFRGNSLASKCIDETMKLAGMHYLHVTL :::::.::. ..::: .:.: ..: ::: ::::::::::..:.:: ::..: :::.::: NP_001 PLVRLLLHHDKLVPFATAVAELDLKDTQDANTIFRGNSLATRCLDEMMKIVGGHYLKVTL 370 380 390 400 410 420 400 410 420 430 440 450 pF1KB6 KPAIEEICQSHKPCEIDPVKLKDGENLENNMENLRQYVDRVFHAITESGVSCPTVMCDIF :: ..:::.: : :::::.:::.:.:.::: :::: :::..:..:..:..:::::::::: NP_001 KPILDEICDSSKSCEIDPIKLKEGDNVENNKENLRYYVDKLFNTIVKSSMSCPTVMCDIF 430 440 450 460 470 480 460 470 480 490 500 510 pF1KB6 FSLREAAAKRFQDDPDVRYTAVSSFIFLRFFAPAILSPNLFQLTPHHTDPQTSRTLTLIS .:::. :..:: .:: :.:.:::::.:::::: :..::. :.: ::: : :: ::::::: NP_001 YSLRQMATQRFPNDPHVQYSAVSSFVFLRFFAVAVVSPHTFHLRPHHPDAQTIRTLTLIS 490 500 510 520 530 540 520 530 540 550 560 570 pF1KB6 KTVQTLGS---LSKSKSASFKESYMATFYEFFNEQKYADAVKNFLDLISSSGRRDPKSVE ::.::::: :::::: ::::..: :...:.:. : :::.::: :::. .. ... NP_001 KTIQTLGSWGSLSKSKS-SFKETFMCEFFKMFQEEGYIIAVKKFLDEISSTETKESSGTS 550 560 570 580 590 600 580 590 600 610 620 pF1KB6 QPIVLKEGFMIKRAQGRKRFGMKNFKKRWFRLTNHEFTYHKS----KGDQPLYSIPIENI .:. :::: : :::::: :.: :::::::: ::..:.::::. . . .:.::..:: NP_001 EPVHLKEGEMYKRAQGRTRIGKKNFKKRWFCLTSRELTYHKQPEFIERKDAIYTIPVKNI 610 620 630 640 650 660 630 640 650 660 670 680 pF1KB6 LAVEKLEEESFKMKNMFQVIQPERALYIQANNCVEAKDWIDILTKVSQCNQKRLTVYHPS :::::::: ::. :::::::. :. ::.::::::::..:::.: .::.:::.::. :::: NP_001 LAVEKLEESSFNKKNMFQVIHTEKPLYVQANNCVEANEWIDVLCRVSRCNQNRLSFYHPS 670 680 690 700 710 720 690 700 710 720 730 740 pF1KB6 AYLSGHWLCCRAPSDSAPGCSPCTGGLPANIQLDIDGDRETERIYSLFNLYMSKLEKMQE .::.:.::::. .... ::.:::.:.::.::.::: :::::::::::.: . ::.::.: NP_001 VYLNGNWLCCQETGENTLGCKPCTAGVPADIQIDIDEDRETERIYSLFTLSLLKLQKMEE 730 740 750 760 770 780 750 760 770 780 790 800 pF1KB6 ACGSKSVYDGPEQE--EYSTFVIDDPQETYKTLKQVIAGVGALEQEHAQYKRDKFKKTKY :::. .::.::..: .::.:::.: :.::..:. . . :.. : .:.. . ...:: NP_001 ACGTIAVYQGPQKEPDDYSNFVIEDSVTTFKTIQQIKSIIEKLDEPHEKYRKKRSSSAKY 790 800 810 820 830 840 810 820 830 pF1KB6 GSQEHPIGDKSFQNYIRQQSETSTHSI ::.:.:: :. NP_001 GSKENPIVGKAS 850 >>XP_016862458 (OMIM: 601589) PREDICTED: ras GTPase-acti (871 aa) initn: 2943 init1: 1909 opt: 3497 Z-score: 3076.0 bits: 580.2 E(85289): 1.4e-164 Smith-Waterman score: 3497; 61.7% identity (87.1% similar) in 805 aa overlap (20-818:68-870) 10 20 30 40 pF1KB6 MAVEDEGLRVFQSVKIKIGEAKNLPSYPGPSKMRDCYCTVNLDQEEVFR ::::: : :: :::::.::.:::::::.: XP_016 VGLSFKKKSKLCRRETSKKKERLKNKKAESEAKNLLPYLGPHKMRDCFCTINLDQEEVYR 40 50 60 70 80 90 50 60 70 80 90 100 pF1KB6 TKIVEKSLCPFYGEDFYCEIPRSFRHLSFYIFDRDVFRRDSIIGKVAIQKEDLQKYHNRD :..::::: ::..:.:: ::::.:..::::..:..:..:: ::::::.:::: .. ... 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