seq1 = pF1KB5513.tfa, 2100 bp
seq2 = pF1KB5513/gi568815597f_223612641.tfa (gi568815597f:223612641_223872239), 259599 bp

>pF1KB5513 2100
>gi568815597f:223612641_223872239 (Chr1)

1-237  (100001-100237)   99% ->
238-307  (105122-105191)   98% ->
308-426  (131460-131578)   99% ->
427-560  (132666-132799)   100% ->
561-729  (134357-134525)   98% ->
730-813  (136399-136482)   100% ->
814-899  (138250-138335)   100% ->
900-974  (139357-139431)   100% ->
975-1135  (140156-140316)   100% ->
1136-1317  (142840-143022)   97% ->
1318-1529  (146630-146841)   100% ->
1530-1566  (148941-148977)   100% ->
1567-1632  (149546-149611)   100% ->
1633-1690  (151510-151567)   100% ->
1691-1755  (153727-153791)   100% ->
1756-1824  (157201-157269)   100% ->
1825-1903  (157807-157885)   100% ->
1904-2020  (159169-159285)   100% ->
2021-2079  (159541-159599)   100% ->
2080-2100  (162194-162214)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGCATCGCGGCCAAGCTGGCGAAGGACCGGGAGGCGGCCGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGCATCGCGGCCAAGCTGGCGAAGGACCGGGAGGCGGCCGAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGGCTCCCACGAGAGGGCCATCAAGTACCTCAACCAGGACTACGAGG
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGGCTCCCACGACAGGGCCATCAAGTACCTCAACCAGGACTACGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCTGCGGAACGAGTGCCTGGAGGCCGGGACGCTCTTCCAGGACCCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCTGCGGAACGAGTGCCTGGAGGCCGGGACGCTCTTCCAGGACCCGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCCGGCCATCCCCTCGGCCCTGGGCTTCAAGGAGTTGGGGCCCTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCCCGGCCATCCCCTCGGCCCTGGGCTTCAAGGAGTTGGGGCCCTACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCAAAACCCGGGGCATCGAGTGGAAGCGCCCCACG         GAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100201 CAGCAAAACCCGGGGCATCGAGTGGAAGCGCCCCACGGTA...CAGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTGCGCTGACCCCCAGTTTATCATTGGAGGAGCCACCCGCACAGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105126 TCTGCGCTGACCCCCAGTTTATCATTGGAGGAGCCACCCGCACAGACATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGCCAAGGAGCCCTAG         GTGACTGCTGGCTGCTGGCAGCCAT
        |||||||||||||| |>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 105176 TGCCAAGGAGCCCTGGGTA...CAGGTGACTGCTGGCTGCTGGCAGCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCCTCCCTCACCTTGAATGAAGAAATCCTGGCTCGAGTCGTCCCCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131485 TGCCTCCCTCACCTTGAATGAAGAAATCCTGGCTCGAGTCGTCCCCCTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACCAGTGCTTCCAGGAAAACTATGCAGGGATCTTTCACTTCCAG      
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 131535 ACCAGAGCTTCCAGGAAAACTATGCAGGGATCTTTCACTTCCAGGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    427    TTCTGGCAATACGGCGAGTGGGTGGAGGTGGTGGTGGATGACAGGCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132663 CAGTTCTGGCAATACGGCGAGTGGGTGGAGGTGGTGGTGGATGACAGGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCCACCAAGGACGGGGAGCTGCTCTTTGTGCATTCAGCCGAAGGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132713 GCCCACCAAGGACGGGGAGCTGCTCTTTGTGCATTCAGCCGAAGGGAGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGTTCTGGAGCGCCCTGCTGGAGAAGGCATACGCCAA         GATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 132763 AGTTCTGGAGCGCCCTGCTGGAGAAGGCATACGCCAAGTA...TAGGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACGGATGCTATGAAGCACTATCAGGGGGTGCCACCACTGAGGGCTTCGA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 134361 AACGGATGCTATGAAGCGCTATCAGGGGGTGCCACCACTGAGGGCTTCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGACTTCACCGGAGGCATTGCTGAGTGGTATGAGTCGAAGAAGCCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 134411 AGACTTCACCGGAGGCATTGCTGAGTGGTATGAGTTGAAGAAGCCCCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCAACCTGTTCAAGATCATCCAGAAAGCTCTGCAAAAAGGCTCTCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134461 CCAACCTGTTCAAGATCATCCAGAAAGCTCTGCAAAAAGGCTCTCTCCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGCTGCTCCATCGAC         ATCACCAGCGCCGCGGACTCGGAGGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 134511 GGCTGCTCCATCGACGTA...CAGATCACCAGCGCCGCGGACTCGGAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CATCACGTTTCAGAAGCTGGTGAAGGGGCACGCGTACTCGGTCACCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136425 CATCACGTTTCAGAAGCTGGTGAAGGGGCACGCGTACTCGGTCACCGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCGAGGAG         GTTGAAAGTAACGGAAGCCTACAGAAACTGATC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 136475 CCGAGGAGGTA...CAGGTTGAAAGTAACGGAAGCCTACAGAAACTGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CGCATCCGAAATCCCTGGGGAGAAGTGGAGTGGACAGGGCGGTGGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138283 CGCATCCGAAATCCCTGGGGAGAAGTGGAGTGGACAGGGCGGTGGAATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAA         CTGCCCAAGCTGGAACACTATAGACCCAGAGGAGAGGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138333 CAAGTG...CAGCTGCCCAAGCTGGAACACTATAGACCCAGAGGAGAGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAAGGCTGACCAGACGGCATGAAGATGGAGAATTCTG         GATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 139395 AAAGGCTGACCAGACGGCATGAAGATGGAGAATTCTGGTA...CAGGATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCTTTCAGTGACTTCCTGAGGCACTATTCCCGCCTGGAGATCTGTAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140160 TCTTTCAGTGACTTCCTGAGGCACTATTCCCGCCTGGAGATCTGTAACCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GACCCCAGACACTCTCACCAGCGATACCTACAAGAAGTGGAAACTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140210 GACCCCAGACACTCTCACCAGCGATACCTACAAGAAGTGGAAACTCACCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAATGGATGGGAACTGGAGGCGGGGCTCCACCGCGGGAGGTTGCAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140260 AAATGGATGGGAACTGGAGGCGGGGCTCCACCGCGGGAGGTTGCAGGAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TACCCGA         ACACATTCTGGATGAACCCTCAGTACCTGATCAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140310 TACCCGAGTA...CAGACACATTCTGGATGAACCCTCAGTACCTGATCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCTGGAGGAGGAGGATGAGGACGAGGAGGATGGGGAGAGCGGCTGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142874 GCTGGAGGAGGAGGATGAGGACGAGGAGGATGGGGAGAGCGGCTGCACCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCCTGGTGGGGCTCATTCAGAAGCACCGACGGCGGCAGAGGAAGATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142924 TCCTGGTGGGGCTCATTCAGAAGCACCGACGGCGGCAGAGGAAGATGGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAGGACATGCACACCATCGGCTTTGGCATCTATGAGGTTCCAGAG G AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |-||||-|-||
 142974 GAGGACATGCACACCATCGGCTTTGGCATCTATGAGGTGC AGAGCGCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1318          TTAAGTGGGCAGACCAACATCCACCTCAGCAAAAACTTCTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143023 GGG...CAGTTAAGTGGGCAGACCAACATCCACCTCAGCAAAAACTTCTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1359 CCTGACGAATCGCGCCAGGGAGCGCTCAGACACCTTCATCAACCTCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146671 CCTGACGAATCGCGCCAGGGAGCGCTCAGACACCTTCATCAACCTCCGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1409 AGGTGCTCAACCGCTTCAAGCTGCCGCCAGGAGAGTACATTCTCGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146721 AGGTGCTCAACCGCTTCAAGCTGCCGCCAGGAGAGTACATTCTCGTGCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1459 TCCACCTTCGAACCCAACAAGGATGGGGATTTCTGCATCCGGGTCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146771 TCCACCTTCGAACCCAACAAGGATGGGGATTTCTGCATCCGGGTCTTTTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1509 TGAAAAGAAAGCTGACTACCA         AGCTGTCGATGATGAAATCG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 146821 TGAAAAGAAAGCTGACTACCAGTA...CAGAGCTGTCGATGATGAAATCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1550 AGGCCAATCTTGAAGAG         TTCGACATCAGCGAGGATGACATT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 148961 AGGCCAATCTTGAAGAGGTA...CAGTTCGACATCAGCGAGGATGACATT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1591 GATGATGGATTCAGGAGACTGTTTGCCCAGTTGGCAGGAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 149570 GATGATGGATTCAGGAGACTGTTTGCCCAGTTGGCAGGAGAGGTA...CA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633  GATGCGGAGATCTCTGCCTTTGAGCTGCAGACCATCCTGAGAAGGGTTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151509 GGATGCGGAGATCTCTGCCTTTGAGCTGCAGACCATCCTGAGAAGGGTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1682 TAGCAAAGC         GCCAAGATATCAAGTCAGATGGCTTCAGCATC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 151559 TAGCAAAGCGTG...TAGGCCAAGATATCAAGTCAGATGGCTTCAGCATC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1723 GAGACATGCAAAATTATGGTTGACATGCTAGAT         TCGGACGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 153759 GAGACATGCAAAATTATGGTTGACATGCTAGATGTA...CAGTCGGACGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1764 GAGTGGCAAGCTGGGGCTGAAGGAGTTCTACATTCTCTGGACGAAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157209 GAGTGGCAAGCTGGGGCTGAAGGAGTTCTACATTCTCTGGACGAAGATTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1814 AAAAATACCAA         AAAATTTACCGAGAAATCGACGTTGACAGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 157259 AAAAATACCAAGTA...CAGAAAATTTACCGAGAAATCGACGTTGACAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1855 TCTGGTACCATGAATTCCTATGAAATGCGGAAGGCATTAGAAGAAGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 157837 TCTGGTACCATGAATTCCTATGAAATGCGGAAGGCATTAGAAGAAGCAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1904         GTTTCAAGATGCCCTGTCAACTCCACCAAGTCATCGTTGCTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157887 TA...CAGGTTTCAAGATGCCCTGTCAACTCCACCAAGTCATCGTTGCTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1946 GGTTTGCAGATGACCAGCTCATCATCGATTTTGATAATTTTGTTCGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159211 GGTTTGCAGATGACCAGCTCATCATCGATTTTGATAATTTTGTTCGGTGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1996 TTGGTTCGGCTGGAAACGCTATTCA         AGATATTTAAGCAGCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 159261 TTGGTTCGGCTGGAAACGCTATTCAGTA...CAGAGATATTTAAGCAGCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2037 GGATCCCGAGAATACTGGAACAATAGAGCTCGACCTTATCTCT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 159557 GGATCCCGAGAATACTGGAACAATAGAGCTCGACCTTATCTCTGTG...C

   2250     .    :    .    :
   2080   TGGCTCTGTTTCTCAGTACTT
        >>|||||||||||||||||||||
 162192 AGTGGCTCTGTTTCTCAGTACTT