Result of FASTA (ccds) for pF1KB5121
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5121, 474 aa
  1>>>pF1KB5121 474 - 474 aa - 474 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7759+/-0.00114; mu= 14.5208+/- 0.068
 mean_var=67.0997+/-13.117, 0's: 0 Z-trim(101.3): 72  B-trim: 0 in 0/50
 Lambda= 0.156572
 statistics sampled from 6370 (6443) to 6370 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.557), E-opt: 0.2 (0.198), width:  16
 Scan time:  2.830

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4          ( 474) 3135 717.8 6.2e-207
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5          ( 474) 2518 578.4 5.6e-165
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 473) 2461 565.5 4.2e-161
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 473) 2373 545.7  4e-155
CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 402) 2060 474.9 6.7e-134
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5          ( 512) 2046 471.8 7.4e-133
CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 388) 2029 467.9 8.3e-132
CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX         ( 632) 1225 286.4   6e-77
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1             ( 452) 1088 255.4 9.2e-68
CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6         ( 462) 1024 240.9 2.1e-63
CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6          ( 479) 1024 240.9 2.2e-63
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5           ( 440) 1023 240.7 2.4e-63
CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6         ( 392) 1014 238.7 8.7e-63
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3       ( 467) 1001 235.7 7.8e-62
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6          ( 465)  999 235.3 1.1e-61
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 452)  963 227.2 2.9e-59
CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 452)  961 226.7   4e-59
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4            ( 497)  957 225.8 8.1e-59
CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5           ( 449)  935 220.8 2.3e-57
CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5          ( 457)  935 220.8 2.4e-57
CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5          ( 467)  930 219.7 5.3e-57
CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4          ( 449)  929 219.5 5.9e-57
CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4           ( 464)  928 219.2 7.2e-57
CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX        ( 417)  925 218.6   1e-56
CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5          ( 475)  925 218.6 1.2e-56
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4          ( 451)  894 211.6 1.4e-54
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4         ( 511)  893 211.4 1.9e-54
CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4          ( 465)  884 209.3   7e-54
CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15        ( 462)  865 205.0 1.4e-52
CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4          ( 554)  854 202.6   9e-52
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5          ( 289)  849 201.3 1.1e-51
CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX          ( 506)  852 202.1 1.1e-51
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5          ( 456)  850 201.6 1.4e-51
CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15        ( 467)  849 201.4 1.7e-51
CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX         ( 492)  845 200.5 3.3e-51
CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5          ( 453)  837 198.7 1.1e-50
CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 363)  833 197.8 1.7e-50
CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4           ( 303)  663 159.3 5.1e-39
CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5         ( 515)  488 119.9 6.5e-27
CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15        ( 253)  454 112.1   7e-25
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4         ( 479)  334 85.1 1.8e-16
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8          ( 494)  319 81.7   2e-15
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8          ( 529)  309 79.4 9.9e-15
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 484)  303 78.1 2.3e-14
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11         ( 463)  300 77.4 3.6e-14
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15        ( 489)  299 77.2 4.4e-14
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15        ( 505)  299 77.2 4.6e-14
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20        ( 627)  290 75.2 2.3e-13
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8          ( 458)  284 73.8 4.4e-13
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8         ( 514)  281 73.1 7.8e-13


>>CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4               (474 aa)
 initn: 3135 init1: 3135 opt: 3135  Z-score: 3828.6  bits: 717.8 E(32554): 6.2e-207
Smith-Waterman score: 3135; 100.0% identity (100.0% similar) in 474 aa overlap (1-474:1-474)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MWTVQNRESLGLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MWTVQNRESLGLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 VDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 SYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAYPRLSLSFRLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAYPRLSLSFRLK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 RNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 PYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQKKGASKQDQSANEKNKLEMNKVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQKKGASKQDQSANEKNKLEMNKVQ
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 VDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGRALDR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGRALDR
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470    
pF1KB5 HGVPSKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 HGVPSKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
              430       440       450       460       470    

>>CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5               (474 aa)
 initn: 2446 init1: 2152 opt: 2518  Z-score: 3075.4  bits: 578.4 E(32554): 5.6e-165
Smith-Waterman score: 2518; 78.8% identity (92.2% similar) in 477 aa overlap (1-474:1-474)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MWTVQNRESLGLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
       :: :..:  .:. :::..:. :: :.:.:.::::: ::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVC-AQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
               10        20         30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 VDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
       : ::: ::.:::::::::::::::::::::.:.::::::. :::::::::::::::::::
CCDS43 VAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPD
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
     120       130       140       150       160       170         

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 SYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAYPRLSLSFRLK
       ::::::::::::: : ..:::::.:::::::::::::...::: :.::.::::::::.::
CCDS43 SYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLK
     180       190       200       210       220       230         

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 RNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKI
       :::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS43 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
     240       250       260       270       280       290         

              310       320       330         340       350        
pF1KB5 PYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQ--KKGASKQDQSANEKNKLEMNK
       :::::::.::::::::::.::::::.:::::::.:::  ::.: :  .. ::: .:..::
CCDS43 PYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNK
     300       310       320       330       340       350         

      360       370       380       390       400       410        
pF1KB5 VQVDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGR-A
         .: : :::::::::.:: . ::.. ...::..:: .::..::::::    :...:: :
CCDS43 --MDPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNA
       360       370       380       390       400       410       

       420       430       440       450       460       470    
pF1KB5 LDRHGVPSKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
       :.:: . .:.:.::::::::. ::::::::.::.:::.:::..::.::.:::::::.
CCDS43 LERHVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
       420       430       440       450       460       470    

>>CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15             (473 aa)
 initn: 2454 init1: 2090 opt: 2461  Z-score: 3005.8  bits: 565.5 E(32554): 4.2e-161
Smith-Waterman score: 2461; 76.9% identity (91.2% similar) in 477 aa overlap (1-474:1-473)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MWTVQNRESLGLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
       :: . . . .:..: ::....::::.:.:.:.:::.::::::.:::::::::::::::::
CCDS10 MWGLAGGRLFGIFSAPVLVAVVCCAQSVNDPGNMSFVKETVDKLLKGYDIRLRPDFGGPP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 VDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
       : ::: ::.::::::::::::::::::::: :.::::.::::::::::::::::::::::
CCDS10 VCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 SYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAYPRLSLSFRLK
       ::::::::::::: ::. :::::..:::::::::....::..: :.::::::::::::::
CCDS10 SYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 RNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKI
       :::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS10 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330         340       350        
pF1KB5 PYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQ--KKGASKQDQSANEKNKLEMNK
       :::::::.:::::::::::::::::::::::::.:::  :: : :  .. :...: : :.
CCDS10 PYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNR
              310       320       330       340       350       360

      360       370       380       390       400       410        
pF1KB5 VQVDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGRAL
         :::::::::..::..::   .::  ...: . .  :.:...:::::    ::..:: :
CCDS10 --VDAHGNILLTSLEVHNEM--NEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRFL
                370         380       390       400       410      

      420        430       440       450       460       470    
pF1KB5 DRHGVP-SKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
         ...: .: ..:::.::::.:::::::::.::.:::. ::.::::::.:::::::.
CCDS10 GDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
        420       430       440       450       460       470   

>>CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15             (473 aa)
 initn: 2366 init1: 2002 opt: 2373  Z-score: 2898.4  bits: 545.7 E(32554): 4e-155
Smith-Waterman score: 2373; 79.2% identity (91.8% similar) in 451 aa overlap (27-474:27-473)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MWTVQNRESLGLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
                                 :.:.:.:::.::::::.:::::::::::::::::
CCDS10 MCSGLLELLLPIWLSWTLGTRGSEPRSVNDPGNMSFVKETVDKLLKGYDIRLRPDFGGPP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 VDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
       : ::: ::.::::::::::::::::::::: :.::::.::::::::::::::::::::::
CCDS10 VCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 SYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAYPRLSLSFRLK
       ::::::::::::: ::. :::::..:::::::::....::..: :.::::::::::::::
CCDS10 SYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 RNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKI
       :::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS10 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330         340       350        
pF1KB5 PYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQ--KKGASKQDQSANEKNKLEMNK
       :::::::.:::::::::::::::::::::::::.:::  :: : :  .. :...: : :.
CCDS10 PYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNR
              310       320       330       340       350       360

      360       370       380       390       400       410        
pF1KB5 VQVDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGRAL
         :::::::::..::..:: .  ::  ...: . .  :.:...:::::    ::..:: :
CCDS10 --VDAHGNILLTSLEVHNEMN--EVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRFL
                370         380       390       400       410      

      420        430       440       450       460       470    
pF1KB5 DRHGVP-SKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
         ...: .: ..:::.::::.:::::::::.::.:::. ::.::::::.:::::::.
CCDS10 GDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
        420       430       440       450       460       470   

>>CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15             (402 aa)
 initn: 2053 init1: 1689 opt: 2060  Z-score: 2517.4  bits: 474.9 E(32554): 6.7e-134
Smith-Waterman score: 2060; 78.3% identity (91.2% similar) in 397 aa overlap (81-474:10-402)

               60        70        80        90       100       110
pF1KB5 RLRPDFGGPPVDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDN
                                     :::::::::: :.::::.::::::::::::
CCDS53                      MWATYQTEEDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDN
                                    10        20        30         

              120       130       140       150       160       170
pF1KB5 RVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPL
      40        50        60        70        80        90         

              180       190       200       210       220       230
pF1KB5 DEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAY
       ::::::::::::::::::::::: ::. :::::..:::::::::....::..: :.::::
CCDS53 DEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAY
     100       110       120       130       140       150         

              240       250       260       270       280       290
pF1KB5 PRLSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTIS
       :::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS53 PRLSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTIN
     160       170       180       190       200       210         

              300       310       320       330         340        
pF1KB5 THLRETLPKIPYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQ--KKGASKQDQSA
       :::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::.:::  :: : :  .. 
CCDS53 THLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAK
     220       230       240       250       260       270         

      350       360       370       380       390       400        
pF1KB5 NEKNKLEMNKVQVDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPL
       :...: : :.:  ::::::::..::..:: .  ::  ...: . .  :.:...:::::  
CCDS53 NDRSKSESNRV--DAHGNILLTSLEVHNEMN--EVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQS
     280       290         300         310       320       330     

      410       420        430       440       450       460       
pF1KB5 SSREAYGRALDRHGVP-SKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVV
         ::..:: :  ...: .: ..:::.::::.:::::::::.::.:::. ::.::::::.:
CCDS53 MPREGHGRFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLV
         340       350       360       370       380       390     

       470    
pF1KB5 YWLYYVH
       ::::::.
CCDS53 YWLYYVN
         400  

>>CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5               (512 aa)
 initn: 2567 init1: 1949 opt: 2046  Z-score: 2498.6  bits: 471.8 E(32554): 7.4e-133
Smith-Waterman score: 2403; 73.1% identity (85.8% similar) in 506 aa overlap (1-467:1-505)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MWTVQNRESLGLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
       :: :..:  .:. :::..:. :: :.:.:.::::: ::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVC-AQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
               10        20         30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 VDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
       : ::: ::.:::::::::::::::::::::.:.::::::. :::::::::::::::::::
CCDS43 VAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPD
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
     120       130       140       150       160       170         

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 SYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAYPRLSLSFRLK
       ::::::::::::: : ..:::::.:::::::::::::...::: :.::.::::::::.::
CCDS43 SYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLK
     180       190       200       210       220       230         

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 RNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKI
       :::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS43 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
     240       250       260       270       280       290         

              310       320       330         340       350        
pF1KB5 PYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQ--KKGASKQDQSANEKNKLEMNK
       :::::::.::::::::::.::::::.:::::::.:::  ::.: :  .. ::: .:..::
CCDS43 PYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNK
     300       310       320       330       340       350         

                                          360       370       380  
pF1KB5 V------------------------------------QVDAHGNILLSTLEIRNETSGSE
       .                                     .: : :::::::::.:: . ::
CCDS43 IFYKDIKQNGTQYRSLWDPTGNLSPTRRTTNYDFSLYTMDPHENILLSTLEIKNEMATSE
     360       370       380       390       400       410         

            390       400       410        420       430       440 
pF1KB5 VLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGR-ALDRHGVPSKGRIRRRASQLKVKIP
       .. ...::..:: .::..::::::    :...:: ::.:: . .:.:.::::::::. ::
CCDS43 AVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALERHVAQKKSRLRRRASQLKITIP
     420       430       440       450       460       470         

             450       460       470    
pF1KB5 DLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
       ::::::.::.:::.:::..::.::.:       
CCDS43 DLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
     480       490       500       510  

>>CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15             (388 aa)
 initn: 2022 init1: 1658 opt: 2029  Z-score: 2479.8  bits: 467.9 E(32554): 8.3e-132
Smith-Waterman score: 2029; 78.1% identity (91.1% similar) in 392 aa overlap (86-474:1-388)

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB5 FGGPPVDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQ
                                     ::::: :.::::.:::::::::::::::::
CCDS53                               MYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQ
                                             10        20        30

         120       130       140       150       160       170     
pF1KB5 LWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNC
               40        50        60        70        80        90

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB5 TLEIESYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAYPRLSL
       :::::::::::::::::: ::. :::::..:::::::::....::..: :.:::::::::
CCDS53 TLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSL
              100       110       120       130       140       150

         240       250       260       270       280       290     
pF1KB5 SFRLKRNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRE
       ::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::
CCDS53 SFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRE
              160       170       180       190       200       210

         300       310       320       330         340       350   
pF1KB5 TLPKIPYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQ--KKGASKQDQSANEKNK
       ::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::.:::  :: : :  .. :...:
CCDS53 TLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSK
              220       230       240       250       260       270

           360       370       380       390       400       410   
pF1KB5 LEMNKVQVDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREA
        : :.  :::::::::..::..:: .  ::  ...: . .  :.:...:::::    ::.
CCDS53 SESNR--VDAHGNILLTSLEVHNEMN--EVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREG
                280       290         300       310       320      

           420        430       440       450       460       470  
pF1KB5 YGRALDRHGVP-SKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYY
       .:: :  ...: .: ..:::.::::.:::::::::.::.:::. ::.::::::.::::::
CCDS53 HGRFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYY
        330       340       350       360       370       380      

         
pF1KB5 VH
       :.
CCDS53 VN
         

>>CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX              (632 aa)
 initn: 1318 init1: 1196 opt: 1225  Z-score: 1494.9  bits: 286.4 E(32554): 6e-77
Smith-Waterman score: 1225; 45.0% identity (78.4% similar) in 398 aa overlap (17-413:43-431)

                             10        20        30        40      
pF1KB5               MWTVQNRESLGLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLK
                                     :....  : . .::    . :.. .::.:.
CCDS14 LLLIRTWLAEGNYPSPIPKFHFEFSSAVPEVVLNLFNCKNCANE----AVVQKILDRVLS
             20        30        40        50            60        

         50        60        70        80        90       100      
pF1KB5 GYDIRLRPDFGGPPVDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNL
        ::.::::.::: :: : . : :.::...::.:::::.::.:.:.:::.::.:    :::
CCDS14 RYDVRLRPNFGGAPVPVRISIYVTSIEQISEMNMDYTITMFFHQTWKDSRLAYYETTLNL
       70        80        90       100       110       120        

        110       120       130       140       150       160      
pF1KB5 TLDNRVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLR
       ::: :. ..::::: ::::.: .::: :::.::...::::::: ::.:.:::::: .::.
CCDS14 TLDYRMHEKLWVPDCYFLNSKDAFVHDVTVENRVFQLHPDGTVRYGIRLTTTAACSLDLH
      130       140       150       160       170       180        

        170       180       190       200       210       220      
pF1KB5 RYPLDEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFT
       ..:.:.: :.: .::::::..:: ..:. . .:.  ......:::...   ..::.: : 
CCDS14 KFPMDKQACNLVVESYGYTVEDIILFWDDNGNAIHMTEELHIPQFTFLGRTITSKEVYFY
      190       200       210       220       230       240        

        230       240       250       260       270       280      
pF1KB5 TGAYPRLSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTM
       ::.: :: :.:...:... ...:.: :..: :: ::.:::.:::.:::::..:.:..: .
CCDS14 TGSYIRLILKFQVQREVNSYLVQVYWPTVLTTITSWISFWMNYDSSAARVTIGLTSMLIL
      250       260       270       280       290       300        

        290       300       310       320       330       340      
pF1KB5 TTISTHLRETLPKIPYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQKKGASKQDQ
       :::..:::. ::.:  .::::::.. :. ::::.::::...::.:...::...   .. .
CCDS14 TTIDSHLRDKLPNISCIKAIDIYILVCLFFVFLSLLEYVYINYLFYSRGPRRQ-PRRHRR
      310       320       330       340       350       360        

        350       360       370       380       390        400     
pF1KB5 SANEKNKLEMNKVQVDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDS-ASIQYR
             . ....: :   ::.  . ..... .: :  .: .. : :.  :  : .: . .
CCDS14 PRRVIARYRYQQVVV---GNVQDGLINVEDGVS-SLPITPAQAPLASPESLGSLTSTSEQ
       370       380          390        400       410       420   

         410       420       430       440       450       460     
pF1KB5 KPLSSREAYGRALDRHGVPSKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFN
         :.. :.                                                    
CCDS14 AQLATSESLSPLTSLSGQAPLATGESLSDLPSTSEQARHSYGVRFNGFQADDSIIPTEIR
           430       440       450       460       470       480   

>>CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1                  (452 aa)
 initn: 1174 init1: 681 opt: 1088  Z-score: 1330.0  bits: 255.4 E(32554): 9.2e-68
Smith-Waterman score: 1173; 42.4% identity (73.4% similar) in 436 aa overlap (41-472:44-450)

               20        30        40        50        60        70
pF1KB5 GLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPPVDVGMRIDVA
                                     .: :. ::   .:: .:::::.:.. ..::
CCDS36 LCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYARNFRPGIGGPPVNVALALEVA
            20        30        40        50        60        70   

               80        90       100       110       120       130
pF1KB5 SIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPDTYFLNDKKSF
       ::: .::.::.::.:....:::.:.::::.    .: ::.: .:.::.:::...: :...
CCDS36 SIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLDSRFVDKLWLPDTFIVNAKSAW
            80        90       100       110       120       130   

              140       150       160       170       180       190
pF1KB5 VHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIESYGYTTDDIE
        : :::.:..:::.:::..::..:::.:.:: ::: .::.:::.: :..:::::...:: 
CCDS36 FHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQECMLDLESYGYSSEDIV
           140       150       160       170       180       190   

              200       210       220        230       240         
pF1KB5 FYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEF-TTGAYPRLSLSFRLKRNIGYFILQ
       .::. ..  . :..:..: ::.:..:..... ..: ..: .::::: :.:.:: : .:.:
CCDS36 YYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQ
           200       210       220       230       240       250   

     250       260       270       280       290       300         
pF1KB5 TYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKIPYVKAIDIY
       .::::.:.. .:::::::.  :  :::.:::::::::::. .  : .::.   .::.:.:
CCDS36 SYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVSARSSLPRASAIKALDVY
           260       270       280       290       300       310   

     310       320       330       340       350       360         
pF1KB5 LMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQKKGASKQDQSANEKNKLEMNKVQVDAHGNILL
       .  :.:::: ::.::::..   :.   .::      :.:  : :.   ....:... :.:
CCDS36 FWICYVFVFAALVEYAFAH---FNADYRKK------QKA--KVKVSRPRAEMDVRNAIVL
           320       330          340               350       360  

     370          380       390       400       410       420      
pF1KB5 STLE---IRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGRALDRHGVPSK
        .:    . .: . :.    :  :   : :: :....  .  ...:. .:.  . :.  .
CCDS36 FSLSAAGVTQELAISRRQRRV--PGNLMGSYRSVGVETGE--TKKEGAARSGGQGGI--R
            370       380         390       400         410        

        430       440       450       460       470    
pF1KB5 GRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
       .:.:          :   :...:: ..:  :: .:.  ::.::  :  
CCDS36 ARLR----------P--IDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM
        420                   430       440       450  

>>CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6              (462 aa)
 initn: 1114 init1: 410 opt: 1024  Z-score: 1251.7  bits: 240.9 E(32554): 2.1e-63
Smith-Waterman score: 1063; 41.0% identity (69.4% similar) in 432 aa overlap (42-469:59-458)

              20        30        40          50        60         
pF1KB5 LLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLK--GYDIRLRPDFGGPPVDVGMRIDV
                                     ..::.   .:. .:: :::: . ::. ..:
CCDS59 PGREVHEMSKKGSPILRRSPDITKSPLTKSEQLLRIDDHDFSMRPGFGGPAIPVGVDVQV
       30        40        50        60        70        80        

      70        80        90        100       110       120        
pF1KB5 ASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSY-SGIPLNLTLDNRVADQLWVPDTYFLNDKK
        :.: .:::.::.:.:.:... :::.:::. :   :..:.:.:.. ..:::: .:...:.
CCDS59 ESLDSISEVDMDFTMTLYLRHYWKDERLSFPSTNNLSMTFDGRLVKKIWVPDMFFVHSKR
       90       100       110       120       130       140        

      130       140       150       160       170       180        
pF1KB5 SFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIESYGYTTDD
       ::.: .:. : :.:..::: :::.::.:.:: : ::. :.::: :.:.::::::.:: ::
CCDS59 SFIHDTTTDNVMLRVQPDGKVLYSLRVTVTAMCNMDFSRFPLDTQTCSLEIESYAYTEDD
      150       160       170       180       190       200        

      190       200       210       220        230       240       
pF1KB5 IEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFT-TGAYPRLSLSFRLKRNIGYFI
       . .::. :. ..   ..: : :: : ... ..: . .. :: : :: ..: :.:.: .:.
CCDS59 LMLYWKKGNDSLKTDERISLSQFLIQEFHTTTKLAFYSSTGWYNRLYINFTLRRHIFFFL
      210       220       230       240       250       260        

       250       260       270       280       290       300       
pF1KB5 LQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKIPYVKAID
       ::::.:.::...::::::::.  :  ::: :::::::::.:: : .  ..:.. :.::.:
CCDS59 LQTYFPATLMVMLSWVSFWIDRRAVPARVPLGITTVLTMSTIITGVNASMPRVSYIKAVD
      270       280       290       300       310       320        

       310       320       330       340       350       360       
pF1KB5 IYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQKKGASKQDQSANEKNKLEMNKVQVDAHGNI
       :::   ::::::..:::: :::.                ...:... .. .    . :  
CCDS59 IYLWVSFVFVFLSVLEYAAVNYL---------------TTVQERKEQKLREKLPCTSGLP
      330       340       350                      360       370   

       370       380       390       400       410       420       
pF1KB5 LLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGRALDRHGVPSKG
          :  . .. : .::    .:    . .:   . .  ::         : .:    :  
CCDS59 PPRTAMLDGNYSDGEV----ND----LDNYMPENGE--KPDRMMVQLTLASERS---SPQ
           380           390           400         410          420

       430       440       450       460       470    
pF1KB5 RIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
       :  .:.: ....:    :...:::.::..:: .. :::..::     
CCDS59 RKSQRSSYVSMRI----DTHAIDKYSRIIFPAAYILFNLIYWSIFS 
              430           440       450       460   




474 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 22:19:33 2016 done: Thu Nov  3 22:19:34 2016
 Total Scan time:  2.830 Total Display time:  0.080

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com