Result of FASTA (omim) for pF1KB4967
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4967, 2414 aa
  1>>>pF1KB4967 2414 - 2414 aa - 2414 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 18.5611+/-0.000545; mu= -35.2392+/- 0.034
 mean_var=935.3053+/-194.677, 0's: 0 Z-trim(123.7): 94  B-trim: 0 in 0/61
 Lambda= 0.041937
 statistics sampled from 43989 (44107) to 43989 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.773), E-opt: 0.2 (0.517), width:  16
 Scan time: 24.060

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_001420 (OMIM: 114500,180849,602700,613684) hist (2414) 16836 1036.3       0
XP_006724228 (OMIM: 114500,180849,602700,613684) P (2388) 12193 755.3  2e-216
XP_005255181 (OMIM: 180849,600140) PREDICTED: CREB (2427) 8641 540.4  1e-151
NP_001073315 (OMIM: 180849,600140) CREB-binding pr (2404) 7025 442.7 2.7e-122
NP_004371 (OMIM: 180849,600140) CREB-binding prote (2442) 6812 429.8 2.1e-118
XP_016878433 (OMIM: 180849,600140) PREDICTED: CREB (2440) 6810 429.7 2.3e-118
XP_011520683 (OMIM: 180849,600140) PREDICTED: CREB (2191) 6715 423.9 1.1e-116
XP_005255182 (OMIM: 180849,600140) PREDICTED: CREB (2303) 6510 411.5 6.3e-113
XP_006720911 (OMIM: 180849,600140) PREDICTED: CREB (2355) 3919 254.7   1e-65
XP_011520684 (OMIM: 180849,600140) PREDICTED: CREB (1286) 1881 131.2 8.2e-29


>>NP_001420 (OMIM: 114500,180849,602700,613684) histone   (2414 aa)
 initn: 16836 init1: 16836 opt: 16836  Z-score: 5524.5  bits: 1036.3 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 16836; 100.0% identity (100.0% similar) in 2414 aa overlap (1-2414:1-2414)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MAENVVEPGPPSAKRPKLSSPALSASASDGTDFGSLFDLEHDLPDELINSTELGLTNGGD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAENVVEPGPPSAKRPKLSSPALSASASDGTDFGSLFDLEHDLPDELINSTELGLTNGGD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 INQLQTSLGMVQDAASKHKQLSELLRSGSSPNLNMGVGGPGQVMASQAQQSSPGLGLINS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 INQLQTSLGMVQDAASKHKQLSELLRSGSSPNLNMGVGGPGQVMASQAQQSSPGLGLINS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 MVKSPMTQAGLTSPNMGMGTSGPNQGPTQSTGMMNSPVNQPAMGMNTGMNAGMNPGMLAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MVKSPMTQAGLTSPNMGMGTSGPNQGPTQSTGMMNSPVNQPAMGMNTGMNAGMNPGMLAA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 GNGQGIMPNQVMNGSIGAGRGRQNMQYPNPGMGSAGNLLTEPLQQGSPQMGGQTGLRGPQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GNGQGIMPNQVMNGSIGAGRGRQNMQYPNPGMGSAGNLLTEPLQQGSPQMGGQTGLRGPQ
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 PLKMGMMNNPNPYGSPYTQNPGQQIGASGLGLQIQTKTVLSNNLSPFAMDKKAVPGGGMP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PLKMGMMNNPNPYGSPYTQNPGQQIGASGLGLQIQTKTVLSNNLSPFAMDKKAVPGGGMP
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 NMGQQPAPQVQQPGLVTPVAQGMGSGAHTADPEKRKLIQQQLVLLLHAHKCQRREQANGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NMGQQPAPQVQQPGLVTPVAQGMGSGAHTADPEKRKLIQQQLVLLLHAHKCQRREQANGE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 VRQCNLPHCRTMKNVLNHMTHCQSGKSCQVAHCASSRQIISHWKNCTRHDCPVCLPLKNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VRQCNLPHCRTMKNVLNHMTHCQSGKSCQVAHCASSRQIISHWKNCTRHDCPVCLPLKNA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 GDKRNQQPILTGAPVGLGNPSSLGVGQQSAPNLSTVSQIDPSSIERAYAALGLPYQVNQM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GDKRNQQPILTGAPVGLGNPSSLGVGQQSAPNLSTVSQIDPSSIERAYAALGLPYQVNQM
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 PTQPQVQAKNQQNQQPGQSPQGMRPMSNMSASPMGVNGGVGVQTPSLLSDSMLHSAINSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PTQPQVQAKNQQNQQPGQSPQGMRPMSNMSASPMGVNGGVGVQTPSLLSDSMLHSAINSQ
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB4 NPMMSENASVPSLGPMPTAAQPSTTGIRKQWHEDITQDLRNHLVHKLVQAIFPTPDPAAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NPMMSENASVPSLGPMPTAAQPSTTGIRKQWHEDITQDLRNHLVHKLVQAIFPTPDPAAL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB4 KDRRMENLVAYARKVEGDMYESANNRAEYYHLLAEKIYKIQKELEEKRRTRLQKQNMLPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KDRRMENLVAYARKVEGDMYESANNRAEYYHLLAEKIYKIQKELEEKRRTRLQKQNMLPN
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB4 AAGMVPVSMNPGPNMGQPQPGMTSNGPLPDPSMIRGSVPNQMMPRITPQSGLNQFGQMSM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AAGMVPVSMNPGPNMGQPQPGMTSNGPLPDPSMIRGSVPNQMMPRITPQSGLNQFGQMSM
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB4 AQPPIVPRQTPPLQHHGQLAQPGALNPPMGYGPRMQQPSNQGQFLPQTQFPSQGMNVTNI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AQPPIVPRQTPPLQHHGQLAQPGALNPPMGYGPRMQQPSNQGQFLPQTQFPSQGMNVTNI
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB4 PLAPSSGQAPVSQAQMSSSSCPVNSPIMPPGSQGSHIHCPQLPQPALHQNSPSPVPSRTP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PLAPSSGQAPVSQAQMSSSSCPVNSPIMPPGSQGSHIHCPQLPQPALHQNSPSPVPSRTP
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB4 TPHHTPPSIGAQQPPATTIPAPVPTPPAMPPGPQSQALHPPPRQTPTPPTTQLPQQVQPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TPHHTPPSIGAQQPPATTIPAPVPTPPAMPPGPQSQALHPPPRQTPTPPTTQLPQQVQPS
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB4 LPAAPSADQPQQQPRSQQSTAASVPTPTAPLLPPQPATPLSQPAVSIEGQVSNPPSTSST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LPAAPSADQPQQQPRSQQSTAASVPTPTAPLLPPQPATPLSQPAVSIEGQVSNPPSTSST
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB4 EVNSQAIAEKQPSQEVKMEAKMEVDQPEPADTQPEDISESKVEDCKMESTETEERSTELK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EVNSQAIAEKQPSQEVKMEAKMEVDQPEPADTQPEDISESKVEDCKMESTETEERSTELK
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB4 TEIKEEEDQPSTSATQSSPAPGQSKKKIFKPEELRQALMPTLEALYRQDPESLPFRQPVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TEIKEEEDQPSTSATQSSPAPGQSKKKIFKPEELRQALMPTLEALYRQDPESLPFRQPVD
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB4 PQLLGIPDYFDIVKSPMDLSTIKRKLDTGQYQEPWQYVDDIWLMFNNAWLYNRKTSRVYK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PQLLGIPDYFDIVKSPMDLSTIKRKLDTGQYQEPWQYVDDIWLMFNNAWLYNRKTSRVYK
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KB4 YCSKLSEVFEQEIDPVMQSLGYCCGRKLEFSPQTLCCYGKQLCTIPRDATYYSYQNRYHF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YCSKLSEVFEQEIDPVMQSLGYCCGRKLEFSPQTLCCYGKQLCTIPRDATYYSYQNRYHF
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KB4 CEKCFNEIQGESVSLGDDPSQPQTTINKEQFSKRKNDTLDPELFVECTECGRKMHQICVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CEKCFNEIQGESVSLGDDPSQPQTTINKEQFSKRKNDTLDPELFVECTECGRKMHQICVL
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290      1300      1310      1320
pF1KB4 HHEIIWPAGFVCDGCLKKSARTRKENKFSAKRLPSTRLGTFLENRVNDFLRRQNHPESGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HHEIIWPAGFVCDGCLKKSARTRKENKFSAKRLPSTRLGTFLENRVNDFLRRQNHPESGE
             1270      1280      1290      1300      1310      1320

             1330      1340      1350      1360      1370      1380
pF1KB4 VTVRVVHASDKTVEVKPGMKARFVDSGEMAESFPYRTKALFAFEEIDGVDLCFFGMHVQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VTVRVVHASDKTVEVKPGMKARFVDSGEMAESFPYRTKALFAFEEIDGVDLCFFGMHVQE
             1330      1340      1350      1360      1370      1380

             1390      1400      1410      1420      1430      1440
pF1KB4 YGSDCPPPNQRRVYISYLDSVHFFRPKCLRTAVYHEILIGYLEYVKKLGYTTGHIWACPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YGSDCPPPNQRRVYISYLDSVHFFRPKCLRTAVYHEILIGYLEYVKKLGYTTGHIWACPP
             1390      1400      1410      1420      1430      1440

             1450      1460      1470      1480      1490      1500
pF1KB4 SEGDDYIFHCHPPDQKIPKPKRLQEWYKKMLDKAVSERIVHDYKDIFKQATEDRLTSAKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SEGDDYIFHCHPPDQKIPKPKRLQEWYKKMLDKAVSERIVHDYKDIFKQATEDRLTSAKE
             1450      1460      1470      1480      1490      1500

             1510      1520      1530      1540      1550      1560
pF1KB4 LPYFEGDFWPNVLEESIKELEQEEEERKREENTSNESTDVTKGDSKNAKKKNNKKTSKNK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LPYFEGDFWPNVLEESIKELEQEEEERKREENTSNESTDVTKGDSKNAKKKNNKKTSKNK
             1510      1520      1530      1540      1550      1560

             1570      1580      1590      1600      1610      1620
pF1KB4 SSLSRGNKKKPGMPNVSNDLSQKLYATMEKHKEVFFVIRLIAGPAANSLPPIVDPDPLIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSLSRGNKKKPGMPNVSNDLSQKLYATMEKHKEVFFVIRLIAGPAANSLPPIVDPDPLIP
             1570      1580      1590      1600      1610      1620

             1630      1640      1650      1660      1670      1680
pF1KB4 CDLMDGRDAFLTLARDKHLEFSSLRRAQWSTMCMLVELHTQSQDRFVYTCNECKHHVETR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CDLMDGRDAFLTLARDKHLEFSSLRRAQWSTMCMLVELHTQSQDRFVYTCNECKHHVETR
             1630      1640      1650      1660      1670      1680

             1690      1700      1710      1720      1730      1740
pF1KB4 WHCTVCEDYDLCITCYNTKNHDHKMEKLGLGLDDESNNQQAAATQSPGDSRRLSIQRCIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WHCTVCEDYDLCITCYNTKNHDHKMEKLGLGLDDESNNQQAAATQSPGDSRRLSIQRCIQ
             1690      1700      1710      1720      1730      1740

             1750      1760      1770      1780      1790      1800
pF1KB4 SLVHACQCRNANCSLPSCQKMKRVVQHTKGCKRKTNGGCPICKQLIALCCYHAKHCQENK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SLVHACQCRNANCSLPSCQKMKRVVQHTKGCKRKTNGGCPICKQLIALCCYHAKHCQENK
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             1810      1820      1830      1840      1850      1860
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SPQTSSPHPGLVAAQANPMEQGHFASPDQNSMLSQLASNPGMANLHGASATDLGLSTDNS
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       ::::::::::::::
NP_001 DLNSNLSQSTLDIH
             2410    

>>XP_006724228 (OMIM: 114500,180849,602700,613684) PREDI  (2388 aa)
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Smith-Waterman score: 16580; 98.9% identity (98.9% similar) in 2414 aa overlap (1-2414:1-2388)

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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       :.::::::....:. ..:::...:.:..:: :: . :. . :    ...:.:  :..   
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NP_001 LEKFVEGL   
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       .         .: ::::::::::::::.::. ..: :.:.     :  : ...:::   .
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       : ... ...: :::..:.  ..:..   . .::::. . .:.        .:. .:    
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       ::.:.. :. .:  . :.:  :  : : .   ..:::.:     .:    ..:. :....
NP_004 GATGVNPQLASKQSMVNSLPTFPTDIKNTSVTNVPNMSQ-----MQTSVGIVPT-QAIAT
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       :  :::::::::::::::::::::::::::::::::: :.::::::::::::::::::.:
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pF1KB4 KSCQVAHCASSRQIISHWKNCTRHDCPVCLPLKNAGDKRNQQPILTGAPV-GLGNP-SSL
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NP_004 KACQVAHCASSRQIISHWKNCTRHDCPVCLPLKNASDKRNQQTIL-GSPASGIQNTIGSV
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pF1KB4 GVGQQSAPNLSTVSQIDPSSIERAYAALGLPYQVNQMPTQPQVQAKNQQNQQPGQSPQGM
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NP_004 GTGQQNATSLSNPNPIDPSSMQRAYAALGLPY-MNQPQTQLQPQVPGQQPAQP-QTHQQM
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pF1KB4 RPMSNMSASPMGV-NGGVGV--QTPSLLSDSMLHSAINSQNPMM---SENASVPSLGPMP
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NP_004 DMYESANSRDEYYHLLAEKIYKIQKELEEKRRSRLHKQGILGNQPAL-PAPGAQPPVIPQ
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pF1KB4 PQPGMTSNGPLPDPSMIRGSVPNQMMPRITPQSGLNQFGQMSMAQPPIVPRQTPPLQHHG
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NP_004 QMNSMGSV-PGMAISPSRMPQPPNMMGAHTNNMMAQAPAQSQFLPQNQFPSSS-GAMSVG
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NP_004 -AQAQVTPQPQTPVQPPSVATPQSSQQQPT-PVHAQPPGTPLSQAAASIDNRVPTPSSVA
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NP_004 EEIDGVDVCFFGMHVQEYGSDCPPPNTRRVYISYLDSIHFFRPRCLRTAVYHEILIGYLE
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NP_004 GDSKNAKKKNNKKTNKNKSSISRANKKKPSMPNVSNDLSQKLYATMEKHKEVFFVIHLHA
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pF1KB4 QDRFVYTCNECKHHVETRWHCTVCEDYDLCITCYNTKNHDHKMEKLGLGLDDESNNQQAA
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XP_011 QMNSMGSV-PGMAISPSRMPQPPNMMGAHTNNMMAQAPAQSQFLPQNQFPSSS-GAMSVG
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