Result of FASTA (ccds) for pF1KB4802
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4802, 1172 aa
  1>>>pF1KB4802 1172 - 1172 aa - 1172 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3178+/-0.00121; mu= 15.0189+/- 0.072
 mean_var=224.0279+/-43.790, 0's: 0 Z-trim(109.6): 111  B-trim: 77 in 2/50
 Lambda= 0.085689
 statistics sampled from 10910 (11017) to 10910 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.681), E-opt: 0.2 (0.338), width:  16
 Scan time:  4.550

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS1487.1 LAMB3 gene_id:3914|Hs108|chr1           (1172) 8180 1025.8       0
CCDS2789.1 LAMB2 gene_id:3913|Hs108|chr3           (1798) 1258 170.3 3.8e-41
CCDS83218.1 LAMB4 gene_id:22798|Hs108|chr7         ( 772) 1251 169.0   4e-41
CCDS34732.1 LAMB4 gene_id:22798|Hs108|chr7         (1761) 1251 169.4 6.8e-41
CCDS5750.1 LAMB1 gene_id:3912|Hs108|chr7           (1786) 1119 153.1 5.6e-36
CCDS9054.1 NTN4 gene_id:59277|Hs108|chr12          ( 628) 1007 138.7 4.3e-32
CCDS6938.1 LAMC3 gene_id:10319|Hs108|chr9          (1575)  827 116.9 3.8e-25
CCDS33502.1 LAMA5 gene_id:3911|Hs108|chr20         (3695)  823 116.9 9.1e-25
CCDS45838.1 LAMA3 gene_id:3909|Hs108|chr18         (3277)  771 110.4 7.3e-23
CCDS42419.1 LAMA3 gene_id:3909|Hs108|chr18         (3333)  771 110.4 7.4e-23
CCDS11148.1 NTN1 gene_id:9423|Hs108|chr17          ( 604)  755 107.5 9.9e-23
CCDS1516.1 USH2A gene_id:7399|Hs108|chr1           (1546)  671 97.6 2.4e-19
CCDS1351.1 LAMC1 gene_id:3915|Hs108|chr1           (1609)  669 97.4 2.9e-19
CCDS31025.1 USH2A gene_id:7399|Hs108|chr1          (5202)  671 98.3 5.1e-19
CCDS10469.1 NTN3 gene_id:4917|Hs108|chr16          ( 580)  638 93.0 2.2e-18
CCDS32787.1 LAMA1 gene_id:284217|Hs108|chr18       (3075)  580 86.8   9e-16
CCDS5138.1 LAMA2 gene_id:3908|Hs108|chr6           (3122)  542 82.1 2.4e-14
CCDS33068.1 NTN5 gene_id:126147|Hs108|chr19        ( 489)  514 77.6 8.1e-14
CCDS44180.1 NTNG1 gene_id:22854|Hs108|chr1         ( 539)  477 73.1 2.1e-12
CCDS48010.2 MEGF9 gene_id:1955|Hs108|chr9          ( 602)  464 71.5 6.7e-12
CCDS6946.1 NTNG2 gene_id:84628|Hs108|chr9          ( 530)  456 70.5 1.2e-11


>>CCDS1487.1 LAMB3 gene_id:3914|Hs108|chr1                (1172 aa)
 initn: 8180 init1: 8180 opt: 8180  Z-score: 5479.0  bits: 1025.8 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 8180; 100.0% identity (100.0% similar) in 1172 aa overlap (1-1172:1-1172)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MRPFFLLCFALPGLLHAQQACSRGACYPPVGDLLVGRTRFLRASSTCGLTKPETYCTQYG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MRPFFLLCFALPGLLHAQQACSRGACYPPVGDLLVGRTRFLRASSTCGLTKPETYCTQYG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 EWQMKCCKCDSRQPHNYYSHRVENVASSSGPMRWWQSQNDVNPVSLQLDLDRRFQLQEVM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 EWQMKCCKCDSRQPHNYYSHRVENVASSSGPMRWWQSQNDVNPVSLQLDLDRRFQLQEVM
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 MEFQGPMPAGMLIERSSDFGKTWRVYQYLAADCTSTFPRVRQGRPQSWQDVRCQSLPQRP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MEFQGPMPAGMLIERSSDFGKTWRVYQYLAADCTSTFPRVRQGRPQSWQDVRCQSLPQRP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 NARLNGGKVQLNLMDLVSGIPATQSQKIQEVGEITNLRVNFTRLAPVPQRGYHPPSAYYA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NARLNGGKVQLNLMDLVSGIPATQSQKIQEVGEITNLRVNFTRLAPVPQRGYHPPSAYYA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 VSQLRLQGSCFCHGHADRCAPKPGASAGPSTAVQVHDVCVCQHNTAGPNCERCAPFYNNR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VSQLRLQGSCFCHGHADRCAPKPGASAGPSTAVQVHDVCVCQHNTAGPNCERCAPFYNNR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 PWRPAEGQDAHECQRCDCNGHSETCHFDPAVFAASQGAYGGVCDNCRDHTEGKNCERCQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PWRPAEGQDAHECQRCDCNGHSETCHFDPAVFAASQGAYGGVCDNCRDHTEGKNCERCQL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 HYFRNRRPGASIQETCISCECDPDGAVPGAPCDPVTGQCVCKEHVQGERCDLCKPGFTGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 HYFRNRRPGASIQETCISCECDPDGAVPGAPCDPVTGQCVCKEHVQGERCDLCKPGFTGL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 TYANPQGCHRCDCNILGSRRDMPCDEESGRCLCLPNVVGPKCDQCAPYHWKLASGQGCEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TYANPQGCHRCDCNILGSRRDMPCDEESGRCLCLPNVVGPKCDQCAPYHWKLASGQGCEP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 CACDPHNSLSPQCNQFTGQCPCREGFGGLMCSAAAIRQCPDRTYGDVATGCRACDCDFRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 CACDPHNSLSPQCNQFTGQCPCREGFGGLMCSAAAIRQCPDRTYGDVATGCRACDCDFRG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB4 TEGPGCDKASGRCLCRPGLTGPRCDQCQRGYCNRYPVCVACHPCFQTYDADLREQALRFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TEGPGCDKASGRCLCRPGLTGPRCDQCQRGYCNRYPVCVACHPCFQTYDADLREQALRFG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB4 RLRNATASLWSGPGLEDRGLASRILDAKSKIEQIRAVLSSPAVTEQEVAQVASAILSLRR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RLRNATASLWSGPGLEDRGLASRILDAKSKIEQIRAVLSSPAVTEQEVAQVASAILSLRR
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB4 TLQGLQLDLPLEEETLSLPRDLESLDRSFNGLLTMYQRKREQFEKISSADPSGAFRMLST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TLQGLQLDLPLEEETLSLPRDLESLDRSFNGLLTMYQRKREQFEKISSADPSGAFRMLST
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB4 AYEQSAQAAQQVSDSSRLLDQLRDSRREAERLVRQAGGGGGTGSPKLVALRLEMSSLPDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AYEQSAQAAQQVSDSSRLLDQLRDSRREAERLVRQAGGGGGTGSPKLVALRLEMSSLPDL
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB4 TPTFNKLCGNSRQMACTPISCPGELCPQDNGTACGSRCRGVLPRAGGAFLMAGQVAEQLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TPTFNKLCGNSRQMACTPISCPGELCPQDNGTACGSRCRGVLPRAGGAFLMAGQVAEQLR
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB4 GFNAQLQRTRQMIRAAEESASQIQSSAQRLETQVSASRSQMEEDVRRTRLLIQQVRDFLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GFNAQLQRTRQMIRAAEESASQIQSSAQRLETQVSASRSQMEEDVRRTRLLIQQVRDFLT
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB4 DPDTDAATIQEVSEAVLALWLPTDSATVLQKMNEIQAIAARLPNVDLVLSQTKQDIARAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 DPDTDAATIQEVSEAVLALWLPTDSATVLQKMNEIQAIAARLPNVDLVLSQTKQDIARAR
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB4 RLQAEAEEARSRAHAVEGQVEDVVGNLRQGTVALQEAQDTMQGTSRSLRLIQDRVAEVQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RLQAEAEEARSRAHAVEGQVEDVVGNLRQGTVALQEAQDTMQGTSRSLRLIQDRVAEVQQ
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB4 VLRPAEKLVTSMTKQLGDFWTRMEELRHQARQQGAEAVQAQQLAEGASEQALSAQEGFER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VLRPAEKLVTSMTKQLGDFWTRMEELRHQARQQGAEAVQAQQLAEGASEQALSAQEGFER
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB4 IKQKYAELKDRLGQSSMLGEQGARIQSVKTEAEELFGETMEMMDRMKDMELELLRGSQAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 IKQKYAELKDRLGQSSMLGEQGARIQSVKTEAEELFGETMEMMDRMKDMELELLRGSQAI
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170  
pF1KB4 MLRSADLTGLEKRVEQIRDHINGRVLYYATCK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MLRSADLTGLEKRVEQIRDHINGRVLYYATCK
             1150      1160      1170  

>>CCDS2789.1 LAMB2 gene_id:3913|Hs108|chr3                (1798 aa)
 initn: 1824 init1: 489 opt: 1258  Z-score: 852.3  bits: 170.3 E(32554): 3.8e-41
Smith-Waterman score: 1669; 45.1% identity (68.7% similar) in 514 aa overlap (21-511:42-552)

                         10        20        30        40        50
pF1KB4           MRPFFLLCFALPGLLHAQQACSRGACYPPVGDLLVGRTRFLRASSTCGLT
                                     ::::.::: .:::::::.  : :::::::.
CCDS27 QPLPWELRLGLLLSVLAATLAQAPAPDVPGCSRGSCYPATGDLLVGRADRLTASSTCGLN
              20        30        40        50        60        70 

                60        70            80        90          100  
pF1KB4 KPETYC-TQYGEWQMKCCKCDSRQPH----NYYSHRVENVASSSGPMR---WWQSQNDVN
        :. :: ... . . ::  ::::.:     : .:::..::..: .:.:   ::::.: . 
CCDS27 GPQPYCIVSHLQDEKKCFLCDSRRPFSARDNPHSHRIQNVVTSFAPQRRAAWWQSENGIP
              80        90       100       110       120       130 

            110       120       130       140       150       160  
pF1KB4 PVSLQLDLDRRFQLQEVMMEFQGPMPAGMLIERSSDFGKTWRVYQYLAADCTSTFPRVRQ
        :..::::. .:.. ...: :.   ::.::.:::.:::.::.::.:.. :: . :: :  
CCDS27 AVTIQLDLEAEFHFTHLIMTFKTFRPAAMLVERSADFGRTWHVYRYFSYDCGADFPGVPL
             140       150       160       170       180       190 

            170       180       190       200       210       220  
pF1KB4 GRPQSWQDVRCQSLPQRPNARLNGGKVQLNLMDLVSGIPATQSQKIQEVGEITNLRVNFT
       . :. :.:: :.:  .. .   .: .:   ..: .  ::   :..::.. .:::::::.:
CCDS27 APPRHWDDVVCESRYSEIEPSTEG-EVIYRVLDPAIPIPDPYSSRIQNLLKITNLRVNLT
             200       210        220       230       240       250

            230            240       250       260       270       
pF1KB4 RLAPVPQRGYHP-----PSAYYAVSQLRLQGSCFCHGHADRCAPKPGASAGPSTAVQVHD
       ::  . .    :      . :::. .: ..:.:::.:::..::: ::: :   .  .:: 
CCDS27 RLHTLGDNLLDPRREIREKYYYALYELVVRGNCFCYGHASECAPAPGAPA--HAEGMVHG
              260       270       280       290       300          

       280       290       300       310       320       330       
pF1KB4 VCVCQHNTAGPNCERCAPFYNNRPWRPAEGQDAHECQRCDCNGHSETCHFDPAVFAASQG
       .:.:.::: : :::.:  :: . ::::::   .: :..:.:.::...:::: ::. :: .
CCDS27 ACICKHNTRGLNCEQCQDFYRDLPWRPAEDGHSHACRKCECHGHTHSCHFDMAVYLASGN
      310       320       330       340       350       360        

       340       350       360       370       380       390       
pF1KB4 AYGGVCDNCRDHTEGKNCERCQLHYFRNRRPGASIQETCISCECDPDGAVPGAPCD----
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CCDS27 QCARGFSGIFPACHPCHACFGDWDRVVQDLAARTQRLEQRAQELQQTGVL--GAFESSFW
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CCDS27 HMQEKLGIVQGIVGARNTSAASTAQLVEATEELRREIGEATEHLTQLEADLTDVQDENFN
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CCDS27 ANHALSGLERDRLALNLTLRQLD-QHLDLLKHSNFLGAYDSIRHAHSQSAEAERRANTSA
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CCDS27 LAVPSPVSNSASARHRTEALMDAQKEDFNSKHMANQRALGKLSAHTHTLSLTDINELVCG
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CCDS27 APGDAPCATSPCGGAGCRDEDGQP---RCGGL--SCNGAAATADLALGRARHTQAELQRA
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CCDS27 LAEGGSILSRVAETRRQASEAQQRAQAALDKANASRGQVEQANQELQELIQSVKDFLNQE
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CCDS27 GADPDSIEMVATRVLELSIPA-SAEQIQHLA--GAIAERVRSLADVDAILARTVGDVRRA
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CCDS27 NERALESKAAQLDGLEARMRSVLQAINLQVQIYNTCQ
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CCDS83 LSYVTGAHCEECTVGYWGLGNHLHGCSPCDCDIGGAYSNVCSPKNGQCECRPHVTGRSCS
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       :::: :::::::  :... :::::   . . :. :.::.::  :::: ... :: :  ::
CCDS34 QHNTDGPNCERCKDFFQDAPWRPAADLQDNACRSCSCNSHSSRCHFDMTTYLASGGLSGG
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       ::..:. .:::..:.::.  ..:.     :   .:: :::::::.. :. :    ::   
CCDS34 VCEDCQHNTEGQHCDRCRPLFYRDPLKTISDPYACIPCECDPDGTISGGICVSHSDPALG
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CCDS34 SVAGQCLCKENVEGAKCDQCKPNHYGLSATDPLGCQPCDCNPLGSLPFLTCDVDTGQCLC
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       :  :.: .:..:.  .: :..  .:: :: ::  .. :  :.  .::: ::    :  ::
CCDS34 LSYVTGAHCEECTVGYWGLGNHLHGCSPCDCDIGGAYSNVCSPKNGQCECRPHVTGRSCS
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CCDS34 EPAPGYFFAPLNFYLYEAEEATTLQGLAPLGSETFGQSPAVHVVLGEPVPGNPVTWTGPG
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CCDS34 CKPLVVGRCCDRCSTGSYDLGHHGCHPCHCHPQGSKDTVCD-QVTGQCPCHGEVSGRRCD
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CCDS34 RCLAGYFGFPSCHPCPCNRFAELCDPETGSCFNCGGFTTGRNCERCIDGYYGN----PSS
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       ::    :. : :     . ..    :: :  :. ...  .: :: .   : .: .:.  .
CCDS34 GQ---PCRPCLCPDDPSSNQY----FAHSCYQNLWSSDVIC-NCLQGYTGTQCGECSTGF
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CCDS34 YGNPRISGAPCQPC-ACNNNIDVTDPES-CSRVTGECLRCLHNTQGANCQLCKPGHYG--
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CCDS34 SALNQTCRRCSCHASGVSPMECPPGGGACLCDPVTGACPCLPNVTGLACDRCADGYWNLV
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CCDS34 PGRGCQSCDCDPRTSQSSHCDQLTGQCPCKLGYGGKRCS-----ECQENYYGDPPGRCIP
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CCDS34 ------SSLSKAVQGLMRLAANMEDKRETLPVCEADFKDLRGNVSEIERILKHPVFPSGK
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CCDS34 FLKVKDYHDSVRRQIMQLNEQLKAVYEFQDLKDTIERAKNEADLLLEDLQEEIDLQSSVL
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pF1KB4 SADPSGAFRMLSTAYEQSAQAAQQVSDSSRLLDQLRDSRREAERLVRQAGGGGGTGSPKL
       .:. . . . ..  :. :..: ......:  ..   ..: .   ..    . :.     :
CCDS34 NASIADSSENIKKYYHISSSAEKKINETSSTINTSANTRNDLLTILDTLTSKGN-----L
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CCDS34 SLERLKQIKIPDIQILNEKVCGDPGNVPCVPLPCGGALCTGRKGHRKCRGPGCHGSLTLS
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        .:.  : ..   .:... :..  ...:..  :.:   ...: .:. ...  :.: . . 
CCDS34 TNALQKAQEAKSIIRNLDKQVRGLKNQIESISEQAEVSKNNALQLREKLGNIRNQSDSEE
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       .   :.:..:..:: . ..    :..:...:: . ::  : .. ... .::       . 
CCDS34 ENINLFIKKVKNFLLEENVPPEDIEKVANGVLDIHLPIPSQNLTDELVKIQKHMQLCEDY
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CCDS34 RTDENRLNEEADGAQKLLVKAKAAE-KAANILLNLDKTLNQLQQAQITQGRANSTITQLT
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pF1KB4 RSLRLIQDRVAEVQQVLRPAEKLVTSMTKQLGDFWTRMEELRHQARQQGAEAVQAQQLAE
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CCDS34 ANITKIKKNVLQAENQTREMKSELE-LAKQRSGLEDGLSLLQTKLQRHQDHAVNAKVQAE
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       .:..:: : .. : ..:..:: :. . . ...  :  ......:  ::.: :.:   . :
CCDS34 SAQHQAGSLEKEFVELKKQYAILQRKTSTTGLTKETLGKVKQLKDAAEKLAGDTEAKIRR
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       . :.: ..   . . . .. .:  :: .:  :...:  .   :: :  
CCDS34 ITDLERKIQDLNLSRQAKADQLRILEDQVVAIKNEIVEQEKKYARCYS
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>>CCDS5750.1 LAMB1 gene_id:3912|Hs108|chr7                (1786 aa)
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pF1KB4        MRPFFLLCFALPGLLHAQQ-----ACSRGACYPPVGDLLVGRTRFLRASSTCG
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CCDS57 MGLLQLLAFSFLALCRAR---VRAQEPEFSYGCAEGSCYPATGDLLIGRAQKLSVTSTCG
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pF1KB4 LTKPETYC-TQYGEWQMKCCKCDSRQPH----NYYSHRVENVASSSGPMR---WWQSQND
       : ::: :: ... . . ::  :.:..:.    :  :: .:::... .: :   ::::.: 
CCDS57 LHKPEPYCIVSHLQEDKKCFICNSQDPYHETLNPDSHLIENVVTTFAPNRLKIWWQSENG
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pF1KB4 VNPVSLQLDLDRRFQLQEVMMEFQGPMPAGMLIERSSDFGKTWRVYQYLAADCTSTFPRV
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CCDS57 VENVTIQLDLEAEFHFTHLIMTFKTFRPAAMLIERSSDFGKTWGVYRYFAYDCEASFPGI
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pF1KB4 RQGRPQSWQDVRCQSLPQ--RPNARLNGGKVQLNLMDLVSGIPATQSQKIQEVGEITNLR
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CCDS57 STGPMKKVDDIICDSRYSDIEPSTE---GEVIFRALDPAFKIEDPYSPRIQNLLKITNLR
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CCDS57 LNCQDYTMGHNCERCLAGYYGD----PIIGSGDH-CRPCPCPDGPDSGRQFARSCYQDPV
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CCDS57 TLQLAC-----VCD---PGYIGSRCDDCASGYFGN--P-SEVGGSCQPCQCHNNIDTTDP
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CCDS57 PRCDKCTRGYSGVFPDCTPCHQCFALWDVIIAELTNRTHRFLEKAKALKISGVIGPYRET
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CCDS57 VDSV---ERKVSEIKDILAQSPAAEPLKNIGNLFEEAEKLIKDVTEMMAQVEVKLSDTTS
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CCDS57 QSNSTAKELDSLQTEAESLDNTVKELAEQLEFIKNSDIRGALDSITKYFQMSLEAEERVN
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CCDS57 LLEEAKRASKSATDVKVTADMVKEALEEAEKAQVAAEKAIKQADEDIQGTQNLLTSIESE
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CCDS57 TAASEETLFNASQRISELERNVEELKRKAAQNSGEAEYIEKVVYTVKQSAEDVKKTLDGE
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CCDS57 LDEKYKKVENLIAKKTEESADARRKAEMLQNEAKTLLAQANSKLQLLKDLERKYEDNQRY
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CCDS57 LEDKAQELARLEGEVRSLLKDISQKVAVYSTCL
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CCDS90 LLKRQSCPCQRNDLNEEPQHFTHYAIYDFIVKGSCFCNGHADQCIPVHGFRPVKAPGTFH
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CCDS90 MVHGKCMCKHNTAGSHCQHCAPLYNDRPWEAADGKTGAPNECRTCKCNGHADTCHFDVNV
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CCDS90 WEASGNRSGGVCDDCQHNTEGQYCQRCKPGFYRDLRRP-FSAPDACKPCSCHPVGSAVLP
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CCDS69 QL--ACRCQHNTTGTDCERCLPFFQDRPWARGTAEAAHECLPCNCSGRSEECTFDRELFR
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       ..  ..:: : .::::: : .::::: ....   : :       :  :.:.  :..    
CCDS69 ST--GHGGRCHHCRDHTAGPHCERCQENFYHWDPRMP-------CQPCDCQSAGSLH-LQ
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pF1KB4 CDPVTGQCVCKEHVQGERCDLCKPGFTGLTYANPQGCHRCDCNILGSRRDMPCDEESGRC
       ::  :: :.::  : : .:: :                                      
CCDS69 CDD-TGTCACKPTVTGWKCDRCLPGFHSLSEGGCRPCTCNPAGSLDTCDPRSGRCPCKEN
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>>CCDS33502.1 LAMA5 gene_id:3911|Hs108|chr20              (3695 aa)
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                           :..:. .:: :  .:..  . : . .::  .:  :    .
CCDS33 MAKRLCAGSALCVRGPRGPAPLLLVGLALLGAARAREEAGGGFSLHPPYFNLAEGAR--I
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        ::.:::   :         . ::   :        .  ..   ::     ..  .: . 
CCDS33 AASATCGEEAPARGSPRPTEDLYCKLVGGPVAGGDPNQTIRGQYCDICTAANSNKAHPAS
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pF1KB4 NVASSSGPMRWWQSQN-----DVNPVSLQLDLDRRFQLQEVMMEF-QGPMPAGMLIERSS
       :. .  :  :::::       . : :.. ::: . :..  :...: ..: :   ..::: 
CCDS33 NAID--GTERWWQSPPLSRGLEYNEVNVTLDLGQVFHVAYVLIKFANSPRPDLWVLERSM
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       :::.:.. .:..:.   ::   :      :    . . : .  .:  . :..:..   ..
CCDS33 DFGRTYQPWQFFASSKRDCLERFGPQTLERITRDDAAICTTEYSRI-VPLENGEI---VV
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pF1KB4 DLVSGIPA----TQSQKIQEVGEITNLRVNFTR----LAPVPQRGYHPPSA----YYAVS
       .::.: :.    . :  ..:  . ::.:. : :    :. .  .. . :..    ::...
CCDS33 SLVNGRPGAMNFSYSPLLREFTKATNVRLRFLRTNTLLGHLMGKALRDPTVTRRYYYSIK
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pF1KB4 QLRLQGSCFCHGHADRCAPKPGASAGPSTAVQVHDVCVCQHNTAGPNCERCAPFYNNRPW
       .. . : : :::::: :  :      :.   ...  :.::::: : .:.:: : .:..::
CCDS33 DISIGGRCVCHGHADACDAKD-----PTDPFRLQ--CTCQHNTCGGTCDRCCPGFNQQPW
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pF1KB4 RPAEGQDAHECQRCDCNGHSETCHFDPAV--FAASQ---GAY--GGVCDNCRDHTEGKNC
       .:: ...:.::: :.: ::.  :..:: :    :::   :.:  :::: .:. :: : ::
CCDS33 KPATANSANECQSCNCYGHATDCYYDPEVDRRRASQSLDGTYQGGGVCIDCQHHTTGVNC
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pF1KB4 ERCQLHYFRNRRPGASIQETCISCECDPDGAVPGAPCDPVTGQCVCKEHVQGERCDLCKP
       :::   ..:.     .  ..:  :.:. :     . :. .::.: :. . .:::::.:  
CCDS33 ERCLPGFYRSPNHPLDSPHVCRRCNCESD--FTDGTCEDLTGRCYCRPNFSGERCDVCAE
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pF1KB4 GFTGLT--YANPQGCH-------------RCDCNILGSRRDMPC--DEESGRCLCLPNVV
       ::::.   : .:.. .              :::.  :.. .  :  : . ::::: ::  
CCDS33 GFTGFPSCYPTPSSSNDTREQVLPAGQIVNCDCSAAGTQGNA-CRKDPRVGRCLCKPNFQ
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pF1KB4 GPKCDQCAPYHWKLASGQGCEPCACDPHNSLSPQCNQFTGQCPCREGFGGLMCSAAAIRQ
       : .:. :::  .    : ::.:: :.  .  . .:.  :::: :: :: :  :.    : 
CCDS33 GTHCELCAPGFY----GPGCQPCQCSSPGVADDRCDPDTGQCRCRVGFEGATCD----RC
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pF1KB4 CPDRTYGDVATGCRACDCDFRGTEGPGCDKASGRCLCRPGLTGPRCDQCQRGYCNRYPVC
        :   .  .   :. : :.  ::   :::.: :::::.: ..::.::.:. :: . .: :
CCDS33 APGYFHFPL---CQLCGCSPAGTLPEGCDEA-GRCLCQPEFAGPHCDRCRPGY-HGFPNC
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pF1KB4 VACHPCFQTYDADLREQALRFGRLRNATASLWSGPGLEDRGLASRILDAKSKIEQIRAVL
        ::                                                         
CCDS33 QACTCDPRGALDQLCGAGGLCRCRPGYTGTACQECSPGFHGFPSCVPCHCSAEGSLHAAC
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>>CCDS45838.1 LAMA3 gene_id:3909|Hs108|chr18              (3277 aa)
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CCDS45 MAAAARPRGRALGPVLPPTPLLLLVLRVLPACGATARDPGAAAGLSLHPTYFNLAEAAR-
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       . :..:::         .:: ::   :           : . :  :.:..:..  .: : 
CCDS45 IWATATCGERGPGEGRPQPELYCKLVGGPTAPGSGHTIQGQFCDYCNSEDPRK--AHPVT
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pF1KB4 NVASSSGPMRWWQSQ-----NDVNPVSLQLDLDRRFQLQEVMMEF-QGPMPAGMLIERSS
       :.   .:  :::::      .. : :.: ::: . :..  ....: ..: :   ..::: 
CCDS45 NAI--DGSERWWQSPPLSSGTQYNRVNLTLDLGQLFHVAYILIKFANSPRPDLWVLERSV
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pF1KB4 DFGKTWRVYQYLA---ADCTSTFPRVRQGRPQSWQDVRCQSLPQRPNARLNGGKVQLNLM
       :::.:.  .::.:   .:: . : :  .      .:: : .  .:  . :..:.:   ..
CCDS45 DFGSTYSPWQYFAHSKVDCLKEFGREANMAVTRDDDVLCVTEYSRI-VPLENGEV---VV
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pF1KB4 DLVSGIPATQ----SQKIQEVGEITNLRVNFTR----LAPVPQRGYHPPSA----YYAVS
       .:..: :...    :. ..:  . ::.:. : :    :. . ... . :..    ::...
CCDS45 SLINGRPGAKNFTFSHTLREFTKATNIRLRFLRTNTLLGHLISKAQRDPTVTRRYYYSIK
             240       250       260       270       280       290 

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pF1KB4 QLRLQGSCFCHGHADRCAPKPGASAGPSTAVQVHDVCVCQHNTAGPNCERCAPFYNNRPW
       .. . :.: :.:::. :  .     .:    .    : :::.: : .:.::   ::.: :
CCDS45 DISIGGQCVCNGHAEVCNIN-----NPEKLFR----CECQHHTCGETCDRCCTGYNQRRW
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pF1KB4 RPAEGQDAHECQRCDCNGHSETCHFDPAVFAA-----SQGAY--GGVCDNCRDHTEGKNC
       :::  ...:::. :.:.::. .:..:: :        .:: :  :::: ::. .: : ::
CCDS45 RPAAWEQSHECEACNCHGHASNCYYDPDVERQQASLNTQGIYAGGGVCINCQHNTAGVNC
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pF1KB4 ERCQLHYFRNRRPGASIQETCISCECDPDGAVPGAPCDPVTGQCVCKEHVQGERCDLCKP
       :.:   :.:     ..  . :: : :::. :  :  :.  .:.: :: . .:. :. :  
CCDS45 EQCAKGYYRPYGVPVDAPDGCIPCSCDPEHA-DG--CEQGSGRCHCKPNFHGDNCEKCAI
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pF1KB4 GFTGLTY---------ANPQG-------CHRCDCNILGSRRDMPCDEESGRCLCLPNVVG
       :. .. .         ..:..        . ::::. :   .. :: . ::::: :.: :
CCDS45 GYYNFPFCLRIPIFPVSTPSSEDPVAGDIKGCDCNLEGVLPEI-CDAH-GRCLCRPGVEG
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pF1KB4 PKCDQCAPYHWKLASGQGCEPCACDPHNSLSPQCNQFTGQCPCREGFGGLMCSAAAIRQC
       :.:: :    ...     :. : :.  .: .  :.. :::: :: :  :  :.     .:
CCDS45 PRCDTCRSGFYSFPI---CQACWCSALGSYQMPCSSVTGQCECRPGVTGQRCD-----RC
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pF1KB4 PDRTYGDVATGCRACDCDFRGTEGPGCDKASGRCLCRPGLTGPRCDQCQRGYCN---RYP
        . .:        .  ::  ::     ..  : : :.  . :: :..:.  : :   . :
CCDS45 LSGAYDFPHCQGSSSACDPAGT----INSNLGYCQCKLHVEGPTCSRCKLLYWNLDKENP
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pF1KB4 V-CVACHPCFQTYDADLREQALRFGRLRNATASLWSGPGLEDRGLASRILDAKSKIEQIR
         :  :. : .                                                 
CCDS45 SGCSECK-CHKAGTVSGTGECRQGDGDCHCKSHVGGDSCDTCEDGYFALEKSNYFGCQGC
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>>CCDS42419.1 LAMA3 gene_id:3909|Hs108|chr18              (3333 aa)
 initn: 661 init1: 242 opt: 771  Z-score: 523.9  bits: 110.4 E(32554): 7.4e-23
Smith-Waterman score: 1024; 30.7% identity (54.3% similar) in 652 aa overlap (3-586:20-635)

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pF1KB4                  MRPFFLLCF-ALP--GLLHAQQACSRGACYPPVGDLLVGRTRF
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CCDS42 MAAAARPRGRALGPVLPPTPLLLLVLRVLPACGATARDPGAAAGLSLHPTYFNLAEAAR-
               10        20        30        40        50          

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pF1KB4 LRASSTCGLT-------KPETYCTQYG---------EWQMKCCK-CDSRQPHNYYSHRVE
       . :..:::         .:: ::   :           : . :  :.:..:..  .: : 
CCDS42 IWATATCGERGPGEGRPQPELYCKLVGGPTAPGSGHTIQGQFCDYCNSEDPRK--AHPVT
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pF1KB4 NVASSSGPMRWWQSQ-----NDVNPVSLQLDLDRRFQLQEVMMEF-QGPMPAGMLIERSS
       :.   .:  :::::      .. : :.: ::: . :..  ....: ..: :   ..::: 
CCDS42 NAI--DGSERWWQSPPLSSGTQYNRVNLTLDLGQLFHVAYILIKFANSPRPDLWVLERSV
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pF1KB4 DFGKTWRVYQYLA---ADCTSTFPRVRQGRPQSWQDVRCQSLPQRPNARLNGGKVQLNLM
       :::.:.  .::.:   .:: . : :  .      .:: : .  .:  . :..:.:   ..
CCDS42 DFGSTYSPWQYFAHSKVDCLKEFGREANMAVTRDDDVLCVTEYSRI-VPLENGEV---VV
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