Result of FASTA (omim) for pF1KSDA1400
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1400, 1040 aa
  1>>>pF1KSDA1400 1040 - 1040 aa - 1040 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6498+/-0.00042; mu= 16.9336+/- 0.026
 mean_var=150.6490+/-29.897, 0's: 0 Z-trim(116.4): 403  B-trim: 40 in 1/49
 Lambda= 0.104494
 statistics sampled from 27144 (27559) to 27144 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.653), E-opt: 0.2 (0.323), width:  16
 Scan time: 15.290

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_116586 (OMIM: 608286) protocadherin-10 isoform  (1040) 6944 1059.8       0
XP_011530452 (OMIM: 608286) PREDICTED: protocadher (1057) 6902 1053.5       0
NP_065866 (OMIM: 608286) protocadherin-10 isoform  ( 896) 5841 893.5       0
XP_011529299 (OMIM: 300088,300460) PREDICTED: prot (1147) 1552 247.0 4.5e-64
NP_001171809 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1148) 1541 245.3 1.4e-63
NP_065817 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 i (1100) 1498 238.8 1.2e-61
NP_001098713 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1101) 1498 238.8 1.2e-61
NP_114089 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is ( 884) 1441 230.2 4.1e-59
NP_061722 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is (1007) 1441 230.2 4.5e-59
XP_016863800 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadher ( 915) 1431 228.7 1.2e-58
XP_006714302 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadher ( 916) 1431 228.7 1.2e-58
NP_001287757 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isofo (1134) 1431 228.8 1.4e-58
NP_061908 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isoform  (1135) 1431 228.8 1.4e-58
NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 1401 224.1 2.5e-57
NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 1401 224.1 2.8e-57
XP_016876036 (OMIM: 611760) PREDICTED: protocadher ( 980) 1401 224.2 2.9e-57
XP_005266415 (OMIM: 611760) PREDICTED: protocadher (1158) 1401 224.2 3.2e-57
NP_001035519 (OMIM: 611760) protocadherin-17 precu (1159) 1401 224.2 3.2e-57
XP_005266414 (OMIM: 611760) PREDICTED: protocadher (1159) 1401 224.2 3.2e-57
NP_114040 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 789) 1389 222.3 8.6e-57
NP_061733 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 937) 1389 222.3 9.7e-57
NP_115267 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 811) 1377 220.5 3.1e-56
NP_061746 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 931) 1377 220.5 3.4e-56
NP_114382 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 823) 1376 220.3 3.5e-56
NP_061735 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 931) 1376 220.4 3.8e-56
NP_115266 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 810) 1368 219.1 7.9e-56
NP_061745 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 927) 1368 219.2 8.7e-56
NP_115272 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 808) 1367 219.0 8.8e-56
NP_115270 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 818) 1367 219.0 8.8e-56
NP_061748 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 923) 1367 219.0 9.6e-56
NP_061750 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 929) 1367 219.0 9.6e-56
NP_061763 (OMIM: 606333) protocadherin beta-7 prec ( 793) 1365 218.6 1.1e-55
NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 850) 1361 218.1 1.7e-55
NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 936) 1361 218.1 1.8e-55
NP_113689 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 816) 1360 217.9 1.8e-55
NP_113688 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 798) 1359 217.7   2e-55
NP_061731 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 936) 1360 218.0   2e-55
NP_061730 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 947) 1359 217.8 2.3e-55
NP_114475 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 818) 1358 217.6 2.3e-55
NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 932) 1358 217.7 2.5e-55
NP_114071 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 807) 1354 217.0 3.4e-55
NP_061727 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 950) 1354 217.1 3.8e-55
NP_061993 (OMIM: 606334) protocadherin beta-8 prec ( 801) 1349 216.2 5.7e-55
NP_114067 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 810) 1346 215.8 7.9e-55
NP_061725 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 949) 1346 215.9 8.8e-55
NP_115271 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 820) 1345 215.6 8.8e-55
NP_061749 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 930) 1345 215.7 9.6e-55
NP_113684 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 808) 1344 215.5 9.7e-55
NP_113683 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 824) 1344 215.5 9.8e-55
NP_061728 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 948) 1344 215.6 1.1e-54


>>NP_116586 (OMIM: 608286) protocadherin-10 isoform 1 pr  (1040 aa)
 initn: 6944 init1: 6944 opt: 6944  Z-score: 5664.9  bits: 1059.8 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6944; 100.0% identity (100.0% similar) in 1040 aa overlap (1-1040:1-1040)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDLGLDITKLSARGFQTVPNSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDLGLDITKLSARGFQTVPNSR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD TPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEVLDINDNPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 TPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEVLDINDNPP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD SFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQTQGDGNRF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 SFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQTQGDGNRF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD AELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTGTALLTIRV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 AELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTGTALLTIRV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD LDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSHISPRAREL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 LDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSHISPRAREL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD FGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDANDNAPEISF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 FGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDANDNAPEISF
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD STVKEAVSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSFKNYYTIVTEAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 STVKEAVSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSFKNYYTIVTEAP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD LDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYDVYVTENNVPGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 LDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYDVYVTENNVPGA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD YIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALRSFDYEQLKDFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 YIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALRSFDYEQLKDFS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD FQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLPGRNGTPAREVLPRSAEPGYLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 FQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLPGRNGTPAREVLPRSAEPGYLL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD TRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELRTARRVPAKRDPQRPYELVIEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 TRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELRTARRVPAKRDPQRPYELVIEV
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD RDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGETSLDLTLILII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 RDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGETSLDLTLILII
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD ALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKEKKLNIYTCLASDCCLCCCCCGGGGSTCCGRQARARKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 ALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKEKKLNIYTCLASDCCLCCCCCGGGGSTCCGRQARARKK
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD KLSKSDIMLVQSSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLKPC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 KLSKSDIMLVQSSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLKPC
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD SPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 SPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSAF
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD QEADIVSSKDSGHGDSEQGDSDHDATNRAQSAGMDLFSNCTEECKALGHSDRCWMPSFVP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 QEADIVSSKDSGHGDSEQGDSDHDATNRAQSAGMDLFSNCTEECKALGHSDRCWMPSFVP
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD SDGRQAADYRSNLHVPGMDSVPDTEVFETPEAQPGAERSFSTFGKEKALHSTLERKELDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 SDGRQAADYRSNLHVPGMDSVPDTEVFETPEAQPGAERSFSTFGKEKALHSTLERKELDG
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040
pF1KSD LLTNTRAPYKPPYLTRKRIC
       ::::::::::::::::::::
NP_116 LLTNTRAPYKPPYLTRKRIC
             1030      1040

>>XP_011530452 (OMIM: 608286) PREDICTED: protocadherin-1  (1057 aa)
 initn: 6901 init1: 6901 opt: 6902  Z-score: 5630.6  bits: 1053.5 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6902; 99.3% identity (99.6% similar) in 1042 aa overlap (1-1040:1-1042)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDLGLDITKLSARGFQTVPNSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDLGLDITKLSARGFQTVPNSR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD TPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEVLDINDNPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEVLDINDNPP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD SFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQTQGDGNRF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQTQGDGNRF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD AELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTGTALLTIRV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTGTALLTIRV
              190       200       210       220       230       240

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pF1KSD LDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSHISPRAREL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSHISPRAREL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD FGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDANDNAPEISF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDANDNAPEISF
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pF1KSD STVKEAVSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSFKNYYTIVTEAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 STVKEAVSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSFKNYYTIVTEAP
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pF1KSD LDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYDVYVTENNVPGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYDVYVTENNVPGA
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pF1KSD YIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALRSFDYEQLKDFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALRSFDYEQLKDFS
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLPGRNGTPAREVLPRSAEPGYLL
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pF1KSD TRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELRTARRVPAKRDPQRPYELVIEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELRTARRVPAKRDPQRPYELVIEV
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pF1KSD RDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGETSLDLTLILII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGETSLDLTLILII
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pF1KSD ALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKEKKLNIYTCLASDCCLCCCCCGGGGSTCCGRQARARKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKEKKLNIYTCLASDCCLCCCCCGGGGSTCCGRQARARKK
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pF1KSD KLSKSDIMLVQSSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLKPC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KLSKSDIMLVQSSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLKPC
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pF1KSD SPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSAF
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pF1KSD QEADIVSSKDSGHGDSEQGDSDHDATNRAQSAGMDLFSNCTEECKALGHSDRCWMPSFVP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QEADIVSSKDSGHGDSEQGDSDHDATNRAQSAGMDLFSNCTEECKALGHSDRCWMPSFVP
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pF1KSD SDGRQAADYRSNLHVPGMDSVPDTEVFETPEAQPGAERSFSTFGKEKALHSTLERKELDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SDGRQAADYRSNLHVPGMDSVPDTEVFETPEAQPGAERSFSTFGKEKALHSTLERKELDG
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pF1KSD LLTNTRAPYKPPYLTR--KRIC               
       ::::::::::::::    ...:               
XP_011 LLTNTRAPYKPPYLKLLWRQLCGETHVAQDQGLSTTT
             1030      1040      1050       

>>NP_065866 (OMIM: 608286) protocadherin-10 isoform 2 pr  (896 aa)
 initn: 6232 init1: 5841 opt: 5841  Z-score: 4767.1  bits: 893.5 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5841; 99.3% identity (99.8% similar) in 884 aa overlap (1-884:1-884)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDLGLDITKLSARGFQTVPNSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDLGLDITKLSARGFQTVPNSR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD TPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEVLDINDNPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEVLDINDNPP
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pF1KSD SFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQTQGDGNRF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQTQGDGNRF
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pF1KSD AELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTGTALLTIRV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 AELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTGTALLTIRV
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pF1KSD LDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSHISPRAREL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSHISPRAREL
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 FGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDANDNAPEISF
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pF1KSD STVKEAVSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSFKNYYTIVTEAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 STVKEAVSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSFKNYYTIVTEAP
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYDVYVTENNVPGA
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pF1KSD YIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALRSFDYEQLKDFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 YIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALRSFDYEQLKDFS
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 FQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLPGRNGTPAREVLPRSAEPGYLL
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELRTARRVPAKRDPQRPYELVIEV
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pF1KSD RDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGETSLDLTLILII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 RDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGETSLDLTLILII
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pF1KSD ALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKEKKLNIYTCLASDCCLCCCCCGGGGSTCCGRQARARKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 ALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKEKKLNIYTCLASDCCLCCCCCGGGGSTCCGRQARARKK
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pF1KSD KLSKSDIMLVQSSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLKPC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 KLSKSDIMLVQSSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLKPC
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pF1KSD SPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSAF
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::.. .: .                
NP_065 SPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNEVRLKRKDHHLSSPPSESLL    
              850       860       870       880       890          

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD QEADIVSSKDSGHGDSEQGDSDHDATNRAQSAGMDLFSNCTEECKALGHSDRCWMPSFVP

>>XP_011529299 (OMIM: 300088,300460) PREDICTED: protocad  (1147 aa)
 initn: 1269 init1: 560 opt: 1552  Z-score: 1271.3  bits: 247.0 E(85289): 4.5e-64
Smith-Waterman score: 2473; 40.8% identity (67.7% similar) in 1085 aa overlap (3-1020:8-1034)

                    10        20        30        40           50  
pF1KSD      MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDL---GLDITKLSARG
              ::::.:.::   ... .:.:.:.:::. :: ..:.:.:    :. .   .: .
XP_011 MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDPRQASA
               10        20        30        40        50        60

             60        70        80        90       100       110  
pF1KSD FQTVPNSRTPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEV
       :..: ::    .:.:  .:.: ...::::. .:.:::.:.. ::: . . .:.  ...:.
XP_011 FRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEV-MSSSMEICVIKVEI
               70        80        90       100        110         

            120       130       140       150       160       170  
pF1KSD LDINDNPPSFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQ
        :.::: ::::  .. .::::.:.::::.::.::.::: :. ... ::.:::  :.:...
XP_011 KDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNELFGLEIK
     120       130       140       150       160       170         

            180       190       200       210       220       230  
pF1KSD TQGDGNRFAELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTG
       :.:::.::::::.:: :::: :. . . .::.:::                 ::   : :
XP_011 TRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGD----------------PP---RLG
     180       190       200       210                          220

            240       250       260       270       280       290  
pF1KSD TALLTIRVLDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSH
       :. :.:.: ::::: :.:.. .:.::.::::::.: ::.:::.::::: ::.::::: ..
XP_011 TVGLSIKVTDSNDNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGY
              230       240       250       260       270       280

            300       310       320       330       340       350  
pF1KSD ISPRARELFGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDAN
       .. :.:::: ..:..: . :.: :::::. ::.. :::::::::..:::::: : :::.:
XP_011 VNDRTRELFQIDPHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTN
              290       300       310       320       330       340

            360          370       380       390       400         
pF1KSD DNAPEISFSTVKEA---VSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSF
       :: : :.. .:.     :::.: :: :.::  :.::::  ::.:::.:::.:::::.  .
XP_011 DNPPVINLLSVNSELVEVSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-Y
              350       360       370       380       390          

     410       420       430       440       450       460         
pF1KSD KNYYTIVTEAPLDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYD
       ... ::.... ::::  :.:.::. ::: : : :...::. : ..: ::: :.::.: :.
XP_011 ESFSTILVDGRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQ
     400       410       420       430       440       450         

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pF1KSD VYVTENNVPGAYIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALR
       : : :::.::::. .::: : : : :....:.:.  :.. : :::::::: ..: .::::
XP_011 VIVQENNTPGAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALR
     460       470       480       490       500       510         

     530       540       550       560       570       580         
pF1KSD SFDYEQLKDFSFQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLPGRNGTPAREV
       ::..:: : : :.: :.:.: : .: .:::: ..:.: :::.:.:.:: :  ::: :.  
XP_011 SFNHEQTKAFEFKVLAKDGGLP-SLQSNATVRVIILDVNDNTPVITAP-PLINGT-AEVY
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pF1KSD LPRSAEPGYLLTRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELRTARRVPAKRD
       .::..  :::.: : : : :.:::.:.::....:.. ..:..:  .::.::.:     ..
XP_011 IPRNSGIGYLVTVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTFG--ES
        580       590       600       610        620       630     

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pF1KSD PQRPYELVIEVRDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGE
        .  :::.. ..:::.  ::..: ... : . :.. : . ::                  
XP_011 SKSSYELIVVAHDHGKTSLSASALVLIYL-SPALDAQESMGS------------------
           640       650       660        670                      

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pF1KSD TSLDLTLILIIALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKE-KKLNIYTCLASDC----CLCCCCCG
         ..:.::.::::::.. :....:: .:..:... :..  :.:  :.:    ::  :   
XP_011 --VNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIFVAIKCKRDNKEIRTYNC--SNCLTITCLLGCFIK
            680       690       700       710         720       730

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pF1KSD GGGSTC--C------------------------------GRQARA-RKKKLSKSDIMLVQ
       : .: :  :                              :.: .. .:::.::.:: :: 
XP_011 GQNSKCLHCISVSPISEEQDKKTEEKVSLRGKRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVP
              740       750       760       770       780       790

             800       810       820       830        840       850
pF1KSD SSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLK-PCSPSRSTDTEH
        .   ..  .. .   ... :  .  .: .:  :     ...  ::.   . .:.:...:
XP_011 RDVEETD--KMNVVSCSSLTSSLNYFDY-HQQTLPLGCRRSESTFLNVENQNTRNTSANH
                800       810        820       830       840       

              860       870       880       890       900       910
pF1KSD NPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSAFQEADIVSSKD
           .. ..   ::::.: ::  :  ::..   . .:. .: . ..::.:.. .  : ::
XP_011 IYHHSF-NSQGPQQPDLIINGVPLP-ETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSTFKDLEGNSLKD
       850        860       870        880       890       900     

              920                     930              940         
pF1KSD SGHGDSEQGDSDHD---------ATN-----RAQSAGMDLFSN-------CTEECKALGH
       ::: .:.: ::.::         :.:      . : : .. ..       : :::. :::
XP_011 SGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFHCREECRILGH
         910       920       930       940       950       960     

     950        960       970       980       990      1000        
pF1KSD SDRCWMP-SFVPSDGRQAADYRSNLHVPGMDSVPDTEVFETPEAQPGAERSFSTFGKEKA
       ::::::: . .:  ...    :. . .    .. :.:...  .  : ..:.:.::::. .
XP_011 SDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVRNIIALSIEATAADVEAYD--DCGP-TKRTFATFGKDVS
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pF1KSD LHSTLERKELDGLLTNTRAPYKPPYLTRKRIC                            
        : . ::  : :                                                
XP_011 DHPAEERPTLKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPSVSY
           1030      1040      1050      1060      1070      1080  

>>NP_001171809 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 is  (1148 aa)
 initn: 1264 init1: 560 opt: 1541  Z-score: 1262.3  bits: 245.3 E(85289): 1.4e-63
Smith-Waterman score: 2462; 40.8% identity (67.7% similar) in 1086 aa overlap (3-1020:8-1035)

                    10        20        30        40           50  
pF1KSD      MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDL---GLDITKLSARG
              ::::.:.::   ... .:.:.:.:::. :: ..:.:.:    :. .   .: .
NP_001 MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDPRQASA
               10        20        30        40        50        60

             60        70        80        90       100       110  
pF1KSD FQTVPNSRTPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEV
       :..: ::    .:.:  .:.: ...::::. .:.:::.:.. ::: . . .:.  ...:.
NP_001 FRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEV-MSSSMEICVIKVEI
               70        80        90       100        110         

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pF1KSD LDINDNPPSFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQ
        :.::: ::::  .. .::::.:.::::.::.::.::: :. ... ::.:::  :.:...
NP_001 KDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNELFGLEIK
     120       130       140       150       160       170         

            180       190       200       210       220       230  
pF1KSD TQGDGNRFAELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTG
       :.:::.::::::.:: :::: :. . . .::.:::                 ::   : :
NP_001 TRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGD----------------PP---RLG
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pF1KSD TALLTIRVLDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSH
       :. :.:.: ::::: :.:.. .:.::.::::::.: ::.:::.::::: ::.::::: ..
NP_001 TVGLSIKVTDSNDNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGY
              230       240       250       260       270       280

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pF1KSD ISPRARELFGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDAN
       .. :.:::: ..:..: . :.: :::::. ::.. :::::::::..:::::: : :::.:
NP_001 VNDRTRELFQIDPHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTN
              290       300       310       320       330       340

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pF1KSD DNAPEISFSTVKEA---VSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSF
       :: : :.. .:.     :::.: :: :.::  :.::::  ::.:::.:::.:::::.  .
NP_001 DNPPVINLLSVNSELVEVSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-Y
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pF1KSD KNYYTIVTEAPLDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYD
       ... ::.... ::::  :.:.::. ::: : : :...::. : ..: ::: :.::.: :.
NP_001 ESFSTILVDGRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQ
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pF1KSD VYVTENNVPGAYIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALR
       : : :::.::::. .::: : : : :....:.:.  :.. : :::::::: ..: .::::
NP_001 VIVQENNTPGAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALR
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pF1KSD SFDYEQLKDFSFQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLPGRNGTPAREV
       ::..:: : : :.: :.:.: : .: .:::: ..:.: :::.:.:.:: :  ::: :.  
NP_001 SFNHEQTKAFEFKVLAKDGGLP-SLQSNATVRVIILDVNDNTPVITAP-PLINGT-AEVY
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       .::..  :::.: : : : :.:::.:.::....:.. ..:..:  .::.::.:     ..
NP_001 IPRNSGIGYLVTVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTFG--ES
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pF1KSD PQRPYELVIEVRDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGE
        .  :::.. ..:::.  ::..: ... : . :.. : . ::                  
NP_001 SKSSYELIVVAHDHGKTSLSASALVLIYL-SPALDAQESMGS------------------
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pF1KSD TSLDLTLILIIALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKE-KKLNIYTCLASDC----CLCCCCCG
         ..:.::.::::::.. :....:: .:..:... :..  :.:  :.:    ::  :   
NP_001 --VNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIFVAIKCKRDNKEIRTYNC--SNCLTITCLLGCFIK
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pF1KSD GGGSTC--C------------------------------GRQARA-RKKKLSKSDIMLVQ
       : .: :  :                              :.: .. .:::.::.:: :: 
NP_001 GQNSKCLHCISVSPISEEQDKKTEEKVSLRGKRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVP
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        .   ..  .. .   ... :  .  .: .:  :     ...  ::.   . .:.:...:
NP_001 RDVEETD--KMNVVSCSSLTSSLNYFDY-HQQTLPLGCRRSESTFLNVENQNTRNTSANH
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pF1KSD NPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSA-FQEADIVSSK
           .. ..   ::::.: ::  :  ::..   . .:. .: . ..::. :.. .  : :
NP_001 IYHHSF-NSQGPQQPDLIINGVPLP-ETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSSTFKDLEGNSLK
       850        860       870        880       890       900     

     910       920                     930              940        
pF1KSD DSGHGDSEQGDSDHD---------ATN-----RAQSAGMDLFSN-------CTEECKALG
       :::: .:.: ::.::         :.:      . : : .. ..       : :::. ::
NP_001 DSGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFHCREECRILG
         910       920       930       940       950       960     

      950        960       970       980       990      1000       
pF1KSD HSDRCWMP-SFVPSDGRQAADYRSNLHVPGMDSVPDTEVFETPEAQPGAERSFSTFGKEK
       :::::::: . .:  ...    :. . .    .. :.:...  .  : ..:.:.::::. 
NP_001 HSDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVRNIIALSIEATAADVEAYD--DCGP-TKRTFATFGKDV
         970       980       990      1000        1010       1020  

      1010      1020      1030      1040                           
pF1KSD ALHSTLERKELDGLLTNTRAPYKPPYLTRKRIC                           
       . : . ::  : :                                               
NP_001 SDHPAEERPTLKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPSVS
           1030      1040      1050      1060      1070      1080  

>>NP_065817 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 isofo  (1100 aa)
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Smith-Waterman score: 2471; 41.4% identity (69.2% similar) in 1049 aa overlap (3-1020:8-987)

                    10        20        30        40           50  
pF1KSD      MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDL---GLDITKLSARG
              ::::.:.::   ... .:.:.:.:::. :: ..:.:.:    :. .   .: .
NP_065 MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDPRQASA
               10        20        30        40        50        60

             60        70        80        90       100       110  
pF1KSD FQTVPNSRTPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEV
       :..: ::    .:.:  .:.: ...::::. .:.:::.:.. ::: . . .:.  ...:.
NP_065 FRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEV-MSSSMEICVIKVEI
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pF1KSD LDINDNPPSFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQ
        :.::: ::::  .. .::::.:.::::.::.::.::: :. ... ::.:::  :.:...
NP_065 KDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNELFGLEIK
     120       130       140       150       160       170         

            180       190       200       210       220       230  
pF1KSD TQGDGNRFAELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTG
       :.:::.::::::.:: :::: :. . . .::.:::                 ::   : :
NP_065 TRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGD----------------PP---RLG
     180       190       200       210                          220

            240       250       260       270       280       290  
pF1KSD TALLTIRVLDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSH
       :. :.:.: ::::: :.:.. .:.::.::::::.: ::.:::.::::: ::.::::: ..
NP_065 TVGLSIKVTDSNDNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGY
              230       240       250       260       270       280

            300       310       320       330       340       350  
pF1KSD ISPRARELFGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDAN
       .. :.:::: ..:..: . :.: :::::. ::.. :::::::::..:::::: : :::.:
NP_065 VNDRTRELFQIDPHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTN
              290       300       310       320       330       340

            360          370       380       390       400         
pF1KSD DNAPEISFSTVKEA---VSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSF
       :: : :.. .:.     :::.: :: :.::  :.::::  ::.:::.:::.:::::.  .
NP_065 DNPPVINLLSVNSELVEVSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-Y
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pF1KSD KNYYTIVTEAPLDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYD
       ... ::.... ::::  :.:.::. ::: : : :...::. : ..: ::: :.::.: :.
NP_065 ESFSTILVDGRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQ
     400       410       420       430       440       450         

     470       480       490       500       510       520         
pF1KSD VYVTENNVPGAYIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALR
       : : :::.::::. .::: : : : :....:.:.  :.. : :::::::: ..: .::::
NP_065 VIVQENNTPGAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALR
     460       470       480       490       500       510         

     530       540       550       560       570       580         
pF1KSD SFDYEQLKDFSFQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLPGRNGTPAREV
       ::..:: : : :.: :.:.: : .: .:::: ..:.: :::.:.:.:: :  ::: :.  
NP_065 SFNHEQTKAFEFKVLAKDGGLP-SLQSNATVRVIILDVNDNTPVITAP-PLINGT-AEVY
     520       530       540        550       560        570       

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pF1KSD LPRSAEPGYLLTRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELRTARRVPAKRD
       .::..  :::.: : : : :.:::.:.::....:.. ..:..:  .::.::.:     ..
NP_065 IPRNSGIGYLVTVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTF--GES
        580       590       600       610        620       630     

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pF1KSD PQRPYELVIEVRDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGE
        .  :::.. ..:::.  ::..: ... : . :.. : . ::                  
NP_065 SKSSYELIVVAHDHGKTSLSASALVLIYL-SPALDAQESMGS------------------
           640       650       660        670                      

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pF1KSD TSLDLTLILIIALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKE-KKLNIYTCLASDCCLCCCCCGGGGS
         ..:.::.::::::.. :....:: .:..:... :..  :.:  ..             
NP_065 --VNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIFVAIKCKRDNKEIRTYNCRIAEYSY----------
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pF1KSD TCCGRQARA-RKKKLSKSDIMLVQSSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTP
          :.: .. .:::.::.:: ::  .   ..  .. .   ... :  .  .: .:  :  
NP_065 ---GHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETD--KMNVVSCSSLTSSLNYFDY-HQQTLPL
               730       740       750         760        770      

       830        840       850       860       870       880      
pF1KSD ESAKTDLMFLK-PCSPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNETKHQRAELS
          ...  ::.   . .:.:...:    .. ..   ::::.: ::  :  ::..   . .
NP_065 GCRRSESTFLNVENQNTRNTSANHIYHHSF-NSQGPQQPDLIINGVPLP-ETENYSFDSN
        780       790       800        810       820        830    

        890       900       910       920                     930  
pF1KSD YLVDRPRRVNSSAFQEADIVSSKDSGHGDSEQGDSDHD---------ATN-----RAQSA
       :. .: . ..::.:.. .  : ::::: .:.: ::.::         :.:      . : 
NP_065 YVNSRAHLIKSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSM
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                   940       950        960       970       980    
pF1KSD GMDLFSN-------CTEECKALGHSDRCWMP-SFVPSDGRQAADYRSNLHVPGMDSVPDT
       : .. ..       : :::. :::::::::: . .:  ...    :. . .    .. :.
NP_065 GSQMPDHDQNEGFHCREECRILGHSDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVRNIIALSIEATAADV
          900       910       920       930       940       950    

          990      1000      1010      1020      1030      1040    
pF1KSD EVFETPEAQPGAERSFSTFGKEKALHSTLERKELDGLLTNTRAPYKPPYLTRKRIC    
       :...  .  : ..:.:.::::. . : . ::  : :                        
NP_065 EAYD--DCGP-TKRTFATFGKDVSDHPAEERPTLKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGC
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NP_065 EAISPVTSPLHLKSSLPTKPSVSYTIALAPPARDLEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSE
            1020      1030      1040      1050      1060      1070 

>>NP_001098713 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 is  (1101 aa)
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                    10        20        30        40           50  
pF1KSD      MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDL---GLDITKLSARG
              ::::.:.::   ... .:.:.:.:::. :: ..:.:.:    :. .   .: .
NP_001 MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDPRQASA
               10        20        30        40        50        60

             60        70        80        90       100       110  
pF1KSD FQTVPNSRTPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEV
       :..: ::    .:.:  .:.: ...::::. .:.:::.:.. ::: . . .:.  ...:.
NP_001 FRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEV-MSSSMEICVIKVEI
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            120       130       140       150       160       170  
pF1KSD LDINDNPPSFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQ
        :.::: ::::  .. .::::.:.::::.::.::.::: :. ... ::.:::  :.:...
NP_001 KDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNELFGLEIK
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            180       190       200       210       220       230  
pF1KSD TQGDGNRFAELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTG
       :.:::.::::::.:: :::: :. . . .::.:::                 ::   : :
NP_001 TRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGD----------------PP---RLG
     180       190       200       210                          220

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pF1KSD TALLTIRVLDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSH
       :. :.:.: ::::: :.:.. .:.::.::::::.: ::.:::.::::: ::.::::: ..
NP_001 TVGLSIKVTDSNDNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGY
              230       240       250       260       270       280

            300       310       320       330       340       350  
pF1KSD ISPRARELFGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDAN
       .. :.:::: ..:..: . :.: :::::. ::.. :::::::::..:::::: : :::.:
NP_001 VNDRTRELFQIDPHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTN
              290       300       310       320       330       340

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pF1KSD DNAPEISFSTVKEA---VSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSF
       :: : :.. .:.     :::.: :: :.::  :.::::  ::.:::.:::.:::::.  .
NP_001 DNPPVINLLSVNSELVEVSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-Y
              350       360       370       380       390          

     410       420       430       440       450       460         
pF1KSD KNYYTIVTEAPLDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYD
       ... ::.... ::::  :.:.::. ::: : : :...::. : ..: ::: :.::.: :.
NP_001 ESFSTILVDGRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQ
     400       410       420       430       440       450         

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pF1KSD VYVTENNVPGAYIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALR
       : : :::.::::. .::: : : : :....:.:.  :.. : :::::::: ..: .::::
NP_001 VIVQENNTPGAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALR
     460       470       480       490       500       510         

     530       540       550       560       570       580         
pF1KSD SFDYEQLKDFSFQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLPGRNGTPAREV
       ::..:: : : :.: :.:.: : .: .:::: ..:.: :::.:.:.:: :  ::: :.  
NP_001 SFNHEQTKAFEFKVLAKDGGLP-SLQSNATVRVIILDVNDNTPVITAP-PLINGT-AEVY
     520       530       540        550       560        570       

     590       600       610       620       630       640         
pF1KSD LPRSAEPGYLLTRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELRTARRVPAKRD
       .::..  :::.: : : : :.:::.:.::....:.. ..:..:  .::.::.:     ..
NP_001 IPRNSGIGYLVTVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTF--GES
        580       590       600       610        620       630     

     650       660       670       680       690       700         
pF1KSD PQRPYELVIEVRDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGE
        .  :::.. ..:::.  ::..: ... : . :.. : . ::                  
NP_001 SKSSYELIVVAHDHGKTSLSASALVLIYL-SPALDAQESMGS------------------
           640       650       660        670                      

     710       720       730       740        750       760        
pF1KSD TSLDLTLILIIALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKE-KKLNIYTCLASDCCLCCCCCGGGGS
         ..:.::.::::::.. :....:: .:..:... :..  :.:  ..             
NP_001 --VNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIFVAIKCKRDNKEIRTYNCRIAEYSY----------
            680       690       700       710       720            

      770        780       790       800       810       820       
pF1KSD TCCGRQARA-RKKKLSKSDIMLVQSSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTP
          :.: .. .:::.::.:: ::  .   ..  .. .   ... :  .  .: .:  :  
NP_001 ---GHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETD--KMNVVSCSSLTSSLNYFDY-HQQTLPL
               730       740       750         760        770      

       830        840       850       860       870       880      
pF1KSD ESAKTDLMFLK-PCSPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNETKHQRAELS
          ...  ::.   . .:.:...:    .. ..   ::::.: ::  :  ::..   . .
NP_001 GCRRSESTFLNVENQNTRNTSANHIYHHSF-NSQGPQQPDLIINGVPLP-ETENYSFDSN
        780       790       800        810       820        830    

        890        900       910       920                     930 
pF1KSD YLVDRPRRVNSSA-FQEADIVSSKDSGHGDSEQGDSDHD---------ATN-----RAQS
       :. .: . ..::. :.. .  : ::::: .:.: ::.::         :.:      . :
NP_001 YVNSRAHLIKSSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTS
          840       850       860       870       880       890    

                    940       950        960       970       980   
pF1KSD AGMDLFSN-------CTEECKALGHSDRCWMP-SFVPSDGRQAADYRSNLHVPGMDSVPD
        : .. ..       : :::. :::::::::: . .:  ...    :. . .    .. :
NP_001 MGSQMPDHDQNEGFHCREECRILGHSDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVRNIIALSIEATAAD
          900       910       920       930       940       950    

           990      1000      1010      1020      1030      1040   
pF1KSD TEVFETPEAQPGAERSFSTFGKEKALHSTLERKELDGLLTNTRAPYKPPYLTRKRIC   
       .:...  .  : ..:.:.::::. . : . ::  : :                       
NP_001 VEAYD--DCGP-TKRTFATFGKDVSDHPAEERPTLKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNG
            960        970       980       990      1000      1010 

NP_001 CEAISPVTSPLHLKSSLPTKPSVSYTIALAPPARDLEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADS
            1020      1030      1040      1050      1060      1070 

>>NP_114089 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 isofor  (884 aa)
 initn: 1325 init1: 663 opt: 1441  Z-score: 1182.3  bits: 230.2 E(85289): 4.1e-59
Smith-Waterman score: 2211; 42.8% identity (70.3% similar) in 893 aa overlap (1-881:25-853)

                                       10        20        30      
pF1KSD                         MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGN
                               .. :::. :: .   . :::.:.: :::  :..:::
NP_114 MEQAGTRPAATEHPRLRRPMPWLLLLPLLLLLLLLLPGPAASQLRYSVPEEQAPGALVGN
               10        20        30        40        50        60

         40        50        60           70        80        90   
pF1KSD IAEDLGLDITKLSARGFQTVPNSRTP---YLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVL
       .:. :::.. .:.  :   . .  .:   ::.:.: .:.:.:::.:::: .:.: : :.:
NP_114 VARALGLELRRLGP-GCLRINHLGAPSPRYLELDLTSGALFVNERIDREALCEQRPRCLL
               70         80        90       100       110         

           100       110       120       130       140       150   
pF1KSD HLEVFLENPLELFQVEIEVLDINDNPPSFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGT
        :::. .::. .  ::.:.:::::: : ::.:.  ...:::..::.:: .::: :::::.
NP_114 SLEVLAHNPVAVSAVEVEILDINDNSPRFPRPNYQLQVSESVAPGARFHIESAQDPDVGA
     120       130       140       150       160       170         

           160       170       180       190       200       210   
pF1KSD NSLRDYEITPNSYFSLDVQTQGDGNRFAELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVG
       ::.. ::..:. .: ::..   ....  ::::.: ::::: :.:. ::::::::      
NP_114 NSVQTYELSPSEHFELDLKPLQENSKVLELVLRKGLDREQAALHHLVLTAVDGG------
     180       190       200       210       220       230         

           220       230       240       250       260       270   
pF1KSD EGGGGGGGAGLPPQQQRTGTALLTIRVLDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLN
                 .:    :.::: ...::::.::: ::::: .: :.: :.:::::::..::
NP_114 ----------IPA---RSGTAQISVRVLDTNDNSPAFDQSTYRVQLREDSPPGTLVVKLN
                        240       250       260       270       280

           280       290       300       310       320       330   
pF1KSD ATDPDEGQNGEVVYSFSSHISPRARELFGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDL
       :.:::::.:::. ::.::. : : :.::...  ::...: : :::::.  ::.:::: : 
NP_114 ASDPDEGSNGELRYSLSSYTSDRERQLFSIDASTGEVRVIGGLDYEEASSYQIYVQATDR
              290       300       310       320       330       340

           340       350       360       370       380       390   
pF1KSD GPNAVPAHCKVLVRVLDANDNAPEISFSTVKEAVSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQV
       ::  . .:::::: ..:.::::::. .. .   : :.:.:.:.::..::.:.::  : .:
NP_114 GPVPMAGHCKVLVDIVDVNDNAPEVVLTDLYSPVPENATPNTIVAVLSVNDQDSGPNRKV
              350       360       370       380       390       400

           400       410       420       430       440       450   
pF1KSD QCELLGDVPFRLKSSFKNYYTIVTEAPLDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQV
       .  : . .:::: ..: : ::.:. .:::::    :..::.: : : : :.. ....:..
NP_114 SLGLEATLPFRL-NGFGNSYTLVVSGPLDRERVAVYNITVTATDGGIPQLTSLRTLKVEI
              410        420       430       440       450         

           460       470       480       490       500       510   
pF1KSD SDVNDNAPRFSQPVYDVYVTENNVPGAYIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVF
       ::.::: : : .  :..:. :::.::. . .:.::: ::  ::...::.:: .:::. : 
NP_114 SDINDNPPSFLEDSYSIYIQENNLPGVLLCTVQATDPDEKENAEVTYSLLEREIQGLPVT
     460       470       480       490       500       510         

           520       530       540       550       560       570   
pF1KSD TYVSINSENGYLYALRSFDYEQLKDFSFQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPA
       .:::::: .: :::. :::::....:   :::.: :::  :....:.:. .::.::.:: 
NP_114 SYVSINSASGSLYAVNSFDYEKFREFFVTVEAQDKGSPP-LSSTVTANVYVVDMNDHAPH
     520       530       540       550        560       570        

           580       590       600       610       620       630   
pF1KSD IVAPLPGRNGTPAREVLPRSAEPGYLLTRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDW
       :. :  . :.. : :..::.:  :::.:.: :.:.:.:.:: : : ... ....::... 
NP_114 ILYPT-STNSSAAFEMVPRTAPAGYLVTKVIAMDSDSGQNAWLFYHLAQTSDLDLFKVEL
      580        590       600       610       620       630       

           640       650       660       670       680         690 
pF1KSD RTGELRTARRVPAKRDPQRPYELVIEVRDHGQPPLSSTATLVVQLVD--GAVEPQGGGGS
       .:::.::.:..  .      ..:.. :::.:.: ::......: .::  . . :      
NP_114 HTGEIRTTRKMGDESGST--FNLTVVVRDNGEPSLSASVAITVAVVDRVSKILP------
       640       650         660       670       680               

             700       710       720       730        740       750
pF1KSD GGGGSGEHQRPSRSGGGETSLDLTLILIIALGSVSFIFLLAMIVLAV-RCQKEKKLNIYT
             . ::  .:   .:  ..:: :::::..:::::::..:.:.. .: .      ::
NP_114 ------DTQRHVKSP--RTYSEITLYLIIALSTVSFIFLLTIIILSIIKCYR------YT
           690         700       710       720       730           

              760       770       780       790        800         
pF1KSD CLASDCCLCCCCCGGGGSTCCGRQARARKKKLSKSDIMLVQSSNVPSN-PAQVPIEESGG
         ..       ::::     :: . :.  .  ....  .  .. .: .  .:  . :  :
NP_114 AYGT------ACCGG----FCGVRERSPAELYKQANNNI--DARIPHGLKVQPHFIEVRG
               740           750       760         770       780   

     810       820       830       840       850            860    
pF1KSD FGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLKPCSPSRSTDTEHNPCGA--IVT---GYTDQQ
        ::   ...:::..:::  :..  .::      . ...:  .: ::   ::   . : :.
NP_114 NGS--LTKTYCYKACLTAGSGSDTFMFY-----NTGAQTGPGPSGAQAAVTDSRNLTGQS
             790       800            810       820       830      

          870       880       890       900       910       920    
pF1KSD PDIISNGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSAFQEADIVSSKDSGHGDSEQGDSDHD
        .  .:  ::.::.  :                                           
NP_114 GQNAGNLIILKNEAVSQNEVRQWSGGLLQTHAFVTHPPISCDLALLSH            
        840       850       860       870       880                

>>NP_061722 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 isofor  (1007 aa)
 initn: 1325 init1: 663 opt: 1441  Z-score: 1181.6  bits: 230.2 E(85289): 4.5e-59
Smith-Waterman score: 2250; 39.0% identity (67.7% similar) in 1033 aa overlap (1-1017:25-987)

                                       10        20        30      
pF1KSD                         MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGN
                               .. :::. :: .   . :::.:.: :::  :..:::
NP_061 MEQAGTRPAATEHPRLRRPMPWLLLLPLLLLLLLLLPGPAASQLRYSVPEEQAPGALVGN
               10        20        30        40        50        60

         40        50        60           70        80        90   
pF1KSD IAEDLGLDITKLSARGFQTVPNSRTP---YLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVL
       .:. :::.. .:.  :   . .  .:   ::.:.: .:.:.:::.:::: .:.: : :.:
NP_061 VARALGLELRRLGP-GCLRINHLGAPSPRYLELDLTSGALFVNERIDREALCEQRPRCLL
               70         80        90       100       110         

           100       110       120       130       140       150   
pF1KSD HLEVFLENPLELFQVEIEVLDINDNPPSFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGT
        :::. .::. .  ::.:.:::::: : ::.:.  ...:::..::.:: .::: :::::.
NP_061 SLEVLAHNPVAVSAVEVEILDINDNSPRFPRPNYQLQVSESVAPGARFHIESAQDPDVGA
     120       130       140       150       160       170         

           160       170       180       190       200       210   
pF1KSD NSLRDYEITPNSYFSLDVQTQGDGNRFAELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVG
       ::.. ::..:. .: ::..   ....  ::::.: ::::: :.:. :::::::       
NP_061 NSVQTYELSPSEHFELDLKPLQENSKVLELVLRKGLDREQAALHHLVLTAVDG-------
     180       190       200       210       220       230         

           220       230       240       250       260       270   
pF1KSD EGGGGGGGAGLPPQQQRTGTALLTIRVLDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLN
                :.:    :.::: ...::::.::: ::::: .: :.: :.:::::::..::
NP_061 ---------GIPA---RSGTAQISVRVLDTNDNSPAFDQSTYRVQLREDSPPGTLVVKLN
                        240       250       260       270       280

           280       290       300       310       320       330   
pF1KSD ATDPDEGQNGEVVYSFSSHISPRARELFGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDL
       :.:::::.:::. ::.::. : : :.::...  ::...: : :::::.  ::.:::: : 
NP_061 ASDPDEGSNGELRYSLSSYTSDRERQLFSIDASTGEVRVIGGLDYEEASSYQIYVQATDR
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pF1KSD GPNAVPAHCKVLVRVLDANDNAPEISFSTVKEAVSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQV
       ::  . .:::::: ..:.::::::. .. .   : :.:.:.:.::..::.:.::  : .:
NP_061 GPVPMAGHCKVLVDIVDVNDNAPEVVLTDLYSPVPENATPNTIVAVLSVNDQDSGPNRKV
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pF1KSD QCELLGDVPFRLKSSFKNYYTIVTEAPLDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQV
       .  : . .:::: ..: : ::.:. .:::::    :..::.: : : : :.. ....:..
NP_061 SLGLEATLPFRL-NGFGNSYTLVVSGPLDRERVAVYNITVTATDGGIPQLTSLRTLKVEI
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pF1KSD SDVNDNAPRFSQPVYDVYVTENNVPGAYIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVF
       ::.::: : : .  :..:. :::.::. . .:.::: ::  ::...::.:: .:::. : 
NP_061 SDINDNPPSFLEDSYSIYIQENNLPGVLLCTVQATDPDEKENAEVTYSLLEREIQGLPVT
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pF1KSD TYVSINSENGYLYALRSFDYEQLKDFSFQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPA
       .:::::: .: :::. :::::....:   :::.: :::  :....:.:. .::.::.:: 
NP_061 SYVSINSASGSLYAVNSFDYEKFREFFVTVEAQDKGSPP-LSSTVTANVYVVDMNDHAPH
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pF1KSD IVAPLPGRNGTPAREVLPRSAEPGYLLTRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDW
       :. :  . :.. : :..::.:  :::.:.: :.:.:.:.:: : : ... ....::... 
NP_061 ILYPT-STNSSAAFEMVPRTAPAGYLVTKVIAMDSDSGQNAWLFYHLAQTSDLDLFKVEL
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pF1KSD RTGELRTARRVPAKRDPQRPYELVIEVRDHGQPPLSSTATLVVQLVD--GAVEPQGGGGS
       .:::.::.:..  .      ..:.. :::.:.: ::......: .::  . . :      
NP_061 HTGEIRTTRKMGDESGS--TFNLTVVVRDNGEPSLSASVAITVAVVDRVSKILP------
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pF1KSD GGGGSGEHQRPSRSGGGETSLDLTLILIIALGSVSFIFLLAMIVLAV-RCQKEKKLNIYT
             . ::  .:   .:  ..:: :::::..:::::::..:.:.. .: .      ::
NP_061 ------DTQRHVKSP--RTYSEITLYLIIALSTVSFIFLLTIIILSIIKCYR------YT
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pF1KSD CLASDCCLCCCCCGGGGSTCCGRQARARKKKLSKSDIMLVQSSNVPSN-PAQVPIEESGG
         ..       ::::     :: . :.  .  ....  .  .. .: .  .:  . :  :
NP_061 AYGT------ACCGG----FCGVRERSPAELYKQANNNI--DARIPHGLKVQPHFIEVRG
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pF1KSD FGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLKP---CSPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPD
        ::   ...:::..:::  :..  .:: .     .:. :        .  .:: . :.  
NP_061 NGSL--TKTYCYKACLTAGSGSDTFMFYNTGAQTGPGPSGAQAAVTDSRNLTGQSGQNAG
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pF1KSD ---IISNGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSA-FQEADIVSSKDSGHGDSEQGDSD
          :..: .. .:: ..   .  : ..    ..::. ..:: :.  . .  : ..:  . 
NP_061 NLIILKNEAVSQNEPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGIL--RAGPGGPDQQWPTV
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pF1KSD HDATNRAQSAGMDLFSNCTEECKALGHSDRCWMPSFVPSDGRQAA--DYRSNLHVPGMDS
        .:: . . ::     . .    : : ..  :  .. :.. .:..  .  ... .::  .
NP_061 SSATPEPE-AG-----EVSPPVGA-GVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPA
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pF1KSD VPDTEVFETPEAQPGAERSFSTFGKEKALHSTLERKELDGLLTNTRAPYKPPYLTRKRIC
       .    . . :  .   . .: ::::..  ..  ..:.                       
NP_061 I--ISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ   
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>>XP_016863800 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadherin-1  (915 aa)
 initn: 1652 init1: 695 opt: 1431  Z-score: 1174.0  bits: 228.7 E(85289): 1.2e-58
Smith-Waterman score: 2037; 38.7% identity (66.6% similar) in 944 aa overlap (5-924:12-885)

                      10           20        30        40          
pF1KSD        MIVLLLFALLWMV--EGVFSQ-LHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDLGLDITKL--
                  ..:::: .   . :... :.: . :::. :. .. ..::..  . ::  
XP_016 MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
               10        20        30        40        50        60

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pF1KSD -SARGFQTVPNSRTPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFL--ENPLEL
        :.  :...  . .: : .: ..: . ..  :::::.:... .: ....:.    . :.:
XP_016 PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
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pF1KSD FQVEIEVLDINDNPPSFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNS
       :..:.:::::::: :.: .  . .::::::. :::.::.:::::::: :::. : .. :.
XP_016 FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
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pF1KSD YFSLDVQTQGDGNRFAELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLP
       .:...:.:. :: ..:::.. . :::: .. ..  ::: :                 :.:
XP_016 FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASD----------------MGVP
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pF1KSD PQQQRTGTALLTIRVLDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEV
          ::.:...: : . ::::: :::.:  : ..: :::: :::...::::::::: ::..
XP_016 ---QRSGSSILKISISDSNDNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKI
             230       240       250       260       270       280 

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pF1KSD VYSFSSHISPRARELFGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVL
       :::::::.::.  : : .. . :.: .  ..::: .  :.. :::.:::::..:::::..
XP_016 VYSFSSHVSPKIMETFKIDSERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKII
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pF1KSD VRVLDANDNAPEISFSTV---KEAVS---EGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLG
       ..:.:.::: :::... .   :: .:   ::    : :::  : :.::  ::.. :.: :
XP_016 IKVVDVNDNKPEININLMSPGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHG
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pF1KSD DVPFRLKSSFKNYYTIVTEAPLDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDN
          :.:.....: : :.:.: ::::  . :.:::.:.::: :.::: : . ::..:.:::
XP_016 HGHFKLQKTYENNYLILTNATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDN
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pF1KSD APRFSQPVYDVYVTENNVPGAYIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSIN
        :.:..  :.  ..::: ::::: .:.::: : : :.:..:.:::  : : :. :::.:.
XP_016 PPHFQRSRYEFVISENNSPGAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTID
             470       480       490       500       510       520 

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pF1KSD SENGYLYALRSFDYEQLKDFSFQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLP
         :: .:::: ::.:......: :::::.:::. :..:.:: . :.:.:::.:....:  
XP_016 PSNGAIYALRIFDHEEVSQITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGP-A
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pF1KSD GRNGTPAREVLPRSAEPGYLLTRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELR
        ::.: :. ..:..:: :. .::. :.: :.: ::.:. .:: ::: :.: .: :. ...
XP_016 LRNNT-AEITIPKGAESGFHVTRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIH
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pF1KSD TARRVPAKRDPQRPYELVIEVRDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEH
       :   :     :   .:: . ..:.:.: : . . :  .. . :    .            
XP_016 T--NVSMDSVPYTEWELSVIIQDKGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTS------------
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pF1KSD QRPSRSGGGETSLDLTLILIIALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKEKK-LNIYTCLASDCCL
          . .. ...:::...:.::.::..  ..:. :...:.::..:::    :.: ...   
XP_016 --TAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLFATRCNREKKDTRSYNCRVAE---
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pF1KSD CCCCCGGGGSTCCGRQARARKKKLSKSDIMLVQSSN--VP------SNPAQVPIEESGGF
                ::   .  :  .... :.:: :: . :  .:      :.:.. :  : : .
XP_016 ---------STYQHHPKRP-SRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPSSSPTLERGQM
                       750        760       770       780       790

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pF1KSD GSHH-HNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLKPCSPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPDIIS
       ::.. ::..   .  .:  : ..   :        : .  :   .. :.    :  ... 
XP_016 GSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENF--------SLELTHATPAVEVS----QLLSMLH
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pF1KSD NGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSAFQEADIVSSKDSGHGDSEQGDSDHDATNRA
       .:        . . . :.  ..  :    :.:. :  : ::::.:::: ::::.:     
XP_016 QG--------QYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDS
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pF1KSD QSAGMDLFSNCTEECKALGHSDRCWMPSFVPSDGRQAADYRSNLHVPGMDSVPDTEVFET
                                                                   
XP_016 PIDRLLGEGFSDLFLTDGRIPAVQL                                   
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1040 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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