Result of FASTA (ccds) for pF1KB7016
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7016, 835 aa
  1>>>pF1KB7016 835 - 835 aa - 835 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5721+/-0.000903; mu= 8.9138+/- 0.055
 mean_var=241.0032+/-49.548, 0's: 0 Z-trim(114.8): 53  B-trim: 150 in 1/53
 Lambda= 0.082616
 statistics sampled from 15346 (15397) to 15346 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.768), E-opt: 0.2 (0.473), width:  16
 Scan time:  4.990

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS12985.1 TRIM28 gene_id:10155|Hs108|chr19       ( 835) 5662 688.2 1.5e-197
CCDS873.1 TRIM33 gene_id:51592|Hs108|chr1          (1110) 1172 153.2 2.3e-36
CCDS872.1 TRIM33 gene_id:51592|Hs108|chr1          (1127) 1172 153.2 2.3e-36
CCDS5847.1 TRIM24 gene_id:8805|Hs108|chr7          (1050)  949 126.6 2.2e-28
CCDS47720.1 TRIM24 gene_id:8805|Hs108|chr7         (1016)  944 126.0 3.3e-28


>>CCDS12985.1 TRIM28 gene_id:10155|Hs108|chr19            (835 aa)
 initn: 5662 init1: 5662 opt: 5662  Z-score: 3660.1  bits: 688.2 E(32554): 1.5e-197
Smith-Waterman score: 5662; 100.0% identity (100.0% similar) in 835 aa overlap (1-835:1-835)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MAASAAAASAAAASAASGSPGPGEGSAGGEKRSTAPSAAASASASAAASSPAGGGAEALE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MAASAAAASAAAASAASGSPGPGEGSAGGEKRSTAPSAAASASASAAASSPAGGGAEALE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 LLEHCGVCRERLRPEREPRLLPCLHSACSACLGPAAPAAANSSGDGGAAGDGTVVDCPVC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LLEHCGVCRERLRPEREPRLLPCLHSACSACLGPAAPAAANSSGDGGAAGDGTVVDCPVC
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 KQQCFSKDIVENYFMRDSGSKAATDAQDANQCCTSCEDNAPATSYCVECSEPLCETCVEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KQQCFSKDIVENYFMRDSGSKAATDAQDANQCCTSCEDNAPATSYCVECSEPLCETCVEA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 HQRVKYTKDHTVRSTGPAKSRDGERTVYCNVHKHEPLVLFCESCDTLTCRDCQLNAHKDH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 HQRVKYTKDHTVRSTGPAKSRDGERTVYCNVHKHEPLVLFCESCDTLTCRDCQLNAHKDH
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 QYQFLEDAVRNQRKLLASLVKRLGDKHATLQKSTKEVRSSIRQVSDVQKRVQVDVKMAIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QYQFLEDAVRNQRKLLASLVKRLGDKHATLQKSTKEVRSSIRQVSDVQKRVQVDVKMAIL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 QIMKELNKRGRVLVNDAQKVTEGQQERLERQHWTMTKIQKHQEHILRFASWALESDNNTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QIMKELNKRGRVLVNDAQKVTEGQQERLERQHWTMTKIQKHQEHILRFASWALESDNNTA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 LLLSKKLIYFQLHRALKMIVDPVEPHGEMKFQWDLNAWTKSAEAFGKIVAERPGTNSTGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LLLSKKLIYFQLHRALKMIVDPVEPHGEMKFQWDLNAWTKSAEAFGKIVAERPGTNSTGP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 APMAPPRAPGPLSKQGSGSSQPMEVQEGYGFGSGDDPYSSAEPHVSGVKRSRSGEGEVSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 APMAPPRAPGPLSKQGSGSSQPMEVQEGYGFGSGDDPYSSAEPHVSGVKRSRSGEGEVSG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB7 LMRKVPRVSLERLDLDLTADSQPPVFKVFPGSTTEDYNLIVIERGAAAAATGQPGTAPAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LMRKVPRVSLERLDLDLTADSQPPVFKVFPGSTTEDYNLIVIERGAAAAATGQPGTAPAG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB7 TPGAPPLAGMAIVKEEETEAAIGAPPTATEGPETKPVLMALAEGPGAEGPRLASPSGSTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TPGAPPLAGMAIVKEEETEAAIGAPPTATEGPETKPVLMALAEGPGAEGPRLASPSGSTS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB7 SGLEVVAPEGTSAPGGGPGTLDDSATICRVCQKPGDLVMCNQCEFCFHLDCHLPALQDVP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SGLEVVAPEGTSAPGGGPGTLDDSATICRVCQKPGDLVMCNQCEFCFHLDCHLPALQDVP
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB7 GEEWSCSLCHVLPDLKEEDGSLSLDGADSTGVVAKLSPANQRKCERVLLALFCHEPCRPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GEEWSCSLCHVLPDLKEEDGSLSLDGADSTGVVAKLSPANQRKCERVLLALFCHEPCRPL
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB7 HQLATDSTFSLDQPGGTLDLTLIRARLQEKLSPPYSSPQEFAQDVGRMFKQFNKLTEDKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 HQLATDSTFSLDQPGGTLDLTLIRARLQEKLSPPYSSPQEFAQDVGRMFKQFNKLTEDKA
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830     
pF1KB7 DVQSIIGLQRFFETRMNEAFGDTKFSAVLVEPPPMSLPGAGLSSQELSGGPGDGP
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DVQSIIGLQRFFETRMNEAFGDTKFSAVLVEPPPMSLPGAGLSSQELSGGPGDGP
              790       800       810       820       830     

>>CCDS873.1 TRIM33 gene_id:51592|Hs108|chr1               (1110 aa)
 initn: 830 init1: 562 opt: 1172  Z-score: 766.3  bits: 153.2 E(32554): 2.3e-36
Smith-Waterman score: 1177; 32.0% identity (60.5% similar) in 744 aa overlap (5-683:68-803)

                                         10        20        30    
pF1KB7                           MAASAAAASAAAASAASGSPGPGEGSAGGEKRST
                                     :::.:..: .:.: . . : : :::   . 
CCDS87 LTAVLVEEEEEEGGRAGAEGGAAGPDDGGVAAASSGSAQAASSPAASVGTGVAGGAVSTP
        40        50        60        70        80        90       

           40        50        60        70          80        90  
pF1KB7 APSAAASASASAAASSPAGGGAEALELLEHCGVCRERL--RPEREPRLLPCLHSACSACL
       ::. :.. . . .:. : :  :    ::. :.::.. :  : : ::.::::::: :  ::
CCDS87 APAPASAPAPGPSAGPPPGPPAS---LLDTCAVCQQSLQSRREAEPKLLPCLHSFCLRCL
       100       110       120          130       140       150    

            100       110          120       130       140         
pF1KB7 GPAAPAAANSSGDGGAAGDGT---VVDCPVCKQQCFSKDIVENYFMRDSGSKAATDAQDA
        :      .    ::. ::     :. ::::.:.: . :.:.:::..:..   ... . .
CCDS87 -PEPERQLSVPIPGGSNGDIQQVGVIRCPVCRQECRQIDLVDNYFVKDTSEAPSSSDEKS
           160       170       180       190       200       210   

     150       160       170       180       190          200      
pF1KB7 NQCCTSCEDNAPATSYCVECSEPLCETCVEAHQRVKYTKDHTVRS---TGPAKSRDGERT
       .: :::::::: :...::::.: ::.::.:::::::.:::: .:.   .. . . .:.: 
CCDS87 EQVCTSCEDNASAVGFCVECGEWLCKTCIEAHQRVKFTKDHLIRKKEDVSESVGASGQRP
           220       230       240       250       260       270   

        210       220       230       240       250       260      
pF1KB7 VYCNVHKHEPLVLFCESCDTLTCRDCQLNAHKDHQYQFLEDAVRNQRKLLASLVKRLGDK
       :.: :::.: : ::::.:: ::::::::  ::.:.:::::.: .::.  . .:. .: .:
CCDS87 VFCPVHKQEQLKLFCETCDRLTCRDCQLLEHKEHRYQFLEEAFQNQKGAIENLLAKLLEK
           280       290       300       310       320       330   

        270       280       290       300       310       320      
pF1KB7 HATLQKSTKEVRSSIRQVSDVQKRVQVDVKMAILQIMKELNKRGRVLVNDAQKVTEGQQE
       .  .. .. .:.. :..:....:::. ..:.::. ...:.::.:. :... ..::. .: 
CCDS87 KNYVHFAATQVQNRIKEVNETNKRVEQEIKVAIFTLINEINKKGKSLLQQLENVTKERQM
           340       350       360       370       380       390   

        330       340       350       360       370       380      
pF1KB7 RLERQHWTMTKIQKHQEHILRFASWALESDNNTALLLSKKLIYFQLHRALKMIVDPVEP-
       .: .:.  .: .... .:.. :..::. : ..:::: ::.:: :::.. ::   :::   
CCDS87 KLLQQQNDITGLSRQVKHVMNFTNWAIASGSSTALLYSKRLITFQLRHILKARCDPVPAA
           400       410       420       430       440       450   

         390       400       410          420             430      
pF1KB7 HGEMKFQWDLNAWTKSAEAFGKIVAER---PGTNSTGPAPMAPP------RAPGPLSKQG
       .: ..:. : . :.:..  .:..: :    :: . .  . ..::      ..:: ..   
CCDS87 NGAIRFHCDPTFWAKNVVNLGNLVIESKPAPGYTPNVVVGQVPPGTNHISKTPGQINLAQ
           460       470       480       490       500       510   

           440       450       460        470       480            
pF1KB7 ---SGSSQPMEVQEGYGFGSGDDPYSSAE-PHVSGVKRSRSGEGEVSGLMRKVPRV----
          .  .: . .:.   . .       :  : .. . ...  ..  . :... ::.    
CCDS87 LRLQHMQQQVYAQKHQQLQQMRMQQPPAPVPTTTTTTQQHPRQAAPQMLQQQPPRLISVQ
           520       530       540       550       560       570   

      490       500             510          520       530         
pF1KB7 SLERLDLDLTADSQPPVFKV------FPG---STTEDYNLIVIERGAAAAATGQPGTAPA
       ...: ...  :  :   ...      .::    .  .:...  .     .  :. :  :.
CCDS87 TMQRGNMNCGA-FQAHQMRLAQNAARIPGIPRHSGPQYSMMQPHLQRQHSNPGHAGPFPV
           580        590       600       610       620       630  

     540              550       560          570       580         
pF1KB7 GT-------PGAPPLAGMAIVKEEETEAAIGAP---PTATEGPETKPVLMALA----EGP
        .       : .:  : :: ...  :  .. :    :..:. ::. : :  .     :  
CCDS87 VSVHNTTINPTSPTTATMANANRGPTSPSVTAIELIPSVTN-PENLPSLPDIPPIQLEDA
            640       650       660       670        680       690 

              590       600        610       620         630       
pF1KB7 GAEG-----PRLASPSGSTSSGLEVVAPE-GTSAPGGGPGTLDDSATICR--VCQKPGDL
       :. .      :  : :    .   .. :  : :: . : . :..: :  :    .. :. 
CCDS87 GSSSLDNLLSRYISGSHLPPQPTSTMNPSPGPSALSPGSSGLSNSHTPVRPPSTSSTGSR
             700       710       720       730       740       750 

       640              650       660        670       680         
pF1KB7 VMCN-------QCEFCFHLDCHLPALQDVPG-EEWSCSLCHVLPDLKEEDGSLSLDGADS
         :.       .  . :. : .. . :. :: :.  ::.   . . : :::  :      
CCDS87 GSCGSSGRTAEKTSLSFKSD-QVKVKQE-PGTEDEICSFSGGVKQEKTEDGRRSACMLSS
             760       770         780       790       800         

     690       700       710       720       730       740         
pF1KB7 TGVVAKLSPANQRKCERVLLALFCHEPCRPLHQLATDSTFSLDQPGGTLDLTLIRARLQE
                                                                   
CCDS87 PESSLTPPLSTNLHLESELDALASLENHVKIEPADMNESCKQSGLSSLVNGKSPIRSLMH
     810       820       830       840       850       860         

>>CCDS872.1 TRIM33 gene_id:51592|Hs108|chr1               (1127 aa)
 initn: 916 init1: 562 opt: 1172  Z-score: 766.2  bits: 153.2 E(32554): 2.3e-36
Smith-Waterman score: 1177; 32.0% identity (60.5% similar) in 744 aa overlap (5-683:68-803)

                                         10        20        30    
pF1KB7                           MAASAAAASAAAASAASGSPGPGEGSAGGEKRST
                                     :::.:..: .:.: . . : : :::   . 
CCDS87 LTAVLVEEEEEEGGRAGAEGGAAGPDDGGVAAASSGSAQAASSPAASVGTGVAGGAVSTP
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pF1KB7 APSAAASASASAAASSPAGGGAEALELLEHCGVCRERL--RPEREPRLLPCLHSACSACL
       ::. :.. . . .:. : :  :    ::. :.::.. :  : : ::.::::::: :  ::
CCDS87 APAPASAPAPGPSAGPPPGPPAS---LLDTCAVCQQSLQSRREAEPKLLPCLHSFCLRCL
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pF1KB7 GPAAPAAANSSGDGGAAGDGT---VVDCPVCKQQCFSKDIVENYFMRDSGSKAATDAQDA
        :      .    ::. ::     :. ::::.:.: . :.:.:::..:..   ... . .
CCDS87 -PEPERQLSVPIPGGSNGDIQQVGVIRCPVCRQECRQIDLVDNYFVKDTSEAPSSSDEKS
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       .: :::::::: :...::::.: ::.::.:::::::.:::: .:.   .. . . .:.: 
CCDS87 EQVCTSCEDNASAVGFCVECGEWLCKTCIEAHQRVKFTKDHLIRKKEDVSESVGASGQRP
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       :.: :::.: : ::::.:: ::::::::  ::.:.:::::.: .::.  . .:. .: .:
CCDS87 VFCPVHKQEQLKLFCETCDRLTCRDCQLLEHKEHRYQFLEEAFQNQKGAIENLLAKLLEK
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pF1KB7 HATLQKSTKEVRSSIRQVSDVQKRVQVDVKMAILQIMKELNKRGRVLVNDAQKVTEGQQE
       .  .. .. .:.. :..:....:::. ..:.::. ...:.::.:. :... ..::. .: 
CCDS87 KNYVHFAATQVQNRIKEVNETNKRVEQEIKVAIFTLINEINKKGKSLLQQLENVTKERQM
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pF1KB7 RLERQHWTMTKIQKHQEHILRFASWALESDNNTALLLSKKLIYFQLHRALKMIVDPVEP-
       .: .:.  .: .... .:.. :..::. : ..:::: ::.:: :::.. ::   :::   
CCDS87 KLLQQQNDITGLSRQVKHVMNFTNWAIASGSSTALLYSKRLITFQLRHILKARCDPVPAA
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       .: ..:. : . :.:..  .:..: :    :: . .  . ..::      ..:: ..   
CCDS87 NGAIRFHCDPTFWAKNVVNLGNLVIESKPAPGYTPNVVVGQVPPGTNHISKTPGQINLAQ
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pF1KB7 SLERLDLDLTADSQPPVFKV------FPG---STTEDYNLIVIERGAAAAATGQPGTAPA
       ...: ...  :  :   ...      .::    .  .:...  .     .  :. :  :.
CCDS87 TMQRGNMNCGA-FQAHQMRLAQNAARIPGIPRHSGPQYSMMQPHLQRQHSNPGHAGPFPV
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pF1KB7 GT-------PGAPPLAGMAIVKEEETEAAIGAP---PTATEGPETKPVLMALA----EGP
        .       : .:  : :: ...  :  .. :    :..:. ::. : :  .     :  
CCDS87 VSVHNTTINPTSPTTATMANANRGPTSPSVTAIELIPSVTN-PENLPSLPDIPPIQLEDA
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pF1KB7 GAEG-----PRLASPSGSTSSGLEVVAPE-GTSAPGGGPGTLDDSATICR--VCQKPGDL
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CCDS87 PESSLTPPLSTNLHLESELDALASLENHVKIEPADMNESCKQSGLSSLVNGKSPIRSLMH
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CCDS58 PGSPVSGSSPFATQVGVIRCPVCSQECAERHIIDNFFVKDTTEVPSSTVEKSNQVCTSCE
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CCDS58 DNAEANGFCVECVEWLCKTCIRAHQRVKFTKDHTVRQKEEVSPEAVGVTSQRPVFCPFHK
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pF1KB7 HEPLVLFCESCDTLTCRDCQLNAHKDHQYQFLEDAVRNQRKLLASLVKRLGDKHATLQKS
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CCDS58 KEQLKLYCETCDKLTCRDCQLLEHKEHRYQFIEEAFQNQKVIIDTLITKLMEKTKYIKFT
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pF1KB7 TKEVRSSIRQVSDVQKRVQVDVKMAILQIMKELNKRGRVLVNDAQKVTEGQQERLERQHW
        ..... : .:.. ::.:. :.:.::. .: :.::.:..:... ..... .. .: .:. 
CCDS58 GNQIQNRIIEVNQNQKQVEQDIKVAIFTLMVEINKKGKALLHQLESLAKDHRMKLMQQQQ
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pF1KB7 TMTKIQKHQEHILRFASWALESDNNTALLLSKKLIYFQLHRALKMIVD--PVEPHGEMKF
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CCDS58 EVAGLSKQLEHVMHFSKWAVSSGSSTALLYSKRLITYRLRHLLRARCDASPVT-NNTIQF
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pF1KB7 QWDLNAWTKSAEAFGKIVAERPGTNSTGPAPMAPPRAP--GPLSKQGSGSSQPMEVQEGY
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CCDS58 HCDPSFWAQNIINLGSLVIEDKESQ-----PQMPKQNPVVEQNSQPPSGLSSNQLSKFPT
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CCDS58 QISLAQLRLQHMQQQVMAQRQQVQRRPAPVGLPN--PRMQGPIQQPSISHQQPPPRLINF
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pF1KB7 PGSTTEDYNLIVIERGAAAA-ATGQPGTAPAGTPGAPPLAGMA--IVKEEETEAAIGAPP
        . . .  . ..  .        .:     :  :.   .: .:   .:. .  .. :.: 
CCDS58 QNHSPKPNGPVLPPHPQQLRYPPNQNIPRQAIKPNPLQMAFLAQQAIKQWQISSGQGTPS
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pF1KB7 TATEGPETKPVLMALAEGPGAEGPRLASPSGSTSSGLEVVAPEGTSAPGGGPGTLDDSAT
       : :..  . :   ... . : .:  ..::  . ::      : : :    .   .: :.:
CCDS58 T-TNSTSSTPSSPTITSAAGYDGKAFGSPMIDLSS------PVGGSYNLPSLPDIDCSST
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pF1KB7 IC--RVCQKPGDLVMCNQCEFCFHLDCHLPALQ-DVPGEEWSCSLCHVLPDLKEEDGSLS
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CCDS58 IMLDNIVRKDTNIDH-GQPRPPSNRTVQSPNSSVPSPGLAGPVTMTSVHPPIRSPSAS-S
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pF1KB7 LDGADSTGVVAKLSPANQRKCERVLLALFCHEPCRPLHQLATDSTFSLDQPGGTLDLTLI
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CCDS58 VGSRGSSGSSSK--PAGADSTHKVPVVML--EPIR-IKQENSGPPENYDFPVVIVKQESD
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pF1KB7 RARLQEKLSPPYSSPQEFAQDVGRMFKQFNKLTEDKADVQSIIGLQRFFETRMNEAFGDT
                                                                   
CCDS58 EESRPQNANYPRSILTSLLLNSSQSSTSEETVLRSDAPDSTGDQPGLHQDNSSNGKSEWL
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>>CCDS47720.1 TRIM24 gene_id:8805|Hs108|chr7              (1016 aa)
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Smith-Waterman score: 1121; 29.0% identity (54.9% similar) in 889 aa overlap (5-711:8-881)

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pF1KB7    MAASAAAASAAAASAASGSPGPGEGSAGGEKRSTAPSAAASASASAAASSPAGGGAE
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CCDS47 MEVAVEKAVAAAAAASAAASGGP------------SAAPSGENEAESRQGPDSERGGEAA
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pF1KB7 ALELLEHCGVCRERLRPEREPRLLPCLHSACSACLG-------------------PAAPA
        :.::. :.::.. ..  : :.::::::: :. ::                    : .::
CCDS47 RLNLLDTCAVCHQNIQS-RAPKLLPCLHSFCQRCLPAPQRYLMLPAPMLGSAETPPPVPA
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pF1KB7 AANS-SGDGGAAGDGTVVDCPVCKQQCFSKDIVENYFMRDSGSKAATDAQDANQCCTSCE
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CCDS47 PGSPVSGSSPFATQVGVIRCPVCSQECAERHIIDNFFVKDTTEVPSSTVEKSNQVCTSCE
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CCDS47 LAQQAIKQWQISSGQGTPSTTNSTSSTPSSPTITSAAGYDGKAFGSPMIDLSSPVGGSYN
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CCDS47 PPIRSPSASSVGSRGSSGSSSKPAGADSTHKVPVVMLEPIRIKQENSGPPENYDFPVVIV
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CCDS47 KQESDEESRPQNANYPRSILTSLLLNSSQSSTSEETVLRSDAPDSTGDQPGLHQDNSSNG
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CCDS47 KSEWLDPSQKSPLHVGETRKEDDPNEDWCAVCQNGGELLCCEKCPKVFHLSCHVPTLTNF
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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