Result of FASTA (ccds) for pF1KB5670
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5670, 925 aa
  1>>>pF1KB5670 925 - 925 aa - 925 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2656+/-0.00114; mu= 16.3504+/- 0.068
 mean_var=86.4085+/-16.713, 0's: 0 Z-trim(103.5): 49  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.137974
 statistics sampled from 7434 (7456) to 7434 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.592), E-opt: 0.2 (0.229), width:  16
 Scan time:  3.950

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS6526.1 DDX58 gene_id:23586|Hs108|chr9          ( 925) 6171 1239.3       0
CCDS11416.1 DHX58 gene_id:79132|Hs108|chr17        ( 678)  436 97.6 8.4e-20
CCDS81802.1 FANCM gene_id:57697|Hs108|chr14        ( 669)  363 83.1   2e-15
CCDS32070.1 FANCM gene_id:57697|Hs108|chr14        (2048)  363 83.3 5.2e-15
CCDS2217.1 IFIH1 gene_id:64135|Hs108|chr2          (1025)  313 73.2 2.8e-12


>>CCDS6526.1 DDX58 gene_id:23586|Hs108|chr9               (925 aa)
 initn: 6171 init1: 6171 opt: 6171  Z-score: 6636.5  bits: 1239.3 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6171; 100.0% identity (100.0% similar) in 925 aa overlap (1-925:1-925)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MTTEQRRSLQAFQDYIRKTLDPTYILSYMAPWFREEEVQYIQAEKNNKGPMEAATLFLKF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 MTTEQRRSLQAFQDYIRKTLDPTYILSYMAPWFREEEVQYIQAEKNNKGPMEAATLFLKF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 LLELQEEGWFRGFLDALDHAGYSGLYEAIESWDFKKIEKLEEYRLLLKRLQPEFKTRIIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 LLELQEEGWFRGFLDALDHAGYSGLYEAIESWDFKKIEKLEEYRLLLKRLQPEFKTRIIP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 TDIISDLSECLINQECEEILQICSTKGMMAGAEKLVECLLRSDKENWPKTLKLALEKERN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 TDIISDLSECLINQECEEILQICSTKGMMAGAEKLVECLLRSDKENWPKTLKLALEKERN
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 KFSELWIVEKGIKDVETEDLEDKMETSDIQIFYQEDPECQNLSENSCPPSEVSDTNLYSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 KFSELWIVEKGIKDVETEDLEDKMETSDIQIFYQEDPECQNLSENSCPPSEVSDTNLYSP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 FKPRNYQLELALPAMKGKNTIICAPTGCGKTFVSLLICEHHLKKFPQGQKGKVVFFANQI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 FKPRNYQLELALPAMKGKNTIICAPTGCGKTFVSLLICEHHLKKFPQGQKGKVVFFANQI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 PVYEQQKSVFSKYFERHGYRVTGISGATAENVPVEQIVENNDIIILTPQILVNNLKKGTI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 PVYEQQKSVFSKYFERHGYRVTGISGATAENVPVEQIVENNDIIILTPQILVNNLKKGTI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 PSLSIFTLMIFDECHNTSKQHPYNMIMFNYLDQKLGGSSGPLPQVIGLTASVGVGDAKNT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 PSLSIFTLMIFDECHNTSKQHPYNMIMFNYLDQKLGGSSGPLPQVIGLTASVGVGDAKNT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 DEALDYICKLCASLDASVIATVKHNLEELEQVVYKPQKFFRKVESRISDKFKYIIAQLMR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 DEALDYICKLCASLDASVIATVKHNLEELEQVVYKPQKFFRKVESRISDKFKYIIAQLMR
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 DTESLAKRICKDLENLSQIQNREFGTQKYEQWIVTVQKACMVFQMPDKDEESRICKALFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 DTESLAKRICKDLENLSQIQNREFGTQKYEQWIVTVQKACMVFQMPDKDEESRICKALFL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB5 YTSHLRKYNDALIISEHARMKDALDYLKDFFSNVRAAGFDEIEQDLTQRFEEKLQELESV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 YTSHLRKYNDALIISEHARMKDALDYLKDFFSNVRAAGFDEIEQDLTQRFEEKLQELESV
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB5 SRDPSNENPKLEDLCFILQEEYHLNPETITILFVKTRALVDALKNWIEGNPKLSFLKPGI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 SRDPSNENPKLEDLCFILQEEYHLNPETITILFVKTRALVDALKNWIEGNPKLSFLKPGI
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB5 LTGRGKTNQNTGMTLPAQKCILDAFKASGDHNILIATSVADEGIDIAQCNLVILYEYVGN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 LTGRGKTNQNTGMTLPAQKCILDAFKASGDHNILIATSVADEGIDIAQCNLVILYEYVGN
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB5 VIKMIQTRGRGRARGSKCFLLTSNAGVIEKEQINMYKEKMMNDSILRLQTWDEAVFREKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 VIKMIQTRGRGRARGSKCFLLTSNAGVIEKEQINMYKEKMMNDSILRLQTWDEAVFREKI
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB5 LHIQTHEKFIRDSQEKPKPVPDKENKKLLCRKCKALACYTADVRVIEECHYTVLGDAFKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 LHIQTHEKFIRDSQEKPKPVPDKENKKLLCRKCKALACYTADVRVIEECHYTVLGDAFKE
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB5 CFVSRPHPKPKQFSSFEKRAKIFCARQNCSHDWGIHVKYKTFEIPVIKIESFVVEDIATG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 CFVSRPHPKPKQFSSFEKRAKIFCARQNCSHDWGIHVKYKTFEIPVIKIESFVVEDIATG
              850       860       870       880       890       900

              910       920     
pF1KB5 VQTLYSKWKDFHFEKIPFDPAEMSK
       :::::::::::::::::::::::::
CCDS65 VQTLYSKWKDFHFEKIPFDPAEMSK
              910       920     

>>CCDS11416.1 DHX58 gene_id:79132|Hs108|chr17             (678 aa)
 initn: 820 init1: 180 opt: 436  Z-score: 469.0  bits: 97.6 E(32554): 8.4e-20
Smith-Waterman score: 1072; 32.2% identity (61.9% similar) in 693 aa overlap (244-919:4-663)

           220       230       240       250       260       270   
pF1KB5 QEDPECQNLSENSCPPSEVSDTNLYSPFKPRNYQLELALPAMKGKNTIICAPTGCGKTFV
                                     :.:: :. .::..::: ::  ::: ::: .
CCDS11                            MELRSYQWEVIMPALEGKNIIIWLPTGAGKTRA
                                          10        20        30   

           280       290       300       310       320       330   
pF1KB5 SLLICEHHLKKFPQGQKGKVVFFANQIPVYEQQKSVFSKYFERHGYRVTGISGATAENVP
       .  . ..::.   .:  .::: ..:.. .  :.   : .... . . :: .::  .  . 
CCDS11 AAYVAKRHLETV-DG--AKVVVLVNRVHLVTQHGEEFRRMLDGR-WTVTTLSGDMGPRAG
            40           50        60        70         80         

           340       350       360          370       380       390
pF1KB5 VEQIVENNDIIILTPQILVNNLKKGTIPS---LSIFTLMIFDECHNTSKQHPYNMIMFNY
         .... .:..: : ..:   : .        :..:.:.. ::::.: :.  ::.:: .:
CCDS11 FGHLARCHDLLICTAELLQMALTSPEEEEHVELTVFSLIVVDECHHTHKDTVYNVIMSQY
      90       100       110       120       130       140         

              400       410       420       430       440       450
pF1KB5 LDQKLGGSSGPLPQVIGLTASVGVGDAKNTDEALDYICKLCASLDASVIATVKHNLEELE
       :. ::   . :::::.::::: :.: :.. : :.... .:::.::.  : . ..   .:.
CCDS11 LELKLQ-RAQPLPQVLGLTASPGTGGASKLDGAINHVLQLCANLDTWCIMSPQNCCPQLQ
     150        160       170       180       190       200        

              460       470       480       490       500       510
pF1KB5 QVVYKPQKFFRKVESRISDKFKYIIAQLMRDTESLAKRICKDLENLSQIQNREFGTQKYE
       .   .: : .   . : .: :  .. .::        .:   :: . .. .:.:::: ::
CCDS11 EHSQQPCKQYNLCHRRSQDPFGDLLKKLM-------DQIHDHLE-MPEL-SRKFGTQMYE
      210       220       230              240         250         

              520       530       540       550       560       570
pF1KB5 QWIVTVQKACMVFQMPDKDEESRICKALFLYTSHLRKYNDALIISEHARMKDALDYLKDF
       : .: ...:  .  .    .:.:.      :. :::.:::::.: . .:  :::  :.::
CCDS11 QQVVKLSEAAALAGL----QEQRV------YALHLRRYNDALLIHDTVRAVDALAALQDF
     260       270                 280       290       300         

                580       590       600       610       620        
pF1KB5 FS--NVRAAGFDEIEQDLTQRFEEKLQELESVSRDPSNENPKLEDLCFILQEEYHLNPET
       .   .:  . .   :. :   :... .::  ..   . :::::: :  :::...  .   
CCDS11 YHREHVTKTQILCAERRLLALFDDRKNELAHLATH-GPENPKLEMLEKILQRQFSSSNSP
     310       320       330       340        350       360        

      630       640       650         660       670       680      
pF1KB5 ITILFVKTRALVDALKNWIEGNPKLSF--LKPGILTGRGKTNQNTGMTLPAQKCILDAFK
         :.:..::  . .:  :.. .  :.   ..  .: : :...:.: ::   :. ... :.
CCDS11 RGIIFTRTRQSAHSLLLWLQQQQGLQTVDIRAQLLIGAGNSSQSTHMTQRDQQEVIQKFQ
      370       380       390       400       410       420        

        690       700       710       720       730        740     
pF1KB5 ASGDHNILIATSVADEGIDIAQCNLVILYEYVGNVIKMIQTRGRGRARGS-KCFLLTSNA
        .:  :.:.:::::.::.:: .::.:. :  . : :.:.:.:::.::  :   :. : ..
CCDS11 -DGTLNLLVATSVAEEGLDIPHCNVVVRYGLLTNEISMVQARGRARADQSVYAFVATEGS
       430       440       450       460       470       480       

         750       760       770       780              790        
pF1KB5 GVIEKEQINMYKEKMMNDSILRLQTWDEAVFREKILHIQ-------THEKFIRDSQEKPK
         ...: ::   : .:....  .:  :.: .. ::  .:       . .   :..:..  
CCDS11 RELKRELINEALETLMEQAVAAVQKMDQAEYQAKIRDLQQAALTKRAAQAAQRENQRQQF
       490       500       510       520       530       540       

      800       810       820       830       840         850      
pF1KB5 PVPDKENKKLLCRKCKALACYTADVRVIEECHYTVLGDAFKECF-VSR-PHPKPKQFSSF
       ::   :. .::: .: . . . .:.: .:  :.. ..  :.. . ::: :    : :...
CCDS11 PV---EHVQLLCINCMVAVGHGSDLRKVEGTHHVNVNPNFSNYYNVSRDPVVINKVFKDW
          550       560       570       580       590       600    

        860       870       880       890       900       910      
pF1KB5 EKRAKIFCARQNCSHDWGIHVKYKTFEIPVIKIESFVVEDIATGVQTLYSKWKDFHFEKI
       .  . : :  .::.. ::... ::. ..::.:..:...:     .:.  .::.   :   
CCDS11 KPGGVISC--RNCGEVWGLQMIYKSVKLPVLKVRSMLLETPQGRIQA--KKWSRVPFSVP
          610         620       630       640         650       660

        920              
pF1KB5 PFDPAEMSK         
        ::               
CCDS11 DFDFLQHCAENLSDLSLD
              670        

>>CCDS81802.1 FANCM gene_id:57697|Hs108|chr14             (669 aa)
 initn: 303 init1: 111 opt: 363  Z-score: 390.6  bits: 83.1 E(32554): 2e-15
Smith-Waterman score: 403; 23.1% identity (55.6% similar) in 649 aa overlap (201-808:47-637)

              180       190       200        210       220         
pF1KB5 LKLALEKERNKFSELWIVEKGIKDVETEDLEDKMETSD-IQIFYQEDPECQNLSENSCPP
                                     : ..:..: . .    . : :   ::.   
CCDS81 SRSSGTPGCSSGTERPQSPGSSKAPLPAAAEAQLESDDDVLLVAAYEAERQLCLENGGFC
         20        30        40        50        60        70      

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       . ..   .:    : :.:::...  :.   ::..: ::: ::::.. ..  .  . ::. 
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         :::::.:   :.  ::  .  . .   . :  ..:: . :...    ..:  .. ...
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         . :.  .  :. .. :   :: .:   . .:. ::.. :    :.   ..    :: .
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pF1KB5 -GRARGSKCFLLTSNAGVIEKEQINMYKEKMMNDSILRLQTWDEAVFREKILHIQTHEKF
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>>CCDS32070.1 FANCM gene_id:57697|Hs108|chr14             (2048 aa)
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pF1KB5 QKGKVVFFANQIPVYEQQKSVFSKYF---ERHGYRVTGISGATAENVPVEQIVENNDIII
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pF1KB5 -DYLKDFFSNVR---AAGFDEIEQ-DLTQRF---EEKLQELESV------SRDPSNENPK
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pF1KB5 LEDLCFILQEEYHLNPETITILFVKTRALVDALKNWIEGNPKLSFLKPGILTGRGKTNQN
        .:             :: ...: . :  :. . . .  .  .  ..   ..:... ...
CCDS32 KRD-------------ETRVMIFSSFRDSVQEIAEMLSQHQPI--IRVMTFVGHASGKST
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pF1KB5 -GRARGSKCFLLTSNAGVIEKEQINMYKEKMMNDSILRLQTWDEAVFREKILHIQTHEKF
        :: : ..  .. :..           .:...:.:    :.  .....     :..... 
CCDS32 TGRKRQGRIVIILSEG----------REERIYNQS----QSNKRSIYKA----ISSNRQV
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CCDS32 LHFYQRSPRMVPDGINPKLHKMFITHGVYEPEKPSRNLQRKSSIFSYRDGMRQSSLKKDW
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>>CCDS2217.1 IFIH1 gene_id:64135|Hs108|chr2               (1025 aa)
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pF1KB5 TLDPTYILSYMAPWFREEEVQYIQAEKNNKGPMEAATLFLKFLLE-LQEEGWFRGFLDAL
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CCDS22 MYIQVEPVLDYLTFLPAEVKEQIQRTVATSGNMQAVELLLSTLEKGVWHLGWTREFVEAL
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pF1KB5 DHAG--YSGLYEAIESWDFKK--IEKL-EEYRLLLKRLQPEFKTRIIPTDIISD-LSECL
        ..:   .. :   :  :. .  .:.  .::  ::. ::: .  ...  :...  . : :
CCDS22 RRTGSPLAARYMNPELTDLPSPSFENAHDEYLQLLNLLQPTLVDKLLVRDVLDKCMEEEL
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pF1KB5 INQECEEILQICSTKGMMAGAEKLVECLLRSDKENWPKTLKLALEKERNK--FSELWIVE
       .. : .. .    ..:  .:...:.. ...  :::: ...  .:..  :.   .::   .
CCDS22 LTIEDRNRIAAAENNGNESGVRELLKRIVQ--KENWFSAFLNVLRQTGNNELVQELTGSD
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pF1KB5 KGIKDVETEDL--------EDKMETSDIQIFYQED--PECQNLSENSCPPSEV---SDTN
        . ...: :.:        :... .. .:   ...     .: ::.:   : :   :::.
CCDS22 CSESNAEIENLSQVDGPQVEEQLLSTTVQPNLEKEVWGMENNSSESSFADSSVVSESDTS
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pF1KB5 LY-------------------------------------SP---FKPRNYQLELALPAMK
       :                                      ::   .. : ::.:.: ::..
CCDS22 LAEGSVSCLDESLGHNSNMGSDSGTMGSDSDEENVAARASPEPELQLRPYQMEVAQPALE
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pF1KB5 GKNTIICAPTGCGKTFVSLLICEHHL-KKFPQGQKGKVVFFANQIPVYEQQKSVFSKYFE
       ::: ::: ::: ::: :.. : . :: ::   .. :::. ..:.. . ::   .: : :.
CCDS22 GKNIIICLPTGSGKTRVAVYIAKDHLDKKKKASEPGKVIVLVNKVLLVEQ---LFRKEFQ
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pF1KB5 ---RHGYRVTGISGATAENVPVEQIVENNDIIILTPQILVN---NLKKGTIPS--LSIFT
          .. ::: :.:: :  ..   ..:.. :::: : ::: :   ::..:   .  :: :.
CCDS22 PFLKKWYRVIGLSGDTQLKISFPEVVKSCDIIISTAQILENSLLNLENGEDAGVQLSDFS
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