Result of FASTA (ccds) for pF1KB3797
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3797, 474 aa
  1>>>pF1KB3797 474 - 474 aa - 474 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9172+/-0.00123; mu= 13.9070+/- 0.073
 mean_var=66.1114+/-13.027, 0's: 0 Z-trim(100.9): 73  B-trim: 8 in 1/48
 Lambda= 0.157738
 statistics sampled from 6230 (6305) to 6230 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.549), E-opt: 0.2 (0.194), width:  16
 Scan time:  2.450

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5          ( 474) 3136 723.2 1.5e-208
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 473) 2552 590.3 1.5e-168
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4          ( 474) 2518 582.5 3.2e-166
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 473) 2485 575.0 5.8e-164
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5          ( 512) 2382 551.6 7.1e-157
CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 402) 2146 497.9 8.3e-141
CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 388) 2115 490.8 1.1e-138
CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX         ( 632) 1227 288.8 1.1e-77
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1             ( 452) 1090 257.6   2e-68
CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6         ( 462) 1031 244.1 2.3e-64
CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6          ( 479) 1031 244.1 2.4e-64
CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6         ( 392) 1021 241.8 9.5e-64
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6          ( 465) 1003 237.8 1.9e-62
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3       ( 467)  999 236.9 3.6e-62
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5           ( 440)  998 236.6   4e-62
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 452)  947 225.0 1.3e-58
CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 452)  945 224.6 1.7e-58
CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5           ( 449)  943 224.1 2.4e-58
CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4          ( 449)  940 223.4 3.8e-58
CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5          ( 457)  940 223.4 3.9e-58
CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4           ( 464)  940 223.4 3.9e-58
CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX        ( 417)  937 222.7 5.7e-58
CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5          ( 467)  933 221.8 1.2e-57
CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5          ( 475)  933 221.8 1.2e-57
CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4          ( 465)  896 213.4 4.1e-55
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4         ( 511)  896 213.4 4.5e-55
CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15        ( 467)  895 213.2 4.8e-55
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4            ( 497)  894 213.0   6e-55
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4          ( 451)  886 211.1 1.9e-54
CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15        ( 462)  860 205.2 1.2e-52
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5          ( 456)  853 203.6 3.5e-52
CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX         ( 492)  852 203.4 4.4e-52
CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4          ( 554)  849 202.7   8e-52
CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX          ( 506)  839 200.5 3.5e-51
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5          ( 289)  833 199.0 5.4e-51
CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5          ( 453)  828 197.9 1.8e-50
CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 363)  819 195.9 6.1e-50
CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4           ( 303)  657 159.0 6.5e-39
CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5         ( 515)  488 120.6   4e-27
CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15        ( 253)  479 118.5 8.5e-27
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 484)  342 87.3 3.8e-17
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4         ( 479)  339 86.7   6e-17
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11         ( 463)  333 85.3 1.5e-16
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8          ( 494)  310 80.1   6e-15
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15        ( 489)  300 77.8 2.9e-14
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15        ( 505)  300 77.8   3e-14
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15        ( 498)  299 77.6 3.4e-14
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 516)  296 76.9 5.7e-14
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8          ( 529)  296 76.9 5.8e-14
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8          ( 458)  288 75.1 1.8e-13


>>CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5               (474 aa)
 initn: 3136 init1: 3136 opt: 3136  Z-score: 3857.8  bits: 723.2 E(32554): 1.5e-208
Smith-Waterman score: 3136; 100.0% identity (100.0% similar) in 474 aa overlap (1-474:1-474)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPPV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 AVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPDT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 AVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPDT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 YFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIES
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 YGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLKR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 NIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIP
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 YVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNKM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNKM
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 DPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 DPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALER
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470    
pF1KB3 HVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 HVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
              430       440       450       460       470    

>>CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15             (473 aa)
 initn: 2120 init1: 2120 opt: 2552  Z-score: 3139.5  bits: 590.3 E(32554): 1.5e-168
Smith-Waterman score: 2552; 79.8% identity (92.4% similar) in 475 aa overlap (1-474:1-473)

               10        20         30        40        50         
pF1KB3 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVC-AQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
       :: .     :::.: :...:.:: :::::::.:::.::::::.:::::::::::::::::
CCDS10 MWGLAGGRLFGIFSAPVLVAVVCCAQSVNDPGNMSFVKETVDKLLKGYDIRLRPDFGGPP
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB3 VAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPD
       : :::::::::::::::::::::::::::: ::::::.:. :::::::::::::::::::
CCDS10 VCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB3 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB3 SYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLK
       ::::::::::::::: :.::::: .:::::::::...:....:::.::.::::::::.::
CCDS10 SYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLK
              190       200       210       220       230       240

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB3 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
              250       260       270       280       290       300

     300       310       320       330       340       350         
pF1KB3 PYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNK
       ::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::: :::.:.:.:.. . . :.
CCDS10 PYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNR
              310       320       330       340       350       360

     360       370       380       390       400       410         
pF1KB3 MDPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALE
       .: : ::::..::..:::  .:.  :.:: :.. ...: :.::::: ..::.. ::   .
CCDS10 VDAHGNILLTSLEVHNEM--NEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRFLGD
              370         380       390       400       410        

     420       430       440       450       460       470    
pF1KB3 RHVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
       : . .::..::::.::::: :::::::::::::::: :: .::.::.::::::::
CCDS10 RSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
      420       430       440       450       460       470   

>>CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4               (474 aa)
 initn: 2446 init1: 2152 opt: 2518  Z-score: 3097.7  bits: 582.5 E(32554): 3.2e-166
Smith-Waterman score: 2518; 78.8% identity (92.2% similar) in 477 aa overlap (1-474:1-474)

               10        20         30        40        50         
pF1KB3 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVC-AQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
       :: :..:  .:. :::..:. :: :.:.:.::::: ::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MWTVQNRESLGLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB3 VAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPD
       : ::: ::.:::::::::::::::::::::.:.::::::. :::::::::::::::::::
CCDS34 VDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB3 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB3 SYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLK
       ::::::::::::: : ..:::::.:::::::::::::...::: :.::.::::::::.::
CCDS34 SYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAYPRLSLSFRLK
              190       200       210       220       230       240

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB3 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
       :::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS34 RNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKI
              250       260       270       280       290       300

     300       310       320       330       340       350         
pF1KB3 PYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNK
       :::::::.::::::::::.::::::.:::::::.:::  ::.: :  .. ::: .:..::
CCDS34 PYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQ--KKGASKQDQSANEKNKLEMNK
              310       320       330         340       350        

     360         370       380       390       400       410       
pF1KB3 M--DPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNA
       .  : : :::::::::.:: . ::.. ...::..:: .::..::::::    :...:: :
CCDS34 VQVDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGR-A
      360       370       380       390       400       410        

       420       430       440       450       460       470    
pF1KB3 LERHVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
       :.:: . .:.:.::::::::. ::::::::.::.:::.:::..::.::.:::::::.
CCDS34 LDRHGVPSKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
       420       430       440       450       460       470    

>>CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15             (473 aa)
 initn: 2089 init1: 2089 opt: 2485  Z-score: 3057.1  bits: 575.0 E(32554): 5.8e-164
Smith-Waterman score: 2485; 80.0% identity (92.2% similar) in 464 aa overlap (12-474:12-473)

               10         20        30        40        50         
pF1KB3 MWRVRKRGYFGIW-SFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
                  :: :. :   .   .:::::.:::.::::::.:::::::::::::::::
CCDS10 MCSGLLELLLPIWLSWTLGTRGSEPRSVNDPGNMSFVKETVDKLLKGYDIRLRPDFGGPP
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB3 VAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPD
       : :::::::::::::::::::::::::::: ::::::.:. :::::::::::::::::::
CCDS10 VCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB3 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB3 SYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLK
       ::::::::::::::: :.::::: .:::::::::...:....:::.::.::::::::.::
CCDS10 SYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLK
              190       200       210       220       230       240

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB3 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
              250       260       270       280       290       300

     300       310       320       330       340       350         
pF1KB3 PYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNK
       ::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::: :::.:.:.:.. . . :.
CCDS10 PYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNR
              310       320       330       340       350       360

     360       370       380       390       400       410         
pF1KB3 MDPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALE
       .: : ::::..::..:::  .:.  :.:: :.. ...: :.::::: ..::.. ::   .
CCDS10 VDAHGNILLTSLEVHNEM--NEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRFLGD
              370         380       390       400       410        

     420       430       440       450       460       470    
pF1KB3 RHVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
       : . .::..::::.::::: :::::::::::::::: :: .::.::.::::::::
CCDS10 RSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
      420       430       440       450       460       470   

>>CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5               (512 aa)
 initn: 3124 init1: 2382 opt: 2382  Z-score: 2929.9  bits: 551.6 E(32554): 7.1e-157
Smith-Waterman score: 3002; 92.5% identity (92.5% similar) in 506 aa overlap (1-468:1-506)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPPV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 AVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPDT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 AVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPDT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 YFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIES
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 YGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLKR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 NIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIP
              250       260       270       280       290       300

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pF1KB3 YVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNK-
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: 
CCDS43 YVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNKI
              310       320       330       340       350       360

                                          360       370       380  
pF1KB3 -------------------------------------MDPHENILLSTLEIKNEMATSEA
                                            :::::::::::::::::::::::
CCDS43 FYKDIKQNGTQYRSLWDPTGNLSPTRRTTNYDFSLYTMDPHENILLSTLEIKNEMATSEA
              370       380       390       400       410       420

            390       400       410       420       430       440  
pF1KB3 VMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALERHVAQKKSRLRRRASQLKITIPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALERHVAQKKSRLRRRASQLKITIPD
              430       440       450       460       470       480

            450       460       470    
pF1KB3 LTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
       ::::::::::::::::::::::::::      
CCDS43 LTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
              490       500       510  

>>CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15             (402 aa)
 initn: 1755 init1: 1755 opt: 2146  Z-score: 2641.4  bits: 497.9 E(32554): 8.3e-141
Smith-Waterman score: 2146; 80.3% identity (93.2% similar) in 395 aa overlap (80-474:10-402)

      50        60        70        80        90       100         
pF1KB3 RLRPDFGGPPVAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDN
                                     :::::::::: ::::::.:. :::::::::
CCDS53                      MWATYQTEEDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDN
                                    10        20        30         

     110       120       130       140       150       160         
pF1KB3 RVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPL
      40        50        60        70        80        90         

     170       180       190       200       210       220         
pF1KB3 DEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSY
       ::::::::::::::::::::::::: :.::::: .:::::::::...:....:::.::.:
CCDS53 DEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAY
     100       110       120       130       140       150         

     230       240       250       260       270       280         
pF1KB3 PRLSLSFKLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTIN
       :::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PRLSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTIN
     160       170       180       190       200       210         

     290       300       310       320       330       340         
pF1KB3 THLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASAN
       ::::::::::::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::: :::.:.:.
CCDS53 THLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAK
     220       230       240       250       260       270         

     350       360       370       380       390       400         
pF1KB3 NEKMRLDVNKMDPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLP
       :.. . . :..: : ::::..::..:::  .:.  :.:: :.. ...: :.::::: ..:
CCDS53 NDRSKSESNRVDAHGNILLTSLEVHNEM--NEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMP
     280       290       300         310       320       330       

     410       420       430       440       450       460         
pF1KB3 RHSFGRNALERHVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYW
       :.. ::   .: . .::..::::.::::: :::::::::::::::: :: .::.::.:::
CCDS53 REGHGRFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYW
       340       350       360       370       380       390       

     470    
pF1KB3 LYYVN
       :::::
CCDS53 LYYVN
       400  

>>CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15             (388 aa)
 initn: 1724 init1: 1724 opt: 2115  Z-score: 2603.5  bits: 490.8 E(32554): 1.1e-138
Smith-Waterman score: 2115; 80.0% identity (93.1% similar) in 390 aa overlap (85-474:1-388)

           60        70        80        90       100       110    
pF1KB3 FGGPPVAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQ
                                     ::::: ::::::.:. ::::::::::::::
CCDS53                               MYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQ
                                             10        20        30

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB3 LWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNC
               40        50        60        70        80        90

          180       190       200       210       220       230    
pF1KB3 TLEIESYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSL
       :::::::::::::::::::: :.::::: .:::::::::...:....:::.::.::::::
CCDS53 TLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSL
              100       110       120       130       140       150

          240       250       260       270       280       290    
pF1KB3 SFKLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRE
       ::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRE
              160       170       180       190       200       210

          300       310       320       330       340       350    
pF1KB3 TLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMR
       :::::::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::: :::.:.:.:.. .
CCDS53 TLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSK
              220       230       240       250       260       270

          360       370       380       390       400       410    
pF1KB3 LDVNKMDPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFG
        . :..: : ::::..::..:::  .:.  :.:: :.. ...: :.::::: ..::.. :
CCDS53 SESNRVDAHGNILLTSLEVHNEM--NEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHG
              280       290         300       310       320        

          420       430       440       450       460       470    
pF1KB3 RNALERHVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
       :   .: . .::..::::.::::: :::::::::::::::: :: .::.::.::::::::
CCDS53 RFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
      330       340       350       360       370       380        

>>CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX              (632 aa)
 initn: 1313 init1: 1211 opt: 1227  Z-score: 1507.8  bits: 288.8 E(32554): 1.1e-77
Smith-Waterman score: 1227; 52.3% identity (84.8% similar) in 310 aa overlap (31-340:54-363)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPPV
                                     .: ..:.. .::.:. ::.::::.::: ::
CCDS14 NYPSPIPKFHFEFSSAVPEVVLNLFNCKNCANEAVVQKILDRVLSRYDVRLRPNFGGAPV
            30        40        50        60        70        80   

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 AVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPDT
        : ..: ..::...::.:::::.::.:.:.:.:.::.:    :::::: :. ..::::: 
CCDS14 PVRISIYVTSIEQISEMNMDYTITMFFHQTWKDSRLAYYETTLNLTLDYRMHEKLWVPDC
            90       100       110       120       130       140   

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 YFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIES
       ::::.: .::: :::.::...::::::: ::.:.:::::: .::...:.:.: :.: .::
CCDS14 YFLNSKDAFVHDVTVENRVFQLHPDGTVRYGIRLTTTAACSLDLHKFPMDKQACNLVVES
           150       160       170       180       190       200   

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 YGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLKR
       ::::..:: ..:  . ::.  . ....:::...   . .:.: : :::: :: :.:...:
CCDS14 YGYTVEDIILFWDDNGNAIHMTEELHIPQFTFLGRTITSKEVYFYTGSYIRLILKFQVQR
           210       220       230       240       250       260   

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 NIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIP
       ... ...:.: :..: :: ::.:::.:::.:::::..:.:..: .:::..:::. ::.: 
CCDS14 EVNSYLVQVYWPTVLTTITSWISFWMNYDSSAARVTIGLTSMLILTTIDSHLRDKLPNIS
           270       280       290       300       310       320   

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 YVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNKM
        .::::.:.. :. :::..::::. .::.:..:::.:: .                    
CCDS14 CIKAIDIYILVCLFFVFLSLLEYVYINYLFYSRGPRRQPRRHRRPRRVIARYRYQQVVVG
           330       340       350       360       370       380   

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 DPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALER
                                                                   
CCDS14 NVQDGLINVEDGVSSLPITPAQAPLASPESLGSLTSTSEQAQLATSESLSPLTSLSGQAP
           390       400       410       420       430       440   

>>CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1                  (452 aa)
 initn: 1135 init1: 691 opt: 1090  Z-score: 1341.8  bits: 257.6 E(32554): 2e-68
Smith-Waterman score: 1155; 40.4% identity (68.3% similar) in 473 aa overlap (16-472:10-450)

               10        20        30        40                    
pF1KB3 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETV------------DRLLKGYD
                      ::..  .:::..     :. . . :            : :. :: 
CCDS36       MDAPARLLAPLLL--LCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYA
                     10          20        30        40        50  

       50        60        70        80        90       100        
pF1KB3 IRLRPDFGGPPVAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLD
         .:: .::::: :.. ...:::: .::.::.::.:....:.:::.:::::    .: ::
CCDS36 RNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLD
             60        70        80        90       100       110  

      110       120       130       140       150       160        
pF1KB3 NRVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYP
       .: .:.::.:::...: :... : :::.:..:::.:::..::..:::.:.:: ::: .::
CCDS36 SRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYP
            120       130       140       150       160       170  

      170       180       190       200       210       220        
pF1KB3 LDEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVF-STG
       .:::.: :..:::::...:: .::  ... . :. :..: ::.:..:.. :. . : :.:
CCDS36 MDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAG
            180       190       200       210       220       230  

       230       240       250       260       270       280       
pF1KB3 SYPRLSLSFKLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTT
       ..::::: :.:.:: : .:.:.::::.:.. .:::::::.  :  :::.:::::::::::
CCDS36 QFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTT
            240       250       260       270       280       290  

       290       300       310       320       330       340       
pF1KB3 INTHLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAAS
       . .  : .::.   .::.:.:.  :.:::: ::.:::...   :.   ....::  :.. 
CCDS36 LMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAH---FNADYRKKQKAKVKVSR
            300       310       320       330          340         

       350       360       370          380       390       400    
pF1KB3 ANNEKMRLDVNKMDPHENILLSTLE---IKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYR
          :        :: .. :.: .:    . .:.: :.    .  : . : .:       :
CCDS36 PRAE--------MDVRNAIVLFSLSAAGVTQELAISRRQRRV--PGNLMGSY-------R
     350               360       370       380         390         

          410       420       430       440       450       460    
pF1KB3 KAGLPRHSFGRNALERHVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFF
       ..:.      ...  :  .:   : : :        :   :...:: ..:  ::..:.  
CCDS36 SVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLR--------P--IDADTIDIYARAVFPAAFAAV
            400       410       420                 430       440  

          470    
pF1KB3 NIVYWLYYVN
       :..::  :  
CCDS36 NVIYWAAYAM
            450  

>>CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6              (462 aa)
 initn: 769 init1: 432 opt: 1031  Z-score: 1269.0  bits: 244.1 E(32554): 2.3e-64
Smith-Waterman score: 1086; 40.0% identity (69.5% similar) in 433 aa overlap (41-469:59-458)

               20        30        40          50        60        
pF1KB3 GIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETVDRLLK--GYDIRLRPDFGGPPVAVGMNIDI
                                     ..::.   .:. .:: :::: . ::.....
CCDS59 PGREVHEMSKKGSPILRRSPDITKSPLTKSEQLLRIDDHDFSMRPGFGGPAIPVGVDVQV
       30        40        50        60        70        80        

       70        80        90        100       110       120       
pF1KB3 ASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSY-NVIPLNLTLDNRVADQLWVPDTYFLNDKK
        :.: .:::.::.:.:.:... :.:.:::. ..  :..:.:.:.. ..:::: .:...:.
CCDS59 ESLDSISEVDMDFTMTLYLRHYWKDERLSFPSTNNLSMTFDGRLVKKIWVPDMFFVHSKR
       90       100       110       120       130       140        

       130       140       150       160       170       180       
pF1KB3 SFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIESYGYTTDD
       ::.: .:. : :.:..::: :::.::.:.:: : ::. :.::: :.:.::::::.:: ::
CCDS59 SFIHDTTTDNVMLRVQPDGKVLYSLRVTVTAMCNMDFSRFPLDTQTCSLEIESYAYTEDD
      150       160       170       180       190       200        

       190       200       210       220        230       240      
pF1KB3 IEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFS-TGSYPRLSLSFKLKRNIGYFI
       . .::.  ....    .: : :: : ...  :: . .: :: : :: ..: :.:.: .:.
CCDS59 LMLYWKKGNDSLKTDERISLSQFLIQEFHTTTKLAFYSSTGWYNRLYINFTLRRHIFFFL
      210       220       230       240       250       260        

        250       260       270       280       290       300      
pF1KB3 LQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIPYVKAID
       ::::.:. :...::::::::.  :  ::: :::::::::.:: : .  ..:.. :.::.:
CCDS59 LQTYFPATLMVMLSWVSFWIDRRAVPARVPLGITTVLTMSTIITGVNASMPRVSYIKAVD
      270       280       290       300       310       320        

        310       320       330       340       350       360      
pF1KB3 MYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNKMDPHENI
       .::   :::::...:::: :::.   .  ....:  ::   ...         . : .. 
CCDS59 IYLWVSFVFVFLSVLEYAAVNYLTTVQ-ERKEQKLREKLPCTSG---------LPPPRTA
      330       340       350        360       370                 

        370       380       390       400       410       420      
pF1KB3 LLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALERHVAQKK
       .:.     .:.   .  :  .  .      :   .:   :.           ::   :.:
CCDS59 MLDGNYSDGEVNDLDNYMPENGEKP-----DRMMVQLTLAS-----------ERSSPQRK
      380       390       400            410                  420  

        430       440       450       460       470    
pF1KB3 SRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
       :.   :.: ... :    :..:::..:::.::... .::..::     
CCDS59 SQ---RSSYVSMRI----DTHAIDKYSRIIFPAAYILFNLIYWSIFS 
               430           440       450       460   




474 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 13:58:20 2016 done: Thu Nov  3 13:58:20 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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