Result of FASTA (ccds) for pF1KB3732
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3732, 461 aa
  1>>>pF1KB3732 461 - 461 aa - 461 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1162+/-0.000943; mu= 14.5354+/- 0.057
 mean_var=95.3133+/-18.988, 0's: 0 Z-trim(107.5): 124  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.131370
 statistics sampled from 9505 (9629) to 9505 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.67), E-opt: 0.2 (0.296), width:  16
 Scan time:  3.040

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS2641.1 THRB gene_id:7068|Hs108|chr3            ( 461) 3173 611.8 4.7e-175
CCDS42316.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17          ( 410) 2178 423.2 2.5e-118
CCDS58546.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17          ( 451) 1923 374.9 9.6e-104
CCDS11360.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17          ( 490) 1918 374.0  2e-103
CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 453)  755 153.5 4.2e-37
CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 402)  747 152.0 1.1e-36
CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11         ( 447)  747 152.0 1.2e-36
CCDS54627.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3          ( 397)  616 127.1 3.2e-29
CCDS55873.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 476)  578 120.0 5.5e-27
CCDS55876.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 486)  578 120.0 5.5e-27
CCDS9078.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12          ( 472)  557 116.0 8.5e-26
CCDS55875.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12         ( 482)  557 116.0 8.7e-26
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 457)  504 105.9 8.8e-23
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 462)  504 105.9 8.9e-23
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3            ( 448)  502 105.6 1.1e-22
CCDS46775.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3           ( 336)  500 105.1 1.2e-22
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 382)  497 104.6 1.9e-22
CCDS58237.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 432)  497 104.6 2.1e-22
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 443)  497 104.6 2.2e-22
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12           ( 454)  497 104.6 2.2e-22
CCDS45671.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 365)  490 103.2 4.6e-22
CCDS58673.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19         ( 363)  394 85.0 1.4e-16
CCDS3772.1 NR3C2 gene_id:4306|Hs108|chr4           ( 984)  397 85.9 2.1e-16
CCDS8757.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12            ( 427)  375 81.5 1.9e-15
CCDS55820.1 VDR gene_id:7421|Hs108|chr12           ( 477)  375 81.5 2.1e-15
CCDS41429.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 357)  367 79.9 4.7e-15
CCDS10179.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 556)  364 79.5   1e-14
CCDS44584.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11        ( 387)  361 78.8 1.1e-14
CCDS5234.1 ESR1 gene_id:2099|Hs108|chr6            ( 595)  362 79.1 1.4e-14
CCDS43136.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3          ( 434)  357 78.1 2.1e-14
CCDS60383.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1          ( 469)  357 78.1 2.2e-14
CCDS2995.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3           ( 473)  357 78.1 2.2e-14
CCDS1400.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1           ( 495)  357 78.1 2.3e-14
CCDS1401.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1           ( 541)  357 78.1 2.5e-14
CCDS42593.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19         ( 460)  355 77.7 2.8e-14
CCDS68131.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 395)  353 77.3 3.2e-14
CCDS10178.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 548)  355 77.8 3.2e-14
CCDS45271.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 468)  354 77.5 3.2e-14
CCDS13331.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 417)  353 77.3 3.4e-14
CCDS46604.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 442)  353 77.3 3.5e-14
CCDS10177.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15          ( 523)  354 77.6 3.5e-14
CCDS74728.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 449)  353 77.3 3.6e-14
CCDS42876.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 452)  353 77.3 3.6e-14
CCDS46605.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 464)  353 77.3 3.7e-14
CCDS13330.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 474)  353 77.3 3.7e-14
CCDS6856.1 NR5A1 gene_id:2516|Hs108|chr9           ( 461)  352 77.1 4.2e-14
CCDS41821.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12         ( 467)  348 76.4 7.1e-14
CCDS44953.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12         ( 483)  348 76.4 7.3e-14
CCDS53405.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 296)  345 75.7 7.3e-14
CCDS44262.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1          ( 309)  345 75.7 7.6e-14


>>CCDS2641.1 THRB gene_id:7068|Hs108|chr3                 (461 aa)
 initn: 3173 init1: 3173 opt: 3173  Z-score: 3256.3  bits: 611.8 E(32554): 4.7e-175
Smith-Waterman score: 3173; 100.0% identity (100.0% similar) in 461 aa overlap (1-461:1-461)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MTPNSMTENGLTAWDKPKHCPDREHDWKLVGMSEACLHRKSHSERRSTLKNEQSSPHLIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 MTPNSMTENGLTAWDKPKHCPDREHDWKLVGMSEACLHRKSHSERRSTLKNEQSSPHLIQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 TTWTSSIFHLDHDDVNDQSVSSAQTFQTEEKKCKGYIPSYLDKDELCVVCGDKATGYHYR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 TTWTSSIFHLDHDDVNDQSVSSAQTFQTEEKKCKGYIPSYLDKDELCVVCGDKATGYHYR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 CITCEGCKGFFRRTIQKNLHPSYSCKYEGKCVIDKVTRNQCQECRFKKCIYVGMATDLVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 CITCEGCKGFFRRTIQKNLHPSYSCKYEGKCVIDKVTRNQCQECRFKKCIYVGMATDLVL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 DDSKRLAKRKLIEENREKRRREELQKSIGHKPEPTDEEWELIKTVTEAHVATNAQGSHWK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 DDSKRLAKRKLIEENREKRRREELQKSIGHKPEPTDEEWELIKTVTEAHVATNAQGSHWK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 QKRKFLPEDIGQAPIVNAPEGGKVDLEAFSHFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFCELPCED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 QKRKFLPEDIGQAPIVNAPEGGKVDLEAFSHFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFCELPCED
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 QIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESETLTLNGEMAVTRGQLKNGGLGVVSDAIFDLGMSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 QIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESETLTLNGEMAVTRGQLKNGGLGVVSDAIFDLGMSL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 SSFNLDDTEVALLQAVLLMSSDRPGLACVERIEKYQDSFLLAFEHYINYRKHHVTHFWPK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 SSFNLDDTEVALLQAVLLMSSDRPGLACVERIEKYQDSFLLAFEHYINYRKHHVTHFWPK
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460 
pF1KB3 LLMKVTDLRMIGACHASRFLHMKVECPTELFPPLFLEVFED
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 LLMKVTDLRMIGACHASRFLHMKVECPTELFPPLFLEVFED
              430       440       450       460 

>>CCDS42316.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17               (410 aa)
 initn: 2178 init1: 2178 opt: 2178  Z-score: 2237.8  bits: 423.2 E(32554): 2.5e-118
Smith-Waterman score: 2178; 84.5% identity (94.6% similar) in 367 aa overlap (95-461:41-407)

           70        80        90       100       110       120    
pF1KB3 SSIFHLDHDDVNDQSVSSAQTFQTEEKKCKGYIPSYLDKDELCVVCGDKATGYHYRCITC
                                     ::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS42 GSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKATGYHYRCITC
               20        30        40        50        60        70

          130       140       150       160       170       180    
pF1KB3 EGCKGFFRRTIQKNLHPSYSCKYEGKCVIDKVTRNQCQECRFKKCIYVGMATDLVLDDSK
       :::::::::::::::::.:::::.. :::::.:::::: ::::::: :::: ::::::::
CCDS42 EGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGMAMDLVLDDSK
               80        90       100       110       120       130

          190       200       210       220       230       240    
pF1KB3 RLAKRKLIEENREKRRREELQKSIGHKPEPTDEEWELIKTVTEAHVATNAQGSHWKQKRK
       :.:::::::.:::.::.::. .:. ..:::: :::.::. .:::: .::::::::::.::
CCDS42 RVAKRKLIEQNRERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNAQGSHWKQRRK
              140       150       160       170       180       190

          250       260       270       280       290       300    
pF1KB3 FLPEDIGQAPIVNAPEGGKVDLEAFSHFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFCELPCEDQIIL
       :::.::::.:::. :.: ::::::::.:::::::::::::::::::::: ::::::::::
CCDS42 FLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFSELPCEDQIIL
              200       210       220       230       240       250

          310       320       330       340       350       360    
pF1KB3 LKGCCMEIMSLRAAVRYDPESETLTLNGEMAVTRGQLKNGGLGVVSDAIFDLGMSLSSFN
       :::::::::::::::::::::.::::.::::: : :::::::::::::::.:: :::.::
CCDS42 LKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDAIFELGKSLSAFN
              260       270       280       290       300       310

          370       380       390       400       410       420    
pF1KB3 LDDTEVALLQAVLLMSSDRPGLACVERIEKYQDSFLLAFEHYINYRKHHVTHFWPKLLMK
       ::::::::::::::::.:: :: ::..::: :...:::::::.:.:::.. :::::::::
CCDS42 LDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVNHRKHNIPHFWPKLLMK
              320       330       340       350       360       370

          430       440       450       460    
pF1KB3 VTDLRMIGACHASRFLHMKVECPTELFPPLFLEVFED   
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::   
CCDS42 VTDLRMIGACHASRFLHMKVECPTELFPPLFLEVFEDQEV
              380       390       400       410

>>CCDS58546.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17               (451 aa)
 initn: 1918 init1: 1918 opt: 1923  Z-score: 1976.0  bits: 374.9 E(32554): 9.6e-104
Smith-Waterman score: 1923; 81.3% identity (93.5% similar) in 337 aa overlap (95-431:41-377)

           70        80        90       100       110       120    
pF1KB3 SSIFHLDHDDVNDQSVSSAQTFQTEEKKCKGYIPSYLDKDELCVVCGDKATGYHYRCITC
                                     ::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS58 GSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKATGYHYRCITC
               20        30        40        50        60        70

          130       140       150       160       170       180    
pF1KB3 EGCKGFFRRTIQKNLHPSYSCKYEGKCVIDKVTRNQCQECRFKKCIYVGMATDLVLDDSK
       :::::::::::::::::.:::::.. :::::.:::::: ::::::: :::: ::::::::
CCDS58 EGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGMAMDLVLDDSK
               80        90       100       110       120       130

          190       200       210       220       230       240    
pF1KB3 RLAKRKLIEENREKRRREELQKSIGHKPEPTDEEWELIKTVTEAHVATNAQGSHWKQKRK
       :.:::::::.:::.::.::. .:. ..:::: :::.::. .:::: .::::::::::.::
CCDS58 RVAKRKLIEQNRERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNAQGSHWKQRRK
              140       150       160       170       180       190

          250       260       270       280       290       300    
pF1KB3 FLPEDIGQAPIVNAPEGGKVDLEAFSHFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFCELPCEDQIIL
       :::.::::.:::. :.: ::::::::.:::::::::::::::::::::: ::::::::::
CCDS58 FLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFSELPCEDQIIL
              200       210       220       230       240       250

          310       320       330       340       350       360    
pF1KB3 LKGCCMEIMSLRAAVRYDPESETLTLNGEMAVTRGQLKNGGLGVVSDAIFDLGMSLSSFN
       :::::::::::::::::::::.::::.::::: : :::::::::::::::.:: :::.::
CCDS58 LKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDAIFELGKSLSAFN
              260       270       280       290       300       310

          370       380       390       400       410       420    
pF1KB3 LDDTEVALLQAVLLMSSDRPGLACVERIEKYQDSFLLAFEHYINYRKHHVTHFWPKLLMK
       ::::::::::::::::.:: :: ::..::: :...:::::::.:.:::.. :::::::::
CCDS58 LDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVNHRKHNIPHFWPKLLMK
              320       330       340       350       360       370

          430       440       450       460                        
pF1KB3 VTDLRMIGACHASRFLHMKVECPTELFPPLFLEVFED                       
         ..:..                                                     
CCDS58 GPQVRQLEQQLGEAGSLQGPVLQHQSPKSPQQRLLELLHRSGILHARAVCGEDDSSEADS
              380       390       400       410       420       430

>>CCDS11360.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17               (490 aa)
 initn: 1918 init1: 1918 opt: 1918  Z-score: 1970.4  bits: 374.0 E(32554): 2e-103
Smith-Waterman score: 1918; 82.7% identity (93.9% similar) in 330 aa overlap (95-424:41-370)

           70        80        90       100       110       120    
pF1KB3 SSIFHLDHDDVNDQSVSSAQTFQTEEKKCKGYIPSYLDKDELCVVCGDKATGYHYRCITC
                                     ::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS11 GSDPEENSARSPDGKRKRKNGQCSLKTSMSGYIPSYLDKDEQCVVCGDKATGYHYRCITC
               20        30        40        50        60        70

          130       140       150       160       170       180    
pF1KB3 EGCKGFFRRTIQKNLHPSYSCKYEGKCVIDKVTRNQCQECRFKKCIYVGMATDLVLDDSK
       :::::::::::::::::.:::::.. :::::.:::::: ::::::: :::: ::::::::
CCDS11 EGCKGFFRRTIQKNLHPTYSCKYDSCCVIDKITRNQCQLCRFKKCIAVGMAMDLVLDDSK
               80        90       100       110       120       130

          190       200       210       220       230       240    
pF1KB3 RLAKRKLIEENREKRRREELQKSIGHKPEPTDEEWELIKTVTEAHVATNAQGSHWKQKRK
       :.:::::::.:::.::.::. .:. ..:::: :::.::. .:::: .::::::::::.::
CCDS11 RVAKRKLIEQNRERRRKEEMIRSLQQRPEPTPEEWDLIHIATEAHRSTNAQGSHWKQRRK
              140       150       160       170       180       190

          250       260       270       280       290       300    
pF1KB3 FLPEDIGQAPIVNAPEGGKVDLEAFSHFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFCELPCEDQIIL
       :::.::::.:::. :.: ::::::::.:::::::::::::::::::::: ::::::::::
CCDS11 FLPDDIGQSPIVSMPDGDKVDLEAFSEFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFSELPCEDQIIL
              200       210       220       230       240       250

          310       320       330       340       350       360    
pF1KB3 LKGCCMEIMSLRAAVRYDPESETLTLNGEMAVTRGQLKNGGLGVVSDAIFDLGMSLSSFN
       :::::::::::::::::::::.::::.::::: : :::::::::::::::.:: :::.::
CCDS11 LKGCCMEIMSLRAAVRYDPESDTLTLSGEMAVKREQLKNGGLGVVSDAIFELGKSLSAFN
              260       270       280       290       300       310

          370       380       390       400       410       420    
pF1KB3 LDDTEVALLQAVLLMSSDRPGLACVERIEKYQDSFLLAFEHYINYRKHHVTHFWPKLLMK
       ::::::::::::::::.:: :: ::..::: :...:::::::.:.:::.. :::::::::
CCDS11 LDDTEVALLQAVLLMSTDRSGLLCVDKIEKSQEAYLLAFEHYVNHRKHNIPHFWPKLLMK
              320       330       340       350       360       370

          430       440       450       460                        
pF1KB3 VTDLRMIGACHASRFLHMKVECPTELFPPLFLEVFED                       
                                                                   
CCDS11 EREVQSSILYKGAAAEGRPGGSLGVHPEGQQLLGMHVVQGPQVRQLEQQLGEAGSLQGPV
              380       390       400       410       420       430

>>CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11             (453 aa)
 initn: 637 init1: 204 opt: 755  Z-score: 779.6  bits: 153.5 E(32554): 4.2e-37
Smith-Waterman score: 755; 30.2% identity (62.4% similar) in 463 aa overlap (12-460:4-450)

               10             20            30        40        50 
pF1KB3 MTPNSMTENGLTAWDKP-----KHCPDREHD----WKLVGMSEACLHRKSHSERRSTLKN
                  :.:. :     :. : : :.    ::  : ..:  . .. :     :..
CCDS73         MQQTSWN-PLGGTCKQPPGRTHSAVELWK-PGAQDASSQAQGGSS--CILRE
                        10        20         30        40          

              60        70        80         90       100       110
pF1KB3 EQSSPHLIQTTWTSSIFHLDHDDVNDQSVSSAQTFQTE-EKKCKGYIPSYLDKDELCVVC
       :   ::    :   ..   .   .  ..   ..  . . .:. ::  :..:  .::: ::
CCDS73 EARMPHSAGGTAGVGLEAAEPTALLTRAEPPSEPTEIRPQKRKKGPAPKMLG-NELCSVC
       50        60        70        80        90       100        

              120       130       140       150       160       170
pF1KB3 GDKATGYHYRCITCEGCKGFFRRTIQKNLHPSYSCKYEGKCVIDKVTRNQCQECRFKKCI
       ::::.:.::  ..::::::::::.. :. :  : :.  :.: .:   : .:::::..:: 
CCDS73 GDKASGFHYNVLSCEGCKGFFRRSVIKGAH--YICHSGGHCPMDTYMRRKCQECRLRKCR
       110       120       130         140       150       160     

              180        190       200       210         220       
pF1KB3 YVGMATDLVLDDSK-RLAKRKLIEENREKRRREELQKSIGHK--PEPTDEEWELIKTVTE
        .::  . ::.. . :: : :  ::.. .      . :   .  :. . :.  .:. .. 
CCDS73 QAGMREECVLSEEQIRLKKLKRQEEEQAHATSLPPRASSPPQILPQLSPEQLGMIEKLVA
         170       180       190       200       210       220     

       230       240       250       260       270       280       
pF1KB3 AHVATNAQGSHWKQKRKFLPEDIGQAPIVNAPEGGKVDLEAFSHFTKIITPAITRVVDFA
       :.   : ..  .... .  :      :..  :.. ..  . :.:::..   .. ..::::
CCDS73 AQQQCNRRS--FSDRLRVTPW-----PMAPDPHSREARQQRFAHFTELAIVSVQEIVDFA
         230         240            250       260       270        

       290       300       310       320       330       340       
pF1KB3 KKLPMFCELPCEDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESETLTLNGEMAVTRGQLKNGGLG
       :.:: : .:  :::: :::   .:.: :... ::.: ::..:.  ... .: .. ..:: 
CCDS73 KQLPGFLQLSREDQIALLKTSAIEVMLLETSRRYNPGSESITFLKDFSYNREDFAKAGLQ
      280       290       300       310       320       330        

        350       360       370       380       390       400      
pF1KB3 V-VSDAIFDLGMSLSSFNLDDTEVALLQAVLLMSSDRPGLACVERIEKYQDSFLLAFEHY
       :   . ::... ... ..:.:.: ::: :. ..:.:::..    ..:. : ... :.. :
CCDS73 VEFINPIFEFSRAMNELQLNDAEFALLIAISIFSADRPNVQDQLQVERLQHTYVEALHAY
      340       350       360       370       380       390        

        410       420       430       440       450       460   
pF1KB3 INYRKHHVTHFWPKLLMKVTDLRMIGACHASRFLHMKVECPTELFPPLFLEVFED  
       .. .. :   ..:..:::...:: ... :. . . ....   . .:::. :...   
CCDS73 VSIHHPHDRLMFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQ--DKKLPPLLSEIWDVHE
      400       410       420       430         440       450   

>>CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11             (402 aa)
 initn: 637 init1: 204 opt: 747  Z-score: 772.2  bits: 152.0 E(32554): 1.1e-36
Smith-Waterman score: 747; 32.8% identity (66.9% similar) in 375 aa overlap (90-460:37-399)

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB3 QTTWTSSIFHLDHDDVNDQSVSSAQTFQTEEKKCKGYIPSYLDKDELCVVCGDKATGYHY
                                     .:. ::  :..:  .::: ::::::.:.::
CCDS44 GTAGVGLEAAEPTALLTRAEPPSEPTEIRPQKRKKGPAPKMLG-NELCSVCGDKASGFHY
         10        20        30        40         50        60     

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB3 RCITCEGCKGFFRRTIQKNLHPSYSCKYEGKCVIDKVTRNQCQECRFKKCIYVGMATDLV
         ..::::::::::.. :. :  : :.  :.: .:   : .:::::..::  .::  . :
CCDS44 NVLSCEGCKGFFRRSVIKGAH--YICHSGGHCPMDTYMRRKCQECRLRKCRQAGMREECV
          70        80          90       100       110       120   

     180        190       200       210         220       230      
pF1KB3 LDDSK-RLAKRKLIEENREKRRREELQKSIGHK--PEPTDEEWELIKTVTEAHVATNAQG
       :.. . :: : :  ::.. .      . :   .  :. . :.  .:. .. :.   : ..
CCDS44 LSEEQIRLKKLKRQEEEQAHATSLPPRASSPPQILPQLSPEQLGMIEKLVAAQQQCNRRS
           130       140       150       160       170       180   

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB3 SHWKQKRKFLPEDIGQAPIVNAPEGGKVDLEAFSHFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFCEL
         .... .  :      :..  :.. ..  . :.:::..   .. ..:::::.:: : .:
CCDS44 --FSDRLRVTPW-----PMAPDPHSREARQQRFAHFTELAIVSVQEIVDFAKQLPGFLQL
             190            200       210       220       230      

        300       310       320       330       340        350     
pF1KB3 PCEDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESETLTLNGEMAVTRGQLKNGGLGV-VSDAIFD
         :::: :::   .:.: :... ::.: ::..:.  ... .: .. ..:: :   . ::.
CCDS44 SREDQIALLKTSAIEVMLLETSRRYNPGSESITFLKDFSYNREDFAKAGLQVEFINPIFE
        240       250       260       270       280       290      

         360       370       380       390       400       410     
pF1KB3 LGMSLSSFNLDDTEVALLQAVLLMSSDRPGLACVERIEKYQDSFLLAFEHYINYRKHHVT
       .. ... ..:.:.: ::: :. ..:.:::..    ..:. : ... :.. :.. .. :  
CCDS44 FSRAMNELQLNDAEFALLIAISIFSADRPNVQDQLQVERLQHTYVEALHAYVSIHHPHDR
        300       310       320       330       340       350      

         420       430       440       450       460   
pF1KB3 HFWPKLLMKVTDLRMIGACHASRFLHMKVECPTELFPPLFLEVFED  
        ..:..:::...:: ... :. . . ....   . .:::. :...   
CCDS44 LMFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQ--DKKLPPLLSEIWDVHE
        360       370       380         390       400  

>>CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11              (447 aa)
 initn: 637 init1: 204 opt: 747  Z-score: 771.5  bits: 152.0 E(32554): 1.2e-36
Smith-Waterman score: 747; 32.8% identity (66.9% similar) in 375 aa overlap (90-460:82-444)

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB3 QTTWTSSIFHLDHDDVNDQSVSSAQTFQTEEKKCKGYIPSYLDKDELCVVCGDKATGYHY
                                     .:. ::  :..:  .::: ::::::.:.::
CCDS79 GTAGVGLEAAEPTALLTRAEPPSEPTEIRPQKRKKGPAPKMLG-NELCSVCGDKASGFHY
              60        70        80        90        100       110

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB3 RCITCEGCKGFFRRTIQKNLHPSYSCKYEGKCVIDKVTRNQCQECRFKKCIYVGMATDLV
         ..::::::::::.. :. :  : :.  :.: .:   : .:::::..::  .::  . :
CCDS79 NVLSCEGCKGFFRRSVIKGAH--YICHSGGHCPMDTYMRRKCQECRLRKCRQAGMREECV
              120       130         140       150       160        

     180        190       200       210         220       230      
pF1KB3 LDDSK-RLAKRKLIEENREKRRREELQKSIGHK--PEPTDEEWELIKTVTEAHVATNAQG
       :.. . :: : :  ::.. .      . :   .  :. . :.  .:. .. :.   : ..
CCDS79 LSEEQIRLKKLKRQEEEQAHATSLPPRASSPPQILPQLSPEQLGMIEKLVAAQQQCNRRS
      170       180       190       200       210       220        

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB3 SHWKQKRKFLPEDIGQAPIVNAPEGGKVDLEAFSHFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFCEL
         .... .  :      :..  :.. ..  . :.:::..   .. ..:::::.:: : .:
CCDS79 --FSDRLRVTPW-----PMAPDPHSREARQQRFAHFTELAIVSVQEIVDFAKQLPGFLQL
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pF1KB3 PCEDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESETLTLNGEMAVTRGQLKNGGLGV-VSDAIFD
         :::: :::   .:.: :... ::.: ::..:.  ... .: .. ..:: :   . ::.
CCDS79 SREDQIALLKTSAIEVMLLETSRRYNPGSESITFLKDFSYNREDFAKAGLQVEFINPIFE
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pF1KB3 LGMSLSSFNLDDTEVALLQAVLLMSSDRPGLACVERIEKYQDSFLLAFEHYINYRKHHVT
       .. ... ..:.:.: ::: :. ..:.:::..    ..:. : ... :.. :.. .. :  
CCDS79 FSRAMNELQLNDAEFALLIAISIFSADRPNVQDQLQVERLQHTYVEALHAYVSIHHPHDR
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pF1KB3 HFWPKLLMKVTDLRMIGACHASRFLHMKVECPTELFPPLFLEVFED  
        ..:..:::...:: ... :. . . ....   . .:::. :...   
CCDS79 LMFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQ--DKKLPPLLSEIWDVHE
             410       420       430         440       

>>CCDS54627.1 NR1I2 gene_id:8856|Hs108|chr3               (397 aa)
 initn: 201 init1: 201 opt: 616  Z-score: 638.1  bits: 127.1 E(32554): 3.2e-29
Smith-Waterman score: 616; 32.4% identity (63.2% similar) in 364 aa overlap (105-459:39-392)

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pF1KB3 VNDQSVSSAQTFQTEEKKCKGYIPSYLDKDELCVVCGDKATGYHYRCITCEGCKGFFRRT
                                     ..: ::::::::::.  .:::::::::::.
CCDS54 WNHADFVHCEDTESVPGKPSVNADEEVGGPQICRVCGDKATGYHFNVMTCEGCKGFFRRA
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pF1KB3 IQKNLHPSYSCKY-EGKCVIDKVTRNQCQECRFKKCIYVGMATDLVLDDSKRLAKRKLIE
       ...: .    : . .: : : . :: ::: ::..::.  ::  .....:     .: ::.
CCDS54 MKRNAR--LRCPFRKGACEITRKTRRQCQACRLRKCLESGMKKEMIMSDEAVEERRALIK
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pF1KB3 ENREKRRREELQKSIGHKPEPTDEEWELIKTVTEAHVAT-NAQGSHWKQKRKFLP---ED
         :.: .:   :  .: .   :.:.  .:. . .:.. : ..  ::.:. :  :    ::
CCDS54 --RKKSERTGTQP-LGVQGL-TEEQRMMIRELMDAQMKTFDTTFSHFKNFRVSLQLRGED
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pF1KB3 IGQAPIVNAPE--GGKVDLEAFSHFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFCELPCEDQIILLKG
        :..   . :   :::  .  . :.. . :  .  ...::: . .: .:: :::: ::::
CCDS54 -GSVWNYKPPADSGGKEIFSLLPHMADMSTYMFKGIISFAKVISYFRDLPIEDQISLLKG
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pF1KB3 CCMEIMSLRAAVRYDPESETLTLNGEMAVTRGQLKNGGLGVVSDAIFDLGMSLSSFNLDD
         .:. .::  . .. :. :    :...    .  .:   .. . .. . . :....: .
CCDS54 AAFELCQLRFNTVFNAETGTWEC-GRLSYCLEDTAGGFQQLLLEPMLKFHYMLKKLQLHE
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pF1KB3 TEVALLQAVLLMSSDRPGLACVERIEKYQDSFLLAFEHYINYRKHHVTH--FWPKLLMKV
        : .:.::. :.: ::::.   . ... :..: .... ::.  . . .:  .. :..  .
CCDS54 EEYVLMQAISLFSPDRPGVLQHRVVDQLQEQFAITLKSYIECNRPQPAHRFLFLKIMAML
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pF1KB3 TDLRMIGACHASRFLHMKVECPTELFPPLFLEVFED   
       :.:: :.: :..:.:...   :  .  ::. :.:     
CCDS54 TELRSINAQHTQRLLRIQDIHP--FATPLMQELFGITGS
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>>CCDS55873.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12              (476 aa)
 initn: 557 init1: 223 opt: 578  Z-score: 598.0  bits: 120.0 E(32554): 5.5e-27
Smith-Waterman score: 584; 31.2% identity (56.9% similar) in 404 aa overlap (78-460:98-474)

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CCDS55 SNLGFYPQQPEEWYSPGIYELRRMPAETLYQGETEVAEMPVTKKPRMGASAGRIKGDELC
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pF1KB3 VVCGDKATGYHYRCITCEGCKGFFRRTIQKNLHPSYSCKYEGKCVIDKVTRNQCQECRFK
       :::::.:.::::  .:::::::::::.: ::    :.::  :.::.:   : .:::::..
CCDS55 VVCGDRASGYHYNALTCEGCKGFFRRSITKN--AVYKCKNGGNCVMDMYMRRKCQECRLR
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pF1KB3 KCIYVGMA-----TDLVLD---DSKRLAKR------KLIEENREKRRREELQ---KSIGH
       ::  .::      : :. .    :::: :       . ..:. : :  ...    ::  .
CCDS55 KCKEMGMLAECMYTGLLTEIQCKSKRLRKNVKQHADQTVNEDSEGRDLRQVTSTTKSCRE
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pF1KB3 KPEPTDEEWELIKTVTEAHVATNAQGSHWKQKRKFLPEDIGQAPIVNAPEGGKVDLEAFS
       : : : ..  :.. . ...   : :    .   :.: :...               : : 
CCDS55 KTELTPDQQTLLHFIMDSY---NKQRMPQEITNKILKEEFSAE-------------ENFL
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pF1KB3 HFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFCELPCEDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESETLTL
        .:.. :  .  .:.:.:::: :  :  :::: ::::  .: : ::.:  .. .  .   
CCDS55 ILTEMATNHVQVLVEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLPS---
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pF1KB3 NGEMAVTRGQLKNGGLGVVSDA----IFDLGMSLSSFNLDDTEVALLQAVLLMSSDRPGL
        :.  . . ...:.:   .::     .:..  :.. ... . : ::: :....: ::  .
CCDS55 -GHSDLLEERIRNSG---ISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYI
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        390       400       410       420       430       440      
pF1KB3 ACVERIEKYQDSFLLAFEHYINYRKHHVTHFWPKLLMKVTDLRMIGACHASRFLHMKVEC
          : .:: :. .: ....  . .. .  . .  :: ..:.:: ..  ::  ..  .:. 
CCDS55 KDREAVEKLQEPLLDVLQKLCKIHQPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVN-
            410       420       430       440       450       460  

        450       460  
pF1KB3 PTELFPPLFLEVFED 
         . : ::. :...  
CCDS55 -DHKFTPLLCEIWDVQ
              470      

>>CCDS55876.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12              (486 aa)
 initn: 557 init1: 223 opt: 578  Z-score: 597.9  bits: 120.0 E(32554): 5.5e-27
Smith-Waterman score: 584; 31.2% identity (56.9% similar) in 404 aa overlap (78-460:108-484)

        50        60        70        80        90       100       
pF1KB3 TLKNEQSSPHLIQTTWTSSIFHLDHDDVNDQSVSSAQTFQTEEKKCKGYIPSYLDKDELC
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CCDS55 SNLGFYPQQPEEWYSPGIYELRRMPAETLYQGETEVAEMPVTKKPRMGASAGRIKGDELC
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pF1KB3 VVCGDKATGYHYRCITCEGCKGFFRRTIQKNLHPSYSCKYEGKCVIDKVTRNQCQECRFK
       :::::.:.::::  .:::::::::::.: ::    :.::  :.::.:   : .:::::..
CCDS55 VVCGDRASGYHYNALTCEGCKGFFRRSITKN--AVYKCKNGGNCVMDMYMRRKCQECRLR
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pF1KB3 KCIYVGMA-----TDLVLD---DSKRLAKR------KLIEENREKRRREELQ---KSIGH
       ::  .::      : :. .    :::: :       . ..:. : :  ...    ::  .
CCDS55 KCKEMGMLAECMYTGLLTEIQCKSKRLRKNVKQHADQTVNEDSEGRDLRQVTSTTKSCRE
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pF1KB3 KPEPTDEEWELIKTVTEAHVATNAQGSHWKQKRKFLPEDIGQAPIVNAPEGGKVDLEAFS
       : : : ..  :.. . ...   : :    .   :.: :...               : : 
CCDS55 KTELTPDQQTLLHFIMDSY---NKQRMPQEITNKILKEEFSAE-------------ENFL
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pF1KB3 HFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFCELPCEDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESETLTL
        .:.. :  .  .:.:.:::: :  :  :::: ::::  .: : ::.:  .. .  .   
CCDS55 ILTEMATNHVQVLVEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLPS---
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pF1KB3 NGEMAVTRGQLKNGGLGVVSDA----IFDLGMSLSSFNLDDTEVALLQAVLLMSSDRPGL
        :.  . . ...:.:   .::     .:..  :.. ... . : ::: :....: ::  .
CCDS55 -GHSDLLEERIRNSG---ISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYI
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pF1KB3 ACVERIEKYQDSFLLAFEHYINYRKHHVTHFWPKLLMKVTDLRMIGACHASRFLHMKVEC
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CCDS55 KDREAVEKLQEPLLDVLQKLCKIHQPENPQHFACLLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVN-
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pF1KB3 PTELFPPLFLEVFED 
         . : ::. :...  
CCDS55 -DHKFTPLLCEIWDVQ
              480      




461 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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