Result of FASTA (ccds) for pF1KB3004
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3004, 1050 aa
  1>>>pF1KB3004 1050 - 1050 aa - 1050 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2340+/-0.0011; mu= 8.3746+/- 0.066
 mean_var=158.2248+/-32.637, 0's: 0 Z-trim(108.3): 24  B-trim: 419 in 1/49
 Lambda= 0.101962
 statistics sampled from 10081 (10092) to 10081 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.31), width:  16
 Scan time:  4.130

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS10053.1 BUB1B gene_id:701|Hs108|chr15          (1050) 6985 1040.4       0
CCDS62985.1 BUB1 gene_id:699|Hs108|chr2            (1028)  392 70.6   2e-11
CCDS33273.1 BUB1 gene_id:699|Hs108|chr2            (1085)  392 70.6 2.1e-11


>>CCDS10053.1 BUB1B gene_id:701|Hs108|chr15               (1050 aa)
 initn: 6985 init1: 6985 opt: 6985  Z-score: 5560.0  bits: 1040.4 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6985; 100.0% identity (100.0% similar) in 1050 aa overlap (1-1050:1-1050)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MAAVKKEGGALSEAMSLEGDEWELSKENVQPLRQGRIMSTLQGALAQESACNNTLQQQKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MAAVKKEGGALSEAMSLEGDEWELSKENVQPLRQGRIMSTLQGALAQESACNNTLQQQKR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 AFEYEIRFYTGNDPLDVWDRYISWTEQNYPQGGKESNMSTLLERAVEALQGEKRYYSDPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AFEYEIRFYTGNDPLDVWDRYISWTEQNYPQGGKESNMSTLLERAVEALQGEKRYYSDPR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 FLNLWLKLGRLCNEPLDMYSYLHNQGIGVSLAQFYISWAEEYEARENFRKADAIFQEGIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FLNLWLKLGRLCNEPLDMYSYLHNQGIGVSLAQFYISWAEEYEARENFRKADAIFQEGIQ
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 QKAEPLERLQSQHRQFQARVSRQTLLALEKEEEEEVFESSVPQRSTLAELKSKGKKTARA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QKAEPLERLQSQHRQFQARVSRQTLLALEKEEEEEVFESSVPQRSTLAELKSKGKKTARA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 PIIRVGGALKAPSQNRGLQNPFPQQMQNNSRITVFDENADEASTAELSKPTVQPWIAPPM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PIIRVGGALKAPSQNRGLQNPFPQQMQNNSRITVFDENADEASTAELSKPTVQPWIAPPM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 PRAKENELQAGPWNTGRSLEHRPRGNTASLIAVPAVLPSFTPYVEETARQPVMTPCKIEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PRAKENELQAGPWNTGRSLEHRPRGNTASLIAVPAVLPSFTPYVEETARQPVMTPCKIEP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 SINHILSTRKPGKEEGDPLQRVQSHQQASEEKKEKMMYCKEKIYAGVGEFSFEEIRAEVF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SINHILSTRKPGKEEGDPLQRVQSHQQASEEKKEKMMYCKEKIYAGVGEFSFEEIRAEVF
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 RKKLKEQREAELLTSAEKRAEMQKQIEEMEKKLKEIQTTQQERTGDQQEETMPTKETTKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RKKLKEQREAELLTSAEKRAEMQKQIEEMEKKLKEIQTTQQERTGDQQEETMPTKETTKL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 QIASESQKIPGMTLSSSVCQVNCCARETSLAENIWQEQPHSKGPSVPFSIFDEFLLSEKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QIASESQKIPGMTLSSSVCQVNCCARETSLAENIWQEQPHSKGPSVPFSIFDEFLLSEKK
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 NKSPPADPPRVLAQRRPLAVLKTSESITSNEDVSPDVCDEFTGIEPLSEDAIITGFRNVT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NKSPPADPPRVLAQRRPLAVLKTSESITSNEDVSPDVCDEFTGIEPLSEDAIITGFRNVT
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 ICPNPEDTCDFARAARFVSTPFHEIMSLKDLPSDPERLLPEEDLDVKTSEDQQTACGTIY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ICPNPEDTCDFARAARFVSTPFHEIMSLKDLPSDPERLLPEEDLDVKTSEDQQTACGTIY
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 SQTLSIKKLSPIIEDSREATHSSGFSGSSASVASTSSIKCLQIPEKLELTNETSENPTQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SQTLSIKKLSPIIEDSREATHSSGFSGSSASVASTSSIKCLQIPEKLELTNETSENPTQS
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 PWCSQYRRQLLKSLPELSASAELCIEDRPMPKLEIEKEIELGNEDYCIKREYLICEDYKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PWCSQYRRQLLKSLPELSASAELCIEDRPMPKLEIEKEIELGNEDYCIKREYLICEDYKL
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 FWVAPRNSAELTVIKVSSQPVPWDFYINLKLKERLNEDFDHFCSCYQYQDGCIVWHQYIN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FWVAPRNSAELTVIKVSSQPVPWDFYINLKLKERLNEDFDHFCSCYQYQDGCIVWHQYIN
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB3 CFTLQDLLQHSEYITHEITVLIIYNLLTIVEMLHKAEIVHGDLSPRCLILRNRIHDPYDC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 CFTLQDLLQHSEYITHEITVLIIYNLLTIVEMLHKAEIVHGDLSPRCLILRNRIHDPYDC
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB3 NKNNQALKIVDFSYSVDLRVQLDVFTLSGFRTVQILEGQKILANCSSPYQVDLFGIADLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NKNNQALKIVDFSYSVDLRVQLDVFTLSGFRTVQILEGQKILANCSSPYQVDLFGIADLA
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB3 HLLLFKEHLQVFWDGSFWKLSQNISELKDGELWNKFFVRILNANDEATVSVLGELAAEMN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 HLLLFKEHLQVFWDGSFWKLSQNISELKDGELWNKFFVRILNANDEATVSVLGELAAEMN
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050
pF1KB3 GVFDTTFQSHLNKALWKVGKLTSPGALLFQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GVFDTTFQSHLNKALWKVGKLTSPGALLFQ
             1030      1040      1050

>>CCDS62985.1 BUB1 gene_id:699|Hs108|chr2                 (1028 aa)
 initn: 778 init1: 276 opt: 392  Z-score: 318.7  bits: 70.6 E(32554): 2e-11
Smith-Waterman score: 537; 22.7% identity (51.7% similar) in 1088 aa overlap (53-1033:6-1008)

             30        40        50        60        70        80  
pF1KB3 ELSKENVQPLRQGRIMSTLQGALAQESACNNTLQQQKRAFEYEIRFYTGNDPLDVWDRYI
                                     :.::.    .: ... : :::::  :.:::
CCDS62                          MDTPENVLQM----LEAHMQSYKGNDPLGEWERYI
                                        10            20        30 

             90       100       110       120       130       140  
pF1KB3 SWTEQNYPQGGKESNMSTLLERAVEALQGEKRYYSDPRFLNLWLKLGRLCNEPLDMYSYL
       .:.:.:.:.. ::  . ::::. .. .  .:.:..::::..  ::...  ..  ... .:
CCDS62 QWVEENFPEN-KEY-LITLLEHLMKEFLDKKKYHNDPRFISYCLKFAEYNSDLHQFFEFL
              40          50        60        70        80         

            150       160       170       180       190       200  
pF1KB3 HNQGIGVSLAQFYISWAEEYEARENFRKADAIFQEGIQQKAEPLERLQSQHRQFQARVSR
       .:.:::.  . .::.:: . ::. ....:.:..:.:::..::: : ::.:.: ::.:...
CCDS62 YNHGIGTLSSPLYIAWAGHLEAQGELQHASAVLQRGIQNQAEPREFLQQQYRLFQTRLTE
      90       100       110       120       130       140         

            210           220           230       240       250    
pF1KB3 QTLLALEKEEEE----EVFESSVPQRST----LAELKSKGKKTARAPIIRVGGALKAPSQ
         : :  .  :     .:... . ..:.    .: . ::.. .  . .:  .   ..  .
CCDS62 THLPAQARTSEPLHNVQVLNQMITSKSNPGNNMACI-SKNQGSELSGVISSACDKESNME
     150       160       170       180        190       200        

             260       270                 280       290           
pF1KB3 NRGL---QNPFPQQMQNNSRITVFD----------ENADEASTAELSKPTV------QPW
        : .   .. .  . .  :.. : .          .. .: :  ::           . :
CCDS62 RRVITISKSEYSVHSSLASKVDVEQVVMYCKEKLIRGESEFSFEELRAQKYNQRRKHEQW
      210       220       230       240       250       260        

            300       310       320         330              340   
pF1KB3 IAPP---MPRAKENELQAGPWNTGRSLEHRPRGNTA--SLIAVPA------VLPS-FTPY
       .      : : . : ..    .   .  :.   ...  :   .::      : :. . : 
CCDS62 VNEDRHYMKRKEANAFEEQLLKQKMDELHKKLHQVVETSHEDLPASQERSEVNPARMGPS
      270       280       290       300       310       320        

           350       360       370          380       390          
pF1KB3 VEETARQPVMTPCKIEPSINHILSTRKPGKEEGD---PLQRVQSHQQASEEKKEKM---M
       :   ..: . .::      .  .. .:  .:      ::  . :   .:   ....   .
CCDS62 V--GSQQELRAPCLPVTYQQTPVNMEKNPREAPPVVPPLANAISAALVSPATSQSIAPPV
        330       340       350       360       370       380      

       400       410       420          430         440       450  
pF1KB3 YCKEKIYAGVGEFSFEEIRAEVFRK---KLKEQREAELLTSAE--KRAEMQKQIEEMEKK
         : .  .  . :.     :    :   ..: :  ::.  . :  : :. ..     . .
CCDS62 PLKAQTVTD-SMFAVASKDAGCVNKSTHEFKPQSGAEIKEGCETHKVANTSSFHTTPNTS
        390        400       410       420       430       440     

            460       470       480        490       500           
pF1KB3 LKEIQTTQQERTGDQQEETMPTKETTKLQIAS-ESQKIPGMTLSSSVCQV---NCCARET
       :  .:.: ..    :   :. :::.  . .   ..  .: .. ...  :    :  : :.
CCDS62 LGMVQATPSKV---QPSPTVHTKEALGFIMNMFQAPTLPDISDDKDEWQSLDQNEDAFEA
         450          460       470       480       490       500  

      510            520       530       540       550       560   
pF1KB3 SLAENI-----WQEQPHSKGPSVPFSIFDEFLLSEKKNKSPPADPPRVLAQRRPLAVLKT
       .. .:.     :  .   .. :  : .:..   ..:.: . :   :.     .: ..   
CCDS62 QFQKNVRSSGAWGVNKIISSLSSAFHVFED---GNKENYGLP--QPK----NKPTGARTF
            510       520       530          540             550   

           570       580       590        600       610       620  
pF1KB3 SESITSNEDVSPDVCDEFTGIEPLSEDAIITGFR-NVTICPNPEDTCDFARAARFVSTPF
       .:  .:    .:   .:    : . .:. . :.: : :. :.:..  ::. ::...::::
CCDS62 GERSVSRLPSKPK--EEVPHAEEFLDDSTVWGIRCNKTLAPSPKSPGDFTSAAQLASTPF
           560         570       580       590       600       610 

                 630                     640          650       660
pF1KB3 HE-----IMSLKD-------------LPSDPERLL-PEED---LDVKTSEDQQTACGTIY
       :.     .  :.:             : :  : .. : .:     .. .  .:.  . .:
CCDS62 HKLPVESVHILEDKENVVAKQCTQATLDSCEENMVVPSRDGKFSPIQEKSPKQALSSHMY
             620       630       640       650       660       670 

              670            680       690         700       710   
pF1KB3 SQTLSIKKLSP-----IIEDSREATHSSGFSGSSASVAST--SSIKCLQIPEKLELTNE-
       : .: ..  .:     .  ... ....  .. ..:..:    ..:  ::  : .....  
CCDS62 SASL-LRLSQPAAGGVLTCEAELGVEACRLTDTDAAIAEDPPDAIAGLQA-EWMQMSSLG
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CCDS62 M---------------FMKFYSAH-LFQNGSVLVGEL-----YSYGTLLDD-------ED
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CCDS33 THLPAQARTSEPLHNVQVLNQMITSKSNPGNNMACI-SKNQGSELSGVISSACDKESNME
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CCDS33 RRVITISKSEYSVHSSLASKVDVEQVVMYCKEKLIRGESEFSFEELRAQKYNQRRKHEQW
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CCDS33 VNEDRHYMKRKEANAFEEQLLKQKMDELHKKLHQVVETSHEDLPASQERSEVNPARMGPS
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CCDS33 V--GSQQELRAPCLPVTYQQTPVNMEKNPREAPPVVPPLANAISAALVSPATSQSIAPPV
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CCDS33 LGMVQATPSKV---QPSPTVHTKEALGFIMNMFQAPTLPDISDDKDEWQSLDQNEDAFEA
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CCDS33 QFQKNVRSSGAWGVNKIISSLSSAFHVFED---GNKENYGLP--QPK----NKPTGARTF
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pF1KB3 TSENPT---QSPWCSQYRRQLLKSLPELSASAELCIEDR-PMPKLEIEKEIELGNEDYCI
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CCDS33 TVDAPNFIVGNPWDDKLIFKLLSGLSKPVSSYPNTFEWQCKLPAIKPKTEFQLGSK--LV
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CCDS33 YVHHLLGEGAFAQVYEATQGDLNDAKNKQKFVLKVQKPANPWEFYIGTQLMERLKPSMQH
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pF1KB3 ----FCSCYQYQDGCIV---WHQYINCFTLQDLLQHS--EYITHEITVLIIYNLLTIVEM
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CCDS33 MFMKFYSAHLFQNGSVLVGELYSYGTLLNAINLYKNTPEKVMPQGLVISFAMRMLYMIEQ
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CCDS33 VHDCEIIHGDIKPDNFILGNGFLEQDDEDDLSAGLALIDLGQSIDMKLFPKGTIFTAKCE
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pF1KB3 LSGFRTVQILEGQKILANCSSPYQVDLFGIADLAHLLLFKEHLQVFWDGSFWKLSQNISE
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CCDS33 TSGFQCVEML------SNKPWNYQIDYFGVAATVYCMLFGTYMKVKNEGGECKPEGLFRR
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CCDS33 LPHLDMWNEFFHVMLNIPDCHHLPSLDLLRQKLKKVFQQHYTNKIRALRNRLIVLLLECK
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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