Result of FASTA (omim) for
pF1KA1291
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1291, 1204 aa
1>>>pF1KA1291 1204 - 1204 aa - 1204 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5298+/-0.000457; mu= 21.1864+/- 0.029
mean_var=66.2430+/-13.928, 0's: 0 Z-trim(108.4): 54 B-trim: 792 in 2/58
Lambda= 0.157581
statistics sampled from 16508 (16539) to 16508 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.547), E-opt: 0.2 (0.194), width: 16
Scan time: 15.110
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_065801 (OMIM: 607845) exportin-5 [Homo sapiens] (1204) 7989 1826.2 0
XP_011531400 (OMIM: 602559) PREDICTED: exportin-1 (1026) 235 63.3 9.1e-09
NP_003391 (OMIM: 602559) exportin-1 [Homo sapiens] (1071) 235 63.3 9.4e-09
XP_006712157 (OMIM: 602559) PREDICTED: exportin-1 (1071) 235 63.3 9.4e-09
XP_011531399 (OMIM: 602559) PREDICTED: exportin-1 (1071) 235 63.3 9.4e-09
XP_011531401 (OMIM: 602559) PREDICTED: exportin-1 (1005) 231 62.4 1.7e-08
NP_009166 (OMIM: 603180) exportin-T [Homo sapiens] ( 962) 190 53.1 1e-05
XP_016874237 (OMIM: 603180) PREDICTED: exportin-T ( 962) 190 53.1 1e-05
XP_005264601 (OMIM: 602559) PREDICTED: exportin-1 (1056) 148 43.6 0.0084
XP_005264603 (OMIM: 602559) PREDICTED: exportin-1 ( 940) 147 43.3 0.0089
>>NP_065801 (OMIM: 607845) exportin-5 [Homo sapiens] (1204 aa)
initn: 7989 init1: 7989 opt: 7989 Z-score: 9804.3 bits: 1826.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7989; 99.9% identity (100.0% similar) in 1204 aa overlap (1-1204:1-1204)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MAMDQVNALCEQLVKAVTVMMDPNSTQRYRLEALKFCEEFKEKCPICVPCGLRLAEKTQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 MAMDQVNALCEQLVKAVTVMMDPNSTQRYRLEALKFCEEFKEKCPICVPCGLRLAEKTQV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 AIVRHFGLQILEHVVKFRWNGMSRLEKVYLKNSVMELIANGTLNILEEENHIKDALSRIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 AIVRHFGLQILEHVVKFRWNGMSRLEKVYLKNSVMELIANGTLNILEEENHIKDALSRIV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 VEMIKREWPQHWPDMLIELDTLSKQGETQTELVMFILLRLAEDVVTFQTLPPQRRRDIQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 VEMIKREWPQHWPDMLIELDTLSKQGETQTELVMFILLRLAEDVVTFQTLPPQRRRDIQQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 TLTQNMERIFSFLLNTLQENVNKYQQVKTDTSQESKAQANCRVGVAALNTLAGYIDWVSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TLTQNMERIFSFLLNTLQENVNKYQQVKTDTSQESKAQANCRVGVAALNTLAGYIDWVSM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 SHITAENCKLLEILCLLLNEQELQLGAAECLLIAVSRKGKLEDRKPLMVLFGDVAMHYIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SHITAENCKLLEILCLLLNEQELQLGAAECLLIAVSRKGKLEDRKPLMVLFGDVAMHYIL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 SAAQTADGGGLVEKHYVFLKRLCQVLCALGNQLCALLGADSDVETPSNFGKYLESFLAFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SAAQTADGGGLVEKHYVFLKRLCQVLCALGNQLCALLGADSDVETPSNFGKYLESFLAFT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 THPSQFLRSSTQMTWGALFRHEILSRDPLLLAIIPKYLRASMTNLVKMGFPSKTDSPSCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 THPSQFLRSSTQMTWGALFRHEILSRDPLLLAIIPKYLRASMTNLVKMGFPSKTDSPSCE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 YSRFDFDSDEDFNAFFNSSRAQQGEVMRLACRLDPKTSFQMAGEWLKYQLSTFLDAGSVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 YSRFDFDSDEDFNAFFNSSRAQQGEVMRLACRLDPKTSFQMAGEWLKYQLSTFLDAGSVN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 SCSAVGTGEGSLCSVFSPSFVQWEAMTLFLESVITQMFRTLNREEIPVNDGIELLQMVLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SCSAVGTGEGSLCSVFSPSFVQWEAMTLFLESVITQMFRTLNREEIPVNDGIELLQMVLN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 FDTKDPLILSCVLTNVSALFPFVTYRPEFLPQVFSKLFSSVTFETVEESKAPRTRAVRNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 FDTKDPLILSCVLTNVSALFPFVTYRPEFLPQVFSKLFSSVTFETVEESKAPRTRAVRNV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 RRHACSSIIKMCRDYPQLVLPNFDMLYNHVKQLLSNELLLTQMEKCALMEALVLISNQFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 RRHACSSIIKMCRDYPQLVLPNFDMLYNHVKQLLSNELLLTQMEKCALMEALVLISNQFK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 NYERQKVFLEELMAPVASIWLSQDMHRVLSDVDAFIVYVGTDQKSCDPGLEDPCGLNRAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::
NP_065 NYERQKVFLEELMAPVASIWLSQDMHRVLSDVDAFIAYVGTDQKSCDPGLEDPCGLNRAR
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 MSFCVYSILGVVKRTCWPTDLEEAKAGGFVVGYTSSGNPIFRNPCTEQILKLLDNLLALI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 MSFCVYSILGVVKRTCWPTDLEEAKAGGFVVGYTSSGNPIFRNPCTEQILKLLDNLLALI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 RTHNTLYAPEMLAKMAEPFTKALDMLDAEKSAILGLPQPLLELNDSPVFKTVLERMQRFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 RTHNTLYAPEMLAKMAEPFTKALDMLDAEKSAILGLPQPLLELNDSPVFKTVLERMQRFF
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 STLYENCFHILGKAGPSMQQDFYTVEDLATQLLSSAFVNLNNIPDYRLRPMLRVFVKPLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 STLYENCFHILGKAGPSMQQDFYTVEDLATQLLSSAFVNLNNIPDYRLRPMLRVFVKPLV
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 LFCPPEHYEALVSPILGPLFTYLHMRLSQKWQVINQRSLLCGEDEAADENPESQEMLEEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LFCPPEHYEALVSPILGPLFTYLHMRLSQKWQVINQRSLLCGEDEAADENPESQEMLEEQ
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 LVRMLTREVMDLITVCCVSKKGADHSSAPPADGDDEEMMATEVTPSAMAELTDLGKCLMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LVRMLTREVMDLITVCCVSKKGADHSSAPPADGDDEEMMATEVTPSAMAELTDLGKCLMK
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 HEDVCTALLITAFNSLAWKDTLSCQRTTSQLCWPLLKQVLSGTLLADAVTWLFTSVLKGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 HEDVCTALLITAFNSLAWKDTLSCQRTTSQLCWPLLKQVLSGTLLADAVTWLFTSVLKGL
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA1 QMHGQHDGCMASLVHLAFQIYEALRPRYLEIRAVMEQIPEIQKDSLDQFDCKLLNPSLQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 QMHGQHDGCMASLVHLAFQIYEALRPRYLEIRAVMEQIPEIQKDSLDQFDCKLLNPSLQK
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA1 VADKRRKDQFKRLIAGCIGKPLGEQFRKEVHIKNLPSLFKKTKPMLETEVLDNDGGGLAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 VADKRRKDQFKRLIAGCIGKPLGEQFRKEVHIKNLPSLFKKTKPMLETEVLDNDGGGLAT
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA1 IFEP
::::
NP_065 IFEP
>>XP_011531400 (OMIM: 602559) PREDICTED: exportin-1 isof (1026 aa)
initn: 225 init1: 113 opt: 235 Z-score: 278.4 bits: 63.3 E(85289): 9.1e-09
Smith-Waterman score: 279; 20.8% identity (51.4% similar) in 802 aa overlap (56-809:68-792)
30 40 50 60 70 80
pF1KA1 TQRYRLEALKFCEEFKEKCPICVPCGLRLAEKTQVAIVRHFGLQILEHVVKFRWNGMSRL
: .: ....::::::.:.: ::. . :
XP_011 GEGAQQRMAQEVLTHLKEHPDAWTRVDTILEFSQNMNTKYYGLQILENVIKTRWKILPRN
40 50 60 70 80 90
90 100 110 120 130 140
pF1KA1 EKVYLKNSVMELIANGTLN--ILEEENHIKDALSRIVVEMIKREWPQHWPDMLIELDTLS
. .:. :. :: . . . .:.:. :. :.:...:.:::.::: .. .. :
XP_011 QCEGIKKYVVGLIIKTSSDPTCVEKEKVYIGKLNMILVQILKQEWPKHWPTFISDIVGAS
100 110 120 130 140 150
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 KQGETQTELVMFILLRLAEDVVTFQT--LPPQRRRDIQQTLTQNMERIFSFLLNTLQENV
. .:. . : :: :.:.: :.. . . . ..... ... .::. : . ..::
XP_011 RTSESLCQNNMVILKLLSEEVFDFSSGQITQVKSKHLKDSMCNEFSQIFQ-LCQFVMEN-
160 170 180 190 200 210
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 NKYQQVKTDTSQESKAQANCRVGVAALNTLAGYIDWVSMSHITAENCKLLEILCL-LLNE
:: : . :.:.:: ...:. ...: . ::. : .::
XP_011 ----------SQ------NAPLVHATLETLLRFLNWIPLGYIF--ETKLISTLIYKFLNV
220 230 240 250
270 280 290 300 310
pF1KA1 QELQLGAAECLL-IAVSRKGKLEDRKPLMVLFGDVAMHYIL---SAAQTADGGGLVEKHY
.. . .:: :: .. :.. . . . .. .: . . : ..: ...
XP_011 PMFRNVSLKCLTEIAGVSVSQYEEQFVTLFTLTMMQLKQMLPLNTNIRLAYSNGKDDEQN
260 270 280 290 300 310
320 330 340 350
pF1KA1 VFLKRLCQVLCAL---GNQLC--------ALLGAD------SDVETPSNFG---KYLESF
:.. : ::.. .:: .:. : :.:: : .: . .
XP_011 -FIQNLSLFLCTFLKEHDQLIEKRLNLRETLMEALHYMLLVSEVEETEIFKICLEYWNHL
320 330 340 350 360 370
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 LAFTTHPSQFLRSSTQMTWGALFRHEILSRDPLLLAIIPKYLRASMTNLVKMGFPSKT--
: . : : :.. . :. . .. : : : : ... . . .:. : ..
XP_011 AAELYRESPFSTSASPLLSGSQ-HFDVPPRRQLYL---PMLFKVRLLMVSRMAKPEEVLV
380 390 400 410 420 430
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 -DSPSCEYSRFDFDSDEDFNAFFNSSRAQQGEVMRLACRLDPKTSFQMAGEWLKYQLS-T
.. . : : .: .: : .... : :.. .:: . .. : :. :.. :
XP_011 VENDQGEVVR-EFMKDTDSINLYKNMR----ETLVYLTHLDYVDTERIMTEKLHNQVNGT
440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 FLDAGSVNS-CSAVGTGEGSLCSVFSPSFVQWEAMTLFLESVITQMFRTLNREEIPVNDG
. ..:. : :.:. :.. . : :: .:: .:
XP_011 EWSWKNLNTLCWAIGSISGAM---------HEEDEKRFLVTVI--------------KDL
490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 IELLQMVLNFDTKDPLILSCVLTNVSALFPFVTYRPEFLPQVFSKLFSSVTFETVEESKA
. : .. . :.: .: : .. :. :. . .:: : .::: : ..:..
XP_011 LGLCEQKRGKDNK-AIIASNIMYIVGQYPRFLRAHWKFLKTVVNKLF-----EFMHETHD
530 540 550 560 570
600 610 620 630 640
pF1KA1 PRTRAVRNVRRHACSSIIKM---CR-DYPQL----VLPNFDMLYNHVKQLLSNELLLTQM
.:. ::...::. :: . :. :.: .: . :... .. . ..
XP_011 -------GVQDMACDTFIKIAQKCRRHFVQVQVGEVMPFIDEILNNINTIICDLQPQQNV
580 590 600 610 620 630
650 660 670 680 690 700
pF1KA1 EKCALMEALVLISNQFKNYERQ-KVFLEELMAPVASIWLSQ-DMHRVLSDVDAFIVYVGT
. :.. ... .:. : :. . .. .. :.:.. .... ::. . . ..
XP_011 DILKDPETVKQLGSILKTNVRACKAVGHPFVIQLGRIYLDMLNVYKCLSENISAAIQANG
640 650 660 670 680 690
710 720 730 740 750
pF1KA1 DQKSCDPGLEDPCGLNRARMSFCVYSILGVVKRTCWPTDLEEAKA----GGFVVGYTSSG
.. . .: ... ..: ... : : :.:. : . : . . .. : . .
XP_011 EMVTKQPLIRSMRTVKRETLKL----ISGWVSRSNDPQMVAENFVPPLLDAVLIDY-QRN
700 710 720 730 740
760 770 780 790 800 810
pF1KA1 NPIFRNPCTEQILKLLDNLLALIRTHNTLYAPEMLAKMAEPFTKALDMLDAEKSAILGLP
: :.: ..:. . .. . : : :... . : .:.:.. .
XP_011 VPAAREP---EVLSTMAIIVNKLGGHITAEIPQIFDAV---FECTLNMINKDFEEYPEHR
750 760 770 780 790 800
820 830 840 850 860 870
pF1KA1 QPLLELNDSPVFKTVLERMQRFFSTLYENCFHILGKAGPSMQQDFYTVEDLATQLLSSAF
XP_011 TNFFLLLQAVNSHCFPAFLAIPPTQFKLVLDSIIWAFKHTMRNVADTGLQILFTLLQNVA
810 820 830 840 850 860
>>NP_003391 (OMIM: 602559) exportin-1 [Homo sapiens] (1071 aa)
initn: 193 init1: 113 opt: 235 Z-score: 278.1 bits: 63.3 E(85289): 9.4e-09
Smith-Waterman score: 308; 21.2% identity (51.7% similar) in 899 aa overlap (56-892:68-875)
30 40 50 60 70 80
pF1KA1 TQRYRLEALKFCEEFKEKCPICVPCGLRLAEKTQVAIVRHFGLQILEHVVKFRWNGMSRL
: .: ....::::::.:.: ::. . :
NP_003 GEGAQQRMAQEVLTHLKEHPDAWTRVDTILEFSQNMNTKYYGLQILENVIKTRWKILPRN
40 50 60 70 80 90
90 100 110 120 130 140
pF1KA1 EKVYLKNSVMELIANGTLN--ILEEENHIKDALSRIVVEMIKREWPQHWPDMLIELDTLS
. .:. :. :: . . . .:.:. :. :.:...:.:::.::: .. .. :
NP_003 QCEGIKKYVVGLIIKTSSDPTCVEKEKVYIGKLNMILVQILKQEWPKHWPTFISDIVGAS
100 110 120 130 140 150
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 KQGETQTELVMFILLRLAEDVVTFQT--LPPQRRRDIQQTLTQNMERIFSFLLNTLQENV
. .:. . : :: :.:.: :.. . . . ..... ... .::. : . ..::
NP_003 RTSESLCQNNMVILKLLSEEVFDFSSGQITQVKSKHLKDSMCNEFSQIFQ-LCQFVMEN-
160 170 180 190 200 210
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 NKYQQVKTDTSQESKAQANCRVGVAALNTLAGYIDWVSMSHITAENCKLLEILCL-LLNE
:: : . :.:.:: ...:. ...: . ::. : .::
NP_003 ----------SQ------NAPLVHATLETLLRFLNWIPLGYIF--ETKLISTLIYKFLNV
220 230 240 250
270 280 290 300 310
pF1KA1 QELQLGAAECLL-IAVSRKGKLEDRKPLMVLFGDVAMHYIL---SAAQTADGGGLVEKHY
.. . .:: :: .. :.. . . . .. .: . . : ..: ...
NP_003 PMFRNVSLKCLTEIAGVSVSQYEEQFVTLFTLTMMQLKQMLPLNTNIRLAYSNGKDDEQN
260 270 280 290 300 310
320 330 340 350
pF1KA1 VFLKRLCQVLCAL---GNQLC--------ALLGAD------SDVETPSNFG---KYLESF
:.. : ::.. .:: .:. : :.:: : .: . .
NP_003 -FIQNLSLFLCTFLKEHDQLIEKRLNLRETLMEALHYMLLVSEVEETEIFKICLEYWNHL
320 330 340 350 360 370
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 LAFTTHPSQFLRSSTQMTWGALFRH-EILSRDPLLLAIIPKYLRASMTNLVKMGFPSKT-
: . : : :.. . :. .: .. : : : : ... . . .:. : ..
NP_003 AAELYRESPFSTSASPLLSGS--QHFDVPPRRQLYL---PMLFKVRLLMVSRMAKPEEVL
380 390 400 410 420 430
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 --DSPSCEYSRFDFDSDEDFNAFFNSSRAQQGEVMRLACRLDPKTSFQMAGEWLKYQLS-
.. . : : .: .: : .... : :.. .:: . .. : :. :..
NP_003 VVENDQGEVVR-EFMKDTDSINLYKNMR----ETLVYLTHLDYVDTERIMTEKLHNQVNG
440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 TFLDAGSVNS-CSAVGTGEGSLCSVFSPSFVQWEAMTLFLESVITQMFRTLNREEIPVND
: . ..:. : :.:. :.. . : :: .:: .:
NP_003 TEWSWKNLNTLCWAIGSISGAM---------HEEDEKRFLVTVI--------------KD
490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 GIELLQMVLNFDTKDPLILSCVLTNVSALFPFVTYRPEFLPQVFSKLFSSVTFETVEESK
. : .. . :.: .: : .. :. :. . .:: : .::: : ..:..
NP_003 LLGLCEQKRGKDNK-AIIASNIMYIVGQYPRFLRAHWKFLKTVVNKLF-----EFMHETH
530 540 550 560 570
600 610 620 630 640
pF1KA1 APRTRAVRNVRRHACSSIIKM---CR-DYPQL----VLPNFDMLYNHVKQLLSNELLLTQ
.:. ::...::. :: . :. :.: .: . :... .. . :
NP_003 D-------GVQDMACDTFIKIAQKCRRHFVQVQVGEVMPFIDEILNNINTIICD---LQP
580 590 600 610 620
650 660 670 680 690
pF1KA1 MEKCALMEALVLISNQFKNYERQKVFLEELMAPVASIWLSQDMHRVLSDVDAF-----IV
.. ...::. . . . :. ..:. : ..: : .... ..:: . .
NP_003 QQVHTFYEAVGYMIGAQTDQTVQEHLIEKYMLLPNQVWDSI-IQQATKNVDILKDPETVK
630 640 650 660 670 680
700 710 720 730 740 750
pF1KA1 YVG----TDQKSCDPGLEDPCGLNRARMSFCVYSILGVVKRTCWPTDLEEA-KAGGFVVG
.: :. ..: .. : .. .:. . ..:.: : : .. : .:.: .:
NP_003 QLGSILKTNVRACK-AVGHPFVIQLGRIYL---DMLNVYK--CLSENISAAIQANGEMV-
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760 770 780 790 800
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