Result of FASTA (ccds) for pF1KA0178
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA0178, 1233 aa
  1>>>pF1KA0178 1233 - 1233 aa - 1233 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.7555+/-0.00185; mu= -26.1162+/- 0.108
 mean_var=615.4922+/-131.177, 0's: 0 Z-trim(106.5): 138  B-trim: 0 in 0/53
 Lambda= 0.051697
 statistics sampled from 8919 (9008) to 8919 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.582), E-opt: 0.2 (0.277), width:  16
 Scan time:  5.510

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS14352.1 SMC1A gene_id:8243|Hs108|chrX          (1233) 7874 604.1 7.1e-172
CCDS75985.1 SMC1A gene_id:8243|Hs108|chrX          (1211) 7635 586.2 1.6e-166
CCDS43027.1 SMC1B gene_id:27127|Hs108|chr22        (1235) 4454 349.0 4.3e-95
CCDS74876.1 SMC1B gene_id:27127|Hs108|chr22        (1161) 3741 295.8 4.2e-79


>>CCDS14352.1 SMC1A gene_id:8243|Hs108|chrX               (1233 aa)
 initn: 7874 init1: 7874 opt: 7874  Z-score: 3199.2  bits: 604.1 E(32554): 7.1e-172
Smith-Waterman score: 7874; 100.0% identity (100.0% similar) in 1233 aa overlap (1-1233:1-1233)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA0 MGFLKLIEIENFKSYKGRQIIGPFQRFTAIIGPNGSGKSNLMDAISFVLGEKTSNLRVKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MGFLKLIEIENFKSYKGRQIIGPFQRFTAIIGPNGSGKSNLMDAISFVLGEKTSNLRVKT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA0 LRDLIHGAPVGKPAANRAFVSMVYSEEGAEDRTFARVIVGGSSEYKINNKVVQLHEYSEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LRDLIHGAPVGKPAANRAFVSMVYSEEGAEDRTFARVIVGGSSEYKINNKVVQLHEYSEE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA0 LEKLGILIKARNFLVFQGAVESIAMKNPKERTALFEEISRSGELAQEYDKRKKEMVKAEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LEKLGILIKARNFLVFQGAVESIAMKNPKERTALFEEISRSGELAQEYDKRKKEMVKAEE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA0 DTQFNYHRKKNIAAERKEAKQEKEEADRYQRLKDEVVRAQVQLQLFKLYHNEVEIEKLNK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 DTQFNYHRKKNIAAERKEAKQEKEEADRYQRLKDEVVRAQVQLQLFKLYHNEVEIEKLNK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA0 ELASKNKEIEKDKKRMDKVEDELKEKKKELGKMMREQQQIEKEIKEKDSELNQKRPQYIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ELASKNKEIEKDKKRMDKVEDELKEKKKELGKMMREQQQIEKEIKEKDSELNQKRPQYIK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA0 AKENTSHKIKKLEAAKKSLQNAQKHYKKRKGDMDELEKEMLSVEKARQEFEERMEEESQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AKENTSHKIKKLEAAKKSLQNAQKHYKKRKGDMDELEKEMLSVEKARQEFEERMEEESQS
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA0 QGRDLTLEENQVKKYHRLKEEASKRAATLAQELEKFNRDQKADQDRLDLEERKKVETEAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 QGRDLTLEENQVKKYHRLKEEASKRAATLAQELEKFNRDQKADQDRLDLEERKKVETEAK
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA0 IKQKLREIEENQKRIEKLEEYITTSKQSLEEQKKLEGELTEEVEMAKRRIDEINKELNQV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 IKQKLREIEENQKRIEKLEEYITTSKQSLEEQKKLEGELTEEVEMAKRRIDEINKELNQV
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA0 MEQLGDARIDRQESSRQQRKAEIMESIKRLYPGSVYGRLIDLCQPTQKKYQIAVTKVLGK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MEQLGDARIDRQESSRQQRKAEIMESIKRLYPGSVYGRLIDLCQPTQKKYQIAVTKVLGK
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA0 NMDAIIVDSEKTGRDCIQYIKEQRGEPETFLPLDYLEVKPTDEKLRELKGAKLVIDVIRY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NMDAIIVDSEKTGRDCIQYIKEQRGEPETFLPLDYLEVKPTDEKLRELKGAKLVIDVIRY
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KA0 EPPHIKKALQYACGNALVCDNVEDARRIAFGGHQRHKTVALDGTLFQKSGVISGGASDLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 EPPHIKKALQYACGNALVCDNVEDARRIAFGGHQRHKTVALDGTLFQKSGVISGGASDLK
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KA0 AKARRWDEKAVDKLKEKKERLTEELKEQMKAKRKEAELRQVQSQAHGLQMRLKYSQSDLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AKARRWDEKAVDKLKEKKERLTEELKEQMKAKRKEAELRQVQSQAHGLQMRLKYSQSDLE
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KA0 QTKTRHLALNLQEKSKLESELANFGPRINDIKRIIQSREREMKDLKEKMNQVEDEVFEEF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 QTKTRHLALNLQEKSKLESELANFGPRINDIKRIIQSREREMKDLKEKMNQVEDEVFEEF
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KA0 CREIGVRNIREFEEEKVKRQNEIAKKRLEFENQKTRLGIQLDFEKNQLKEDQDKVHMWEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 CREIGVRNIREFEEEKVKRQNEIAKKRLEFENQKTRLGIQLDFEKNQLKEDQDKVHMWEQ
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KA0 TVKKDENEIEKLKKEEQRHMKIIDETMAQLQDLKNQHLAKKSEVNDKNHEMEEIRKKLGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TVKKDENEIEKLKKEEQRHMKIIDETMAQLQDLKNQHLAKKSEVNDKNHEMEEIRKKLGG
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KA0 ANKEMTHLQKEVTAIETKLEQKRSDRHNLLQACKMQDIKLPLSKGTMDDISQEEGSSQGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ANKEMTHLQKEVTAIETKLEQKRSDRHNLLQACKMQDIKLPLSKGTMDDISQEEGSSQGE
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KA0 DSVSGSQRISSIYAREALIEIDYGDLCEDLKDAQAEEEIKQEMNTLQQKLNEQQSVLQRI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 DSVSGSQRISSIYAREALIEIDYGDLCEDLKDAQAEEEIKQEMNTLQQKLNEQQSVLQRI
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KA0 AAPNMKAMEKLESVRDKFQETSDEFEAARKRAKKAKQAFEQIKKERFDRFNACFESVATN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AAPNMKAMEKLESVRDKFQETSDEFEAARKRAKKAKQAFEQIKKERFDRFNACFESVATN
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KA0 IDEIYKALSRNSSAQAFLGPENPEEPYLDGINYNCVAPGKRFRPMDNLSGGEKTVAALAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 IDEIYKALSRNSSAQAFLGPENPEEPYLDGINYNCVAPGKRFRPMDNLSGGEKTVAALAL
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KA0 LFAIHSYKPAPFFVLDEIDAALDNTNIGKVANYIKEQSTCNFQAIVISLKEEFYTKAESL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LFAIHSYKPAPFFVLDEIDAALDNTNIGKVANYIKEQSTCNFQAIVISLKEEFYTKAESL
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230   
pF1KA0 IGVYPEQGDCVISKVLTFDLTKYPDANPNPNEQ
       :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 IGVYPEQGDCVISKVLTFDLTKYPDANPNPNEQ
             1210      1220      1230   

>>CCDS75985.1 SMC1A gene_id:8243|Hs108|chrX               (1211 aa)
 initn: 7635 init1: 7635 opt: 7635  Z-score: 3103.0  bits: 586.2 E(32554): 1.6e-166
Smith-Waterman score: 7635; 100.0% identity (100.0% similar) in 1197 aa overlap (37-1233:15-1211)

         10        20        30        40        50        60      
pF1KA0 IEIENFKSYKGRQIIGPFQRFTAIIGPNGSGKSNLMDAISFVLGEKTSNLRVKTLRDLIH
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75                 MLEVSIPTPHRYVRGKSNLMDAISFVLGEKTSNLRVKTLRDLIH
                               10        20        30        40    

         70        80        90       100       110       120      
pF1KA0 GAPVGKPAANRAFVSMVYSEEGAEDRTFARVIVGGSSEYKINNKVVQLHEYSEELEKLGI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GAPVGKPAANRAFVSMVYSEEGAEDRTFARVIVGGSSEYKINNKVVQLHEYSEELEKLGI
           50        60        70        80        90       100    

        130       140       150       160       170       180      
pF1KA0 LIKARNFLVFQGAVESIAMKNPKERTALFEEISRSGELAQEYDKRKKEMVKAEEDTQFNY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LIKARNFLVFQGAVESIAMKNPKERTALFEEISRSGELAQEYDKRKKEMVKAEEDTQFNY
          110       120       130       140       150       160    

        190       200       210       220       230       240      
pF1KA0 HRKKNIAAERKEAKQEKEEADRYQRLKDEVVRAQVQLQLFKLYHNEVEIEKLNKELASKN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 HRKKNIAAERKEAKQEKEEADRYQRLKDEVVRAQVQLQLFKLYHNEVEIEKLNKELASKN
          170       180       190       200       210       220    

        250       260       270       280       290       300      
pF1KA0 KEIEKDKKRMDKVEDELKEKKKELGKMMREQQQIEKEIKEKDSELNQKRPQYIKAKENTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KEIEKDKKRMDKVEDELKEKKKELGKMMREQQQIEKEIKEKDSELNQKRPQYIKAKENTS
          230       240       250       260       270       280    

        310       320       330       340       350       360      
pF1KA0 HKIKKLEAAKKSLQNAQKHYKKRKGDMDELEKEMLSVEKARQEFEERMEEESQSQGRDLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 HKIKKLEAAKKSLQNAQKHYKKRKGDMDELEKEMLSVEKARQEFEERMEEESQSQGRDLT
          290       300       310       320       330       340    

        370       380       390       400       410       420      
pF1KA0 LEENQVKKYHRLKEEASKRAATLAQELEKFNRDQKADQDRLDLEERKKVETEAKIKQKLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LEENQVKKYHRLKEEASKRAATLAQELEKFNRDQKADQDRLDLEERKKVETEAKIKQKLR
          350       360       370       380       390       400    

        430       440       450       460       470       480      
pF1KA0 EIEENQKRIEKLEEYITTSKQSLEEQKKLEGELTEEVEMAKRRIDEINKELNQVMEQLGD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EIEENQKRIEKLEEYITTSKQSLEEQKKLEGELTEEVEMAKRRIDEINKELNQVMEQLGD
          410       420       430       440       450       460    

        490       500       510       520       530       540      
pF1KA0 ARIDRQESSRQQRKAEIMESIKRLYPGSVYGRLIDLCQPTQKKYQIAVTKVLGKNMDAII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ARIDRQESSRQQRKAEIMESIKRLYPGSVYGRLIDLCQPTQKKYQIAVTKVLGKNMDAII
          470       480       490       500       510       520    

        550       560       570       580       590       600      
pF1KA0 VDSEKTGRDCIQYIKEQRGEPETFLPLDYLEVKPTDEKLRELKGAKLVIDVIRYEPPHIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VDSEKTGRDCIQYIKEQRGEPETFLPLDYLEVKPTDEKLRELKGAKLVIDVIRYEPPHIK
          530       540       550       560       570       580    

        610       620       630       640       650       660      
pF1KA0 KALQYACGNALVCDNVEDARRIAFGGHQRHKTVALDGTLFQKSGVISGGASDLKAKARRW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KALQYACGNALVCDNVEDARRIAFGGHQRHKTVALDGTLFQKSGVISGGASDLKAKARRW
          590       600       610       620       630       640    

        670       680       690       700       710       720      
pF1KA0 DEKAVDKLKEKKERLTEELKEQMKAKRKEAELRQVQSQAHGLQMRLKYSQSDLEQTKTRH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DEKAVDKLKEKKERLTEELKEQMKAKRKEAELRQVQSQAHGLQMRLKYSQSDLEQTKTRH
          650       660       670       680       690       700    

        730       740       750       760       770       780      
pF1KA0 LALNLQEKSKLESELANFGPRINDIKRIIQSREREMKDLKEKMNQVEDEVFEEFCREIGV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LALNLQEKSKLESELANFGPRINDIKRIIQSREREMKDLKEKMNQVEDEVFEEFCREIGV
          710       720       730       740       750       760    

        790       800       810       820       830       840      
pF1KA0 RNIREFEEEKVKRQNEIAKKRLEFENQKTRLGIQLDFEKNQLKEDQDKVHMWEQTVKKDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RNIREFEEEKVKRQNEIAKKRLEFENQKTRLGIQLDFEKNQLKEDQDKVHMWEQTVKKDE
          770       780       790       800       810       820    

        850       860       870       880       890       900      
pF1KA0 NEIEKLKKEEQRHMKIIDETMAQLQDLKNQHLAKKSEVNDKNHEMEEIRKKLGGANKEMT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NEIEKLKKEEQRHMKIIDETMAQLQDLKNQHLAKKSEVNDKNHEMEEIRKKLGGANKEMT
          830       840       850       860       870       880    

        910       920       930       940       950       960      
pF1KA0 HLQKEVTAIETKLEQKRSDRHNLLQACKMQDIKLPLSKGTMDDISQEEGSSQGEDSVSGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 HLQKEVTAIETKLEQKRSDRHNLLQACKMQDIKLPLSKGTMDDISQEEGSSQGEDSVSGS
          890       900       910       920       930       940    

        970       980       990      1000      1010      1020      
pF1KA0 QRISSIYAREALIEIDYGDLCEDLKDAQAEEEIKQEMNTLQQKLNEQQSVLQRIAAPNMK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 QRISSIYAREALIEIDYGDLCEDLKDAQAEEEIKQEMNTLQQKLNEQQSVLQRIAAPNMK
          950       960       970       980       990      1000    

       1030      1040      1050      1060      1070      1080      
pF1KA0 AMEKLESVRDKFQETSDEFEAARKRAKKAKQAFEQIKKERFDRFNACFESVATNIDEIYK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 AMEKLESVRDKFQETSDEFEAARKRAKKAKQAFEQIKKERFDRFNACFESVATNIDEIYK
         1010      1020      1030      1040      1050      1060    

       1090      1100      1110      1120      1130      1140      
pF1KA0 ALSRNSSAQAFLGPENPEEPYLDGINYNCVAPGKRFRPMDNLSGGEKTVAALALLFAIHS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ALSRNSSAQAFLGPENPEEPYLDGINYNCVAPGKRFRPMDNLSGGEKTVAALALLFAIHS
         1070      1080      1090      1100      1110      1120    

       1150      1160      1170      1180      1190      1200      
pF1KA0 YKPAPFFVLDEIDAALDNTNIGKVANYIKEQSTCNFQAIVISLKEEFYTKAESLIGVYPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 YKPAPFFVLDEIDAALDNTNIGKVANYIKEQSTCNFQAIVISLKEEFYTKAESLIGVYPE
         1130      1140      1150      1160      1170      1180    

       1210      1220      1230   
pF1KA0 QGDCVISKVLTFDLTKYPDANPNPNEQ
       :::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 QGDCVISKVLTFDLTKYPDANPNPNEQ
         1190      1200      1210 

>>CCDS43027.1 SMC1B gene_id:27127|Hs108|chr22             (1235 aa)
 initn: 4457 init1: 3317 opt: 4454  Z-score: 1820.6  bits: 349.0 E(32554): 4.3e-95
Smith-Waterman score: 4454; 53.7% identity (84.1% similar) in 1225 aa overlap (1-1225:1-1221)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA0 MGFLKLIEIENFKSYKGRQIIGPFQRFTAIIGPNGSGKSNLMDAISFVLGEKTSNLRVKT
       :. :.:. .:::::..:::.::::.::: :::::::::::.:::.:::.::: .:::::.
CCDS43 MAHLELLLVENFKSWRGRQVIGPFRRFTCIIGPNGSGKSNVMDALSFVMGEKIANLRVKN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA0 LRDLIHGAPVGKPAANRAFVSMVYSEEGAEDRTFARVIVGGSSEYKINNKVVQLHEYSEE
       ...::::: .::: .. : :...: ::..:..::::.: :: ::...:...:.   :  :
CCDS43 IQELIHGAHIGKPISSSASVKIIYVEESGEEKTFARIIRGGCSEFRFNDNLVSRSVYIAE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA0 LEKLGILIKARNFLVFQGAVESIAMKNPKERTALFEEISRSGELAQEYDKRKKEMVKAEE
       :::.::..::.: :::::.::::..:.::::: .::::: ::::  ::...:... ::::
CCDS43 LEKIGIIVKAQNCLVFQGTVESISVKKPKERTQFFEEISTSGELIGEYEEKKRKLQKAEE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA0 DTQFNYHRKKNIAAERKEAKQEKEEADRYQRLKDEVVRAQVQLQLFKLYHNEVEIEKLNK
       :.:::...::::::::..:: :::::.::: : .:.   ..:::::.::::: .:. :: 
CCDS43 DAQFNFNKKKNIAAERRQAKLEKEEAERYQSLLEELKMNKIQLQLFQLYHNEKKIHLLNT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA0 ELASKNKEIEKDKKRMDKVEDELKEKKKELGKMMREQQQIEKEIKEKDSELNQKRPQYIK
       .:   :...   .. ... :. .: .::: : . :. :: :::.:  .. ::::::::::
CCDS43 KLEHVNRDLSVKRESLSHHENIVKARKKEHGMLTRQLQQTEKELKSVETLLNQKRPQYIK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA0 AKENTSHKIKKLEAAKKSLQNAQKHYKKRKGDMDELEKEMLSVEKARQEFEERMEEESQS
       :::::::..:::..::::.....:. .:.. :.  :: :. ... : . ::...:::   
CCDS43 AKENTSHHLKKLDVAKKSIKDSEKQCSKQEDDIKALETELADLDAAWRSFEKQIEEEILH
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA0 QGRDLTLEENQVKKYHRLKEEASKRAATLAQELEKFNRDQKADQDRLDLEERKKVETEAK
       . ::. :: .:. .:..:::.. :..::..:.:::.. .::.:..:: .:.:.. :....
CCDS43 KKRDIELEASQLDRYKELKEQVRKKVATMTQQLEKLQWEQKTDEERLAFEKRRHGEVQGN
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA0 IKQKLREIEENQKRIEKLEEYITTSKQSLEEQKKLEGELTEEVEMAKRRIDEINKELNQV
       .::  ..::...:::::::::  :  . :.:.:. :  :..:.: .: :..:.:.::: .
CCDS43 LKQIKEQIEDHKKRIEKLEEYTKTCMDCLKEKKQQEETLVDEIEKTKSRMSEVNEELNLI
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA0 MEQLGDARIDRQESSRQQRKAEIMESIKRLYPGSVYGRLIDLCQPTQKKYQIAVTKVLGK
         .: .: :: .:..:::..::..: .::::: ::.:::.:::.: .::::.:::::.:.
CCDS43 RSELQNAGIDTHEGKRQQKRAEVLEHLKRLYPDSVFGRLFDLCHPIHKKYQLAVTKVFGR
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA0 NMDAIIVDSEKTGRDCIQYIKEQRGEPETFLPLDYLEVKPTDEKLRELKGAKLVIDVIRY
        . ::.: :::...:::...::.:.:::::: ::::..:: .:.:::::: :.:::::. 
CCDS43 FITAIVVASEKVAKDCIRFLKEERAEPETFLALDYLDIKPINERLRELKGCKMVIDVIKT
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KA0 EPPHIKKALQYACGNALVCDNVEDARRIAFGGHQRHKTVALDGTLFQKSGVISGGASDLK
       . :..::..:..:::.:::...:.::.::..: .:.:::::::::: ::::::::.::::
CCDS43 QFPQLKKVIQFVCGNGLVCETMEEARHIALSGPERQKTVALDGTLFLKSGVISGGSSDLK
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KA0 AKARRWDEKAVDKLKEKKERLTEELKEQMKAKRKEAELRQVQSQAHGLQMRLKYSQSDLE
        ::: :::: . .:.... .  .:::  ::. :::..:.:.:.  .: : ::::::..::
CCDS43 YKARCWDEKELKNLRDRRSQKIQELKGLMKTLRKETDLKQIQTLIQGTQTRLKYSQNELE
              670       680       690       700       710       720

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pF1KA0 QTKTRHLALNLQEKSKLESELANFGPRINDIKRIIQSREREMKDLKEKMNQVEDEVFEEF
       . : .::.   ::.:.:.::: :.  .   ... :. :.:..:...::...:::..:..:
CCDS43 MIKKKHLVAFYQEQSQLQSELLNIESQCIMLSEGIKERQRRIKEFQEKIDKVEDDIFQHF
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KA0 CREIGVRNIREFEEEKVKRQNEIAKKRLEFENQKTRLGIQLDFEKNQLKEDQDKVHMWEQ
       :.::::.::::::...::::.:: .::::::.:::::..::.. ...::.  .:..  ..
CCDS43 CEEIGVENIREFENKHVKRQQEIDQKRLEFEKQKTRLNVQLEYSRSHLKKKLNKINTLKE
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KA0 TVKKDENEIEKLKKEEQRHMKIIDETMAQLQDLKNQHLAKKSEVNDKNHEMEEIRKKLGG
       :..:  ..:..::: :.  .. ..: ::. :.::. .....: ..  . ..:: :::. .
CCDS43 TIQKGSEDIDHLKKAEENCLQTVNELMAKQQQLKDIRVTQNSSAEKVQTQIEEERKKFLA
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KA0 ANKEMTHLQKEVTAIETKLEQKRSDRHNLLQACKMQDIKLPLSKGTMDDISQEEGSSQGE
       ...:. .:::::..:.:.::::: ..::::  ::.:::.. : .:..::: . : ....:
CCDS43 VDREVGKLQKEVVSIQTSLEQKRLEKHNLLLDCKVQDIEIILLSGSLDDIIEVEMGTEAE
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KA0 DSVSGSQRISSIYAREALIEIDYGDLCEDLKDAQAEEEIKQEMNTLQQKLNEQQSVLQRI
       .    .:   .:: .:  .::::..: ::::  :...::. ..  : :..  :...: . 
CCDS43 S----TQATIDIYEKEEAFEIDYSSLKEDLKALQSDQEIEAHLRLLLQQVASQEDILLKT
                  970       980       990      1000      1010      

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KA0 AAPNMKAMEKLESVRDKFQETSDEFEAARKRAKKAKQAFEQIKKERFDRFNACFESVATN
       ::::..:.:.:..:::::::..: :::.::.:.  .: :::.::.:.: :. ::: :. .
CCDS43 AAPNLRALENLKTVRDKFQESTDAFEASRKEARLCRQEFEQVKKRRYDLFTQCFEHVSIS
       1020      1030      1040      1050      1060      1070      

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KA0 IDEIYKALSRNSSAQAFLGPENPEEPYLDGINYNCVAPGKRFRPMDNLSGGEKTVAALAL
       ::.::: : ::.::::::.:::::::::.::.:::::::::: :::::::::: ::::::
CCDS43 IDQIYKKLCRNNSAQAFLSPENPEEPYLEGISYNCVAPGKRFMPMDNLSGGEKCVAALAL
       1080      1090      1100      1110      1120      1130      

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KA0 LFAIHSYKPAPFFVLDEIDAALDNTNIGKVANYIKEQSTCNFQAIVISLKEEFYTKAESL
       :::.::..:::::::::.::::::::::::..:::::.  .:: ::::::::::..:..:
CCDS43 LFAVHSFRPAPFFVLDEVDAALDNTNIGKVSSYIKEQTQDQFQMIVISLKEEFYSRADAL
       1140      1150      1160      1170      1180      1190      

             1210      1220      1230         
pF1KA0 IGVYPEQGDCVISKVLTFDLTKYPDANPNPNEQ      
       ::.:::  ::..:.:::.::..:::              
CCDS43 IGIYPEYDDCMFSRVLTLDLSQYPDTEGQESSKRHGESR
       1200      1210      1220      1230     

>>CCDS74876.1 SMC1B gene_id:27127|Hs108|chr22             (1161 aa)
 initn: 3744 init1: 3317 opt: 3741  Z-score: 1533.6  bits: 295.8 E(32554): 4.2e-79
Smith-Waterman score: 3838; 48.4% identity (78.2% similar) in 1225 aa overlap (1-1225:1-1147)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA0 MGFLKLIEIENFKSYKGRQIIGPFQRFTAIIGPNGSGKSNLMDAISFVLGEKTSNLRVKT
       :. :.:. .:::::..:::.::::.::: :::::::::::.:::.:::.::: .:::::.
CCDS74 MAHLELLLVENFKSWRGRQVIGPFRRFTCIIGPNGSGKSNVMDALSFVMGEKIANLRVKN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA0 LRDLIHGAPVGKPAANRAFVSMVYSEEGAEDRTFARVIVGGSSEYKINNKVVQLHEYSEE
       ...::::: .::: .. : :...: ::..:..::::.: :: ::...:...:.   :  :
CCDS74 IQELIHGAHIGKPISSSASVKIIYVEESGEEKTFARIIRGGCSEFRFNDNLVSRSVYIAE
               70        80        90       100       110       120

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pF1KA0 LEKLGILIKARNFLVFQGAVESIAMKNPKERTALFEEISRSGELAQEYDKRKKEMVKAEE
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CCDS74 LEKIGIIVKAQNCLVFQGTVESISVKKPKERTQFFEEISTSGELIGEYEEKKRKLQKAEE
              130       140       150       160       170       180

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pF1KA0 DTQFNYHRKKNIAAERKEAKQEKEEADRYQRLKDEVVRAQVQLQLFKLYHNEVEIEKLNK
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CCDS74 DAQFNFNKKKNIAAERRQAKLEKEEAERYQSLLEELKMNKIQLQLFQLYHNEKKIHLLNT
              190       200       210       220       230       240

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pF1KA0 ELASKNKEIEKDKKRMDKVEDELKEKKKELGKMMREQQQIEKEIKEKDSELNQKRPQYIK
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CCDS74 KLEHVNRDLSVKRESLSHHENIVKARKKEHGMLTRQLQQTEKELKSVETLLNQKRPQYIK
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pF1KA0 AKENTSHKIKKLEAAKKSLQNAQKHYKKRKGDMDELEKEMLSVEKARQEFEERMEEESQS
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CCDS74 AKENTSHHLKKLDVAKKSIKDSEKQCSKQEDDIKALETELADLDAAWRSFEKQIEEEILH
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pF1KA0 QGRDLTLEENQVKKYHRLKEEASKRAATLAQELEKFNRDQKADQDRLDLEERKKVETEAK
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CCDS74 KKRDIELEASQLDRYKELKEQVRKKVATMTQQLEKLQWEQKTDEERLAFEKRRHGEVQGN
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pF1KA0 IKQKLREIEENQKRIEKLEEYITTSKQSLEEQKKLEGELTEEVEMAKRRIDEINKELNQV
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CCDS74 LKQIKEQIEDHKKRIEKLEEYTKTCMDCLKEKKQQEETLVDEIEKTKSRMSEVNEELNLI
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pF1KA0 MEQLGDARIDRQESSRQQRKAEIMESIKRLYPGSVYGRLIDLCQPTQKKYQIAVTKVLGK
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CCDS74 RSELQNAGIDTHEGKRQQKRAEVLEHLKRLYPDSVFGRLFDLCHPIHKKYQLAVTKVFGR
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pF1KA0 NMDAIIVDSEKTGRDCIQYIKEQRGEPETFLPLDYLEVKPTDEKLRELKGAKLVIDVIRY
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CCDS74 FITAIVVASEKVAKDCIRFLKEERAEPETFLALDYLDIKPINERLRELKGCKMVIDVIKT
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pF1KA0 EPPHIKKALQYACGNALVCDNVEDARRIAFGGHQRHKTVALDGTLFQKSGVISGGASDLK
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CCDS74 QFPQLKKVIQFVCGNGLVCETMEEARHIALSGPERQKTVALDGTLFLKSGVISGGSSDLK
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pF1KA0 AKARRWDEKAVDKLKEKKERLTEELKEQMKAKRKEAELRQVQSQAHGLQMRLKYSQSDLE
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CCDS74 YKARCWDEKELKNLRDRRSQKIQELKGLMKTLRKETDLKQIQTLIQGTQTRLKYSQNELE
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pF1KA0 QTKTRHLALNLQEKSKLESELANFGPRINDIKRIIQSREREMKDLKEKMNQVEDEVFEEF
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CCDS74 MIKKKHLVAFYQEQSQLQSELLNIESQCIMLSEGIKERQRRIKEFQEKIDKVEDDIFQHF
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CCDS74 CEEIGVENIREFENKHVKRQQEIDQKRLEFEKQKTRLNVQLEYSRSHLKKKLNKINTLKE
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CCDS74 TIQKGSEDIDHLKKAEENCLQTVNELMAKQQQLKDIRVTQNSSAEKVQTQIEEERKKFLA
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CCDS74 VDREVGKLQKEVVSIQTSLEQKRLEKHNLLLDCKVQDIEIILLSGSLDDIIEVEMGTEAE
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pF1KA0 DSVSGSQRISSIYAREALIEIDYGDLCEDLKDAQAEEEIKQEMNTLQQKLNEQQSVLQRI
       .    .:   .:: .:  .::::..: ::::  :...::. ..  : :..  :...: . 
CCDS74 S----TQATIDIYEKEEAFEIDYSSLKEDLKALQSDQEIEAHLRLLLQQVASQEDILLKT
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pF1KA0 AAPNMKAMEKLESVRDKFQETSDEFEAARKRAKKAKQAFEQIKKERFDRFNACFESVATN
       ::::..:.:.:..:::::::..: :::.::.:.  .: :::.::.:.: :. ::: :. .
CCDS74 AAPNLRALENLKTVRDKFQESTDAFEASRKEARLCRQEFEQVKKRRYDLFTQCFEHVSIS
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CCDS74 IDQIYKKLCRNNSAQ---------------------------------------------
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CCDS74 -----------------------------VSSYIKEQTQDQFQMIVISLKEEFYSRADAL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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