Result of FASTA (omim) for pF1KSDA1369
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1369, 630 aa
  1>>>pF1KSDA1369 630 - 630 aa - 630 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.6151+/-0.00066; mu= -10.3937+/- 0.040
 mean_var=634.1654+/-143.823, 0's: 0 Z-trim(114.8): 48  B-trim: 1537 in 2/55
 Lambda= 0.050930
 statistics sampled from 24779 (24817) to 24779 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.643), E-opt: 0.2 (0.291), width:  16
 Scan time: 11.790

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_055228 (OMIM: 613635) eukaryotic translation in ( 630) 4138 320.5 1.1e-86
NP_001127807 (OMIM: 613635) eukaryotic translation ( 629) 4121 319.3 2.6e-86
XP_016860865 (OMIM: 226980,604032) PREDICTED: euka ( 888)  405 46.4  0.0005
NP_001300844 (OMIM: 226980,604032) eukaryotic tran ( 965)  405 46.5 0.00053
NP_004827 (OMIM: 226980,604032) eukaryotic transla (1116)  405 46.6 0.00057


>>NP_055228 (OMIM: 613635) eukaryotic translation initia  (630 aa)
 initn: 4138 init1: 4138 opt: 4138  Z-score: 1677.2  bits: 320.5 E(85289): 1.1e-86
Smith-Waterman score: 4138; 100.0% identity (100.0% similar) in 630 aa overlap (1-630:1-630)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MQGGNSGVRKREEEGDGAGAVAAPPAIDFPAEGPDPEYDESDVPAEIQVLKEPLQQPTFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MQGGNSGVRKREEEGDGAGAVAAPPAIDFPAEGPDPEYDESDVPAEIQVLKEPLQQPTFP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD FAVANQLLLVSLLEHLSHVHEPNPLRSRQVFKLLCQTFIKMGLLSSFTCSDEFSSLRLHH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 FAVANQLLLVSLLEHLSHVHEPNPLRSRQVFKLLCQTFIKMGLLSSFTCSDEFSSLRLHH
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD NRAITHLMRSAKERVRQDPCEDISRIQKIRSREVALEAQTSRYLNEFEELAILGKGGYGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NRAITHLMRSAKERVRQDPCEDISRIQKIRSREVALEAQTSRYLNEFEELAILGKGGYGR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD VYKVRNKLDGQYYAIKKILIKGATKTVCMKVLREVKVLAGLQHPNIVGYHTAWIEHVHVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VYKVRNKLDGQYYAIKKILIKGATKTVCMKVLREVKVLAGLQHPNIVGYHTAWIEHVHVI
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD QPRADRAAIELPSLEVLSDQEEDREQCGVKNDESSSSSIIFAEPTPEKEKRFGESDTENQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 QPRADRAAIELPSLEVLSDQEEDREQCGVKNDESSSSSIIFAEPTPEKEKRFGESDTENQ
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD NNKSVKYTTNLVIRESGELESTLELQENGLAGLSASSIVEQQLPLRRNSHLEESFTSTEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NNKSVKYTTNLVIRESGELESTLELQENGLAGLSASSIVEQQLPLRRNSHLEESFTSTEE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD SSEENVNFLGQTEAQYHLMLHIQMQLCELSLWDWIVERNKRGREYVDESACPYVMANVAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SSEENVNFLGQTEAQYHLMLHIQMQLCELSLWDWIVERNKRGREYVDESACPYVMANVAT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD KIFQELVEGVFYIHNMGIVHRDLKPRNIFLHGPDQQVKIGDFGLACTDILQKNTDWTNRN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KIFQELVEGVFYIHNMGIVHRDLKPRNIFLHGPDQQVKIGDFGLACTDILQKNTDWTNRN
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD GKRTPTHTSRVGTCLYASPEQLEGSEYDAKSDMYSLGVVLLELFQPFGTEMERAEVLTGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GKRTPTHTSRVGTCLYASPEQLEGSEYDAKSDMYSLGVVLLELFQPFGTEMERAEVLTGL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD RTGQLPESLRKRCPVQAKYIQHLTRRNSSQRPSAIQLLQSELFQNSGNVNLTLQMKIIEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RTGQLPESLRKRCPVQAKYIQHLTRRNSSQRPSAIQLLQSELFQNSGNVNLTLQMKIIEQ
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630
pF1KSD EKEIAELKKQLNLLSQDKGVRDDGKDGGVG
       ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 EKEIAELKKQLNLLSQDKGVRDDGKDGGVG
              610       620       630

>>NP_001127807 (OMIM: 613635) eukaryotic translation ini  (629 aa)
 initn: 4119 init1: 2519 opt: 4121  Z-score: 1670.5  bits: 319.3 E(85289): 2.6e-86
Smith-Waterman score: 4121; 99.8% identity (99.8% similar) in 630 aa overlap (1-630:1-629)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MQGGNSGVRKREEEGDGAGAVAAPPAIDFPAEGPDPEYDESDVPAEIQVLKEPLQQPTFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MQGGNSGVRKREEEGDGAGAVAAPPAIDFPAEGPDPEYDESDVPAEIQVLKEPLQQPTFP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD FAVANQLLLVSLLEHLSHVHEPNPLRSRQVFKLLCQTFIKMGLLSSFTCSDEFSSLRLHH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FAVANQLLLVSLLEHLSHVHEPNPLRSRQVFKLLCQTFIKMGLLSSFTCSDEFSSLRLHH
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD NRAITHLMRSAKERVRQDPCEDISRIQKIRSREVALEAQTSRYLNEFEELAILGKGGYGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NRAITHLMRSAKERVRQDPCEDISRIQKIRSREVALEAQTSRYLNEFEELAILGKGGYGR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD VYKVRNKLDGQYYAIKKILIKGATKTVCMKVLREVKVLAGLQHPNIVGYHTAWIEHVHVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VYKVRNKLDGQYYAIKKILIKGATKTVCMKVLREVKVLAGLQHPNIVGYHTAWIEHVHVI
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD QPRADRAAIELPSLEVLSDQEEDREQCGVKNDESSSSSIIFAEPTPEKEKRFGESDTENQ
       ::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QPR-DRAAIELPSLEVLSDQEEDREQCGVKNDESSSSSIIFAEPTPEKEKRFGESDTENQ
               250       260       270       280       290         

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD NNKSVKYTTNLVIRESGELESTLELQENGLAGLSASSIVEQQLPLRRNSHLEESFTSTEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NNKSVKYTTNLVIRESGELESTLELQENGLAGLSASSIVEQQLPLRRNSHLEESFTSTEE
     300       310       320       330       340       350         

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD SSEENVNFLGQTEAQYHLMLHIQMQLCELSLWDWIVERNKRGREYVDESACPYVMANVAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSEENVNFLGQTEAQYHLMLHIQMQLCELSLWDWIVERNKRGREYVDESACPYVMANVAT
     360       370       380       390       400       410         

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD KIFQELVEGVFYIHNMGIVHRDLKPRNIFLHGPDQQVKIGDFGLACTDILQKNTDWTNRN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KIFQELVEGVFYIHNMGIVHRDLKPRNIFLHGPDQQVKIGDFGLACTDILQKNTDWTNRN
     420       430       440       450       460       470         

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD GKRTPTHTSRVGTCLYASPEQLEGSEYDAKSDMYSLGVVLLELFQPFGTEMERAEVLTGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GKRTPTHTSRVGTCLYASPEQLEGSEYDAKSDMYSLGVVLLELFQPFGTEMERAEVLTGL
     480       490       500       510       520       530         

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD RTGQLPESLRKRCPVQAKYIQHLTRRNSSQRPSAIQLLQSELFQNSGNVNLTLQMKIIEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RTGQLPESLRKRCPVQAKYIQHLTRRNSSQRPSAIQLLQSELFQNSGNVNLTLQMKIIEQ
     540       550       560       570       580       590         

              610       620       630
pF1KSD EKEIAELKKQLNLLSQDKGVRDDGKDGGVG
       ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EKEIAELKKQLNLLSQDKGVRDDGKDGGVG
     600       610       620         

>>XP_016860865 (OMIM: 226980,604032) PREDICTED: eukaryot  (888 aa)
 initn: 661 init1: 294 opt: 405  Z-score: 193.3  bits: 46.4 E(85289): 0.0005
Smith-Waterman score: 578; 27.9% identity (55.5% similar) in 598 aa overlap (83-585:275-851)

             60        70        80        90          100         
pF1KSD PLQQPTFPFAVANQLLLVSLLEHLSHVHEPNPLRSRQVFK---LLCQTFIKMGLLSSFTC
                                     ::  .... :   .:   . :  . . . :
XP_016 QYPYDNGYYLPYYKRERNKRSTQITVRFLDNPHYNKNIRKKDPVLLLHWWKEIVATILFC
          250       260       270       280       290       300    

       110       120       130       140       150              160
pF1KSD --SDEFSSLRLHHNRAITHLMRSAKERVRQDPCEDISRIQKIRSR-------EVALEAQT
         .  :   :: :     :  :. ::   :  :.  .. ... ..       ..   .  
XP_016 IIATTFIVRRLFH----PHPHRQRKESETQ--CQTENKYDSVSGEANDSSWNDIKNSGYI
          310           320       330         340       350        

              170       180       190       200       210       220
pF1KSD SRYLNEFEELAILGKGGYGRVYKVRNKLDGQYYAIKKILIKGATKTVCMKVLREVKVLAG
       ::::..:: .  ::.::.: :....::.:   ::::.: . .  . .  ::.::::.:: 
XP_016 SRYLTDFEPIQCLGRGGFGVVFEAKNKVDDCNYAIKRIRLPN-RELAREKVMREVKALAK
      360       370       380       390       400        410       

              230               240               250              
pF1KSD LQHPNIVGYHTAWIE--------HVHVIQ--------PRADRAAIELPS-----------
       :.::.:: : .::.:        ..  :         : .. . .. ::           
XP_016 LEHPGIVRYFNAWLEAPPEKWQEKMDEIWLKDESTDWPLSSPSPMDAPSVKIRRMDPFAT
       420       430       440       450       460       470       

                260       270       280         290                
pF1KSD ---LEVL--SDQEEDREQCGVKNDESSSSSIIFA--EPTPEKEKRFGES-----------
          .:..  : :.    . :.. :..:::   :.  : .   .. ..::           
XP_016 KEHIEIIAPSPQRSRSFSVGISCDQTSSSESQFSPLEFSGMDHEDISESVDAAYNLQDSC
       480       490       500       510       520       530       

                   300       310          320       330       340  
pF1KSD ----DTE------NQNNKSVKYTTNLV---IRESGELESTLELQENGLAGLSASSIVEQQ
           :.:      :....: .   . .   .:   .  :.. ....:    .:::  : .
XP_016 LTDCDVEDGTMDGNDEGHSFELCPSEASPYVRSRERTSSSIVFEDSGCD--NASSKEEPK
       540       550       560       570       580         590     

             350            360                370                 
pF1KSD LP-LRRNSHLEESFT-----STEESSEENVNF---------LGQTE--------AQYHLM
          :. ..:  ...:     :.. ::: ....         :  :.        .. ...
XP_016 TNRLHIGNHCANKLTAFKPTSSKSSSEATLSISPPRPTTLSLDLTKNTTEKLQPSSPKVY
         600       610       620       630       640       650     

     380        390       400       410       420       430        
pF1KSD LHIQMQLC-ELSLWDWIVERNKRGREYVDESACPYVMANVATKIFQELVEGVFYIHNMGI
       :.:::::: . .: ::.      ::  ..:        .:  .:: ...:.: ..:. :.
XP_016 LYIQMQLCRKENLKDWM-----NGRCTIEERE-----RSVCLHIFLQIAEAVEFLHSKGL
         660       670            680            690       700     

      440       450       460       470       480        490       
pF1KSD VHRDLKPRNIFLHGPDQQVKIGDFGLACTDILQKNTDWTNRNGKRT-PTHTSRVGTCLYA
       .:::::: :::.   :. ::.:::::. : . : . . :  .   .   ::..::: :: 
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pF1KSD SPEQLEGSEYDAKSDMYSLGVVLLELFQPFGTEMERAEVLTGLRTGQLPESLRKRCPVQA
       ::::..:. :. : :..:::..:.::. ::.:.:::...:: .:. ..:  . .. : . 
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pF1KSD KYIQHLTRRNSSQRPSAIQLLQSELFQNSGNVNLTLQMKIIEQEKEIAELKKQLNLLSQD
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          :. ..:  ...:     :.. ::: ....         :  :.        .. ...
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NP_001 VMVQDMLSPSPMERPEAINIIENAVFEDLDFPGKTVLRQRSRSLSSSGTKHSRQSNNSHS
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pF1KSD PLQQPTFPFAVANQLLLVSLLEHLSHVHEPNPLRSRQVFK---LLCQTFIKMGLLSSFTC
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pF1KSD --SDEFSSLRLHHNRAITHLMRSAKERVRQDPCEDISRIQKIRSR-------EVALEAQT
         .  :   :: :     :  :. ::   :  :.  .. ... ..       ..   .  
NP_004 IIATTFIVRRLFH----PHPHRQRKESETQ--CQTENKYDSVSGEANDSSWNDIKNSGYI
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pF1KSD SRYLNEFEELAILGKGGYGRVYKVRNKLDGQYYAIKKILIKGATKTVCMKVLREVKVLAG
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pF1KSD LQHPNIVGYHTAWIE--------HVHVIQ--------PRADRAAIELPS-----------
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pF1KSD ----DTE------NQNNKSVKYTTNLV---IRESGELESTLELQENGLAGLSASSIVEQQ
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NP_004 LTDCDVEDGTMDGNDEGHSFELCPSEASPYVRSRERTSSSIVFEDSGCD--NASSKEEPK
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pF1KSD LP-LRRNSHLEESFT-----STEESSEENVNF---------LGQTE--------AQYHLM
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NP_004 TNRLHIGNHCANKLTAFKPTSSKSSSEATLSISPPRPTTLSLDLTKNTTEKLQPSSPKVY
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pF1KSD LHIQMQLC-ELSLWDWIVERNKRGREYVDESACPYVMANVATKIFQELVEGVFYIHNMGI
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NP_004 LYIQMQLCRKENLKDWM-----NGRCTIEERE-----RSVCLHIFLQIAEAVEFLHSKGL
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pF1KSD VHRDLKPRNIFLHGPDQQVKIGDFGLACTDILQKNTDWTNRNGKRT-PTHTSRVGTCLYA
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NP_004 MHRDLKPSNIFFTM-DDVVKVGDFGLV-TAMDQDEEEQTVLTPMPAYARHTGQVGTKLYM
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pF1KSD SPEQLEGSEYDAKSDMYSLGVVLLELFQPFGTEMERAEVLTGLRTGQLPESLRKRCPVQA
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NP_004 SPEQIHGNSYSHKVDIFSLGLILFELLYPFSTQMERVRTLTDVRNLKFPPLFTQKYPCEY
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pF1KSD KYIQHLTRRNSSQRPSAIQLLQSELFQNSGNVNLTLQMKIIEQEKEIAELKKQLNLLSQD
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NP_004 VMVQDMLSPSPMERPEAINIIENAVFEDLDFPGKTVLRQRSRSLSSSGTKHSRQSNNSHS
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630 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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