Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA1350
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1350, 878 aa
  1>>>pF1KSDA1350 878 - 878 aa - 878 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4914+/-0.000938; mu= 10.6134+/- 0.057
 mean_var=115.7560+/-22.747, 0's: 0 Z-trim(108.3): 19  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.119207
 statistics sampled from 10130 (10139) to 10130 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.665), E-opt: 0.2 (0.311), width:  16
 Scan time:  4.020

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS43265.1 USP53 gene_id:54532|Hs108|chr4         (1073) 5970 1038.3       0
CCDS7329.2 USP54 gene_id:159195|Hs108|chr10        (1684)  784 146.4   4e-34


>>CCDS43265.1 USP53 gene_id:54532|Hs108|chr4              (1073 aa)
 initn: 5970 init1: 5970 opt: 5970  Z-score: 5549.5  bits: 1038.3 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5970; 99.9% identity (99.9% similar) in 878 aa overlap (1-878:196-1073)

                                             10        20        30
pF1KSD                               MLERHERFKPEMFAELLQAANTTDDYRKCP
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RSCGASSDPLPFTEFVRYISTTALCNEVERMLERHERFKPEMFAELLQAANTTDDYRKCP
         170       180       190       200       210       220     

               40        50        60        70        80        90
pF1KSD SNCGQKIKIRRVLMNCPEIVTIGLVWDSEHSDLTEAVVRNLATHLYLPGLFYRVTDENAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SNCGQKIKIRRVLMNCPEIVTIGLVWDSEHSDLTEAVVRNLATHLYLPGLFYRVTDENAK
         230       240       250       260       270       280     

              100       110       120       130       140       150
pF1KSD NSELNLVGMICYTSQHYCAFAFHTKSSKWVFFDDANVKEIGTRWKDVVSKCIRCHFQPLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NSELNLVGMICYTSQHYCAFAFHTKSSKWVFFDDANVKEIGTRWKDVVSKCIRCHFQPLL
         290       300       310       320       330       340     

              160       170       180       190       200       210
pF1KSD LFYANPDGTAVSTEDALRQVISWSHYKSVAENMGCEKPVIHKSDNLKENGFGDQAKQREN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LFYANPDGTAVSTEDALRQVISWSHYKSVAENMGCEKPVIHKSDNLKENGFGDQAKQREN
         350       360       370       380       390       400     

              220       230       240       250       260       270
pF1KSD QKFPTDNISSSNRSHSHTGVGKGPAKLSHIDQREKIKDISRECALKAIEQKNLLSSQRKD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 QKFPTDNISSSNRSHSHTGVGKGPAKLSHIDQREKIKDISRECALKAIEQKNLLSSQRKD
         410       420       430       440       450       460     

              280       290       300       310       320       330
pF1KSD LEKGQRKDLGRHRDLVDEDLSHFQSGSPPAPNGFKQHGNPHLYHSQGKGSYKHDRVVPQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LEKGQRKDLGRHRDLVDEDLSHFQSGSPPAPNGFKQHGNPHLYHSQGKGSYKHDRVVPQS
         470       480       490       500       510       520     

              340       350       360       370       380       390
pF1KSD RASAQIISSSKSQILAPGEKITGKVKSDNGTGYDTDSSQDSRDRGNSCDSSSKSRNRGWK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RASAQIISSSKSQILAPGEKITGKVKSDNGTGYDTDSSQDSRDRGNSCDSSSKSRNRGWK
         530       540       550       560       570       580     

              400       410       420       430       440       450
pF1KSD PMRETLNVDSIFSESEKRQHSPRHKPNISNKPKSSKDPSFSNWPKENPKQKGLMTIYEDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 PMRETLNVDSIFSESEKRQHSPRHKPNISNKPKSSKDPSFSNWPKENPKQKGLMTIYEDE
         590       600       610       620       630       640     

              460       470       480       490       500       510
pF1KSD MKQEIGSRSSLESNGKGAEKNKGLVEGKVHGDNWQMQRTESGYESSDHISNGSTNLDSPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MKQEIGSRSSLESNGKGAEKNKGLVEGKVHGDNWQMQRTESGYESSDHISNGSTNLDSPV
         650       660       670       680       690       700     

              520       530       540       550       560       570
pF1KSD IDGNGTVMDISGVKETVCFSDQITTSNLNKERGDCTSLQSQHHLEGFRKELRNLEAGYKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 IDGNGTVMDISGVKETVCFSDQITTSNLNKERGDCTSLQSQHHLEGFRKELRNLEAGYKS
         710       720       730       740       750       760     

              580       590       600       610       620       630
pF1KSD HEFHPESHLQIKNHLIKRSHVHEDNGKLFPSSSLQIPKDHNAREHIHQSDEQKLEKPNEC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 HEFHPESHLQIKNHLIKRSHVHEDNGKLFPSSSLQIPKDHNAREHIHQSDEQKLEKPNEC
         770       780       790       800       810       820     

              640       650       660       670       680       690
pF1KSD KFSEWLNIENSERTGLPFHVDNSASGKRVNSNEPSSLWSSHLRTVGLKPETAPLIQQQNI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 KFSEWLNIENSERTGLPFHVDNSASGKRVNSNEPSSLWSSHLRTVGLKPETAPLIQQQNI
         830       840       850       860       870       880     

              700       710       720       730       740       750
pF1KSD MDQCYFENSLSTECIIRSASRSDGCQMPKLFCQNLPPPLPPKKYAITSVPQSEKSESTPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MDQCYFENSLSTECIIRSASRSDGCQMPKLFCQNLPPPLPPKKYAITSVPQSEKSESTPD
         890       900       910       920       930       940     

              760       770       780       790       800       810
pF1KSD VKLTEVFKATSHLPKHRLSTASEPSLEVSTHMNDERHKETFQVRECFGNTPNCPSSSSTN
       :::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VKLTEVFKATSHLPKHSLSTASEPSLEVSTHMNDERHKETFQVRECFGNTPNCPSSSSTN
         950       960       970       980       990      1000     

              820       830       840       850       860       870
pF1KSD DFQANSGAIDAFCQPELDSISTCPNETVSLTTYFSVDSCMTDTYRLKYHQRPKLSFPESS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 DFQANSGAIDAFCQPELDSISTCPNETVSLTTYFSVDSCMTDTYRLKYHQRPKLSFPESS
        1010      1020      1030      1040      1050      1060     

               
pF1KSD GFCNNSLS
       ::::::::
CCDS43 GFCNNSLS
        1070   

>>CCDS7329.2 USP54 gene_id:159195|Hs108|chr10             (1684 aa)
 initn: 956 init1: 762 opt: 784  Z-score: 726.2  bits: 146.4 E(32554): 4e-34
Smith-Waterman score: 922; 29.2% identity (57.7% similar) in 885 aa overlap (1-834:197-1037)

                                             10        20        30
pF1KSD                               MLERHERFKPEMFAELLQAANTTDDYRKCP
                                     ::::.:. .: ::.:::: :.:  : :.::
CCDS73 TSCGATSDPLPFIQMVHYISTTSLCNQAICMLERREKPSPSMFGELLQNASTMGDLRNCP
        170       180       190       200       210       220      

               40        50        60        70        80        90
pF1KSD SNCGQKIKIRRVLMNCPEIVTIGLVWDSEHSDLTEAVVRNLATHLYLPGLFYRVTDENAK
       ::::..:.::::::: :.:.::::::::.::::.: :...:.: : :  ::.::::. ::
CCDS73 SNCGERIRIRRVLMNAPQIITIGLVWDSDHSDLAEDVIHSLGTCLKLGDLFFRVTDDRAK
        230       240       250       260       270       280      

              100       110       120       130       140       150
pF1KSD NSELNLVGMICYTSQHYCAFAFHTKSSKWVFFDDANVKEIGTRWKDVVSKCIRCHFQPLL
       .::: ::::::: ..:: .: :.::  ::..::::.::::: .:::::.:::. :.::::
CCDS73 QSELYLVGMICYYGKHYSTFFFQTKIRKWMYFDDAHVKEIGPKWKDVVTKCIKGHYQPLL
        290       300       310       320       330       340      

              160       170         180       190       200        
pF1KSD LFYANPDGTAVSTEDALRQVISWSHYKSV--AENMGCEKPVIHKSDNLKENGFGDQAKQR
       :.::.:.:: :::.:   :.   :. ..   .:. : : : : .::.  ...  .   ..
CCDS73 LLYADPQGTPVSTQDLPPQAEFQSYSRTCYDSEDSGRE-PSI-SSDTRTDSSTESYPYKH
        350       360       370       380         390       400    

      210       220       230       240       250       260        
pF1KSD ENQKFPTDNISSSNRSHSHTGVGKGPAKLSHIDQREKIKDISRECALKAIEQKNLLSSQR
        ...  ....::....    .: .   . :   .:.  .  . ::  :   .:. :    
CCDS73 SHHESVVSHFSSDSQGTVIYNVENDSMSQS---SRDTGHLTDSECNQKHTSKKGSL----
          410       420       430          440       450           

      270       280       290       300       310       320        
pF1KSD KDLEKGQRKDLGRHRDLVDEDLSHFQSGSPPAPNGFKQHGNPHLYHSQGKGSYKHDRVVP
         .:.  ... :: :   ::  .   ::     . .:..  :.   . .: : . .:.  
CCDS73 --IER--KRSSGRVRRKGDEPQA---SGYHSEGETLKEKQAPR---NASKPSSSTNRLRD
         460         470          480       490          500       

      330       340       350       360       370                  
pF1KSD QSRASAQIISSSKSQILAPGEKITGKVKSDNGTGYDTDSSQD----SRD-----RGNSCD
        ... ...: .  :  ::   .. .. .. .:   :    .     :::      ..   
CCDS73 FKETVSNMIHNRPS--LASQTNVGSHCRGRGGDQPDKKPPRTLPLHSRDWEIESTSSESK
       510       520         530       540       550       560     

     380        390       400       410                    420     
pF1KSD SSSKSRNRG-WKPMRETLNVDSIFSESEKRQH------SPRHK-------PNISNKPKS-
       :::.:. :  :.: ::.::.:::::. .::.:      ::  .       :.  .:: : 
CCDS73 SSSSSKYRPTWRPKRESLNIDSIFSK-DKRKHCGYTQLSPFSEDSAKEFIPDEPSKPPSY
         570       580       590        600       610       620    

               430       440       450       460       470         
pF1KSD -----SKDPSFSNWPKENPKQKGLMTIYEDEMKQEIGSRSSLESNGKGAEKNKGLVEGKV
            . .:... :    : .. :    .  ...: : .:: ..... .  . .: :.. 
CCDS73 DIKFGGPSPQYKRWGPARPGSHLLEQHPRLIQRMESGYESSERNSSSPVSLDAALPESSN
          630       640       650       660       670       680    

     480       490       500       510       520       530         
pF1KSD HGDNWQMQRTESGYESSDHISNGSTNLDSPVIDGNGTVMDISGVKETVCFS-DQITTSNL
          . . .:. .   :  :: .. .   : ... ..:. ...:  ..  :: ..:.... 
CCDS73 VYRDPSAKRSAGLVPSWRHIPKSHS---SSILEVDSTA-SMGGWTKSQPFSGEEISSKSE
          690       700          710        720       730       740

      540       550       560         570         580         590  
pF1KSD NKERGDCTSLQSQHHLEGFRKELRNLEA--GYKSH--EFHPESHLQIKNHL--IKRSHVH
         :  . .. ..:.. :  ::. ..:::  :.. :  .:   ..:: ...   ..:: ..
CCDS73 LDELQEEVARRAQEQ-ELRRKREKELEAAKGFNPHPSRFMDLDELQNQGRSDGFERS-LQ
              750        760       770       780       790         

            600       610       620          630             640   
pF1KSD EDNGKLFPSSSLQIPKDHNAREHIHQSDEQKLE---KPNECK------FSEWLNIENSER
       : .. .  :  :.   :  :   . .   .::.   .   :.       .. :.:   . 
CCDS73 EAESVFEESLHLEQKGDCAAALALCNEAISKLRLALHGASCSTHSRALVDKKLQISIRKA
      800       810       820       830       840       850        

           650       660       670       680       690       700   
pF1KSD TGLPFHVDNSASGKRVNSNEPSSLWSSHLRTVGLKPETAPLIQQQNIMDQCYFENSLSTE
        .:  ..... : ..   ..::.   ..  :..      :.  :  . ..  .:....::
CCDS73 RSLQDRMQQQQSPQQ--PSQPSACLPTQAGTLSQPTSEQPIPLQVLLSQEAQLESGMDTE
      860       870         880       890       900       910      

           710       720       730       740       750       760   
pF1KSD CIIRSASRSDGCQMPKLFCQNLPPPLPPKKYAITSVPQSEKSESTPDVKLTEVFKATSHL
           :  .: .       :..    : :.    .:.:: ..: :   .::    .. .  
CCDS73 FGASSFFHSPAS------CHESHSSLSPE----SSAPQ-HSSPSRSALKLLTSVEVDNIE
        920             930           940        950       960     

             770       780       790       800       810           
pF1KSD PK--HRLSTASEPSLEVSTHMNDERHKETFQVRECFGNTPNCPSSSSTN-DFQANSG-AI
       :.  :: .  . :.    :. :...  : ... :   .   : .:: ..   : . : : 
CCDS73 PSAFHRQGLPKAPGW---TEKNSHHSWEPLDAPEGKLQGSRCDNSSCSKLPPQEGRGIAQ
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