Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA1260
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1260, 816 aa
  1>>>pF1KSDA1260 816 - 816 aa - 816 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0531+/-0.000894; mu= 17.4453+/- 0.054
 mean_var=83.6086+/-16.456, 0's: 0 Z-trim(106.5): 45  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.140265
 statistics sampled from 9003 (9044) to 9003 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.636), E-opt: 0.2 (0.278), width:  16
 Scan time:  3.500

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS14126.1 NLGN4X gene_id:57502|Hs108|chrX        ( 816) 5575 1138.4       0
CCDS14788.1 NLGN4Y gene_id:22829|Hs108|chrY        ( 816) 5457 1114.6       0
CCDS56619.1 NLGN4Y gene_id:22829|Hs108|chrY        ( 648) 4376 895.8       0
CCDS55442.1 NLGN3 gene_id:54413|Hs108|chrX         ( 808) 4138 847.6       0
CCDS14407.1 NLGN3 gene_id:54413|Hs108|chrX         ( 828) 3538 726.2 5.3e-209
CCDS55441.1 NLGN3 gene_id:54413|Hs108|chrX         ( 848) 3538 726.2 5.4e-209
CCDS11103.1 NLGN2 gene_id:57555|Hs108|chr17        ( 835) 2751 567.0 4.7e-161
CCDS3222.1 NLGN1 gene_id:22871|Hs108|chr3          ( 823) 2134 442.1 1.8e-123
CCDS55553.1 NLGN4Y gene_id:22829|Hs108|chrY        ( 256) 1017 215.8 7.3e-56
CCDS3198.1 BCHE gene_id:590|Hs108|chr3             ( 602)  942 200.8 5.6e-51
CCDS43896.1 CEL gene_id:1056|Hs108|chr9            ( 756)  912 194.8 4.5e-49
CCDS54022.1 CES3 gene_id:23491|Hs108|chr16         ( 568)  838 179.8 1.1e-44
CCDS10826.1 CES3 gene_id:23491|Hs108|chr16         ( 571)  830 178.2 3.5e-44
CCDS10825.1 CES2 gene_id:8824|Hs108|chr16          ( 623)  785 169.1 2.1e-41
CCDS45507.1 CES2 gene_id:8824|Hs108|chr16          ( 607)  735 159.0 2.3e-38
CCDS45490.1 CES5A gene_id:221223|Hs108|chr16       ( 575)  719 155.7 2.1e-37
CCDS54012.1 CES5A gene_id:221223|Hs108|chr16       ( 604)  719 155.7 2.1e-37
CCDS45488.1 CES1 gene_id:1066|Hs108|chr16          ( 567)  654 142.5 1.8e-33
CCDS32450.1 CES1 gene_id:1066|Hs108|chr16          ( 568)  654 142.5 1.9e-33
CCDS45489.1 CES1 gene_id:1066|Hs108|chr16          ( 566)  643 140.3 8.6e-33
CCDS10755.1 CES5A gene_id:221223|Hs108|chr16       ( 525)  623 136.3 1.3e-31
CCDS5709.1 ACHE gene_id:43|Hs108|chr7              ( 614)  622 136.1 1.8e-31
CCDS5710.1 ACHE gene_id:43|Hs108|chr7              ( 617)  622 136.1 1.8e-31
CCDS34944.1 TG gene_id:7038|Hs108|chr8             (2768)  607 133.4 5.2e-30
CCDS54024.1 CES4A gene_id:283848|Hs108|chr16       ( 463)  577 126.9 7.6e-29
CCDS42174.3 CES4A gene_id:283848|Hs108|chr16       ( 468)  549 121.3 3.9e-27
CCDS54025.1 CES4A gene_id:283848|Hs108|chr16       ( 374)  525 116.4 9.4e-26
CCDS64736.1 ACHE gene_id:43|Hs108|chr7             ( 526)  484 108.1 3.9e-23


>>CCDS14126.1 NLGN4X gene_id:57502|Hs108|chrX             (816 aa)
 initn: 5575 init1: 5575 opt: 5575  Z-score: 6093.6  bits: 1138.4 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5575; 100.0% identity (100.0% similar) in 816 aa overlap (1-816:1-816)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSRPQGLLWLPLLFTPVCVMLNSNVLLWLTALAIKFTLIDSQAQYPVVNTNYGKIRGLRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MSRPQGLLWLPLLFTPVCVMLNSNVLLWLTALAIKFTLIDSQAQYPVVNTNYGKIRGLRT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PLPNEILGPVEQYLGVPYASPPTGERRFQPPEPPSSWTGIRNTTQFAAVCPQHLDERSLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PLPNEILGPVEQYLGVPYASPPTGERRFQPPEPPSSWTGIRNTTQFAAVCPQHLDERSLL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD HDMLPIWFTANLDTLMTYVQDQNEDCLYLNIYVPTEDDIHDQNSKKPVMVYIHGGSYMEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 HDMLPIWFTANLDTLMTYVQDQNEDCLYLNIYVPTEDDIHDQNSKKPVMVYIHGGSYMEG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD TGNMIDGSILASYGNVIVITINYRLGILGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWIEENVGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TGNMIDGSILASYGNVIVITINYRLGILGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWIEENVGA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD FGGDPKRVTIFGSGAGASCVSLLTLSHYSEGLFQKAIIQSGTALSSWAVNYQPAKYTRIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 FGGDPKRVTIFGSGAGASCVSLLTLSHYSEGLFQKAIIQSGTALSSWAVNYQPAKYTRIL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD ADKVGCNMLDTTDMVECLRNKNYKELIQQTITPATYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ADKVGCNMLDTTDMVECLRNKNYKELIQQTITPATYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQG
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD EFLNYDIMLGVNQGEGLKFVDGIVDNEDGVTPNDFDFSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 EFLNYDIMLGVNQGEGLKFVDGIVDNEDGVTPNDFDFSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETI
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD KFMYTDWADKENPETRRKTLVALFTDHQWVAPAVATADLHAQYGSPTYFYAFYHHCQSEM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KFMYTDWADKENPETRRKTLVALFTDHQWVAPAVATADLHAQYGSPTYFYAFYHHCQSEM
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD KPSWADSAHGDEVPYVFGIPMIGPTELFSCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KPSWADSAHGDEVPYVFGIPMIGPTELFSCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPV
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD PQDTKFIHTKPNRFEEVAWSKYNPKDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWLELVPHLHNL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PQDTKFIHTKPNRFEEVAWSKYNPKDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWLELVPHLHNL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD NEIFQYVSTTTKVPPPDMTSFPYGTRRSPAKIWPTTKRPAITPANNPKHSKDPHKTGPED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NEIFQYVSTTTKVPPPDMTSFPYGTRRSPAKIWPTTKRPAITPANNPKHSKDPHKTGPED
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD TTVLIETKRDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHETHRRPSPQRNTTND
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TTVLIETKRDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHETHRRPSPQRNTTND
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD IAHIQNEEIMSLQMKQLEHDHECESLQAHDTLRLTCPPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTIT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 IAHIQNEEIMSLQMKQLEHDHECESLQAHDTLRLTCPPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTIT
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810      
pF1KSD MIPNTLTGMQPLHTFNTFSGGQNSTNLPHGHSTTRV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MIPNTLTGMQPLHTFNTFSGGQNSTNLPHGHSTTRV
              790       800       810      

>>CCDS14788.1 NLGN4Y gene_id:22829|Hs108|chrY             (816 aa)
 initn: 5457 init1: 5457 opt: 5457  Z-score: 5964.5  bits: 1114.6 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5457; 97.7% identity (99.3% similar) in 816 aa overlap (1-816:1-816)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSRPQGLLWLPLLFTPVCVMLNSNVLLWLTALAIKFTLIDSQAQYPVVNTNYGKIRGLRT
       : ::::::::::::: ::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.::::
CCDS14 MLRPQGLLWLPLLFTSVCVMLNSNVLLWITALAIKFTLIDSQAQYPVVNTNYGKIQGLRT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PLPNEILGPVEQYLGVPYASPPTGERRFQPPEPPSSWTGIRNTTQFAAVCPQHLDERSLL
       :::.:::::::::::::::::::::::::::: :::::::::.:::.:::::::::: ::
CCDS14 PLPSEILGPVEQYLGVPYASPPTGERRFQPPESPSSWTGIRNATQFSAVCPQHLDERFLL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD HDMLPIWFTANLDTLMTYVQDQNEDCLYLNIYVPTEDDIHDQNSKKPVMVYIHGGSYMEG
       :::::::::..::::::::::::::::::::::: :::::.:::::::::::::::::::
CCDS14 HDMLPIWFTTSLDTLMTYVQDQNEDCLYLNIYVPMEDDIHEQNSKKPVMVYIHGGSYMEG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD TGNMIDGSILASYGNVIVITINYRLGILGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWIEENVGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TGNMIDGSILASYGNVIVITINYRLGILGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWIEENVGA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD FGGDPKRVTIFGSGAGASCVSLLTLSHYSEGLFQKAIIQSGTALSSWAVNYQPAKYTRIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 FGGDPKRVTIFGSGAGASCVSLLTLSHYSEGLFQKAIIQSGTALSSWAVNYQPAKYTRIL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD ADKVGCNMLDTTDMVECLRNKNYKELIQQTITPATYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQG
       ::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ADKVGCNMLDTTDMVECLKNKNYKELIQQTITPATYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQG
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD EFLNYDIMLGVNQGEGLKFVDGIVDNEDGVTPNDFDFSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 EFLNYDIMLGVNQGEGLKFVDGIVDNEDGVTPNDFDFSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETI
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD KFMYTDWADKENPETRRKTLVALFTDHQWVAPAVATADLHAQYGSPTYFYAFYHHCQSEM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KFMYTDWADKENPETRRKTLVALFTDHQWVAPAVATADLHAQYGSPTYFYAFYHHCQSEM
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD KPSWADSAHGDEVPYVFGIPMIGPTELFSCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KPSWADSAHGDEVPYVFGIPMIGPTELFSCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPV
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD PQDTKFIHTKPNRFEEVAWSKYNPKDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWLELVPHLHNL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PQDTKFIHTKPNRFEEVAWSKYNPKDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWLELVPHLHNL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD NEIFQYVSTTTKVPPPDMTSFPYGTRRSPAKIWPTTKRPAITPANNPKHSKDPHKTGPED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NEIFQYVSTTTKVPPPDMTSFPYGTRRSPAKIWPTTKRPAITPANNPKHSKDPHKTGPED
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD TTVLIETKRDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHETHRRPSPQRNTTND
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS14 TTVLIETKRDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHETHRHPSPQRNTTND
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD IAHIQNEEIMSLQMKQLEHDHECESLQAHDTLRLTCPPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTIT
       :.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS14 ITHIQNEEIMSLQMKQLEHDHECESLQAHDTLRLTCPPDYTLTLRRSPDDIPFMTPNTIT
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810      
pF1KSD MIPNTLTGMQPLHTFNTFSGGQNSTNLPHGHSTTRV
       :::::: ::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS14 MIPNTLMGMQPLHTFKTFSGGQNSTNLPHGHSTTRV
              790       800       810      

>>CCDS56619.1 NLGN4Y gene_id:22829|Hs108|chrY             (648 aa)
 initn: 4376 init1: 4376 opt: 4376  Z-score: 4783.8  bits: 895.8 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4376; 99.1% identity (99.8% similar) in 648 aa overlap (169-816:1-648)

      140       150       160       170       180       190        
pF1KSD VQDQNEDCLYLNIYVPTEDDIHDQNSKKPVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILASYGNVIV
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56                               MVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILASYGNVIV
                                             10        20        30

      200       210       220       230       240       250        
pF1KSD ITINYRLGILGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWIEENVGAFGGDPKRVTIFGSGAGAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ITINYRLGILGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWIEENVGAFGGDPKRVTIFGSGAGAS
               40        50        60        70        80        90

      260       270       280       290       300       310        
pF1KSD CVSLLTLSHYSEGLFQKAIIQSGTALSSWAVNYQPAKYTRILADKVGCNMLDTTDMVECL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 CVSLLTLSHYSEGLFQKAIIQSGTALSSWAVNYQPAKYTRILADKVGCNMLDTTDMVECL
              100       110       120       130       140       150

      320       330       340       350       360       370        
pF1KSD RNKNYKELIQQTITPATYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLK
       .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KNKNYKELIQQTITPATYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLK
              160       170       180       190       200       210

      380       390       400       410       420       430        
pF1KSD FVDGIVDNEDGVTPNDFDFSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTDWADKENPETRRK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 FVDGIVDNEDGVTPNDFDFSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTDWADKENPETRRK
              220       230       240       250       260       270

      440       450       460       470       480       490        
pF1KSD TLVALFTDHQWVAPAVATADLHAQYGSPTYFYAFYHHCQSEMKPSWADSAHGDEVPYVFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 TLVALFTDHQWVAPAVATADLHAQYGSPTYFYAFYHHCQSEMKPSWADSAHGDEVPYVFG
              280       290       300       310       320       330

      500       510       520       530       540       550        
pF1KSD IPMIGPTELFSCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDTKFIHTKPNRFEEVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 IPMIGPTELFSCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDTKFIHTKPNRFEEVA
              340       350       360       370       380       390

      560       570       580       590       600       610        
pF1KSD WSKYNPKDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWLELVPHLHNLNEIFQYVSTTTKVPPPDM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 WSKYNPKDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWLELVPHLHNLNEIFQYVSTTTKVPPPDM
              400       410       420       430       440       450

      620       630       640       650       660       670        
pF1KSD TSFPYGTRRSPAKIWPTTKRPAITPANNPKHSKDPHKTGPEDTTVLIETKRDYSTELSVT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 TSFPYGTRRSPAKIWPTTKRPAITPANNPKHSKDPHKTGPEDTTVLIETKRDYSTELSVT
              460       470       480       490       500       510

      680       690       700       710       720       730        
pF1KSD IAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHETHRRPSPQRNTTNDIAHIQNEEIMSLQMKQLE
       :::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::.::::::::::::::::
CCDS56 IAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHETHRHPSPQRNTTNDITHIQNEEIMSLQMKQLE
              520       530       540       550       560       570

      740       750       760       770       780       790        
pF1KSD HDHECESLQAHDTLRLTCPPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTITMIPNTLTGMQPLHTFNTF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::: ::::::::.::
CCDS56 HDHECESLQAHDTLRLTCPPDYTLTLRRSPDDIPFMTPNTITMIPNTLMGMQPLHTFKTF
              580       590       600       610       620       630

      800       810      
pF1KSD SGGQNSTNLPHGHSTTRV
       ::::::::::::::::::
CCDS56 SGGQNSTNLPHGHSTTRV
              640        

>>CCDS55442.1 NLGN3 gene_id:54413|Hs108|chrX              (808 aa)
 initn: 3589 init1: 2821 opt: 4138  Z-score: 4522.1  bits: 847.6 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4138; 75.1% identity (90.1% similar) in 791 aa overlap (27-816:26-808)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSRPQGLLWLPLLFTPVCVMLNSNVLLWLTALAIKFTLIDSQAQYPVVNTNYGKIRGLRT
                                 ::. .::..    ..::  :.:::..::.:: :.
CCDS55  MWLRLGPPSLSLSPKPTVGRSLCLTLWFLSLALR---ASTQAPAPTVNTHFGKLRGARV
                10        20        30           40        50      

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PLPNEILGPVEQYLGVPYASPPTGERRFQPPEPPSSWTGIRNTTQFAAVCPQHLDERSLL
       :::.::::::.::::::::.:: ::.:: ::::: ::.::::.:.:  ::::.. . .. 
CCDS55 PLPSEILGPVDQYLGVPYAAPPIGEKRFLPPEPPPSWSGIRNATHFPPVCPQNI-HTAVP
         60        70        80        90       100       110      

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD HDMLPIWFTANLDTLMTYVQDQNEDCLYLNIYVPTEDDIHDQNSKKPVMVYIHGGSYMEG
       . :::.::::::: . ::.:. ::::::::.::::::::.:...: ::::::::::::::
CCDS55 EVMLPVWFTANLDIVATYIQEPNEDCLYLNVYVPTEDDIRDSGAK-PVMVYIHGGSYMEG
         120       130       140       150       160        170    

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD TGNMIDGSILASYGNVIVITINYRLGILGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWIEENVGA
       ::::::::::::::::::::.:::.:.::::::::::::::::::::::::::. ::.. 
CCDS55 TGNMIDGSILASYGNVIVITLNYRVGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWVSENIAF
          180       190       200       210       220       230    

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD FGGDPKRVTIFGSGAGASCVSLLTLSHYSEGLFQKAIIQSGTALSSWAVNYQPAKYTRIL
       :::::.:.:.:::: ::::::::::::.::::::.::::::.:::::::::::.::: .:
CCDS55 FGGDPRRITVFGSGIGASCVSLLTLSHHSEGLFQRAIIQSGSALSSWAVNYQPVKYTSLL
          240       250       260       270       280       290    

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD ADKVGCNMLDTTDMVECLRNKNYKELIQQTITPATYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQG
       :::::::.:::.:::.:::.:. :::..: : :: ::.:::::::::::::::.::::::
CCDS55 ADKVGCNVLDTVDMVDCLRQKSAKELVEQDIQPARYHVAFGPVIDGDVIPDDPEILMEQG
          300       310       320       330       340       350    

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD EFLNYDIMLGVNQGEGLKFVDGIVDNEDGVTPNDFDFSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETI
       ::::::::::::::::::::.:.:: ::::. .:::.:::::::::::::::::::::::
CCDS55 EFLNYDIMLGVNQGEGLKFVEGVVDPEDGVSGTDFDYSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETI
          360       370       380       390       400       410    

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD KFMYTDWADKENPETRRKTLVALFTDHQWVAPAVATADLHAQYGSPTYFYAFYHHCQSEM
       :::::::::..::::::::::::::::::: :.:.::::::.:::::::::::::::: :
CCDS55 KFMYTDWADRDNPETRRKTLVALFTDHQWVEPSVVTADLHARYGSPTYFYAFYHHCQSLM
          420       430       440       450       460       470    

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD KPSWADSAHGDEVPYVFGIPMIGPTELFSCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPV
       ::.:.:.:::::::::::.::.:::.:: ::::::::::::::::::::::::::::.::
CCDS55 KPAWSDAAHGDEVPYVFGVPMVGPTDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNKPV
          480       490       500       510       520       530    

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD PQDTKFIHTKPNRFEEVAWSKYNPKDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWLELVPHLHNL
       :::::::::: :::::::::::::.::::::::::::::::::::::::: .:::::.::
CCDS55 PQDTKFIHTKANRFEEVAWSKYNPRDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWKHLVPHLYNL
          540       550       560       570       580       590    

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD NEIFQYVSTTTKVPPPDMTSFPYGTRRSPAKIWPTTKRPAITPANNPKHSKDPHKTGPED
       ...:.:.:::::::::: :   . :::  .: : .::::::.:: . ....   .   . 
CCDS55 HDMFHYTSTTTKVPPPDTTHSSHITRRPNGKTW-STKRPAISPAYSNENAQGSWNGDQDA
          600       610       620        630       640       650   

              670       680       690       700       710          
pF1KSD TTVLIETKRDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHETHRRPSPQRNT-TN
         .:.:. :::::::::::::::::::::.::::::::.:::::.:  :.:::::.. . 
CCDS55 GPLLVENPRDYSTELSVTIAVGASLLFLNVLAFAALYYRKDKRRQEPLRQPSPQRGAGAP
           660       670       680       690       700       710   

     720       730       740       750       760       770         
pF1KSD DIAHIQNEEIMSLQMKQLEHDHECESLQAHDTLRLTCPPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTI
       ...   .::. .::.   .:  :::.   :::::::  ::::::::::::::::::::::
CCDS55 ELGAAPEEELAALQLGPTHH--ECEAGPPHDTLRLTALPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTI
           720       730         740       750       760       770 

     780       790       800       810      
pF1KSD TMIPNTLTGMQPLHTFNTFSGGQNSTNLPHGHSTTRV
       :::::.:.:.: :: .:::..: :::.:::.::::::
CCDS55 TMIPNSLVGLQTLHPYNTFAAGFNSTGLPHSHSTTRV
             780       790       800        

>>CCDS14407.1 NLGN3 gene_id:54413|Hs108|chrX              (828 aa)
 initn: 3595 init1: 2827 opt: 3538  Z-score: 3865.7  bits: 726.2 E(32554): 5.3e-209
Smith-Waterman score: 4088; 73.2% identity (87.9% similar) in 811 aa overlap (27-816:26-828)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSRPQGLLWLPLLFTPVCVMLNSNVLLWLTALAIKFTLIDSQAQYPVVNTNYGKIRGLRT
                                 ::. .::..    ..::  :.:::..::.:: :.
CCDS14  MWLRLGPPSLSLSPKPTVGRSLCLTLWFLSLALR---ASTQAPAPTVNTHFGKLRGARV
                10        20        30           40        50      

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PLPNEILGPVEQYLGVPYASPPTGERRFQPPEPPSSWTGIRNTTQFAAVCPQHLDERSLL
       :::.::::::.::::::::.:: ::.:: ::::: ::.::::.:.:  ::::.. . .. 
CCDS14 PLPSEILGPVDQYLGVPYAAPPIGEKRFLPPEPPPSWSGIRNATHFPPVCPQNI-HTAVP
         60        70        80        90       100       110      

              130       140       150                           160
pF1KSD HDMLPIWFTANLDTLMTYVQDQNEDCLYLNIYVPTED--------------------DIH
       . :::.::::::: . ::.:. ::::::::.::::::                    ::.
CCDS14 EVMLPVWFTANLDIVATYIQEPNEDCLYLNVYVPTEDGSGAKKQGEDLADNDGDEDEDIR
         120       130       140       150       160       170     

              170       180       190       200       210       220
pF1KSD DQNSKKPVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILASYGNVIVITINYRLGILGFLSTGDQAAKG
       :...: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:.:::::::::::::
CCDS14 DSGAK-PVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILASYGNVIVITLNYRVGVLGFLSTGDQAAKG
         180        190       200       210       220       230    

              230       240       250       260       270       280
pF1KSD NYGLLDQIQALRWIEENVGAFGGDPKRVTIFGSGAGASCVSLLTLSHYSEGLFQKAIIQS
       :::::::::::::. ::.. :::::.:.:.:::: ::::::::::::.::::::.:::::
CCDS14 NYGLLDQIQALRWVSENIAFFGGDPRRITVFGSGIGASCVSLLTLSHHSEGLFQRAIIQS
          240       250       260       270       280       290    

              290       300       310       320       330       340
pF1KSD GTALSSWAVNYQPAKYTRILADKVGCNMLDTTDMVECLRNKNYKELIQQTITPATYHIAF
       :.:::::::::::.::: .::::::::.:::.:::.:::.:. :::..: : :: ::.::
CCDS14 GSALSSWAVNYQPVKYTSLLADKVGCNVLDTVDMVDCLRQKSAKELVEQDIQPARYHVAF
          300       310       320       330       340       350    

              350       360       370       380       390       400
pF1KSD GPVIDGDVIPDDPQILMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKFVDGIVDNEDGVTPNDFDFSVS
       :::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.:.:: ::::. .:::.:::
CCDS14 GPVIDGDVIPDDPEILMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKFVEGVVDPEDGVSGTDFDYSVS
          360       370       380       390       400       410    

              410       420       430       440       450       460
pF1KSD NFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTDWADKENPETRRKTLVALFTDHQWVAPAVATADLH
       :::::::::::::::::::::::::::::..::::::::::::::::::: :.:.:::::
CCDS14 NFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTDWADRDNPETRRKTLVALFTDHQWVEPSVVTADLH
          420       430       440       450       460       470    

              470       480       490       500       510       520
pF1KSD AQYGSPTYFYAFYHHCQSEMKPSWADSAHGDEVPYVFGIPMIGPTELFSCNFSKNDVMLS
       :.:::::::::::::::: :::.:.:.:::::::::::.::.:::.:: :::::::::::
CCDS14 ARYGSPTYFYAFYHHCQSLMKPAWSDAAHGDEVPYVFGVPMVGPTDLFPCNFSKNDVMLS
          480       490       500       510       520       530    

              530       540       550       560       570       580
pF1KSD AVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDTKFIHTKPNRFEEVAWSKYNPKDQLYLHIGLKPRVRD
       :::::::::::::::::.:::::::::::: :::::::::::::.:::::::::::::::
CCDS14 AVVMTYWTNFAKTGDPNKPVPQDTKFIHTKANRFEEVAWSKYNPRDQLYLHIGLKPRVRD
          540       550       560       570       580       590    

              590       600       610       620       630       640
pF1KSD HYRATKVAFWLELVPHLHNLNEIFQYVSTTTKVPPPDMTSFPYGTRRSPAKIWPTTKRPA
       :::::::::: .:::::.::...:.:.:::::::::: :   . :::  .: : .:::::
CCDS14 HYRATKVAFWKHLVPHLYNLHDMFHYTSTTTKVPPPDTTHSSHITRRPNGKTW-STKRPA
          600       610       620       630       640        650   

              650       660       670       680       690       700
pF1KSD ITPANNPKHSKDPHKTGPEDTTVLIETKRDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKK
       :.:: . ....   .   .   .:.:. :::::::::::::::::::::.::::::::.:
CCDS14 ISPAYSNENAQGSWNGDQDAGPLLVENPRDYSTELSVTIAVGASLLFLNVLAFAALYYRK
           660       670       680       690       700       710   

              710        720       730       740       750         
pF1KSD DKRRHETHRRPSPQRNT-TNDIAHIQNEEIMSLQMKQLEHDHECESLQAHDTLRLTCPPD
       ::::.:  :.:::::.. . ...   .::. .::.   .:  :::.   :::::::  ::
CCDS14 DKRRQEPLRQPSPQRGAGAPELGAAPEEELAALQLGPTHH--ECEAGPPHDTLRLTALPD
           720       730       740       750         760       770 

     760       770       780       790       800       810      
pF1KSD YTLTLRRSPDDIPLMTPNTITMIPNTLTGMQPLHTFNTFSGGQNSTNLPHGHSTTRV
       :::::::::::::::::::::::::.:.:.: :: .:::..: :::.:::.::::::
CCDS14 YTLTLRRSPDDIPLMTPNTITMIPNSLVGLQTLHPYNTFAAGFNSTGLPHSHSTTRV
             780       790       800       810       820        

>>CCDS55441.1 NLGN3 gene_id:54413|Hs108|chrX              (848 aa)
 initn: 3595 init1: 2827 opt: 3538  Z-score: 3865.6  bits: 726.2 E(32554): 5.4e-209
Smith-Waterman score: 4048; 71.5% identity (85.8% similar) in 831 aa overlap (27-816:26-848)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSRPQGLLWLPLLFTPVCVMLNSNVLLWLTALAIKFTLIDSQAQYPVVNTNYGKIRGLRT
                                 ::. .::..    ..::  :.:::..::.:: :.
CCDS55  MWLRLGPPSLSLSPKPTVGRSLCLTLWFLSLALR---ASTQAPAPTVNTHFGKLRGARV
                10        20        30           40        50      

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PLPNEILGPVEQYLGVPYASPPTGERRFQPPEPPSSWTGIRNTTQFAAVCPQHLDERSLL
       :::.::::::.::::::::.:: ::.:: ::::: ::.::::.:.:  ::::.. . .. 
CCDS55 PLPSEILGPVDQYLGVPYAAPPIGEKRFLPPEPPPSWSGIRNATHFPPVCPQNI-HTAVP
         60        70        80        90       100       110      

              130       140       150                              
pF1KSD HDMLPIWFTANLDTLMTYVQDQNEDCLYLNIYVPTED-----------------------
       . :::.::::::: . ::.:. ::::::::.::::::                       
CCDS55 EVMLPVWFTANLDIVATYIQEPNEDCLYLNVYVPTEDVKRISKECARKPNKKICRKGGSG
         120       130       140       150       160       170     

                        160       170       180       190       200
pF1KSD -----------------DIHDQNSKKPVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILASYGNVIVIT
                        ::.:...: ::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 AKKQGEDLADNDGDEDEDIRDSGAK-PVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILASYGNVIVIT
         180       190       200        210       220       230    

              210       220       230       240       250       260
pF1KSD INYRLGILGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWIEENVGAFGGDPKRVTIFGSGAGASCV
       .:::.:.::::::::::::::::::::::::::. ::.. :::::.:.:.:::: :::::
CCDS55 LNYRVGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWVSENIAFFGGDPRRITVFGSGIGASCV
          240       250       260       270       280       290    

              270       280       290       300       310       320
pF1KSD SLLTLSHYSEGLFQKAIIQSGTALSSWAVNYQPAKYTRILADKVGCNMLDTTDMVECLRN
       :::::::.::::::.::::::.:::::::::::.::: .::::::::.:::.:::.:::.
CCDS55 SLLTLSHHSEGLFQRAIIQSGSALSSWAVNYQPVKYTSLLADKVGCNVLDTVDMVDCLRQ
          300       310       320       330       340       350    

              330       340       350       360       370       380
pF1KSD KNYKELIQQTITPATYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKFV
       :. :::..: : :: ::.:::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KSAKELVEQDIQPARYHVAFGPVIDGDVIPDDPEILMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKFV
          360       370       380       390       400       410    

              390       400       410       420       430       440
pF1KSD DGIVDNEDGVTPNDFDFSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTDWADKENPETRRKTL
       .:.:: ::::. .:::.::::::::::::::::::::::::::::::::..:::::::::
CCDS55 EGVVDPEDGVSGTDFDYSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTDWADRDNPETRRKTL
          420       430       440       450       460       470    

              450       460       470       480       490       500
pF1KSD VALFTDHQWVAPAVATADLHAQYGSPTYFYAFYHHCQSEMKPSWADSAHGDEVPYVFGIP
       :::::::::: :.:.::::::.:::::::::::::::: :::.:.:.:::::::::::.:
CCDS55 VALFTDHQWVEPSVVTADLHARYGSPTYFYAFYHHCQSLMKPAWSDAAHGDEVPYVFGVP
          480       490       500       510       520       530    

              510       520       530       540       550       560
pF1KSD MIGPTELFSCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDTKFIHTKPNRFEEVAWS
       :.:::.:: ::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::: :::::::::
CCDS55 MVGPTDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNKPVPQDTKFIHTKANRFEEVAWS
          540       550       560       570       580       590    

              570       580       590       600       610       620
pF1KSD KYNPKDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWLELVPHLHNLNEIFQYVSTTTKVPPPDMTS
       ::::.::::::::::::::::::::::::: .:::::.::...:.:.:::::::::: : 
CCDS55 KYNPRDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWKHLVPHLYNLHDMFHYTSTTTKVPPPDTTH
          600       610       620       630       640       650    

              630       640       650       660       670       680
pF1KSD FPYGTRRSPAKIWPTTKRPAITPANNPKHSKDPHKTGPEDTTVLIETKRDYSTELSVTIA
         . :::  .: : .::::::.:: . ....   .   .   .:.:. ::::::::::::
CCDS55 SSHITRRPNGKTW-STKRPAISPAYSNENAQGSWNGDQDAGPLLVENPRDYSTELSVTIA
          660        670       680       690       700       710   

              690       700       710        720       730         
pF1KSD VGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHETHRRPSPQRNT-TNDIAHIQNEEIMSLQMKQLEH
       :::::::::.::::::::.:::::.:  :.:::::.. . ...   .::. .::.   .:
CCDS55 VGASLLFLNVLAFAALYYRKDKRRQEPLRQPSPQRGAGAPELGAAPEEELAALQLGPTHH
           720       730       740       750       760       770   

     740       750       760       770       780       790         
pF1KSD DHECESLQAHDTLRLTCPPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTITMIPNTLTGMQPLHTFNTFS
         :::.   :::::::  :::::::::::::::::::::::::::.:.:.: :: .:::.
CCDS55 --ECEAGPPHDTLRLTALPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTITMIPNSLVGLQTLHPYNTFA
             780       790       800       810       820       830 

     800       810      
pF1KSD GGQNSTNLPHGHSTTRV
       .: :::.:::.::::::
CCDS55 AGFNSTGLPHSHSTTRV
             840        

>>CCDS11103.1 NLGN2 gene_id:57555|Hs108|chr17             (835 aa)
 initn: 3466 init1: 2499 opt: 2751  Z-score: 3005.0  bits: 567.0 E(32554): 4.7e-161
Smith-Waterman score: 3458; 64.0% identity (80.8% similar) in 813 aa overlap (42-816:38-835)

              20        30        40        50        60        70 
pF1KSD LLFTPVCVMLNSNVLLWLTALAIKFTLIDSQAQYPVVNTNYGKIRGLRTPLPNEILGPVE
                                     . ..::::: ::..::.:  : ::::::: 
CCDS11 LVGLAGAQRGGGGPGGGAPGGPGLGLGSLGEERFPVVNTAYGRVRGVRRELNNEILGPVV
        10        20        30        40        50        60       

              80        90       100       110       120       130 
pF1KSD QYLGVPYASPPTGERRFQPPEPPSSWTGIRNTTQFAAVCPQHLDERSLLHDMLPIWFTAN
       :.::::::.:: : ::::::: :.:: :.::.: .  .:::.: . .:   :::.::: :
CCDS11 QFLGVPYATPPLGARRFQPPEAPASWPGVRNATTLPPACPQNL-HGALPAIMLPVWFTDN
        70        80        90       100       110        120      

             140       150                        160       170    
pF1KSD LDTLMTYVQDQNEDCLYLNIYVPTED-----------------DIHDQNSKKPVMVYIHG
       :..  ::::.:.:::::::.::::::                 ::.: . :::::...::
CCDS11 LEAAATYVQNQSEDCLYLNLYVPTEDGPLTKKRDEATLNPPDTDIRDPG-KKPVMLFLHG
        130       140       150       160       170        180     

          180       190       200       210       220       230    
pF1KSD GSYMEGTGNMIDGSILASYGNVIVITINYRLGILGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWI
       ::::::::::.:::.::.:::::: :.:::::.::::::::::::::::::::::::::.
CCDS11 GSYMEGTGNMFDGSVLAAYGNVIVATLNYRLGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWL
         190       200       210       220       230       240     

          240       250       260       270       280       290    
pF1KSD EENVGAFGGDPKRVTIFGSGAGASCVSLLTLSHYSEGLFQKAIIQSGTALSSWAVNYQPA
        ::.. :::::.:.::::::::::::.:: :::.::::::::: :::::.:::.::::: 
CCDS11 SENIAHFGGDPERITIFGSGAGASCVNLLILSHHSEGLFQKAIAQSGTAISSWSVNYQPL
         250       260       270       280       290       300     

          300       310       320       330       340       350    
pF1KSD KYTRILADKVGCNMLDTTDMVECLRNKNYKELIQQTITPATYHIAFGPVIDGDVIPDDPQ
       ::::.:: ::::.  :... ::::: :  .::..: . :: ::::::::.::::.::::.
CCDS11 KYTRLLAAKVGCDREDSAEAVECLRRKPSRELVDQDVQPARYHIAFGPVVDGDVVPDDPE
         310       320       330       340       350       360     

          360       370       380       390       400       410    
pF1KSD ILMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKFVDGIVDNEDGVTPNDFDFSVSNFVDNLYGYPEGKD
       :::.::::::::...:::::::::::.  ...::::. . :::.::::::::::::::::
CCDS11 ILMQQGEFLNYDMLIGVNQGEGLKFVEDSAESEDGVSASAFDFTVSNFVDNLYGYPEGKD
         370       380       390       400       410       420     

          420       430       440       450       460       470    
pF1KSD TLRETIKFMYTDWADKENPETRRKTLVALFTDHQWVAPAVATADLHAQYGSPTYFYAFYH
       .::::::::::::::..: : :::::.:::::::::::::::: :::.: ::.:::.:::
CCDS11 VLRETIKFMYTDWADRDNGEMRRKTLLALFTDHQWVAPAVATAKLHADYQSPVYFYTFYH
         430       440       450       460       470       480     

          480       490       500       510       520       530    
pF1KSD HCQSEMKPSWADSAHGDEVPYVFGIPMIGPTELFSCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTG
       :::.: .: :::.:::::.:::::.::.: :.:: :::::::::::::::::::::::::
CCDS11 HCQAEGRPEWADAAHGDELPYVFGVPMVGATDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTG
         490       500       510       520       530       540     

          540       550       560       570       580       590    
pF1KSD DPNQPVPQDTKFIHTKPNRFEEVAWSKYNPKDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWLELV
       :::::::::::::::::::::::.:::.: :.. ::::::::::::.:::.:::::::::
CCDS11 DPNQPVPQDTKFIHTKPNRFEEVVWSKFNSKEKQYLHIGLKPRVRDNYRANKVAFWLELV
         550       560       570       580       590       600     

          600        610       620       630       640       650   
pF1KSD PHLHNLN-EIFQYVSTTTKVPPPDMTSFPYGTRRSPAKIWPTTKRPAITPANNPKHSKDP
       ::::::. :.:   .:::..::   : .:    : ::   : :.::   ::. : .  .:
CCDS11 PHLHNLHTELF---TTTTRLPPY-ATRWP---PRPPAGA-PGTRRPP-PPATLPPEP-EP
         610          620        630           640        650      

           660       670       680       690       700       710   
pF1KSD HKTGPEDTTVLIETKRDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHETHRRPSP
        . ::.    .   .::::::::::.::::::::::::::::::::.:.:..   :: ::
CCDS11 -EPGPRAYDRFPGDSRDYSTELSVTVAVGASLLFLNILAFAALYYKRDRRQELRCRRLSP
          660       670       680       690       700       710    

           720       730       740                 750       760   
pF1KSD QRNTTNDIAHIQNEEIMSLQMKQLEHDHECESLQAH----------DTLRLTCPPDYTLT
         .. . .    .  ..    ..:  ..:  ::: .          ..:: .:::::::.
CCDS11 PGGSGSGVPG--GGPLLPAAGRELPPEEELVSLQLKRGGGVGADPAEALRPACPPDYTLA
          720         730       740       750       760       770  

           770       780       790                 800       810   
pF1KSD LRRSPDDIPLMTPNTITMIPNTLTGMQP-----LHTFNTF-----SGGQNSTNLPHGHST
       :::.:::.::..:...:..:. :    :     :: :. :     .. .....::: :::
CCDS11 LRRAPDDVPLLAPGALTLLPSGLGPPPPPPPPSLHPFGPFPPPPPTATSHNNTLPHPHST
            780       790       800       810       820       830  

          
pF1KSD TRV
       :::
CCDS11 TRV
          

>>CCDS3222.1 NLGN1 gene_id:22871|Hs108|chr3               (823 aa)
 initn: 2831 init1: 2088 opt: 2134  Z-score: 2330.3  bits: 442.1 E(32554): 1.8e-123
Smith-Waterman score: 4052; 74.9% identity (88.8% similar) in 786 aa overlap (46-816:53-823)

          20        30        40        50        60        70     
pF1KSD PVCVMLNSNVLLWLTALAIKFTLIDSQAQYPVVNTNYGKIRGLRTPLPNEILGPVEQYLG
                                     :.: ::.:::::..  : ::::::: :.::
CCDS32 RGLGAPLTLCMLGCLLQAGHVLSQKLDDVDPLVATNFGKIRGIKKELNNEILGPVIQFLG
             30        40        50        60        70        80  

          80        90       100       110       120       130     
pF1KSD VPYASPPTGERRFQPPEPPSSWTGIRNTTQFAAVCPQHLDERSLLHDMLPIWFTANLDTL
       ::::.::::::::::::::: :. :::.:::: ::::.. .  : . :::.::: :::..
CCDS32 VPYAAPPTGERRFQPPEPPSPWSDIRNATQFAPVCPQNIIDGRLPEVMLPVWFTNNLDVV
             90       100       110       120       130       140  

         140       150       160       170       180       190     
pF1KSD MTYVQDQNEDCLYLNIYVPTEDDIHDQNSKKPVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILASYGN
        .:::::.::::::::::::::::.:... ::::::::::::::::::. :::.::::::
CCDS32 SSYVQDQSEDCLYLNIYVPTEDDIRDSGGPKPVMVYIHGGSYMEGTGNLYDGSVLASYGN
            150       160       170       180       190       200  

         200       210       220       230       240       250     
pF1KSD VIVITINYRLGILGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWIEENVGAFGGDPKRVTIFGSGA
       :::::.:::::.::::::::::::::::::: ::::::  ::.: ::::: :.:.:::::
CCDS32 VIVITVNYRLGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDLIQALRWTSENIGFFGGDPLRITVFGSGA
            210       220       230       240       250       260  

         260       270                280       290       300      
pF1KSD GASCVSLLTLSHYSEG---------LFQKAIIQSGTALSSWAVNYQPAKYTRILADKVGC
       :.:::.::::::::::         :::.:: :::::::::::..:::::.:.:: ::::
CCDS32 GGSCVNLLTLSHYSEGNRWSNSTKGLFQRAIAQSGTALSSWAVSFQPAKYARMLATKVGC
            270       280       290       300       310       320  

        310       320       330       340       350       360      
pF1KSD NMLDTTDMVECLRNKNYKELIQQTITPATYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQGEFLNYD
       :. ::...::::..: ::::..: : :: :::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NVSDTVELVECLQKKPYKELVDQDIQPARYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQGEFLNYD
            330       340       350       360       370       380  

        370       380       390       400       410       420      
pF1KSD IMLGVNQGEGLKFVDGIVDNEDGVTPNDFDFSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTD
       ::::::::::::::..:::..::.. .::::.::::::::::::::::.:::::::::::
CCDS32 IMLGVNQGEGLKFVENIVDSDDGISASDFDFAVSNFVDNLYGYPEGKDVLRETIKFMYTD
            390       400       410       420       430       440  

        430       440       450       460       470       480      
pF1KSD WADKENPETRRKTLVALFTDHQWVAPAVATADLHAQYGSPTYFYAFYHHCQSEMKPSWAD
       :::..:::::::::.:::::::::::::::::::...::::::::::::::... :.:::
CCDS32 WADRHNPETRRKTLLALFTDHQWVAPAVATADLHSNFGSPTYFYAFYHHCQTDQVPAWAD
            450       460       470       480       490       500  

        490       500       510       520       530       540      
pF1KSD SAHGDEVPYVFGIPMIGPTELFSCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDTKF
       .:::::::::.::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 AAHGDEVPYVLGIPMIGPTELFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDTKF
            510       520       530       540       550       560  

        550       560       570       580       590       600      
pF1KSD IHTKPNRFEEVAWSKYNPKDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWLELVPHLHNLNEIFQY
       :::::::::::::..:. ::::::::::::::..::::.:: .::::::::::::.: ::
CCDS32 IHTKPNRFEEVAWTRYSQKDQLYLHIGLKPRVKEHYRANKVNLWLELVPHLHNLNDISQY
            570       580       590       600       610       620  

        610       620       630       640       650       660      
pF1KSD VSTTTKVPPPDMTSFPYGTRRSPAKIWPTTKRPAITPANNPKHSKDPHKTGPEDTTVLIE
       .:::::::  :.:  :  ::.. .   :.:.    .  ..::.. .: ..          
CCDS32 TSTTTKVPSTDITFRP--TRKNSV---PVTSAFPTAKQDDPKQQPSPFSVD---------
            630         640          650       660                 

        670       680       690       700       710       720      
pF1KSD TKRDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHETHRRPSPQRNTTNDIAHIQN
        .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::..::: ::::.::::..: :.
CCDS32 -QRDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHDVHRRCSPQRTTTNDLTHAQE
       670       680       690       700       710       720       

        730       740       750        760       770       780     
pF1KSD EEIMSLQMKQLEHDHECESLQAHDT-LRLTCPPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTITMIPNT
       :::::::::. . ::::::.. :.. :: .:::::::..::::::.::::::::::::::
CCDS32 EEIMSLQMKHTDLDHECESIHPHEVVLRTACPPDYTLAMRRSPDDVPLMTPNTITMIPNT
       730       740       750       760       770       780       

         790       800            810      
pF1KSD LTGMQPLHTFNTFSGGQNST-----NLPHGHSTTRV
       . :.:::::::::.::::.:       ::.::::::
CCDS32 IPGIQPLHTFNTFTGGQNNTLPHPHPHPHSHSTTRV
       790       800       810       820   

>>CCDS55553.1 NLGN4Y gene_id:22829|Hs108|chrY             (256 aa)
 initn: 1017 init1: 1017 opt: 1017  Z-score: 1116.4  bits: 215.8 E(32554): 7.3e-56
Smith-Waterman score: 1295; 85.6% identity (89.1% similar) in 229 aa overlap (1-209:1-229)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSRPQGLLWLPLLFTPVCVMLNSNVLLWLTALAIKFTLIDSQAQYPVVNTNYGKIRGLRT
       : ::::::::::::: ::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.::::
CCDS55 MLRPQGLLWLPLLFTSVCVMLNSNVLLWITALAIKFTLIDSQAQYPVVNTNYGKIQGLRT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PLPNEILGPVEQYLGVPYASPPTGERRFQPPEPPSSWTGIRNTTQFAAVCPQHLDERSLL
       :::.:::::::::::::::::::::::::::: :::::::::.:::.:::::::::: ::
CCDS55 PLPSEILGPVEQYLGVPYASPPTGERRFQPPESPSSWTGIRNATQFSAVCPQHLDERFLL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150                           160
pF1KSD HDMLPIWFTANLDTLMTYVQDQNEDCLYLNIYVPTED--------------------DIH
       :::::::::..::::::::::::::::::::::: ::                    :::
CCDS55 HDMLPIWFTTSLDTLMTYVQDQNEDCLYLNIYVPMEDGTNIKRNADDITSNDHGEDKDIH
              130       140       150       160       170       180

              170       180       190       200       210       220
pF1KSD DQNSKKPVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILASYGNVIVITINYRLGILGFLSTGDQAAKG
       .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::           
CCDS55 EQNSKKPVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILASYGNVIVITINYRLGILGMQEARLCGSSK
              190       200       210       220       230       240

              230       240       250       260       270       280
pF1KSD NYGLLDQIQALRWIEENVGAFGGDPKRVTIFGSGAGASCVSLLTLSHYSEGLFQKAIIQS
                                                                   
CCDS55 MFNYFKSPFTNLINFF                                            
              250                                                  

>>CCDS3198.1 BCHE gene_id:590|Hs108|chr3                  (602 aa)
 initn: 793 init1: 275 opt: 942  Z-score: 1028.7  bits: 200.8 E(32554): 5.6e-51
Smith-Waterman score: 1150; 33.8% identity (62.5% similar) in 598 aa overlap (15-597:6-557)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSRPQGLLWLPLLFTPVCVMLNSNVLLWLTALAIKFTLIDSQAQYPVVNTNYGKIRGLRT
                     : .:. .    :.:.  : . .    .. .  .. :. ::.::.  
CCDS31          MHSKVTIICIRF----LFWFLLLCMLIGKSHTEDDI-IIATKNGKVRGMNL
                        10            20        30         40      

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PLPNEILGPVEQYLGVPYASPPTGERRFQPPEPPSSWTGIRNTTQFAAVCPQHLDERSLL
        . .   : :  .::.:::.:: :. ::. :.  ..:. : :.:..:  : :..:.    
CCDS31 TVFG---GTVTAFLGIPYAQPPLGRLRFKKPQSLTKWSDIWNATKYANSCCQNIDQSFPG
         50           60        70        80        90       100   

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD HDMLPIWFTANLDTLMTYVQDQNEDCLYLNIYVPTEDDIHDQNSKKPVMVYIHGGSYMEG
            .:   : .:      : .:::::::...:.    . .:.   :...:.::... :
CCDS31 FHGSEMW---NPNT------DLSEDCLYLNVWIPAP---KPKNAT--VLIWIYGGGFQTG
           110                120       130            140         

                190       200       210        220       230       
pF1KSD TGNM--IDGSILASYGNVIVITINYRLGILGFLST-GDQAAKGNYGLLDQIQALRWIEEN
       :...   ::..::    :::...:::.: ::::.  :.  : ::.::.::  ::.:...:
CCDS31 TSSLHVYDGKFLARVERVIVVSMNYRVGALGFLALPGNPEAPGNMGLFDQQLALQWVQKN
     150       160       170       180       190       200         

       240       250       260       270       280       290       
pF1KSD VGAFGGDPKRVTIFGSGAGASCVSLLTLSHYSEGLFQKAIIQSGTALSSWAVN--YQPAK
       ..::::.:: ::.:: .:::. :::  ::  :..:: .::.:::.  . :::.  :.  .
CCDS31 IAAFGGNPKSVTLFGESAGAASVSLHLLSPGSHSLFTRAILQSGSFNAPWAVTSLYEARN
     210       220       230       240       250       260         

         300       310       320         330         340       350 
pF1KSD YTRILADKVGCNMLDTTDMVECLRNKNYKELI--QQTITP--ATYHIAFGPVIDGDVIPD
        :  ::  .::.  . :....:::::. .:..  .  ..:  .   . :::..::: . :
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