Result of FASTA (omim) for pF1KSDA0883
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0883, 364 aa
  1>>>pF1KSDA0883 364 - 364 aa - 364 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6221+/-0.000319; mu= 15.8456+/- 0.020
 mean_var=83.4234+/-16.749, 0's: 0 Z-trim(117.1): 22  B-trim: 1584 in 1/54
 Lambda= 0.140420
 statistics sampled from 28717 (28739) to 28717 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.709), E-opt: 0.2 (0.337), width:  16
 Scan time:  7.860

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_011542667 (OMIM: 603970) PREDICTED: paraneoplas ( 364) 2386 492.9 4.9e-139
NP_009188 (OMIM: 603970) paraneoplastic antigen Ma ( 364) 2386 492.9 4.9e-139
NP_006020 (OMIM: 604010) paraneoplastic antigen Ma ( 353) 1098 231.9 1.7e-60
NP_001269464 (OMIM: 300675) paraneoplastic antigen ( 455) 1097 231.8 2.4e-60
NP_037496 (OMIM: 300675) paraneoplastic antigen Ma ( 463) 1097 231.8 2.4e-60
NP_443158 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-li ( 448) 1047 221.7 2.6e-57
NP_001096620 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen ( 448) 1047 221.7 2.6e-57
XP_016884742 (OMIM: 300916) PREDICTED: paraneoplas ( 448) 1047 221.7 2.6e-57
XP_016884741 (OMIM: 300916) PREDICTED: paraneoplas ( 448) 1047 221.7 2.6e-57
NP_001171853 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen ( 448) 1047 221.7 2.6e-57
NP_001096621 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen ( 448) 1047 221.7 2.6e-57
NP_071434 (OMIM: 609485) modulator of apoptosis 1  ( 351) 1022 216.5 7.2e-56
NP_116271 (OMIM: 300917) paraneoplastic antigen-li ( 399)  552 121.3 3.7e-27
NP_776159 (OMIM: 300701) zinc finger CCHC domain-c ( 402)  492 109.2 1.7e-23
NP_001299820 (OMIM: 300701) zinc finger CCHC domai ( 402)  492 109.2 1.7e-23
NP_114429 (OMIM: 614145,614205) coiled-coil domain ( 538)  183 46.7 0.00015


>>XP_011542667 (OMIM: 603970) PREDICTED: paraneoplastic   (364 aa)
 initn: 2386 init1: 2386 opt: 2386  Z-score: 2617.2  bits: 492.9 E(85289): 4.9e-139
Smith-Waterman score: 2386; 100.0% identity (100.0% similar) in 364 aa overlap (1-364:1-364)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLPMRYRKLRVFSGSAVPAPEEES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLPMRYRKLRVFSGSAVPAPEEES
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD FEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD FGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVMA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVMA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD GATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEERDGYGRWNH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEERDGYGRWNH
              310       320       330       340       350       360

           
pF1KSD EGDD
       ::::
XP_011 EGDD
           

>>NP_009188 (OMIM: 603970) paraneoplastic antigen Ma2 [H  (364 aa)
 initn: 2386 init1: 2386 opt: 2386  Z-score: 2617.2  bits: 492.9 E(85289): 4.9e-139
Smith-Waterman score: 2386; 100.0% identity (100.0% similar) in 364 aa overlap (1-364:1-364)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLPMRYRKLRVFSGSAVPAPEEES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLPMRYRKLRVFSGSAVPAPEEES
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD FEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 FEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD FGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVMA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 FGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVMA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD GATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEERDGYGRWNH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 GATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEERDGYGRWNH
              310       320       330       340       350       360

           
pF1KSD EGDD
       ::::
NP_009 EGDD
           

>>NP_006020 (OMIM: 604010) paraneoplastic antigen Ma1 [H  (353 aa)
 initn: 952 init1: 546 opt: 1098  Z-score: 1207.2  bits: 231.9 E(85289): 1.7e-60
Smith-Waterman score: 1098; 48.6% identity (79.4% similar) in 350 aa overlap (1-345:1-342)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
       ::..::::::: :.:. :..:.: :::.. .::::.:.:: .. ... ::.::..: ..:
NP_006 MAMTLLEDWCRGMDVNSQRALLVWGIPVNCDEAEIEETLQAAMPQVS-YRMLGRMFWREE
               10        20        30        40         50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
       ::.:.::::   .: .::: :. ::::::::.:: :..:.::::::.::: .:: ::. .
NP_006 NAKAALLELTGAVDYAAIPREMPGKGGVWKVLFKPPTSDAEFLERLHLFLAREGWTVQDV
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150        160       170         
pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP-MRYRKLRVFSGSAVPAPEEE
        :.:: .  .:. .:  .::. :..:.  . .. :::.  . :..: .:::  .:.: ::
NP_006 ARVLGFQ--NPTPTP--GPEMPAEMLNYILDNVIQPLVESIWYKRLTLFSGRDIPGPGEE
     120         130         140       150       160       170     

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD SFEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQ
       .:. :::...:...:: :...::.: : ::::::: :...:....::.:.. :::.:..:
NP_006 TFDPWLEHTNEVLEEWQVSDVEKRRRLMESLRGPAADVIRILKSNNPAITTAECLKALEQ
         180       190       200       210       220       230     

     240       250       260       270       280       290         
pF1KSD VFGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVM
       ::::.:: : ::...:.:::. :::.::::.::: ::...::: :: .  ..:.:::::.
NP_006 VFGSVESSRDAQIKFLNTYQNPGEKLSAYVIRLEPLLQKVVEKGAIDKDNVNQARLEQVI
         240       250       260       270       280       290     

     300           310       320       330       340       350     
pF1KSD AGAT----LNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEERDGY
       :::.    . ..::        .:: :....:.  ::::: .:   : :.          
NP_006 AGANHSGAIRRQLWLTG---AGEGPAPNLFQLLVQIREEEAKEEEEEAEATLLQLGLEGH
         300       310          320       330       340       350  

         360    
pF1KSD GRWNHEGDD
                
NP_006 F        
                

>>NP_001269464 (OMIM: 300675) paraneoplastic antigen Ma3  (455 aa)
 initn: 1090 init1: 613 opt: 1097  Z-score: 1204.5  bits: 231.8 E(85289): 2.4e-60
Smith-Waterman score: 1097; 49.7% identity (76.9% similar) in 350 aa overlap (1-347:1-348)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
       : :.::.::::   .. .. ... ::: :  : :..:.:::. . :::::..:..::..:
NP_001 MPLTLLQDWCRGEHLNTRRCMLILGIPEDCGEDEFEETLQEACRHLGRYRVIGRMFRREE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
       ::.:.:::: .: : . .: :. :::: :.:: :  :.: :::.::: :::.: .::: :
NP_001 NAQAILLELAQDIDYALLPREIPGKGGPWEVIVKPRNSDGEFLNRLNRFLEEERRTVSDM
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150        160       170         
pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP-MRYRKLRVFSGSAVPAPEEE
        :.::..    :    ::::. .   .:... : ::::  : ::.::::::...  :   
NP_001 NRVLGSDTNCSAPRVTISPEFWT--WAQTLGAAVQPLLEQMLYRELRVFSGNTISIPGAL
              130       140         150       160       170        

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD SFEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQ
       .:..:::..::... : : :.::.: : : ::::::...  ..:.: ::.::::: :..:
NP_001 AFDAWLEHTTEMLQMWQVPEGEKRRRLMECLRGPALQVVSGLRASNASITVEECLAALQQ
      180       190       200       210       220       230        

     240       250       260       270       280       290         
pF1KSD VFGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVM
       ::: .::.. :::.  :.::: :::::..::::: ::.::::. .. :: ..:.::..:.
NP_001 VFGPVESHKIAQVKLCKAYQEAGEKVSSFVLRLEPLLQRAVENNVVSRRNVNQTRLKRVL
      240       250       260       270       280       290        

     300       310       320       330       340         350       
pF1KSD AGATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASF--ENESIEEPEERDGYGR
       .:::: . :  .:. .:..  ::.:: :.:..::::: ::..  . ::.:          
NP_001 SGATLPDKLRDKLKLMKQRRKPPGFLALVKLLREEEEWEATLGPDRESLEGLEVAPRPPA
      300       310       320       330       340       350        

       360                                                         
pF1KSD WNHEGDD                                                     
                                                                   
NP_001 RITGVGAVPLPASGNSFDARPSQGYRRRRGRGQHRRGGVARAGSRGSRKRKRHTFCYSCG
      360       370       380       390       400       410        

>>NP_037496 (OMIM: 300675) paraneoplastic antigen Ma3 is  (463 aa)
 initn: 1090 init1: 613 opt: 1097  Z-score: 1204.4  bits: 231.8 E(85289): 2.4e-60
Smith-Waterman score: 1097; 49.7% identity (76.9% similar) in 350 aa overlap (1-347:1-348)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
       : :.::.::::   .. .. ... ::: :  : :..:.:::. . :::::..:..::..:
NP_037 MPLTLLQDWCRGEHLNTRRCMLILGIPEDCGEDEFEETLQEACRHLGRYRVIGRMFRREE
               10        20        30        40        50        60

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pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
       ::.:.:::: .: : . .: :. :::: :.:: :  :.: :::.::: :::.: .::: :
NP_037 NAQAILLELAQDIDYALLPREIPGKGGPWEVIVKPRNSDGEFLNRLNRFLEEERRTVSDM
               70        80        90       100       110       120

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pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP-MRYRKLRVFSGSAVPAPEEE
        :.::..    :    ::::. .   .:... : ::::  : ::.::::::...  :   
NP_037 NRVLGSDTNCSAPRVTISPEFWT--WAQTLGAAVQPLLEQMLYRELRVFSGNTISIPGAL
              130       140         150       160       170        

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pF1KSD SFEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQ
       .:..:::..::... : : :.::.: : : ::::::...  ..:.: ::.::::: :..:
NP_037 AFDAWLEHTTEMLQMWQVPEGEKRRRLMECLRGPALQVVSGLRASNASITVEECLAALQQ
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pF1KSD VFGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVM
       ::: .::.. :::.  :.::: :::::..::::: ::.::::. .. :: ..:.::..:.
NP_037 VFGPVESHKIAQVKLCKAYQEAGEKVSSFVLRLEPLLQRAVENNVVSRRNVNQTRLKRVL
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pF1KSD AGATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASF--ENESIEEPEERDGYGR
       .:::: . :  .:. .:..  ::.:: :.:..::::: ::..  . ::.:          
NP_037 SGATLPDKLRDKLKLMKQRRKPPGFLALVKLLREEEEWEATLGPDRESLEGLEVAPRPPA
      300       310       320       330       340       350        

       360                                                         
pF1KSD WNHEGDD                                                     
                                                                   
NP_037 RITGVGAVPLPASGNSFDARPSQGYRRRRGRGQHRRGGVARAGSRGSRKRKRHTFCYSCG
      360       370       380       390       400       410        

>>NP_443158 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-like p  (448 aa)
 initn: 1038 init1: 624 opt: 1047  Z-score: 1149.9  bits: 221.7 E(85289): 2.6e-57
Smith-Waterman score: 1047; 46.7% identity (76.5% similar) in 362 aa overlap (1-357:1-349)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
       :::.::::::. :..: .:.:...::: .  :.:::....  :. :  ::.::..::...
NP_443 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
               10        20        30        40        50        60

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pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
       ::.::..:: . .. ...::.. :::: :.:. :  : : ::: ::: ::. ::.... .
NP_443 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLSRLNYFLKDEGRSMTDV
               70        80        90       100       110       120

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pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP----MRYRKLRVFSGSAVPAP
        ::::       ..:  :  : :... :.  ..: :: :    : ::::.::::.: :.:
NP_443 ARALGC-----CSLPAES--LDAEVMPQV--RSP-PLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSP
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pF1KSD EEESFEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEA
        ::.:: ::::.:::.  : :.:.::.: : ::::::::..:...::.: ::.::.::.:
NP_443 GEETFEDWLEQVTEIMPIWQVSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDA
              180       190       200       210       220       230

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pF1KSD FKQVFGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLE
       .::.::. :. :..: :.:.:  . :::::...:::: ::..::.:  .  : .:..::.
NP_443 LKQIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLK
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pF1KSD QVMAGATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEER-DGY
       ...: ....  :  .:. : ..: ::.::::::.::.::: : .   :.. . .:. .: 
NP_443 HLLARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENT---EAVMKNKEKPSGR
              300       310       320       330          340       

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pF1KSD GRWNHEGDD                                                   
       ::                                                          
NP_443 GRGASGRQARAEASVSAPQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSESTRGEDHG
       350       360       370       380       390       400       

>>NP_001096620 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-lik  (448 aa)
 initn: 1038 init1: 624 opt: 1047  Z-score: 1149.9  bits: 221.7 E(85289): 2.6e-57
Smith-Waterman score: 1047; 46.7% identity (76.5% similar) in 362 aa overlap (1-357:1-349)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
       :::.::::::. :..: .:.:...::: .  :.:::....  :. :  ::.::..::...
NP_001 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
               10        20        30        40        50        60

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pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
       ::.::..:: . .. ...::.. :::: :.:. :  : : ::: ::: ::. ::.... .
NP_001 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLSRLNYFLKDEGRSMTDV
               70        80        90       100       110       120

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pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP----MRYRKLRVFSGSAVPAP
        ::::       ..:  :  : :... :.  ..: :: :    : ::::.::::.: :.:
NP_001 ARALGC-----CSLPAES--LDAEVMPQV--RSP-PLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSP
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pF1KSD EEESFEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEA
        ::.:: ::::.:::.  : :.:.::.: : ::::::::..:...::.: ::.::.::.:
NP_001 GEETFEDWLEQVTEIMPIWQVSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDA
              180       190       200       210       220       230

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pF1KSD FKQVFGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLE
       .::.::. :. :..: :.:.:  . :::::...:::: ::..::.:  .  : .:..::.
NP_001 LKQIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLK
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        300       310       320       330       340       350      
pF1KSD QVMAGATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEER-DGY
       ...: ....  :  .:. : ..: ::.::::::.::.::: : .   :.. . .:. .: 
NP_001 HLLARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENT---EAVMKNKEKPSGR
              300       310       320       330          340       

         360                                                       
pF1KSD GRWNHEGDD                                                   
       ::                                                          
NP_001 GRGASGRQARAEASVSAPQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSESTRGEDHG
       350       360       370       380       390       400       

>>XP_016884742 (OMIM: 300916) PREDICTED: paraneoplastic   (448 aa)
 initn: 1038 init1: 624 opt: 1047  Z-score: 1149.9  bits: 221.7 E(85289): 2.6e-57
Smith-Waterman score: 1047; 46.7% identity (76.5% similar) in 362 aa overlap (1-357:1-349)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
       :::.::::::. :..: .:.:...::: .  :.:::....  :. :  ::.::..::...
XP_016 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
               10        20        30        40        50        60

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pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
       ::.::..:: . .. ...::.. :::: :.:. :  : : ::: ::: ::. ::.... .
XP_016 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLSRLNYFLKDEGRSMTDV
               70        80        90       100       110       120

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pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP----MRYRKLRVFSGSAVPAP
        ::::       ..:  :  : :... :.  ..: :: :    : ::::.::::.: :.:
XP_016 ARALGC-----CSLPAES--LDAEVMPQV--RSP-PLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSP
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pF1KSD EEESFEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEA
        ::.:: ::::.:::.  : :.:.::.: : ::::::::..:...::.: ::.::.::.:
XP_016 GEETFEDWLEQVTEIMPIWQVSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDA
              180       190       200       210       220       230

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pF1KSD FKQVFGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLE
       .::.::. :. :..: :.:.:  . :::::...:::: ::..::.:  .  : .:..::.
XP_016 LKQIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLK
              240       250       260       270       280       290

        300       310       320       330       340       350      
pF1KSD QVMAGATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEER-DGY
       ...: ....  :  .:. : ..: ::.::::::.::.::: : .   :.. . .:. .: 
XP_016 HLLARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENT---EAVMKNKEKPSGR
              300       310       320       330          340       

         360                                                       
pF1KSD GRWNHEGDD                                                   
       ::                                                          
XP_016 GRGASGRQARAEASVSAPQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSESTRGEDHG
       350       360       370       380       390       400       

>>XP_016884741 (OMIM: 300916) PREDICTED: paraneoplastic   (448 aa)
 initn: 1038 init1: 624 opt: 1047  Z-score: 1149.9  bits: 221.7 E(85289): 2.6e-57
Smith-Waterman score: 1047; 46.7% identity (76.5% similar) in 362 aa overlap (1-357:1-349)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
       :::.::::::. :..: .:.:...::: .  :.:::....  :. :  ::.::..::...
XP_016 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
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        ::::       ..:  :  : :... :.  ..: :: :    : ::::.::::.: :.:
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       .::.::. :. :..: :.:.:  . :::::...:::: ::..::.:  .  : .:..::.
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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