Result of FASTA (omim) for pF1KSDA0617
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0617, 768 aa
  1>>>pF1KSDA0617 768 - 768 aa - 768 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2783+/-0.000544; mu= 15.4464+/- 0.033
 mean_var=85.1930+/-17.778, 0's: 0 Z-trim(107.9): 64  B-trim: 347 in 1/50
 Lambda= 0.138954
 statistics sampled from 15914 (15969) to 15914 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.537), E-opt: 0.2 (0.187), width:  16
 Scan time: 10.860

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_003581 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isoform 1 ( 768) 4997 1012.7       0
XP_006712863 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cull ( 757) 4868 986.8       0
XP_011510297 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cull ( 754) 4855 984.2       0
NP_001244127 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isofor ( 774) 4855 984.2       0
XP_011510298 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cull ( 704) 4435 900.0       0
NP_001244126 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isofor ( 702) 4429 898.8       0
XP_011510296 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cull ( 719) 4183 849.5       0
NP_001265443 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 3 [H ( 667) 1094 230.2 2.1e-59
NP_001008895 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 1 [H ( 759) 1009 213.2 3.2e-54
NP_001073341 (OMIM: 300304,300354) cullin-4B isofo ( 895)  978 207.0 2.8e-52
NP_001317553 (OMIM: 300304,300354) cullin-4B isofo ( 900)  978 207.0 2.8e-52
NP_003579 (OMIM: 300304,300354) cullin-4B isoform  ( 913)  978 207.1 2.8e-52
XP_011529702 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 717)  973 206.0 4.6e-52
XP_006724847 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 902)  964 204.2 1.9e-51
XP_005262538 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 915)  964 204.2   2e-51
XP_011529701 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 719)  959 203.2 3.2e-51
NP_001265442 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 2 [H ( 659)  932 197.8 1.3e-49
XP_011535825 (OMIM: 603137) PREDICTED: cullin-4A i ( 659)  932 197.8 1.3e-49
NP_003580 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 2 [Homo ( 659)  932 197.8 1.3e-49
XP_011529703 (OMIM: 300304,300354) PREDICTED: cull ( 701)  880 187.4 1.8e-46
XP_011518049 (OMIM: 603135) PREDICTED: cullin-2 is ( 745)  666 144.5 1.6e-33
NP_001185706 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform c [Ho ( 745)  666 144.5 1.6e-33
NP_003582 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform c [Homo  ( 745)  666 144.5 1.6e-33
NP_001185708 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform b [Ho ( 758)  666 144.5 1.6e-33
NP_001185707 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform a [Ho ( 764)  666 144.5 1.6e-33
XP_011518047 (OMIM: 603135) PREDICTED: cullin-2 is ( 808)  666 144.5 1.7e-33
XP_011518045 (OMIM: 603135) PREDICTED: cullin-2 is ( 808)  666 144.5 1.7e-33
XP_011518046 (OMIM: 603135) PREDICTED: cullin-2 is ( 808)  666 144.5 1.7e-33
NP_001311305 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform e [Ho ( 614)  664 144.0 1.8e-33
NP_001311304 (OMIM: 603135) cullin-2 isoform d [Ho ( 682)  663 143.9 2.2e-33
XP_011514933 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776)  615 134.3   2e-30
XP_005250117 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776)  615 134.3   2e-30
XP_011514931 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776)  615 134.3   2e-30
NP_003583 (OMIM: 603134) cullin-1 [Homo sapiens]   ( 776)  615 134.3   2e-30
XP_011514934 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776)  615 134.3   2e-30
XP_011514932 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 776)  615 134.3   2e-30
XP_016868212 (OMIM: 603134) PREDICTED: cullin-1 is ( 455)  468 104.7 9.1e-22
XP_016873854 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 519)  324 75.8   5e-13
XP_016873853 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 519)  324 75.8   5e-13
XP_005271739 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 721)  324 75.9 6.7e-13
XP_016873852 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 742)  324 75.9 6.9e-13
NP_003469 (OMIM: 601741) cullin-5 [Homo sapiens]   ( 780)  324 75.9 7.2e-13
XP_011541315 (OMIM: 601741) PREDICTED: cullin-5 is ( 396)  277 66.4 2.7e-10


>>NP_003581 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isoform 1 [Ho  (768 aa)
 initn: 4997 init1: 4997 opt: 4997  Z-score: 5415.0  bits: 1012.7 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 4997; 100.0% identity (100.0% similar) in 768 aa overlap (1-768:1-768)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD AYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD DILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD GAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMY
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD KLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESF
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD NNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFR
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD FMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSIS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD NTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD AKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMT
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD ILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFT
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD VNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHN
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760        
pF1KSD VLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
              730       740       750       760        

>>XP_006712863 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cullin-3  (757 aa)
 initn: 4855 init1: 4855 opt: 4868  Z-score: 5275.3  bits: 986.8 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 4868; 99.1% identity (99.5% similar) in 755 aa overlap (14-768:3-757)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRN
                    .: ..:   ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006            MFSKRKLRYTEMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRN
                          10        20        30        40         

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD AYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 AYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIR
      50        60        70        80        90       100         

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD DILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 DILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDR
     110       120       130       140       150       160         

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD GAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 GAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR
     170       180       190       200       210       220         

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMY
     230       240       250       260       270       280         

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD KLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 KLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESF
     290       300       310       320       330       340         

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD NNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 NNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFR
     350       360       370       380       390       400         

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD FMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 FMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSIS
     410       420       430       440       450       460         

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD NTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 NTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYL
     470       480       490       500       510       520         

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD AKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 AKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMT
     530       540       550       560       570       580         

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD ILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFT
     590       600       610       620       630       640         

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD VNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHN
     650       660       670       680       690       700         

              730       740       750       760        
pF1KSD VLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
     710       720       730       740       750       

>>XP_011510297 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cullin-3  (754 aa)
 initn: 4855 init1: 4855 opt: 4855  Z-score: 5261.3  bits: 984.2 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 4855; 100.0% identity (100.0% similar) in 746 aa overlap (23-768:9-754)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRN
                             ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011               MRSSVSGLMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRN
                             10        20        30        40      

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD AYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIR
         50        60        70        80        90       100      

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD DILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDR
        110       120       130       140       150       160      

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD GAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR
        170       180       190       200       210       220      

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMY
        230       240       250       260       270       280      

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD KLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESF
        290       300       310       320       330       340      

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD NNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFR
        350       360       370       380       390       400      

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD FMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSIS
        410       420       430       440       450       460      

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD NTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYL
        470       480       490       500       510       520      

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD AKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMT
        530       540       550       560       570       580      

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD ILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFT
        590       600       610       620       630       640      

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD VNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHN
        650       660       670       680       690       700      

              730       740       750       760        
pF1KSD VLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
        710       720       730       740       750    

>>NP_001244127 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isoform 3   (774 aa)
 initn: 4855 init1: 4855 opt: 4855  Z-score: 5261.1  bits: 984.2 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 4855; 100.0% identity (100.0% similar) in 746 aa overlap (23-768:29-774)

                     10        20        30        40        50    
pF1KSD       MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSF
                                   ::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MLRIHFFSFSFNLSHDVVLSVITEPSRCMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSF
               10        20        30        40        50        60

           60        70        80        90       100       110    
pF1KSD EELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQT
               70        80        90       100       110       120

          120       130       140       150       160       170    
pF1KSD AMVMIRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AMVMIRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERK
              130       140       150       160       170       180

          180       190       200       210       220       230    
pF1KSD GEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYI
              190       200       210       220       230       240

          240       250       260       270       280       290    
pF1KSD KKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTE
              250       260       270       280       290       300

          300       310       320       330       340       350    
pF1KSD DLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDR
              310       320       330       340       350       360

          360       370       380       390       400       410    
pF1KSD FLLESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FLLESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDK
              370       380       390       400       410       420

          420       430       440       450       460       470    
pF1KSD AMVLFRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AMVLFRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMF
              430       440       450       460       470       480

          480       490       500       510       520       530    
pF1KSD RDMSISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RDMSISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEI
              490       500       510       520       530       540

          540       550       560       570       580       590    
pF1KSD FRRFYLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FRRFYLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQV
              550       560       570       580       590       600

          600       610       620       630       640       650    
pF1KSD STFQMTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 STFQMTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIE
              610       620       630       640       650       660

          660       670       680       690       700       710    
pF1KSD NGHIFTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NGHIFTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSR
              670       680       690       700       710       720

          720       730       740       750       760        
pF1KSD KKMQHNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KKMQHNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
              730       740       750       760       770    

>>XP_011510298 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cullin-3  (704 aa)
 initn: 4435 init1: 4435 opt: 4435  Z-score: 4806.7  bits: 900.0 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 4435; 100.0% identity (100.0% similar) in 681 aa overlap (88-768:24-704)

        60        70        80        90       100       110       
pF1KSD YRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMV
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011        MSVYPIIGDVNFDHWCPPDFSTVKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMV
                      10        20        30        40        50   

       120       130       140       150       160       170       
pF1KSD MIRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MIRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEV
            60        70        80        90       100       110   

       180       190       200       210       220       230       
pF1KSD VDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKV
           120       130       140       150       160       170   

       240       250       260       270       280       290       
pF1KSD EARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLG
           180       190       200       210       220       230   

       300       310       320       330       340       350       
pF1KSD CMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLL
           240       250       260       270       280       290   

       360       370       380       390       400       410       
pF1KSD ESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMV
           300       310       320       330       340       350   

       420       430       440       450       460       470       
pF1KSD LFRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LFRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDM
           360       370       380       390       400       410   

       480       490       500       510       520       530       
pF1KSD SISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRR
           420       430       440       450       460       470   

       540       550       560       570       580       590       
pF1KSD FYLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FYLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTF
           480       490       500       510       520       530   

       600       610       620       630       640       650       
pF1KSD QMTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QMTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGH
           540       550       560       570       580       590   

       660       670       680       690       700       710       
pF1KSD IFTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IFTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKM
           600       610       620       630       640       650   

       720       730       740       750       760        
pF1KSD QHNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QHNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
           660       670       680       690       700    

>>NP_001244126 (OMIM: 603136,614496) cullin-3 isoform 2   (702 aa)
 initn: 4429 init1: 4429 opt: 4429  Z-score: 4800.2  bits: 898.8 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 4429; 100.0% identity (100.0% similar) in 680 aa overlap (89-768:23-702)

       60        70        80        90       100       110        
pF1KSD RNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVM
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001         MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVM
                       10        20        30        40        50  

      120       130       140       150       160       170        
pF1KSD IRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVV
             60        70        80        90       100       110  

      180       190       200       210       220       230        
pF1KSD DRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVE
            120       130       140       150       160       170  

      240       250       260       270       280       290        
pF1KSD ARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGC
            180       190       200       210       220       230  

      300       310       320       330       340       350        
pF1KSD MYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLE
            240       250       260       270       280       290  

      360       370       380       390       400       410        
pF1KSD SFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVL
            300       310       320       330       340       350  

      420       430       440       450       460       470        
pF1KSD FRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMS
            360       370       380       390       400       410  

      480       490       500       510       520       530        
pF1KSD ISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRF
            420       430       440       450       460       470  

      540       550       560       570       580       590        
pF1KSD YLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQ
            480       490       500       510       520       530  

      600       610       620       630       640       650        
pF1KSD MTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHI
            540       550       560       570       580       590  

      660       670       680       690       700       710        
pF1KSD FTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQ
            600       610       620       630       640       650  

      720       730       740       750       760        
pF1KSD HNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
            660       670       680       690       700  

>>XP_011510296 (OMIM: 603136,614496) PREDICTED: cullin-3  (719 aa)
 initn: 4183 init1: 4183 opt: 4183  Z-score: 4533.5  bits: 849.5 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 4531; 94.0% identity (94.4% similar) in 755 aa overlap (14-768:3-719)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRN
                    .: ..:   ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011            MFSKRKLRYTEMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRN
                          10        20        30        40         

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD AYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIR
       ::::::::::::::::::::::::::::                                
XP_011 AYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINK--------------------------------
      50        60        70                                       

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD DILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDR
             ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ------DRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDR
              80        90       100       110       120       130 

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD GAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR
             140       150       160       170       180       190 

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMY
             200       210       220       230       240       250 

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD KLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESF
             260       270       280       290       300       310 

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD NNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFR
             320       330       340       350       360       370 

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD FMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSIS
             380       390       400       410       420       430 

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD NTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYL
             440       450       460       470       480       490 

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD AKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMT
             500       510       520       530       540       550 

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD ILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFT
             560       570       580       590       600       610 

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD VNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHN
             620       630       640       650       660       670 

              730       740       750       760        
pF1KSD VLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
             680       690       700       710         

>>NP_001265443 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 3 [Homo   (667 aa)
 initn: 1408 init1: 385 opt: 1094  Z-score: 1187.4  bits: 230.2 E(85289): 2.1e-59
Smith-Waterman score: 1596; 40.6% identity (67.0% similar) in 710 aa overlap (73-768:2-667)

             50        60        70        80           90         
pF1KSD EIQRKNNSGLSFEELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKV---REDVLNSLNN
                                     ::  ::..  .:.  ..   ::: :.:.  
NP_001                              MLYKQLRQACEDHVQAQILPFREDSLDSVL-
                                            10        20        30 

     100       110       120       130               140        150
pF1KSD NFLQTLNQAWNDHQTAMVMIRDILMYMDRVYVQQNNV--------ENVY-NLGLIIFRDQ
        ::. .:  :.::   :.:::.:....::.:: ::..          .: ..:: .:: .
NP_001 -FLKKINTCWQDHCRQMIMIRSIFLFLDRTYVLQNSTLPSICPVSYCLYRDMGLELFRTH
                40        50        60        70        80         

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pF1KSD VVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFL
       ..    ....  . .: .: :::.::.:::. .:.   ::  :     .::...::  ::
NP_001 IISDKMVQSKTIDGILLLIERERSGEAVDRSLLRSLLGMLSDL-----QVYKDSFELKFL
      90       100       110       120       130            140    

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pF1KSD EMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELIS
       : .  ..  :.:... :  .  :...:  :..:: .::.  ::.::..:..  ::..:..
NP_001 EETNCLYAAEGQRLMQEREVPEYLNHVSKRLEEEGDRVITYLDHSTQKPLIACVEKQLLG
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pF1KSD KHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVS
       .:. .:..   .:: :.: .... ::. ::.::::: .: ... .  : :..  : :.: 
NP_001 EHLTAILQ---KGLDHLLDENRVPDLAQMYQLFSRVRGGQQALLQHWSEYIKTFGTAIVI
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pF1KSD EEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSP-EYLS
       .  . :   :..: :::.:.. :. .   :.... : . .  .:: :.:    .: : ..
NP_001 NPEKDK---DMVQDLLDFKDKVDHVIEVCFQKNERFVNLMKESFETFINKRPNKPAELIA
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pF1KSD LFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDD
         .:.::. : :  :..:.:  ::: :.::::.. ::::: .::. ::.:::..::.: :
NP_001 KHVDSKLRAGNKEATDEELERTLDKIMILFRFIHGKDVFEAFYKKDLAKRLLVGKSASVD
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pF1KSD SEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLT
       .::.:.:::: :::  :::::::::.:: .:.  : .:.::.:  . : : .:::: .::
NP_001 AEKSMLSKLKHECGAAFTSKLEGMFKDMELSKDIMVHFKQHMQNQSDS-GPIDLTVNILT
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pF1KSD TGYWPTQSATP-KCNIPPAPRHAFEIFRRFYLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVK
        :::::   :: . .. :   .  :.:. :::.:::::.:  :  .: : :.: :     
NP_001 MGYWPTY--TPMEVHLTPEMIKLQEVFKAFYLGKHSGRKLQWQTTLGHAVLKAEF-----
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pF1KSD KEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELV
       ::  .:                 .::: ::  .:..::. . ..::::.. : : . :: 
NP_001 KEGKKE-----------------FQVSLFQTLVLLMFNEGDGFSFEEIKMATGIEDSELR
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pF1KSD RALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPER
       :.::::::::   ::: : ::.::.:.:  :  : .:  :: :.::. .  :  :.  :.
NP_001 RTLQSLACGKA--RVLIKSPKGKEVEDGDKFIFNGEFKHKLFRIKINQIQMK--ETVEEQ
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pF1KSD KETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGL
         : ..: .::...:.:::::::: :: . ::.::.:. .:::  :  .:  .:::::.:
NP_001 VSTTERVFQDRQYQIDAAIVRIMKMRKTLGHNLLVSELYNQLK--FPVKPGDLKKRIESL
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      750       760        
pF1KSD IEREYLARTPEDRKVYTYVA
       :.:.:. :  .. . : :::
NP_001 IDRDYMERDKDNPNQYHYVA
       650       660       

>>NP_001008895 (OMIM: 603137) cullin-4A isoform 1 [Homo   (759 aa)
 initn: 1259 init1: 385 opt: 1009  Z-score: 1094.4  bits: 213.2 E(85289): 3.2e-54
Smith-Waterman score: 1707; 39.6% identity (67.5% similar) in 766 aa overlap (9-768:39-759)

                                     10        20        30        
pF1KSD                       MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLK
                                     ::.: .   .:  :  . ..:... :  :.
NP_001 GSFSALVGRTNGLTKPAALAAAPAKPGGAGGSKKLVIKNFRDRP-RLPDNYTQDTWRKLH
       10        20        30        40        50         60       

       40        50        60        70        80           90     
pF1KSD NAIQEIQRKNNSGLSFEELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKV---REDVLN
       .:.. .: ...   ..::::. . ..  :: .  ::  ::..  .:.  ..   ::: :.
NP_001 EAVRAVQSSTSIRYNLEELYQAVENLCSHKVSPMLYKQLRQACEDHVQAQILPFREDSLD
        70        80        90       100       110       120       

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pF1KSD SLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIRDILMYMDRVYVQQNN-VENVYNLGLIIFRDQVVRY
       :.   ::. .:  :.::   :.:::.:....::.:: ::. . .....:: .:: ...  
NP_001 SVL--FLKKINTCWQDHCRQMIMIRSIFLFLDRTYVLQNSTLPSIWDMGLELFRTHIISD
       130         140       150       160       170       180     

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pF1KSD GCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSA
         ....  . .: .: :::.::.:::. .:.   ::  :     .::...::  ::: . 
NP_001 KMVQSKTIDGILLLIERERSGEAVDRSLLRSLLGMLSDL-----QVYKDSFELKFLEETN
         190       200       210       220            230       240

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pF1KSD EFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMK
        ..  :.:... :  .  :...:  :..:: .::.  ::.::..:..  ::..:...:. 
NP_001 CLYAAEGQRLMQEREVPEYLNHVSKRLEEEGDRVITYLDHSTQKPLIACVEKQLLGEHLT
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pF1KSD TIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGE
       .:..   .:: :.: .... ::. ::.::::: .: ... .  : :..  : :.: .  .
NP_001 AILQ---KGLDHLLDENRVPDLAQMYQLFSRVRGGQQALLQHWSEYIKTFGTAIVINPEK
                 310       320       330       340       350       

          340       350       360       370       380        390   
pF1KSD GKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSP-EYLSLFID
        :   :..: :::.:.. :. .   :.... : . .  .:: :.:    .: : ..  .:
NP_001 DK---DMVQDLLDFKDKVDHVIEVCFQKNERFVNLMKESFETFINKRPNKPAELIAKHVD
          360       370       380       390       400       410    

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pF1KSD DKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKN
       .::. : :  :..:.:  ::: :.::::.. ::::: .::. ::.:::..::.: :.::.
NP_001 SKLRAGNKEATDEELERTLDKIMILFRFIHGKDVFEAFYKKDLAKRLLVGKSASVDAEKS
          420       430       440       450       460       470    

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pF1KSD MISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYW
       :.:::: :::  :::::::::.:: .:.  : .:.::.:  . : : .:::: .:: :::
NP_001 MLSKLKHECGAAFTSKLEGMFKDMELSKDIMVHFKQHMQNQSDS-GPIDLTVNILTMGYW
          480       490       500       510        520       530   

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pF1KSD PTQSATP-KCNIPPAPRHAFEIFRRFYLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDG
       ::   :: . .. :   .  :.:. :::.:::::.:  :  .: : :.: :     ::  
NP_001 PTY--TPMEVHLTPEMIKLQEVFKAFYLGKHSGRKLQWQTTLGHAVLKAEF-----KEGK
             540       550       560       570       580           

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pF1KSD SEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQ
       .:                 .::: ::  .:..::. . ..::::.. : : . :: :.::
NP_001 KE-----------------FQVSLFQTLVLLMFNEGDGFSFEEIKMATGIEDSELRRTLQ
                         590       600       610       620         

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pF1KSD SLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETR
       ::::::   ::: : ::.::.:.:  :  : .:  :: :.::. .  :  :.  :.  : 
NP_001 SLACGK--ARVLIKSPKGKEVEDGDKFIFNGEFKHKLFRIKINQIQMK--ETVEEQVSTT
     630         640       650       660       670         680     

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pF1KSD QKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIERE
       ..: .::...:.:::::::: :: . ::.::.:. .:::  :  .:  .:::::.::.:.
NP_001 ERVFQDRQYQIDAAIVRIMKMRKTLGHNLLVSELYNQLK--FPVKPGDLKKRIESLIDRD
         690       700       710       720         730       740   

            760        
pF1KSD YLARTPEDRKVYTYVA
       :. :  .. . : :::
NP_001 YMERDKDNPNQYHYVA
           750         

>>NP_001073341 (OMIM: 300304,300354) cullin-4B isoform 2  (895 aa)
 initn: 1336 init1: 380 opt: 978  Z-score: 1059.7  bits: 207.0 E(85289): 2.8e-52
Smith-Waterman score: 1705; 38.7% identity (69.4% similar) in 768 aa overlap (9-768:174-895)

                                     10        20           30     
pF1KSD                       MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAF---PMTMDEKYVNSIWD
                                     :: :  :. :. :   :  . :.:..  :.
NP_001 ILISSVASVHHANGLAKSSTTVSSFANSKPGSAK--KLVIKNFKDKP-KLPENYTDETWQ
           150       160       170         180        190       200

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pF1KSD LLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHL---INKVRED
        ::.:.. :: ...   ..::::. . ..  .: . .::  ::..  .:.   :.. :::
NP_001 KLKEAVEAIQNSTSIKYNLEELYQAVENLCSYKISANLYKQLRQICEDHIKAQIHQFRED
              210       220       230       240       250       260

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pF1KSD VLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIRDILMYMDRVYVQQNNV-ENVYNLGLIIFRDQV
        :.:.   ::. ... :..:   :.:::.:....::.:: ::..  .....:: .:: ..
NP_001 SLDSVL--FLKKIDRCWQNHCRQMIMIRSIFLFLDRTYVLQNSMLPSIWDMGLELFRAHI
                270       280       290       300       310        

             160       170       180       190       200       210 
pF1KSD VRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLE
       .    ....  . .: .: :::.::..::. .:.  .::  :     ..:...::  :::
NP_001 ISDQKVQNKTIDGILLLIERERNGEAIDRSLLRSLLSMLSDL-----QIYQDSFEQRFLE
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