Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0237
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0237, 308 aa
  1>>>pF1KSDA0237 308 - 308 aa - 308 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8679+/-0.000751; mu= 12.9733+/- 0.045
 mean_var=80.9479+/-16.561, 0's: 0 Z-trim(109.6): 59  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.142551
 statistics sampled from 10949 (11010) to 10949 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.708), E-opt: 0.2 (0.338), width:  16
 Scan time:  2.490

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS30687.1 RIMS3 gene_id:9783|Hs108|chr1          ( 308) 1996 419.8 1.3e-117
CCDS55030.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6         (1012) 1291 275.1 1.5e-73
CCDS47449.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6         (1692) 1291 275.3 2.3e-73
CCDS64949.1 RIMS2 gene_id:9699|Hs108|chr8          ( 285) 1180 252.0 3.9e-67
CCDS55032.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6         ( 760) 1170 250.2 3.7e-66
CCDS55029.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6         ( 817) 1170 250.2 3.9e-66
CCDS55031.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6         ( 826) 1170 250.2   4e-66
CCDS43761.1 RIMS2 gene_id:9699|Hs108|chr8          (1163) 1145 245.1 1.9e-64
CCDS64948.1 RIMS2 gene_id:9699|Hs108|chr8          (1188) 1145 245.1 1.9e-64
CCDS55269.1 RIMS2 gene_id:9699|Hs108|chr8          (1349) 1145 245.2 2.1e-64
CCDS55033.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6         ( 219) 1096 234.7   5e-62
CCDS56191.1 RIMS4 gene_id:140730|Hs108|chr20       ( 270)  976 210.0 1.6e-54
CCDS13338.1 RIMS4 gene_id:140730|Hs108|chr20       ( 269)  970 208.8 3.8e-54


>>CCDS30687.1 RIMS3 gene_id:9783|Hs108|chr1               (308 aa)
 initn: 1996 init1: 1996 opt: 1996  Z-score: 2225.2  bits: 419.8 E(32554): 1.3e-117
Smith-Waterman score: 1996; 99.7% identity (100.0% similar) in 308 aa overlap (1-308:1-308)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MFNGEPGPASSGASRNVVRSSSIGGEICGSQQAGGGAGTTTAKKRRSSLGAKMVAIVGLT
       :::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MFNGEPGPASSGASRNVVRSSSISGEICGSQQAGGGAGTTTAKKRRSSLGAKMVAIVGLT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD QWSKSTLQLPQPEGATKKLRSNIRRSTETGIAVEMRSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 QWSKSTLQLPQPEGATKKLRSNIRRSTETGIAVEMRSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD FIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGPAQIVGRQTLATPPMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 FIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGPAQIVGRQTLATPPMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD LTPKPGSKSLPATYIKVYLLENGACLAKKKTKMTKKTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LTPKPGSKSLPATYIKVYLLENGACLAKKKTKMTKKTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVI
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD VWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDELDLSAAVTGWYKLFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 VWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDELDLSAAVTGWYKLFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLE
              250       260       270       280       290       300

               
pF1KSD SATSPSCS
       ::::::::
CCDS30 SATSPSCS
               

>>CCDS55030.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6              (1012 aa)
 initn: 1209 init1: 1077 opt: 1291  Z-score: 1433.8  bits: 275.1 E(32554): 1.5e-73
Smith-Waterman score: 1291; 66.9% identity (87.4% similar) in 302 aa overlap (13-307:711-1009)

                                 10        20             30       
pF1KSD                   MFNGEPGPASSGASRNVVRSSSIGGEI-----CGSQQAGGGA
                                     ..:....:.:..::.       ..:.  ..
CCDS55 STSFMSEQSERPRGRISSFTPKMQGRRMGTSGRSIMKSTSVSGEMYTLEHNDGSQSDTAV
              690       700       710       720       730       740

        40          50        60        70        80        90     
pF1KSD GTTTA--KKRRSSLGAKMVAIVGLTQWSKSTLQLPQPEGATKKLRSNIRRSTETGIAVEM
       ::. :  :::::::.::.::::  .. :.:: :: : :.. :::.:.:.::::::.:.::
CCDS55 GTVGAGGKKRRSSLSAKVVAIV--SRRSRSTSQLSQTESGHKKLKSTIQRSTETGMAAEM
              750       760         770       780       790        

         100       110       120       130       140       150     
pF1KSD RSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGTFIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGPAQIVGRQTLATP
       : ...:: :::::::: :: ::.:..::: .::::.::::::::::::::.:::::::::
CCDS55 R-KMVRQPSRESTDGSINSYSSEGNLIFPGVRLGADSQFSDFLDGLGPAQLVGRQTLATP
       800       810       820       830       840       850       

         160       170       180       190       200       210     
pF1KSD PMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARGLTPKPGSKSLPATYIKVYLLENGACLAKKKTKMTK
        :::..:.. :..::::::::.::.:: :::::: :: :.::::::::::.:::::....
CCDS55 AMGDIQIGMEDKKGQLEVEVIRARSLTQKPGSKSTPAPYVKVYLLENGACIAKKKTRIAR
       860       870       880       890       900       910       

         220       230       240       250       260       270     
pF1KSD KTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDELDLSAAVTGWYK
       :: ::::::.:.:::.::::::::::::::::::::::::.:::.:.:::::. : ::::
CCDS55 KTLDPLYQQSLVFDESPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGVAQILLEELDLSSMVIGWYK
       920       930       940       950       960       970       

         280       290       300          
pF1KSD LFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLESATSPSCS  
       ::: ::..: ::  :::: :::::::.:.: :   
CCDS55 LFPPSSLVDPTLTPLTRRASQSSLESSTGPPCIRS
       980       990      1000      1010  

>>CCDS47449.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6              (1692 aa)
 initn: 1209 init1: 1077 opt: 1291  Z-score: 1430.5  bits: 275.3 E(32554): 2.3e-73
Smith-Waterman score: 1291; 66.9% identity (87.4% similar) in 302 aa overlap (13-307:1391-1689)

                                 10        20             30       
pF1KSD                   MFNGEPGPASSGASRNVVRSSSIGGEI-----CGSQQAGGGA
                                     ..:....:.:..::.       ..:.  ..
CCDS47 STSFMSEQSERPRGRISSFTPKMQGRRMGTSGRSIMKSTSVSGEMYTLEHNDGSQSDTAV
             1370      1380      1390      1400      1410      1420

        40          50        60        70        80        90     
pF1KSD GTTTA--KKRRSSLGAKMVAIVGLTQWSKSTLQLPQPEGATKKLRSNIRRSTETGIAVEM
       ::. :  :::::::.::.::::  .. :.:: :: : :.. :::.:.:.::::::.:.::
CCDS47 GTVGAGGKKRRSSLSAKVVAIV--SRRSRSTSQLSQTESGHKKLKSTIQRSTETGMAAEM
             1430      1440        1450      1460      1470        

         100       110       120       130       140       150     
pF1KSD RSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGTFIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGPAQIVGRQTLATP
       : ...:: :::::::: :: ::.:..::: .::::.::::::::::::::.:::::::::
CCDS47 R-KMVRQPSRESTDGSINSYSSEGNLIFPGVRLGADSQFSDFLDGLGPAQLVGRQTLATP
      1480      1490      1500      1510      1520      1530       

         160       170       180       190       200       210     
pF1KSD PMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARGLTPKPGSKSLPATYIKVYLLENGACLAKKKTKMTK
        :::..:.. :..::::::::.::.:: :::::: :: :.::::::::::.:::::....
CCDS47 AMGDIQIGMEDKKGQLEVEVIRARSLTQKPGSKSTPAPYVKVYLLENGACIAKKKTRIAR
      1540      1550      1560      1570      1580      1590       

         220       230       240       250       260       270     
pF1KSD KTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDELDLSAAVTGWYK
       :: ::::::.:.:::.::::::::::::::::::::::::.:::.:.:::::. : ::::
CCDS47 KTLDPLYQQSLVFDESPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGVAQILLEELDLSSMVIGWYK
      1600      1610      1620      1630      1640      1650       

         280       290       300          
pF1KSD LFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLESATSPSCS  
       ::: ::..: ::  :::: :::::::.:.: :   
CCDS47 LFPPSSLVDPTLTPLTRRASQSSLESSTGPPCIRS
      1660      1670      1680      1690  

>>CCDS64949.1 RIMS2 gene_id:9699|Hs108|chr8               (285 aa)
 initn: 1158 init1: 1134 opt: 1180  Z-score: 1318.7  bits: 252.0 E(32554): 3.9e-67
Smith-Waterman score: 1180; 64.0% identity (86.2% similar) in 283 aa overlap (29-308:2-283)

               10        20        30        40           50       
pF1KSD MFNGEPGPASSGASRNVVRSSSIGGEICGSQQAGGGAGTTTAKKR---RSSLGAKMVAIV
                                   : :  ::....  . .:   ::::.:.. :..
CCDS64                            MGRQGLGGASAAGRSMQRSQSRSSLSASFEALA
                                          10        20        30   

        60        70        80        90       100       110       
pF1KSD GLTQWSKSTLQLPQPEGATKKLRSNIRRSTETGIAVEMRSRVTRQGSRESTDGSTNSNSS
       :      ..:.  . :.. :::::...::::::.:::::. .:::.:::::::: :: ::
CCDS64 GYFP-CMNSLEEEEGEAGGKKLRSTVQRSTETGLAVEMRNWMTRQASRESTDGSMNSYSS
             40        50        60        70        80        90  

       120       130       140       150       160       170       
pF1KSD DGTFIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGPAQIVGRQTLATPPMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIE
       .:..::: .::...::::::::::::::.::::::::: :::.....::..::::::.:.
CCDS64 EGNLIFPGVRLASDSQFSDFLDGLGPAQLVGRQTLATPAMGDIQVGMMDKKGQLEVEIIR
            100       110       120       130       140       150  

       180       190       200       210       220       230       
pF1KSD ARGLTPKPGSKSLPATYIKVYLLENGACLAKKKTKMTKKTCDPLYQQALLFDEGPQGKVL
       ::::. :::::.::: :.:::::.::.:.::::::...:: .::::: : :.:.::::::
CCDS64 ARGLVVKPGSKTLPAPYVKVYLLDNGVCIAKKKTKVARKTLEPLYQQLLSFEESPQGKVL
            160       170       180       190       200       210  

       240       250       260       270       280       290       
pF1KSD QVIVWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDELDLSAAVTGWYKLFPTSSVADSTLGSLTRRLSQS
       :.:::::::::::: :::.:::.::::.::  : ::.:::: ::..: ::. :::: :::
CCDS64 QIIVWGDYGRMDHKSFMGVAQILLDELELSNMVIGWFKLFPPSSLVDPTLAPLTRRASQS
            220       230       240       250       260       270  

       300          
pF1KSD SLESATSPSCS  
       ::::.:.:: :  
CCDS64 SLESSTGPSYSRS
            280     

>>CCDS55032.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6              (760 aa)
 initn: 1190 init1: 1077 opt: 1170  Z-score: 1301.2  bits: 250.2 E(32554): 3.7e-66
Smith-Waterman score: 1170; 70.9% identity (87.4% similar) in 254 aa overlap (63-307:505-757)

             40        50        60        70                 80   
pF1KSD AGGGAGTTTAKKRRSSLGAKMVAIVGLTQWSKSTLQLPQ-P--------EGATKKLRSNI
                                     :.   :::: :        :.. :::.:.:
CCDS55 QTRKGTASDAERMHRQRSPTQSPPADTSFSSRRGRQLPQVPVRSGSIEQESGHKKLKSTI
          480       490       500       510       520       530    

            90       100       110       120       130       140   
pF1KSD RRSTETGIAVEMRSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGTFIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGP
       .::::::.:.::: ...:: :::::::: :: ::.:..::: .::::.::::::::::::
CCDS55 QRSTETGMAAEMR-KMVRQPSRESTDGSINSYSSEGNLIFPGVRLGADSQFSDFLDGLGP
          540        550       560       570       580       590   

           150       160       170       180       190       200   
pF1KSD AQIVGRQTLATPPMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARGLTPKPGSKSLPATYIKVYLLENG
       ::.::::::::: :::..:.. :..::::::::.::.:: :::::: :: :.::::::::
CCDS55 AQLVGRQTLATPAMGDIQIGMEDKKGQLEVEVIRARSLTQKPGSKSTPAPYVKVYLLENG
           600       610       620       630       640       650   

           210       220       230       240       250       260   
pF1KSD ACLAKKKTKMTKKTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDE
       ::.:::::....:: ::::::.:.:::.::::::::::::::::::::::::.:::.:.:
CCDS55 ACIAKKKTRIARKTLDPLYQQSLVFDESPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGVAQILLEE
           660       670       680       690       700       710   

           270       280       290       300          
pF1KSD LDLSAAVTGWYKLFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLESATSPSCS  
       ::::. : ::::::: ::..: ::  :::: :::::::.:.: :   
CCDS55 LDLSSMVIGWYKLFPPSSLVDPTLTPLTRRASQSSLESSTGPPCIRS
           720       730       740       750       760

>>CCDS55029.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6              (817 aa)
 initn: 1190 init1: 1077 opt: 1170  Z-score: 1300.7  bits: 250.2 E(32554): 3.9e-66
Smith-Waterman score: 1170; 70.9% identity (87.4% similar) in 254 aa overlap (63-307:562-814)

             40        50        60        70                 80   
pF1KSD AGGGAGTTTAKKRRSSLGAKMVAIVGLTQWSKSTLQLPQ-P--------EGATKKLRSNI
                                     :.   :::: :        :.. :::.:.:
CCDS55 PDTSLHSPERERMHRQRSPTQSPPADTSFSSRRGRQLPQVPVRSGSIEQESGHKKLKSTI
             540       550       560       570       580       590 

            90       100       110       120       130       140   
pF1KSD RRSTETGIAVEMRSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGTFIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGP
       .::::::.:.::: ...:: :::::::: :: ::.:..::: .::::.::::::::::::
CCDS55 QRSTETGMAAEMR-KMVRQPSRESTDGSINSYSSEGNLIFPGVRLGADSQFSDFLDGLGP
             600        610       620       630       640       650

           150       160       170       180       190       200   
pF1KSD AQIVGRQTLATPPMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARGLTPKPGSKSLPATYIKVYLLENG
       ::.::::::::: :::..:.. :..::::::::.::.:: :::::: :: :.::::::::
CCDS55 AQLVGRQTLATPAMGDIQIGMEDKKGQLEVEVIRARSLTQKPGSKSTPAPYVKVYLLENG
              660       670       680       690       700       710

           210       220       230       240       250       260   
pF1KSD ACLAKKKTKMTKKTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDE
       ::.:::::....:: ::::::.:.:::.::::::::::::::::::::::::.:::.:.:
CCDS55 ACIAKKKTRIARKTLDPLYQQSLVFDESPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGVAQILLEE
              720       730       740       750       760       770

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pF1KSD LDLSAAVTGWYKLFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLESATSPSCS  
       ::::. : ::::::: ::..: ::  :::: :::::::.:.: :   
CCDS55 LDLSSMVIGWYKLFPPSSLVDPTLTPLTRRASQSSLESSTGPPCIRS
              780       790       800       810       

>>CCDS55031.1 RIMS1 gene_id:22999|Hs108|chr6              (826 aa)
 initn: 1190 init1: 1077 opt: 1170  Z-score: 1300.6  bits: 250.2 E(32554): 4e-66
Smith-Waterman score: 1170; 70.9% identity (87.4% similar) in 254 aa overlap (63-307:571-823)

             40        50        60        70                 80   
pF1KSD AGGGAGTTTAKKRRSSLGAKMVAIVGLTQWSKSTLQLPQ-P--------EGATKKLRSNI
                                     :.   :::: :        :.. :::.:.:
CCDS55 QTRKGTASDAERMHRQRSPTQSPPADTSFSSRRGRQLPQVPVRSGSIEQESGHKKLKSTI
              550       560       570       580       590       600

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pF1KSD RRSTETGIAVEMRSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGTFIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGP
       .::::::.:.::: ...:: :::::::: :: ::.:..::: .::::.::::::::::::
CCDS55 QRSTETGMAAEMR-KMVRQPSRESTDGSINSYSSEGNLIFPGVRLGADSQFSDFLDGLGP
              610        620       630       640       650         

           150       160       170       180       190       200   
pF1KSD AQIVGRQTLATPPMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARGLTPKPGSKSLPATYIKVYLLENG
       ::.::::::::: :::..:.. :..::::::::.::.:: :::::: :: :.::::::::
CCDS55 AQLVGRQTLATPAMGDIQIGMEDKKGQLEVEVIRARSLTQKPGSKSTPAPYVKVYLLENG
     660       670       680       690       700       710         

           210       220       230       240       250       260   
pF1KSD ACLAKKKTKMTKKTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDE
       ::.:::::....:: ::::::.:.:::.::::::::::::::::::::::::.:::.:.:
CCDS55 ACIAKKKTRIARKTLDPLYQQSLVFDESPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGVAQILLEE
     720       730       740       750       760       770         

           270       280       290       300          
pF1KSD LDLSAAVTGWYKLFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLESATSPSCS  
       ::::. : ::::::: ::..: ::  :::: :::::::.:.: :   
CCDS55 LDLSSMVIGWYKLFPPSSLVDPTLTPLTRRASQSSLESSTGPPCIRS
     780       790       800       810       820      

>>CCDS43761.1 RIMS2 gene_id:9699|Hs108|chr8               (1163 aa)
 initn: 1163 init1: 1134 opt: 1145  Z-score: 1270.6  bits: 245.1 E(32554): 1.9e-64
Smith-Waterman score: 1145; 69.5% identity (88.8% similar) in 249 aa overlap (68-308:913-1161)

        40        50        60        70                80         
pF1KSD GTTTAKKRRSSLGAKMVAIVGLTQWSKSTLQLPQ--PEGAT------KKLRSNIRRSTET
                                     ::::  :.:.       :::::...:::::
CCDS43 PSPALSRSHPRTGSVQTSPSSTPVAGRRGRQLPQLPPKGTLDRKAGGKKLRSTVQRSTET
            890       900       910       920       930       940  

      90       100       110       120       130       140         
pF1KSD GIAVEMRSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGTFIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGPAQIVGR
       :.:::::. .:::.:::::::: :: ::.:..::: .::...::::::::::::::.:::
CCDS43 GLAVEMRNWMTRQASRESTDGSMNSYSSEGNLIFPGVRLASDSQFSDFLDGLGPAQLVGR
            950       960       970       980       990      1000  

     150       160       170       180       190       200         
pF1KSD QTLATPPMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARGLTPKPGSKSLPATYIKVYLLENGACLAKK
       :::::: :::.....::..::::::.:.::::. :::::.::: :.:::::.::.:.:::
CCDS43 QTLATPAMGDIQVGMMDKKGQLEVEIIRARGLVVKPGSKTLPAPYVKVYLLDNGVCIAKK
           1010      1020      1030      1040      1050      1060  

     210       220       230       240       250       260         
pF1KSD KTKMTKKTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDELDLSAA
       :::...:: .::::: : :.:.:::::::.:::::::::::: :::.:::.::::.::  
CCDS43 KTKVARKTLEPLYQQLLSFEESPQGKVLQIIVWGDYGRMDHKSFMGVAQILLDELELSNM
           1070      1080      1090      1100      1110      1120  

     270       280       290       300          
pF1KSD VTGWYKLFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLESATSPSCS  
       : ::.:::: ::..: ::. :::: :::::::.:.:: :  
CCDS43 VIGWFKLFPPSSLVDPTLAPLTRRASQSSLESSTGPSYSRS
           1130      1140      1150      1160   

>>CCDS64948.1 RIMS2 gene_id:9699|Hs108|chr8               (1188 aa)
 initn: 1163 init1: 1134 opt: 1145  Z-score: 1270.5  bits: 245.1 E(32554): 1.9e-64
Smith-Waterman score: 1145; 69.5% identity (88.8% similar) in 249 aa overlap (68-308:938-1186)

        40        50        60        70                80         
pF1KSD GTTTAKKRRSSLGAKMVAIVGLTQWSKSTLQLPQ--PEGAT------KKLRSNIRRSTET
                                     ::::  :.:.       :::::...:::::
CCDS64 PSPALSRSHPRTGSVQTSPSSTPVAGRRGRQLPQLPPKGTLDRKAGGKKLRSTVQRSTET
       910       920       930       940       950       960       

      90       100       110       120       130       140         
pF1KSD GIAVEMRSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGTFIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGPAQIVGR
       :.:::::. .:::.:::::::: :: ::.:..::: .::...::::::::::::::.:::
CCDS64 GLAVEMRNWMTRQASRESTDGSMNSYSSEGNLIFPGVRLASDSQFSDFLDGLGPAQLVGR
       970       980       990      1000      1010      1020       

     150       160       170       180       190       200         
pF1KSD QTLATPPMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARGLTPKPGSKSLPATYIKVYLLENGACLAKK
       :::::: :::.....::..::::::.:.::::. :::::.::: :.:::::.::.:.:::
CCDS64 QTLATPAMGDIQVGMMDKKGQLEVEIIRARGLVVKPGSKTLPAPYVKVYLLDNGVCIAKK
      1030      1040      1050      1060      1070      1080       

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pF1KSD KTKMTKKTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDELDLSAA
       :::...:: .::::: : :.:.:::::::.:::::::::::: :::.:::.::::.::  
CCDS64 KTKVARKTLEPLYQQLLSFEESPQGKVLQIIVWGDYGRMDHKSFMGVAQILLDELELSNM
      1090      1100      1110      1120      1130      1140       

     270       280       290       300          
pF1KSD VTGWYKLFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLESATSPSCS  
       : ::.:::: ::..: ::. :::: :::::::.:.:: :  
CCDS64 VIGWFKLFPPSSLVDPTLAPLTRRASQSSLESSTGPSYSRS
      1150      1160      1170      1180        

>>CCDS55269.1 RIMS2 gene_id:9699|Hs108|chr8               (1349 aa)
 initn: 1163 init1: 1134 opt: 1145  Z-score: 1269.7  bits: 245.2 E(32554): 2.1e-64
Smith-Waterman score: 1145; 69.5% identity (88.8% similar) in 249 aa overlap (68-308:1099-1347)

        40        50        60        70                80         
pF1KSD GTTTAKKRRSSLGAKMVAIVGLTQWSKSTLQLPQ--PEGAT------KKLRSNIRRSTET
                                     ::::  :.:.       :::::...:::::
CCDS55 PSPALSRSHPRTGSVQTSPSSTPVAGRRGRQLPQLPPKGTLDRKAGGKKLRSTVQRSTET
     1070      1080      1090      1100      1110      1120        

      90       100       110       120       130       140         
pF1KSD GIAVEMRSRVTRQGSRESTDGSTNSNSSDGTFIFPTTRLGAESQFSDFLDGLGPAQIVGR
       :.:::::. .:::.:::::::: :: ::.:..::: .::...::::::::::::::.:::
CCDS55 GLAVEMRNWMTRQASRESTDGSMNSYSSEGNLIFPGVRLASDSQFSDFLDGLGPAQLVGR
     1130      1140      1150      1160      1170      1180        

     150       160       170       180       190       200         
pF1KSD QTLATPPMGDVHIAIMDRSGQLEVEVIEARGLTPKPGSKSLPATYIKVYLLENGACLAKK
       :::::: :::.....::..::::::.:.::::. :::::.::: :.:::::.::.:.:::
CCDS55 QTLATPAMGDIQVGMMDKKGQLEVEIIRARGLVVKPGSKTLPAPYVKVYLLDNGVCIAKK
     1190      1200      1210      1220      1230      1240        

     210       220       230       240       250       260         
pF1KSD KTKMTKKTCDPLYQQALLFDEGPQGKVLQVIVWGDYGRMDHKCFMGMAQIMLDELDLSAA
       :::...:: .::::: : :.:.:::::::.:::::::::::: :::.:::.::::.::  
CCDS55 KTKVARKTLEPLYQQLLSFEESPQGKVLQIIVWGDYGRMDHKSFMGVAQILLDELELSNM
     1250      1260      1270      1280      1290      1300        

     270       280       290       300          
pF1KSD VTGWYKLFPTSSVADSTLGSLTRRLSQSSLESATSPSCS  
       : ::.:::: ::..: ::. :::: :::::::.:.:: :  
CCDS55 VIGWFKLFPPSSLVDPTLAPLTRRASQSSLESSTGPSYSRS
     1310      1320      1330      1340         




308 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 00:50:57 2016 done: Thu Nov  3 00:50:57 2016
 Total Scan time:  2.490 Total Display time:  0.030

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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