Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0212
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0212, 657 aa
  1>>>pF1KSDA0212 657 - 657 aa - 657 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6992+/-0.00103; mu= 10.5531+/- 0.062
 mean_var=183.9126+/-37.481, 0's: 0 Z-trim(111.0): 14  B-trim: 109 in 2/48
 Lambda= 0.094573
 statistics sampled from 11990 (12000) to 11990 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.705), E-opt: 0.2 (0.369), width:  16
 Scan time:  3.220

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS33686.1 EDEM1 gene_id:9695|Hs108|chr3          ( 657) 4513 628.5  9e-180
CCDS1363.2 EDEM3 gene_id:80267|Hs108|chr1          ( 932)  837 127.1 1.1e-28
CCDS46592.1 EDEM2 gene_id:55741|Hs108|chr20        ( 541)  489 79.4 1.5e-14
CCDS13247.1 EDEM2 gene_id:55741|Hs108|chr20        ( 578)  489 79.4 1.5e-14


>>CCDS33686.1 EDEM1 gene_id:9695|Hs108|chr3               (657 aa)
 initn: 4513 init1: 4513 opt: 4513  Z-score: 3341.0  bits: 628.5 E(32554): 9e-180
Smith-Waterman score: 4513; 100.0% identity (100.0% similar) in 657 aa overlap (1-657:1-657)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MQWRALVLGLVLLRLGLHGVLWLVFGLGPSMGFYQRFPLSFGFQRLRSPDGPASPTSGPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MQWRALVLGLVLLRLGLHGVLWLVFGLGPSMGFYQRFPLSFGFQRLRSPDGPASPTSGPV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GRPGGVSGPSWLQPPGTGAAQSPRKAPRRPGPGMCGPANWGYVLGGRGRGPDEYEKRYSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GRPGGVSGPSWLQPPGTGAAQSPRKAPRRPGPGMCGPANWGYVLGGRGRGPDEYEKRYSG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD AFPPQLRAQMRDLARGMFVFGYDNYMAHAFPQDELNPIHCRGRGPDRGDPSNLNINDVLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 AFPPQLRAQMRDLARGMFVFGYDNYMAHAFPQDELNPIHCRGRGPDRGDPSNLNINDVLG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD NYSLTLVDALDTLAIMGNSSEFQKAVKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NYSLTLVDALDTLAIMGNSSEFQKAVKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRI
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD ITDSKQPFGDMTIKDYDNELLYMAHDLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGVPPDTNNE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ITDSKQPFGDMTIKDYDNELLYMAHDLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGVPPDTNNE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD TCTAGAGSLLVEFGILSRLLGDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TCTAGAGSLLVEFGILSRLLGDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVG
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD KQSGLGAGLDSFYEYLLKSYILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KQSGLGAGLDSFYEYLLKSYILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLY
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD VNVNMFSGQLMNTWIDSLQAFFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VNVNMFSGQLMNTWIDSLQAFFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD QAPDVLFYPLRPELVESTYLLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QAPDVLFYPLRPELVESTYLLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDK
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD STEDRMESFFLSETCKYLYLLFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 STEDRMESFFLSETCKYLYLLFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       
pF1KSD EEGGQDQGGKSVHRPKPHELKVINSSSNCNRVPDERRYSLPLKSIYMRQIDQMVGLI
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EEGGQDQGGKSVHRPKPHELKVINSSSNCNRVPDERRYSLPLKSIYMRQIDQMVGLI
              610       620       630       640       650       

>>CCDS1363.2 EDEM3 gene_id:80267|Hs108|chr1               (932 aa)
 initn: 1247 init1: 366 opt: 837  Z-score: 628.4  bits: 127.1 E(32554): 1.1e-28
Smith-Waterman score: 1303; 44.8% identity (74.5% similar) in 475 aa overlap (119-584:39-496)

       90       100       110       120         130       140      
pF1KSD RPGPGMCGPANWGYVLGGRGRGPDEYEKRYSGAFPP--QLRAQMRDLARGMFVFGYDNYM
                                     .:: :   . . .. . .  ::  .: :::
CCDS13 CGSPVPQRARWRLVAATAAFCLVSATSVWTAGAEPMSREEKQKLGNQVLEMFDHAYGNYM
       10        20        30        40        50        60        

        150       160        170       180       190       200     
pF1KSD AHAFPQDELNPIHCRGRGPDRG-DPSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSSEFQKA
        ::.: ::: :. ::::   :: .::  ...:.::..::::.:.::::.......::. :
CCDS13 EHAYPADELMPLTCRGRV--RGQEPSRGDVDDALGKFSLTLIDSLDTLVVLNKTKEFEDA
       70        80          90       100       110       120      

         210       220       230       240       250       260     
pF1KSD VKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNELLYMAH
       :. :.  :..:.: .:.:::..:::::.::..: .    :.  :.. .. :..::: ::.
CCDS13 VRKVLRDVNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLKEK-GEY-MQWYNDELLQMAK
        130       140       150       160        170        180    

         270       280       290            300       310       320
pF1KSD DLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGV-PPD----TNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
       .:. .::::: :: .:.::::.::: :.  :.    :...:::: ::.:..::. :::. 
CCDS13 QLGYKLLPAF-NTTSGLPYPRINLKFGIRKPEARTGTETDTCTACAGTLILEFAALSRFT
          190        200       210       220       230       240   

              330       340       350       360       370       380
pF1KSD GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
       : . ::  ::.:.  ::. :. ...:.: ..::.:: :: :.::.:::.::.::::::.:
CCDS13 GATIFEEYARKALDFLWEKRQRSSNLVGVTINIHTGDWVRKDSGVGAGIDSYYEYLLKAY
           250       260       270       280       290       300   

              390       400       410       420       430          
pF1KSD ILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNVNMFSGQL-MNTWIDSLQ
       .:.:.   :: ::. :..:. :. .           ::: ..:.. . .:   ::.:.: 
CCDS13 VLLGDDSFLERFNTHYDAIMRYISQ-----------PPLLLDVHIHKPMLNARTWMDALL
           310       320                  330       340       350  

     440       450       460       470       480       490         
pF1KSD AFFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAPDVLFYPLRPELVESTY
       ::::::::: ::.. ::  : . : . :... ::: .. ....  .  .:::::..::::
CCDS13 AFFPGLQVLKGDIRPAIETHEMLYQVIKKHNFLPEAFTTDFRVHWAQ-HPLRPEFAESTY
            360       370       380       390        400       410 

     500       510       520       530       540       550         
pF1KSD LLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLY
       .::.:: .:.::.::  ....:.::..: ::.:... :   : ::::.::::.:  ::::
CCDS13 FLYKATGDPYYLEVGKTLIENLNKYARVPCGFAAMKDVRTGSHEDRMDSFFLAEMFKYLY
             420       430       440       450       460       470 

     560       570       580       590       600       610         
pF1KSD LLFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFSEEGGQDQGGKSVHRPKPHE
       ::: . . .  .   :.::::.:..                                   
CCDS13 LLFADKEDIIFDIEDYIFTTEAHLLPLWLSTTNQSISKKNTTSEYTELDDSNFDWTCPNT
             480       490       500       510       520       530 

>>CCDS46592.1 EDEM2 gene_id:55741|Hs108|chr20             (541 aa)
 initn: 935 init1: 333 opt: 489  Z-score: 374.9  bits: 79.4 E(32554): 1.5e-14
Smith-Waterman score: 1108; 41.2% identity (66.6% similar) in 497 aa overlap (155-619:15-489)

          130       140       150       160       170       180    
pF1KSD QLRAQMRDLARGMFVFGYDNYMAHAFPQDELNPIHCRGRGPDRGDPSNLNINDVLGNYSL
                                     : : :  . ::: . :.  . .     .::
CCDS46                 MPFRLLIPLGLLCALLPQHHGAPGPDGSAPDPAHYS-----FSL
                               10        20        30              

          190       200       210       220       230       240    
pF1KSD TLVDALDTLAIMGNSSEFQKAVKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDS
       ::.:::::: :.:: ::::..:... ..:.:: : ...:::..:::.:.::::: .   :
CCDS46 TLIDALDTLLILGNVSEFQRVVEVLQDSVDFDIDVNASVFETNIRVVGGLLSAHLL---S
      40        50        60        70        80        90         

          250        260       270       280       290       300   
pF1KSD KQPFGDMTIK-DYDNELLYMAHDLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGVPPDTNNETCT
       :.   ..      .. :: ::.. : .:::::. : ::.::  :::  :: :  .  :::
CCDS46 KKAGVEVEAGWPCSGPLLRMAEEAARKLLPAFQ-TPTGMPYGTVNLLHGVNPGETPVTCT
        100       110       120        130       140       150     

           310       320       330       340       350       360   
pF1KSD AGAGSLLVEFGILSRLLGDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQS
       :: :...:::. :: : :: .:: ::: :.  ::. :: : ::.:: ... ::.::....
CCDS46 AGIGTFIVEFATLSSLTGDPVFEDVARVALMRLWESRS-DIGLVGNHIDVLTGKWVAQDA
         160       170       180       190        200       210    

           370       380       390       400       410       420   
pF1KSD GLGAGLDSFYEYLLKSYILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNV
       :.:::.::..:::.:. ::. .:. . ::    ..:.:: :               :. :
CCDS46 GIGAGVDSYFEYLVKGAILLQDKKLMAMFLEYNKAIRNYTRFD-----------DWYLWV
          220       230       240       250                  260   

           430       440       450       460       470       480   
pF1KSD NMFSGQLMNTWIDSLQAFFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAP
       .:..: .    ..::.:..:::: ::::...:.     ::..::..:.::: ::   :. 
CCDS46 QMYKGTVSMPVFQSLEAYWPGLQSLIGDIDNAMRTFLNYYTVWKQFGGLPEFYNIP-QGY
           270       280       290       300       310        320  

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD DVLF---YPLRPELVESTYLLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDK
        :     :::::::.::.. ::.:: .:  :..: : ..:.:: .::.::.::.. . :.
CCDS46 TVEKREGYPLRPELIESAMYLYRATGDPTLLELGRDAVESIEKISKVECGFATIKDLRDH
            330       340       350       360       370       380  

              550       560       570                        580   
pF1KSD STEDRMESFFLSETCKYLYLLFDEDNPVHKSGTR-----------------YMFTTEGHI
       . ..:::::::.:: ::::::::  : .:..:.                  :.:.::.: 
CCDS46 KLDNRMESFFLAETVKYLYLLFDPTNFIHNNGSTFDAVITPYGECILGAGGYIFNTEAHP
            390       400       410       420       430       440  

                590             600       610       620       630  
pF1KSD VSVD-----EHLRELPW------KEFFSEEGGQDQGGKSVHRPKPHELKVINSSSNCNRV
       ..       ..:.:  :      .::.: . ....  :..    : :             
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