Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0111
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0111, 411 aa
  1>>>pF1KSDA0111 411 - 411 aa - 411 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5790+/-0.00114; mu= 15.1678+/- 0.068
 mean_var=63.8164+/-12.975, 0's: 0 Z-trim(100.5): 72  B-trim: 19 in 1/48
 Lambda= 0.160549
 statistics sampled from 6083 (6156) to 6083 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.543), E-opt: 0.2 (0.189), width:  16
 Scan time:  1.880

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS11767.1 EIF4A3 gene_id:9775|Hs108|chr17        ( 411) 2659 625.2 3.4e-179
CCDS3282.1 EIF4A2 gene_id:1974|Hs108|chr3          ( 407) 1801 426.5 2.3e-119
CCDS11113.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17        ( 406) 1791 424.1 1.1e-118
CCDS58511.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17        ( 347) 1422 338.7 5.3e-93
CCDS44751.1 DDX6 gene_id:1656|Hs108|chr11          ( 483)  948 228.9 7.9e-60
CCDS44766.1 DDX25 gene_id:29118|Hs108|chr11        ( 483)  907 219.4 5.7e-57
CCDS4697.1 DDX39B gene_id:7919|Hs108|chr6          ( 428)  884 214.1 2.1e-55
CCDS10889.1 DDX19A gene_id:55308|Hs108|chr16       ( 478)  870 210.8 2.2e-54
CCDS10888.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16       ( 479)  865 209.7 4.8e-54
CCDS12308.1 DDX39A gene_id:10212|Hs108|chr19       ( 427)  858 208.0 1.3e-53
CCDS81646.1 DDX25 gene_id:29118|Hs108|chr11        ( 369)  838 203.4 2.9e-52
CCDS42187.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16       ( 370)  811 197.1 2.2e-50
CCDS842.1 DDX20 gene_id:11218|Hs108|chr1           ( 824)  798 194.3 3.7e-49
CCDS82009.1 DDX19A gene_id:55308|Hs108|chr16       ( 447)  777 189.3 6.2e-48
CCDS32475.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16       ( 448)  774 188.6   1e-47
CCDS58478.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16       ( 453)  774 188.6   1e-47
CCDS8655.1 DDX47 gene_id:51202|Hs108|chr12         ( 455)  762 185.8   7e-47
CCDS34240.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5          (1031)  744 181.8 2.6e-45
CCDS75306.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5          (1032)  744 181.8 2.6e-45
CCDS4977.1 DDX43 gene_id:55510|Hs108|chr6          ( 648)  731 178.7 1.4e-44
CCDS30964.1 DDX59 gene_id:83479|Hs108|chr1         ( 619)  725 177.3 3.5e-44
CCDS13416.1 DDX27 gene_id:55661|Hs108|chr20        ( 796)  710 173.9 4.9e-43
CCDS31907.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12        ( 881)  704 172.5 1.4e-42
CCDS44984.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12        ( 882)  704 172.5 1.4e-42
CCDS33646.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22        ( 729)  688 168.8 1.5e-41
CCDS46706.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22        ( 731)  688 168.8 1.5e-41
CCDS11659.1 DDX5 gene_id:1655|Hs108|chr17          ( 614)  678 166.4 6.6e-41
CCDS82190.1 DDX5 gene_id:1655|Hs108|chr17          ( 614)  678 166.4 6.6e-41
CCDS12390.1 DDX49 gene_id:54555|Hs108|chr19        ( 483)  666 163.6 3.7e-40
CCDS32704.1 DDX42 gene_id:11325|Hs108|chr17        ( 938)  662 162.8 1.3e-39
CCDS55404.1 DDX3X gene_id:1654|Hs108|chrX          ( 646)  655 161.1 2.8e-39
CCDS43931.1 DDX3X gene_id:1654|Hs108|chrX          ( 662)  655 161.1 2.8e-39
CCDS14782.1 DDX3Y gene_id:8653|Hs108|chrY          ( 660)  645 158.8 1.4e-38
CCDS35214.1 DDX53 gene_id:168400|Hs108|chrX        ( 631)  629 155.1 1.8e-37
CCDS2120.1 DDX18 gene_id:8886|Hs108|chr2           ( 670)  596 147.4 3.7e-35
CCDS73144.1 DDX21 gene_id:9188|Hs108|chr10         ( 715)  591 146.3 8.8e-35
CCDS31211.1 DDX21 gene_id:9188|Hs108|chr10         ( 783)  591 146.3 9.6e-35
CCDS54855.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5          ( 575)  560 139.1 1.1e-32
CCDS4427.1 DDX41 gene_id:51428|Hs108|chr5          ( 622)  560 139.1 1.1e-32
CCDS47208.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5          ( 690)  560 139.1 1.2e-32
CCDS54854.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5          ( 704)  560 139.1 1.3e-32
CCDS3969.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5           ( 724)  560 139.1 1.3e-32
CCDS11323.1 DDX52 gene_id:11056|Hs108|chr17        ( 599)  544 135.4 1.4e-31
CCDS7283.1 DDX50 gene_id:79009|Hs108|chr10         ( 737)  545 135.6 1.5e-31
CCDS8342.1 DDX10 gene_id:1662|Hs108|chr11          ( 875)  531 132.4 1.6e-30
CCDS8656.1 DDX47 gene_id:51202|Hs108|chr12         ( 406)  445 112.4   8e-25
CCDS8770.1 DDX23 gene_id:9416|Hs108|chr12          ( 820)  379 97.2   6e-20
CCDS9251.1 DDX55 gene_id:57696|Hs108|chr12         ( 600)  369 94.8 2.3e-19
CCDS59053.1 DDX56 gene_id:54606|Hs108|chr7         ( 507)  307 80.5 4.1e-15
CCDS10858.1 DDX28 gene_id:55794|Hs108|chr16        ( 540)  304 79.8   7e-15


>>CCDS11767.1 EIF4A3 gene_id:9775|Hs108|chr17             (411 aa)
 initn: 2659 init1: 2659 opt: 2659  Z-score: 3330.5  bits: 625.2 E(32554): 3.4e-179
Smith-Waterman score: 2659; 100.0% identity (100.0% similar) in 411 aa overlap (1-411:1-411)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD QIQKGLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QIQKGLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD IKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 IKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRIL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD VKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD NFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNREL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 NFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNREL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410 
pF1KSD YIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 YIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
              370       380       390       400       410 

>>CCDS3282.1 EIF4A2 gene_id:1974|Hs108|chr3               (407 aa)
 initn: 1802 init1: 1258 opt: 1801  Z-score: 2256.5  bits: 426.5 E(32554): 2.3e-119
Smith-Waterman score: 1801; 71.4% identity (89.7% similar) in 378 aa overlap (35-411:30-407)

           10        20        30        40        50        60    
pF1KSD ATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAI
                                     ... .:: :.:.:.::::::::::::::::
CCDS32  MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAI
                10        20        30        40        50         

           70        80        90       100       110       120    
pF1KSD QQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQK
       :::::   ::: :::::.::::::::::.::.:: :.:. .:::::.:::::::: ::::
CCDS32 QQRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQK
      60        70        80        90       100       110         

          130       140       150        160       170       180   
pF1KSD GLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDY-GQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKM
        .:::::::.. :::::::::: ....::.  . :.:.:::::::::. :: :  . :::
CCDS32 VILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKM
     120       130       140       150       160       170         

           190       200       210       220       230       240   
pF1KSD LVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKR
       .:::::::::..:::.:::.... :  . ::::.:::.: ..::.:.::: ::::::::.
CCDS32 FVLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKK
     180       190       200       210       220       230         

           250       260       270       280       290       300   
pF1KSD DELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFT
       .::::::::::.. :::::::.:::::::.:::::::::: ::.::::::::::.  .::
CCDS32 EELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFT
     240       250       260       270       280       290         

           310       320       330       340       350       360   
pF1KSD VSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIH
       ::..:::: ::::. ::.:::::.:::::.::. :::.:: ::::.::::::.::: :::
CCDS32 VSALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIH
     300       310       320       330       340       350         

           370       380       390       400       410 
pF1KSD RIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
       ::::.::.:::::::::: ..: ::::::: .:.: ..::::::::::
CCDS32 RIGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
     360       370       380       390       400       

>>CCDS11113.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17             (406 aa)
 initn: 1782 init1: 1254 opt: 1791  Z-score: 2244.0  bits: 424.1 E(32554): 1.1e-118
Smith-Waterman score: 1791; 66.7% identity (86.7% similar) in 406 aa overlap (7-411:1-406)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEK
             :..: ..:.:    . :       :.  ... .:: :.: :.::::::::::::
CCDS11       MSASQDSRSRDNGPDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEK
                     10        20        30        40        50    

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAV
       :::::::::   ::: :::::.::::::::::.::.:: ...... ::::.:::::::: 
CCDS11 PSAIQQRAILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQ
           60        70        80        90       100       110    

              130       140       150        160       170         
pF1KSD QIQKGLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDY-GQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTR
       :::: ..::::::...::::::::::  ...::.. . :...:::::::::. :: :  .
CCDS11 QIQKVVMALGDYMGASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPK
          120       130       140       150       160       170    

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD AIKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRI
        :::.:::::::::..:::.::::... :   :::::.:::.: ..::.:.::: :::::
CCDS11 YIKMFVLDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRI
          180       190       200       210       220       230    

     240       250       260       270       280       290         
pF1KSD LVKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMRE
       :::..:::::::.::.. :::::::.:::::::.:::::::::: ::.::::::::::. 
CCDS11 LVKKEELTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHA
          240       250       260       270       280       290    

     300       310       320       330       340       350         
pF1KSD ANFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRE
        .::::.::::: ::::. ::.:::::.:::::.::. :::.:: ::::.::::::.:::
CCDS11 RDFTVSAMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRE
          300       310       320       330       340       350    

     360       370       380       390       400       410 
pF1KSD LYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
        :::::::.::.::::::::.: ..: : ::::: .:.:.:.:::.::::::
CCDS11 NYIHRIGRGGRFGRKGVAINMVTEEDKRTLRDIETFYNTSIEEMPLNVADLI
          360       370       380       390       400      

>>CCDS58511.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17             (347 aa)
 initn: 1395 init1: 867 opt: 1422  Z-score: 1783.2  bits: 338.7 E(32554): 5.3e-93
Smith-Waterman score: 1422; 64.7% identity (85.6% similar) in 334 aa overlap (7-339:1-334)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEK
             :..: ..:.:    . :       :.  ... .:: :.: :.::::::::::::
CCDS58       MSASQDSRSRDNGPDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEK
                     10        20        30        40        50    

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAV
       :::::::::   ::: :::::.::::::::::.::.:: ...... ::::.:::::::: 
CCDS58 PSAIQQRAILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQ
           60        70        80        90       100       110    

              130       140       150        160       170         
pF1KSD QIQKGLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDY-GQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTR
       :::: ..::::::...::::::::::  ...::.. . :...:::::::::. :: :  .
CCDS58 QIQKVVMALGDYMGASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPK
          120       130       140       150       160       170    

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD AIKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRI
        :::.:::::::::..:::.::::... :   :::::.:::.: ..::.:.::: :::::
CCDS58 YIKMFVLDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRI
          180       190       200       210       220       230    

     240       250       260       270       280       290         
pF1KSD LVKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMRE
       :::..:::::::.::.. :::::::.:::::::.:::::::::: ::.::::::::::. 
CCDS58 LVKKEELTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHA
          240       250       260       270       280       290    

     300       310       320       330       340       350         
pF1KSD ANFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRE
        .::::.::::: ::::. ::.:::::.:::::.::. ..                    
CCDS58 RDFTVSAMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLGKLYPQNRSRWTVWP       
          300       310       320       330       340              

     360       370       380       390       400       410 
pF1KSD LYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI

>>CCDS44751.1 DDX6 gene_id:1656|Hs108|chr11               (483 aa)
 initn: 865 init1: 372 opt: 948  Z-score: 1187.5  bits: 228.9 E(32554): 7.9e-60
Smith-Waterman score: 948; 36.8% identity (71.7% similar) in 410 aa overlap (4-407:63-464)

                                          10         20        30  
pF1KSD                            MATTATMATSGSARKRL-LKEEDMTKVEFETSE
                                     :.:.  . . .: : :  .:.   ...:: 
CCDS44 GGGTQTQQQMNQLKNTNTINNGTQQQAQSMTTTIKPGDDWKKTLKLPPKDL---RIKTS-
             40        50        60        70        80            

                 40        50        60        70        80        
pF1KSD EVDVTPT----FDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGK
         ::: :    :. . :...:: ::. .:.:::: ::...:   ..:::..:....::::
CCDS44 --DVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPSPIQEESIPIALSGRDILARAKNGTGK
         90       100       110       120       130       140      

       90       100       110       120       130        140       
pF1KSD TATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGLLALGDYMN-VQCHACIGGTNVG
       .... : .:. ::..  . ::....::::::.:...  . .. .:. ..  :  ::::. 
CCDS44 SGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQVSQICIQVSKHMGGAKVMATTGGTNLR
        150       160       170       180       190       200      

       150       160       170       180       190       200       
pF1KSD EDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRY
       .:: .::   ::: .::::..:.:..   ..  ..:.::::::..:.. : . . :.   
CCDS44 DDIMRLDDTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHVQMIVLDEADKLLSQDFVQIMEDIILT
        210       220       230       240       250       260      

       210       220       230       240       250       260       
pF1KSD LPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDT
       ::   :..: :::.:  . .. :. .  : .: .  .::::.:. :... :  :. :   
CCDS44 LPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINLM-EELTLKGVTQYYAYVT-ERQKVHC
        270       280       290       300        310        320    

       270       280       290       300       310       320       
pF1KSD LCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGA
       :  :.. : :.:..::::....:. :..:. . ...   .:. : :..:. ....::.: 
CCDS44 LNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYSCFYIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGL
          330       340       350       360       370       380    

       330       340       350       360       370       380       
pF1KSD SRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIR
        : :. ::...::.:.  :...::.:.:.  : :.::::::::.:. :.:::..  ::  
CCDS44 CRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLHRIGRSGRFGHLGLAINLITYDDRF
          390       400       410       420       430       440    

       390       400       410                
pF1KSD ILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI               
        :..::.  .:.:  .: :.                   
CCDS44 NLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVEDEKP
          450       460       470       480   

>>CCDS44766.1 DDX25 gene_id:29118|Hs108|chr11             (483 aa)
 initn: 589 init1: 493 opt: 907  Z-score: 1136.2  bits: 219.4 E(32554): 5.7e-57
Smith-Waterman score: 907; 37.9% identity (72.1% similar) in 383 aa overlap (39-410:98-475)

       10        20        30        40        50        60        
pF1KSD TSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRA
                                     ::. . :.:.::.::::.::..:: ::. :
CCDS44 NKLIHQSLVESSHRVEVLQKDPSSPLYSVKTFEELRLKEELLKGIYAMGFNRPSKIQEMA
        70        80        90       100       110       120       

       70          80        90       100       110       120      
pF1KSD IKQIIKG--RDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGL
       . ...    ...::::::::::::.: ...:. ..      : : :::: :::.:  . .
CCDS44 LPMMLAHPPQNLIAQSQSGTGKTAAFVLAMLSRVNALELFPQCLCLAPTYELALQTGRVV
       130       140       150       160       170       180       

        130        140       150       160       170        180    
pF1KSD LALGDY-MNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDM-IRRRSLRTRAIKML
         .: . ..::    : :. .    :  :  .... :::: :.:  .. . .    :...
CCDS44 EQMGKFCVDVQVMYAIRGNRIP---RGTDITKQIIIGTPGTVLDWCFKLKLIDLTKIRVF
       190       200          210       220       230       240    

          190        200       210       220       230       240   
pF1KSD VLDEADEMLN-KGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKR
       :::::: :.. .::...   . : ::   :..:.:::.   . ....... ::  : ...
CCDS44 VLDEADVMIDTQGFSDHSIRIQRALPSECQMLLFSATFEDSVWHFAERIIPDPNVIKLRK
          250       260       270       280       290       300    

           250       260       270       280       290       300   
pF1KSD DELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFT
       .::::..:.:..:  :... :...::..: ..:: ::.:::.:.:.. ::: .: . .  
CCDS44 EELTLNNIRQYYVLCEHRKDKYQALCNIYGSITIGQAIIFCQTRRNAKWLTVEMIQDGHQ
          310       320       330       340       350       360    

           310       320       330       340       350             
pF1KSD VSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLP------NN
       :: . :..  ..: ::...::.:  .:::.:.: :::.:: ::....:.:::       .
CCDS44 VSLLSGELTVEQRASIIQRFRDGKEKVLITTNVCARGIDVKQVTIVVNFDLPVKQGEEPD
          370       380       390       400       410       420    

       360       370       380       390       400       410       
pF1KSD RELYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI      
        : :.:::::.::.:.::.:.:... :..  :  :.......: .  .:. :.       
CCDS44 YETYLHRIGRTGRFGKKGLAFNMIEVDELPSLMKIQDHFNSSIKQ--LNAEDMDEIEKID
          430       440       450       460         470       480  

CCDS44 Y
        

>>CCDS4697.1 DDX39B gene_id:7919|Hs108|chr6               (428 aa)
 initn: 766 init1: 408 opt: 884  Z-score: 1108.3  bits: 214.1 E(32554): 2.1e-55
Smith-Waterman score: 884; 38.1% identity (73.0% similar) in 370 aa overlap (40-404:47-415)

      10        20        30        40        50        60         
pF1KSD SGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRAI
                                     :  . :. .:::.:   :::.:: .:.. :
CCDS46 EVETAAGGDGAEAPAKKDVKGSYVSIHSSGFRDFLLKPELLRAIVDCGFEHPSEVQHECI
         20        30        40        50        60        70      

      70        80        90       100       110       120         
pF1KSD KQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGLLAL
        : : : ::. :..:: ::::.: ...:: :.  . ....:..  ::::: ::.:    .
CCDS46 PQAILGMDVLCQAKSGMGKTAVFVLATLQQLEPVTGQVSVLVMCHTRELAFQISKEYERF
         80        90       100       110       120       130      

     130        140       150        160       170       180       
pF1KSD GDYM-NVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYG-QHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKMLVLD
       . :: ::.  . .:: .. .: . :  .  :.:.:::::.. . : .::  . :: ..::
CCDS46 SKYMPNVKVAVFFGGLSIKKDEEVLKKNCPHIVVGTPGRILALARNKSLNLKHIKHFILD
        140       150       160       170       180       190      

       190        200       210       220       230       240      
pF1KSD EADEMLNK-GFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKRD-E
       : :.::..  ..... ...:. :   ::...:::: .::  .  ::: ::..:.:  . .
CCDS46 ECDKMLEQLDMRRDVQEIFRMTPHEKQVMMFSATLSKEIRPVCRKFMQDPMEIFVDDETK
        200       210       220       230       240       250      

         250       260       270       280       290       300     
pF1KSD LTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFTVS
       :::.:..:..: .. .: :   : :: :.: ..:.::: .. ..   :.. . : :: . 
CCDS46 LTLHGLQQYYVKLKDNE-KNRKLFDLLDVLEFNQVVIFVKSVQRCIALAQLLVEQNFPAI
        260       270        280       290       300       310     

         310       320       330       340       350       360     
pF1KSD SMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIHRI
       ..:  :::.:: : ...:..   :.:..:....::.:. .:.. .:::.:.. . :.::.
CCDS46 AIHRGMPQEERLSRYQQFKDFQRRILVATNLFGRGMDIERVNIAFNYDMPEDSDTYLHRV
         320       330       340       350       360       370     

         370       380        390       400       410       
pF1KSD GRSGRYGRKGVAINFVKND-DIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI      
       .:.::.: ::.::.::... : .:: :... . ..:.:.:             
CCDS46 ARAGRFGTKGLAITFVSDENDAKILNDVQDRFEVNISELPDEIDISSYIEQTR
         380       390       400       410       420        

>>CCDS10889.1 DDX19A gene_id:55308|Hs108|chr16            (478 aa)
 initn: 630 init1: 519 opt: 870  Z-score: 1090.0  bits: 210.8 E(32554): 2.2e-54
Smith-Waterman score: 870; 37.1% identity (71.4% similar) in 385 aa overlap (39-411:92-473)

       10        20        30        40        50        60        
pF1KSD TSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRA
                                     .:. . :. .::.:.::.::..:: ::. :
CCDS10 NKLIRSNLVDNTNQVEVLQRDPNSPLYSVKSFEELRLKPQLLQGVYAMGFNRPSKIQENA
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       70          80        90       100       110       120      
pF1KSD IKQIIK--GRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGL
       . ...    ...::::::::::::.: ...:. .. . :  : : :.:: :::.:  : .
CCDS10 LPMMLAEPPQNLIAQSQSGTGKTAAFVLAMLSRVEPSDRYPQCLCLSPTYELALQTGKVI
             130       140       150       160       170       180 

        130        140       150       160       170        180    
pF1KSD LALGD-YMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRR-RSLRTRAIKML
         .:  : ...    . :... :  .:..  ...: :::: :.:   . . .  . ::..
CCDS10 EQMGKFYPELKLAYAVRGNKL-ERGQKIS--EQIVIGTPGTVLDWCSKLKFIDPKKIKVF
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       :::::: :. ..: ..:   . :.::   :..:.:::.   . ....: . ::  : .::
CCDS10 VLDEADVMIATQGHQDQSIRIQRMLPRNCQMLLFSATFEDSVWKFAQKVVPDPNVIKLKR
      240       250       260       270       280       290        

           250       260       270       280       290       300   
pF1KSD DELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFT
       .: ::. :::..:    .. ::..::.:: ..::.::.:::.:.. ..::. .. . .  
CCDS10 EEETLDTIKQYYVLCSSRDEKFQALCNLYGAITIAQAMIFCHTRKTASWLAAELSKEGHQ
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pF1KSD VSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNR-----
       :. . :.:  ..: .....:: :  .::..:.: :::.:: :::..::.::: ..     
CCDS10 VALLSGEMMVEQRAAVIERFREGKEKVLVTTNVCARGIDVEQVSVVINFDLPVDKDGNPD
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pF1KSD -ELYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKND-DIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI     
        : :.:::::.::.:..:.:.:.: .  .. ::  :..... .:...  .  : :     
CCDS10 NETYLHRIGRTGRFGKRGLAVNMVDSKHSMNILNRIQEHFNKKIERLDTDDLDEIEKIAN
      420       430       440       450       460       470        

>>CCDS10888.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16            (479 aa)
 initn: 627 init1: 516 opt: 865  Z-score: 1083.7  bits: 209.7 E(32554): 4.8e-54
Smith-Waterman score: 865; 36.9% identity (70.9% similar) in 385 aa overlap (39-411:93-474)

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pF1KSD TSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRA
                                     .:. . :. .::.:.::.::..:: ::. :
CCDS10 NKLIRSNLVDNTNQVEVLQRDPNSPLYSVKSFEELRLKPQLLQGVYAMGFNRPSKIQENA
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pF1KSD IKQIIK--GRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGL
       .  ..    ...::::::::::::.: ...:. ..   .  : : :.:: :::.:  : .
CCDS10 LPLMLAEPPQNLIAQSQSGTGKTAAFVLAMLSQVEPANKYPQCLCLSPTYELALQTGKVI
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        130        140       150       160       170        180    
pF1KSD LALGD-YMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRR-RSLRTRAIKML
         .:  : ...    . :... :  .:..  ...: :::: :.:   . . .  . ::..
CCDS10 EQMGKFYPELKLAYAVRGNKL-ERGQKIS--EQIVIGTPGTVLDWCSKLKFIDPKKIKVF
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pF1KSD VLDEADEML-NKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKR
       :::::: :. ..: ..:   . :.::   :..:.:::.   . ....: . ::  : .::
CCDS10 VLDEADVMIATQGHQDQSIRIQRMLPRNCQMLLFSATFEDSVWKFAQKVVPDPNVIKLKR
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pF1KSD DELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFT
       .: ::. :::..:    .. ::..::.:: ..::.::.:::.:.. ..::. .. . .  
CCDS10 EEETLDTIKQYYVLCSSRDEKFQALCNLYGAITIAQAMIFCHTRKTASWLAAELSKEGHQ
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pF1KSD VSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNR-----
       :. . :.:  ..: .....:: :  .::..:.: :::.:: :::..::.::: ..     
CCDS10 VALLSGEMMVEQRAAVIERFREGKEKVLVTTNVCARGIDVEQVSVVINFDLPVDKDGNPD
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pF1KSD -ELYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKND-DIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI     
        : :.:::::.::.:..:.:.:.: .  .. ::  :..... .:...  .  : :     
CCDS10 NETYLHRIGRTGRFGKRGLAVNMVDSKHSMNILNRIQEHFNKKIERLDTDDLDEIEKIAN
     420       430       440       450       460       470         

>>CCDS12308.1 DDX39A gene_id:10212|Hs108|chr19            (427 aa)
 initn: 715 init1: 379 opt: 858  Z-score: 1075.7  bits: 208.0 E(32554): 1.3e-53
Smith-Waterman score: 858; 35.9% identity (71.6% similar) in 373 aa overlap (40-407:46-417)

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pF1KSD SGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRAI
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CCDS12 EEEPQAPQESTPAPPKKDIKGSYVSIHSSGFRDFLLKPELLRAIVDCGFEHPSEVQHECI
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      70        80        90       100       110       120         
pF1KSD KQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGLLAL
        : : : ::. :..:: ::::.: ...:: ..    .. .:..  ::::: ::.:    .
CCDS12 PQAILGMDVLCQAKSGMGKTAVFVLATLQQIEPVNGQVTVLVMCHTRELAFQISKEYERF
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pF1KSD GDYM-NVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYG-QHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKMLVLD
       . :: .:.  . .:: .. .: . :  .  :::.:::::.. ..: ::.  . .: .:::
CCDS12 SKYMPSVKVSVFFGGLSIKKDEEVLKKNCPHVVVGTPGRILALVRNRSFSLKNVKHFVLD
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pF1KSD EADEMLNK-GFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKRD-E
       : :.::..  ..... ...:  :   : ...:::: ..:  .  ::: ::....:  . .
CCDS12 ECDKMLEQLDMRRDVQEIFRLTPHEKQCMMFSATLSKDIRPVCRKFMQDPMEVFVDDETK
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pF1KSD LTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFTVS
       :::.:..:..: ..  : :   : :: :.: ..:..:: .. ..   :.. . : :: . 
CCDS12 LTLHGLQQYYVKLKDSE-KNRKLFDLLDVLEFNQVIIFVKSVQRCMALAQLLVEQNFPAI
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pF1KSD SMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIHRI
       ..:  : :.:: : ...:..   :.:..:....::.:. .:....:::.:.. . :.::.
CCDS12 AIHRGMAQEERLSRYQQFKDFQRRILVATNLFGRGMDIERVNIVFNYDMPEDSDTYLHRV
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         370       380        390       400       410       
pF1KSD GRSGRYGRKGVAINFVKND-DIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI      
       .:.::.: ::.::.::... : .:: :... . ... :.: ..          
CCDS12 ARAGRFGTKGLAITFVSDENDAKILNDVQDRFEVNVAELPEEIDISTYIEQSR
          380       390       400       410       420       




411 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 00:01:54 2016 done: Thu Nov  3 00:01:54 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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