Result of FASTA (omim) for pF1KSDA0086
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0086, 1040 aa
  1>>>pF1KSDA0086 1040 - 1040 aa - 1040 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9288+/-0.000406; mu= 13.8286+/- 0.025
 mean_var=99.2066+/-19.711, 0's: 0 Z-trim(112.7): 24  B-trim: 47 in 1/55
 Lambda= 0.128767
 statistics sampled from 21727 (21743) to 21727 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.614), E-opt: 0.2 (0.255), width:  16
 Scan time:  8.080

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_011538731 (OMIM: 609682) PREDICTED: DNA cross-l (1040) 6986 1309.1       0
NP_055696 (OMIM: 609682) DNA cross-link repair 1A  (1040) 6986 1309.1       0
NP_001258745 (OMIM: 609682) DNA cross-link repair  (1040) 6986 1309.1       0
XP_006718153 (OMIM: 609682) PREDICTED: DNA cross-l (1040) 6986 1309.1       0
NP_073747 (OMIM: 609683) 5' exonuclease Apollo iso ( 532)  470 98.5   1e-19
XP_011517922 (OMIM: 602450,603554,605988) PREDICTE ( 388)  312 69.1 5.3e-11
XP_016872045 (OMIM: 602450,603554,605988) PREDICTE ( 614)  312 69.2 7.9e-11
NP_001029027 (OMIM: 602450,603554,605988) protein  ( 692)  312 69.2 8.8e-11
XP_011517923 (OMIM: 602450,603554,605988) PREDICTE ( 310)  246 56.8 2.1e-07
XP_016872049 (OMIM: 602450,603554,605988) PREDICTE ( 494)  245 56.7 3.6e-07
XP_016872048 (OMIM: 602450,603554,605988) PREDICTE ( 499)  238 55.4 9.1e-07


>>XP_011538731 (OMIM: 609682) PREDICTED: DNA cross-link   (1040 aa)
 initn: 6986 init1: 6986 opt: 6986  Z-score: 7012.3  bits: 1309.1 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6986; 100.0% identity (100.0% similar) in 1040 aa overlap (1-1040:1-1040)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MLEDISEEDIWEYKSKRKPKRVDPNNGSKNILKSVEKATDGKYQSKRSRNRKRAAEAKEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MLEDISEEDIWEYKSKRKPKRVDPNNGSKNILKSVEKATDGKYQSKRSRNRKRAAEAKEV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD KDHEVPLGNAGCQTSVASSQNSSCGDGIQQTQDKETTPGKLCRTQKSQHVSPKIRPVYDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KDHEVPLGNAGCQTSVASSQNSSCGDGIQQTQDKETTPGKLCRTQKSQHVSPKIRPVYDG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD YCPNCQMPFSSLIGQTPRWHVFECLDSPPRSETECPDGLLCTSTIPFHYKRYTHFLLAQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YCPNCQMPFSSLIGQTPRWHVFECLDSPPRSETECPDGLLCTSTIPFHYKRYTHFLLAQS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD RAGDHPFSSPSPASGGSFSETKSGVLCSLEERWSSYQNQTDNSVSNDPLLMTQYFKKSPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RAGDHPFSSPSPASGGSFSETKSGVLCSLEERWSSYQNQTDNSVSNDPLLMTQYFKKSPS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD LTEASEKISTHIQTSQQALQFTDFVENDKLVGVALRLANNSEHINLPLPENDFSDCEISY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LTEASEKISTHIQTSQQALQFTDFVENDKLVGVALRLANNSEHINLPLPENDFSDCEISY
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SPLQSDEDTHDIDEKPDDSQEQLFFTESSKDGSLEEDDDSCGFFKKRHGPLLKDQDESCP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SPLQSDEDTHDIDEKPDDSQEQLFFTESSKDGSLEEDDDSCGFFKKRHGPLLKDQDESCP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD KVNSFLTRDKYDEGLYRFNSLNDLSQPISQNNESTLPYDLACTGGDFVLFPPALAGKLAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KVNSFLTRDKYDEGLYRFNSLNDLSQPISQNNESTLPYDLACTGGDFVLFPPALAGKLAA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD SVHQATKAKPDEPEFHSAQSNKQKQVIEESSVYNQVSLPLVKSLMLKPFESQVEGYLSSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SVHQATKAKPDEPEFHSAQSNKQKQVIEESSVYNQVSLPLVKSLMLKPFESQVEGYLSSQ
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD PTQNTIRKLSSENLNAKNNTNSACFCRKALEGVPVGKATILNTENLSSTPAPKYLKILPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PTQNTIRKLSSENLNAKNNTNSACFCRKALEGVPVGKATILNTENLSSTPAPKYLKILPS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD GLKYNARHPSTKVMKQMDIGVYFGLPPKRKEEKLLGESALEGINLNPVPSPNQKRSSQCK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GLKYNARHPSTKVMKQMDIGVYFGLPPKRKEEKLLGESALEGINLNPVPSPNQKRSSQCK
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD RKAEKSLSDLEFDASTLHESQLSVELSSERSQRQKKRCRKSNSLQEGACQKRSDHLINTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RKAEKSLSDLEFDASTLHESQLSVELSSERSQRQKKRCRKSNSLQEGACQKRSDHLINTE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD SEAVNLSKVKVFTKSAHGGLQRGNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SEAVNLSKVKVFTKSAHGGLQRGNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYG
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD VVEGCTAYFLTHFHSDHYAGLSKHFTFPVYCSEITGNLLKNKLHVQEQYIHPLPLDTECI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VVEGCTAYFLTHFHSDHYAGLSKHFTFPVYCSEITGNLLKNKLHVQEQYIHPLPLDTECI
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD VNGVKVVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFRADPSMERSLLADQKVHMLYLDTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VNGVKVVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFRADPSMERSLLADQKVHMLYLDTT
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD YCSPEYTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNPHALVVCGTYSIGKEKVFLAIADVLGSKVGM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YCSPEYTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNPHALVVCGTYSIGKEKVFLAIADVLGSKVGM
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD SQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLLPMMQINFKGLQSHLKKCGGKYNQILAFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLLPMMQINFKGLQSHLKKCGGKYNQILAFR
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD PTGWTHSNKFTRIADVIPQTKGNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQWLKPQKIIPTVNVGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PTGWTHSNKFTRIADVIPQTKGNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQWLKPQKIIPTVNVGT
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040
pF1KSD WKSRSTMEKYFREWKLEAGY
       ::::::::::::::::::::
XP_011 WKSRSTMEKYFREWKLEAGY
             1030      1040

>>NP_055696 (OMIM: 609682) DNA cross-link repair 1A prot  (1040 aa)
 initn: 6986 init1: 6986 opt: 6986  Z-score: 7012.3  bits: 1309.1 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6986; 100.0% identity (100.0% similar) in 1040 aa overlap (1-1040:1-1040)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MLEDISEEDIWEYKSKRKPKRVDPNNGSKNILKSVEKATDGKYQSKRSRNRKRAAEAKEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MLEDISEEDIWEYKSKRKPKRVDPNNGSKNILKSVEKATDGKYQSKRSRNRKRAAEAKEV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD KDHEVPLGNAGCQTSVASSQNSSCGDGIQQTQDKETTPGKLCRTQKSQHVSPKIRPVYDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KDHEVPLGNAGCQTSVASSQNSSCGDGIQQTQDKETTPGKLCRTQKSQHVSPKIRPVYDG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD YCPNCQMPFSSLIGQTPRWHVFECLDSPPRSETECPDGLLCTSTIPFHYKRYTHFLLAQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 YCPNCQMPFSSLIGQTPRWHVFECLDSPPRSETECPDGLLCTSTIPFHYKRYTHFLLAQS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD RAGDHPFSSPSPASGGSFSETKSGVLCSLEERWSSYQNQTDNSVSNDPLLMTQYFKKSPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RAGDHPFSSPSPASGGSFSETKSGVLCSLEERWSSYQNQTDNSVSNDPLLMTQYFKKSPS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD LTEASEKISTHIQTSQQALQFTDFVENDKLVGVALRLANNSEHINLPLPENDFSDCEISY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LTEASEKISTHIQTSQQALQFTDFVENDKLVGVALRLANNSEHINLPLPENDFSDCEISY
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SPLQSDEDTHDIDEKPDDSQEQLFFTESSKDGSLEEDDDSCGFFKKRHGPLLKDQDESCP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SPLQSDEDTHDIDEKPDDSQEQLFFTESSKDGSLEEDDDSCGFFKKRHGPLLKDQDESCP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD KVNSFLTRDKYDEGLYRFNSLNDLSQPISQNNESTLPYDLACTGGDFVLFPPALAGKLAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KVNSFLTRDKYDEGLYRFNSLNDLSQPISQNNESTLPYDLACTGGDFVLFPPALAGKLAA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD SVHQATKAKPDEPEFHSAQSNKQKQVIEESSVYNQVSLPLVKSLMLKPFESQVEGYLSSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SVHQATKAKPDEPEFHSAQSNKQKQVIEESSVYNQVSLPLVKSLMLKPFESQVEGYLSSQ
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD PTQNTIRKLSSENLNAKNNTNSACFCRKALEGVPVGKATILNTENLSSTPAPKYLKILPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PTQNTIRKLSSENLNAKNNTNSACFCRKALEGVPVGKATILNTENLSSTPAPKYLKILPS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD GLKYNARHPSTKVMKQMDIGVYFGLPPKRKEEKLLGESALEGINLNPVPSPNQKRSSQCK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GLKYNARHPSTKVMKQMDIGVYFGLPPKRKEEKLLGESALEGINLNPVPSPNQKRSSQCK
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD RKAEKSLSDLEFDASTLHESQLSVELSSERSQRQKKRCRKSNSLQEGACQKRSDHLINTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RKAEKSLSDLEFDASTLHESQLSVELSSERSQRQKKRCRKSNSLQEGACQKRSDHLINTE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD SEAVNLSKVKVFTKSAHGGLQRGNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SEAVNLSKVKVFTKSAHGGLQRGNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYG
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD VVEGCTAYFLTHFHSDHYAGLSKHFTFPVYCSEITGNLLKNKLHVQEQYIHPLPLDTECI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VVEGCTAYFLTHFHSDHYAGLSKHFTFPVYCSEITGNLLKNKLHVQEQYIHPLPLDTECI
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD VNGVKVVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFRADPSMERSLLADQKVHMLYLDTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VNGVKVVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFRADPSMERSLLADQKVHMLYLDTT
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD YCSPEYTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNPHALVVCGTYSIGKEKVFLAIADVLGSKVGM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 YCSPEYTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNPHALVVCGTYSIGKEKVFLAIADVLGSKVGM
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD SQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLLPMMQINFKGLQSHLKKCGGKYNQILAFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLLPMMQINFKGLQSHLKKCGGKYNQILAFR
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD PTGWTHSNKFTRIADVIPQTKGNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQWLKPQKIIPTVNVGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PTGWTHSNKFTRIADVIPQTKGNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQWLKPQKIIPTVNVGT
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040
pF1KSD WKSRSTMEKYFREWKLEAGY
       ::::::::::::::::::::
NP_055 WKSRSTMEKYFREWKLEAGY
             1030      1040

>>NP_001258745 (OMIM: 609682) DNA cross-link repair 1A p  (1040 aa)
 initn: 6986 init1: 6986 opt: 6986  Z-score: 7012.3  bits: 1309.1 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6986; 100.0% identity (100.0% similar) in 1040 aa overlap (1-1040:1-1040)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MLEDISEEDIWEYKSKRKPKRVDPNNGSKNILKSVEKATDGKYQSKRSRNRKRAAEAKEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MLEDISEEDIWEYKSKRKPKRVDPNNGSKNILKSVEKATDGKYQSKRSRNRKRAAEAKEV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD KDHEVPLGNAGCQTSVASSQNSSCGDGIQQTQDKETTPGKLCRTQKSQHVSPKIRPVYDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KDHEVPLGNAGCQTSVASSQNSSCGDGIQQTQDKETTPGKLCRTQKSQHVSPKIRPVYDG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD YCPNCQMPFSSLIGQTPRWHVFECLDSPPRSETECPDGLLCTSTIPFHYKRYTHFLLAQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YCPNCQMPFSSLIGQTPRWHVFECLDSPPRSETECPDGLLCTSTIPFHYKRYTHFLLAQS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD RAGDHPFSSPSPASGGSFSETKSGVLCSLEERWSSYQNQTDNSVSNDPLLMTQYFKKSPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RAGDHPFSSPSPASGGSFSETKSGVLCSLEERWSSYQNQTDNSVSNDPLLMTQYFKKSPS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD LTEASEKISTHIQTSQQALQFTDFVENDKLVGVALRLANNSEHINLPLPENDFSDCEISY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LTEASEKISTHIQTSQQALQFTDFVENDKLVGVALRLANNSEHINLPLPENDFSDCEISY
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SPLQSDEDTHDIDEKPDDSQEQLFFTESSKDGSLEEDDDSCGFFKKRHGPLLKDQDESCP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SPLQSDEDTHDIDEKPDDSQEQLFFTESSKDGSLEEDDDSCGFFKKRHGPLLKDQDESCP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD KVNSFLTRDKYDEGLYRFNSLNDLSQPISQNNESTLPYDLACTGGDFVLFPPALAGKLAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KVNSFLTRDKYDEGLYRFNSLNDLSQPISQNNESTLPYDLACTGGDFVLFPPALAGKLAA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD SVHQATKAKPDEPEFHSAQSNKQKQVIEESSVYNQVSLPLVKSLMLKPFESQVEGYLSSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SVHQATKAKPDEPEFHSAQSNKQKQVIEESSVYNQVSLPLVKSLMLKPFESQVEGYLSSQ
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD PTQNTIRKLSSENLNAKNNTNSACFCRKALEGVPVGKATILNTENLSSTPAPKYLKILPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PTQNTIRKLSSENLNAKNNTNSACFCRKALEGVPVGKATILNTENLSSTPAPKYLKILPS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD GLKYNARHPSTKVMKQMDIGVYFGLPPKRKEEKLLGESALEGINLNPVPSPNQKRSSQCK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GLKYNARHPSTKVMKQMDIGVYFGLPPKRKEEKLLGESALEGINLNPVPSPNQKRSSQCK
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD RKAEKSLSDLEFDASTLHESQLSVELSSERSQRQKKRCRKSNSLQEGACQKRSDHLINTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RKAEKSLSDLEFDASTLHESQLSVELSSERSQRQKKRCRKSNSLQEGACQKRSDHLINTE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD SEAVNLSKVKVFTKSAHGGLQRGNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SEAVNLSKVKVFTKSAHGGLQRGNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYG
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD VVEGCTAYFLTHFHSDHYAGLSKHFTFPVYCSEITGNLLKNKLHVQEQYIHPLPLDTECI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VVEGCTAYFLTHFHSDHYAGLSKHFTFPVYCSEITGNLLKNKLHVQEQYIHPLPLDTECI
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD VNGVKVVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFRADPSMERSLLADQKVHMLYLDTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VNGVKVVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFRADPSMERSLLADQKVHMLYLDTT
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD YCSPEYTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNPHALVVCGTYSIGKEKVFLAIADVLGSKVGM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YCSPEYTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNPHALVVCGTYSIGKEKVFLAIADVLGSKVGM
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD SQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLLPMMQINFKGLQSHLKKCGGKYNQILAFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLLPMMQINFKGLQSHLKKCGGKYNQILAFR
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD PTGWTHSNKFTRIADVIPQTKGNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQWLKPQKIIPTVNVGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PTGWTHSNKFTRIADVIPQTKGNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQWLKPQKIIPTVNVGT
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040
pF1KSD WKSRSTMEKYFREWKLEAGY
       ::::::::::::::::::::
NP_001 WKSRSTMEKYFREWKLEAGY
             1030      1040

>>XP_006718153 (OMIM: 609682) PREDICTED: DNA cross-link   (1040 aa)
 initn: 6986 init1: 6986 opt: 6986  Z-score: 7012.3  bits: 1309.1 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6986; 100.0% identity (100.0% similar) in 1040 aa overlap (1-1040:1-1040)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MLEDISEEDIWEYKSKRKPKRVDPNNGSKNILKSVEKATDGKYQSKRSRNRKRAAEAKEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MLEDISEEDIWEYKSKRKPKRVDPNNGSKNILKSVEKATDGKYQSKRSRNRKRAAEAKEV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD KDHEVPLGNAGCQTSVASSQNSSCGDGIQQTQDKETTPGKLCRTQKSQHVSPKIRPVYDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 KDHEVPLGNAGCQTSVASSQNSSCGDGIQQTQDKETTPGKLCRTQKSQHVSPKIRPVYDG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD YCPNCQMPFSSLIGQTPRWHVFECLDSPPRSETECPDGLLCTSTIPFHYKRYTHFLLAQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 YCPNCQMPFSSLIGQTPRWHVFECLDSPPRSETECPDGLLCTSTIPFHYKRYTHFLLAQS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD RAGDHPFSSPSPASGGSFSETKSGVLCSLEERWSSYQNQTDNSVSNDPLLMTQYFKKSPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 RAGDHPFSSPSPASGGSFSETKSGVLCSLEERWSSYQNQTDNSVSNDPLLMTQYFKKSPS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD LTEASEKISTHIQTSQQALQFTDFVENDKLVGVALRLANNSEHINLPLPENDFSDCEISY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LTEASEKISTHIQTSQQALQFTDFVENDKLVGVALRLANNSEHINLPLPENDFSDCEISY
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SPLQSDEDTHDIDEKPDDSQEQLFFTESSKDGSLEEDDDSCGFFKKRHGPLLKDQDESCP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 SPLQSDEDTHDIDEKPDDSQEQLFFTESSKDGSLEEDDDSCGFFKKRHGPLLKDQDESCP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD KVNSFLTRDKYDEGLYRFNSLNDLSQPISQNNESTLPYDLACTGGDFVLFPPALAGKLAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 KVNSFLTRDKYDEGLYRFNSLNDLSQPISQNNESTLPYDLACTGGDFVLFPPALAGKLAA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD SVHQATKAKPDEPEFHSAQSNKQKQVIEESSVYNQVSLPLVKSLMLKPFESQVEGYLSSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 SVHQATKAKPDEPEFHSAQSNKQKQVIEESSVYNQVSLPLVKSLMLKPFESQVEGYLSSQ
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD PTQNTIRKLSSENLNAKNNTNSACFCRKALEGVPVGKATILNTENLSSTPAPKYLKILPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PTQNTIRKLSSENLNAKNNTNSACFCRKALEGVPVGKATILNTENLSSTPAPKYLKILPS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD GLKYNARHPSTKVMKQMDIGVYFGLPPKRKEEKLLGESALEGINLNPVPSPNQKRSSQCK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 GLKYNARHPSTKVMKQMDIGVYFGLPPKRKEEKLLGESALEGINLNPVPSPNQKRSSQCK
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD RKAEKSLSDLEFDASTLHESQLSVELSSERSQRQKKRCRKSNSLQEGACQKRSDHLINTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 RKAEKSLSDLEFDASTLHESQLSVELSSERSQRQKKRCRKSNSLQEGACQKRSDHLINTE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD SEAVNLSKVKVFTKSAHGGLQRGNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 SEAVNLSKVKVFTKSAHGGLQRGNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYG
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD VVEGCTAYFLTHFHSDHYAGLSKHFTFPVYCSEITGNLLKNKLHVQEQYIHPLPLDTECI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VVEGCTAYFLTHFHSDHYAGLSKHFTFPVYCSEITGNLLKNKLHVQEQYIHPLPLDTECI
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD VNGVKVVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFRADPSMERSLLADQKVHMLYLDTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VNGVKVVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFRADPSMERSLLADQKVHMLYLDTT
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD YCSPEYTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNPHALVVCGTYSIGKEKVFLAIADVLGSKVGM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 YCSPEYTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNPHALVVCGTYSIGKEKVFLAIADVLGSKVGM
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD SQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLLPMMQINFKGLQSHLKKCGGKYNQILAFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 SQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLLPMMQINFKGLQSHLKKCGGKYNQILAFR
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD PTGWTHSNKFTRIADVIPQTKGNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQWLKPQKIIPTVNVGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PTGWTHSNKFTRIADVIPQTKGNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQWLKPQKIIPTVNVGT
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040
pF1KSD WKSRSTMEKYFREWKLEAGY
       ::::::::::::::::::::
XP_006 WKSRSTMEKYFREWKLEAGY
             1030      1040

>>NP_073747 (OMIM: 609683) 5' exonuclease Apollo isoform  (532 aa)
 initn: 505 init1: 172 opt: 470  Z-score: 475.0  bits: 98.5 E(85289): 1e-19
Smith-Waterman score: 546; 35.1% identity (61.8% similar) in 325 aa overlap (707-1017:6-299)

        680       690       700       710       720       730      
pF1KSD HGGLQRGNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYGVVEGCTAYFLTHFHSD
                                     :: : ..:: ..   .     .::.:.:::
NP_073                          MNGVLIPHTPIAVDFWSLRRAGTARLFFLSHMHSD
                                        10        20        30     

        740       750       760       770               780        
pF1KSD HYAGLSKHFTFPVYCSEITGNLLKNKLHVQEQYI--------HPLPLDTECIVNGVKVVL
       : .:::. .. :.::: ::..::. .:.:..:.:        : :::: :   . . :.:
NP_073 HTVGLSSTWARPLYCSPITAHLLHRHLQVSKQWIQALEVGESHVLPLD-EIGQETMTVTL
          40        50        60        70        80         90    

      790       800       810       820         830       840      
pF1KSD LDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFRADPSM--ERSLLADQKVHMLYLDTTYCSPEY
       ::::::::.::.::    :: ::.:::::  :::  : .:   ...: ::::.: :.:  
NP_073 LDANHCPGSVMFLFEGYFGT-ILYTGDFRYTPSMLKEPALTLGKQIHTLYLDNTNCNPAL
          100       110        120       130       140       150   

        850       860       870       880       890       900      
pF1KSD TFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNPHALVVCGTYSIGKEKVFLAIADVLGSKVGMSQEKYK
       ..::.::    : .   . .  .:.  .  : ::.:::...  .:  . . : .: .. .
NP_073 VLPSRQE----AAHQIVQLIRKHPQHNIKIGLYSLGKESLLEQLALEFQTWVVLSPRRLE
           160           170       180       190       200         

        910       920       930       940       950       960      
pF1KSD TLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLLPMMQINFKGLQSHLKKCGGKYNQILAFRPTGWTH
        .: :.. ..   .:..  .. .: .  :.:  ...         ..::    .::    
NP_073 LVQLLGLADV---FTVEEKAGRIHAVDHMEICHSNML--------RWNQT---HPT----
     210          220       230       240                  250     

        970       980           990      1000      1010      1020  
pF1KSD SNKFTRIADVIPQTK----GNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQWLKPQKIIPTVNVGTWK
             :: ..: ..    .. .:. ::::.:::: :.. ::  ::: ...: :.     
NP_073 ------IA-ILPTSRKIHSSHPDIHVIPYSDHSSYSELRAFVAALKPCQVVPIVSRRPCG
                    260       270       280       290       300    

           1030      1040                                          
pF1KSD SRSTMEKYFREWKLEAGY                                          
                                                                   
NP_073 GFQDSLSPRISVPLIPDSVQQYMSSSSRKPSLLWLLERRLKRPRTQGVVFESPEESADQS
          310       320       330       340       350       360    

>>XP_011517922 (OMIM: 602450,603554,605988) PREDICTED: p  (388 aa)
 initn: 246 init1: 101 opt: 312  Z-score: 318.6  bits: 69.1 E(85289): 5.3e-11
Smith-Waterman score: 366; 31.8% identity (56.4% similar) in 346 aa overlap (713-1020:15-346)

            690       700       710       720       730       740  
pF1KSD GNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYGVVEGCTAYFLTHFHSDHYAGLS
                                     ..: :.   ...  ::::.: :.::. :: 
XP_011                 MSSFEGQMAEYPTISIDRFDRENLRA-RAYFLSHCHKDHMKGLR
                               10        20         30        40   

                     750         760       770       780           
pF1KSD K---------HFTFPVYCSEITGNLL--KNKLHVQEQYIHPLPLDTECIVN------GVK
                  .   .::: .: .::  . : .  .. :  . ..:   ..      : :
XP_011 APTLKRRLECSLKVYLYCSPVTKELLLTSPKYRFWKKRIISIEIETPTQISLVDEASGEK
            50        60        70        80        90       100   

             790       800       810        820            830     
pF1KSD ----VVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFR-ADPSMERSLLAD-----QKVHML
           :.:: :.::::.::.::   :::: :.::::: :.    :  :       . .. .
XP_011 EEIVVTLLPAGHCPGSVMFLFQGNNGTV-LYTGDFRLAQGEAARMELLHSGGRVKDIQSV
           110       120       130        140       150       160  

         840        850       860       870        880       890   
pF1KSD YLDTTYCSPE-YTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNP-HALVVCGTYSIGKEKVFLAIADV
       :::::.:.:. : .::..: .  ... .   .: .: :.. .    . : : .:  ... 
XP_011 YLDTTFCDPRFYQIPSREECLSGVLELVRSWITRSPYHVVWLNCKAAYGYEYLFTNLSEE
            170       180       190       200       210       220  

           900       910       920       930         940       950 
pF1KSD LGSKVGMSQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLL--PMMQINFKGLQSHLKKCG-
       :: .: ..    :  .  :.:::   .:::  .. .:    :  .  :.   :.:  :: 
XP_011 LGVQVHVN----KLDMFRNMPEILHHLTTDR-NTQIHACRHPKAEEYFQ--WSKLP-CGI
            230           240        250       260         270     

                  960        970       980       990      1000     
pF1KSD GKYNQI----LAFRP-TGWTHSNKFTRIADVIPQTKGNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQ
        . :.:    ....: : :   .. .: ..:: .: :. : :   .: :::: :.: :..
XP_011 TSRNRIPLHIISIKPSTMWF--GERSRKTNVIVRT-GESS-YRACFSFHSSYSEIKDFLS
          280       290         300        310        320       330

        1010       1020      1030      1040                      
pF1KSD WLKPQKIIPTV-NVGTWKSRSTMEKYFREWKLEAGY                      
       .: : .  :.:  :::                                          
XP_011 YLCPVNAYPNVIPVGTTMDKVVEILKPLCRSSQSTEPKYKPLGKLKRARTVHRDSGTE
              340       350       360       370       380        

>>XP_016872045 (OMIM: 602450,603554,605988) PREDICTED: p  (614 aa)
 initn: 191 init1: 101 opt: 312  Z-score: 315.4  bits: 69.2 E(85289): 7.9e-11
Smith-Waterman score: 366; 31.8% identity (56.4% similar) in 346 aa overlap (713-1020:15-346)

            690       700       710       720       730       740  
pF1KSD GNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYGVVEGCTAYFLTHFHSDHYAGLS
                                     ..: :.   ...  ::::.: :.::. :: 
XP_016                 MSSFEGQMAEYPTISIDRFDRENLRA-RAYFLSHCHKDHMKGLR
                               10        20         30        40   

                     750         760       770       780           
pF1KSD K---------HFTFPVYCSEITGNLL--KNKLHVQEQYIHPLPLDTECIVN------GVK
                  .   .::: .: .::  . : .  .. :  . ..:   ..      : :
XP_016 APTLKRRLECSLKVYLYCSPVTKELLLTSPKYRFWKKRIISIEIETPTQISLVDEASGEK
            50        60        70        80        90       100   

             790       800       810        820            830     
pF1KSD ----VVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFR-ADPSMERSLLAD-----QKVHML
           :.:: :.::::.::.::   :::: :.::::: :.    :  :       . .. .
XP_016 EEIVVTLLPAGHCPGSVMFLFQGNNGTV-LYTGDFRLAQGEAARMELLHSGGRVKDIQSV
           110       120       130        140       150       160  

         840        850       860       870        880       890   
pF1KSD YLDTTYCSPE-YTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNP-HALVVCGTYSIGKEKVFLAIADV
       :::::.:.:. : .::..: .  ... .   .: .: :.. .    . : : .:  ... 
XP_016 YLDTTFCDPRFYQIPSREECLSGVLELVRSWITRSPYHVVWLNCKAAYGYEYLFTNLSEE
            170       180       190       200       210       220  

           900       910       920       930         940       950 
pF1KSD LGSKVGMSQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLL--PMMQINFKGLQSHLKKCG-
       :: .: ..    :  .  :.:::   .:::  .. .:    :  .  :.   :.:  :: 
XP_016 LGVQVHVN----KLDMFRNMPEILHHLTTDR-NTQIHACRHPKAEEYFQ--WSKLP-CGI
            230           240        250       260         270     

                  960        970       980       990      1000     
pF1KSD GKYNQI----LAFRP-TGWTHSNKFTRIADVIPQTKGNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQ
        . :.:    ....: : :   .. .: ..:: .: :. : :   .: :::: :.: :..
XP_016 TSRNRIPLHIISIKPSTMWF--GERSRKTNVIVRT-GESS-YRACFSFHSSYSEIKDFLS
          280       290         300        310        320       330

        1010       1020      1030      1040                        
pF1KSD WLKPQKIIPTV-NVGTWKSRSTMEKYFREWKLEAGY                        
       .: : .  :.:  :::                                            
XP_016 YLCPVNAYPNVIPVGTTMDKVVEILKPLCRSSQSTEPKYKPLGKLKRARTVHRDSEEEDD
              340       350       360       370       380       390

>>NP_001029027 (OMIM: 602450,603554,605988) protein arte  (692 aa)
 initn: 191 init1: 101 opt: 312  Z-score: 314.5  bits: 69.2 E(85289): 8.8e-11
Smith-Waterman score: 366; 31.8% identity (56.4% similar) in 346 aa overlap (713-1020:15-346)

            690       700       710       720       730       740  
pF1KSD GNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYGVVEGCTAYFLTHFHSDHYAGLS
                                     ..: :.   ...  ::::.: :.::. :: 
NP_001                 MSSFEGQMAEYPTISIDRFDRENLRA-RAYFLSHCHKDHMKGLR
                               10        20         30        40   

                     750         760       770       780           
pF1KSD K---------HFTFPVYCSEITGNLL--KNKLHVQEQYIHPLPLDTECIVN------GVK
                  .   .::: .: .::  . : .  .. :  . ..:   ..      : :
NP_001 APTLKRRLECSLKVYLYCSPVTKELLLTSPKYRFWKKRIISIEIETPTQISLVDEASGEK
            50        60        70        80        90       100   

             790       800       810        820            830     
pF1KSD ----VVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFR-ADPSMERSLLAD-----QKVHML
           :.:: :.::::.::.::   :::: :.::::: :.    :  :       . .. .
NP_001 EEIVVTLLPAGHCPGSVMFLFQGNNGTV-LYTGDFRLAQGEAARMELLHSGGRVKDIQSV
           110       120       130        140       150       160  

         840        850       860       870        880       890   
pF1KSD YLDTTYCSPE-YTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNP-HALVVCGTYSIGKEKVFLAIADV
       :::::.:.:. : .::..: .  ... .   .: .: :.. .    . : : .:  ... 
NP_001 YLDTTFCDPRFYQIPSREECLSGVLELVRSWITRSPYHVVWLNCKAAYGYEYLFTNLSEE
            170       180       190       200       210       220  

           900       910       920       930         940       950 
pF1KSD LGSKVGMSQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLL--PMMQINFKGLQSHLKKCG-
       :: .: ..    :  .  :.:::   .:::  .. .:    :  .  :.   :.:  :: 
NP_001 LGVQVHVN----KLDMFRNMPEILHHLTTDR-NTQIHACRHPKAEEYFQ--WSKLP-CGI
            230           240        250       260         270     

                  960        970       980       990      1000     
pF1KSD GKYNQI----LAFRP-TGWTHSNKFTRIADVIPQTKGNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQ
        . :.:    ....: : :   .. .: ..:: .: :. : :   .: :::: :.: :..
NP_001 TSRNRIPLHIISIKPSTMWF--GERSRKTNVIVRT-GESS-YRACFSFHSSYSEIKDFLS
          280       290         300        310        320       330

        1010       1020      1030      1040                        
pF1KSD WLKPQKIIPTV-NVGTWKSRSTMEKYFREWKLEAGY                        
       .: : .  :.:  :::                                            
NP_001 YLCPVNAYPNVIPVGTTMDKVVEILKPLCRSSQSTEPKYKPLGKLKRARTVHRDSEEEDD
              340       350       360       370       380       390

>>XP_011517923 (OMIM: 602450,603554,605988) PREDICTED: p  (310 aa)
 initn: 220 init1: 101 opt: 246  Z-score: 253.8  bits: 56.8 E(85289): 2.1e-07
Smith-Waterman score: 300; 30.1% identity (55.2% similar) in 306 aa overlap (713-981:15-308)

            690       700       710       720       730       740  
pF1KSD GNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYGVVEGCTAYFLTHFHSDHYAGLS
                                     ..: :.   ...  ::::.: :.::. :: 
XP_011                 MSSFEGQMAEYPTISIDRFDRENLRA-RAYFLSHCHKDHMKGLR
                               10        20         30        40   

                     750         760       770       780           
pF1KSD K---------HFTFPVYCSEITGNLL--KNKLHVQEQYIHPLPLDTECIVN------GVK
                  .   .::: .: .::  . : .  .. :  . ..:   ..      : :
XP_011 APTLKRRLECSLKVYLYCSPVTKELLLTSPKYRFWKKRIISIEIETPTQISLVDEASGEK
            50        60        70        80        90       100   

             790       800       810        820            830     
pF1KSD ----VVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFR-ADPSMERSLLAD-----QKVHML
           :.:: :.::::.::.::   :::: :.::::: :.    :  :       . .. .
XP_011 EEIVVTLLPAGHCPGSVMFLFQGNNGTV-LYTGDFRLAQGEAARMELLHSGGRVKDIQSV
           110       120       130        140       150       160  

         840        850       860       870        880       890   
pF1KSD YLDTTYCSPE-YTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNP-HALVVCGTYSIGKEKVFLAIADV
       :::::.:.:. : .::..: .  ... .   .: .: :.. .    . : : .:  ... 
XP_011 YLDTTFCDPRFYQIPSREECLSGVLELVRSWITRSPYHVVWLNCKAAYGYEYLFTNLSEE
            170       180       190       200       210       220  

           900       910       920       930         940       950 
pF1KSD LGSKVGMSQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLL--PMMQINFKGLQSHLKKCG-
       :: .: ..    :  .  :.:::   .:::  .. .:    :  .  :.   :.:  :: 
XP_011 LGVQVHVN----KLDMFRNMPEILHHLTTDR-NTQIHACRHPKAEEYFQ--WSKLP-CGI
            230           240        250       260         270     

                  960        970       980       990      1000     
pF1KSD GKYNQI----LAFRP-TGWTHSNKFTRIADVIPQTKGNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQ
        . :.:    ....: : :   .. .: ..:: . :                        
XP_011 TSRNRIPLHIISIKPSTMWF--GERSRKTNVIVRLKIS                      
          280       290         300       310                      

        1010      1020      1030      1040
pF1KSD WLKPQKIIPTVNVGTWKSRSTMEKYFREWKLEAGY

>>XP_016872049 (OMIM: 602450,603554,605988) PREDICTED: p  (494 aa)
 initn: 110 init1:  68 opt: 245  Z-score: 249.6  bits: 56.7 E(85289): 3.6e-07
Smith-Waterman score: 245; 32.6% identity (57.7% similar) in 239 aa overlap (799-1020:1-226)

      770       780       790       800       810        820       
pF1KSD YIHPLPLDTECIVNGVKVVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFR-ADPSMERSLL
                                     :.::   :::: :.::::: :.    :  :
XP_016                               MFLFQGNNGTV-LYTGDFRLAQGEAARMEL
                                             10         20         

            830       840        850       860       870        880
pF1KSD AD-----QKVHMLYLDTTYCSPE-YTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNP-HALVVCGTYS
              . .. .:::::.:.:. : .::..: .  ... .   .: .: :.. .    .
XP_016 LHSGGRVKDIQSVYLDTTFCDPRFYQIPSREECLSGVLELVRSWITRSPYHVVWLNCKAA
      30        40        50        60        70        80         

              890       900       910       920       930          
pF1KSD IGKEKVFLAIADVLGSKVGMSQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLL--PMMQIN
        : : .:  ... :: .: ..    :  .  :.:::   .:::  .. .:    :  .  
XP_016 YGYEYLFTNLSEELGVQVHVN----KLDMFRNMPEILHHLTTDR-NTQIHACRHPKAEEY
      90       100       110           120        130       140    

      940       950            960        970       980       990  
pF1KSD FKGLQSHLKKCG-GKYNQI----LAFRP-TGWTHSNKFTRIADVIPQTKGNISIYGIPYS
       :.   :.:  ::  . :.:    ....: : :   .. .: ..:: .: :. : :   .:
XP_016 FQ--WSKLP-CGITSRNRIPLHIISIKPSTMWF--GERSRKTNVIVRT-GESS-YRACFS
            150        160       170         180        190        

           1000      1010       1020      1030      1040           
pF1KSD EHSSYLEMKRFVQWLKPQKIIPTV-NVGTWKSRSTMEKYFREWKLEAGY           
        :::: :.: :...: : .  :.:  :::                               
XP_016 FHSSYSEIKDFLSYLCPVNAYPNVIPVGTTMDKVVEILKPLCRSSQSTEPKYKPLGKLKR
       200       210       220       230       240       250       




1040 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Wed Nov  2 23:54:03 2016 done: Wed Nov  2 23:54:04 2016
 Total Scan time:  8.080 Total Display time:  0.170

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com