Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0086
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0086, 1040 aa
  1>>>pF1KSDA0086 1040 - 1040 aa - 1040 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0433+/-0.000942; mu= 12.9087+/- 0.057
 mean_var=90.0503+/-17.784, 0's: 0 Z-trim(106.0): 20  B-trim: 71 in 1/53
 Lambda= 0.135155
 statistics sampled from 8735 (8743) to 8735 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.628), E-opt: 0.2 (0.269), width:  16
 Scan time:  4.260

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS7584.1 DCLRE1A gene_id:9937|Hs108|chr10        (1040) 6986 1372.9       0
CCDS866.1 DCLRE1B gene_id:64858|Hs108|chr1         ( 532)  470 102.3 2.9e-21
CCDS31149.1 DCLRE1C gene_id:64421|Hs108|chr10      ( 692)  312 71.5 6.9e-12


>>CCDS7584.1 DCLRE1A gene_id:9937|Hs108|chr10             (1040 aa)
 initn: 6986 init1: 6986 opt: 6986  Z-score: 7356.9  bits: 1372.9 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6986; 100.0% identity (100.0% similar) in 1040 aa overlap (1-1040:1-1040)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MLEDISEEDIWEYKSKRKPKRVDPNNGSKNILKSVEKATDGKYQSKRSRNRKRAAEAKEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MLEDISEEDIWEYKSKRKPKRVDPNNGSKNILKSVEKATDGKYQSKRSRNRKRAAEAKEV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD KDHEVPLGNAGCQTSVASSQNSSCGDGIQQTQDKETTPGKLCRTQKSQHVSPKIRPVYDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KDHEVPLGNAGCQTSVASSQNSSCGDGIQQTQDKETTPGKLCRTQKSQHVSPKIRPVYDG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD YCPNCQMPFSSLIGQTPRWHVFECLDSPPRSETECPDGLLCTSTIPFHYKRYTHFLLAQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 YCPNCQMPFSSLIGQTPRWHVFECLDSPPRSETECPDGLLCTSTIPFHYKRYTHFLLAQS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD RAGDHPFSSPSPASGGSFSETKSGVLCSLEERWSSYQNQTDNSVSNDPLLMTQYFKKSPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RAGDHPFSSPSPASGGSFSETKSGVLCSLEERWSSYQNQTDNSVSNDPLLMTQYFKKSPS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD LTEASEKISTHIQTSQQALQFTDFVENDKLVGVALRLANNSEHINLPLPENDFSDCEISY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LTEASEKISTHIQTSQQALQFTDFVENDKLVGVALRLANNSEHINLPLPENDFSDCEISY
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SPLQSDEDTHDIDEKPDDSQEQLFFTESSKDGSLEEDDDSCGFFKKRHGPLLKDQDESCP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SPLQSDEDTHDIDEKPDDSQEQLFFTESSKDGSLEEDDDSCGFFKKRHGPLLKDQDESCP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD KVNSFLTRDKYDEGLYRFNSLNDLSQPISQNNESTLPYDLACTGGDFVLFPPALAGKLAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KVNSFLTRDKYDEGLYRFNSLNDLSQPISQNNESTLPYDLACTGGDFVLFPPALAGKLAA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD SVHQATKAKPDEPEFHSAQSNKQKQVIEESSVYNQVSLPLVKSLMLKPFESQVEGYLSSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SVHQATKAKPDEPEFHSAQSNKQKQVIEESSVYNQVSLPLVKSLMLKPFESQVEGYLSSQ
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD PTQNTIRKLSSENLNAKNNTNSACFCRKALEGVPVGKATILNTENLSSTPAPKYLKILPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PTQNTIRKLSSENLNAKNNTNSACFCRKALEGVPVGKATILNTENLSSTPAPKYLKILPS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD GLKYNARHPSTKVMKQMDIGVYFGLPPKRKEEKLLGESALEGINLNPVPSPNQKRSSQCK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GLKYNARHPSTKVMKQMDIGVYFGLPPKRKEEKLLGESALEGINLNPVPSPNQKRSSQCK
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD RKAEKSLSDLEFDASTLHESQLSVELSSERSQRQKKRCRKSNSLQEGACQKRSDHLINTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RKAEKSLSDLEFDASTLHESQLSVELSSERSQRQKKRCRKSNSLQEGACQKRSDHLINTE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD SEAVNLSKVKVFTKSAHGGLQRGNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SEAVNLSKVKVFTKSAHGGLQRGNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYG
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD VVEGCTAYFLTHFHSDHYAGLSKHFTFPVYCSEITGNLLKNKLHVQEQYIHPLPLDTECI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VVEGCTAYFLTHFHSDHYAGLSKHFTFPVYCSEITGNLLKNKLHVQEQYIHPLPLDTECI
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD VNGVKVVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFRADPSMERSLLADQKVHMLYLDTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VNGVKVVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFRADPSMERSLLADQKVHMLYLDTT
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD YCSPEYTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNPHALVVCGTYSIGKEKVFLAIADVLGSKVGM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 YCSPEYTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNPHALVVCGTYSIGKEKVFLAIADVLGSKVGM
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD SQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLLPMMQINFKGLQSHLKKCGGKYNQILAFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLLPMMQINFKGLQSHLKKCGGKYNQILAFR
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD PTGWTHSNKFTRIADVIPQTKGNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQWLKPQKIIPTVNVGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PTGWTHSNKFTRIADVIPQTKGNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQWLKPQKIIPTVNVGT
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040
pF1KSD WKSRSTMEKYFREWKLEAGY
       ::::::::::::::::::::
CCDS75 WKSRSTMEKYFREWKLEAGY
             1030      1040

>>CCDS866.1 DCLRE1B gene_id:64858|Hs108|chr1              (532 aa)
 initn: 505 init1: 172 opt: 470  Z-score: 495.3  bits: 102.3 E(32554): 2.9e-21
Smith-Waterman score: 546; 35.1% identity (61.8% similar) in 325 aa overlap (707-1017:6-299)

        680       690       700       710       720       730      
pF1KSD HGGLQRGNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYGVVEGCTAYFLTHFHSD
                                     :: : ..:: ..   .     .::.:.:::
CCDS86                          MNGVLIPHTPIAVDFWSLRRAGTARLFFLSHMHSD
                                        10        20        30     

        740       750       760       770               780        
pF1KSD HYAGLSKHFTFPVYCSEITGNLLKNKLHVQEQYI--------HPLPLDTECIVNGVKVVL
       : .:::. .. :.::: ::..::. .:.:..:.:        : :::: :   . . :.:
CCDS86 HTVGLSSTWARPLYCSPITAHLLHRHLQVSKQWIQALEVGESHVLPLD-EIGQETMTVTL
          40        50        60        70        80         90    

      790       800       810       820         830       840      
pF1KSD LDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFRADPSM--ERSLLADQKVHMLYLDTTYCSPEY
       ::::::::.::.::    :: ::.:::::  :::  : .:   ...: ::::.: :.:  
CCDS86 LDANHCPGSVMFLFEGYFGT-ILYTGDFRYTPSMLKEPALTLGKQIHTLYLDNTNCNPAL
          100       110        120       130       140       150   

        850       860       870       880       890       900      
pF1KSD TFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNPHALVVCGTYSIGKEKVFLAIADVLGSKVGMSQEKYK
       ..::.::    : .   . .  .:.  .  : ::.:::...  .:  . . : .: .. .
CCDS86 VLPSRQE----AAHQIVQLIRKHPQHNIKIGLYSLGKESLLEQLALEFQTWVVLSPRRLE
           160           170       180       190       200         

        910       920       930       940       950       960      
pF1KSD TLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLLPMMQINFKGLQSHLKKCGGKYNQILAFRPTGWTH
        .: :.. ..   .:..  .. .: .  :.:  ...         ..::    .::    
CCDS86 LVQLLGLADV---FTVEEKAGRIHAVDHMEICHSNML--------RWNQT---HPT----
     210          220       230       240                  250     

        970       980           990      1000      1010      1020  
pF1KSD SNKFTRIADVIPQTK----GNISIYGIPYSEHSSYLEMKRFVQWLKPQKIIPTVNVGTWK
             :: ..: ..    .. .:. ::::.:::: :.. ::  ::: ...: :.     
CCDS86 ------IA-ILPTSRKIHSSHPDIHVIPYSDHSSYSELRAFVAALKPCQVVPIVSRRPCG
                    260       270       280       290       300    

           1030      1040                                          
pF1KSD SRSTMEKYFREWKLEAGY                                          
                                                                   
CCDS86 GFQDSLSPRISVPLIPDSVQQYMSSSSRKPSLLWLLERRLKRPRTQGVVFESPEESADQS
          310       320       330       340       350       360    

>>CCDS31149.1 DCLRE1C gene_id:64421|Hs108|chr10           (692 aa)
 initn: 191 init1: 101 opt: 312  Z-score: 326.9  bits: 71.5 E(32554): 6.9e-12
Smith-Waterman score: 366; 31.8% identity (56.4% similar) in 346 aa overlap (713-1020:15-346)

            690       700       710       720       730       740  
pF1KSD GNKKIPESSNVGGSRKKTCPFYKKIPGTGFTVDAFQYGVVEGCTAYFLTHFHSDHYAGLS
                                     ..: :.   ...  ::::.: :.::. :: 
CCDS31                 MSSFEGQMAEYPTISIDRFDRENLRA-RAYFLSHCHKDHMKGLR
                               10        20         30        40   

                     750         760       770       780           
pF1KSD K---------HFTFPVYCSEITGNLL--KNKLHVQEQYIHPLPLDTECIVN------GVK
                  .   .::: .: .::  . : .  .. :  . ..:   ..      : :
CCDS31 APTLKRRLECSLKVYLYCSPVTKELLLTSPKYRFWKKRIISIEIETPTQISLVDEASGEK
            50        60        70        80        90       100   

             790       800       810        820            830     
pF1KSD ----VVLLDANHCPGAVMILFYLPNGTVILHTGDFR-ADPSMERSLLAD-----QKVHML
           :.:: :.::::.::.::   :::: :.::::: :.    :  :       . .. .
CCDS31 EEIVVTLLPAGHCPGSVMFLFQGNNGTV-LYTGDFRLAQGEAARMELLHSGGRVKDIQSV
           110       120       130        140       150       160  

         840        850       860       870        880       890   
pF1KSD YLDTTYCSPE-YTFPSQQEVIRFAINTAFEAVTLNP-HALVVCGTYSIGKEKVFLAIADV
       :::::.:.:. : .::..: .  ... .   .: .: :.. .    . : : .:  ... 
CCDS31 YLDTTFCDPRFYQIPSREECLSGVLELVRSWITRSPYHVVWLNCKAAYGYEYLFTNLSEE
            170       180       190       200       210       220  

           900       910       920       930         940       950 
pF1KSD LGSKVGMSQEKYKTLQCLNIPEINSLITTDMCSSLVHLL--PMMQINFKGLQSHLKKCG-
       :: .: ..    :  .  :.:::   .:::  .. .:    :  .  :.   :.:  :: 
CCDS31 LGVQVHVN----KLDMFRNMPEILHHLTTDR-NTQIHACRHPKAEEYFQ--WSKLP-CGI
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        . :.:    ....: : :   .. .: ..:: .: :. : :   .: :::: :.: :..
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       .: : .  :.:  :::                                            
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