Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0031
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0031, 972 aa
  1>>>pF1KSDA0031 972 - 972 aa - 972 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1828+/-0.00126; mu= 17.8211+/- 0.076
 mean_var=99.9968+/-19.759, 0's: 0 Z-trim(103.6): 50  B-trim: 249 in 1/49
 Lambda= 0.128257
 statistics sampled from 7482 (7509) to 7482 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.584), E-opt: 0.2 (0.231), width:  16
 Scan time:  3.090

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS11489.1 EFTUD2 gene_id:9343|Hs108|chr17        ( 972) 6506 1215.5       0
CCDS45707.1 EFTUD2 gene_id:9343|Hs108|chr17        ( 937) 6265 1170.9       0
CCDS59295.1 EFTUD2 gene_id:9343|Hs108|chr17        ( 962) 5506 1030.4       0
CCDS12117.1 EEF2 gene_id:1938|Hs108|chr19          ( 858) 1738 333.2 1.4e-90
CCDS42071.1 EFL1 gene_id:79631|Hs108|chr15         (1120)  432 91.6 9.4e-18


>>CCDS11489.1 EFTUD2 gene_id:9343|Hs108|chr17             (972 aa)
 initn: 6506 init1: 6506 opt: 6506  Z-score: 6507.2  bits: 1215.5 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6506; 100.0% identity (100.0% similar) in 972 aa overlap (1-972:1-972)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MDTDLYDEFGNYIGPELDSDEDDDELGRETKDLDEMDDDDDDDDVGDHDDDHPGMEVVLH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MDTDLYDEFGNYIGPELDSDEDDDELGRETKDLDEMDDDDDDDDVGDHDDDHPGMEVVLH
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD EDKKYYPTAEEVYGPEVETIVQEEDTQPLTEPIIKPVKTKKFTLMEQTLPVTVYEMDFLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EDKKYYPTAEEVYGPEVETIVQEEDTQPLTEPIIKPVKTKKFTLMEQTLPVTVYEMDFLA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD DLMDNSELIRNVTLCGHLHHGKTCFVDCLIEQTHPEIRKRYDQDLCYTDILFTEQERGVG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DLMDNSELIRNVTLCGHLHHGKTCFVDCLIEQTHPEIRKRYDQDLCYTDILFTEQERGVG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD IKSTPVTVVLPDTKGKSYLFNIMDTPGHVNFSDEVTAGLRISDGVVLFIDAAEGVMLNTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 IKSTPVTVVLPDTKGKSYLFNIMDTPGHVNFSDEVTAGLRISDGVVLFIDAAEGVMLNTE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD RLIKHAVQERLAVTVCINKIDRLILELKLPPTDAYYKLRHIVDEVNGLISMYSTDENLIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RLIKHAVQERLAVTVCINKIDRLILELKLPPTDAYYKLRHIVDEVNGLISMYSTDENLIL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SPLLGNVCFSSSQYSICFTLGSFAKIYADTFGDINYQEFAKRLWGDIYFNPKTRKFTKKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SPLLGNVCFSSSQYSICFTLGSFAKIYADTFGDINYQEFAKRLWGDIYFNPKTRKFTKKA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD PTSSSQRSFVEFILEPLYKILAQVVGDVDTSLPRTLDELGIHLTKEELKLNIRPLLRLVC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PTSSSQRSFVEFILEPLYKILAQVVGDVDTSLPRTLDELGIHLTKEELKLNIRPLLRLVC
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD KKFFGEFTGFVDMCVQHIPSPKVGAKPKIEHTYTGGVDSDLGEAMSDCDPDGPLMCHTTK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KKFFGEFTGFVDMCVQHIPSPKVGAKPKIEHTYTGGVDSDLGEAMSDCDPDGPLMCHTTK
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD MYSTDDGVQFHAFGRVLSGTIHAGQPVKVLGENYTLEDEEDSQICTVGRLWISVARYHIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MYSTDDGVQFHAFGRVLSGTIHAGQPVKVLGENYTLEDEEDSQICTVGRLWISVARYHIE
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD VNRVPAGNWVLIEGVDQPIVKTATITEPRGNEEAQIFRPLKFNTTSVIKIAVEPVNPSEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VNRVPAGNWVLIEGVDQPIVKTATITEPRGNEEAQIFRPLKFNTTSVIKIAVEPVNPSEL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD PKMLDGLRKVNKSYPSLTTKVEESGEHVILGTGELYLDCVMHDLRKMYSEIDIKVADPVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PKMLDGLRKVNKSYPSLTTKVEESGEHVILGTGELYLDCVMHDLRKMYSEIDIKVADPVV
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD TFCETVVETSSLKCFAETPNKKNKITMIAEPLEKGLAEDIENEVVQITWNRKKLGEFFQT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TFCETVVETSSLKCFAETPNKKNKITMIAEPLEKGLAEDIENEVVQITWNRKKLGEFFQT
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD KYDWDLLAARSIWAFGPDATGPNILVDDTLPSEVDKALLGSVKDSIVQGFQWGTREGPLC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KYDWDLLAARSIWAFGPDATGPNILVDDTLPSEVDKALLGSVKDSIVQGFQWGTREGPLC
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD DELIRNVKFKILDAVVAQEPLHRGGGQIIPTARRVVYSAFLMATPRLMEPYYFVEVQAPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DELIRNVKFKILDAVVAQEPLHRGGGQIIPTARRVVYSAFLMATPRLMEPYYFVEVQAPA
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD DCVSAVYTVLARRRGHVTQDAPIPGSPLYTIKAFIPAIDSFGFETDLRTHTQGQAFSLSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DCVSAVYTVLARRRGHVTQDAPIPGSPLYTIKAFIPAIDSFGFETDLRTHTQGQAFSLSV
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD FHHWQIVPGDPLDKSIVIRPLEPQPAPHLAREFMIKTRRRKGLSEDVSISKFFDDPMLLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 FHHWQIVPGDPLDKSIVIRPLEPQPAPHLAREFMIKTRRRKGLSEDVSISKFFDDPMLLE
              910       920       930       940       950       960

              970  
pF1KSD LAKQDVVLNYPM
       ::::::::::::
CCDS11 LAKQDVVLNYPM
              970  

>>CCDS45707.1 EFTUD2 gene_id:9343|Hs108|chr17             (937 aa)
 initn: 6265 init1: 6265 opt: 6265  Z-score: 6266.4  bits: 1170.9 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6265; 100.0% identity (100.0% similar) in 937 aa overlap (36-972:1-937)

          10        20        30        40        50        60     
pF1KSD YDEFGNYIGPELDSDEDDDELGRETKDLDEMDDDDDDDDVGDHDDDHPGMEVVLHEDKKY
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45                               MDDDDDDDDVGDHDDDHPGMEVVLHEDKKY
                                             10        20        30

          70        80        90       100       110       120     
pF1KSD YPTAEEVYGPEVETIVQEEDTQPLTEPIIKPVKTKKFTLMEQTLPVTVYEMDFLADLMDN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 YPTAEEVYGPEVETIVQEEDTQPLTEPIIKPVKTKKFTLMEQTLPVTVYEMDFLADLMDN
               40        50        60        70        80        90

         130       140       150       160       170       180     
pF1KSD SELIRNVTLCGHLHHGKTCFVDCLIEQTHPEIRKRYDQDLCYTDILFTEQERGVGIKSTP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SELIRNVTLCGHLHHGKTCFVDCLIEQTHPEIRKRYDQDLCYTDILFTEQERGVGIKSTP
              100       110       120       130       140       150

         190       200       210       220       230       240     
pF1KSD VTVVLPDTKGKSYLFNIMDTPGHVNFSDEVTAGLRISDGVVLFIDAAEGVMLNTERLIKH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 VTVVLPDTKGKSYLFNIMDTPGHVNFSDEVTAGLRISDGVVLFIDAAEGVMLNTERLIKH
              160       170       180       190       200       210

         250       260       270       280       290       300     
pF1KSD AVQERLAVTVCINKIDRLILELKLPPTDAYYKLRHIVDEVNGLISMYSTDENLILSPLLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AVQERLAVTVCINKIDRLILELKLPPTDAYYKLRHIVDEVNGLISMYSTDENLILSPLLG
              220       230       240       250       260       270

         310       320       330       340       350       360     
pF1KSD NVCFSSSQYSICFTLGSFAKIYADTFGDINYQEFAKRLWGDIYFNPKTRKFTKKAPTSSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 NVCFSSSQYSICFTLGSFAKIYADTFGDINYQEFAKRLWGDIYFNPKTRKFTKKAPTSSS
              280       290       300       310       320       330

         370       380       390       400       410       420     
pF1KSD QRSFVEFILEPLYKILAQVVGDVDTSLPRTLDELGIHLTKEELKLNIRPLLRLVCKKFFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QRSFVEFILEPLYKILAQVVGDVDTSLPRTLDELGIHLTKEELKLNIRPLLRLVCKKFFG
              340       350       360       370       380       390

         430       440       450       460       470       480     
pF1KSD EFTGFVDMCVQHIPSPKVGAKPKIEHTYTGGVDSDLGEAMSDCDPDGPLMCHTTKMYSTD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EFTGFVDMCVQHIPSPKVGAKPKIEHTYTGGVDSDLGEAMSDCDPDGPLMCHTTKMYSTD
              400       410       420       430       440       450

         490       500       510       520       530       540     
pF1KSD DGVQFHAFGRVLSGTIHAGQPVKVLGENYTLEDEEDSQICTVGRLWISVARYHIEVNRVP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DGVQFHAFGRVLSGTIHAGQPVKVLGENYTLEDEEDSQICTVGRLWISVARYHIEVNRVP
              460       470       480       490       500       510

         550       560       570       580       590       600     
pF1KSD AGNWVLIEGVDQPIVKTATITEPRGNEEAQIFRPLKFNTTSVIKIAVEPVNPSELPKMLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AGNWVLIEGVDQPIVKTATITEPRGNEEAQIFRPLKFNTTSVIKIAVEPVNPSELPKMLD
              520       530       540       550       560       570

         610       620       630       640       650       660     
pF1KSD GLRKVNKSYPSLTTKVEESGEHVILGTGELYLDCVMHDLRKMYSEIDIKVADPVVTFCET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GLRKVNKSYPSLTTKVEESGEHVILGTGELYLDCVMHDLRKMYSEIDIKVADPVVTFCET
              580       590       600       610       620       630

         670       680       690       700       710       720     
pF1KSD VVETSSLKCFAETPNKKNKITMIAEPLEKGLAEDIENEVVQITWNRKKLGEFFQTKYDWD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 VVETSSLKCFAETPNKKNKITMIAEPLEKGLAEDIENEVVQITWNRKKLGEFFQTKYDWD
              640       650       660       670       680       690

         730       740       750       760       770       780     
pF1KSD LLAARSIWAFGPDATGPNILVDDTLPSEVDKALLGSVKDSIVQGFQWGTREGPLCDELIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LLAARSIWAFGPDATGPNILVDDTLPSEVDKALLGSVKDSIVQGFQWGTREGPLCDELIR
              700       710       720       730       740       750

         790       800       810       820       830       840     
pF1KSD NVKFKILDAVVAQEPLHRGGGQIIPTARRVVYSAFLMATPRLMEPYYFVEVQAPADCVSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 NVKFKILDAVVAQEPLHRGGGQIIPTARRVVYSAFLMATPRLMEPYYFVEVQAPADCVSA
              760       770       780       790       800       810

         850       860       870       880       890       900     
pF1KSD VYTVLARRRGHVTQDAPIPGSPLYTIKAFIPAIDSFGFETDLRTHTQGQAFSLSVFHHWQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 VYTVLARRRGHVTQDAPIPGSPLYTIKAFIPAIDSFGFETDLRTHTQGQAFSLSVFHHWQ
              820       830       840       850       860       870

         910       920       930       940       950       960     
pF1KSD IVPGDPLDKSIVIRPLEPQPAPHLAREFMIKTRRRKGLSEDVSISKFFDDPMLLELAKQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 IVPGDPLDKSIVIRPLEPQPAPHLAREFMIKTRRRKGLSEDVSISKFFDDPMLLELAKQD
              880       890       900       910       920       930

         970  
pF1KSD VVLNYPM
       :::::::
CCDS45 VVLNYPM
              

>>CCDS59295.1 EFTUD2 gene_id:9343|Hs108|chr17             (962 aa)
 initn: 5459 init1: 5459 opt: 5506  Z-score: 5507.2  bits: 1030.4 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6401; 99.0% identity (99.0% similar) in 972 aa overlap (1-972:1-962)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MDTDLYDEFGNYIGPELDSDEDDDELGRETKDLDEMDDDDDDDDVGDHDDDHPGMEVVLH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MDTDLYDEFGNYIGPELDSDEDDDELGRETKDLDEMDDDDDDDDVGDHDDDHPGMEVVLH
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD EDKKYYPTAEEVYGPEVETIVQEEDTQPLTEPIIKPVKTKKFTLMEQTLPVTVYEMDFLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 EDKKYYPTAEEVYGPEVETIVQEEDTQPLTEPIIKPVKTKKFTLMEQTLPVTVYEMDFLA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD DLMDNSELIRNVTLCGHLHHGKTCFVDCLIEQTHPEIRKRYDQDLCYTDILFTEQERGVG
       :::::::::::::::::::::::          :::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 DLMDNSELIRNVTLCGHLHHGKT----------HPEIRKRYDQDLCYTDILFTEQERGVG
              130       140                 150       160       170

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD IKSTPVTVVLPDTKGKSYLFNIMDTPGHVNFSDEVTAGLRISDGVVLFIDAAEGVMLNTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 IKSTPVTVVLPDTKGKSYLFNIMDTPGHVNFSDEVTAGLRISDGVVLFIDAAEGVMLNTE
              180       190       200       210       220       230

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD RLIKHAVQERLAVTVCINKIDRLILELKLPPTDAYYKLRHIVDEVNGLISMYSTDENLIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 RLIKHAVQERLAVTVCINKIDRLILELKLPPTDAYYKLRHIVDEVNGLISMYSTDENLIL
              240       250       260       270       280       290

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SPLLGNVCFSSSQYSICFTLGSFAKIYADTFGDINYQEFAKRLWGDIYFNPKTRKFTKKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 SPLLGNVCFSSSQYSICFTLGSFAKIYADTFGDINYQEFAKRLWGDIYFNPKTRKFTKKA
              300       310       320       330       340       350

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD PTSSSQRSFVEFILEPLYKILAQVVGDVDTSLPRTLDELGIHLTKEELKLNIRPLLRLVC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 PTSSSQRSFVEFILEPLYKILAQVVGDVDTSLPRTLDELGIHLTKEELKLNIRPLLRLVC
              360       370       380       390       400       410

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD KKFFGEFTGFVDMCVQHIPSPKVGAKPKIEHTYTGGVDSDLGEAMSDCDPDGPLMCHTTK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 KKFFGEFTGFVDMCVQHIPSPKVGAKPKIEHTYTGGVDSDLGEAMSDCDPDGPLMCHTTK
              420       430       440       450       460       470

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD MYSTDDGVQFHAFGRVLSGTIHAGQPVKVLGENYTLEDEEDSQICTVGRLWISVARYHIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MYSTDDGVQFHAFGRVLSGTIHAGQPVKVLGENYTLEDEEDSQICTVGRLWISVARYHIE
              480       490       500       510       520       530

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD VNRVPAGNWVLIEGVDQPIVKTATITEPRGNEEAQIFRPLKFNTTSVIKIAVEPVNPSEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 VNRVPAGNWVLIEGVDQPIVKTATITEPRGNEEAQIFRPLKFNTTSVIKIAVEPVNPSEL
              540       550       560       570       580       590

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD PKMLDGLRKVNKSYPSLTTKVEESGEHVILGTGELYLDCVMHDLRKMYSEIDIKVADPVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 PKMLDGLRKVNKSYPSLTTKVEESGEHVILGTGELYLDCVMHDLRKMYSEIDIKVADPVV
              600       610       620       630       640       650

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD TFCETVVETSSLKCFAETPNKKNKITMIAEPLEKGLAEDIENEVVQITWNRKKLGEFFQT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 TFCETVVETSSLKCFAETPNKKNKITMIAEPLEKGLAEDIENEVVQITWNRKKLGEFFQT
              660       670       680       690       700       710

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD KYDWDLLAARSIWAFGPDATGPNILVDDTLPSEVDKALLGSVKDSIVQGFQWGTREGPLC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 KYDWDLLAARSIWAFGPDATGPNILVDDTLPSEVDKALLGSVKDSIVQGFQWGTREGPLC
              720       730       740       750       760       770

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD DELIRNVKFKILDAVVAQEPLHRGGGQIIPTARRVVYSAFLMATPRLMEPYYFVEVQAPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 DELIRNVKFKILDAVVAQEPLHRGGGQIIPTARRVVYSAFLMATPRLMEPYYFVEVQAPA
              780       790       800       810       820       830

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD DCVSAVYTVLARRRGHVTQDAPIPGSPLYTIKAFIPAIDSFGFETDLRTHTQGQAFSLSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 DCVSAVYTVLARRRGHVTQDAPIPGSPLYTIKAFIPAIDSFGFETDLRTHTQGQAFSLSV
              840       850       860       870       880       890

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD FHHWQIVPGDPLDKSIVIRPLEPQPAPHLAREFMIKTRRRKGLSEDVSISKFFDDPMLLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 FHHWQIVPGDPLDKSIVIRPLEPQPAPHLAREFMIKTRRRKGLSEDVSISKFFDDPMLLE
              900       910       920       930       940       950

              970  
pF1KSD LAKQDVVLNYPM
       ::::::::::::
CCDS59 LAKQDVVLNYPM
              960  

>>CCDS12117.1 EEF2 gene_id:1938|Hs108|chr19               (858 aa)
 initn: 2117 init1: 637 opt: 1738  Z-score: 1739.9  bits: 333.2 E(32554): 1.4e-90
Smith-Waterman score: 2153; 39.2% identity (69.6% similar) in 873 aa overlap (114-954:4-856)

            90       100       110       120       130       140   
pF1KSD EDTQPLTEPIIKPVKTKKFTLMEQTLPVTVYEMDFLADLMDNSELIRNVTLCGHLHHGKT
                                     . .: .  .::..  :::... .:. :::.
CCDS12                            MVNFTVDQIRAIMDKKANIRNMSVIAHVDHGKS
                                          10        20        30   

           150       160       170       180                 190   
pF1KSD CFVDCLIEQTHPEIRKRYDQDLCYTDILFTEQERGVGIKSTPVTVV----------LPDT
        ..: :. ..      :  .   .::    :::: . :::: ...           . ..
CCDS12 TLTDSLVCKAGIIASARAGETR-FTDTRKDEQERCITIKSTAISLFYELSENDLNFIKQS
            40        50         60        70        80        90  

            200       210       220       230       240       250  
pF1KSD K-GKSYLFNIMDTPGHVNFSDEVTAGLRISDGVVLFIDAAEGVMLNTERLIKHAVQERLA
       : : ..:.:..:.::::.::.::::.::..::... .: . :: ..:: ....:. ::. 
CCDS12 KDGAGFLINLIDSPGHVDFSSEVTAALRVTDGALVVVDCVSGVCVQTETVLRQAIAERIK
            100       110       120       130       140       150  

            260       270       280       290            300       
pF1KSD VTVCINKIDRLILELKLPPTDAYYKLRHIVDEVNGLISMYSTDE-----NLILSPLLGNV
        .. .::.:: .:::.: : . :  ...::..:: .:: :.  :     :....:.::.:
CCDS12 PVLMMNKMDRALLELQLEPEELYQTFQRIVENVNVIISTYGEGESGPMGNIMIDPVLGTV
            160       170       180       190       200       210  

       310       320       330            340              350     
pF1KSD CFSSSQYSICFTLGSFAKIYADTF-----GDINYQEFAKR-------LWGDIYFNPKTRK
        :.:. ..  ::: .::..:.  :     :...  : ::.       :::: ::.: . :
CCDS12 GFGSGLHGWAFTLKQFAEMYVAKFAAKGEGQLGPAERAKKVEDMMKKLWGDRYFDPANGK
            220       230       240       250       260       270  

         360          370       380       390       400       410  
pF1KSD FTKKAPTSSSQ---RSFVEFILEPLYKILAQVVGDVDTSLPRTLDELGIHLTKEELKLNI
       :.:.: .  ..   :.: ..::.:..:..  ...       . ...: :.: .:.   . 
CCDS12 FSKSATSPEGKKLPRTFCQLILDPIFKVFDAIMNFKKEETAKLIEKLDIKLDSEDKDKEG
            280       290       300       310       320       330  

            420       430       440       450       460       470  
pF1KSD RPLLRLVCKKFFGEFTGFVDMCVQHIPSPKVGAKPKIEHTYTGGVDSDLGEAMSDCDPDG
       .:::. : ....    ....: . :.::: .. : . :  : :  :.. . ....::: :
CCDS12 KPLLKAVMRRWLPAGDALLQMITIHLPSPVTAQKYRCELLYEGPPDDEAAMGIKSCDPKG
            340       350       360       370       380       390  

            480       490       500       510       520       530  
pF1KSD PLMCHTTKMYSTDDGVQFHAFGRVLSGTIHAGQPVKVLGENYTLEDEEDSQICTVGRLWI
       ::: . .::  :.:  .:.:::::.:: . .:  :...: :::   .::  .  . :  .
CCDS12 PLMMYISKMVPTSDKGRFYAFGRVFSGLVSTGLKVRIMGPNYTPGKKEDLYLKPIQRTIL
            400       410       420       430       440       450  

            540       550       560       570       580       590  
pF1KSD SVARYHIEVNRVPAGNWVLIEGVDQPIVKTATITEPRGNEEAQIFRPLKFNTTSVIKIAV
        ..::   .. :: :: : . :::: .:::.:::     :.:. .: .::... :...::
CCDS12 MMGRYVEPIEDVPCGNIVGLVGVDQFLVKTGTITTF---EHAHNMRVMKFSVSPVVRVAV
            460       470       480          490       500         

            600       610       620       630       640       650  
pF1KSD EPVNPSELPKMLDGLRKVNKSYPSLTTKVEESGEHVILGTGELYLDCVMHDLRKMYSEID
       :  ::..:::...::... :: : .   .::::::.: :.:::.:.  ..::.. .. : 
CCDS12 EAKNPADLPKLVEGLKRLAKSDPMVQCIIEESGEHIIAGAGELHLEICLKDLEEDHACIP
     510       520       530       540       550       560         

            660       670       680       690       700       710  
pF1KSD IKVADPVVTFCETVVETSSLKCFAETPNKKNKITMIAEPLEKGLAEDIENEVVQITWNRK
       :: .::::.. ::: : :.. :....:::.:.. : :.:.  ::::::..  :.   . :
CCDS12 IKKSDPVVSYRETVSEESNVLCLSKSPNKHNRLYMKARPFPDGLAEDIDKGEVSARQELK
     570       580       590       600       610       620         

            720       730       740       750       760       770  
pF1KSD KLGEFFQTKYDWDLLAARSIWAFGPDATGPNILVDDTLPSEVDKALLGSVKDSIVQGFQW
       . ....  ::.::.  ::.:: ::::.::::::.: :   .     :. .:::.: ::::
CCDS12 QRARYLAEKYEWDVAEARKIWCFGPDGTGPNILTDITKGVQY----LNEIKDSVVAGFQW
     630       640       650       660       670           680     

            780       790       800       810       820       830  
pF1KSD GTREGPLCDELIRNVKFKILDAVVAQEPLHRGGGQIIPTARRVVYSAFLMATPRLMEPYY
       .:.:: ::.: .:.:.: . :...  . .::::::::::::: .:.. : : :::::: :
CCDS12 ATKEGALCEENMRGVRFDVHDVTLHADAIHRGGGQIIPTARRCLYASVLTAQPRLMEPIY
         690       700       710       720       730       740     

            840       850       860       870       880       890  
pF1KSD FVEVQAPADCVSAVYTVLARRRGHVTQDAPIPGSPLYTIKAFIPAIDSFGFETDLRTHTQ
       .::.: : . :...: :: :.:::: ... . :.:....::..:. .:::: .:::..: 
CCDS12 LVEIQCPEQVVGGIYGVLNRKRGHVFEESQVAGTPMFVVKAYLPVNESFGFTADLRSNTG
         750       760       770       780       790       800     

            900       910       920       930       940        950 
pF1KSD GQAFSLSVFHHWQIVPGDPLDKSIVIRPLEPQPAPHLAREFMIKTRRRKGLSEDV-SISK
       ::::   :: ::::.::::.:.:   ::           . . .::.::::.: . ....
CCDS12 GQAFPQCVFDHWQILPGDPFDNSS--RP----------SQVVAETRKRKGLKEGIPALDN
         810       820         830                 840       850   

             960       970  
pF1KSD FFDDPMLLELAKQDVVLNYPM
       :.:                  
CCDS12 FLDKL                
                            

>>CCDS42071.1 EFL1 gene_id:79631|Hs108|chr15              (1120 aa)
 initn: 1251 init1: 299 opt: 432  Z-score: 432.2  bits: 91.6 E(32554): 9.4e-18
Smith-Waterman score: 817; 25.7% identity (51.7% similar) in 894 aa overlap (116-789:6-892)

          90       100       110       120       130       140     
pF1KSD TQPLTEPIIKPVKTKKFTLMEQTLPVTVYEMDFLADLMDNSELIRNVTLCGHLHHGKTCF
                                     .: . .:. :.  :::. . .:. :::: .
CCDS42                          MVLNSLDKMIQLQKNTANIRNICVLAHVDHGKTTL
                                        10        20        30     

         150       160       170       180       190       200     
pF1KSD VDCLIEQTHPEIRKRYDQDLCYTDILFTEQERGVGIKSTPVTVVLPDTKGKSYLFNIMDT
       .:::: ...  : .:    : : :    :: ::. .::. ...    : .. ::.:..:.
CCDS42 ADCLI-SSNGIISSRLAGKLRYMDSREDEQIRGITMKSSAISLHYA-TGNEEYLINLIDS
          40         50        60        70        80         90   

         210       220       230       240       250       260     
pF1KSD PGHVNFSDEVTAGLRISDGVVLFIDAAEGVMLNTERLIKHAVQERLAVTVCINKIDRLIL
       ::::.::.::....:: :: .. .::.:::  .:. ....:  : .  .. ::::::::.
CCDS42 PGHVDFSSEVSTAVRICDGCIIVVDAVEGVCPQTQAVLRQAWLENIRPVLVINKIDRLIV
           100       110       120       130       140       150   

         270       280        290                                  
pF1KSD ELKLPPTDAYYKLRHIVDEVNGLI-SMYST------------------------------
       :::. : .:: .:..:....:.:  .....                              
CCDS42 ELKFTPQEAYSHLKNILEQINALTGTLFTSKVLEERAERETESQVNPNSEQGEQVYDWST
           160       170       180       190       200       210   

                300       310       320       330       340        
pF1KSD ------DENLILSPLLGNVCFSSSQYSICFTLGSFAKIYADTFGDINYQEFAKRLWGDIY
             : .: .::  ::: :.:.  .  : .  ::.::.. .: :. . . : :::: :
CCDS42 GLEDTDDSHLYFSPEQGNVVFTSAIDGWGFGIEHFARIYSQKIG-IKKEVLMKTLWGDYY
           220       230       240       250        260       270  

      350       360       370       380       390       400        
pF1KSD FNPKTRKFTKKAPTSSSQRSFVEFILEPLYKILAQVVGDVDTSLPRTLDELGIHL-TKEE
       .: :..:. :   .....  ::..::: ....   :.     .. . .  ::... ..: 
CCDS42 INMKAKKIMKGDQAKGKKPLFVQLILENIWSLYDAVLKKDKDKIDKIVTSLGLKIGAREA
            280       290       300       310       320       330  

       410       420       430       440       450                 
pF1KSD LKLNIRPLLRLVCKKFFGEFTGFVDMCVQHIPSPKVGAKPKIEHTYTGG---VDS-----
        . . .  .  .:....    . . :  :..:::   .  ..:. .  :    ::     
CCDS42 RHSDPKVQINAICSQWLPISHAVLAMVCQKLPSPLDITAERVERLMCTGSQTFDSFPPET
            340       350       360       370       380       390  

      460       470         480                                    
pF1KSD -DLGEAMSDCDPD--GPLMCHTTKMYSTD-------------------------------
         :  :.  :  .  .:..  ..::...:                               
CCDS42 QALKAAFMKCGSEDTAPVIIFVSKMFAVDAKALPQNKPRPLTQEEIAQRRERARQRHAEK
            400       410       420       430       440       450  

                                                         490       
pF1KSD --------------DGV----------------------------------QFHAFGRVL
                     ::                                   .: ::.::.
CCDS42 LAAAQGQAPLEPTQDGSAIETCPKGEEPRGDEQQVESMTPKPVLQEENNQESFIAFARVF
            460       470       480       490       500       510  

       500       510                  520              530         
pF1KSD SGTIHAGQPVKVLGENYT-LE----------DEEDS--QI-----CTVGRLWISVARYHI
       ::. . :. . ::: .:. ::             :.  :.     :..  :.. ..:   
CCDS42 SGVARRGKKIFVLGPKYSPLEFLRRVPLGFSAPPDGLPQVPHMAYCALENLYLLMGRELE
            520       530       540       550       560       570  

     540       550       560        570       580       590        
pF1KSD EVNRVPAGNWVLIEGVDQPIVKTATI-TEPRGNEEAQIFRPLKFNTTSVIKIAVEPVNPS
        ...:: :: . : :... ..:.::. . :        : ::.:..: ....:::: .::
CCDS42 YLEEVPPGNVLGIGGLQDFVLKSATLCSLP----SCPPFIPLNFEATPIVRVAVEPKHPS
            580       590       600           610       620        

      600       610       620       630       640       650        
pF1KSD ELPKMLDGLRKVNKSYPSLTTKVEESGEHVILGTGELYLDCVMHDLRKMYSEIDIKVADP
       :.:... :.. .:.. : .   ..:.::::.. .::..:.  . ::.. ...: :.:..:
CCDS42 EMPQLVKGMKLLNQADPCVQILIQETGEHVLVTAGEVHLQRCLDDLKERFAKIHISVSEP
      630       640       650       660       670       680        

      660       670       680       690                            
pF1KSD VVTFCETVVETSSLKCFAETPNKKNKITMIAEPLE------KGLAED-------------
       .. : ::...  ..    :  .:..:...: .  :      .:.  :             
CCDS42 IIPFRETITKPPKVDMVNEEIGKQQKVAVIHQMKEDQSKIPEGIQVDSDGLITITTPNKL
      690       700       710       720       730       740        

              700       710                                  720   
pF1KSD ---------IENEVVQITWNRKKL-------------GE--------------FFQTKYD
                . .::.::  . . :             ::               :. : .
CCDS42 ATLSVRAMPLPEEVTQILEENSDLIRSMEQLTSSLNEGENTHMIHQKTQEKIWEFKGKLE
      750       760       770       780       790       800        

           730             740              750       760          
pF1KSD WDLLAAR------SIWAFGPDATGPNILVDDT-------LPSEVDKALLGSVK-----DS
         : . :      .::.:::   ::::::. .         . .:::   . .     .:
CCDS42 QHLTGRRWRNIVDQIWSFGPRKCGPNILVNKSEDFQNSVWTGPADKASKEASRYRDLGNS
      810       820       830       840       850       860        

         770       780       790       800       810       820     
pF1KSD IVQGFQWGTREGPLCDELIRNVKFKILDAVVAQEPLHRGGGQIIPTARRVVYSAFLMATP
       ::.::: .:  ::.:.: . .: :                                    
CCDS42 IVSGFQLATLSGPMCEEPLMGVCFVLEKWDLSKFEEQGASDLAKEGQEENETCSGGNENQ
      870       880       890       900       910       920        




972 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Wed Nov  2 23:28:47 2016 done: Wed Nov  2 23:28:48 2016
 Total Scan time:  3.090 Total Display time:  0.150

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com