Result of FASTA (omim) for pF1KB4393
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4393, 1390 aa
  1>>>pF1KB4393 1390 - 1390 aa - 1390 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1914+/-0.000508; mu= 18.9997+/- 0.032
 mean_var=78.6317+/-16.314, 0's: 0 Z-trim(108.8): 10  B-trim: 0 in 0/50
 Lambda= 0.144636
 statistics sampled from 16943 (16948) to 16943 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.526), E-opt: 0.2 (0.199), width:  16
 Scan time: 13.950

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_008986 (OMIM: 607694,614258) DNA-directed RNA p (1390) 9194 1929.2       0
NP_000928 (OMIM: 180660) DNA-directed RNA polymera (1970) 1364 295.4 2.8e-78
NP_056240 (OMIM: 616404,616462) DNA-directed RNA p (1720)  485 112.0   4e-23


>>NP_008986 (OMIM: 607694,614258) DNA-directed RNA polym  (1390 aa)
 initn: 9194 init1: 9194 opt: 9194  Z-score: 10358.9  bits: 1929.2 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 9194; 100.0% identity (100.0% similar) in 1390 aa overlap (1-1390:1-1390)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MVKEQFRETDVAKKISHICFGMKSPEEMRQQAHIQVVSKNLYSQDNQHAPLLYGVLDHRM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 MVKEQFRETDVAKKISHICFGMKSPEEMRQQAHIQVVSKNLYSQDNQHAPLLYGVLDHRM
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 GTSEKDRPCETCGKNLADCLGHYGYIDLELPCFHVGYFRAVIGILQMICKTCCHIMLSQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 GTSEKDRPCETCGKNLADCLGHYGYIDLELPCFHVGYFRAVIGILQMICKTCCHIMLSQE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 EKKQFLDYLKRPGLTYLQKRGLKKKISDKCRKKNICHHCGAFNGTVKKCGLLKIIHEKYK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 EKKQFLDYLKRPGLTYLQKRGLKKKISDKCRKKNICHHCGAFNGTVKKCGLLKIIHEKYK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 TNKKVVDPIVSNFLQSFETAIEHNKEVEPLLGRAQENLNPLVVLNLFKRIPAEDVPLLLM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 TNKKVVDPIVSNFLQSFETAIEHNKEVEPLLGRAQENLNPLVVLNLFKRIPAEDVPLLLM
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 NPEAGKPSDLILTRLLVPPLCIRPSVVSDLKSGTNEDDLTMKLTEIIFLNDVIKKHRISG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 NPEAGKPSDLILTRLLVPPLCIRPSVVSDLKSGTNEDDLTMKLTEIIFLNDVIKKHRISG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 AKTQMIMEDWDFLQLQCALYINSELSGIPLNMAPKKWTRGFVQRLKGKQGRFRGNLSGKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 AKTQMIMEDWDFLQLQCALYINSELSGIPLNMAPKKWTRGFVQRLKGKQGRFRGNLSGKR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 VDFSGRTVISPDPNLRIDEVAVPVHVAKILTFPEKVNKANINFLRKLVQNGPEVHPGANF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 VDFSGRTVISPDPNLRIDEVAVPVHVAKILTFPEKVNKANINFLRKLVQNGPEVHPGANF
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 IQQRHTQMKRFLKYGNREKMAQELKYGDIVERHLIDGDVVLFNRQPSLHKLSIMAHLARV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 IQQRHTQMKRFLKYGNREKMAQELKYGDIVERHLIDGDVVLFNRQPSLHKLSIMAHLARV
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 KPHRTFRFNECVCTPYNADFDGDEMNLHLPQTEEAKAEALVLMGTKANLVTPRNGEPLIA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 KPHRTFRFNECVCTPYNADFDGDEMNLHLPQTEEAKAEALVLMGTKANLVTPRNGEPLIA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB4 AIQDFLTGAYLLTLKDTFFDRAKACQIIASILVGKDEKIKVRLPPPTILKPVTLWTGKQI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 AIQDFLTGAYLLTLKDTFFDRAKACQIIASILVGKDEKIKVRLPPPTILKPVTLWTGKQI
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB4 FSVILRPSDDNPVRANLRTKGKQYCGKGEDLCANDSYVTIQNSELMSGSMDKGTLGSGSK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 FSVILRPSDDNPVRANLRTKGKQYCGKGEDLCANDSYVTIQNSELMSGSMDKGTLGSGSK
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB4 NNIFYILLRDWGQNEAADAMSRLARLAPVYLSNRGFSIGIGDVTPGQGLLKAKYELLNAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 NNIFYILLRDWGQNEAADAMSRLARLAPVYLSNRGFSIGIGDVTPGQGLLKAKYELLNAG
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB4 YKKCDEYIEALNTGKLQQQPGCTAEETLEALILKELSVIRDHAGSACLRELDKSNSPLTM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 YKKCDEYIEALNTGKLQQQPGCTAEETLEALILKELSVIRDHAGSACLRELDKSNSPLTM
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB4 ALCGSKGSFINISQMIACVGQQAISGSRVPDGFENRSLPHFEKHSKLPAAKGFVANSFYS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 ALCGSKGSFINISQMIACVGQQAISGSRVPDGFENRSLPHFEKHSKLPAAKGFVANSFYS
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB4 GLTPTEFFFHTMAGREGLVDTAVKTAETGYMQRRLVKSLEDLCSQYDLTVRSSTGDIIQF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 GLTPTEFFFHTMAGREGLVDTAVKTAETGYMQRRLVKSLEDLCSQYDLTVRSSTGDIIQF
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB4 IYGGDGLDPAAMEGKDEPLEFKRVLDNIKAVFPCPSEPALSKNELILTTESIMKKSEFLC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 IYGGDGLDPAAMEGKDEPLEFKRVLDNIKAVFPCPSEPALSKNELILTTESIMKKSEFLC
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB4 CQDSFLQEIKKFIKGVSEKIKKTRDKYGINDNGTTEPRVLYQLDRITPTQVEKFLETCRD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 CQDSFLQEIKKFIKGVSEKIKKTRDKYGINDNGTTEPRVLYQLDRITPTQVEKFLETCRD
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB4 KYMRAQMEPGSAVGALCAQSIGEPGTQMTLKTFHFAGVASMNITLGVPRIKEIINASKAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 KYMRAQMEPGSAVGALCAQSIGEPGTQMTLKTFHFAGVASMNITLGVPRIKEIINASKAI
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB4 STPIITAQLDKDDDADYARLVKGRIEKTLLGEISEYIEEVFLPDDCFILVKLSLERIRLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 STPIITAQLDKDDDADYARLVKGRIEKTLLGEISEYIEEVFLPDDCFILVKLSLERIRLL
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KB4 RLEVNAETVRYSICTSKLRVKPGDVAVHGEAVVCVTPRENSKSSMYYVLQFLKEDLPKVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 RLEVNAETVRYSICTSKLRVKPGDVAVHGEAVVCVTPRENSKSSMYYVLQFLKEDLPKVV
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KB4 VQGIPEVSRAVIHIDEQSGKEKYKLLVEGDNLRAVMATHGVKGTRTTSNNTYEVEKTLGI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 VQGIPEVSRAVIHIDEQSGKEKYKLLVEGDNLRAVMATHGVKGTRTTSNNTYEVEKTLGI
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290      1300      1310      1320
pF1KB4 EAARTTIINEIQYTMVNHGMSIDRRHVMLLSDLMTYKGEVLGITRFGLAKMKESVLMLAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 EAARTTIINEIQYTMVNHGMSIDRRHVMLLSDLMTYKGEVLGITRFGLAKMKESVLMLAS
             1270      1280      1290      1300      1310      1320

             1330      1340      1350      1360      1370      1380
pF1KB4 FEKTADHLFDAAYFGQKDSVCGVSECIIMGIPMNIGTGLFKLLHKADRDPNPPKRPLIFD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_008 FEKTADHLFDAAYFGQKDSVCGVSECIIMGIPMNIGTGLFKLLHKADRDPNPPKRPLIFD
             1330      1340      1350      1360      1370      1380

             1390
pF1KB4 TNEFHIPLVT
       ::::::::::
NP_008 TNEFHIPLVT
             1390

>>NP_000928 (OMIM: 180660) DNA-directed RNA polymerase I  (1970 aa)
 initn: 2203 init1: 656 opt: 1364  Z-score: 1526.4  bits: 295.4 E(85289): 2.8e-78
Smith-Waterman score: 2339; 34.1% identity (61.7% similar) in 1425 aa overlap (13-1300:16-1411)

                  10        20        30        40         50      
pF1KB4    MVKEQFRETDVAKKISHICFGMKSPEEMRQQAHIQVVSKNLYSQDNQHA-PLLYGVL
                      . :... ::. ::.:.....  .   :  : . .. . : : :..
NP_000 MHGGGPPSGDSACPLRTIKRVQFGVLSPDELKRMSVTEGGIK--YPETTEGGRPKLGGLM
               10        20        30        40          50        

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB4 DHRMGTSEKDRPCETCGKNLADCLGHYGYIDLELPCFHVGYFRAVIGILQMICKTCCHIM
       : :.:. :.   :.::. :...: ::.:.:.:  : ::::..  .. .:. .:  : ...
NP_000 DPRQGVIERTGRCQTCAGNMTECPGHFGHIELAKPVFHVGFLVKTMKVLRCVCFFCSKLL
       60        70        80        90       100       110        

        120        130       140       150       160          170  
pF1KB4 LSQEEKKQFLDYL-KRPGLTYLQKRGLKKKISDKCRKKNICHHCGAFN---GTVKKCGLL
       ..... : . : : :  :    : .    .. : :. ::::.    ..   :. .  :  
NP_000 VDSNNPK-IKDILAKSKG----QPKKRLTHVYDLCKGKNICEGGEEMDNKFGVEQPEGDE
      120        130           140       150       160       170   

            180       190       200       210          220         
pF1KB4 KIIHEKYKTNKKVVDPIVSNFLQSFETAIEHNKEVEPLLGRAQEN---LNPLVVLNLFKR
        . .:: . .    .: .       ....:   : . .   .::.   :.:  : ..:::
NP_000 DLTKEKGHGGCGRYQPRIR------RSGLELYAEWKHVNEDSQEKKILLSPERVHEIFKR
           180       190             200       210       220       

     230       240       250       260       270       280         
pF1KB4 IPAEDVPLLLMNPEAGKPSDLILTRLLVPPLCIRPSVVSDLKSGTNEDDLTMKLTEIIFL
       :  :.  .: :.:. ..:  .:.: : :::: .::.:: .  :. :.:::: ::..:. .
NP_000 ISDEECFVLGMEPRYARPEWMIVTVLPVPPLSVRPAVVMQ-GSARNQDDLTHKLADIVKI
       230       240       250       260        270       280      

     290       300       310       320       330        340        
pF1KB4 NDVIKKHRISGAKTQMIMEDWDFLQLQCALYINSELSGIPLNMAPK-KWTRGFVQRLKGK
       :. ..... .:: ...: ::  .::.. : ....:: :.:  :  . .  ... ::::::
NP_000 NNQLRRNEQNGAAAHVIAEDVKLLQFHVATMVDNELPGLPRAMQKSGRPLKSLKQRLKGK
        290       300       310       320       330       340      

      350       360       370       380       390       400        
pF1KB4 QGRFRGNLSGKRVDFSGRTVISPDPNLRIDEVAVPVHVAKILTFPEKVNKANINFLRKLV
       .:: :::: :::::::.::::.::::: ::.:.::  .:  .:: : :.  ::. :..::
NP_000 EGRVRGNLMGKRVDFSARTVITPDPNLSIDQVGVPRSIAANMTFAEIVTPFNIDRLQELV
        350       360       370       380       390       400      

      410       420       430       440       450       460        
pF1KB4 QNGPEVHPGANFIQQRHTQMKRFLKYGNREKMAQELKYGDIVERHLIDGDVVLFNRQPSL
       . :   .:::..:  : .  .  :..  . .   .:. :  ::::. :::.:.:::::.:
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pF1KB4 GFVQRLKGKQGRFRGNLSGKRVDFSGRTVISPDPNLRIDEVAVPVHVAKILTFPEKVNKA
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pF1KB4 FVANSFYSGLTPTEFFFHTMAGREGLVDTAVKTAETGYMQRRLVKSLEDLCSQYDLTVRS
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NP_056 SDGSVVQFLYGEDGLDIPKTQFL-QPKQFPFLASNYEVIMKSQHLHEVLSRADPKKALHH
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pF1KB4 NELILTTES-----IMKKSEFLCCQDSFLQEIKKFIK-----------GVSEKIK-----
        . :   .:     ..... ::  ... .::  : .:           :..: ..     
NP_056 FRAIKKWQSKHPNTLLRRGAFLSYSQK-IQEAVKALKLESENRNGRSPGTQEMLRMWYEL
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pF1KB4 --KTRDKYGINDNGTTEPRV------LY----------QLDRITP---TQVEKFLETCR-
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