Result of FASTA (ccds) for pF1KA0953
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA0953, 728 aa
  1>>>pF1KA0953 728 - 728 aa - 728 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8011+/-0.000989; mu= 16.7849+/- 0.059
 mean_var=63.4507+/-12.486, 0's: 0 Z-trim(102.8): 16  B-trim: 3 in 1/49
 Lambda= 0.161011
 statistics sampled from 7114 (7120) to 7114 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.578), E-opt: 0.2 (0.219), width:  16
 Scan time:  2.340

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS46231.1 EFR3B gene_id:22979|Hs108|chr2         ( 817) 4627 1084.1       0
CCDS82425.1 EFR3B gene_id:22979|Hs108|chr2         ( 782) 4367 1023.7       0
CCDS34942.2 EFR3A gene_id:23167|Hs108|chr8         ( 821) 3003 706.8 3.2e-203
CCDS83328.1 EFR3A gene_id:23167|Hs108|chr8         ( 785) 2795 658.5 1.1e-188


>>CCDS46231.1 EFR3B gene_id:22979|Hs108|chr2              (817 aa)
 initn: 4627 init1: 4627 opt: 4627  Z-score: 5800.7  bits: 1084.1 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4627; 100.0% identity (100.0% similar) in 714 aa overlap (1-714:1-714)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA0 MYGVCGCCGALRPRYKRLVDNIFPEDPEDGLVKTNMEKLTFYALSAPEKLDRIGAYLSER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MYGVCGCCGALRPRYKRLVDNIFPEDPEDGLVKTNMEKLTFYALSAPEKLDRIGAYLSER
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA0 LIRDVGRHRYGYVCIAMEALDQLLMACHCQSINLFVESFLKMVAKLLESEKPNLQILGTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LIRDVGRHRYGYVCIAMEALDQLLMACHCQSINLFVESFLKMVAKLLESEKPNLQILGTN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA0 SFVKFANIEEDTPSYHRSYDFFVSRFSEMCHSSHDDLEIKTKIRMSGIKGLQGVVRKTVN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SFVKFANIEEDTPSYHRSYDFFVSRFSEMCHSSHDDLEIKTKIRMSGIKGLQGVVRKTVN
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA0 DELQANIWDPQHMDKIVPSLLFNLQHVEEAESRSPSPLQAPEKEKESPAELAERCLRELL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 DELQANIWDPQHMDKIVPSLLFNLQHVEEAESRSPSPLQAPEKEKESPAELAERCLRELL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA0 GRAAFGNIKNAIKPVLIHLDNHSLWEPKVFAIRCFKIIMYSIQPQHSHLVIQQLLGHLDA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GRAAFGNIKNAIKPVLIHLDNHSLWEPKVFAIRCFKIIMYSIQPQHSHLVIQQLLGHLDA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA0 NSRSAATVRAGIVEVLSEAAVIAATGSVGPTVLEMFNTLLRQLRLSIDYALTGSYDGAVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 NSRSAATVRAGIVEVLSEAAVIAATGSVGPTVLEMFNTLLRQLRLSIDYALTGSYDGAVS
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA0 LGTKIIKEHEERMFQEAVIKTVGSFASTLPTYQRSEVILFIMSKVPRPSLHQAVDTGRTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LGTKIIKEHEERMFQEAVIKTVGSFASTLPTYQRSEVILFIMSKVPRPSLHQAVDTGRTG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA0 ENRNRLTQIMLLKSLLQVSTGFQCNNMMSALPSNFLDRLLSTALMEDAEIRLFVLEILIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 ENRNRLTQIMLLKSLLQVSTGFQCNNMMSALPSNFLDRLLSTALMEDAEIRLFVLEILIS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA0 FIDRHGNRHKFSTISTLSDISVLKLKVDKCSRQDTVFMKKHSQQLYRHIYLSCKEETNVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 FIDRHGNRHKFSTISTLSDISVLKLKVDKCSRQDTVFMKKHSQQLYRHIYLSCKEETNVQ
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA0 KHYEALYGLLALISIELANEEVVVDLIRLVLAVQDVAQVNEENLPVYNRCALYALGAAYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 KHYEALYGLLALISIELANEEVVVDLIRLVLAVQDVAQVNEENLPVYNRCALYALGAAYL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KA0 NLISQLTTVPAFCQHIHEVIETRKKEAPYMLPEDVFVERPRLSQNLDGVVIELLFRQSKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 NLISQLTTVPAFCQHIHEVIETRKKEAPYMLPEDVFVERPRLSQNLDGVVIELLFRQSKI
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KA0 SEVLGGSGYNSDRLCLPYIPQLTDEDRLSKRRSIGETISLQVEVESRNSPEKEEVSVRAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::      
CCDS46 SEVLGGSGYNSDRLCLPYIPQLTDEDRLSKRRSIGETISLQVEVESRNSPEKEERVPAEE
              670       680       690       700       710       720

                                                                   
pF1KA0 VLGQPHLL                                                    
                                                                   
CCDS46 ITYETLKKAIVDSVAVEEQERERRRQVVEKFQKAPFEEIAAHCGARASLLQSKLNQIFEI
              730       740       750       760       770       780

>>CCDS82425.1 EFR3B gene_id:22979|Hs108|chr2              (782 aa)
 initn: 4367 init1: 4367 opt: 4367  Z-score: 5474.6  bits: 1023.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4367; 100.0% identity (100.0% similar) in 679 aa overlap (36-714:1-679)

          10        20        30        40        50        60     
pF1KA0 GCCGALRPRYKRLVDNIFPEDPEDGLVKTNMEKLTFYALSAPEKLDRIGAYLSERLIRDV
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82                               MEKLTFYALSAPEKLDRIGAYLSERLIRDV
                                             10        20        30

          70        80        90       100       110       120     
pF1KA0 GRHRYGYVCIAMEALDQLLMACHCQSINLFVESFLKMVAKLLESEKPNLQILGTNSFVKF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 GRHRYGYVCIAMEALDQLLMACHCQSINLFVESFLKMVAKLLESEKPNLQILGTNSFVKF
               40        50        60        70        80        90

         130       140       150       160       170       180     
pF1KA0 ANIEEDTPSYHRSYDFFVSRFSEMCHSSHDDLEIKTKIRMSGIKGLQGVVRKTVNDELQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 ANIEEDTPSYHRSYDFFVSRFSEMCHSSHDDLEIKTKIRMSGIKGLQGVVRKTVNDELQA
              100       110       120       130       140       150

         190       200       210       220       230       240     
pF1KA0 NIWDPQHMDKIVPSLLFNLQHVEEAESRSPSPLQAPEKEKESPAELAERCLRELLGRAAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 NIWDPQHMDKIVPSLLFNLQHVEEAESRSPSPLQAPEKEKESPAELAERCLRELLGRAAF
              160       170       180       190       200       210

         250       260       270       280       290       300     
pF1KA0 GNIKNAIKPVLIHLDNHSLWEPKVFAIRCFKIIMYSIQPQHSHLVIQQLLGHLDANSRSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 GNIKNAIKPVLIHLDNHSLWEPKVFAIRCFKIIMYSIQPQHSHLVIQQLLGHLDANSRSA
              220       230       240       250       260       270

         310       320       330       340       350       360     
pF1KA0 ATVRAGIVEVLSEAAVIAATGSVGPTVLEMFNTLLRQLRLSIDYALTGSYDGAVSLGTKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 ATVRAGIVEVLSEAAVIAATGSVGPTVLEMFNTLLRQLRLSIDYALTGSYDGAVSLGTKI
              280       290       300       310       320       330

         370       380       390       400       410       420     
pF1KA0 IKEHEERMFQEAVIKTVGSFASTLPTYQRSEVILFIMSKVPRPSLHQAVDTGRTGENRNR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 IKEHEERMFQEAVIKTVGSFASTLPTYQRSEVILFIMSKVPRPSLHQAVDTGRTGENRNR
              340       350       360       370       380       390

         430       440       450       460       470       480     
pF1KA0 LTQIMLLKSLLQVSTGFQCNNMMSALPSNFLDRLLSTALMEDAEIRLFVLEILISFIDRH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LTQIMLLKSLLQVSTGFQCNNMMSALPSNFLDRLLSTALMEDAEIRLFVLEILISFIDRH
              400       410       420       430       440       450

         490       500       510       520       530       540     
pF1KA0 GNRHKFSTISTLSDISVLKLKVDKCSRQDTVFMKKHSQQLYRHIYLSCKEETNVQKHYEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 GNRHKFSTISTLSDISVLKLKVDKCSRQDTVFMKKHSQQLYRHIYLSCKEETNVQKHYEA
              460       470       480       490       500       510

         550       560       570       580       590       600     
pF1KA0 LYGLLALISIELANEEVVVDLIRLVLAVQDVAQVNEENLPVYNRCALYALGAAYLNLISQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LYGLLALISIELANEEVVVDLIRLVLAVQDVAQVNEENLPVYNRCALYALGAAYLNLISQ
              520       530       540       550       560       570

         610       620       630       640       650       660     
pF1KA0 LTTVPAFCQHIHEVIETRKKEAPYMLPEDVFVERPRLSQNLDGVVIELLFRQSKISEVLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LTTVPAFCQHIHEVIETRKKEAPYMLPEDVFVERPRLSQNLDGVVIELLFRQSKISEVLG
              580       590       600       610       620       630

         670       680       690       700       710       720     
pF1KA0 GSGYNSDRLCLPYIPQLTDEDRLSKRRSIGETISLQVEVESRNSPEKEEVSVRATVLGQP
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::           
CCDS82 GSGYNSDRLCLPYIPQLTDEDRLSKRRSIGETISLQVEVESRNSPEKEERVPAEEITYET
              640       650       660       670       680       690

                                                                   
pF1KA0 HLL                                                         
                                                                   
CCDS82 LKKAIVDSVAVEEQERERRRQVVEKFQKAPFEEIAAHCGARASLLQSKLNQIFEITIRPP
              700       710       720       730       740       750

>>CCDS34942.2 EFR3A gene_id:23167|Hs108|chr8              (821 aa)
 initn: 2970 init1: 1180 opt: 3003  Z-score: 3761.9  bits: 706.8 E(32554): 3.2e-203
Smith-Waterman score: 3003; 63.3% identity (85.3% similar) in 720 aa overlap (4-716:5-721)

                10        20        30        40        50         
pF1KA0  MYGVCGCCGALRPRYKRLVDNIFPEDPEDGLVKTNMEKLTFYALSAPEKLDRIGAYLSE
           :: ::.::::::::::::::::::.::::::.::::::::.::::::::::.::.:
CCDS34 MPTRVCCCCSALRPRYKRLVDNIFPEDPKDGLVKTDMEKLTFYAVSAPEKLDRIGSYLAE
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KA0 RLIRDVGRHRYGYVCIAMEALDQLLMACHCQSINLFVESFLKMVAKLLESEKPNLQILGT
       :: ::: ::: ::: :::::::::::::: :::. ::::::.:::::::: .:.::.:::
CCDS34 RLSRDVVRHRSGYVLIAMEALDQLLMACHSQSIKPFVESFLHMVAKLLESGEPKLQVLGT
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KA0 NSFVKFANIEEDTPSYHRSYDFFVSRFSEMCHSSHDDLEIKTKIRMSGIKGLQGVVRKTV
       :::::::::::::::::: ::::::::: :::: :.: ::.:.::..::.:.::::::::
CCDS34 NSFVKFANIEEDTPSYHRRYDFFVSRFSAMCHSCHSDPEIRTEIRIAGIRGIQGVVRKTV
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210         220       230       
pF1KA0 NDELQANIWDPQHMDKIVPSLLFNLQHVEEAESR--SPSPLQAPEKEKESPAELAERCLR
       ::::.:.::.::::::::::::::.:..::..::   ::  .: .:: :.:: ::: :.:
CCDS34 NDELRATIWEPQHMDKIVPSLLFNMQKIEEVDSRIGPPSSPSATDKE-ENPAVLAENCFR
              190       200       210       220        230         

       240       250       260       270       280       290       
pF1KA0 ELLGRAAFGNIKNAIKPVLIHLDNHSLWEPKVFAIRCFKIIMYSIQPQHSHLVIQQLLGH
       ::::::.:::..::..::. :::.:.::.:. ::..:::::::::: :.:: :::..:::
CCDS34 ELLGRATFGNMNNAVRPVFAHLDHHKLWDPNEFAVHCFKIIMYSIQAQYSHHVIQEILGH
     240       250       260       270       280       290         

       300       310       320       330       340       350       
pF1KA0 LDANSRSAATVRAGIVEVLSEAAVIAATGSVGPTVLEMFNTLLRQLRLSIDYA---LTGS
       ::: ...:  :::::..:: ::..::: ::.::::::.:::::..::::...    : :.
CCDS34 LDARKKDAPRVRAGIIQVLLEAVAIAAKGSIGPTVLEVFNTLLKHLRLSVEFEANDLQGG
     300       310       320       330       340       350         

          360       370       380       390       400         410  
pF1KA0 YDGAVSLGTKIIKEHEERMFQEAVIKTVGSFASTLPTYQRSEVILFIMSKVPR--PSLHQ
         :.:.:.:.  :...:.. :.:.:.:.: :.:.:: :::::...:::.:::    : : 
CCDS34 SVGSVNLNTSS-KDNDEKIVQNAIIQTIGFFGSNLPDYQRSEIMMFIMGKVPVFGTSTH-
     360       370        380       390       400       410        

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pF1KA0 AVDTGRTGENRNRLTQIMLLKSLLQVSTGFQCNNMMSALPSNFLDRLLSTALMEDAEIRL
       ..: .. :.  .:  :::::.:::.:..:.. .....:::..::: ::: .:::: :.: 
CCDS34 TLDISQLGDLGTRRIQIMLLRSLLMVTSGYKAKTIVTALPGSFLDPLLSPSLMEDYELRQ
       420       430       440       450       460       470       

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pF1KA0 FVLEILISFIDRHGNRHKFSTISTLSDISVLKLKVDKCSRQDTVFMKKHSQQLYRHIYLS
       .:::.. ...::: :: :.  :  . :.. ::.: .:  :::: ::::..:::::::::.
CCDS34 LVLEVMHNLMDRHDNRAKLRGIRIIPDVADLKIKREKICRQDTSFMKKNGQQLYRHIYLG
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pF1KA0 CKEETNVQKHYEALYGLLALISIELANEEVVVDLIRLVLAVQDVAQVNEENLPVYNRCAL
       :::: ::::.:: ::  ::::.:::::::::.:::::..:.:: : .::.:::...::..
CCDS34 CKEEDNVQKNYELLYTSLALITIELANEEVVIDLIRLAIALQDSAIINEDNLPMFHRCGI
       540       550       560       570       580       590       

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pF1KA0 YALGAAYLNLISQLTTVPAFCQHIHEVIETRKKEAPYMLPEDVFVERPRLSQNLDGVVIE
       .:: :::::..::. .:::::::. .::: :  ::::.::: .: ..  : ..:.    .
CCDS34 MALVAAYLNFVSQMIAVPAFCQHVSKVIEIRTMEAPYFLPEHIFRDKCMLPKSLEKHEKD
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pF1KA0 LLFRQSKISEVLGGSGYNSDRLCLPYIPQLTDEDRLSKRRSIGETISLQVEVESRNSPEK
       : :  .::.: ::::::. .:: .::.::.:::::::.:.:: .:.:.::.. : : :  
CCDS34 LYFLTNKIAESLGGSGYSVERLSVPYVPQVTDEDRLSRRKSIVDTVSIQVDILSNNVPSD
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pF1KA0 EEVSVRATVLGQPHLL                                            
       . ::                                                        
CCDS34 DVVSNTEEITFEALKKAIDTSGMEEQEKEKRRLVIEKFQKAPFEEIAAQCESKANLLHDR
       720       730       740       750       760       770       

>>CCDS83328.1 EFR3A gene_id:23167|Hs108|chr8              (785 aa)
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          10        20        30        40        50        60     
pF1KA0 GCCGALRPRYKRLVDNIFPEDPEDGLVKTNMEKLTFYALSAPEKLDRIGAYLSERLIRDV
                                     ::::::::.::::::::::.::.::: :::
CCDS83                               MEKLTFYAVSAPEKLDRIGSYLAERLSRDV
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pF1KA0 GRHRYGYVCIAMEALDQLLMACHCQSINLFVESFLKMVAKLLESEKPNLQILGTNSFVKF
        ::: ::: :::::::::::::: :::. ::::::.:::::::: .:.::.:::::::::
CCDS83 VRHRSGYVLIAMEALDQLLMACHSQSIKPFVESFLHMVAKLLESGEPKLQVLGTNSFVKF
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pF1KA0 ANIEEDTPSYHRSYDFFVSRFSEMCHSSHDDLEIKTKIRMSGIKGLQGVVRKTVNDELQA
       :::::::::::: ::::::::: :::: :.: ::.:.::..::.:.::::::::::::.:
CCDS83 ANIEEDTPSYHRRYDFFVSRFSAMCHSCHSDPEIRTEIRIAGIRGIQGVVRKTVNDELRA
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pF1KA0 NIWDPQHMDKIVPSLLFNLQHVEEAESR--SPSPLQAPEKEKESPAELAERCLRELLGRA
       .::.::::::::::::::.:..::..::   ::  .: .:: :.:: ::: :.:::::::
CCDS83 TIWEPQHMDKIVPSLLFNMQKIEEVDSRIGPPSSPSATDKE-ENPAVLAENCFRELLGRA
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pF1KA0 AFGNIKNAIKPVLIHLDNHSLWEPKVFAIRCFKIIMYSIQPQHSHLVIQQLLGHLDANSR
       .:::..::..::. :::.:.::.:. ::..:::::::::: :.:: :::..:::::: ..
CCDS83 TFGNMNNAVRPVFAHLDHHKLWDPNEFAVHCFKIIMYSIQAQYSHHVIQEILGHLDARKK
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pF1KA0 SAATVRAGIVEVLSEAAVIAATGSVGPTVLEMFNTLLRQLRLSIDYA---LTGSYDGAVS
       .:  :::::..:: ::..::: ::.::::::.:::::..::::...    : :.  :.:.
CCDS83 DAPRVRAGIIQVLLEAVAIAAKGSIGPTVLEVFNTLLKHLRLSVEFEANDLQGGSVGSVN
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pF1KA0 LGTKIIKEHEERMFQEAVIKTVGSFASTLPTYQRSEVILFIMSKVPR--PSLHQAVDTGR
       :.:.  :...:.. :.:.:.:.: :.:.:: :::::...:::.:::    : : ..: ..
CCDS83 LNTSS-KDNDEKIVQNAIIQTIGFFGSNLPDYQRSEIMMFIMGKVPVFGTSTH-TLDISQ
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pF1KA0 TGENRNRLTQIMLLKSLLQVSTGFQCNNMMSALPSNFLDRLLSTALMEDAEIRLFVLEIL
        :.  .:  :::::.:::.:..:.. .....:::..::: ::: .:::: :.: .:::..
CCDS83 LGDLGTRRIQIMLLRSLLMVTSGYKAKTIVTALPGSFLDPLLSPSLMEDYELRQLVLEVM
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pF1KA0 ISFIDRHGNRHKFSTISTLSDISVLKLKVDKCSRQDTVFMKKHSQQLYRHIYLSCKEETN
        ...::: :: :.  :  . :.. ::.: .:  :::: ::::..:::::::::.:::: :
CCDS83 HNLMDRHDNRAKLRGIRIIPDVADLKIKREKICRQDTSFMKKNGQQLYRHIYLGCKEEDN
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       :::.:: ::  ::::.:::::::::.:::::..:.:: : .::.:::...::...:: ::
CCDS83 VQKNYELLYTSLALITIELANEEVVIDLIRLAIALQDSAIINEDNLPMFHRCGIMALVAA
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pF1KA0 YLNLISQLTTVPAFCQHIHEVIETRKKEAPYMLPEDVFVERPRLSQNLDGVVIELLFRQS
       :::..::. .:::::::. .::: :  ::::.::: .: ..  : ..:.    .: :  .
CCDS83 YLNFVSQMIAVPAFCQHVSKVIEIRTMEAPYFLPEHIFRDKCMLPKSLEKHEKDLYFLTN
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       ::.: ::::::. .:: .::.::.:::::::.:.:: .:.:.::.. : : :  . ::  
CCDS83 KIAESLGGSGYSVERLSVPYVPQVTDEDRLSRRKSIVDTVSIQVDILSNNVPSDDVVSNT
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CCDS83 EEITFEALKKAIDTSGMEEQEKEKRRLVIEKFQKAPFEEIAAQCESKANLLHDRLAQILE
       690       700       710       720       730       740       




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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