FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2013, 591 aa 1>>>pF1KE2013 591 - 591 aa - 591 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8481+/-0.000963; mu= 17.1033+/- 0.057 mean_var=117.0782+/-22.682, 0's: 0 Z-trim(108.1): 86 B-trim: 47 in 2/52 Lambda= 0.118532 statistics sampled from 9890 (9976) to 9890 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.668), E-opt: 0.2 (0.306), width: 16 Scan time: 3.420 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS30730.1 C8B gene_id:732|Hs108|chr1 ( 591) 4134 718.6 5.5e-207 CCDS60152.1 C8B gene_id:732|Hs108|chr1 ( 539) 3772 656.6 2.2e-188 CCDS60151.1 C8B gene_id:732|Hs108|chr1 ( 529) 3542 617.3 1.5e-176 CCDS3936.1 C6 gene_id:729|Hs108|chr5 ( 934) 1075 195.7 2.2e-49 CCDS606.1 C8A gene_id:731|Hs108|chr1 ( 584) 853 157.5 4.3e-38 CCDS47201.1 C7 gene_id:730|Hs108|chr5 ( 843) 785 146.0 1.8e-34 CCDS3929.1 C9 gene_id:735|Hs108|chr5 ( 559) 488 95.1 2.6e-19 >>CCDS30730.1 C8B gene_id:732|Hs108|chr1 (591 aa) initn: 4134 init1: 4134 opt: 4134 Z-score: 3829.5 bits: 718.6 E(32554): 5.5e-207 Smith-Waterman score: 4134; 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CCDS39 QIVVDKYYQENFCEQICSKQETRECNWQRCPINCLLGDFGPWSDCDPCIEKQSKVRSVLR 50 60 70 80 90 100 100 110 120 130 140 pF1KE2 PSQFHGEPCNFSDKEVEDCVTNRPCR-SQVRCEG-FVCAQTGRCVNRRLLCNGDNDCGDQ :::: :.::. . :. .. :. .. :.. : : ..:::. :.: :::.:::::. CCDS39 PSQFGGQPCTAPLVAFQPCIPSKLCKIEEADCKNKFRC-DSGRCIARKLECNGENDCGDN 110 120 130 140 150 160 150 160 170 180 190 200 pF1KE2 SDEANCRRIYKKCQHEMDQYWGIGSLASGINLFTNSFEGPVLDHRYYAGGCSPHYILNTR ::: .: : : .... .. ...:...... .: :::. . .: :. . ..: CCDS39 SDERDCGRTKAVCTRKYNPIPSVQLMGNGFHFLAGEPRGEVLDNSFTGGICKT--VKSSR 170 180 190 200 210 220 210 220 230 240 250 260 pF1KE2 FRKPYNVESYTPQTQGKYEFILKEYESYSDFERNVT---EKMASKSGFSF----GFKIPG .:: : . .. : .: : . .:: ...: .. ....:: .:..: CCDS39 TSNPYRVPANL-ENVG-FEVQTAEDDLKTDFYKDLTSLGHNENQQGSFSSQGGSSFSVP- 230 240 250 260 270 280 270 280 290 300 310 320 pF1KE2 IFELGISSQSDRGKHYIRRTKRFSHTK-SVFLHARSDLEVAHYKLKPRSLMLHYEFLQRV :: . :.. . .... . :: : : :.. .. ..: .. : ..: : ::. . CCDS39 IFYSSKRSENINHNSAFKQAIQASHKKDSSFIRIHKVMKVLNFTTKAKDLHLSDVFLKAL 290 300 310 320 330 340 330 340 350 360 370 380 pF1KE2 KRLPLEYSYGEYRDLFRDFGTHYITEAVLGGIYEYTLVMNKEAMERGDYTLNNVHACAKN ..:::::. . : .: ::::::.: . :::.:. ...: .. . : .... :.. CCDS39 NHLPLEYNSALYSRIFDDFGTHYFTSGSLGGVYDLLYQFSSEELKNSGLTEEEAKHCVRI 350 360 370 380 390 400 390 400 410 420 430 pF1KE2 DFKIGGAIEEVYVSLGVSVGKCRGILNEIKDRNKRDTM--VEDLVVLVRGGASEHITTLA . : ..: . ..: . : :....... . . .: . :.::: ::. ..:: CCDS39 ETK-----KRVLFAKKTKV-EHRCTTNKLSEKHEGSFIQGAEKSISLIRGGRSEYGAALA 410 420 430 440 450 440 450 460 470 480 490 pF1KE2 YQELPTA---DLMQEWGDAVQYNPAIIKVKVEPLYELVTATDFAYSSTVRQNMKQALEEF ... .. ..:: ..:. :::.: .. :. .:: : .. :.:...::.:. CCDS39 WEKGSSGLEEKTFSEWLESVKENPAVIDFELAPIVDLVRNIPCAVTK--RNNLRKALQEY 460 470 480 490 500 510 500 510 520 530 540 550 pF1KE2 QKEVSSCHCAPCQGNGVPVLKGSRCDCICPVGSQGLACEVS---YRKNTPIDGKWNCWSN . . :.:::: .:: :.:.:..: :.: :. : :: . :..:. .::.:.:::. CCDS39 AAKFDPCQCAPCPNNGRPTLSGTECLCVCQSGTYGENCEKQSPDYKSNA-VDGQWGCWSS 520 530 540 550 560 570 560 570 580 590 pF1KE2 WSSCSGR-RKTRQRQCNNPPPQNGGSPCSGPASETLDCS ::.:.. ...: :.:::: :: ::. : : . ::. CCDS39 WSTCDATYKRSRTRECNNPAPQRGGKRCEGEKRQEEDCTFSIMENNGQPCINDDEEMKEV 580 590 600 610 620 630 CCDS39 DLPEIEADSGCPQPVPPENGFIRNEKQLYLVGEDVEISCLTGFETVGYQYFRCLPDGTWR 640 650 660 670 680 690 >>CCDS606.1 C8A gene_id:731|Hs108|chr1 (584 aa) initn: 1156 init1: 486 opt: 853 Z-score: 797.3 bits: 157.5 E(32554): 4.3e-38 Smith-Waterman score: 1198; 33.6% identity (62.1% similar) in 554 aa overlap (63-590:37-584) 40 50 60 70 80 90 pF1KE2 ERPHSFGSNAVNKSFAKSRQMRSVDVTLMPIDCELSSWSSWTTCDPCQKKRYRYAYLLQP . :.::.:: :: : ::: :.::. :::: CCDS60 FILSLMTCQPGVTAQEKVNQRVRRAATPAAVTCQLSNWSEWTDCFPCQDKKYRHRSLLQP 10 20 30 40 50 60 100 110 120 130 140 150 pF1KE2 SQFHGEPCNFSDKEVEDCVTNRPCRSQVRC-EGFVCAQTGRCVNRRLLCNGDNDCGDQSD ..: : :. . . .: .. : :..: . : : .::::..:.:.::::.:: : :: CCDS60 NKFGGTICSGDIWDQASCSSSTTCVRQAQCGQDFQCKETGRCLKRHLVCNGDQDCLDGSD 70 80 90 100 110 120 160 170 180 190 200 pF1KE2 EANC---RRIYKKCQHEMDQYWGIGSLASGINLFTNSFEGPVLDHRYYAGGCSPHYILNT : .: : : . :. ... : . : : :..:. : : ::.: : : . 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