FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5724, 729 aa 1>>>pF1KB5724 729 - 729 aa - 729 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5701+/-0.000769; mu= -3.7818+/- 0.045 mean_var=941.8829+/-217.600, 0's: 0 Z-trim(111.0): 615 B-trim: 0 in 0/53 Lambda= 0.041790 statistics sampled from 18965 (19499) to 18965 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.554), E-opt: 0.2 (0.229), width: 16 Scan time: 10.910 The best scores are: opt bits E(85289) XP_005268866 (OMIM: 604834,616439) PREDICTED: seri ( 729) 4799 307.3 1.4e-82 XP_005268867 (OMIM: 604834,616439) PREDICTED: seri ( 729) 4799 307.3 1.4e-82 NP_037386 (OMIM: 604834,616439) serine/threonine-p ( 729) 4799 307.3 1.4e-82 XP_005273413 (OMIM: 605048) PREDICTED: inhibitor o ( 716) 1981 137.4 1.9e-31 NP_054721 (OMIM: 605048) inhibitor of nuclear fact ( 716) 1981 137.4 1.9e-31 NP_001180251 (OMIM: 605048) inhibitor of nuclear f ( 657) 1951 135.6 6.4e-31 NP_001180250 (OMIM: 605048) inhibitor of nuclear f ( 631) 1600 114.4 1.5e-24 XP_016858357 (OMIM: 605048) PREDICTED: inhibitor o ( 594) 1430 104.1 1.7e-21 >>XP_005268866 (OMIM: 604834,616439) PREDICTED: serine/t (729 aa) initn: 4799 init1: 4799 opt: 4799 Z-score: 1603.7 bits: 307.3 E(85289): 1.4e-82 Smith-Waterman score: 4799; 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XP_005 SHQLLQDRAKGAQASPPPIAPYPSPTRKDLLLHMQELCEGMKLLASDLLDNNRIIERLNR 650 660 670 680 690 700 720 pF1KB5 LTMDGGLRNVDCL XP_005 VPAPPDV 710 >>NP_054721 (OMIM: 605048) inhibitor of nuclear factor k (716 aa) initn: 2148 init1: 1951 opt: 1981 Z-score: 685.6 bits: 137.4 E(85289): 1.9e-31 Smith-Waterman score: 2222; 49.3% identity (74.9% similar) in 718 aa overlap (1-714:1-707) 10 20 30 40 50 60 pF1KB5 MQSTSNHLWLLSDILGQGATANVFRGRHKKTGDLFAIKVFNNISFLRPVDVQMREFEVLK ::::.:.:: .:.:::::::.:...:.::.:.: :.::::. :.::: .::.::::::. 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NP_054 --ERFSSVAGTPEIQELKAAAELRSRLRTLAEVLSRCSQNITETQESLS---SLNRELVK 480 490 500 510 520 540 550 560 570 580 590 pF1KB5 QEGTHPKDRNVEKLQVLLNCMTEIYYQFKKDKAERRLAYNEEQIHKFDKQKLYYHATKAM .. .::.....: :. :. :: ::::.. . :.::::::::.:: .. . : . . NP_054 SRDQVHEDRSIQQIQCCLDKMNFIYKQFKKSRMRPGLGYNEEQIHKLDKVNFSHLAKRLL 530 540 550 560 570 580 600 610 620 630 640 650 pF1KB5 THFTDECVKKYEAFLNKSEEWIRKMLHLRKQLLSLTNQCFDIEEEVSKYQEYTNELQETL : .:::.::.: : . .: . . :..: . . . :.. :: ..: : : NP_054 QVFQEECVQKYQASLVTHGKRMRVVHETRNHLRLVGCSVAACNTEAQGVQESLSKLLEEL 590 600 610 620 630 640 660 670 680 690 700 710 pF1KB5 PQKMFTA-SSGIKHTMTPIYP-SSNTLVEMTLGMKKLKEEMEGVVKELAENNHILERFGS .... ..: . . :: : : : .. : :..: : :. ....: .::.:.::. 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NP_001 --ERFSSVAGTPEIQELKAAAELRSRLRTLAEVLSRCSQNITETQESLS---SLNRELVK 480 490 500 510 520 540 550 560 570 580 590 pF1KB5 QEGTHPKDRNVEKLQVLLNCMTEIYYQFKKDKAERRLAYNEEQIHKFDKQKLYYHATKAM .. .::.....: :. :. :: ::::.. . :.::::::::.:: .. . : . . 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NP_001 LLEELSHQLLQDRAKGAQASPPPIAPYPSPTRKDLLLHMQELCEGMKLLASDLLDNNRII 560 570 580 590 600 610 720 pF1KB5 ERFGSLTMDGGLRNVDCL ::. NP_001 ERLNRVPAPPDV 620 630 >>XP_016858357 (OMIM: 605048) PREDICTED: inhibitor of nu (594 aa) initn: 1597 init1: 1400 opt: 1430 Z-score: 506.7 bits: 104.1 E(85289): 1.7e-21 Smith-Waterman score: 1671; 46.0% identity (72.1% similar) in 596 aa overlap (123-714:1-585) 100 110 120 130 140 150 pF1KB5 SLYTVLEEPSNAYGLPESEFLIVLRDVVGGMNHLRENGIVHRDIKPGNIMRVIGEDGQSV :::::::::::::::::::::..::.:::. 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XP_016 AIFQEAVHKQTSVAPRHQEYLFEGHLCVLEPSVSAQHIAHTTASSPLTLFSTAIPKGLAF 220 230 240 250 260 270 400 410 420 430 440 450 pF1KB5 IYEKISLPKVHPRYDLDGDASMAKAITGVVCYACRIASTLLLYQELMRKGIRWLIELIKD ...:: :. ::..: . ::.. :. : :.: .:: :::: .:..:..:... XP_016 RDPALDVPKFVPKVDLQADYNTAKGVLGAGYQALRLARALLDGQELMFRGLHWVMEVLQ- 280 290 300 310 320 460 470 480 490 500 510 pF1KB5 DYNETVHKKTEVVITLDFCIRNIEKTVKVYEKLMKI--NLEAAELGEISDIHTKLLRLSS : .. ::. : . . . : :.. .. . : :: ......: :. XP_016 ---ATCRRTLEVARTSLLYLSSSLGT----ERFSSVAGTPEIQELKAAAELRSRLRTLAE 330 340 350 360 370 380 520 530 540 550 560 570 pF1KB5 SQGTIETSLQDIDSRLSPGGSLADAWAHQEGTHPKDRNVEKLQVLLNCMTEIYYQFKKDK . .. . . :: :: .... .::.....: :. :. :: ::::.. 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