FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4447, 462 aa 1>>>pF1KE4447 462 - 462 aa - 462 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8715+/-0.00109; mu= 14.5890+/- 0.065 mean_var=69.0281+/-13.686, 0's: 0 Z-trim(102.9): 73 B-trim: 0 in 0/49 Lambda= 0.154369 statistics sampled from 7097 (7170) to 7097 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.577), E-opt: 0.2 (0.22), width: 16 Scan time: 2.060 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 ( 462) 3042 686.9 1.1e-197 CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 2156 489.6 2.8e-138 CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 ( 456) 2113 480.0 2.2e-135 CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX ( 492) 1922 437.5 1.5e-122 CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 1861 423.9 1.9e-118 CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 ( 453) 1575 360.2 2.5e-99 CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 ( 554) 1570 359.1 6.5e-99 CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 ( 465) 1249 287.6 1.8e-77 CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 467) 1229 283.2 4.1e-76 CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 475) 1224 282.0 8.9e-76 CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 467) 1124 259.8 4.4e-69 CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX ( 506) 983 228.4 1.4e-59 CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 953 221.7 1.3e-57 CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 951 221.2 1.7e-57 CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 449) 937 218.1 1.5e-56 CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 449) 936 217.9 1.7e-56 CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 457) 921 214.6 1.8e-55 CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 464) 901 210.1 3.9e-54 CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 890 207.7 2.2e-53 CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 877 204.8 1.6e-52 CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 ( 474) 865 202.1 1e-51 CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 860 201.0 2.3e-51 CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 860 201.0 2.4e-51 CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 363) 856 200.1 3.3e-51 CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 ( 452) 832 194.7 1.6e-49 CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 462) 831 194.5 1.9e-49 CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 479) 831 194.5 2e-49 CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX ( 417) 819 191.8 1.1e-48 CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 819 191.8 1.2e-48 CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 392) 817 191.4 1.4e-48 CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 815 190.9 2.2e-48 CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 402) 785 184.3 2.1e-46 CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX ( 632) 781 183.4 5.8e-46 CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 766 180.0 4.4e-45 CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 388) 760 178.7 9.5e-45 CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 253) 661 156.6 2.8e-38 CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 656 155.6 1.1e-37 CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 515) 599 142.9 7.6e-34 CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 289) 584 139.4 4.6e-33 CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 303) 536 128.8 7.9e-30 CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 310 78.5 1.8e-14 CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 292 74.5 2.8e-13 CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 281 72.0 1.6e-12 CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 278 71.4 2.4e-12 CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 ( 450) 269 69.4 9e-12 CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 263 68.0 2.3e-11 CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 257 66.7 7.7e-11 >>CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 (462 aa) initn: 3042 init1: 3042 opt: 3042 Z-score: 3662.3 bits: 686.9 E(32554): 1.1e-197 Smith-Waterman score: 3042; 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76.5% identity (89.9% similar) in 425 aa overlap (39-461:32-451) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 FIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGYDNRLRPGL .::...:::::::::: ::::::::::::: CCDS34 KTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 GERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPLNNLLASKI :. ::.: :.::::::::::::.:::::::::::.::::::.:::::. : ::::.:::: CCDS34 GDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKI 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 WTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDFPMDAHACP :::::::::::::.::::: ::::::..::::::::::::..:::::.:::::::::.:: CCDS34 WTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCP 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 LKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTVGTENISTSTGEYTIMT :::::::: .:::.:.:: ... :: :: :::::::: :.::..: :.:..::::::.:: CCDS34 LKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMT 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALEAAKIKKKREV ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.... : .: . CCDS34 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKKKEKASVM 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE4 ILNKSTNAFTTGKMSHPPNIPKEQ--TPAGTSNTTSVSVKPSEEKTSESKKTYNSISKID : : ::.... .. ::. :. . . : :: : :.: .:.:::.::.:::: CCDS34 IQN---NAYAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKID 370 380 390 400 410 430 440 450 460 pF1KE4 KMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK .:::::::::::::::::::::::::::. ..:: CCDS34 RMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVL--GVSP 420 430 440 450 >>CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 (456 aa) initn: 2077 init1: 1831 opt: 2113 Z-score: 2544.2 bits: 480.0 E(32554): 2.2e-135 Smith-Waterman score: 2113; 73.5% identity (86.0% similar) in 442 aa overlap (24-461:18-454) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MDNGMFSGFIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGY ::. : : . :..:: .:: :.:::::: ::::: CCDS43 MRKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRS-YGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGY 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 DNRLRPGLGERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPL :::::::::::.:.:.:::.::::::::: .::::::::::::::::::.::::: : : CCDS43 DNRLRPGLGERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRL 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 NNLLASKIWTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDF :::.:::::::::::::::::.::::: ::::::. .:::::::::::. :::::.:::: CCDS43 NNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDF 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 PMDAHACPLKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTVGTENISTS :::::::::::::::: .:::: :: ..:::::::::::::: :.:::: . ...: CCDS43 PMDAHACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSS 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 TGEYTIMTAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTM ::::..::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS43 TGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTM 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 TTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALEAA ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::... CCDS43 TTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPE- 300 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 pF1KE4 KIKKKREVILNKSTNAFTTGKMSHPPNI----PKEQTPAGTSNTTSVSVKPSEEKTSESK : :: .. ...:. :... :. ::. : : : ... ::: : : : : CCDS43 KPKKVKDPLIKKN-NTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKP-ETKPPEPK 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KE4 KTYNSISKIDKMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK ::.::.::::..:::.::.::: :::::::::::::: .: : .: CCDS43 KTFNSVSKIDRLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLK-APTPHQ 420 430 440 450 >>CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX (492 aa) initn: 2123 init1: 1884 opt: 1922 Z-score: 2313.8 bits: 437.5 E(32554): 1.5e-122 Smith-Waterman score: 2121; 73.2% identity (88.0% similar) in 441 aa overlap (29-457:47-487) 10 20 30 40 50 pF1KE4 MDNGMFSGFIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLD :.: . .. :...::::::::::: ::: CCDS14 LFLINILPGTTGQGESRRQEPGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLD 20 30 40 50 60 70 60 70 80 90 100 110 pF1KE4 GYDNRLRPGLGERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRL :::::::::::. .:.:.::::::::::::::.:::::::::::.:.::::.: :::. : CCDS14 GYDNRLRPGLGDAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKIL 80 90 100 110 120 130 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 PLNNLLASKIWTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLE :::::::::::::::::::::::.::::::::::::: :.::::::::::: :::::.:: CCDS14 PLNNLLASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLLYTMRLTIHAECPMHLE 140 150 160 170 180 190 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 DFPMDAHACPLKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTVGTENIS :::::.:::::::::::: ..:::: :: :..::: ::.:::::::: :.:..:::: : CCDS14 DFPMDVHACPLKFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRLNQYDLLGHVVGTEIIR 200 210 220 230 240 250 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 TSTGEYTIMTAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVL .:::::..::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 SSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVL 260 270 280 290 300 310 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 TMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:::. : CCDS14 TMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRSWAWEGKKVPE 320 330 340 350 360 370 360 370 380 390 400 pF1KE4 AAKIKKKREVI-LNKSTNAFTTGKMSHPPNIPKEQ---------TPAGTSNTTSV-SVKP : ..::: . .:....:. ..: :. :. .:...:. : . : : CCDS14 ALEMKKKTPAAPAKKTSTTFNIVGTTYPINLAKDTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKA 380 390 400 410 420 430 410 420 430 440 450 460 pF1KE4 SEEKTSESK-KTYNSISKIDKMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK . . : .. :::::.::.::.:::.:::::. :::::::::.::: .::: CCDS14 TYVQDSPTETKTYNSVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ 440 450 460 470 480 490 >>CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 (511 aa) initn: 2147 init1: 1854 opt: 1861 Z-score: 2240.1 bits: 423.9 E(32554): 1.9e-118 Smith-Waterman score: 1916; 67.3% identity (80.0% similar) in 456 aa overlap (39-435:32-487) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 FIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGYDNRLRPGL .::...:::::::::: ::::::::::::: CCDS82 KTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 GERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPLNNLLASKI :. ::.: :.::::::::::::.:::::::::::.::::::.:::::. : ::::.:::: CCDS82 GDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKI 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 WTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDFPMDAHACP :::::::::::::.::::: ::::::..::::::::::::..:::::.:::::::::.:: CCDS82 WTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCP 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 LKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTVGTENISTSTGEYTIMT :::::::: .:::.:.:: ... :: :: :::::::: :.::..: :.:..::::::.:: CCDS82 LKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMT 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS82 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGK----------KA-- :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: CCDS82 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKSPSIKAEG 310 320 330 340 350 360 360 370 pF1KE4 -----------LEAAKI----------------------------------KKKREVILN :..::. .::... . CCDS82 ITLTYNSVKAILQGAKLIWSKYIAFSWPSLFQEKTLEYLEKWMDCLTFKQSSKKEKASVM 370 380 390 400 410 420 380 390 400 410 420 pF1KE4 KSTNAFTTGKMSHPPNIPKEQ--TPAGTSNTTSVSVKPSEEKTSESKKTYNSISKIDKMS ..::.... .. ::. :. . . : :: : :.: .:.:::.::.::::.:: CCDS82 IQNNAYAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKIDRMS 430 440 450 460 470 480 430 440 450 460 pF1KE4 RIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK :::::: CCDS82 RIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP 490 500 510 >>CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 (453 aa) initn: 1682 init1: 1558 opt: 1575 Z-score: 1896.7 bits: 360.2 E(32554): 2.5e-99 Smith-Waterman score: 1680; 57.8% identity (80.9% similar) in 455 aa overlap (11-452:1-444) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MDNGMFSGFIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGY : ..: .:: . : . .: .. . . . ..:.. ::::.::.:: CCDS43 MASSLPWLCIILWLENALG--KLEVEG--NFYSENVS---RILDNLLEGY 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 DNRLRPGLGERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPL :::::::.: .:.:.:::::::::::::.:::::.::::::.: ::::.: :: . : : CCDS43 DNRLRPGFGGAVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSL 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 NNLLASKIWTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDF :::..::::::::::.::::::::::::::::.:. ..::.::::::::.:.:::.: .: CCDS43 NNLMVSKIWTPDTFFRNGKKSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNF 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 PMDAHACPLKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTVGTENISTS :::.:::::::::::::.::..:.: .: :: : :..: : :: :.::::..:.:... CCDS43 PMDGHACPLKFGSYAYPKSEIIYTWKKGPLYSVEVPEESSSLLQYDLIGQTVSSETIKSN 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 TGEYTIMTAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTM ::::.:::..:::.::.:::.:: : ::::::::::::::.:.::::::::::.:::::: CCDS43 TGEYVIMTVYFHLQRKMGYFMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTM 230 240 250 260 270 280 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 TTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALEAA ::::::::.:::::.::::::::::::.:::::::::::.:::::. . .:: . : CCDS43 TTLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTN----LQTQKAKRKA 290 300 310 320 330 370 380 390 400 410 pF1KE4 KIKKKREVILNKSTNAFTTGKMSHPPN-------IPKEQTPAGTSNTTS--VSVKPSEEK .. : ..:.:. . . . :: . : . . : .:. .. .. : .. CCDS43 QFAAPPTVTISKATEPLEAEIVLHPDSKYHLKKRITSLSLPIVSSSEANKVLTRAPILQS 340 350 360 370 380 390 420 430 440 450 460 pF1KE4 TSES----KKTYNSISKIDKMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK : . . .... ::::..:::.::: :. ::::::..::... CCDS43 TPVTPPPLSPAFGGTSKIDQYSRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE 400 410 420 430 440 450 >>CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 (554 aa) initn: 1704 init1: 1569 opt: 1570 Z-score: 1889.3 bits: 359.1 E(32554): 6.5e-99 Smith-Waterman score: 1575; 59.7% identity (81.5% similar) in 417 aa overlap (15-415:21-427) 10 20 30 40 50 pF1KE4 MDNGMFSGFIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDET--NDNITIFTRI : ..:... :. : .: :.: ..: :::: CCDS34 MVSAKKVPAIALSAGVSFALLRFLCLAVCLNESPGQNQ------KEEKLCTEN---FTRI 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE4 LDGLLDGYDNRLRPGLGERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFK ::.::::::::::::.: .:.:.:::::::::::::.:::::.::::::.: :.::.. CCDS34 LDSLLDGYDNRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYD 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 GPMQRLPLNNLLASKIWTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAE ::.. : :::....:.:::::::.:::::..::::.::::.:. .::.::::::::::: CCDS34 GPIEILRLNNMMVTKVWTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAE 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 CPMQLEDFPMDAHACPLKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTV :::.: :::::.:::::::::::::.::..:.::.: ::: : ...: : :: :.:::: CCDS34 CPMRLVDFPMDGHACPLKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTV 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 GTENISTSTGEYTIMTAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVF ..:.:.. :::: .::..:::.::.:::.::::.::::::::::::::.:.::::::::: CCDS34 SSETIKSITGEYIVMTVYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVF 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 GVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWD :.::::::::::::::.:::::.::::::::::::.:::::::::::.:::::. CCDS34 GITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKA 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KE4 GKKA------LEAAKIKKKR--EVILNKSTNAFT-----TGKMSHPPNIPKEQTPAGT-S .:. . :: ..... :. : ..::: :. . : . ..: .:. : CCDS34 KRKTSKPPQEVPAAPVQREKHPEAPL-QNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHS 360 370 380 390 400 410 400 410 420 430 440 450 pF1KE4 NTTSVSVKPSEEKTSESKKTYNSISKIDKMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGA . .:. :. : . : .: CCDS34 SKSSTVVQESSKGTPRSYLASSPNPFSRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYMPRKASV 420 430 440 450 460 470 >>CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 (465 aa) initn: 1260 init1: 650 opt: 1249 Z-score: 1504.1 bits: 287.6 E(32554): 1.8e-77 Smith-Waterman score: 1250; 49.4% identity (74.5% similar) in 411 aa overlap (50-449:65-463) 20 30 40 50 60 70 pF1KE4 ISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGYDNRLRPGLGERITQVRTDI :.::..::.::::.::: .: : : ..::. CCDS34 CVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDV 40 50 60 70 80 90 80 90 100 110 120 130 pF1KE4 YVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPLNNLLASKIWTPDTFFHNGK ::.:.:::. .::::::..: :.: : ::.:.. :. : ::. ...::: :::::.:.. CCDS34 YVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSR 100 110 120 130 140 150 140 150 160 170 180 190 pF1KE4 KSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDFPMDAHACPLKFGSYAYPNS :: :: .::::.:::. .:: .:::.::::.::: .::..:::: :.:::.:.::.::.. CCDS34 KSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKN 160 170 180 190 200 210 200 210 220 230 240 250 pF1KE4 EVVYVWTNGSTKSVVVAEDGS-RLNQYHLMGQTVGTENISTSTGEYTIMTAHFHLKRKIG :. : : . :: ::. :: :. ..: .:: : .:.:.::: : :.:..: CCDS34 EIEYKW---KKPSVEVADPKYWRLYQFAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMG 220 230 240 250 260 270 260 270 280 290 300 310 pF1KE4 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT ::.::::.:::.::.:: ::::.:...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.: CCDS34 YFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVT 280 290 300 310 320 330 320 330 340 350 360 370 pF1KE4 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALEAAKIKKKREVILNKSTNAFT ::: :..::. :::.::.:..:..:::. :: : . :.:.: . : .. CCDS34 AMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTS---NQKGKTATKDRKLKNKASM-----TPGLH 340 350 360 370 380 380 390 400 410 420 pF1KE4 TGKMSHPPN---IPKE-----QTPAGTSNTTSVSVKPSEEKTSESK--KTYNSISKIDKM :. : : .:.: : : .. .: . .:. . . . :.:::.. CCDS34 PGSTLIPMNNISVPQEDDYGYQCLEG-KDCASFFCCFEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSY 390 400 410 420 430 440 430 440 450 460 pF1KE4 SRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK ::: ::. :. ::::::. :: CCDS34 SRIFFPTAFALFNLVYWVGYLYL 450 460 >>CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 (467 aa) initn: 1285 init1: 659 opt: 1229 Z-score: 1480.0 bits: 283.2 E(32554): 4.1e-76 Smith-Waterman score: 1229; 47.0% identity (74.3% similar) in 404 aa overlap (50-449:67-465) 20 30 40 50 60 70 pF1KE4 ISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGYDNRLRPGLGERITQVRTDI : ::..::.::::.::: .: . : ..::. 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CCDS43 FTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPKVPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHTDM 40 50 60 70 80 90 80 90 100 110 120 130 pF1KE4 YVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPLNNLLASKIWTPDTFFHNGK ::.:.:::. .::::::.:: :.: :.::.:.. .. : ::. ...::: :::::.:.: CCDS43 YVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRNSK 100 110 120 130 140 150 140 150 160 170 180 190 pF1KE4 KSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDFPMDAHACPLKFGSYAYPNS :. :: .::::..::. .:: .:::.::::.::: .::..:::: :.:::.:.::.:: CCDS43 KADAHWITTPNRMLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPRE 160 170 180 190 200 210 200 210 220 230 240 250 pF1KE4 EVVYVWTNGSTKSVVVAEDGS-RLNQYHLMGQTVGTENISTSTGEYTIMTAHFHLKRKIG :.:: : . .:: :.. : :: :. ..: :: ..:..:.:..:...: :.:..: CCDS43 EIVYQW---KRSSVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRRMG 220 230 240 250 260 270 260 270 280 290 300 310 pF1KE4 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT ::.::::.:: . :.:: ::::.:...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.: CCDS43 YFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVT 280 290 300 310 320 330 320 330 340 350 360 370 pF1KE4 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYF-TKRGWAWDGKKALEAAKIKK---KREVILNKST ::: :..::. ::::::.:..:..:: ..: . : : . .. : .: . 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