FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2086, 760 aa 1>>>pF1KE2086 760 - 760 aa - 760 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7544+/-0.00115; mu= 17.9620+/- 0.069 mean_var=74.9709+/-14.801, 0's: 0 Z-trim(102.5): 18 B-trim: 0 in 0/52 Lambda= 0.148125 statistics sampled from 6963 (6975) to 6963 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.562), E-opt: 0.2 (0.214), width: 16 Scan time: 3.920 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS33049.1 ERCC2 gene_id:2068|Hs108|chr19 ( 760) 4988 1076.1 0 CCDS46112.1 ERCC2 gene_id:2068|Hs108|chr19 ( 405) 2556 556.3 3.5e-158 CCDS11631.1 BRIP1 gene_id:83990|Hs108|chr17 (1249) 594 137.2 1.5e-31 CCDS13530.3 RTEL1 gene_id:51750|Hs108|chr20 (1243) 532 124.0 1.5e-27 CCDS13531.1 RTEL1 gene_id:51750|Hs108|chr20 (1219) 517 120.8 1.3e-26 CCDS63331.1 RTEL1 gene_id:51750|Hs108|chr20 (1300) 517 120.8 1.4e-26 CCDS58224.1 DDX11 gene_id:1663|Hs108|chr12 ( 880) 409 97.6 8.9e-20 CCDS41767.1 DDX11 gene_id:1663|Hs108|chr12 ( 906) 409 97.6 9.1e-20 CCDS74751.1 RTEL1 gene_id:51750|Hs108|chr20 ( 996) 377 90.8 1.1e-17 CCDS44856.1 DDX11 gene_id:1663|Hs108|chr12 ( 970) 309 76.3 2.6e-13 CCDS8721.1 DDX11 gene_id:1663|Hs108|chr12 ( 856) 280 70.1 1.7e-11 >>CCDS33049.1 ERCC2 gene_id:2068|Hs108|chr19 (760 aa) initn: 4988 init1: 4988 opt: 4988 Z-score: 5757.9 bits: 1076.1 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4988; 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CCDS11 YLLDAQIRESMDLNL-KEQVVILDEAHNIEDCARESASYSVTEVQLRFARDELDSMVNNN 380 390 400 410 420 280 290 300 310 320 pF1KE2 LRIKETDEQRLRDEYRRLVEGLREASAAR--ETDAHLANPVLP-NEVLQEAVPGSIRTAE .: : :.. :: :.. : ::.: : : . : . ::.: .: :: CCDS11 IRKK--DHEPLRAVCCSLINWL-EANAEYLVERDYESACKIWSGNEMLLTLHKMGITTAT 430 440 450 460 470 480 330 340 350 360 370 pF1KE2 ------HFLGFLRRLLE----YVKWRLRVQHVVQESPPAFLSGLAQRV-CIQRKPLRFCA :: . :.. . : : . : :.. : .:.:: . . . :. :: CCDS11 FPILQGHFSAVLQKEEKISPIYGKEEAREVPVISASTQIMLKGLFMVLDYLFRQNSRFAD 490 500 510 520 530 540 380 390 400 410 420 430 pF1KE2 ERLRSLLHTLEITDLADFSPLTLLANFATLVSTYAKGFTIIIEPFDDRTPTIANPILHFS . .. .: :. :.: .:. .. . : .:.: CCDS11 DYKIAIQQTYSWTNQIDISD--------------KNGLLVLPKNKKRSRQKTAVHVLNFW 550 560 570 580 590 440 450 460 470 480 490 pF1KE2 CMDASLAIKPVFERFQSVIITSGTLSPLDIYPKILDFHPVTMATFTMTLA--RVCLCPMI :.. ..:.. . . :....:::::::. . . : .:::. : .. .. CCDS11 CLNPAVAFSDINGKVQTIVLTSGTLSPMKSFSSELG------VTFTIQLEANHIIKNSQV 600 610 620 630 640 500 510 520 530 540 550 pF1KE2 ----IGRGNDQVAISSKFETREDIAVIRNYGNLLLEMSAVVPDGIVAFFTSYQYMESTVA :: : . . :.. : . . : ::: . .: .::. :. ::. .:. CCDS11 WVGTIGSGPKGRNLCATFQNTETFEFQDEVGALLLSVCQTVSQGILCFLPSYKLLEKLKE 650 660 670 680 690 700 560 570 580 590 600 pF1KE2 SWYEQGILENIQRNKLLFIETQDGAETSVA--LEKYQEACE-NGR--GAILLSVARGKVS : :. .:.. : ...: : : .:. :. : .: . .:. ::.:..: ::::: CCDS11 RWLSTGLWHNLELVKTVIVEPQGGEKTNFDELLQVYYDAIKYKGEKDGALLVAVCRGKVS 710 720 730 740 750 760 610 620 630 640 650 660 pF1KE2 EGIDFVHHYGRAVIMFGVPYVYTQSRILKARLEYLRDQFQIRE----NDFLTFDAMRHAA ::.:: .:::: .:.:. ... .. . .: . ..: .. ..:.: CCDS11 EGLDFSDDNARAVITIGIPFPNVKDLQVELKRQYNDHHSKLRGLLPGRQWYEIQAYRALN 770 780 790 800 810 820 670 680 690 700 710 pF1KE2 QCVGRAIRGKTDYGLMVFADKRFARGDKR--GKLPRWIQEHLTDANLNLTVDEGVQVAKY : .:: :: ..:.: ....: :: . .: . : .:..... 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CCDS13 QVINELRN--TSYRSRCRATLWVLETAPPRPTVLSPTRPKVCVLGSREQLCIHPEVKKQE 130 140 150 160 170 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 FGKDVDGKCHSLTASYVRAQYQHDTSLPHCRFYEEFDAHGREVPLPAGIYNLDDLKALGR .. :.. .:: :. :.::.. . .. : : . : ...:: : CCDS13 SNHLQIHLCRKKVAS--RS----------CHFYNNVEEKSLEQELASPILDIEDLVKSGS 180 190 200 210 220 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 RQGWCPYFLARYSILHANVVVYSYHYLLDPKIADLVSKELARKAVVVFDEAHNIDNVCID .. :::.:.: .:... . :.:::: : . .: . .::.::::::....: . CCDS13 KHRVCPYYLSRNLKQQADIIFMPYNYLLDAKSRRAHNIDL-KGTVVIFDEAHNVEKMCEE 230 240 250 260 270 280 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 SMSVNLTRRTLDRCQGNLETLQKTVLRIKETDEQRLRDEYRRLVEGLREASAARETDAHL : : .:: . : .. . . . . : . . :: . : :.: CCDS13 SASFDLTPHDLASGLDVIDQVLEEQTKAAQQGEPHPEFSADSPSPGL---NMELEDIAKL 290 300 310 320 330 340 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 ANPVLPNEVLQEAV--PGSIRTAEHFLGFLRRLLEYVKWRLRVQHVVQESPPAFLSGLAQ .: : .:: ::. . . ... .:. .. .... . .: ... :: CCDS13 KMILLRLEGAIDAVELPGDDSGVTKPGSYIFELFAEAQITFQTKGCILDSLDQIIQHLAG 350 360 370 380 390 400 370 380 390 400 410 pF1KE2 RVCIQRKPLRFCAERLRSLLHTLEITDLADFSP-----LTLLANFATLVSTYAKGFTIII :. . . . ..: .... . .: .. :: : : .. . . : : CCDS13 RAGVFTNTAGL--QKLADIIQIVFSVDPSEGSPGSPAGLGALQSYKVHIHPDA-GHRRTA 410 420 430 440 450 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 EPFDDRTPTIA---NPILHFSCMDASLAIKPVFER-FQSVIITSGTLSPLDIYPKILDF- . : . : : . .: . :.. . ... . .. .:.:.:::::.:.. . ... CCDS13 QRSDAWSTTAARKRGKVLSYWCFSPGHSMHELVRQGVRSLILTSGTLAPVSSFALEMQIP 460 470 480 490 500 510 480 490 500 510 520 530 pF1KE2 HPVTMATFTMTLARVCLCPMIIGRGNDQVAISSKFETREDIAVIRNYGNLLLEMSAVVPD :: . . . . . .. :: : . .:: :. : . . . :. : ... ::: CCDS13 FPVCLEN-PHIIDKHQIWVGVVPRGPDGAQLSSAFDRRFSEECLSSLGKALGNIARVVPY 520 530 540 550 560 570 540 550 560 570 580 590 pF1KE2 GIVAFFTSYQYMESTVASWYEQGILENIQRNKLLFIETQDGAETSVALEKYQE--ACENG :.. :: :: ::... : . . .... : ::.: .. . : .. : : .. CCDS13 GLLIFFPSYPVMEKSLEFWRARDLARKMEALKPLFVEPRSKGSFSETISAYYARVAAPGS 580 590 600 610 620 630 600 610 620 630 640 pF1KE2 RGAILLSVARGKVSEGIDFVHHYGRAVIMFGVPYVYTQSRILKARLEYLRD--------- :: .:.: :::.:::.:: ::.::. :.:: .. . ....: . CCDS13 TGATFLAVCRGKASEGLDFSDTNGRGVIVTGLPYPPRMDPRVVLKMQFLDEMKGQGGAGG 640 650 660 670 680 690 650 660 670 680 690 700 pF1KE2 QFQIRENDFLTFDAMRHAAQCVGRAIRGKTDYGLMVFADKRFARGDKRGKLPRWIQEHL- :: . ... .: : . : .::.:: . ::: . . :.::: .: :..:: :.. :. CCDS13 QF-LSGQEWYRQQASRAVNQAIGRVIRHRQDYGAVFLCDHRFAFADARAQLPSWVRPHVR 700 710 720 730 740 750 710 720 730 740 750 760 pF1KE2 TDANLNLTVDEGVQVAKYFLRQMAQPFHREDQLGLSLLSLEQLESEETLQRIEQIAQQL . :.. .. . .: . : : : : CCDS13 VYDNFGHVIRDVAQFFRVAERTMPAPAPRATAPSVRGEDAVSEAKSPGPFFSTRKAKSLD 760 770 780 790 800 810 >>CCDS13531.1 RTEL1 gene_id:51750|Hs108|chr20 (1219 aa) initn: 790 init1: 154 opt: 517 Z-score: 591.1 bits: 120.8 E(32554): 1.3e-26 Smith-Waterman score: 729; 25.9% identity (53.7% similar) in 792 aa overlap (2-730:3-762) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MKLNVDGLLVYFPYDYIYPEQFSYMRELKRTLDAKGHGVLEMPSGTGKTVSLLALIMAY :. ..:. : ::.. : : :: .. . :. : .:.:: :.:::::. :: .:. CCDS13 MPKIVLNGVTVDFPFQP-YKCQQEYMTKVLECLQQKVNGILESPTGTGKTLCLLCTTLAW 10 20 30 40 50 60 70 80 pF1KE2 --------------QRA----YP---------------------LEVTKLIYCSRTVPEI .:: .: .. :.:: ::: .. CCDS13 REHLRDGISARKIAERAQGELFPDRALSSWGNAAAAAGDPIACYTDIPKIIYASRTHSQL 60 70 80 90 100 110 90 100 110 120 130 140 pF1KE2 EKVIEELRKLLNFYEKQEGEKLPFLGLALSSRKNLCIHPEVTPLRFGKDVDGKCHSLTAS .::.:::. . :. :. :: ::..::::::: . .. :.. .:: CCDS13 TQVINELRN--TSYRP----KVCVLG----SREQLCIHPEVKKQESNHLQIHLCRKKVAS 120 130 140 150 160 150 160 170 180 190 200 pF1KE2 YVRAQYQHDTSLPHCRFYEEFDAHGREVPLPAGIYNLDDLKALGRRQGWCPYFLARYSIL :. :.::.. . .. : : . : ...:: : .. :::.:.: CCDS13 --RS----------CHFYNNVEEKSLEQELASPILDIEDLVKSGSKHRVCPYYLSRNLKQ 170 180 190 200 210 210 220 230 240 250 260 pF1KE2 HANVVVYSYHYLLDPKIADLVSKELARKAVVVFDEAHNIDNVCIDSMSVNLTRRTLDRCQ .:... . :.:::: : . .: . .::.::::::....: .: : .:: . : CCDS13 QADIIFMPYNYLLDAKSRRAHNIDL-KGTVVIFDEAHNVEKMCEESASFDLTPHDLASGL 220 230 240 250 260 270 270 280 290 300 310 pF1KE2 GNLETLQKTVLRIKETDEQRLRDEYRRLVEGLREASAARETDAHLANPVLPNEVLQEAV- .. . . . . : . . :: . : :.: .: : .:: CCDS13 DVIDQVLEEQTKAAQQGEPHPEFSADSPSPGL---NMELEDIAKLKMILLRLEGAIDAVE 280 290 300 310 320 330 320 330 340 350 360 370 pF1KE2 -PGSIRTAEHFLGFLRRLLEYVKWRLRVQHVVQESPPAFLSGLAQRVCIQRKPLRFCAER ::. . . ... .:. .. .... . .: ... :: :. . . . .. CCDS13 LPGDDSGVTKPGSYIFELFAEAQITFQTKGCILDSLDQIIQHLAGRAGVFTNTAGL--QK 340 350 360 370 380 390 380 390 400 410 420 430 pF1KE2 LRSLLHTLEITDLADFSP-----LTLLANFATLVSTYAKGFTIIIEPFDDRTPTIA---N : .... . .: .. :: : : .. . . : : . : . : : . CCDS13 LADIIQIVFSVDPSEGSPGSPAGLGALQSYKVHIHPDA-GHRRTAQRSDAWSTTAARKRG 400 410 420 430 440 450 440 450 460 470 480 pF1KE2 PILHFSCMDASLAIKPVFER-FQSVIITSGTLSPLDIYPKILDF-HPVTMATFTMTLARV .: . :.. . ... . .. .:.:.:::::.:.. . ... :: . . . . CCDS13 KVLSYWCFSPGHSMHELVRQGVRSLILTSGTLAPVSSFALEMQIPFPVCLEN-PHIIDKH 460 470 480 490 500 490 500 510 520 530 540 pF1KE2 CLCPMIIGRGNDQVAISSKFETREDIAVIRNYGNLLLEMSAVVPDGIVAFFTSYQYMEST . .. :: : . .:: :. : . . . :. : ... ::: :.. :: :: ::.. CCDS13 QIWVGVVPRGPDGAQLSSAFDRRFSEECLSSLGKALGNIARVVPYGLLIFFPSYPVMEKS 510 520 530 540 550 560 550 560 570 580 590 600 pF1KE2 VASWYEQGILENIQRNKLLFIETQDGAETSVALEKYQE--ACENGRGAILLSVARGKVSE . : . . .... : ::.: .. . : .. : : .. :: .:.: :::.:: CCDS13 LEFWRARDLARKMEALKPLFVEPRSKGSFSETISAYYARVAAPGSTGATFLAVCRGKASE 570 580 590 600 610 620 610 620 630 640 650 pF1KE2 GIDFVHHYGRAVIMFGVPYVYTQSRILKARLEYLRD---------QFQIRENDFLTFDAM :.:: ::.::. :.:: .. . ....: . :: . ... .: CCDS13 GLDFSDTNGRGVIVTGLPYPPRMDPRVVLKMQFLDEMKGQGGAGGQF-LSGQEWYRQQAS 630 640 650 660 670 680 660 670 680 690 700 710 pF1KE2 RHAAQCVGRAIRGKTDYGLMVFADKRFARGDKRGKLPRWIQEHL-TDANLNLTVDEGVQV : . : .::.:: . ::: . . :.::: .: :..:: :.. :. . :.. .. . .: CCDS13 RAVNQAIGRVIRHRQDYGAVFLCDHRFAFADARAQLPSWVRPHVRVYDNFGHVIRDVAQF 690 700 710 720 730 740 720 730 740 750 760 pF1KE2 AKYFLRQMAQPFHREDQLGLSLLSLEQLESEETLQRIEQIAQQL . : : : : CCDS13 FRVAERTMPAPAPRATAPSVRGEDAVSEAKSPGPFFSTRKAKSLDLHVPSLKQRSSGSPA 750 760 770 780 790 800 >>CCDS63331.1 RTEL1 gene_id:51750|Hs108|chr20 (1300 aa) initn: 790 init1: 154 opt: 517 Z-score: 590.7 bits: 120.8 E(32554): 1.4e-26 Smith-Waterman score: 729; 25.9% identity (53.7% similar) in 792 aa overlap (2-730:3-762) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MKLNVDGLLVYFPYDYIYPEQFSYMRELKRTLDAKGHGVLEMPSGTGKTVSLLALIMAY :. ..:. : ::.. : : :: .. . :. : .:.:: :.:::::. :: .:. CCDS63 MPKIVLNGVTVDFPFQP-YKCQQEYMTKVLECLQQKVNGILESPTGTGKTLCLLCTTLAW 10 20 30 40 50 60 70 80 pF1KE2 --------------QRA----YP---------------------LEVTKLIYCSRTVPEI .:: .: .. :.:: ::: .. CCDS63 REHLRDGISARKIAERAQGELFPDRALSSWGNAAAAAGDPIACYTDIPKIIYASRTHSQL 60 70 80 90 100 110 90 100 110 120 130 140 pF1KE2 EKVIEELRKLLNFYEKQEGEKLPFLGLALSSRKNLCIHPEVTPLRFGKDVDGKCHSLTAS .::.:::. . :. :. :: ::..::::::: . .. :.. .:: CCDS63 TQVINELRN--TSYRP----KVCVLG----SREQLCIHPEVKKQESNHLQIHLCRKKVAS 120 130 140 150 160 150 160 170 180 190 200 pF1KE2 YVRAQYQHDTSLPHCRFYEEFDAHGREVPLPAGIYNLDDLKALGRRQGWCPYFLARYSIL :. :.::.. . .. : : . : ...:: : .. :::.:.: CCDS63 --RS----------CHFYNNVEEKSLEQELASPILDIEDLVKSGSKHRVCPYYLSRNLKQ 170 180 190 200 210 210 220 230 240 250 260 pF1KE2 HANVVVYSYHYLLDPKIADLVSKELARKAVVVFDEAHNIDNVCIDSMSVNLTRRTLDRCQ .:... . :.:::: : . .: . .::.::::::....: .: : .:: . : CCDS63 QADIIFMPYNYLLDAKSRRAHNIDL-KGTVVIFDEAHNVEKMCEESASFDLTPHDLASGL 220 230 240 250 260 270 270 280 290 300 310 pF1KE2 GNLETLQKTVLRIKETDEQRLRDEYRRLVEGLREASAARETDAHLANPVLPNEVLQEAV- .. . . . . : . . :: . : :.: .: : .:: CCDS63 DVIDQVLEEQTKAAQQGEPHPEFSADSPSPGL---NMELEDIAKLKMILLRLEGAIDAVE 280 290 300 310 320 330 320 330 340 350 360 370 pF1KE2 -PGSIRTAEHFLGFLRRLLEYVKWRLRVQHVVQESPPAFLSGLAQRVCIQRKPLRFCAER ::. . . ... .:. .. .... . .: ... :: :. . . . .. CCDS63 LPGDDSGVTKPGSYIFELFAEAQITFQTKGCILDSLDQIIQHLAGRAGVFTNTAGL--QK 340 350 360 370 380 390 380 390 400 410 420 430 pF1KE2 LRSLLHTLEITDLADFSP-----LTLLANFATLVSTYAKGFTIIIEPFDDRTPTIA---N : .... . .: .. :: : : .. . . : : . : . : : . CCDS63 LADIIQIVFSVDPSEGSPGSPAGLGALQSYKVHIHPDA-GHRRTAQRSDAWSTTAARKRG 400 410 420 430 440 450 440 450 460 470 480 pF1KE2 PILHFSCMDASLAIKPVFER-FQSVIITSGTLSPLDIYPKILDF-HPVTMATFTMTLARV .: . :.. . ... . .. .:.:.:::::.:.. . ... :: . . . . CCDS63 KVLSYWCFSPGHSMHELVRQGVRSLILTSGTLAPVSSFALEMQIPFPVCLEN-PHIIDKH 460 470 480 490 500 490 500 510 520 530 540 pF1KE2 CLCPMIIGRGNDQVAISSKFETREDIAVIRNYGNLLLEMSAVVPDGIVAFFTSYQYMEST . .. :: : . .:: :. : . . . :. : ... ::: :.. :: :: ::.. CCDS63 QIWVGVVPRGPDGAQLSSAFDRRFSEECLSSLGKALGNIARVVPYGLLIFFPSYPVMEKS 510 520 530 540 550 560 550 560 570 580 590 600 pF1KE2 VASWYEQGILENIQRNKLLFIETQDGAETSVALEKYQE--ACENGRGAILLSVARGKVSE . : . . .... : ::.: .. . : .. : : .. :: .:.: :::.:: CCDS63 LEFWRARDLARKMEALKPLFVEPRSKGSFSETISAYYARVAAPGSTGATFLAVCRGKASE 570 580 590 600 610 620 610 620 630 640 650 pF1KE2 GIDFVHHYGRAVIMFGVPYVYTQSRILKARLEYLRD---------QFQIRENDFLTFDAM :.:: ::.::. :.:: .. . ....: . :: . ... .: CCDS63 GLDFSDTNGRGVIVTGLPYPPRMDPRVVLKMQFLDEMKGQGGAGGQF-LSGQEWYRQQAS 630 640 650 660 670 680 660 670 680 690 700 710 pF1KE2 RHAAQCVGRAIRGKTDYGLMVFADKRFARGDKRGKLPRWIQEHL-TDANLNLTVDEGVQV : . : .::.:: . ::: . . :.::: .: :..:: :.. :. . :.. .. . .: CCDS63 RAVNQAIGRVIRHRQDYGAVFLCDHRFAFADARAQLPSWVRPHVRVYDNFGHVIRDVAQF 690 700 710 720 730 740 720 730 740 750 760 pF1KE2 AKYFLRQMAQPFHREDQLGLSLLSLEQLESEETLQRIEQIAQQL . : : : : CCDS63 FRVAERTMPAPAPRATAPSVRGEDAVSEAKSPGPFFSTRKAKSLDLHVPSLKQRSSGSPA 750 760 770 780 790 800 >>CCDS58224.1 DDX11 gene_id:1663|Hs108|chr12 (880 aa) initn: 625 init1: 148 opt: 409 Z-score: 468.6 bits: 97.6 E(32554): 8.9e-20 Smith-Waterman score: 632; 26.1% identity (54.4% similar) in 712 aa overlap (67-731:200-875) 40 50 60 70 80 90 pF1KE2 HGVLEMPSGTGKTVSLLALIMAYQRAYPLEVTKLIYCSRTVPEIEKVIEELRKLLNFYEK .::. ::::: .. . ..:..: . CCDS58 ELVLAEYESDEEKKVASRVDEDEDDLEEEHITKIYYCSRTHSQLAQFVHEVKK------S 170 180 190 200 210 220 100 110 120 130 140 150 pF1KE2 QEGEKLPFLGLALSSRKNLCIHPEVTPLRFGKDVDGKCHSLTASYVRAQYQHDTSLPH-- :. . .. .:.::.:::.. .: : . .. .: .. : . . . :. CCDS58 PFGKDVRLV--SLGSRQNLCVNEDVKSLGSVQLINDRCVDMQRSRHEKKKGAEEEKPKRR 230 240 250 260 270 280 160 170 180 190 200 pF1KE2 -------CRFYEEFDAHG--REVPLPAGIYNLDDLKALGRRQGWCPYFLARYSILHANVV : ::.. . : :. : : . ....: :::.. :::. .: .: :..: CCDS58 RQEKQAACPFYNH-EQMGLLRDEAL-AEVKDMEQLLALGKEARACPYYGSRLAIPAAQLV 290 300 310 320 330 210 220 230 240 250 260 pF1KE2 VYSYHYLLDPKIADLVSKELARKAVVVFDEAHNIDNVCIDSMSVNLTRRTLDRCQGNLET : :..:: . .. .: . ::..:::::. .. ::... : ::.. . CCDS58 VLPYQMLLHAATRQAAGIRL-QDQVVIIDEAHNLIDTITGMHSVEVSGSQL--CQAHSQL 340 350 360 370 380 390 270 280 290 300 310 320 pF1KE2 LQKTVLRIKETDEQRLRDEYRRLVEGLREASAARETDAHLANPVLPNEVLQEAVPGSIRT :: . :. . : : . . : : .: :: : . ..: CCDS58 LQYVERYGKRLKAKNL--MYLKQILYLLEKFVAVLGGNIKQNP---NTQSLSQTGTELKT 400 410 420 430 440 450 330 340 350 360 370 pF1KE2 AEHFLGFLRRLLEYVKWRLRVQHVVQESPPAF-LSGLAQR---VCIQRKPLRFCA--ERL . :: .. .. .. ..::. ..: . : :...: : .:. .. . . : CCDS58 INDFL--FQSQIDNINL-FKVQRYCEKSMISRKLFGFTERYGAVFSSREQPKLAGFQQFL 460 470 480 490 500 380 390 400 410 420 pF1KE2 RSLL-HTLEI----------TDLADFSPLTLLANFATLVSTYAKGFTIIIEPFDDRTPTI .:: .: : . : ::: . .: . ..: . .:. .: .. CCDS58 QSLQPRTTEALAAPADESQASTLRPASPLMHIQGFLAALTTANQDGRVIL----SRQGSL 510 520 530 540 550 560 430 440 450 460 470 480 pF1KE2 ANPILHFSCMDASLAIKPVFERFQSVIITSGTLSPL-DIYPKILDFHPVT---MATFT-- .. :.: .. .. . : .. ..:.:..::..:. :. ..: : .. :. CCDS58 SQSTLKFLLLNPAVHFAQVVKECRAVVIAGGTMQPVSDFRQQLLACAGVEAERVVEFSCG 570 580 590 600 610 620 490 500 510 520 530 540 pF1KE2 MTLARVCLCPMIIGRGNDQVAISSKFETREDIAVIRNYGNLLLEMSAVVPDGIVAFFTSY .. . :..: : .. . :. :: .. . : .: .. .::: :.: :: :: CCDS58 HVIPPDNILPLVICSGISNQPLEFTFQKRELPQMMDEVGRILCNLCGVVPGGVVCFFPSY 630 640 650 660 670 680 550 560 570 580 590 pF1KE2 QYMESTVASWYEQGILENIQRNKLLFIETQDGAETSVALEKYQ---EAC--ENGR--GAI .:.... : : . :.: . : .: : ... .. .: :. .:: : :. ::. CCDS58 EYLRQVHAHWEKGGLLGRLAARKKIFQEPKSAHQVEQVLLAYSRCIQACGQERGQVTGAL 690 700 710 720 730 740 600 610 620 630 640 650 pF1KE2 LLSVARGKVSEGIDFVHHYGRAVIMFGVPYVYTQSRILKARLEYL-----RDQFQIREND ::::. ::.::::.: . :: :.: :.:. .: :. .. :: : : . CCDS58 LLSVVGGKMSEGINFSDNLGRCVVMVGMPFPNIRSAELQEKMAYLDQTLPRAPGQAPPGK 750 760 770 780 790 800 660 670 680 690 700 pF1KE2 FLTFD-AMRHAAQCVGRAIRGKTDYGLMVFADKRFARGDKRGKLPRWIQEHLTDANLNLT :. . :. . : .::::: . :.. .:. :.:.:: .::: ::. : ... CCDS58 ALVENLCMKAVNQSIGRAIRHQKDFASVVLLDQRYARPPVLAKLPAWIR-----ARVEVK 810 820 830 840 850 710 720 730 740 750 760 pF1KE2 VDEGVQVAKYFLRQMAQPFHREDQLGLSLLSLEQLESEETLQRIEQIAQQL . : .: .: :::: CCDS58 ATFGPAIAA------VQKFHREKSASS 860 870 880 >>CCDS41767.1 DDX11 gene_id:1663|Hs108|chr12 (906 aa) initn: 625 init1: 148 opt: 409 Z-score: 468.4 bits: 97.6 E(32554): 9.1e-20 Smith-Waterman score: 632; 26.1% identity (54.4% similar) in 712 aa overlap (67-731:226-901) 40 50 60 70 80 90 pF1KE2 HGVLEMPSGTGKTVSLLALIMAYQRAYPLEVTKLIYCSRTVPEIEKVIEELRKLLNFYEK .::. ::::: .. . ..:..: . CCDS41 ELVLAEYESDEEKKVASRVDEDEDDLEEEHITKIYYCSRTHSQLAQFVHEVKK------S 200 210 220 230 240 100 110 120 130 140 150 pF1KE2 QEGEKLPFLGLALSSRKNLCIHPEVTPLRFGKDVDGKCHSLTASYVRAQYQHDTSLPH-- :. . .. .:.::.:::.. .: : . .. .: .. : . . . :. CCDS41 PFGKDVRLV--SLGSRQNLCVNEDVKSLGSVQLINDRCVDMQRSRHEKKKGAEEEKPKRR 250 260 270 280 290 300 160 170 180 190 200 pF1KE2 -------CRFYEEFDAHG--REVPLPAGIYNLDDLKALGRRQGWCPYFLARYSILHANVV : ::.. . : :. : : . ....: :::.. :::. .: .: :..: CCDS41 RQEKQAACPFYNH-EQMGLLRDEAL-AEVKDMEQLLALGKEARACPYYGSRLAIPAAQLV 310 320 330 340 350 360 210 220 230 240 250 260 pF1KE2 VYSYHYLLDPKIADLVSKELARKAVVVFDEAHNIDNVCIDSMSVNLTRRTLDRCQGNLET : :..:: . .. .: . ::..:::::. .. ::... : ::.. . CCDS41 VLPYQMLLHAATRQAAGIRL-QDQVVIIDEAHNLIDTITGMHSVEVSGSQL--CQAHSQL 370 380 390 400 410 420 270 280 290 300 310 320 pF1KE2 LQKTVLRIKETDEQRLRDEYRRLVEGLREASAARETDAHLANPVLPNEVLQEAVPGSIRT :: . :. . : : . . : : .: :: : . ..: CCDS41 LQYVERYGKRLKAKNL--MYLKQILYLLEKFVAVLGGNIKQNP---NTQSLSQTGTELKT 430 440 450 460 470 330 340 350 360 370 pF1KE2 AEHFLGFLRRLLEYVKWRLRVQHVVQESPPAF-LSGLAQR---VCIQRKPLRFCA--ERL . :: .. .. .. ..::. ..: . : :...: : .:. .. . . : CCDS41 INDFL--FQSQIDNINL-FKVQRYCEKSMISRKLFGFTERYGAVFSSREQPKLAGFQQFL 480 490 500 510 520 530 380 390 400 410 420 pF1KE2 RSLL-HTLEI----------TDLADFSPLTLLANFATLVSTYAKGFTIIIEPFDDRTPTI .:: .: : . : ::: . .: . ..: . .:. .: .. CCDS41 QSLQPRTTEALAAPADESQASTLRPASPLMHIQGFLAALTTANQDGRVIL----SRQGSL 540 550 560 570 580 590 430 440 450 460 470 480 pF1KE2 ANPILHFSCMDASLAIKPVFERFQSVIITSGTLSPL-DIYPKILDFHPVT---MATFT-- .. :.: .. .. . : .. ..:.:..::..:. :. ..: : .. :. CCDS41 SQSTLKFLLLNPAVHFAQVVKECRAVVIAGGTMQPVSDFRQQLLACAGVEAERVVEFSCG 600 610 620 630 640 650 490 500 510 520 530 540 pF1KE2 MTLARVCLCPMIIGRGNDQVAISSKFETREDIAVIRNYGNLLLEMSAVVPDGIVAFFTSY .. . :..: : .. . :. :: .. . : .: .. .::: :.: :: :: CCDS41 HVIPPDNILPLVICSGISNQPLEFTFQKRELPQMMDEVGRILCNLCGVVPGGVVCFFPSY 660 670 680 690 700 710 550 560 570 580 590 pF1KE2 QYMESTVASWYEQGILENIQRNKLLFIETQDGAETSVALEKYQ---EAC--ENGR--GAI .:.... : : . :.: . : .: : ... .. .: :. .:: : :. ::. CCDS41 EYLRQVHAHWEKGGLLGRLAARKKIFQEPKSAHQVEQVLLAYSRCIQACGQERGQVTGAL 720 730 740 750 760 770 600 610 620 630 640 650 pF1KE2 LLSVARGKVSEGIDFVHHYGRAVIMFGVPYVYTQSRILKARLEYL-----RDQFQIREND ::::. ::.::::.: . :: :.: :.:. .: :. .. :: : : . CCDS41 LLSVVGGKMSEGINFSDNLGRCVVMVGMPFPNIRSAELQEKMAYLDQTLPRAPGQAPPGK 780 790 800 810 820 830 660 670 680 690 700 pF1KE2 FLTFD-AMRHAAQCVGRAIRGKTDYGLMVFADKRFARGDKRGKLPRWIQEHLTDANLNLT :. . :. . : .::::: . :.. .:. :.:.:: .::: ::. : ... CCDS41 ALVENLCMKAVNQSIGRAIRHQKDFASVVLLDQRYARPPVLAKLPAWIR-----ARVEVK 840 850 860 870 880 710 720 730 740 750 760 pF1KE2 VDEGVQVAKYFLRQMAQPFHREDQLGLSLLSLEQLESEETLQRIEQIAQQL . : .: .: :::: CCDS41 ATFGPAIAA------VQKFHREKSASS 890 900 >>CCDS74751.1 RTEL1 gene_id:51750|Hs108|chr20 (996 aa) initn: 471 init1: 154 opt: 377 Z-score: 430.8 bits: 90.8 E(32554): 1.1e-17 Smith-Waterman score: 507; 24.9% identity (54.8% similar) in 546 aa overlap (209-730:3-539) 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 DLKALGRRQGWCPYFLARYSILHANVVVYSYHYLLDPKIADLVSKELARKAVVVFDEAHN :.:::: : . .: . .::.:::::: CCDS74 MPYNYLLDAKSRRAHNIDL-KGTVVIFDEAHN 10 20 30 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 IDNVCIDSMSVNLTRRTLDRCQGNLETLQKTVLRIKETDEQRLRDEYRRLVEGLREASAA ....: .: : .:: . : .. . . . . : . . :: . CCDS74 VEKMCEESASFDLTPHDLASGLDVIDQVLEEQTKAAQQGEPHPEFSADSPSPGL---NME 40 50 60 70 80 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 RETDAHLANPVLPNEVLQEAV--PGSIRTAEHFLGFLRRLLEYVKWRLRVQHVVQESPPA : :.: .: : .:: ::. . . ... .:. .. .... . .: CCDS74 LEDIAKLKMILLRLEGAIDAVELPGDDSGVTKPGSYIFELFAEAQITFQTKGCILDSLDQ 90 100 110 120 130 140 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 FLSGLAQRVCIQRKPLRFCAERLRSLLHTLEITDLADFSP-----LTLLANFATLVSTYA ... :: :. . . . ..: .... . .: .. :: : : .. . . : CCDS74 IIQHLAGRAGVFTNTAGL--QKLADIIQIVFSVDPSEGSPGSPAGLGALQSYKVHIHPDA 150 160 170 180 190 200 420 430 440 450 460 pF1KE2 KGFTIIIEPFDDRTPTIA---NPILHFSCMDASLAIKPVFER-FQSVIITSGTLSPLDIY : . : . : : . .: . :.. . ... . .. .:.:.:::::.:.. . CCDS74 -GHRRTAQRSDAWSTTAARKRGKVLSYWCFSPGHSMHELVRQGVRSLILTSGTLAPVSSF 210 220 230 240 250 260 470 480 490 500 510 520 pF1KE2 PKILDF-HPVTMATFTMTLARVCLCPMIIGRGNDQVAISSKFETREDIAVIRNYGNLLLE ... :: . . . . . .. :: : . .:: :. : . . . :. : . CCDS74 ALEMQIPFPVCLEN-PHIIDKHQIWVGVVPRGPDGAQLSSAFDRRFSEECLSSLGKALGN 270 280 290 300 310 320 530 540 550 560 570 580 pF1KE2 MSAVVPDGIVAFFTSYQYMESTVASWYEQGILENIQRNKLLFIETQDGAETSVALEKYQE .. ::: :.. :: :: ::... : . . .... : ::.: .. . : .. : CCDS74 IARVVPYGLLIFFPSYPVMEKSLEFWRARDLARKMEALKPLFVEPRSKGSFSETISAYYA 330 340 350 360 370 380 590 600 610 620 630 640 pF1KE2 --ACENGRGAILLSVARGKVSEGIDFVHHYGRAVIMFGVPYVYTQSRILKARLEYLRD-- : .. :: .:.: :::.:::.:: ::.::. :.:: .. . ....: . 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CCDS44 LQYVERYGKRLKAKNLM--YLKQILYLLEKFVAVLGGNIKQNP--NTQSLSQT--GTELK 430 440 450 460 470 330 340 350 360 370 pF1KE2 TAEHFLGFLRRLLEYVKWRLRVQHVVQESPPAF-LSGLAQR---VCIQRKPLRFCA--ER : . :: .. .. .. ..::. ..: . : :...: : .:. .. . . CCDS44 TINDFL--FQSQIDNINL-FKVQRYCEKSMISRKLFGFTERYGAVFSSREQPKLAGFQQF 480 490 500 510 520 530 380 390 400 410 420 pF1KE2 LRSLL-HTLEI----------TDLADFSPLTLLANFATLVSTYAKGFTIIIEPFDDRTPT :.:: .: : . : ::: . .: . ..: . .:. .: . CCDS44 LQSLQPRTTEALAAPADESQASTLRPASPLMHIQGFLAALTTANQDGRVIL----SRQGS 540 550 560 570 580 430 440 450 460 470 480 pF1KE2 IANPILHFSCMDASLAIKPVFERFQSVIITSGTLSPL-DIYPKILDFHPVT---MATFT- ... :.: .. .. . : .. ..:.:..::..:. :. ..: : .. :. CCDS44 LSQSTLKFLLLNPAVHFAQVVKECRAVVIAGGTMQPVSDFRQQLLACAGVEAERVVEFSC 590 600 610 620 630 640 490 500 510 520 530 540 pF1KE2 -MTLARVCLCPMIIGRGNDQVAISSKFETREDIAVIRNYGNLLLEMSAVVPDGIVAFFTS .. . :..: : .. . :. :: .. . : .: .. .::: :.: :: : CCDS44 GHVIPPDNILPLVICSGISNQPLEFTFQKRELPQMMDEVGRILCNLCGVVPGGVVCFFPS 650 660 670 680 690 700 550 560 570 580 590 pF1KE2 YQYMESTVASWYEQGILENIQRNKLLFIETQDGAETSVALEKYQ---EAC--ENGR--GA :.:.... : : . :.: . : .: : ... .. .: :. .:: : :. :: CCDS44 YEYLRQVHAHWEKGGLLGRLAARKKIFQEPKSAHQVEQVLLAYSRCIQACGQERGQVTGA 710 720 730 740 750 760 600 610 620 630 640 650 pF1KE2 ILLSVARGKVSEGIDFVHHYGRAVIMFGVPYVYTQSRILKARLEYLRDQFQIRENDFLTF .::::. ::.::::.: . :: :.: :.:. .: :. .. :: :: CCDS44 LLLSVVGGKMSEGINFSDNLGRCVVMVGMPFPNIRSAELQEKMAYL-DQTLSPRPGTPRE 770 780 790 800 810 820 660 670 680 690 700 710 pF1KE2 DAMRHAAQCVGRAIRGKTDYGLMVFADKRFARGDKRGKLPRWIQEHLTDANLNLTVDEGV CCDS44 GSGGEPVHEGRQPVHRQGHQAPEGFCQRSAPGPAICPAPCPGQAAGLDPSPCGGQSYLWP 830 840 850 860 870 880 760 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 12:10:29 2016 done: Sun Nov 6 12:10:30 2016 Total Scan time: 3.920 Total Display time: 0.230 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]