FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2015, 592 aa 1>>>pF1KE2015 592 - 592 aa - 592 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6676+/-0.000623; mu= 14.0221+/- 0.040 mean_var=420.8271+/-88.334, 0's: 0 Z-trim(116.6): 413 B-trim: 51 in 1/50 Lambda= 0.062520 statistics sampled from 27402 (27883) to 27402 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.625), E-opt: 0.2 (0.327), width: 16 Scan time: 9.560 The best scores are: opt bits E(85289) NP_631961 (OMIM: 601574,612237) TATA-binding prote ( 592) 4321 404.9 3.8e-112 NP_003478 (OMIM: 601574,612237) TATA-binding prote ( 589) 4285 401.7 3.6e-111 XP_011523617 (OMIM: 601574,612237) PREDICTED: TATA ( 501) 3699 348.7 2.7e-95 XP_016880670 (OMIM: 601574,612237) PREDICTED: TATA ( 323) 2441 234.9 3.2e-61 NP_001164105 (OMIM: 137070,608030,614782) RNA-bind ( 525) 1225 125.6 4.1e-28 NP_001164408 (OMIM: 137070,608030,614782) RNA-bind ( 522) 1221 125.2 5.3e-28 XP_011544083 (OMIM: 137070,608030,614782) PREDICTE ( 524) 1218 125.0 6.4e-28 NP_004951 (OMIM: 137070,608030,614782) RNA-binding ( 526) 1214 124.6 8.3e-28 XP_016884152 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 558) 1097 114.1 1.3e-24 XP_016884142 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 614) 1084 113.0 3e-24 XP_016884141 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 615) 1084 113.0 3e-24 XP_016884140 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 615) 1082 112.8 3.4e-24 XP_016884139 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 616) 1082 112.8 3.4e-24 XP_016884149 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 597) 1006 105.9 3.9e-22 XP_016884148 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 599) 1002 105.6 5e-22 XP_016884147 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 600) 1002 105.6 5e-22 NP_001156758 (OMIM: 133450,612219) RNA-binding pro ( 600) 1000 105.4 5.7e-22 XP_016884150 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 587) 989 104.4 1.1e-21 NP_001156757 (OMIM: 133450,612219) RNA-binding pro ( 655) 989 104.5 1.2e-21 XP_011528300 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 656) 989 104.5 1.2e-21 NP_053733 (OMIM: 133450,612219) RNA-binding protei ( 661) 989 104.5 1.2e-21 XP_016884138 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 629) 988 104.3 1.2e-21 NP_005234 (OMIM: 133450,612219) RNA-binding protei ( 656) 987 104.3 1.3e-21 XP_011528299 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 657) 987 104.3 1.3e-21 XP_016884151 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 582) 986 104.1 1.3e-21 XP_016884144 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 612) 979 103.5 2.1e-21 XP_016884143 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 613) 979 103.5 2.1e-21 XP_016884136 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 651) 979 103.6 2.2e-21 XP_016884135 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 652) 979 103.6 2.2e-21 XP_005261447 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 613) 977 103.3 2.4e-21 XP_011528303 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 614) 977 103.3 2.4e-21 XP_016884134 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 652) 977 103.4 2.5e-21 XP_011528301 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 653) 977 103.4 2.5e-21 XP_016884137 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 638) 973 103.0 3.2e-21 XP_011528302 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 640) 971 102.8 3.6e-21 XP_016884133 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 668) 966 102.4 5e-21 XP_011528298 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 669) 966 102.4 5e-21 XP_016884146 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 601) 964 102.1 5.4e-21 XP_005261446 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 669) 964 102.2 5.7e-21 XP_011528297 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 670) 964 102.2 5.7e-21 XP_016884145 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 611) 953 101.2 1.1e-20 XP_005255290 (OMIM: 137070,608030,614782) PREDICTE ( 321) 846 91.0 6.4e-18 XP_011544084 (OMIM: 137070,608030,614782) PREDICTE ( 321) 846 91.0 6.4e-18 XP_011528304 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 597) 833 90.3 1.9e-17 XP_016884155 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 317) 712 78.9 2.8e-14 XP_016884154 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 317) 712 78.9 2.8e-14 XP_016884153 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA- ( 330) 689 76.9 1.2e-13 NP_000217 (OMIM: 144200,607606) keratin, type I cy ( 623) 511 61.3 1.1e-08 NP_112420 (OMIM: 164017,615424,615426) heterogeneo ( 372) 484 58.5 4.6e-08 XP_005268883 (OMIM: 164017,615424,615426) PREDICTE ( 372) 484 58.5 4.6e-08 >>NP_631961 (OMIM: 601574,612237) TATA-binding protein-a (592 aa) initn: 4321 init1: 4321 opt: 4321 Z-score: 2134.4 bits: 404.9 E(85289): 3.8e-112 Smith-Waterman score: 4321; 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99.5% identity (99.5% similar) in 592 aa overlap (1-592:1-589) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSSYGQNYSGYSSYGQSQ ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSSYGQNYSGYSSYGQS- 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 SGYSQSYGGYENQKQSSYSQQPYNNQGQQQNMESSGSQGGRAPSYDQPDYGQQDSYDQQS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 --YSQSYGGYENQKQSSYSQQPYNNQGQQQNMESSGSQGGRAPSYDQPDYGQQDSYDQQS 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 GYDQHQGSYDEQSNYDQQHDSYSQNQQSYHSQRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRGYGGS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 GYDQHQGSYDEQSNYDQQHDSYSQNQQSYHSQRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRGYGGS 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 QGGGRGRGGYDKDGRGPMTGSSGGDRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 QGGGRGRGGYDKDGRGPMTGSSGGDRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQG 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 LGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 LGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAI 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 DWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWVC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 DWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWVC 300 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 420 pF1KE2 PNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYGG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 PNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYGG 360 370 380 390 400 410 430 440 450 460 470 480 pF1KE2 DRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 DRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYG 420 430 440 450 460 470 490 500 510 520 530 540 pF1KE2 GDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGSG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 GDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGSG 480 490 500 510 520 530 550 560 570 580 590 pF1KE2 YGGDRSGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_003 YGGDRSGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY 540 550 560 570 580 >>XP_011523617 (OMIM: 601574,612237) PREDICTED: TATA-bin (501 aa) initn: 3699 init1: 3699 opt: 3699 Z-score: 1831.8 bits: 348.7 E(85289): 2.7e-95 Smith-Waterman score: 3699; 100.0% identity (100.0% similar) in 501 aa overlap (92-592:1-501) 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 GYSQSYGGYENQKQSSYSQQPYNNQGQQQNMESSGSQGGRAPSYDQPDYGQQDSYDQQSG :::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 MESSGSQGGRAPSYDQPDYGQQDSYDQQSG 10 20 30 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 YDQHQGSYDEQSNYDQQHDSYSQNQQSYHSQRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRGYGGSQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 YDQHQGSYDEQSNYDQQHDSYSQNQQSYHSQRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRGYGGSQ 40 50 60 70 80 90 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 GGGRGRGGYDKDGRGPMTGSSGGDRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQGL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 GGGRGRGGYDKDGRGPMTGSSGGDRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQGL 100 110 120 130 140 150 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 GEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAID :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 GEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAID 160 170 180 190 200 210 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 WFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWVCP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 WFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWVCP 220 230 240 250 260 270 370 380 390 400 410 420 pF1KE2 NPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYGGD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 NPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYGGD 280 290 300 310 320 330 430 440 450 460 470 480 pF1KE2 RSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 RSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGG 340 350 360 370 380 390 490 500 510 520 530 540 pF1KE2 DRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGSGY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 DRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGSGY 400 410 420 430 440 450 550 560 570 580 590 pF1KE2 GGDRSGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 GGDRSGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY 460 470 480 490 500 >>XP_016880670 (OMIM: 601574,612237) PREDICTED: TATA-bin (323 aa) initn: 2441 init1: 2441 opt: 2441 Z-score: 1220.2 bits: 234.9 E(85289): 3.2e-61 Smith-Waterman score: 2441; 100.0% identity (100.0% similar) in 323 aa overlap (270-592:1-323) 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 GLGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAA :::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 MINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAA 10 20 30 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 IDWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 IDWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWV 40 50 60 70 80 90 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 CPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 CPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYG 100 110 120 130 140 150 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 GDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 GDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGY 160 170 180 190 200 210 480 490 500 510 520 530 pF1KE2 GGDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 GGDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGS 220 230 240 250 260 270 540 550 560 570 580 590 pF1KE2 GYGGDRSGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 GYGGDRSGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY 280 290 300 310 320 >>NP_001164105 (OMIM: 137070,608030,614782) RNA-binding (525 aa) initn: 675 init1: 675 opt: 1225 Z-score: 625.6 bits: 125.6 E(85289): 4.1e-28 Smith-Waterman score: 1421; 51.8% identity (67.0% similar) in 515 aa overlap (15-459:20-520) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSS-YGQNYSGYS : . :.. .:: ::: ::::::.:.::.: ::: :.:: NP_001 MASNDYTQQATQSYGAYPTQPGQGYSQQSSQPYGQ--QSYSGYSQSTDTSGYGQ--SSYS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 pF1KE2 SYGQSQSGYS-----QSYG---GYENQK--QSSYSQQP-YNNQGQQQNMES-SGSQGG-- ::::::..:. :.:: :: ... ::::.:: : . ::: : ::: :. NP_001 SYGQSQNSYGTQSTPQGYGSTGGYGSSQSSQSSYGQQSSYPGYGQQPAPSSTSGSYGSSS 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 pF1KE2 RAPSYDQPD---YGQQDSYD-QQSGYDQHQGSYDEQSNYDQQHD---------------S .. :: ::. :.:: :: ::..: :.: ::. ..: ::.. . NP_001 QSSSYGQPQSGSYSQQPSYGGQQQSYGQQQ-SYNPPQGYGQQNQYNSSSGGGGGGGGGGN 120 130 140 150 160 170 150 160 170 180 pF1KE2 YSQNQQSYHS---QRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRG---YGGSQGGG--------RGR :.:.:.:. : . .:... :. . ::...:: ::: ::: :. NP_001 YGQDQSSMSSGGGSGGGYGNQDQSGGGGSGGYGQQDRGGRGRGGSGGGGGGGGGGYNRSS 180 190 200 210 220 230 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 GGYDKDGRGPMTGSSGG----DRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQGLGE :::. ::: :. :: :::::..::: :: : : : ::.::::::::::::::: NP_001 GGYEPRGRGGGRGGRGGMGGSDRGGFNKFGGPRDQGSRHD--SEQDNSDNNTIFVQGLGE 240 250 260 270 280 290 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 GVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAIDWF .:. ..:...::::::::::::::.::::::::..::: ::::::::::::::::::::: NP_001 NVTIESVADYFKQIGIIKTNKKTGQPMINLYTDRETGKLKGEATVSFDDPPSAKAAIDWF 300 310 320 330 340 350 310 320 330 340 350 pF1KE2 DGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQG-------RGGDP--- ::::: :: ::::::::: .: ::::.: : ::::: ::::. : ::: : NP_001 DGKEFSGNPIKVSFATRRADFNRGGGNGRGGRGRGGPMGRGGYGGGGSGGGGRGGFPSGG 360 370 380 390 400 410 360 370 380 390 400 pF1KE2 -------KSGDWVCPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYR ..::: ::::.: ::::. :: ::::. :.:. :.:: : .::. : NP_001 GGGGGQQRAGDWKCPNPTCENMNFSWRNECNQCKAPKPDG--PGGGP-GGSHMGGNYGDD 420 430 440 450 460 470 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 GRGGRGG-DRGGYGGDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGG :::::: ::::: : :: :: :.. :: :::.: : : : : . :: NP_001 RRGGRGGYDRGGYRG--RGGDRGGFRGGRGG--GDRGGFGPGKMDSRGEHRQDRRERPY 480 490 500 510 520 470 480 490 500 510 520 pF1KE2 DRGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGD >>NP_001164408 (OMIM: 137070,608030,614782) RNA-binding (522 aa) initn: 868 init1: 675 opt: 1221 Z-score: 623.7 bits: 125.2 E(85289): 5.3e-28 Smith-Waterman score: 1426; 52.3% identity (67.4% similar) in 512 aa overlap (15-459:20-517) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSS-YGQNYSGYS : . :.. .:: ::: ::::::.:.::.: ::: :.:: NP_001 MASNDYTQQATQSYGAYPTQPGQGYSQQSSQPYGQ--QSYSGYSQSTDTSGYGQ--SSYS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 pF1KE2 SYGQSQ-SGYS-----QSYG---GYENQK--QSSYSQQP-YNNQGQQQNMES-SGSQGG- :::::: .::. :.:: :: ... ::::.:: : . ::: : ::: :. NP_001 SYGQSQNTGYGTQSTPQGYGSTGGYGSSQSSQSSYGQQSSYPGYGQQPAPSSTSGSYGSS 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 pF1KE2 -RAPSYDQPD---YGQQDSYD-QQSGYDQHQGSYDEQSNYDQQHD-----------SYSQ .. :: ::. :.:: :: ::..: :.: ::. ..: ::.. .:.: NP_001 SQSSSYGQPQSGSYSQQPSYGGQQQSYGQQQ-SYNPPQGYGQQNQYNSSSGGGGGGNYGQ 120 130 140 150 160 170 150 160 170 180 190 pF1KE2 NQQSYHS---QRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRG---YGGSQGGG--------RGRGGY .:.:. : . .:... :. . ::...:: ::: ::: :. ::: NP_001 DQSSMSSGGGSGGGYGNQDQSGGGGSGGYGQQDRGGRGRGGSGGGGGGGGGGYNRSSGGY 180 190 200 210 220 230 200 210 220 230 240 pF1KE2 DKDGRGPMTGSSGG----DRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQGLGEGVS . ::: :. :: :::::..::: :: : : : ::.:::::::::::::::.:. NP_001 EPRGRGGGRGGRGGMGGSDRGGFNKFGGPRDQGSRHD--SEQDNSDNNTIFVQGLGENVT 240 250 260 270 280 290 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 TDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAIDWFDGK ..:...::::::::::::::.::::::::..::: :::::::::::::::::::::::: NP_001 IESVADYFKQIGIIKTNKKTGQPMINLYTDRETGKLKGEATVSFDDPPSAKAAIDWFDGK 300 310 320 330 340 350 310 320 330 340 350 pF1KE2 EFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQG-------RGGDP------ :: :: ::::::::: .: ::::.: : ::::: ::::. : ::: : NP_001 EFSGNPIKVSFATRRADFNRGGGNGRGGRGRGGPMGRGGYGGGGSGGGGRGGFPSGGGGG 360 370 380 390 400 410 360 370 380 390 400 pF1KE2 ----KSGDWVCPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRG ..::: ::::.: ::::. :: ::::. :.:. :.:: : .::. : :: NP_001 GGQQRAGDWKCPNPTCENMNFSWRNECNQCKAPKPDG--PGGGP-GGSHMGGNYGDDRRG 420 430 440 450 460 470 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 GRGG-DRGGYGGDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRG :::: ::::: : :: :: :.. :: :::.: : : : : . :: NP_001 GRGGYDRGGYRG--RGGDRGGFRGGRGG--GDRGGFGPGKMDSRGEHRQDRRERPY 480 490 500 510 520 470 480 490 500 510 520 pF1KE2 GGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSR >>XP_011544083 (OMIM: 137070,608030,614782) PREDICTED: R (524 aa) initn: 675 init1: 675 opt: 1218 Z-score: 622.2 bits: 125.0 E(85289): 6.4e-28 Smith-Waterman score: 1422; 52.1% identity (67.1% similar) in 514 aa overlap (15-459:20-519) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSS-YGQNYSGYS : . :.. .:: ::: ::::::.:.::.: ::: :.:: XP_011 MASNDYTQQATQSYGAYPTQPGQGYSQQSSQPYGQ--QSYSGYSQSTDTSGYGQ--SSYS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 pF1KE2 SYGQSQ-SGYS-----QSYG---GYENQK--QSSYSQQP-YNNQGQQQNMES-SGSQGG- :::::: .::. :.:: :: ... ::::.:: : . ::: : ::: :. XP_011 SYGQSQNTGYGTQSTPQGYGSTGGYGSSQSSQSSYGQQSSYPGYGQQPAPSSTSGSYGSS 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 pF1KE2 -RAPSYDQPD---YGQQDSYD-QQSGYDQHQGSYDEQSNYDQQHD-------------SY .. :: ::. :.:: :: ::..: :.: ::. ..: ::.. .: XP_011 SQSSSYGQPQSGSYSQQPSYGGQQQSYGQQQ-SYNPPQGYGQQNQYNSSSGGGGGGGGNY 120 130 140 150 160 170 150 160 170 180 pF1KE2 SQNQQSYHS---QRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRG---YGGSQGGG--------RGRG .:.:.:. : . .:... :. . ::...:: ::: ::: :. : XP_011 GQDQSSMSSGGGSGGGYGNQDQSGGGGSGGYGQQDRGGRGRGGSGGGGGGGGGGYNRSSG 180 190 200 210 220 230 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 GYDKDGRGPMTGSSGG----DRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQGLGEG ::. ::: :. :: :::::..::: :: : : : ::.:::::::::::::::. XP_011 GYEPRGRGGGRGGRGGMGGSDRGGFNKFGGPRDQGSRHD--SEQDNSDNNTIFVQGLGEN 240 250 260 270 280 290 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 VSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAIDWFD :. ..:...::::::::::::::.::::::::..::: :::::::::::::::::::::: XP_011 VTIESVADYFKQIGIIKTNKKTGQPMINLYTDRETGKLKGEATVSFDDPPSAKAAIDWFD 300 310 320 330 340 350 310 320 330 340 350 pF1KE2 GKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQG-------RGGDP---- :::: :: ::::::::: .: ::::.: : ::::: ::::. : ::: : XP_011 GKEFSGNPIKVSFATRRADFNRGGGNGRGGRGRGGPMGRGGYGGGGSGGGGRGGFPSGGG 360 370 380 390 400 410 360 370 380 390 400 pF1KE2 ------KSGDWVCPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRG ..::: ::::.: ::::. :: ::::. :.:. :.:: : .::. : XP_011 GGGGQQRAGDWKCPNPTCENMNFSWRNECNQCKAPKPDG--PGGGP-GGSHMGGNYGDDR 420 430 440 450 460 470 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 RGGRGG-DRGGYGGDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGD :::::: ::::: : :: :: :.. :: :::.: : : : : . :: XP_011 RGGRGGYDRGGYRG--RGGDRGGFRGGRGG--GDRGGFGPGKMDSRGEHRQDRRERPY 480 490 500 510 520 470 480 490 500 510 520 pF1KE2 RGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDR >>NP_004951 (OMIM: 137070,608030,614782) RNA-binding pro (526 aa) initn: 693 init1: 693 opt: 1214 Z-score: 620.3 bits: 124.6 E(85289): 8.3e-28 Smith-Waterman score: 1418; 51.9% identity (66.9% similar) in 516 aa overlap (15-459:20-521) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSS-YGQNYSGYS : . :.. .:: ::: ::::::.:.::.: ::: :.:: NP_004 MASNDYTQQATQSYGAYPTQPGQGYSQQSSQPYGQ--QSYSGYSQSTDTSGYGQ--SSYS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 pF1KE2 SYGQSQ-SGYS-----QSYG---GYENQK--QSSYSQQP-YNNQGQQQNMES-SGSQGG- :::::: .::. :.:: :: ... ::::.:: : . ::: : ::: :. NP_004 SYGQSQNTGYGTQSTPQGYGSTGGYGSSQSSQSSYGQQSSYPGYGQQPAPSSTSGSYGSS 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 pF1KE2 -RAPSYDQPD---YGQQDSYD-QQSGYDQHQGSYDEQSNYDQQHD--------------- .. :: ::. :.:: :: ::..: :.: ::. ..: ::.. NP_004 SQSSSYGQPQSGSYSQQPSYGGQQQSYGQQQ-SYNPPQGYGQQNQYNSSSGGGGGGGGGG 120 130 140 150 160 170 150 160 170 180 pF1KE2 SYSQNQQSYHS---QRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRG---YGGSQGGG--------RG .:.:.:.:. : . .:... :. . ::...:: ::: ::: :. NP_004 NYGQDQSSMSSGGGSGGGYGNQDQSGGGGSGGYGQQDRGGRGRGGSGGGGGGGGGGYNRS 180 190 200 210 220 230 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 RGGYDKDGRGPMTGSSGG----DRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQGLG :::. ::: :. :: :::::..::: :: : : : ::.:::::::::::::: NP_004 SGGYEPRGRGGGRGGRGGMGGSDRGGFNKFGGPRDQGSRHD--SEQDNSDNNTIFVQGLG 240 250 260 270 280 290 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 EGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAIDW :.:. ..:...::::::::::::::.::::::::..::: :::::::::::::::::::: NP_004 ENVTIESVADYFKQIGIIKTNKKTGQPMINLYTDRETGKLKGEATVSFDDPPSAKAAIDW 300 310 320 330 340 350 310 320 330 340 350 pF1KE2 FDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQG-------RGGDP-- :::::: :: ::::::::: .: ::::.: : ::::: ::::. : ::: : NP_004 FDGKEFSGNPIKVSFATRRADFNRGGGNGRGGRGRGGPMGRGGYGGGGSGGGGRGGFPSG 360 370 380 390 400 410 360 370 380 390 400 pF1KE2 --------KSGDWVCPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGY ..::: ::::.: ::::. :: ::::. :.:. :.:: : .::. : NP_004 GGGGGGQQRAGDWKCPNPTCENMNFSWRNECNQCKAPKPDG--PGGGP-GGSHMGGNYGD 420 430 440 450 460 470 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 RGRGGRGG-DRGGYGGDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYG :::::: ::::: : :: :: :.. :: :::.: : : : : . :: NP_004 DRRGGRGGYDRGGYRG--RGGDRGGFRGGRGG--GDRGGFGPGKMDSRGEHRQDRRERPY 480 490 500 510 520 470 480 490 500 510 520 pF1KE2 GDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGG >>XP_016884152 (OMIM: 133450,612219) PREDICTED: RNA-bind (558 aa) initn: 827 init1: 374 opt: 1097 Z-score: 563.0 bits: 114.1 E(85289): 1.3e-24 Smith-Waterman score: 1203; 43.2% identity (61.8% similar) in 539 aa overlap (15-491:39-547) 10 20 30 40 pF1KE2 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTT-D :::.:::.: . .: :: :. . ::::. 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XP_016 GRGRGGFDRGGMSRGGRGGGRGGMGAGERGGFNKPGGPMDEGPDLDLGPPVDPDEDSDNS 250 260 270 280 290 300 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 TIFVQGLGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPP .:.::::...:. :....:::: :..: ::.::.:::..: ::.::::::.::::..::: XP_016 AIYVQGLNDSVTLDDLADFFKQCGVVKMNKRTGQPMIHIYLDKETGKPKGDATVSYEDPP 310 320 330 340 350 360 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 SAKAAIDWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRG---RGGYRGRGGFQGRGG .::::..:::: :. : . : :: :: : : :: .::. .: :. XP_016 TAKAAVEWFDGPGGPGG-------PGGP-MGRMGGRGGDRGGFPPRGPRGSRGNPSGGGN 370 380 390 400 410 360 370 380 390 400 pF1KE2 -DPKSGDWVCPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPS-----GGDFRGRGYGGERGY . ..::: ::::.:::.::: :. ::::. :.:: : ::: :: :: :. 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