Result of FASTA (ccds) for pFN21AE2015
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE2015, 592 aa
  1>>>pF1KE2015 592 - 592 aa - 592 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0979+/-0.00155; mu= 4.7167+/- 0.094
 mean_var=360.2436+/-74.129, 0's: 0 Z-trim(108.9): 184  B-trim: 0 in 0/50
 Lambda= 0.067573
 statistics sampled from 10333 (10507) to 10333 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.626), E-opt: 0.2 (0.323), width:  16
 Scan time:  2.940

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS32623.1 TAF15 gene_id:8148|Hs108|chr17         ( 592) 4321 436.0 6.4e-122
CCDS59279.1 TAF15 gene_id:8148|Hs108|chr17         ( 589) 4285 432.5 7.3e-121
CCDS58454.1 FUS gene_id:2521|Hs108|chr16           ( 525) 1225 134.1 4.3e-31
CCDS10707.1 FUS gene_id:2521|Hs108|chr16           ( 526) 1214 133.0   9e-31
CCDS54514.1 EWSR1 gene_id:2130|Hs108|chr22         ( 600) 1000 112.3 1.9e-24
CCDS54513.1 EWSR1 gene_id:2130|Hs108|chr22         ( 655)  989 111.2 4.1e-24
CCDS13852.2 EWSR1 gene_id:2130|Hs108|chr22         ( 661)  989 111.2 4.2e-24
CCDS13851.1 EWSR1 gene_id:2130|Hs108|chr22         ( 656)  987 111.0 4.7e-24


>>CCDS32623.1 TAF15 gene_id:8148|Hs108|chr17              (592 aa)
 initn: 4321 init1: 4321 opt: 4321  Z-score: 2302.3  bits: 436.0 E(32554): 6.4e-122
Smith-Waterman score: 4321; 100.0% identity (100.0% similar) in 592 aa overlap (1-592:1-592)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSSYGQNYSGYSSYGQSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSSYGQNYSGYSSYGQSQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 SGYSQSYGGYENQKQSSYSQQPYNNQGQQQNMESSGSQGGRAPSYDQPDYGQQDSYDQQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SGYSQSYGGYENQKQSSYSQQPYNNQGQQQNMESSGSQGGRAPSYDQPDYGQQDSYDQQS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 GYDQHQGSYDEQSNYDQQHDSYSQNQQSYHSQRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRGYGGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GYDQHQGSYDEQSNYDQQHDSYSQNQQSYHSQRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRGYGGS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 QGGGRGRGGYDKDGRGPMTGSSGGDRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QGGGRGRGGYDKDGRGPMTGSSGGDRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 LGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 DWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWVC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWVC
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE2 PNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYGG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE2 DRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE2 GDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGSG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590  
pF1KE2 YGGDRSGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 YGGDRSGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY
              550       560       570       580       590  

>>CCDS59279.1 TAF15 gene_id:8148|Hs108|chr17              (589 aa)
 initn: 3918 init1: 3918 opt: 4285  Z-score: 2283.4  bits: 432.5 E(32554): 7.3e-121
Smith-Waterman score: 4285; 99.5% identity (99.5% similar) in 592 aa overlap (1-592:1-589)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSSYGQNYSGYSSYGQSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: 
CCDS59 MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSSYGQNYSGYSSYGQS-
               10        20        30        40        50          

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 SGYSQSYGGYENQKQSSYSQQPYNNQGQQQNMESSGSQGGRAPSYDQPDYGQQDSYDQQS
         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 --YSQSYGGYENQKQSSYSQQPYNNQGQQQNMESSGSQGGRAPSYDQPDYGQQDSYDQQS
        60        70        80        90       100       110       

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 GYDQHQGSYDEQSNYDQQHDSYSQNQQSYHSQRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRGYGGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 GYDQHQGSYDEQSNYDQQHDSYSQNQQSYHSQRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRGYGGS
       120       130       140       150       160       170       

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 QGGGRGRGGYDKDGRGPMTGSSGGDRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 QGGGRGRGGYDKDGRGPMTGSSGGDRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQG
       180       190       200       210       220       230       

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 LGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAI
       240       250       260       270       280       290       

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 DWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWVC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 DWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQGRGGDPKSGDWVC
       300       310       320       330       340       350       

              370       380       390       400       410       420
pF1KE2 PNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 PNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYGG
       360       370       380       390       400       410       

              430       440       450       460       470       480
pF1KE2 DRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 DRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYG
       420       430       440       450       460       470       

              490       500       510       520       530       540
pF1KE2 GDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 GDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGSG
       480       490       500       510       520       530       

              550       560       570       580       590  
pF1KE2 YGGDRSGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 YGGDRSGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGKMGGRNDYRNDQRNRPY
       540       550       560       570       580         

>>CCDS58454.1 FUS gene_id:2521|Hs108|chr16                (525 aa)
 initn: 675 init1: 675 opt: 1225  Z-score: 671.7  bits: 134.1 E(32554): 4.3e-31
Smith-Waterman score: 1421; 51.8% identity (67.0% similar) in 515 aa overlap (15-459:20-520)

                    10        20        30        40         50    
pF1KE2      MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSS-YGQNYSGYS
                          :  . :.. .:: :::  ::::::.:.::.: :::  :.::
CCDS58 MASNDYTQQATQSYGAYPTQPGQGYSQQSSQPYGQ--QSYSGYSQSTDTSGYGQ--SSYS
               10        20        30          40        50        

           60                70          80         90        100  
pF1KE2 SYGQSQSGYS-----QSYG---GYENQK--QSSYSQQP-YNNQGQQQNMES-SGSQGG--
       ::::::..:.     :.::   :: ...  ::::.::  : . :::    : ::: :.  
CCDS58 SYGQSQNSYGTQSTPQGYGSTGGYGSSQSSQSSYGQQSSYPGYGQQPAPSSTSGSYGSSS
         60        70        80        90       100       110      

                 110        120       130       140                
pF1KE2 RAPSYDQPD---YGQQDSYD-QQSGYDQHQGSYDEQSNYDQQHD---------------S
       .. :: ::.   :.:: ::  ::..: :.: ::.  ..: ::..               .
CCDS58 QSSSYGQPQSGSYSQQPSYGGQQQSYGQQQ-SYNPPQGYGQQNQYNSSSGGGGGGGGGGN
        120       130       140        150       160       170     

             150          160       170          180               
pF1KE2 YSQNQQSYHS---QRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRG---YGGSQGGG--------RGR
       :.:.:.:. :   .  .:... :.     . ::...::    ::: :::        :. 
CCDS58 YGQDQSSMSSGGGSGGGYGNQDQSGGGGSGGYGQQDRGGRGRGGSGGGGGGGGGGYNRSS
         180       190       200       210       220       230     

       190       200           210       220       230       240   
pF1KE2 GGYDKDGRGPMTGSSGG----DRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQGLGE
       :::.  :::   :. ::    :::::..::: :: : : :  ::.:::::::::::::::
CCDS58 GGYEPRGRGGGRGGRGGMGGSDRGGFNKFGGPRDQGSRHD--SEQDNSDNNTIFVQGLGE
         240       250       260       270         280       290   

           250       260       270       280       290       300   
pF1KE2 GVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAIDWF
       .:. ..:...::::::::::::::.::::::::..::: :::::::::::::::::::::
CCDS58 NVTIESVADYFKQIGIIKTNKKTGQPMINLYTDRETGKLKGEATVSFDDPPSAKAAIDWF
           300       310       320       330       340       350   

           310       320       330       340              350      
pF1KE2 DGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQG-------RGGDP---
       ::::: :: ::::::::: .: ::::.: : :::::  ::::. :       ::: :   
CCDS58 DGKEFSGNPIKVSFATRRADFNRGGGNGRGGRGRGGPMGRGGYGGGGSGGGGRGGFPSGG
           360       370       380       390       400       410   

                  360       370       380       390       400      
pF1KE2 -------KSGDWVCPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYR
              ..::: ::::.: ::::. :: ::::. :.:.   :.::   :  .::. :  
CCDS58 GGGGGQQRAGDWKCPNPTCENMNFSWRNECNQCKAPKPDG--PGGGP-GGSHMGGNYGDD
           420       430       440       450          460       470

        410        420       430       440       450       460     
pF1KE2 GRGGRGG-DRGGYGGDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGG
        :::::: ::::: :   ::  :: :.. ::  :::.: : :   : : .  ::      
CCDS58 RRGGRGGYDRGGYRG--RGGDRGGFRGGRGG--GDRGGFGPGKMDSRGEHRQDRRERPY 
              480         490         500       510       520      

         470       480       490       500       510       520     
pF1KE2 DRGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGD

>>CCDS10707.1 FUS gene_id:2521|Hs108|chr16                (526 aa)
 initn: 693 init1: 693 opt: 1214  Z-score: 665.9  bits: 133.0 E(32554): 9e-31
Smith-Waterman score: 1418; 51.9% identity (66.9% similar) in 516 aa overlap (15-459:20-521)

                    10        20        30        40         50    
pF1KE2      MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTTDSS-YGQNYSGYS
                          :  . :.. .:: :::  ::::::.:.::.: :::  :.::
CCDS10 MASNDYTQQATQSYGAYPTQPGQGYSQQSSQPYGQ--QSYSGYSQSTDTSGYGQ--SSYS
               10        20        30          40        50        

           60                 70          80         90        100 
pF1KE2 SYGQSQ-SGYS-----QSYG---GYENQK--QSSYSQQP-YNNQGQQQNMES-SGSQGG-
       :::::: .::.     :.::   :: ...  ::::.::  : . :::    : ::: :. 
CCDS10 SYGQSQNTGYGTQSTPQGYGSTGGYGSSQSSQSSYGQQSSYPGYGQQPAPSSTSGSYGSS
         60        70        80        90       100       110      

                  110        120       130       140               
pF1KE2 -RAPSYDQPD---YGQQDSYD-QQSGYDQHQGSYDEQSNYDQQHD---------------
        .. :: ::.   :.:: ::  ::..: :.: ::.  ..: ::..               
CCDS10 SQSSSYGQPQSGSYSQQPSYGGQQQSYGQQQ-SYNPPQGYGQQNQYNSSSGGGGGGGGGG
        120       130       140        150       160       170     

              150          160       170          180              
pF1KE2 SYSQNQQSYHS---QRENYSHHTQDDRRDVSRYGEDNRG---YGGSQGGG--------RG
       .:.:.:.:. :   .  .:... :.     . ::...::    ::: :::        :.
CCDS10 NYGQDQSSMSSGGGSGGGYGNQDQSGGGGSGGYGQQDRGGRGRGGSGGGGGGGGGGYNRS
         180       190       200       210       220       230     

        190       200           210       220       230       240  
pF1KE2 RGGYDKDGRGPMTGSSGG----DRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESDNSDNNTIFVQGLG
        :::.  :::   :. ::    :::::..::: :: : : :  ::.::::::::::::::
CCDS10 SGGYEPRGRGGGRGGRGGMGGSDRGGFNKFGGPRDQGSRHD--SEQDNSDNNTIFVQGLG
         240       250       260       270         280       290   

            250       260       270       280       290       300  
pF1KE2 EGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAIDW
       :.:. ..:...::::::::::::::.::::::::..::: ::::::::::::::::::::
CCDS10 ENVTIESVADYFKQIGIIKTNKKTGQPMINLYTDRETGKLKGEATVSFDDPPSAKAAIDW
           300       310       320       330       340       350   

            310       320       330       340              350     
pF1KE2 FDGKEFHGNIIKVSFATRRPEFMRGGGSGGGRRGRGGYRGRGGFQG-------RGGDP--
       :::::: :: ::::::::: .: ::::.: : :::::  ::::. :       ::: :  
CCDS10 FDGKEFSGNPIKVSFATRRADFNRGGGNGRGGRGRGGPMGRGGYGGGGSGGGGRGGFPSG
           360       370       380       390       400       410   

                   360       370       380       390       400     
pF1KE2 --------KSGDWVCPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPRPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGY
               ..::: ::::.: ::::. :: ::::. :.:.   :.::   :  .::. : 
CCDS10 GGGGGGQQRAGDWKCPNPTCENMNFSWRNECNQCKAPKPDG--PGGGP-GGSHMGGNYGD
           420       430       440       450          460       470

         410        420       430       440       450       460    
pF1KE2 RGRGGRGG-DRGGYGGDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYG
         :::::: ::::: :   ::  :: :.. ::  :::.: : :   : : .  ::     
CCDS10 DRRGGRGGYDRGGYRG--RGGDRGGFRGGRGG--GDRGGFGPGKMDSRGEHRQDRRERPY
              480         490       500         510       520      

          470       480       490       500       510       520    
pF1KE2 GDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGG

>>CCDS54514.1 EWSR1 gene_id:2130|Hs108|chr22              (600 aa)
 initn: 927 init1: 474 opt: 1000  Z-score: 552.5  bits: 112.3 E(32554): 1.9e-24
Smith-Waterman score: 1262; 42.8% identity (60.8% similar) in 572 aa overlap (16-491:40-589)

                              10        20        30        40     
pF1KE2                MSDSGSYGQSGGEQQSYSTYGNPGSQGYGQASQSYSGYGQTT-DS
                                     ::.:::.: . .: :: :. . ::::.  .
CCDS54 SQAAAQQGYSAYTAQPTQGYAQTTQAYGQQSYGTYGQPTDVSYTQA-QTTATYGQTAYAT
      10        20        30        40        50         60        

           50              60        70                    80      
pF1KE2 SYGQNYSGYSS------YGQSQSGYSQSYGGYENQK------------QSSYSQQP-YNN
       ::::  .::..      :.:  .::.   :.:..              ::.:. :: :  
CCDS54 SYGQPPTGYTTPTAPQAYSQPVQGYGT--GAYDTTTATVTTTQASYAAQSAYGTQPAYPA
       70        80        90         100       110       120      

          90       100        110       120       130       140    
pF1KE2 QGQQQNMESSGSQGGRAP-SYDQPDYGQQDSYDQQSGYDQHQGSYDEQSNYDQQHD----
        :::    .  : ..  : :::: .:.::..: : :.: : :.:: .::.: ::      
CCDS54 YGQQPAATAPTSYSSTQPTSYDQSSYSQQNTYGQPSSYGQ-QSSYGQQSSYGQQPPTSYP
        130       140       150       160        170       180     

                  150       160          170            180        
pF1KE2 ----SYSQNQQSYHSQRENYSHHT---QDDRRDVSRYGEDNRGYGG-----SQGG----G
           ::::  ..: .:  .:....   ::   ... ::... :..:     :..:    :
CCDS54 PQTGSYSQAPSQYSQQSSSYGQQSSFRQDHPSSMGVYGQESGGFSGPGENRSMSGPDNRG
         190       200       210       220       230       240     

          190         200            210       220          230    
pF1KE2 RGRGGYDKDG--RGPMTGSSGG-----DRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESD---NSDNN
       :::::.:. :  ::   :. ::     .::::.. ::  : ::  :     :   .:::.
CCDS54 RGRGGFDRGGMSRGGRGGGRGGMGSAGERGGFNKPGGPMDEGPDLDLGPPVDPDEDSDNS
         250       260       270       280       290       300     

          240       250       260       270       280       290    
pF1KE2 TIFVQGLGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPP
       .:.::::...:. :....:::: :..: ::.::.:::..: ::.::::::.::::..:::
CCDS54 AIYVQGLNDSVTLDDLADFFKQCGVVKMNKRTGQPMIHIYLDKETGKPKGDATVSYEDPP
         310       320       330       340       350       360     

          300       310       320                             330  
pF1KE2 SAKAAIDWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEF--MRGG--------------------GSGG
       .::::..:::::.:.:. .:::.: ..: .  ::::                    :. :
CCDS54 TAKAAVEWFDGKDFQGSKLKVSLARKKPPMNSMRGGLPPREGRGMPPPLRGGPGGPGGPG
         370       380       390       400       410       420     

            340         350                    360       370       
pF1KE2 GRRGRGGYRG--RGGFQGRG-----GDP--------KSGDWVCPNPSCGNMNFARRNSCN
       :  :: : ::  ::::  ::     :.:        ..::: ::::.:::.::: :. ::
CCDS54 GPMGRMGGRGGDRGGFPPRGPRGSRGNPSGGGNVQHRAGDWQCPNPGCGNQNFAWRTECN
         430       440       450       460       470       480     

       380       390            400       410         420       430
pF1KE2 QCNEPRPEDSRPS-----GGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGG--DRGGYGGDRSGGGYGGD
       ::. :.::   :      :::   :: ::  :.:  :::::  :::: ::   ::  :::
CCDS54 QCKAPKPEGFLPPPFPPPGGD---RGRGGPGGMR--GGRGGLMDRGGPGGMFRGG-RGGD
         490       500          510         520       530          

              440       450       460       470       480          
pF1KE2 RSSGGGYSGDRSGGGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGG-D
       :   ::. :     : : ::  ::.:: : :: ::  :  .  .. ::  : ::: :  :
CCDS54 R---GGFRG-----GRGMDR--GGFGGGRRGGPGGPPGPLM--EQMGGRRGGRGGPGKMD
     540               550         560       570         580       

     490       500       510       520       530       540         
pF1KE2 RGGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGSGYGGDRSGGY
       .:                                                          
CCDS54 KGEHRQERRDRPY                                               
       590       600                                               

>>CCDS54513.1 EWSR1 gene_id:2130|Hs108|chr22              (655 aa)
 initn: 913 init1: 460 opt: 989  Z-score: 546.3  bits: 111.2 E(32554): 4.1e-24
Smith-Waterman score: 1213; 41.7% identity (61.1% similar) in 561 aa overlap (2-491:107-644)

                                             10         20         
pF1KE2                              MSDSGSYG-QSG-GEQQSYSTYGNPGSQGYG
                                     . ..::. ::. : : .: .:   :.:  .
CCDS54 YTTPTAPQAYSQPVQGYGTGAYDTTTATVTTTQASYAAQSAYGTQPAYPAY---GQQPAA
         80        90       100       110       120          130   

      30        40        50        60        70        80         
pF1KE2 QASQSYSGYGQTTDSSYGQNYSGYSSYGQSQSGYSQSYGGYENQKQSSYSQQPYNNQGQQ
        :    .  .. :..:  :. .:  .:.: . ::.::  .:  :  .:: .:: .   . 
CCDS54 TAPTRPQDGNKPTETSQPQSSTG--GYNQPSLGYGQSNYSYP-QVPGSYPMQPVTAPPSY
           140       150         160       170        180       190

      90       100       110       120       130       140         
pF1KE2 QNMESSGSQGGRAPSYDQPDYGQQDSYDQQSGYDQHQGSYDEQSNYDQQHD--------S
            :..:     :::: .:.::..: : :.: : :.:: .::.: ::          :
CCDS54 PPTSYSSTQ---PTSYDQSSYSQQNTYGQPSSYGQ-QSSYGQQSSYGQQPPTSYPPQTGS
                 200       210       220        230       240      

             150       160          170            180             
pF1KE2 YSQNQQSYHSQRENYSHHT---QDDRRDVSRYGEDNRGYGG-----SQGG----GRGRGG
       :::  ..: .:  .:....   ::   ... ::... :..:     :..:    ::::::
CCDS54 YSQAPSQYSQQSSSYGQQSSFRQDHPSSMGVYGQESGGFSGPGENRSMSGPDNRGRGRGG
        250       260       270       280       290       300      

     190         200           210       220          230       240
pF1KE2 YDKDG--RGPMTGSSGG----DRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESD---NSDNNTIFVQG
       .:. :  ::   :. ::    .::::.. ::  : ::  :     :   .:::..:.:::
CCDS54 FDRGGMSRGGRGGGRGGMGAGERGGFNKPGGPMDEGPDLDLGPPVDPDEDSDNSAIYVQG
        310       320       330       340       350       360      

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 LGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAI
       :...:. :....:::: :..: ::.::.:::..: ::.::::::.::::..:::.::::.
CCDS54 LNDSVTLDDLADFFKQCGVVKMNKRTGQPMIHIYLDKETGKPKGDATVSYEDPPTAKAAV
        370       380       390       400       410       420      

              310       320                             330        
pF1KE2 DWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEF--MRGG--------------------GSGGGRRGRG
       .:::::.:.:. .:::.: ..: .  ::::                    :. ::  :: 
CCDS54 EWFDGKDFQGSKLKVSLARKKPPMNSMRGGLPPREGRGMPPPLRGGPGGPGGPGGPMGRM
        430       440       450       460       470       480      

      340         350                    360       370       380   
pF1KE2 GYRG--RGGFQGRG-----GDP--------KSGDWVCPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPR
       : ::  ::::  ::     :.:        ..::: ::::.:::.::: :. ::::. :.
CCDS54 GGRGGDRGGFPPRGPRGSRGNPSGGGNVQHRAGDWQCPNPGCGNQNFAWRTECNQCKAPK
        490       500       510       520       530       540      

           390       400       410       420       430       440   
pF1KE2 PEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYGGDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSG
       ::   :    :   :     : ::::: :: ::: ::  . :: ::     :: .:::.:
CCDS54 PEGFLPP--PFPPPG-----GDRGRGGPGGMRGGRGGLMDRGGPGGMFR--GGRGGDRGG
        550              560       570       580         590       

             450       460       470       480        490       500
pF1KE2 --GGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGG-DRGGGYGGDRGG
         :: : ::  ::.:: : :: ::  :  .  .. ::  : ::: :  :.:         
CCDS54 FRGGRGMDR--GGFGGGRRGGPGGPPGPLM--EQMGGRRGGRGGPGKMDKGEHRQERRDR
       600         610       620         630       640       650   

              510       520       530       540       550       560
pF1KE2 YGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGSGYGGDRSGGYGGDRSGGGYGG
                                                                   
CCDS54 PY                                                          
                                                                   

>>CCDS13852.2 EWSR1 gene_id:2130|Hs108|chr22              (661 aa)
 initn: 913 init1: 460 opt: 989  Z-score: 546.3  bits: 111.2 E(32554): 4.2e-24
Smith-Waterman score: 1213; 41.7% identity (61.1% similar) in 561 aa overlap (2-491:113-650)

                                             10         20         
pF1KE2                              MSDSGSYG-QSG-GEQQSYSTYGNPGSQGYG
                                     . ..::. ::. : : .: .:   :.:  .
CCDS13 YTTPTAPQAYSQPVQGYGTGAYDTTTATVTTTQASYAAQSAYGTQPAYPAY---GQQPAA
             90       100       110       120       130            

      30        40        50        60        70        80         
pF1KE2 QASQSYSGYGQTTDSSYGQNYSGYSSYGQSQSGYSQSYGGYENQKQSSYSQQPYNNQGQQ
        :    .  .. :..:  :. .:  .:.: . ::.::  .:  :  .:: .:: .   . 
CCDS13 TAPTRPQDGNKPTETSQPQSSTG--GYNQPSLGYGQSNYSYP-QVPGSYPMQPVTAPPSY
     140       150       160         170        180       190      

      90       100       110       120       130       140         
pF1KE2 QNMESSGSQGGRAPSYDQPDYGQQDSYDQQSGYDQHQGSYDEQSNYDQQHD--------S
            :..:     :::: .:.::..: : :.: : :.:: .::.: ::          :
CCDS13 PPTSYSSTQ---PTSYDQSSYSQQNTYGQPSSYGQ-QSSYGQQSSYGQQPPTSYPPQTGS
        200          210       220        230       240       250  

             150       160          170            180             
pF1KE2 YSQNQQSYHSQRENYSHHT---QDDRRDVSRYGEDNRGYGG-----SQGG----GRGRGG
       :::  ..: .:  .:....   ::   ... ::... :..:     :..:    ::::::
CCDS13 YSQAPSQYSQQSSSYGQQSSFRQDHPSSMGVYGQESGGFSGPGENRSMSGPDNRGRGRGG
            260       270       280       290       300       310  

     190         200           210       220          230       240
pF1KE2 YDKDG--RGPMTGSSGG----DRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESD---NSDNNTIFVQG
       .:. :  ::   :. ::    .::::.. ::  : ::  :     :   .:::..:.:::
CCDS13 FDRGGMSRGGRGGGRGGMGAGERGGFNKPGGPMDEGPDLDLGPPVDPDEDSDNSAIYVQG
            320       330       340       350       360       370  

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 LGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAAI
       :...:. :....:::: :..: ::.::.:::..: ::.::::::.::::..:::.::::.
CCDS13 LNDSVTLDDLADFFKQCGVVKMNKRTGQPMIHIYLDKETGKPKGDATVSYEDPPTAKAAV
            380       390       400       410       420       430  

              310       320                             330        
pF1KE2 DWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEF--MRGG--------------------GSGGGRRGRG
       .:::::.:.:. .:::.: ..: .  ::::                    :. ::  :: 
CCDS13 EWFDGKDFQGSKLKVSLARKKPPMNSMRGGLPPREGRGMPPPLRGGPGGPGGPGGPMGRM
            440       450       460       470       480       490  

      340         350                    360       370       380   
pF1KE2 GYRG--RGGFQGRG-----GDP--------KSGDWVCPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEPR
       : ::  ::::  ::     :.:        ..::: ::::.:::.::: :. ::::. :.
CCDS13 GGRGGDRGGFPPRGPRGSRGNPSGGGNVQHRAGDWQCPNPGCGNQNFAWRTECNQCKAPK
            500       510       520       530       540       550  

           390       400       410       420       430       440   
pF1KE2 PEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYGGDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRSG
       ::   :    :   :     : ::::: :: ::: ::  . :: ::     :: .:::.:
CCDS13 PEGFLPP--PFPPPG-----GDRGRGGPGGMRGGRGGLMDRGGPGGMFR--GGRGGDRGG
              560            570       580       590         600   

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pF1KE2 --GGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGG-DRGGGYGGDRGG
         :: : ::  ::.:: : :: ::  :  .  .. ::  : ::: :  :.:         
CCDS13 FRGGRGMDR--GGFGGGRRGGPGGPPGPLM--EQMGGRRGGRGGPGKMDKGEHRQERRDR
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pF1KE2 YGGDRGGYGGDRGGYGGDRGGYGGDRSRGGYGGDRGGGSGYGGDRSGGYGGDRSGGGYGG
                                                                   
CCDS13 PY                                                          
     660                                                           

>>CCDS13851.1 EWSR1 gene_id:2130|Hs108|chr22              (656 aa)
 initn: 927 init1: 474 opt: 987  Z-score: 545.3  bits: 111.0 E(32554): 4.7e-24
Smith-Waterman score: 1211; 41.6% identity (61.0% similar) in 562 aa overlap (2-491:107-645)

                                             10         20         
pF1KE2                              MSDSGSYG-QSG-GEQQSYSTYGNPGSQGYG
                                     . ..::. ::. : : .: .:   :.:  .
CCDS13 YTTPTAPQAYSQPVQGYGTGAYDTTTATVTTTQASYAAQSAYGTQPAYPAY---GQQPAA
         80        90       100       110       120          130   

      30        40        50        60        70        80         
pF1KE2 QASQSYSGYGQTTDSSYGQNYSGYSSYGQSQSGYSQSYGGYENQKQSSYSQQPYNNQGQQ
        :    .  .. :..:  :. .:  .:.: . ::.::  .:  :  .:: .:: .   . 
CCDS13 TAPTRPQDGNKPTETSQPQSSTG--GYNQPSLGYGQSNYSYP-QVPGSYPMQPVTAPPSY
           140       150         160       170        180       190

      90       100       110       120       130       140         
pF1KE2 QNMESSGSQGGRAPSYDQPDYGQQDSYDQQSGYDQHQGSYDEQSNYDQQHD--------S
            :..:     :::: .:.::..: : :.: : :.:: .::.: ::          :
CCDS13 PPTSYSSTQ---PTSYDQSSYSQQNTYGQPSSYGQ-QSSYGQQSSYGQQPPTSYPPQTGS
                 200       210       220        230       240      

             150       160          170            180             
pF1KE2 YSQNQQSYHSQRENYSHHT---QDDRRDVSRYGEDNRGYGG-----SQGG----GRGRGG
       :::  ..: .:  .:....   ::   ... ::... :..:     :..:    ::::::
CCDS13 YSQAPSQYSQQSSSYGQQSSFRQDHPSSMGVYGQESGGFSGPGENRSMSGPDNRGRGRGG
        250       260       270       280       290       300      

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pF1KE2 YDKDG--RGPMTGSSGG-----DRGGFKNFGGHRDYGPRTDADSESD---NSDNNTIFVQ
       .:. :  ::   :. ::     .::::.. ::  : ::  :     :   .:::..:.::
CCDS13 FDRGGMSRGGRGGGRGGMGSAGERGGFNKPGGPMDEGPDLDLGPPVDPDEDSDNSAIYVQ
        310       320       330       340       350       360      

     240       250       260       270       280       290         
pF1KE2 GLGEGVSTDQVGEFFKQIGIIKTNKKTGKPMINLYTDKDTGKPKGEATVSFDDPPSAKAA
       ::...:. :....:::: :..: ::.::.:::..: ::.::::::.::::..:::.::::
CCDS13 GLNDSVTLDDLADFFKQCGVVKMNKRTGQPMIHIYLDKETGKPKGDATVSYEDPPTAKAA
        370       380       390       400       410       420      

     300       310       320                             330       
pF1KE2 IDWFDGKEFHGNIIKVSFATRRPEF--MRGG--------------------GSGGGRRGR
       ..:::::.:.:. .:::.: ..: .  ::::                    :. ::  ::
CCDS13 VEWFDGKDFQGSKLKVSLARKKPPMNSMRGGLPPREGRGMPPPLRGGPGGPGGPGGPMGR
        430       440       450       460       470       480      

       340         350                    360       370       380  
pF1KE2 GGYRG--RGGFQGRG-----GDP--------KSGDWVCPNPSCGNMNFARRNSCNQCNEP
        : ::  ::::  ::     :.:        ..::: ::::.:::.::: :. ::::. :
CCDS13 MGGRGGDRGGFPPRGPRGSRGNPSGGGNVQHRAGDWQCPNPGCGNQNFAWRTECNQCKAP
        490       500       510       520       530       540      

            390       400       410       420       430       440  
pF1KE2 RPEDSRPSGGDFRGRGYGGERGYRGRGGRGGDRGGYGGDRSGGGYGGDRSSGGGYSGDRS
       .::   :    :   :     : ::::: :: ::: ::  . :: ::     :: .:::.
CCDS13 KPEGFLPP--PFPPPG-----GDRGRGGPGGMRGGRGGLMDRGGPGGMFR--GGRGGDRG
        550         560            570       580         590       

              450       460       470       480        490         
pF1KE2 G--GGYGGDRSGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGGYGGDRGGYGG-DRGGGYGGDRG
       :  :: : ::  ::.:: : :: ::  :  .  .. ::  : ::: :  :.:        
CCDS13 GFRGGRGMDR--GGFGGGRRGGPGGPPGPLM--EQMGGRRGGRGGPGKMDKGEHRQERRD
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CCDS13 RPY                                                         
                                                                   




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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