FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE3496, 1970 aa
  1>>>pF1KE3496     1970 - 1970 aa - 1970 aa
Library: human.CCDS.faa
  18921897 residues in 33420 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 16.2353+/-0.00174; mu= -21.3961+/- 0.105
 mean_var=960.0840+/-202.256, 0's: 0 Z-trim(110.4): 199  B-trim: 0 in 0/55
 Lambda= 0.041392
 statistics sampled from 11597 (11727) to 11597 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.638), E-opt: 0.2 (0.351), width:  16
 Scan time:  3.150

The best scores are:                                      opt bits E(33420)
CCDS7354.1 POLR3A gene_id:11128|Hs109|chr10        (1390) 1364 99.4 1.1e-19


>>CCDS7354.1 POLR3A gene_id:11128|Hs109|chr10             (1390 aa)
 initn: 2203 init1: 656 opt: 1364  Z-score: 467.4  bits: 99.4 E(33420): 1.1e-19
Smith-Waterman score: 2501; 34.5% identity (62.0% similar) in 1493 aa overlap (16-1479:13-1368)

               10        20        30        40          50        
pF1KE3 MHGGGPPSGDSACPLRTIKRVQFGVLSPDELKRMSVTEGGIK--YPETTEGGRPKLGGLM
                      . :... ::. ::.:.....  .   :  : . .. . : : :..
CCDS73    MVKEQFRETDVAKKISHICFGMKSPEEMRQQAHIQVVSKNLYSQDNQHA-PLLYGVL
                  10        20        30        40         50      

       60        70        80        90       100       110        
pF1KE3 DPRQGVIERTGRCQTCAGNMTECPGHFGHIELAKPVFHVGFLVKTMKVLRCVCFFCSKLL
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CCDS73 DHRMGTSEKDRPCETCGKNLADCLGHYGYIDLELPCFHVGYFRAVIGILQMICKTCCHIM
         60        70        80        90       100       110      

      120        130           140       150       160       170   
pF1KE3 VDSNNPK-IKDILAKSKG----QPKKRLTHVYDLCKGKNICEGGEEMDNKFGVEQPEGDE
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CCDS73 LSQEEKKQFLDYL-KRPGLTYLQKRGLKKKISDKCRKKNICHHCGAFN---GTVKKCGLL
        120        130       140       150       160          170  

           180       190             200       210       220       
pF1KE3 DLTKEKGHGGCGRYQPRIR------RSGLELYAEWKHVNEDSQEKKILLSPERVHEIFKR
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CCDS73 KIIHEKYKTNKKVVDPIVSNFLQSFETAIEHNKEVEPLLGRAQEN---LNPLVVLNLFKR
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       230       240       250       260        270       280      
pF1KE3 ISDEECFVLGMEPRYARPEWMIVTVLPVPPLSVRPAVVMQ-GSARNQDDLTHKLADIVKI
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CCDS73 IPAEDVPLLLMNPEAGKPSDLILTRLLVPPLCIRPSVVSDLKSGTNEDDLTMKLTEIIFL
     230       240       250       260       270       280         

        290       300       310       320       330       340      
pF1KE3 NNQLRRNEQNGAAAHVIAEDVKLLQFHVATMVDNELPGLPRAMQKSGRPLKSLKQRLKGK
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CCDS73 NDVIKKHRISGAKTQMIMEDWDFLQLQCALYINSELSGIPLNMAPK-KWTRGFVQRLKGK
     290       300       310       320       330        340        

        350       360       370       380       390       400      
pF1KE3 EGRVRGNLMGKRVDFSARTVITPDPNLSIDQVGVPRSIAANMTFAEIVTPFNIDRLQELV
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CCDS73 QGRFRGNLSGKRVDFSGRTVISPDPNLRIDEVAVPVHVAKILTFPEKVNKANINFLRKLV
      350       360       370       380       390       400        

        410       420        430        440       450       460    
pF1KE3 RRGNSQYPGAKYII-RDNGDRIDLRFHPKPS-DLHLQTGYKVERHMCDGDIVIFNRQPTL
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CCDS73 QNGPEVHPGANFIQQRHTQMKRFLKYGNREKMAQELKYGDIVERHLIDGDVVLFNRQPSL
      410       420       430       440       450       460        

          470       480       490       500       510       520    
pF1KE3 HKMSMMGHRVRILPWSTFRLNLSVTTPYNADFDGDEMNLHLPQSLETRAEIQELAMVPRM
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CCDS73 HKLSIMAHLARVKPHRTFRFNECVCTPYNADFDGDEMNLHLPQTEEAKAEALVLMGTKAN
      470       480       490       500       510       520        

          530       540       550       560        570             
pF1KE3 IVTPQSNRPVMGIVQDTLTAVRKFTKRDVFLERGEVMNLLM-FLSTWDGKV----PQPAI
       .:::....:... .:: ::..  .: .:.:..:... ...  .:   : :.    : :.:
CCDS73 LVTPRNGEPLIAAIQDFLTGAYLLTLKDTFFDRAKACQIIASILVGKDEKIKVRLPPPTI
      530       540       550       560       570       580        

     580       590        600       610       620       630        
pF1KE3 LKPRPLWTGKQIFSLII-PGHINCIRTHSTHPDDEDSGPYKHISPGDTKVVVENGELIMG
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CCDS73 LKPVTLWTGKQIFSVILRPSDDNPVRANLRTKGKQYCGKGEDLCANDSYVTIQNSELMSG
      590       600       610       620       630       640        

      640        650       660       670       680       690       
pF1KE3 ILCKKSLGT-SAGSLVHISYLEMGHDITRLFYSNIQTVINNWLLIEGHTIGIGDSIADSK
        . : .::. : ... .:   . :.. .   .: .  .   .:  .: .:::::    . 
CCDS73 SMDKGTLGSGSKNNIFYILLRDWGQNEAADAMSRLARLAPVYLSNRGFSIGIGDVTPGQG
      650       660       670       680       690       700        

       700       710       720       730       740       750       
pF1KE3 TYQDIQNTIKKAKQDVIEVIEKAHNNELEPTPGNTLRQTFENQVNRILNDARDKTGSSAQ
         .   . .. . .   : ::  ....:.  :: : ..:.:  . . :.  ::..::.  
CCDS73 LLKAKYELLNAGYKKCDEYIEALNTGKLQQQPGCTAEETLEALILKELSVIRDHAGSACL
      710       720       730       740       750       760        

       760       770       780       790       800       810       
pF1KE3 KSLSEYNNFKSMVVSGAKGSKINISQVIAVVGQQNVEGKRIPFGFKHRTLPHFIKDDYGP
       . :.. :.  .:.. :.::: :::::.:: :::: . :.:.: ::..:.:::: : .  :
CCDS73 RELDKSNSPLTMALCGSKGSFINISQMIACVGQQAISGSRVPDGFENRSLPHFEKHSKLP
      770       780       790       800       810       820        

       820       830       840       850       860       870       
pF1KE3 ESRGFVENSYLAGLTPTEFFFHAMGGREGLIDTAVKTAETGYIQRRLIKSMESVMVKYDA
        ..::: ::. .::::::::::.:.:::::.:::::::::::.::::.::.:..  .:: 
CCDS73 AAKGFVANSFYSGLTPTEFFFHTMAGREGLVDTAVKTAETGYMQRRLVKSLEDLCSQYDL
      830       840       850       860       870       880        

       880       890       900       910       920       930       
pF1KE3 TVRNSINQVVQLRYGEDGLAGESVEFQNLATLKPSNKAFEKKFRFDYTNERALRRTLQED
       :::.: ....:. :: :::              :.  :.: :               .: 
CCDS73 TVRSSTGDIIQFIYGGDGL-------------DPA--AMEGK---------------DEP
      890       900                    910                         

       940       950       960       970       980       990       
pF1KE3 LVKDVLSNAHIQNELEREFERMREDREVLRVIFPTGDSKVVLPCNLLRMIWNAQKIFHIN
       :                ::.:. ..   ....::   :. .:  :  ..: ....:.. .
CCDS73 L----------------EFKRVLDN---IKAVFPC-PSEPALSKN--ELILTTESIMKKS
                      920          930        940         950      

      1000          1010      1020      1030      1040      1050   
pF1KE3 PRL---PSDLHPIK-VVEGVKELSKKLVIVNGDDPLSRQAQENATLLFNIHLRSTLCSRR
         :    : :. ::  ..::.:  ::          .:.        ..:.  .:   : 
CCDS73 EFLCCQDSFLQEIKKFIKGVSEKIKK----------TRDK-------YGINDNGTTEPRV
        960       970       980                        990         

          1060      1070      1080      1090      1100      1110   
pF1KE3 MAEEFRLSGEAFDWLLGEIESKFNQAIAHPGEMVGALAAQSLGEPATQMTLNTFHYAGVS
       . .  :..    . .:   ..:. .:  .::  :::: :::.:::.:::::.:::.:::.
CCDS73 LYQLDRITPTQVEKFLETCRDKYMRAQMEPGSAVGALCAQSIGEPGTQMTLKTFHFAGVA
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pF1KE3 AKNVTLGVPRLKELINISKKPKTPSLTVFLLGQSARDAERAKDILCRLEHTTLRKVTANT
       . :.::::::.::.:: ::  .:: .:. :  ..  ::. :. .  :.:.: : ...   
CCDS73 SMNITLGVPRIKEIINASKAISTPIITAQL--DKDDDADYARLVKGRIEKTLLGEIS---
    1060      1070      1080        1090      1100      1110       

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pF1KE3 AIYYDPNPQSTVVAEDQEWVNVYYEMPD--FDVARISPWLLRVELDRKHMTDRKLTMEQI
                        :...  . .::  : ....:  : :..: : ... . . .   
CCDS73 -----------------EYIEEVF-LPDDCFILVKLS--LERIRLLRLEVNAETVRYSIC
                          1120       1130        1140      1150    

            1240      1250      1260      1270      1280      1290 
pF1KE3 AEKINAGFGDDLNCIFNDDNAEKLVLRIRIMNSDENKMQEEEEVVDKMDDDVFLRCIESN
       . :. .  ::         ..: .:     ..  ::. .    :.. . .:         
CCDS73 TSKLRVKPGDVAV------HGEAVVC----VTPRENSKSSMYYVLQFLKED---------
         1160            1170          1180      1190              

            1300      1310      1320      1330      1340      1350 
pF1KE3 MLTDMTLQGIEQISKVYMHLPQTDNKKKIIITEDGEFKALQEWILETDGVSLMRVLSEKD
        :  ...::: ..:.. .:. . ..:.:        .: : :      : .:  :.. . 
CCDS73 -LPKVVVQGIPEVSRAVIHIDEQSGKEK--------YKLLVE------GDNLRAVMATHG
         1200      1210      1220                    1230      1240

            1360      1370      1380      1390      1400      1410 
pF1KE3 VDPVRTTSNDIVEIFTVLGIEAVRKALERELYHVISFDGSYVNYRHLALLCDTMTCRGHL
       :  .:::::.  :.  .:::::.: ..  :. ...   :  .. ::. :: : :: .:..
CCDS73 VKGTRTTSNNTYEVEKTLGIEAARTTIINEIQYTMVNHGMSIDRRHVMLLSDLMTYKGEV
             1250      1260      1270      1280      1290      1300

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pF1KE3 MAITRHGVNRQDTGPLMKCSFEETVDVLMEAAAHGESDPMKGVSENIMLGQLAPAGTGCF
       ..::: :. ..  . ::  :::.:.: :..::  :..: . :::: :..:     ::: :
CCDS73 LGITRFGLAKMKESVLMLASFEKTADHLFDAAYFGQKDSVCGVSECIIMGIPMNIGTGLF
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pF1KE3 DLLLDAEKCKYGMEIPTNIPGLGAAGPTGMFFGSAPSPMGGISPAMTPWNQGATPAYGAW
        ::  :..                                                    
CCDS73 KLLHKADRDPNPPKRPLIFDTNEFHIPLVT                              
             1370      1380      1390                              




1970 residues in 1 query   sequences
18921897 residues in 33420 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]