FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2542, 901 aa 1>>>pF1KE2542 901 - 901 aa - 901 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0290+/-0.000453; mu= 17.0135+/- 0.028 mean_var=82.3535+/-17.301, 0's: 0 Z-trim(111.1): 409 B-trim: 499 in 1/53 Lambda= 0.141330 statistics sampled from 19130 (19567) to 19130 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.578), E-opt: 0.2 (0.229), width: 16 Scan time: 10.180 The best scores are: opt bits E(85289) NP_077740 (OMIM: 125645,610476) desmocollin-2 isof ( 901) 6001 1234.3 0 NP_004940 (OMIM: 125645,610476) desmocollin-2 isof ( 847) 5549 1142.2 0 XP_005258263 (OMIM: 125645,610476) PREDICTED: desm ( 758) 5078 1046.1 0 NP_001932 (OMIM: 600271) desmocollin-3 isoform Dsc ( 896) 4123 851.4 0 NP_077741 (OMIM: 600271) desmocollin-3 isoform Dsc ( 839) 3775 780.4 0 NP_077739 (OMIM: 125643) desmocollin-1 isoform Dsc ( 894) 3204 664.0 8.8e-190 NP_004939 (OMIM: 125643) desmocollin-1 isoform Dsc ( 840) 2830 587.8 7.5e-167 XP_011524090 (OMIM: 114020) PREDICTED: cadherin-2 ( 821) 1344 284.8 1.2e-75 XP_016881003 (OMIM: 114020) PREDICTED: cadherin-2 ( 848) 1344 284.8 1.2e-75 NP_001295105 (OMIM: 114020) cadherin-2 isoform 2 [ ( 875) 1344 284.8 1.3e-75 NP_001783 (OMIM: 114020) cadherin-2 isoform 1 prep ( 906) 1344 284.8 1.3e-75 NP_001239268 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 3 [ ( 842) 1246 264.8 1.3e-69 NP_001239267 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 2 [ ( 879) 1246 264.8 1.3e-69 NP_001785 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 1 prep ( 916) 1246 264.8 1.4e-69 NP_004924 (OMIM: 114019,612580) cadherin-15 prepro ( 814) 1230 261.5 1.2e-68 NP_004351 (OMIM: 114480,137215,167000,176807,19209 ( 882) 1213 258.1 1.4e-67 NP_001304125 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin ( 774) 1201 255.6 6.8e-67 NP_001304124 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin ( 784) 1201 255.6 6.8e-67 XP_011521102 (OMIM: 114021,225280,601553) PREDICTE ( 808) 1201 255.6 7e-67 NP_001784 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin-3 ( 829) 1201 255.6 7.2e-67 NP_001248 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 1 pre ( 713) 1136 242.3 6.2e-63 NP_001207417 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 2 ( 760) 1132 241.5 1.1e-62 XP_011521106 (OMIM: 601364) PREDICTED: cadherin-13 ( 612) 1114 237.8 1.2e-61 NP_001207418 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 3 ( 674) 1092 233.3 3e-60 NP_817123 (OMIM: 607892,607903) desmoglein-4 isofo (1040) 1081 231.2 2e-59 NP_001127925 (OMIM: 607892,607903) desmoglein-4 is (1059) 1081 231.2 2.1e-59 NP_001934 (OMIM: 125671,610193,612877) desmoglein- (1118) 1074 229.8 5.8e-59 XP_011524152 (OMIM: 169615) PREDICTED: desmoglein- ( 998) 1000 214.7 1.8e-54 NP_001935 (OMIM: 169615) desmoglein-3 preproprotei ( 999) 1000 214.7 1.8e-54 XP_011521790 (OMIM: 114480,137215,167000,176807,19 ( 637) 956 205.6 6.3e-52 XP_011521791 (OMIM: 114480,137215,167000,176807,19 ( 637) 956 205.6 6.3e-52 XP_016881012 (OMIM: 605806) PREDICTED: cadherin-7 ( 785) 936 201.6 1.3e-50 NP_004352 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 1 prep ( 785) 936 201.6 1.3e-50 NP_387450 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 1 prep ( 785) 936 201.6 1.3e-50 NP_001304143 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 2 p ( 630) 909 196.0 4.8e-49 NP_001207419 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 4 ( 459) 902 194.5 9.8e-49 NP_004925 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 1 pre ( 790) 897 193.6 3.1e-48 XP_006714498 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 897 193.6 3.1e-48 XP_016864419 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 897 193.6 3.1e-48 XP_016864415 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 897 193.6 3.1e-48 XP_016864420 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 897 193.6 3.1e-48 NP_001278885 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 1 ( 790) 897 193.6 3.1e-48 XP_016864414 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 897 193.6 3.1e-48 XP_005248285 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 897 193.6 3.1e-48 XP_016864418 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 897 193.6 3.1e-48 XP_016864416 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 897 193.6 3.1e-48 XP_016864421 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 897 193.6 3.1e-48 XP_016864417 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 897 193.6 3.1e-48 XP_016864413 (OMIM: 603019) PREDICTED: cadherin-18 ( 790) 897 193.6 3.1e-48 NP_114097 (OMIM: 605807) cadherin-20 preproprotein ( 801) 856 185.3 1e-45 >>NP_077740 (OMIM: 125645,610476) desmocollin-2 isoform (901 aa) initn: 6001 init1: 6001 opt: 6001 Z-score: 6610.3 bits: 1234.3 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 6001; 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NP_077 MALASAAPGSIFCKQLLFSLLVLTLLCDACQKVYLRVPSHLQAETLVGKVNLEECLKS 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE2 ANLIHSSDPDFQILEDGSVYTTNTILLSSEKRSFTILLSNTENQEKKKIFVFLE-HQTKV :.::.:::: :.::::::.:::. ..::::..::.:.::. . .:...: : : ...: NP_077 ASLIRSSDPAFRILEDGSIYTTHDLILSSERKSFSIFLSDGQRREQQEIKVVLSARENKS 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 LKKRHTKEKVLRRAKRRWAPIPCSMLENSLGPFPLFLQQVQSDTAQNYTIYYSIRGPGVD ::::::. .:.:.:::::::: :..:::::::: .::.:::.::::::.::: ::::: NP_077 PKKRHTKDTALKRSKRRWAPIPASLMENSLGPFPQHVQQIQSDAAQNYTIFYSISGPGVD 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 QEPRNLFYVERDTGNLYCTRPVDREQYESFEIIAFATTPDGYTPELPLPLIIKIEDENDN .:: ::::.:.:::...::: .:::.::.: . ..::: :::.:: ::::::::::.::: NP_077 KEPFNLFYIEKDTGDIFCTRSIDREKYEQFALYGYATTADGYAPEYPLPLIIKIEDDNDN 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 YPIFTEETYTFTIFENCRVGTTVGQVCATDKDEPDTMHTRLKYSIIGQVPPSPTLFSMHP : : ... ::. :::: ::.::.: ::: :::::.::::::.:. :.: : ::.:: NP_077 APYFEHRVTIFTVPENCRSGTSVGKVTATDLDEPDTLHTRLKYKILQQIPDHPKHFSIHP 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 TTGVITTTSSQLDRELIDKYQLKIKVQDMDGQYFGLQTTSTCIINIDDVNDHLPTFTRTS :::::::. :::: : ::: ..:.:: :: ::: .:.: :...: ::. :.::.:: NP_077 DTGVITTTTPFLDREKCDTYQLIMEVRDMGGQPFGLFNTGTITISLEDENDNPPSFTETS 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 YVTSVEENTVDVEILRVTVEDKDLVNTANWRANYTILKGNENGNFKIVTDAKTNEGVLCV ::: :::: .::::::. :.:.:: :: . .: : ::.::::::: : :: .:::::::: NP_077 YVTEVEENRIDVEILRMKVQDQDLPNTPHSKAVYKILQGNENGNFIISTDPNTNEGVLCV 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 VKPLNYEEKQQMILQIGVVNEAPFSREASPRS-AMSTATVTVNVEDQDEGPECNPPIQTV ::::::: ..:.:::.::.::: ::. :: .. .: :.::::.. :.::::::.::.... 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NP_077 PDGPENGPPFQFFLDNSAS---KNWNIEEKDGKTAILRQRQNLDYNYYSVPIQIKDRHGL 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 pF1KE2 SSVTSLDVTLCDCITENDCTHR-VDPRIGGGGVQLGKWAILAILLGIALLFCILFTLVCG .. : : .::: : ..: . . : .: ::.:::::..:: .::.::::: : NP_077 VATHMLTVRVCDCSTPSECRMKDKSTRDVRPNVILGRWAILAMVLGSVLLLCILFTCFC- 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 pF1KE2 ASGTSKQPKVIPDDLAQQNLIVSNTEAPGDDKVYSAN---GFTTQTVGASAQGVCGTVGS ... : .:.:.:::::::::::.::.. : :: . :... ....: ::::. 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