FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3460, 1354 aa 1>>>pF1KE3460 1354 - 1354 aa - 1354 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 22.8713+/-0.000773; mu= -61.8412+/- 0.048 mean_var=1295.5134+/-269.120, 0's: 0 Z-trim(115.7): 1426 B-trim: 0 in 0/57 Lambda= 0.035633 statistics sampled from 24837 (26293) to 24837 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.61), E-opt: 0.2 (0.308), width: 16 Scan time: 16.630 The best scores are: opt bits E(85289) NP_005397 (OMIM: 601702) rho-associated protein ki (1354) 8819 471.4 1.9e-131 XP_011524439 (OMIM: 601702) PREDICTED: rho-associa ( 891) 5700 310.9 2.6e-83 NP_004841 (OMIM: 604002) rho-associated protein ki (1388) 4178 232.8 1.3e-59 XP_016860867 (OMIM: 604002) PREDICTED: rho-associa (1404) 4178 232.8 1.3e-59 XP_005246247 (OMIM: 604002) PREDICTED: rho-associa (1417) 4178 232.8 1.3e-59 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1290 1300 1310 1320 pF1KE3 CRRCHVKCHRDHLDKKEDLICPCKVSYDVTSARDMLLLACSQDEQKKWVTHLVKKIPKNP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_005 CRRCHVKCHRDHLDKKEDLICPCKVSYDVTSARDMLLLACSQDEQKKWVTHLVKKIPKNP 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 pF1KE3 PSGFVRASPRTLSTRSTANQSFRKVVKNTSGKTS :::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_005 PSGFVRASPRTLSTRSTANQSFRKVVKNTSGKTS 1330 1340 1350 >>XP_011524439 (OMIM: 601702) PREDICTED: rho-associated (891 aa) initn: 5700 init1: 5700 opt: 5700 Z-score: 1616.8 bits: 310.9 E(85289): 2.6e-83 Smith-Waterman score: 5700; 100.0% identity (100.0% similar) in 891 aa overlap (464-1354:1-891) 440 450 460 470 480 490 pF1KE3 KLEEQLHNEMQLKDEMEQKCRTSNIKLDKIMKELDEEGNQRRNLESTVSQIEKEKMLLQH :::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 MKELDEEGNQRRNLESTVSQIEKEKMLLQH 10 20 30 500 510 520 530 540 550 pF1KE3 RINEYQRKAEQENEKRRNVENEVSTLKDQLEDLKKVSQNSQLANEKLSQLQKQLEEANDL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 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:.::::::.:::::::::::::::::::...::::: NP_004 ALRKNKNIDNFLNRYEKIVKKIRGLQMKAEDYDVVKVIGRGAFGEVQLVRHKASQKVYAM 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 KLLSKFEMIKRSDSAFFWEERDIMAFANSPWVVQLFYAFQDDRYLYMVMEYMPGGDLVNL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_004 KLLSKFEMIKRSDSAFFWEERDIMAFANSPWVVQLFYAFQDDRYLYMVMEYMPGGDLVNL 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 MSNYDVPEKWARFYTAEVVLALDAIHSMGFIHRDVKPDNMLLDKSGHLKLADFGTCMKMN :::::::::::.:::::::::::::::::.:::::::::::::: ::::::::::::::. 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XP_005 NLEKQNAELRKERQDADGQMKELQDQLEAEQYFSTLYKTQVRELKEECEEKTKLGKELQQ 840 850 860 870 880 890 880 890 900 910 920 pF1KE3 KIQELQNEKETLATQLDLAETKAESEQLARGLLEEQYFELTQES-------KKAASRNRQ : ::::.:...::.::... :::.::::::.. :::: .: .:. :. .:..: XP_005 KKQELQDERDSLAAQLEITLTKADSEQLARSIAEEQYSDLEKEKIMKELEIKEMMARHKQ 900 910 920 930 940 950 930 940 950 960 970 980 pF1KE3 EITDKDHTVSRLEEANSMLTKDIEILRRENEELTEKMKKAEEEYKLEKEEEISN--LKAA :.:.:: :.. :::.: ::.:. : :.:::..:.: ..:. . :.:::: .:: XP_005 ELTEKDATIASLEETNRTLTSDVANLANEKEELNNKLKDVQEQLSRLKDEEISAAAIKAQ 960 970 980 990 1000 1010 990 1000 1010 1020 1030 1040 pF1KE3 FEKNINTERTLKTQAVNKLAEIMNRKDFKIDRKKANTQDLRKKEKENRKLQLELNQEREK :::.. ::::::::::::::::::::. :..: :.:.::::::::..::..:::: XP_005 FEKQLLTERTLKTQAVNKLAEIMNRKE---PVKRGNDTDVRRKEKENRKLHMELKSEREK 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1050 1060 1070 1080 1090 1100 pF1KE3 FNQMVVKHQKELNDMQAQLVEECAHRNELQMQLASKESDIEQLRAKLLDLS---DSTSVA ..:...:.:::::.::::..:: : :::: : ::.:::::::..: : ::.:.. XP_005 LTQQMIKYQKELNEMQAQIAEESQIRIELQMTLDSKDSDIEQLRSQLQALHIGLDSSSIG 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1110 1120 1130 1140 1150 1160 pF1KE3 SFPSADETDGNLPESRIEGWLSVPNRGNIKRYGWKKQYVVVSSKKILFYNDEQDKEQSNP : :. :.: ..::::.:::::.: :.: :..:: :.::.:::::::::..::::::::: XP_005 SGPGDAEADDGFPESRLEGWLSLPVRNNTKKFGWVKKYVIVSSKKILFYDSEQDKEQSNP 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1170 1180 1190 1200 1210 1220 pF1KE3 SMVLDIDKLFHVRPVTQGDVYRAETEEIPKIFQILYANEGECRKDVE--MEPVQQAEKTN :::::::::::::::: :::::...:::.::::::::::: .:. : .::: .::.: XP_005 YMVLDIDKLFHVRPVTQTDVYRADAKEIPRIFQILYANEGESKKEQEFPVEPV--GEKSN 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1230 1240 1250 1260 1270 1280 pF1KE3 FQNHKGHEFIPTLYHFPANCDACAKPLWHVFKPPPALECRRCHVKCHRDHLDKKEDLICP . ::::::::::::::.::.:: :::::.:::::::::::::.:::.::.::::..: : XP_005 YICHKGHEFIPTLYHFPTNCEACMKPLWHMFKPPPALECRRCHIKCHKDHMDKKEEIIAP 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1290 1300 1310 1320 1330 1340 pF1KE3 CKVSYDVTSARDMLLLACSQDEQKKWVTHLVKKIPKNPPSG--FVRASPRTLSTRSTANQ ::: ::...:...:::: : .::.:::..:::::::.::. :.:.:::: : . :: XP_005 CKVYYDISTAKNLLLLANSTEEQQKWVSRLVKKIPKKPPAPDPFARSSPRT-SMKIQQNQ 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1350 pF1KE3 SFRKVVKNTSGKTS :.:. 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NP_001 RLEKTAKELEEEITLRKSVESALRQLEREKALLQHKNAEYQRKADHEADKKRNLENDVNS 390 400 410 420 430 440 520 530 540 550 560 570 pF1KE3 LKDQLEDLKKVSQNSQLANEKLSQLQKQLEEANDLLRTESDTAVRLRKSHTEMSKSISQL :::::::::: .::::...::..:::.::.:.: :::::::::.::::...: ::.:.:: NP_001 LKDQLEDLKKRNQNSQISTEKVNQLQRQLDETNALLRTESDTAARLRKTQAESSKQIQQL 450 460 470 480 490 500 580 590 600 610 620 630 pF1KE3 ESLNRELQERNRILENSKSQTDKDYYQLQAILEAERRDRGHDSEMIGDLQARITSLQEEV :: ::.::..: .::..: . .:.. .::. ::.::::: : ::.:.:::.:: .:.:.. NP_001 ESNNRDLQDKNCLLETAKLKLEKEFINLQSALESERRDRTHGSEIINDLQGRICGLEEDL 510 520 530 540 550 560 640 650 660 670 680 690 pF1KE3 KHLKHNLEKVEGERKEAQDMLNHSEKEKNNLEIDLNYKLKSLQQRLEQEVNEHKVTKARL :. : : ::: :... :. .. ::::.:.:::..:.:: .:: :::: :::.::::: NP_001 KNGKILLAKVELEKRQLQERFTDLEKEKSNMEIDMTYQLKVIQQSLEQEEAEHKATKARL 570 580 590 600 610 620 700 710 720 730 740 750 pF1KE3 TDK---HQSIEEAKSVAMCEMEKKLKEEREAREKAENRVVQIEKQCSMLDVDLKQSQQKL .:: ..::::::: :: :::::: ::: ..:.:: ... ::.::.:: ::::::::. 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XP_016 RLEKTAKELEEEITLRKSVESALRQLEREKALLQHKNAEYQRKADHEADKKRNLENDVNS 390 400 410 420 430 440 520 530 540 550 560 570 pF1KE3 LKDQLEDLKKVSQNSQLANEKLSQLQKQLEEANDLLRTESDTAVRLRKSHTEMSKSISQL :::::::::: .::::...::..:::.::.:.: :::::::::.::::...: ::.:.:: XP_016 LKDQLEDLKKRNQNSQISTEKVNQLQRQLDETNALLRTESDTAARLRKTQAESSKQIQQL 450 460 470 480 490 500 580 590 600 610 620 630 pF1KE3 ESLNRELQERNRILENSKSQTDKDYYQLQAILEAERRDRGHDSEMIGDLQARITSLQEEV :: ::.::..: .::..: . .:.. .::. ::.::::: : ::.:.:::.:: .:.:.. XP_016 ESNNRDLQDKNCLLETAKLKLEKEFINLQSALESERRDRTHGSEIINDLQGRICGLEEDL 510 520 530 540 550 560 640 650 660 670 680 690 pF1KE3 KHLKHNLEKVEGERKEAQDMLNHSEKEKNNLEIDLNYKLKSLQQRLEQEVNEHKVTKARL :. : : ::: :... :. .. ::::.:.:::..:.:: .:: :::: :::.::::: XP_016 KNGKILLAKVELEKRQLQERFTDLEKEKSNMEIDMTYQLKVIQQSLEQEEAEHKATKARL 570 580 590 600 610 620 700 710 720 730 740 750 pF1KE3 TDK---HQSIEEAKSVAMCEMEKKLKEEREAREKAENRVVQIEKQCSMLDVDLKQSQQKL .:: ..::::::: :: :::::: ::: ..:.:: ... ::.::.:: ::::::::. XP_016 ADKNKIYESIEEAKSEAMKEMEKKLLEERTLKQKVENLLLEAEKRCSLLDCDLKQSQQKI 630 640 650 660 670 680 760 770 780 790 800 810 pF1KE3 EHLTGNKERMEDEVKNLTLQLEQESNKRLLLQNELKTQAFEADNLKGLEKQMKQEINTLL ..: .:. ....:.::::..:::..:: : ::.:: :. ....:: :::.::: : :. XP_016 NELLKQKDVLNEDVRNLTLKIEQETQKRCLTQNDLKMQTQQVNTLKMSEKQLKQENNHLM 690 700 710 720 730 740 820 830 840 850 860 870 pF1KE3 EAKRLLEFELAQLTKQYRGNEGQMRELQDQLEAEQYFSTLYKTQVKELKEEIEEKNR--- : : :: . :.: :. . .:::.::::::::::::::::::::.::::: :::.. XP_016 EMKMNLEKQNAELRKERQDADGQMKELQDQLEAEQYFSTLYKTQVRELKEECEEKTKLGK 750 760 770 780 790 800 880 890 900 910 920 pF1KE3 ENLKKIQELQNEKETLATQLDLAETKAESEQLARGLLEEQYFELTQES-------KKAAS : .: ::::.:...::.::... :::.::::::.. :::: .: .:. :. . 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XP_011 RLEKTAKELEEEITLRKSVESALRQLEREKALLQHKNAEYQRKADHEADKKRNLENDVNS 390 400 410 420 430 440 520 530 540 550 560 570 pF1KE3 LKDQLEDLKKVSQNSQLANEKLSQLQKQLEEANDLLRTESDTAVRLRKSHTEMSKSISQL :::::::::: .::::...::..:::.::.:.: :::::::::.::::...: ::.:.:: XP_011 LKDQLEDLKKRNQNSQISTEKVNQLQRQLDETNALLRTESDTAARLRKTQAESSKQIQQL 450 460 470 480 490 500 580 590 600 610 620 630 pF1KE3 ESLNRELQERNRILENSKSQTDKDYYQLQAILEAERRDRGHDSEMIGDLQARITSLQEEV :: ::.::..: .::..: . .:.. .::. ::.::::: : ::.:.:::.:: .:.:.. XP_011 ESNNRDLQDKNCLLETAKLKLEKEFINLQSALESERRDRTHGSEIINDLQGRICGLEEDL 510 520 530 540 550 560 640 650 660 670 680 690 pF1KE3 KHLKHNLEKVEGERKEAQDMLNHSEKEKNNLEIDLNYKLKSLQQRLEQEVNEHKVTKARL :. : : ::: :... :. .. ::::.:.:::..:.:: .:: :::: :::.::::: XP_011 KNGKILLAKVELEKRQLQERFTDLEKEKSNMEIDMTYQLKVIQQSLEQEEAEHKATKARL 570 580 590 600 610 620 700 710 720 730 740 750 pF1KE3 TDK---HQSIEEAKSVAMCEMEKKLKEEREAREKAENRVVQIEKQCSMLDVDLKQSQQKL .:: ..::::::: :: :::::: ::: ..:.:: ... ::.::.:: ::::::::. XP_011 ADKNKIYESIEEAKSEAMKEMEKKLLEERTLKQKVENLLLEAEKRCSLLDCDLKQSQQKI 630 640 650 660 670 680 760 770 780 790 800 810 pF1KE3 EHLTGNKERMEDEVKNLTLQLEQESNKRLLLQNELKTQAFEADNLKGLEKQMKQEINTLL ..: .:. ....:.::::..:::..:: : ::.:: :. ....:: :::.::: : :. XP_011 NELLKQKDVLNEDVRNLTLKIEQETQKRCLTQNDLKMQTQQVNTLKMSEKQLKQENNHLM 690 700 710 720 730 740 820 830 840 850 860 870 pF1KE3 EAKRLLEFELAQLTKQYRGNEGQMRELQDQLEAEQYFSTLYKTQVKELKEEIEEKNR--- : : :: . :.: :. . .:::.::::::::::::::::::::.::::: :::.. XP_011 EMKMNLEKQNAELRKERQDADGQMKELQDQLEAEQYFSTLYKTQVRELKEECEEKTKLGK 750 760 770 780 790 800 880 890 900 910 920 pF1KE3 ENLKKIQELQNEKETLATQLDLAETKAESEQLARGLLEEQYFELTQES-------KKAAS : .: ::::.:...::.::... :::.::::::.. :::: .: .:. :. . 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