Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5968
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5968, 556 aa
1>>>pF1KB5968 556 - 556 aa - 556 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4171+/-0.000884; mu= 13.9412+/- 0.053
mean_var=96.0457+/-18.958, 0's: 0 Z-trim(108.0): 126 B-trim: 2 in 1/52
Lambda= 0.130869
statistics sampled from 9778 (9906) to 9778 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.672), E-opt: 0.2 (0.304), width: 16
Scan time: 2.890
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10179.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 556) 3807 729.3 3e-210
CCDS10178.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 548) 3384 649.4 3.2e-186
CCDS45271.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 468) 3124 600.3 1.7e-171
CCDS10177.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 523) 3113 598.2 7.8e-171
CCDS6646.1 RORB gene_id:6096|Hs108|chr9 ( 459) 1967 381.8 9.5e-106
CCDS30856.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1 ( 497) 950 189.8 6.4e-48
CCDS1004.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1 ( 518) 950 189.8 6.7e-48
CCDS11361.1 NR1D1 gene_id:9572|Hs108|chr17 ( 614) 438 93.2 9.7e-19
CCDS33718.1 NR1D2 gene_id:9975|Hs108|chr3 ( 579) 428 91.3 3.4e-18
CCDS6856.1 NR5A1 gene_id:2516|Hs108|chr9 ( 461) 419 89.6 9.1e-18
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3 ( 448) 417 89.2 1.2e-17
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 382) 415 88.8 1.3e-17
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 443) 415 88.8 1.5e-17
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 454) 415 88.8 1.5e-17
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 457) 407 87.3 4.4e-17
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 462) 407 87.3 4.4e-17
CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9 ( 462) 399 85.8 1.3e-16
CCDS41821.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12 ( 467) 399 85.8 1.3e-16
CCDS44953.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12 ( 483) 399 85.8 1.3e-16
CCDS9051.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12 ( 603) 399 85.8 1.6e-16
CCDS2610.2 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3 ( 477) 396 85.2 1.9e-16
CCDS2609.1 PPARG gene_id:5468|Hs108|chr3 ( 505) 396 85.2 2e-16
CCDS33669.1 PPARA gene_id:5465|Hs108|chr22 ( 468) 389 83.9 4.7e-16
CCDS72970.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1 ( 340) 385 83.1 6.1e-16
CCDS1401.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 541) 387 83.6 6.9e-16
CCDS1248.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1 ( 463) 385 83.1 7.8e-16
CCDS4068.1 NR2F1 gene_id:7025|Hs108|chr5 ( 423) 384 82.9 8.3e-16
CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 533) 385 83.2 8.8e-16
CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 537) 385 83.2 8.9e-16
CCDS60383.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 469) 380 82.2 1.5e-15
CCDS1400.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 495) 380 82.2 1.6e-15
CCDS55340.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 475) 379 82.0 1.8e-15
CCDS65127.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 476) 379 82.0 1.8e-15
CCDS10375.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 414) 377 81.6 2e-15
CCDS6743.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 626) 374 81.1 4.3e-15
CCDS6742.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 637) 374 81.1 4.3e-15
CCDS35137.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 480) 372 80.7 4.4e-15
CCDS4804.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6 ( 361) 369 80.1 5.2e-15
CCDS54994.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6 ( 402) 369 80.1 5.7e-15
CCDS42316.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 ( 410) 369 80.1 5.7e-15
CCDS4803.1 PPARD gene_id:5467|Hs108|chr6 ( 441) 369 80.1 6.1e-15
CCDS58546.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 ( 451) 369 80.1 6.2e-15
CCDS11360.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 ( 490) 369 80.1 6.7e-15
CCDS2641.1 THRB gene_id:7068|Hs108|chr3 ( 461) 364 79.2 1.2e-14
CCDS6744.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 443) 363 79.0 1.3e-14
CCDS12352.1 NR2F6 gene_id:2063|Hs108|chr19 ( 404) 362 78.8 1.4e-14
CCDS5063.1 NR2E1 gene_id:7101|Hs108|chr6 ( 385) 353 77.1 4.4e-14
CCDS69165.1 NR2E1 gene_id:7101|Hs108|chr6 ( 422) 353 77.1 4.8e-14
CCDS2201.1 NR4A2 gene_id:4929|Hs108|chr2 ( 598) 351 76.8 8.3e-14
CCDS9850.2 ESRRB gene_id:2103|Hs108|chr14 ( 508) 349 76.4 9.4e-14
>>CCDS10179.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 (556 aa)
initn: 3807 init1: 3807 opt: 3807 Z-score: 3888.2 bits: 729.3 E(32554): 3e-210
Smith-Waterman score: 3807; 100.0% identity (100.0% similar) in 556 aa overlap (1-556:1-556)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MNEGAPGDSDLETEARVPWSIMGHCLRTGQARMSATPTPAGEGARRDELFGILQILHQCI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MNEGAPGDSDLETEARVPWSIMGHCLRTGQARMSATPTPAGEGARRDELFGILQILHQCI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LSSGDAFVLTGVCCSWRQNGKPPYSQKEDKEVQTGYMNAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LSSGDAFVLTGVCCSWRQNGKPPYSQKEDKEVQTGYMNAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ITCEGCKGFFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ITCEGCKGFFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 MSKKQRDSLYAEVQKHRMQQQQRDHQQQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNYIDGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MSKKQRDSLYAEVQKHRMQQQQRDHQQQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNYIDGH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 TPEGSKADSAVSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TPEGSKADSAVSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 VSMAELEHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VSMAELEHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 TEAIQYVVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TEAIQYVVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYAS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 PDVFKSLGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PDVFKSLGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 KIQLALQHVLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KIQLALQHVLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLY
490 500 510 520 530 540
550
pF1KB5 KELFTSEFEPAMQIDG
::::::::::::::::
CCDS10 KELFTSEFEPAMQIDG
550
>>CCDS10178.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 (548 aa)
initn: 3417 init1: 3117 opt: 3384 Z-score: 3456.7 bits: 649.4 E(32554): 3.2e-186
Smith-Waterman score: 3384; 91.5% identity (94.1% similar) in 556 aa overlap (1-556:1-548)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MNEGAPGDSDLETEARVPWSIMGHCLRTGQARMSATPTPAGEGARRDELFGILQILHQCI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: . . :. : .
CCDS10 MNEGAPGDSDLETEARVPWSIMGHCLRTGQARMSATPTPAGEGARSSSTCSSLSRL---F
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LSSGDAFVLTGVCCSWRQNGKPPYSQKEDKEVQTGYMNAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGV
:. . . :. . : . .: . . .::::::::::::::::::::::
CCDS10 WSQLEHINWDGATAKNFINLREFFS-----FLLPALRKAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ITCEGCKGFFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ITCEGCKGFFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGR
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 MSKKQRDSLYAEVQKHRMQQQQRDHQQQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNYIDGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MSKKQRDSLYAEVQKHRMQQQQRDHQQQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNYIDGH
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 TPEGSKADSAVSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TPEGSKADSAVSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPT
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 VSMAELEHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VSMAELEHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKI
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 TEAIQYVVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TEAIQYVVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYAS
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 PDVFKSLGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PDVFKSLGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQ
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 KIQLALQHVLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KIQLALQHVLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLY
480 490 500 510 520 530
550
pF1KB5 KELFTSEFEPAMQIDG
::::::::::::::::
CCDS10 KELFTSEFEPAMQIDG
540
>>CCDS45271.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 (468 aa)
initn: 3124 init1: 3124 opt: 3124 Z-score: 3192.5 bits: 600.3 E(32554): 1.7e-171
Smith-Waterman score: 3124; 99.8% identity (100.0% similar) in 460 aa overlap (97-556:9-468)
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 FVLTGVCCSWRQNGKPPYSQKEDKEVQTGYMNAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGC
:.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MMYFVIAAMKAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGC
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 KGFFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGRMSKKQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KGFFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGRMSKKQR
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 DSLYAEVQKHRMQQQQRDHQQQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNYIDGHTPEGSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DSLYAEVQKHRMQQQQRDHQQQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNYIDGHTPEGSK
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 ADSAVSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPTVSMAEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ADSAVSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPTVSMAEL
160 170 180 190 200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 EHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQY
220 230 240 250 260 270
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 VVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYASPDVFKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 VVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYASPDVFKS
280 290 300 310 320 330
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 LGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLAL
340 350 360 370 380 390
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 QHVLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QHVLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTS
400 410 420 430 440 450
550
pF1KB5 EFEPAMQIDG
::::::::::
CCDS45 EFEPAMQIDG
460
>>CCDS10177.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 (523 aa)
initn: 3113 init1: 3113 opt: 3113 Z-score: 3180.5 bits: 598.2 E(32554): 7.8e-171
Smith-Waterman score: 3113; 99.8% identity (100.0% similar) in 458 aa overlap (99-556:66-523)
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LTGVCCSWRQNGKPPYSQKEDKEVQTGYMNAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKG
.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ARKSEPPAPVRRQSYSSTSRGISVTKKTHTSQIEIIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKG
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 FFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGRMSKKQRDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FFRRSQQSNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGRMSKKQRDS
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LYAEVQKHRMQQQQRDHQQQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNYIDGHTPEGSKAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LYAEVQKHRMQQQQRDHQQQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNYIDGHTPEGSKAD
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 SAVSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPTVSMAELEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SAVSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPTVSMAELEH
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQYVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQYVV
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 EFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYASPDVFKSLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYASPDVFKSLG
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 CEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLALQH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 CEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLALQH
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 VLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTSEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VLQKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTSEF
460 470 480 490 500 510
550
pF1KB5 EPAMQIDG
::::::::
CCDS10 EPAMQIDG
520
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:::::::::.::.::::::.:::::::.::::::::::::::.:::::::::::::::::
CCDS66 KGFFRRSQQNNASYSCPRQRNCLIDRTNRNRCQHCRLQKCLALGMSRDAVKFGRMSKKQR
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::::::::::. :. :...::: :::: :. .:. : .:::..:... :. : .::. .
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:... . .: ::::::::::..::: ::: : : . ..: : ::.::. .:
CCDS66 PKSEGY---YNVDSGQPSPDQSGLDMTGIKQIKQEPIYDLTSVPNLFTYSSFNNGQLAPG
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pF1KB5 VSMAELEHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKI
..:.:....:::: ::::::::: :::.:..::: :::. ::.:.::..:: :::.:
CCDS66 ITMTEIDRIAQNIIKSHLETCQYTMEELHQLAWQTHTYEEIKAYQSKSREALWQQCAIQI
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pF1KB5 TEAIQYVVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYAS
:.:::::::::::: :::::::::::.:::.: ::::..::::::. :::: :.:::..
CCDS66 THAIQYVVEFAKRITGFMELCQNDQILLLKSGCLEVVLVRMCRAFNPLNNTVLFEGKYGG
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pF1KB5 PDVFKSLGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQ
..::.:: .:... .:.:.:.:::..:::.::::::. ::.: ::.:: : :..:::.
CCDS66 MQMFKALGSDDLVNEAFDFAKNLCSLQLTEEEIALFSSAVLISPDRAWLIEPRKVQKLQE
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:: .:::::.:::: .: :.::: :. :. :.:. : :::..:: .:.:: :::::
CCDS66 KIYFALQHVIQKNHLDDETLAKLIAKIPTITAVCNLHGEKLQVFKQSHPEIVNTLFPPLY
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550
pF1KB5 KELFTSEFEPAMQIDG
::::. .
CCDS66 KELFNPDCATGCK
450
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::::::::. ::.::: ::.:: :::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
CCDS30 KGFFRRSQRCNAAYSCTRQQNCPIDRTSRNRCQHCRLQKCLALGMSRDAVKFGRMSKKQR
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:::.:::::. .:.::.... : : . : : .
CCDS30 DSLHAEVQKQLQQRQQQQQEPVVKTPPAGAQGADTLTYTLGLPDGQLPLGSSPDLPEASA
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:: . . .: ..: ..:: .::.. : . : .::. ::
CCDS30 CPPGLLKASGSGPSYSNNLAKAGLNGASCHLEYSPERGKAEGRESFYSTGSQLTPDRCGL
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.. . . . . . :: . .: .:..:.:::.:.. ::. :::: :.
CCDS30 RFEEHRHPGLGELGQGPDSYGSPSFRSTPEAPYASLTEIEHLVQSVCKSYRETCQLRLED
220 230 240 250 260 270
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pF1KB5 LQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQYVVEFAKRIDGFMELCQNDQIV
: . . : .::. .:: :. ::. :: ..:::::::::::::..::::::::::::
CCDS30 LLRQRSNIFSREEVTGYQRKSMWEMWERCAHHLTEAIQYVVEFAKRLSGFMELCQNDQIV
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pF1KB5 LLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYASPDVFKSLGCEDFISFVFEFGKSLCSMH
:::::..:::..:::::....: ::.:.:::.. ..:..::: ..:: .:.:..:: ..:
CCDS30 LLKAGAMEVVLVRMCRAYNADNRTVFFEGKYGGMELFRALGCSELISSIFDFSHSLSALH
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pF1KB5 LTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLALQHVLQKNHREDGILTKLICKV
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CCDS30 FSEDEIALYTALVLINAHRPGLQEKRKVEQLQYNLELAFHHHLCKTHRQS-ILAKLPPK-
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pF1KB5 STLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTSEFEPAMQIDG
. ::.::..:.:.:. :. ..: .:. :::::::::..: :
CCDS30 GKLRSLCSQHVERLQIFQHLHPIVVQAAFPPLYKELFSTETESPVGLSK
450 460 470 480 490
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CCDS10 MDRAPQRQHRASRELLAAKKTHTSQIEVIPCKIC
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CCDS10 GDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQRCNAAYSCTRQQNCPIDRTSRNRCQHCRLQKCLAL
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CCDS10 GMSRDAVKFGRMSKKQRDSLHAEVQKQLQQRQQQQQEPVVKTPPAGAQGADTLTYTLGLP
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pF1KB5 --QQPGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNY--------IDG------HTPEGSKADSA
: : . : : . :: . . .: ..: ..:: .::..
CCDS10 DGQLPLGSSPDLPEASACPPGLLKASGSGPSYSNNLAKAGLNGASCHLEYSPERGKAEGR
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pF1KB5 VSSFYLDIQPSPDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGETSPTVSMAELEHLA
: . : .::. :: .. . . . . . :: . .: .:..:.:::.
CCDS10 ESFYSTGSQLTPDRCGLRFEEHRHPGLGELGQGPDSYGSPSFRSTPEAPYASLTEIEHLV
220 230 240 250 260 270
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pF1KB5 QNISKSHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQYVVEF
:.. ::. :::: :.: . . : .::. .:: :. ::. :: ..::::::::::
CCDS10 QSVCKSYRETCQLRLEDLLRQRSNIFSREEVTGYQRKSMWEMWERCAHHLTEAIQYVVEF
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pF1KB5 AKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYASPDVFKSLGCE
:::..:::::::::::::::::..:::..:::::....: ::.:.:::.. ..:..:::
CCDS10 AKRLSGFMELCQNDQIVLLKAGAMEVVLVRMCRAYNADNRTVFFEGKYGGMELFRALGCS
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pF1KB5 DFISFVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLALQHVL
..:: .:.:..:: ..:..::::::..:.::..: : :::: :.:.:: ...::..: :
CCDS10 ELISSIFDFSHSLSALHFSEDEIALYTALVLINAHRPGLQEKRKVEQLQYNLELAFHHHL
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pF1KB5 QKNHREDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTSEFEP
:.::.. ::.:: : . ::.::..:.:.:. :. ..: .:. :::::::::..: :
CCDS10 CKTHRQS-ILAKLPPK-GKLRSLCSQHVERLQIFQHLHPIVVQAAFPPLYKELFSTETES
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pF1KB5 AMQIDG
CCDS10 PVGLSK
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pF1KB5 LFGILQILHQCILSSGDAFVLTGVCCSWRQNGKPPYSQK---EDK-EVQTGYMNAQIE--
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CCDS11 RSFGSIPPSLSDDGSPSSSSSSSSSSSSFYNGSPPGSLQVAMEDSSRVSPSKSTSNITKL
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pF1KB5 ---IIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQQSNATYS-CPRQKNCLIDRTSRNRC
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CCDS11 NGMVLLCKVCGDVASGFHYGVHACEGCKGFFRRSIQQNIQYKRCLKNENCSIVRINRNRC
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160 170 180 190 200
pF1KB5 QHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGRMSKKQRDSLYAEVQK-HRMQQQQRDHQ--------QQP
:.::..:::.::::::::.:::. :.... . ::.:. . ..: . : :.:
CCDS11 QQCRFKKCLSVGMSRDAVRFGRIPKREKQRMLAEMQSAMNLANNQLSSQCPLETSPTQHP
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210 220 230
pF1KB5 -----GEAEP-----------------LTPTYNISANGLTE--------LHDDLSNYID-
: . : ::: . : . .: : .. .:
CCDS11 TPGPMGPSPPPAPVPSPLVGFSQFPQQLTPPRSPSPEPTVEDVISQVARAHREIFTYAHD
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240 250 260 270
pF1KB5 --GHTPEGSKADSAVSS------FYLDIQ---PSPDQSGL--------DINGIKPEPICD
: .: . .:. : .: . : :.:.... .::.. : .
CCDS11 KLGSSPGNFNANHASGSPPATTPHRWENQGCPPAPNDNNTLAAQRHNEALNGLRQAP-SS
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pF1KB5 YTPASGFFPY---C--SFTNGET-SPTVSMAELEHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITW
: :. : : : .::. :: .: : : : . .. ...
CCDS11 YPPTWPPGPAHHSCHQSNSNGHRLCPTHVYAAPEGKAPANSPRQGNS--------KNVLL
370 380 390 400 410
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pF1KB5 QTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQYVVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGS
.. .. ... . .:. ....: :.. ::::::.: :: .: :.::..:::::.
CCDS11 ACPMNMYPHGRSGRTVQEIWEDFSMSFTPAVREVVEFAKHIPGFRDLSQHDQVTLLKAGT
420 430 440 450 460 470
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 LEVVFIRMCRAFDSQNNTVYFDGKYA-SPDVFKSLGCEDFISFVFEFGKSLCSMHLTEDE
.::...:. :. ...::.: .. . : . . ..: :..: .:.:...: :. :::.:
CCDS11 FEVLMVRFASLFNVKDQTVMFLSRTTYSLQELGAMGMGDLLSAMFDFSEKLNSLALTEEE
480 490 500 510 520 530
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pF1KB5 IALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLALQHVLQKNHR-EDGILTKLICKVSTLR
..::.: ::.::::: .......:.::. . ::. .. ::. : . .:::. :. ::
CCDS11 LGLFTAVVLVSADRSGMENSASVEQLQETLLRALRALVLKNRPLETSRFTKLLLKLPDLR
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pF1KB5 ALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTSEFEPAMQIDG
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CCDS11 TLNNMHSEKLLSFRVDAQ
600 610
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pF1KB5 CCSWRQNGKPPYSQKEDKEVQTGYMNAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRR
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CCDS33 DRIDCSMKTSKSSAPGMTKSHSGVTKFSGMVLLCKVCGDVASGFHYGVHACEGCKGFFRR
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pF1KB5 SQQSNATYS-CPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGRMSKKQRDSLYA
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CCDS33 SIQQNIQYKKCLKNENCSIMRMNRNRCQQCRFKKCLSVGMSRDAVRFGRIPKREKQRMLI
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pF1KB5 EVQ---KHRMQQQ-----QRD----HQQQ---PGEAE----PLTPTYNISANG-------
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CCDS33 EMQSAMKTMMNSQFSGHLQNDTLVEHHEQTALPAQEQLRPKPQLEQENIKSSSPPSSDFA
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pF1KB5 -------LTELHDDL--------SNYIDGHTPE-GSKADSAVSSFYLDIQPSPD------
.:. : : : .. :. : . . . .. :. . .
CCDS33 KEEVIGMVTRAHKDTFMYNQEQQENSAESMQPQRGERIPKNMEQYNLNHDHCGNGLSSHF
250 260 270 280 290 300
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pF1KB5 ---QSGLDING-IKPEPICDYTPASGFF---PYC-SFTNGETSPTVSMAELEHLAQNISK
.: .:: .: . : : . .. .: .:.:. :. . . . .. ..:: .:
CCDS33 PCSESQQHLNGQFKGRNIMHYPNGHAICIANGHCMNFSNAYTQRVCDRVPIDGFSQNENK
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pF1KB5 SHLETCQYLREELQQITWQTFLQEEIENYQNKQREVMWQLCAIKITEAIQYVVEFAKRID
. .:: . .. ... .:. . .:. ....: :.. ::::::::
CCDS33 N-----SYLCNTGGRMHLVCPMSKSPYVDPHKSGHEIWEEFSMSFTPAVKEVVEFAKRIP
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pF1KB5 GFMELCQNDQIVLLKAGSLEVVFIRMCRAFDSQNNTVYF-DGKYASPDVFKSLGCEDFIS
:: .: :.::. :::::..::...:. ::... :: : .:: : : ..:.: :...
CCDS33 GFRDLSQHDQVNLLKAGTFEVLMVRFASLFDAKERTVTFLSGKKYSVDDLHSMGAGDLLN
430 440 450 460 470 480
440 450 460 470 480 490
pF1KB5 FVFEFGKSLCSMHLTEDEIALFSAFVLMSADRSWLQEKVKIEKLQQKIQLALQHVLQKNH
.:::...: ...:...:..::.: ::.::::: ... ..: ::. . ::. ...:::
CCDS33 SMFEFSEKLNALQLSDEEMSLFTAVVLVSADRSGIENVNSVEALQETLIRALRTLIMKNH
490 500 510 520 530 540
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pF1KB5 -REDGILTKLICKVSTLRALCGRHTEKLMAFKAIYPDIVRLHFPPLYKELFTSEFEPAMQ
: .:.:::. :. ::.: . :.:.:.::: ..:
CCDS33 PNEASIFTKLLLKLPDLRSLNNMHSEELLAFK-VHP
550 560 570
pF1KB5 IDG
>>CCDS6856.1 NR5A1 gene_id:2516|Hs108|chr9 (461 aa)
initn: 352 init1: 352 opt: 419 Z-score: 432.4 bits: 89.6 E(32554): 9.1e-18
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pF1KB5 WRQNGKPPYSQKEDKEVQTGYMNAQIEIIPCKICGDKSSGIHYGVITCEGCKGFFRRSQQ
: .:::: :: :::..:::.:::::.:. :
CCDS68 MDYSYDEDLDELCPVCGDKVSGYHYGLLTCESCKGFFKRTVQ
10 20 30 40
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 SNATYSCPRQKNCLIDRTSRNRCQHCRLQKCLAVGMSRDAVKFGRMSKKQRDSLYAEVQK
.: :.: ....: ::.:.:.:: ::.::::.::: .::. :: . :... ..
CCDS68 NNKHYTCTESQSCKIDKTQRKRCPFCRFQKCLTVGMRLEAVRADRM-RGGRNKFGPMYKR
50 60 70 80 90 100
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pF1KB5 HRMQQQQRDHQQQ---------PGEAEPLTPTYNISANGLTELHDDLSNYIDGHTPEGSK
: .::. : . : . : : . :: . . . : :
CCDS68 DRALKQQKKAQIRANGFKLETGPPMGVPPPPPPAPDYVLPPSLHGPEPKGLAAGPPAGPL
110 120 130 140 150 160
250 260 270 280 290
pF1KB5 ADSAVSSFYLDIQPS---------PDQSGLDINGIKPEPICDYTPASGFFPYCSFTNGET
.: .. .. . . . : : :.. ::: .: . .:: :
CCDS68 GDFGAPALPMAVPGAHGPLAGYLYPAFPGRAIKSEYPEPYA--SPPQPGLPY-----GYP
170 180 190 200 210
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pF1KB5 SPTVSMAELEHLAQNISKSHLETCQYLREELQQITWQTF--LQEEIENYQNKQREVMWQL
: . . :. . :. : :. . .:. . . ::: .. . : .. :
CCDS68 EPFSG-------GPNVPELILQLLQ-LEPDEDQVRARILGCLQEPTKSRPD-QPAAFGLL
220 230 240 250 260
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pF1KB5 CAIKITEAIQYVVEFAKRIDGFMELCQNDQIVLLKAGSLEV-VFIRMCRAFD--SQNNTV
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CCDS68 CRMADQTFIS-IVDWARRCMVFKELEVADQMTLLQNCWSELLVFDHIYRQVQHGKEGSIL
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