FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB8536, 895 aa 1>>>pF1KB8536 895 - 895 aa - 895 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3171+/-0.000522; mu= 16.8448+/- 0.032 mean_var=106.3367+/-20.020, 0's: 0 Z-trim(110.1): 89 B-trim: 30 in 1/53 Lambda= 0.124375 statistics sampled from 18324 (18403) to 18324 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.558), E-opt: 0.2 (0.216), width: 16 Scan time: 11.230 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001120856 (OMIM: 607667,615616) catenin alpha-3 ( 895) 5681 1031.3 0 NP_037398 (OMIM: 607667,615616) catenin alpha-3 is ( 895) 5681 1031.3 0 XP_016871642 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 907) 5681 1031.3 0 XP_016871640 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 918) 4500 819.4 0 XP_016871643 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 634) 4045 737.6 4.3e-212 XP_016871644 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 634) 4045 737.6 4.3e-212 XP_016871645 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 634) 4045 737.6 4.3e-212 NP_004380 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isoform 1 ( 905) 3592 656.5 1.7e-187 XP_016858892 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 905) 3592 656.5 1.7e-187 NP_001269527 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isofor ( 939) 3592 656.5 1.7e-187 XP_016871641 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 970) 3494 638.9 3.5e-182 NP_001310911 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 906) 3492 638.5 4.2e-182 NP_001894 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 is ( 906) 3492 638.5 4.2e-182 NP_001310913 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 906) 3492 638.5 4.2e-182 NP_001310912 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 906) 3492 638.5 4.2e-182 NP_001310914 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 897) 3429 627.2 1.1e-178 XP_016871646 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 530) 3397 621.3 3.8e-177 XP_016858894 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 876) 3214 588.6 4.3e-167 XP_016858893 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 891) 3214 588.6 4.3e-167 XP_011530858 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 953) 3214 588.7 4.6e-167 NP_001269526 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isofor ( 953) 3214 588.7 4.6e-167 XP_011530857 (OMIM: 114025) PREDICTED: catenin alp ( 953) 3214 588.7 4.6e-167 NP_001277238 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 803) 3164 579.6 2e-164 NP_001277236 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 841) 3145 576.2 2.2e-163 NP_001277239 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 783) 3105 569.0 3e-161 NP_001158355 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isofor ( 860) 2976 545.9 3e-154 NP_001269528 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isofor ( 584) 2374 437.8 7.3e-122 NP_001269529 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isofor ( 537) 2315 427.2 1.1e-118 NP_001310917 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 2311 426.4 1.7e-118 NP_001310929 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 2311 426.4 1.7e-118 NP_001310928 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 2311 426.4 1.7e-118 NP_001310926 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 2311 426.4 1.7e-118 NP_001310924 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 2311 426.4 1.7e-118 NP_001310925 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 2311 426.4 1.7e-118 NP_001310923 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 2311 426.4 1.7e-118 NP_001277241 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 2311 426.4 1.7e-118 NP_001310921 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 2311 426.4 1.7e-118 NP_001310922 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 2311 426.4 1.7e-118 NP_001310918 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 2311 426.4 1.7e-118 NP_001310927 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 2311 426.4 1.7e-118 NP_001310920 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 2311 426.4 1.7e-118 NP_001310916 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 2311 426.4 1.7e-118 NP_001310919 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 536) 2311 426.4 1.7e-118 NP_001278062 (OMIM: 607667,615616) catenin alpha-3 ( 388) 2187 404.1 6.7e-112 XP_016871647 (OMIM: 607667,615616) PREDICTED: cate ( 388) 2187 404.1 6.7e-112 NP_001310932 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 471) 1964 364.1 8.7e-100 NP_001310933 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 471) 1964 364.1 8.7e-100 NP_001310934 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 471) 1964 364.1 8.7e-100 NP_001310931 (OMIM: 116805,608970) catenin alpha-1 ( 471) 1964 364.1 8.7e-100 NP_001307739 (OMIM: 114025) catenin alpha-2 isofor ( 585) 1937 359.4 3e-98 >>NP_001120856 (OMIM: 607667,615616) catenin alpha-3 iso (895 aa) initn: 5681 init1: 5681 opt: 5681 Z-score: 5513.1 bits: 1031.3 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5681; 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NP_004 KEMVKLNYVAARRQQELKDPHCRDEMAAARGALKKNATMLYTASQAFLRHPDVAATRANR 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KB8 DTVCEEIQNALNVISNASQGIQNMTTPP-EPQAAT----LGSALDELENLIVLNPLTVTE : : ...:.:. ::::.:. :.: : .. : :..::.:..: :.:.:.: .: NP_004 DYVFKQVQEAIAGISNAAQA----TSPTDEAKGHTGIGELAAALNEFDNKIILDPMTFSE 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB8 EEIRPSLEKRLEAIISGAALLADSSCTRDLHRERIIAECNAIRQALQDLLSEYMNNAGKK ..:::::.:::.:::::::.:::::::: .::::.:::::.::::::::::::::.:.: NP_004 ARFRPSLEERLESIISGAALMADSSCTRDDRRERIVAECNAVRQALQDLLSEYMNNTGRK 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KB8 ERSNTLNIALDNMCKKTRDLRRQLRKAIIDHVSDSFLDTTVPLLVLIEAAKNGREKEIKE :... ::::.:.: :::::::::::::..::.:::::.:.:::::::::::.: :::.:: NP_004 EKGDPLNIAIDKMTKKTRDLRRQLRKAVMDHISDSFLETNVPLLVLIEAAKSGNEKEVKE 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KB8 YAAIFHEHTSRLVEVANLACSMSTNEDGIKIVKIAANHLETLCPQIINAALALAARPKSQ :: .:.::...::::::::::.:.::.:.:.:..::.....::::.:::::.:::::.:. NP_004 YAQVFREHANKLVEVANLACSISNNEEGVKLVRMAATQIDSLCPQVINAALTLAARPQSK 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KB8 AVKNTMEMYKRTWENHIHVLTEAVDDITSIDDFLAVSESHILEDVNKCIIALRDQDADNL .....:...: ::....:::::::::::.::::.:::.:::::::::.:::.. :.:.: NP_004 VAQDNMDVFKDQWEKQVRVLTEAVDDITSVDDFLSVSENHILEDVNKCVIALQEGDVDTL 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KB8 DRAAGAIRGRAARVAHIVTGEMDSYEPGAYTEGVMRNVNFLTSTVIPEFVTQVNVALEAL ::.::::::::::: ::...::..:: :.::: :.. ...:. ::.:.:. ::.::.::: NP_004 DRTAGAIRGRAARVIHIINAEMENYEAGVYTEKVLEATKLLSETVMPRFAEQVEVAIEAL 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KB8 SKSSLNVLDDNQFVDISKKIYDTIHDIRCSVMMIRTPEELEDVSDLEEE-HEVRSHTSIQ : . . ...:.:.: :. .:: ..::: .:.:::::::::: ::.:.: ..:::.::.: NP_004 SANVPQPFEENEFIDASRLVYDGVRDIRKAVLMIRTPEELEDDSDFEQEDYDVRSRTSVQ 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 pF1KB8 TE------GKTDRAKMTQLPEAEKEKIAEQVADFKKVKSKLDAEIEIWDDTSNDIIVLAK :: :.. :: :.:::. :: :::::: :.. :::::::. :::..:::::::: NP_004 TEDDQLIAGQSARAIMAQLPQEEKAKIAEQVEIFHQEKSKLDAEVAKWDDSGNDIIVLAK 660 670 680 690 700 710 710 720 730 740 750 760 pF1KB8 NMCMIMMEMTDFTRGKGPLKHTTDVIYAAKMISESGSRMDVLARQIANQCPDPSCKQDLL .:::::::::::::::::::.:.::: ::: :.:.::::: ::: .:.:::: .:::::: NP_004 QMCMIMMEMTDFTRGKGPLKNTSDVINAAKKIAEAGSRMDKLARAVADQCPDSACKQDLL 720 730 740 750 760 770 770 780 790 800 810 820 pF1KB8 AYLEQIKFYSHQLKICSQVKAEIQNLGGELIMSALDSVTSLIQAAKNLMNAVVQTVKMSY :::..: .: :::.:::.::::.::::::::.:.:::.::::::::::::::: ::: :: NP_004 AYLQRIALYCHQLNICSKVKAEVQNLGGELIVSGLDSATSLIQAAKNLMNAVVLTVKASY 780 790 800 810 820 830 830 840 850 860 870 880 pF1KB8 IASTKIIRIQSPAGPRHPVVMWRMKAPAKKPLIKREKPEETCAAVRRGSAKKKIHPLQVM .:::: .. . :. ::: :.:::: ::::.::::::: . ::::: ::.: :.:.. NP_004 VASTKYQKVYGTAAVNSPVVSWKMKAPEKKPLVKREKPEEFQTRVRRGSQKKHISPVQAL 840 850 860 870 880 890 890 pF1KB8 SEFRGRQIY :::. 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