Result of FASTA (ccds) for pFN21AE5321
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE5321, 283 aa
  1>>>pF1KE5321 283 - 283 aa - 283 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3280+/-0.0011; mu= 13.8822+/- 0.066
 mean_var=53.7562+/-10.850, 0's: 0 Z-trim(100.6): 29  B-trim: 0 in 0/47
 Lambda= 0.174928
 statistics sampled from 6168 (6175) to 6168 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.559), E-opt: 0.2 (0.19), width:  16
 Scan time:  2.170

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS6131.1 VDAC3 gene_id:7419|Hs108|chr8           ( 283) 1876 481.9 2.3e-136
CCDS47850.1 VDAC3 gene_id:7419|Hs108|chr8          ( 284) 1864 478.8 1.9e-135
CCDS7348.1 VDAC2 gene_id:7417|Hs108|chr10          ( 294) 1448 373.9 7.8e-104
CCDS53544.1 VDAC2 gene_id:7417|Hs108|chr10         ( 309) 1448 373.9 8.1e-104
CCDS4168.1 VDAC1 gene_id:7416|Hs108|chr5           ( 283) 1318 341.0 5.6e-94


>>CCDS6131.1 VDAC3 gene_id:7419|Hs108|chr8                (283 aa)
 initn: 1876 init1: 1876 opt: 1876  Z-score: 2561.7  bits: 481.9 E(32554): 2.3e-136
Smith-Waterman score: 1876; 100.0% identity (100.0% similar) in 283 aa overlap (1-283:1-283)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE5 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVEFSTSGHAYTDTGKASGNLET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVEFSTSGHAYTDTGKASGNLET
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE5 KYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 KYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYKR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE5 DCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 DCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE5 HTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 HTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNNA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280   
pF1KE5 SLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 SLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
              250       260       270       280   

>>CCDS47850.1 VDAC3 gene_id:7419|Hs108|chr8               (284 aa)
 initn: 1603 init1: 1603 opt: 1864  Z-score: 2545.3  bits: 478.8 E(32554): 1.9e-135
Smith-Waterman score: 1864; 99.6% identity (99.6% similar) in 284 aa overlap (1-283:1-284)

               10        20        30         40        50         
pF1KE5 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGV-EFSTSGHAYTDTGKASGNLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
CCDS47 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVMEFSTSGHAYTDTGKASGNLE
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KE5 TKYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TKYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYK
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KE5 RDCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RDCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQ
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210       220       230         
pF1KE5 LHTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LHTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNN
              190       200       210       220       230       240

     240       250       260       270       280   
pF1KE5 ASLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ASLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
              250       260       270       280    

>>CCDS7348.1 VDAC2 gene_id:7417|Hs108|chr10               (294 aa)
 initn: 1448 init1: 1448 opt: 1448  Z-score: 1977.7  bits: 373.9 E(32554): 7.8e-104
Smith-Waterman score: 1448; 73.5% identity (94.0% similar) in 283 aa overlap (1-283:12-294)

                          10        20        30        40         
pF1KE5            MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVEFSTSGHAYT
                  ::  :.: ::::::.:.::::.:::.::.:.:::::::::::::: . :
CCDS73 MATHGQTCARPMCIPPSYADLGKAARDIFNKGFGFGLVKLDVKTKSCSGVEFSTSGSSNT
               10        20        30        40        50        60

      50        60        70        80        90       100         
pF1KE5 DTGKASGNLETKYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGK
       ::::..:.:::::: :.::::::.::::::::::::. :... .:::::.:: : :::::
CCDS73 DTGKVTGTLETKYKWCEYGLTFTEKWNTDNTLGTEIAIEDQICQGLKLTFDTTFSPNTGK
               70        80        90       100       110       120

     110       120       130       140       150       160         
pF1KE5 KSGKLKASYKRDCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNF
       ::::.:.::::.:...: .::.::.::.:.: ::...:::::::::.::.:::::..:::
CCDS73 KSGKIKSSYKRECINLGCDVDFDFAGPAIHGSAVFGYEGWLAGYQMTFDSAKSKLTRNNF
              130       140       150       160       170       180

     170       180       190       200       210       220         
pF1KE5 ALGYKAADFQLHTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDC
       :.::...::::::.::::::::::::::: : ..::.:::::.:.: :::::::::.:: 
CCDS73 AVGYRTGDFQLHTNVNDGTEFGGSIYQKVCEDLDTSVNLAWTSGTNCTRFGIAAKYQLDP
              190       200       210       220       230       240

     230       240       250       260       270       280   
pF1KE5 RTSLSAKVNNASLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
        .:.::::::.::::.:::::::::::::::::.:::...::::::::..::::
CCDS73 TASISAKVNNSSLIGVGYTQTLRPGVKLTLSALVDGKSINAGGHKVGLALELEA
              250       260       270       280       290    

>>CCDS53544.1 VDAC2 gene_id:7417|Hs108|chr10              (309 aa)
 initn: 1448 init1: 1448 opt: 1448  Z-score: 1977.3  bits: 373.9 E(32554): 8.1e-104
Smith-Waterman score: 1448; 73.5% identity (94.0% similar) in 283 aa overlap (1-283:27-309)

                                         10        20        30    
pF1KE5                           MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTK
                                 ::  :.: ::::::.:.::::.:::.::.:.:::
CCDS53 MSWCNELRLPALKQHSIGRGLESHITMCIPPSYADLGKAARDIFNKGFGFGLVKLDVKTK
               10        20        30        40        50        60

           40        50        60        70        80        90    
pF1KE5 SCSGVEFSTSGHAYTDTGKASGNLETKYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEG
       ::::::::::: . :::::..:.:::::: :.::::::.::::::::::::. :... .:
CCDS53 SCSGVEFSTSGSSNTDTGKVTGTLETKYKWCEYGLTFTEKWNTDNTLGTEIAIEDQICQG
               70        80        90       100       110       120

          100       110       120       130       140       150    
pF1KE5 LKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYKRDCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQ
       ::::.:: : :::::::::.:.::::.:...: .::.::.::.:.: ::...::::::::
CCDS53 LKLTFDTTFSPNTGKKSGKIKSSYKRECINLGCDVDFDFAGPAIHGSAVFGYEGWLAGYQ
              130       140       150       160       170       180

          160       170       180       190       200       210    
pF1KE5 MSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQLHTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGS
       :.::.:::::..::::.::...::::::.::::::::::::::: : ..::.:::::.:.
CCDS53 MTFDSAKSKLTRNNFAVGYRTGDFQLHTNVNDGTEFGGSIYQKVCEDLDTSVNLAWTSGT
              190       200       210       220       230       240

          220       230       240       250       260       270    
pF1KE5 NNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNNASLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHK
       : :::::::::.::  .:.::::::.::::.:::::::::::::::::.:::...:::::
CCDS53 NCTRFGIAAKYQLDPTASISAKVNNSSLIGVGYTQTLRPGVKLTLSALVDGKSINAGGHK
              250       260       270       280       290       300

          280   
pF1KE5 VGLGFELEA
       :::..::::
CCDS53 VGLALELEA
                

>>CCDS4168.1 VDAC1 gene_id:7416|Hs108|chr5                (283 aa)
 initn: 1343 init1: 1316 opt: 1318  Z-score: 1800.6  bits: 341.0 E(32554): 5.6e-94
Smith-Waterman score: 1318; 67.5% identity (91.9% similar) in 283 aa overlap (1-283:1-283)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE5 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVEFSTSGHAYTDTGKASGNLET
       :   ::: ::::.:.:::.::::::..:.:::::: .:.::..:: : :.: :..:.:::
CCDS41 MAVPPTYADLGKSARDVFTKGYGFGLIKLDLKTKSENGLEFTSSGSANTETTKVTGSLET
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE5 KYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYKR
       ::.  .::::::.::::::::::::. :..::.:::::.:. : ::::::..:.:..:::
CCDS41 KYRWTEYGLTFTEKWNTDNTLGTEITVEDQLARGLKLTFDSSFSPNTGKKNAKIKTGYKR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE5 DCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQL
       . ...: ..:.:..::.: :  ::..:::::::::.:.::::...:.:::.:::. .:::
CCDS41 EHINLGCDMDFDIAGPSIRGALVLGYEGWLAGYQMNFETAKSRVTQSNFAVGYKTDEFQL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE5 HTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNNA
       ::.::::::::::::::::.:.::..:::::::..::::::::::..:  . .::::::.
CCDS41 HTNVNDGTEFGGSIYQKVNKKLETAVNLAWTAGNSNTRFGIAAKYQIDPDACFSAKVNNS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280   
pF1KE5 SLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
       :::::::::::.::.:::::::.:::: .:::::.:::.:..:
CCDS41 SLIGLGYTQTLKPGIKLTLSALLDGKNVNAGGHKLGLGLEFQA
              250       260       270       280   




283 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Mon Nov  7 23:46:25 2016 done: Mon Nov  7 23:46:26 2016
 Total Scan time:  2.170 Total Display time: -0.010

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com