FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2284, 777 aa 1>>>pF1KE2284 777 - 777 aa - 777 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2561+/-0.000306; mu= 8.0062+/- 0.019 mean_var=180.7199+/-36.629, 0's: 0 Z-trim(122.7): 92 B-trim: 0 in 0/57 Lambda= 0.095405 statistics sampled from 41255 (41375) to 41255 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.779), E-opt: 0.2 (0.485), width: 16 Scan time: 14.220 The best scores are: opt bits E(85289) NP_004752 (OMIM: 602306) ral guanine nucleotide di ( 777) 5176 724.8 3.3e-208 NP_001230667 (OMIM: 602306) ral guanine nucleotide ( 695) 4617 647.9 4.3e-185 XP_011513087 (OMIM: 602306) PREDICTED: ral guanine ( 496) 3261 461.1 5.1e-129 XP_011513083 (OMIM: 602306) PREDICTED: ral guanine ( 670) 2266 324.3 1.1e-87 NP_001035827 (OMIM: 601619) ral guanine nucleotide ( 859) 1001 150.2 3.4e-35 NP_001258703 (OMIM: 601619) ral guanine nucleotide ( 885) 1001 150.2 3.5e-35 NP_001258705 (OMIM: 601619) ral guanine nucleotide ( 902) 1001 150.2 3.5e-35 NP_001258704 (OMIM: 601619) ral guanine nucleotide ( 913) 1001 150.2 3.6e-35 NP_006257 (OMIM: 601619) ral guanine nucleotide di ( 914) 1001 150.2 3.6e-35 NP_001155088 (OMIM: 616743) ral guanine nucleotide ( 716) 737 113.8 2.6e-24 NP_001030300 (OMIM: 616743) ral guanine nucleotide ( 710) 724 112.0 8.8e-24 NP_001284601 (OMIM: 605667) ral guanine nucleotide ( 739) 685 106.7 3.8e-22 XP_011507644 (OMIM: 605667) PREDICTED: ral guanine ( 620) 570 90.8 1.9e-17 XP_016856245 (OMIM: 605667) PREDICTED: ral guanine ( 683) 570 90.8 2.1e-17 XP_011507643 (OMIM: 605667) PREDICTED: ral guanine ( 718) 570 90.8 2.1e-17 NP_001284598 (OMIM: 605667) ral guanine nucleotide ( 766) 570 90.9 2.3e-17 NP_001284599 (OMIM: 605667) ral guanine nucleotide ( 766) 570 90.9 2.3e-17 NP_001284600 (OMIM: 605667) ral guanine nucleotide ( 768) 570 90.9 2.3e-17 XP_011507641 (OMIM: 605667) PREDICTED: ral guanine ( 803) 570 90.9 2.3e-17 NP_055964 (OMIM: 605667) ral guanine nucleotide di ( 803) 570 90.9 2.3e-17 XP_016863302 (OMIM: 614532) PREDICTED: ras-GEF dom ( 473) 240 45.3 0.00073 NP_689758 (OMIM: 614532) ras-GEF domain-containing ( 473) 240 45.3 0.00073 NP_001287664 (OMIM: 614532) ras-GEF domain-contain ( 472) 239 45.2 0.0008 NP_705843 (OMIM: 612214) ral-GDS-related protein i ( 473) 238 45.0 0.00088 NP_001316353 (OMIM: 612214) ral-GDS-related protei ( 580) 238 45.1 0.001 >>NP_004752 (OMIM: 602306) ral guanine nucleotide dissoc (777 aa) initn: 5176 init1: 5176 opt: 5176 Z-score: 3859.1 bits: 724.8 E(85289): 3.3e-208 Smith-Waterman score: 5176; 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NP_001 SGSSHSKSCDQLRCGPYLSSGDIADALSVHSAGSSSSDVEEINISFVPESPDGQEKKFWE 630 640 650 660 670 680 590 600 610 620 630 pF1KE2 SALESSP---SLHSPADPSHLSPPASSP-RPSRGHRRSASCGSPLSGGAEEASGGTGYGG :: .::: .. : .. . : ...: .: :.::.: : ..:.. . NP_001 SASQSSPETSGISSASSSTSSSSASTTPVAATRTHKRSVS-------GLCNSSSALPLYN 690 700 710 720 730 640 650 660 670 680 690 pF1KE2 EGSGPGASDCRIIRVQMELGEDGSVYKSILVTSQDKAPSVISRVLKKNNRDSAVASEYEL . : :: ::::.... ..:..:::::::::::::.:: ... :.: . .::: NP_001 QQVG----DCCIIRVSLDV-DNGNMYKSILVTSQDKAPAVIRKAMDKHNLEEEEPEDYEL 740 750 760 770 780 790 700 710 720 730 740 750 pF1KE2 VQLLPGERELTIPASANVFYAMDG-ASHDFLLRQRRRSSTATPGVTSGPSASGTPPSEGG .:.: .:.: :: .:::::::.. :..::.:..: : : :: .::.: NP_001 LQILSDDRKLKIPENANVFYAMNSTANYDFVLKKR----TFTKGVKVKHGASST------ 800 810 820 830 840 760 770 pF1KE2 GGSFPRIKATGRKIARALF .::.: : :::...: NP_001 ---LPRMKQKGLKIAKGIF 850 >>NP_001258703 (OMIM: 601619) ral guanine nucleotide dis (885 aa) initn: 1226 init1: 353 opt: 1001 Z-score: 752.6 bits: 150.2 E(85289): 3.5e-35 Smith-Waterman score: 1267; 39.0% identity (67.1% similar) in 589 aa overlap (220-777:334-885) 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 LQTGYAAGKGVGGGSADLIRNLRSRVDPQAPDLPKPLALPGDPPADPTDVLVFLADHLAE :. :.:.. . . .::: : .:: NP_001 LELEPAPEQDPAPSQTLELEPAPAPVPSLQPSWPSPVVAENGLSEEKPHLLVFPPDLVAE 310 320 330 340 350 360 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 QLTLLDAELFLNLIPSQCLGGLWGHRDRPGHSHLCPSVRATVTQFNKVAGAVVSSVLGAT :.::.::::: ...: .:::..:..::. :. :: :..::::::::.::. :... :: NP_001 QFTLMDAELFKKVVPYHCLGSIWSQRDKKGKEHLAPTIRATVTQFNSVANCVITTCLGNR 370 380 390 400 410 420 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 STGEGPGEVTIRPLRPPQRARLLEKWIRVAEECRLLRNFSSVYAVVSALQSSPIHRLRAA :: . :.:::..:.::.::.:::.:.::::.::..:::::. ::::. . NP_001 ST------------KAPDRARVVEHWIEVARECRILKNFSSLYAILSALQSNSIHRLKKT 430 440 450 460 470 370 380 390 400 410 420 pF1KE2 WGEATRDSLRVFSSLCQIFSEEDNYSQSRELLVQEVKLQ-SPLEPHSKKAPRSGSRGG-- : ...:::.:.:..: .:::.:.::: :::::..: . . :: . :.: . .. : NP_001 WEDVSRDSFRIFQKLSEIFSDENNYSLSRELLIKEGTSKFATLEMNPKRAQKRPKETGII 480 490 500 510 520 530 430 440 450 460 470 480 pF1KE2 -GVVPYLGTFLKDLVMLDAASKDELENGYINFDKRRKEFAVLSELRRLQNECRGYNLQPD :.:::::::: ::::::.: :: : . :::.:::::: :..... ::. : .:.. :: NP_001 QGTVPYLGTFLTDLVMLDTAMKDYLYGRLINFEKRRKEFEVIAQIKLLQSACNNYSIAPD 540 550 560 570 580 590 490 500 510 520 530 540 pF1KE2 HDIQRWLQGLRPLTEAQSHRVSCEVEPPGSSDPPAPRVLRPTLVISQWTEVLG-----SV ... :..... :.:..:. .:::.:::. : . :. . : ....:.. . :. NP_001 EQFGAWFRAVERLSETESYNLSCELEPPSESASNTLRTKKNTAIVKRWSDRQAPSTELST 600 610 620 630 640 650 550 560 570 580 pF1KE2 GVPTPLVSCDRPSTG-----GDEAPTTPAPLLTRLAQHMKWPSVSSL------------D . . :::. : :: : . . .. .. ..: . . 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NP_001 SASQSSPETSGISSASSSTSSSSASTTPVAATRTHKRSVS-------GLCNSSSALPLYN 720 730 740 750 760 640 650 660 670 680 690 pF1KE2 EGSGPGASDCRIIRVQMELGEDGSVYKSILVTSQDKAPSVISRVLKKNNRDSAVASEYEL . : :: ::::.... ..:..:::::::::::::.:: ... :.: . .::: NP_001 QQVG----DCCIIRVSLDV-DNGNMYKSILVTSQDKAPAVIRKAMDKHNLEEEEPEDYEL 770 780 790 800 810 700 710 720 730 740 750 pF1KE2 VQLLPGERELTIPASANVFYAMDG-ASHDFLLRQRRRSSTATPGVTSGPSASGTPPSEGG .:.: .:.: :: .:::::::.. :..::.:..: : : :: .::.: NP_001 LQILSDDRKLKIPENANVFYAMNSTANYDFVLKKR----TFTKGVKVKHGASST------ 820 830 840 850 860 760 770 pF1KE2 GGSFPRIKATGRKIARALF .::.: : :::...: NP_001 ---LPRMKQKGLKIAKGIF 870 880 >>NP_001258705 (OMIM: 601619) ral guanine nucleotide dis (902 aa) initn: 1296 init1: 353 opt: 1001 Z-score: 752.5 bits: 150.2 E(85289): 3.5e-35 Smith-Waterman score: 1267; 39.0% identity (67.1% similar) in 589 aa overlap (220-777:351-902) 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 LQTGYAAGKGVGGGSADLIRNLRSRVDPQAPDLPKPLALPGDPPADPTDVLVFLADHLAE :. :.:.. . . .::: : .:: NP_001 LELEPAPEQDPAPSQTLELEPAPAPVPSLQPSWPSPVVAENGLSEEKPHLLVFPPDLVAE 330 340 350 360 370 380 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 QLTLLDAELFLNLIPSQCLGGLWGHRDRPGHSHLCPSVRATVTQFNKVAGAVVSSVLGAT :.::.::::: ...: .:::..:..::. :. :: :..::::::::.::. :... :: NP_001 QFTLMDAELFKKVVPYHCLGSIWSQRDKKGKEHLAPTIRATVTQFNSVANCVITTCLGNR 390 400 410 420 430 440 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 STGEGPGEVTIRPLRPPQRARLLEKWIRVAEECRLLRNFSSVYAVVSALQSSPIHRLRAA :: . :.:::..:.::.::.:::.:.::::.::..:::::. ::::. . 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NP_001 SASQSSPETSGISSASSSTSSSSASTTPVAATRTHKRSVS-------GLCNSSSALPLYN 730 740 750 760 770 780 640 650 660 670 680 690 pF1KE2 EGSGPGASDCRIIRVQMELGEDGSVYKSILVTSQDKAPSVISRVLKKNNRDSAVASEYEL . : :: ::::.... ..:..:::::::::::::.:: ... :.: . .::: NP_001 QQVG----DCCIIRVSLDV-DNGNMYKSILVTSQDKAPAVIRKAMDKHNLEEEEPEDYEL 790 800 810 820 830 700 710 720 730 740 750 pF1KE2 VQLLPGERELTIPASANVFYAMDG-ASHDFLLRQRRRSSTATPGVTSGPSASGTPPSEGG .:.: .:.: :: .:::::::.. :..::.:..: : : :: .::.: NP_001 LQILSDDRKLKIPENANVFYAMNSTANYDFVLKKR----TFTKGVKVKHGASST------ 840 850 860 870 880 760 770 pF1KE2 GGSFPRIKATGRKIARALF .::.: : :::...: NP_001 ---LPRMKQKGLKIAKGIF 890 900 >>NP_001258704 (OMIM: 601619) ral guanine nucleotide dis (913 aa) initn: 1347 init1: 353 opt: 1001 Z-score: 752.4 bits: 150.2 E(85289): 3.6e-35 Smith-Waterman score: 1267; 39.0% identity (67.1% similar) in 589 aa overlap (220-777:362-913) 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 LQTGYAAGKGVGGGSADLIRNLRSRVDPQAPDLPKPLALPGDPPADPTDVLVFLADHLAE :. :.:.. . . .::: : .:: NP_001 LELEPAPEQDPAPSQTLELEPAPAPVPSLQPSWPSPVVAENGLSEEKPHLLVFPPDLVAE 340 350 360 370 380 390 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 QLTLLDAELFLNLIPSQCLGGLWGHRDRPGHSHLCPSVRATVTQFNKVAGAVVSSVLGAT :.::.::::: ...: .:::..:..::. :. :: :..::::::::.::. :... :: NP_001 QFTLMDAELFKKVVPYHCLGSIWSQRDKKGKEHLAPTIRATVTQFNSVANCVITTCLGNR 400 410 420 430 440 450 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 STGEGPGEVTIRPLRPPQRARLLEKWIRVAEECRLLRNFSSVYAVVSALQSSPIHRLRAA :: . :.:::..:.::.::.:::.:.::::.::..:::::. ::::. . 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