Result of FASTA (omim) for
pFN21AE2394
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2394, 821 aa
1>>>pF1KE2394 821 - 821 aa - 821 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2255+/-0.000472; mu= 14.9791+/- 0.029
mean_var=71.8379+/-14.338, 0's: 0 Z-trim(109.5): 73 B-trim: 482 in 2/49
Lambda= 0.151320
statistics sampled from 17653 (17693) to 17653 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.551), E-opt: 0.2 (0.207), width: 16
Scan time: 10.130
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005906 (OMIM: 223100,601806) DNA replication li ( 821) 5347 1177.4 0
NP_001265524 (OMIM: 600592) DNA replication licens ( 543) 894 205.2 6.4e-52
NP_877577 (OMIM: 600592) DNA replication licensing ( 543) 894 205.2 6.4e-52
XP_005250405 (OMIM: 600592) PREDICTED: DNA replica ( 612) 894 205.2 7.2e-52
XP_016867706 (OMIM: 600592) PREDICTED: DNA replica ( 612) 894 205.2 7.2e-52
NP_005907 (OMIM: 600592) DNA replication licensing ( 719) 894 205.2 8.3e-52
XP_006724305 (OMIM: 602696) PREDICTED: DNA replica ( 732) 882 202.6 5.2e-51
NP_006730 (OMIM: 602696) DNA replication licensing ( 734) 882 202.6 5.2e-51
NP_877423 (OMIM: 602638,609981) DNA replication li ( 863) 845 194.5 1.6e-48
NP_005905 (OMIM: 602638,609981) DNA replication li ( 863) 845 194.5 1.6e-48
NP_060166 (OMIM: 610098,616185) DNA helicase MCM9 (1143) 783 181.0 2.5e-44
NP_004517 (OMIM: 116945,616968) DNA replication li ( 904) 772 178.6 1.1e-43
NP_001257401 (OMIM: 602693) DNA replication licens ( 818) 750 173.8 2.7e-42
NP_002379 (OMIM: 602693) DNA replication licensing ( 853) 750 173.8 2.8e-42
XP_016883596 (OMIM: 608187,612885) PREDICTED: DNA ( 557) 663 154.8 9.9e-37
XP_016883595 (OMIM: 608187,612885) PREDICTED: DNA ( 776) 663 154.8 1.4e-36
NP_115874 (OMIM: 608187,612885) DNA helicase MCM8 ( 840) 663 154.8 1.5e-36
NP_001268449 (OMIM: 608187,612885) DNA helicase MC ( 840) 663 154.8 1.5e-36
NP_877954 (OMIM: 608187,612885) DNA helicase MCM8 ( 824) 659 153.9 2.6e-36
NP_001268450 (OMIM: 608187,612885) DNA helicase MC ( 880) 590 138.9 9.6e-32
XP_016883594 (OMIM: 608187,612885) PREDICTED: DNA ( 880) 590 138.9 9.6e-32
XP_011527689 (OMIM: 608187,612885) PREDICTED: DNA ( 581) 575 135.6 6.3e-31
NP_001268451 (OMIM: 608187,612885) DNA helicase MC ( 793) 478 114.4 2e-24
NP_694987 (OMIM: 610098,616185) DNA helicase MCM9 ( 391) 244 63.3 2.4e-09
>>NP_005906 (OMIM: 223100,601806) DNA replication licens (821 aa)
initn: 5347 init1: 5347 opt: 5347 Z-score: 6303.9 bits: 1177.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5347; 100.0% identity (100.0% similar) in 821 aa overlap (1-821:1-821)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MDLAAAAEPGAGSQHLEVRDEVAEKCQKLFLDFLEEFQSSDGEIKYLQLAEELIRPERNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MDLAAAAEPGAGSQHLEVRDEVAEKCQKLFLDFLEEFQSSDGEIKYLQLAEELIRPERNT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 LVVSFVDLEQFNQQLSTTIQEEFYRVYPYLCRALKTFVKDRKEIPLAKDFYVAFQDLPTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LVVSFVDLEQFNQQLSTTIQEEFYRVYPYLCRALKTFVKDRKEIPLAKDFYVAFQDLPTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 HKIRELTSSRIGLLTRISGQVVRTHPVHPELVSGTFLCLDCQTVIRDVEQQFKYTQPNIC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 HKIRELTSSRIGLLTRISGQVVRTHPVHPELVSGTFLCLDCQTVIRDVEQQFKYTQPNIC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 RNPVCANRRRFLLDTNKSRFVDFQKVRIQETQAELPRGSIPRSLEVILRAEAVESAQAGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 RNPVCANRRRFLLDTNKSRFVDFQKVRIQETQAELPRGSIPRSLEVILRAEAVESAQAGD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 KCDFTGTLIVVPDVSKLSTPGARAETNSRVSGVDGYETEGIRGLRALGVRDLSYRLVFLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KCDFTGTLIVVPDVSKLSTPGARAETNSRVSGVDGYETEGIRGLRALGVRDLSYRLVFLA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 CCVAPTNPRFGGKELRDEEQTAESIKNQMTVKEWEKVFEMSQDKNLYHNLCTSLFPTIHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 CCVAPTNPRFGGKELRDEEQTAESIKNQMTVKEWEKVFEMSQDKNLYHNLCTSLFPTIHG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 NDEVKRGVLLMLFGGVPKTTGEGTSLRGDINVCIVGDPSTAKSQFLKHVEEFSPRAVYTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 NDEVKRGVLLMLFGGVPKTTGEGTSLRGDINVCIVGDPSTAKSQFLKHVEEFSPRAVYTS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 GKASSAAGLTAAVVRDEESHEFVIEAGALMLADNGVCCIDEFDKMDVRDQVAIHEAMEQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GKASSAAGLTAAVVRDEESHEFVIEAGALMLADNGVCCIDEFDKMDVRDQVAIHEAMEQQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 TISITKAGVKATLNARTSILAAANPISGHYDRSKSLKQNINLSAPIMSRFDLFFILVDEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 TISITKAGVKATLNARTSILAAANPISGHYDRSKSLKQNINLSAPIMSRFDLFFILVDEC
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 NEVTDYAIARRIVDLHSRIEESIDRVYSLDDIRRYLLFARQFKPKISKESEDFIVEQYKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 NEVTDYAIARRIVDLHSRIEESIDRVYSLDDIRRYLLFARQFKPKISKESEDFIVEQYKH
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 LRQRDGSGVTKSSWRITVRQLESMIRLSEAMARMHCCDEVQPKHVKEAFRLLNKSIIRVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LRQRDGSGVTKSSWRITVRQLESMIRLSEAMARMHCCDEVQPKHVKEAFRLLNKSIIRVE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 TPDVNLDQEEEIQMEVDEGAGGINGHADSPAPVNGINGYNEDINQESAPKASLRLGFSEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 TPDVNLDQEEEIQMEVDEGAGGINGHADSPAPVNGINGYNEDINQESAPKASLRLGFSEY
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE2 CRISNLIVLHLRKVEEEEDESALKRSELVNWYLKEIESEIDSEEELINKKRIIEKVIHRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 CRISNLIVLHLRKVEEEEDESALKRSELVNWYLKEIESEIDSEEELINKKRIIEKVIHRL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820
pF1KE2 THYDHVLIELTQAGLKGSTEGSESYEEDPYLVVNPNYLLED
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 THYDHVLIELTQAGLKGSTEGSESYEEDPYLVVNPNYLLED
790 800 810 820
>>NP_001265524 (OMIM: 600592) DNA replication licensing (543 aa)
initn: 941 init1: 725 opt: 894 Z-score: 1053.1 bits: 205.2 E(85289): 6.4e-52
Smith-Waterman score: 1009; 37.6% identity (68.2% similar) in 510 aa overlap (151-655:1-464)
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 HKIRELTSSRIGLLTRISGQVVRTHPVHPELVSGTFLCLDCQTVIRDVEQQFKYTQPNIC
.: .:. : .: . . :. . .:
NP_001 MVVATYTCDQCGAETYQPIQSPTFMPLIMC
10 20 30
190 200 210 220 230
pF1KE2 RNPVCANRR---RFLLDTNKSRFVDFQKVRIQETQAELPRGSIPRSLEVILRAEAVESAQ
. : . : :. :.: :::. ::....:: . ..: :.::::. :....: .. ::
NP_001 PSQECQTNRSGGRLYLQTRGSRFIKFQEMKMQEHSDQVPVGNIPRSITVLVEGENTRIAQ
40 50 60 70 80 90
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 AGDKCDFTGTLIVVPDVSKLSTPGARAETNSRVSGVDGYETEGIRGLRALGVRDLSYRLV
::. . :: : .: . : : .: :.: .: :.: .:.:
NP_001 PGDHVSVTG--IFLP----ILRTGFR-----QV--VQGLLSETY--LEA-------HRIV
100 110 120
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 FLACCVAPTNPRFGGKELRDEEQTAESIKNQMTVKEWEKVFEMSQDKNLYHNLCTSLFPT
: ..:.. :: ...: .: ... : ...:..: .:. :
NP_001 ---------------KMNKSEDD--ESGAGELTREELRQIAE----EDFYEKLAASIAPE
130 140 150 160
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 IHGNDEVKRGVLLMLFGGVPKTTGEGTSLRGDINVCIVGDPSTAKSQFLKHVEEFSPRAV
:.:...::...::.: ::: .. .: ..::.::.:..:::..::::.:.......::.
NP_001 IYGHEDVKKALLLLLVGGVDQSP-RGMKIRGNINICLMGDPGVAKSQLLSYIDRLAPRSQ
170 180 190 200 210 220
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 YTSGKASSAAGLTAAVVRDEESHEFVIEAGALMLADNGVCCIDEFDKMDVRDQVAIHEAM
::.:..::..::::::.:: : :...:.:::.:::.::::::::::: :..::::.:
NP_001 YTTGRGSSGVGLTAAVLRDSVSGELTLEGGALVLADQGVCCIDEFDKMAEADRTAIHEVM
230 240 250 260 270 280
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 EQQTISITKAGVKATLNARTSILAAANPISGHYDRSKSLKQNINLSAPIMSRFDLFFILV
:::::::.:::. .::::: :::::::: :.:. .::.:::.: : ..:::::....
NP_001 EQQTISIAKAGILTTLNARCSILAAANPAYGRYNPRRSLEQNIQLPAALLSRFDLLWLIQ
290 300 310 320 330 340
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 DECNEVTDYAIARRI--VDLHSRIEESIDRVYSLDDIRRYLLFARQFKPKISKESEDFIV
:. .. .: .:..: : ::: : . .. .:::. . :. .: . . :.:.
NP_001 DRPDRDNDLRLAQHITYVHQHSRQPPSQFEPLDMKLMRRYIAMCREKQPMVPESLADYIT
350 360 370 380 390 400
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 EQYKHLRQRDGSGVTKSSWRITVRQLESMIRLSEAMARMHCCDEVQPKHVKEAFRLLNKS
: ..:.. . ..:.. ..: : ...::: :.::.. : :. . :.::.::.. :
NP_001 AAYVEMRRE--AWASKDATYTSARTLLAILRLSTALARLRMVDVVEKEDVNEAIRLMEMS
410 420 430 440 450 460
660 670 680 690 700 710
pF1KE2 IIRVETPDVNLDQEEEIQMEVDEGAGGINGHADSPAPVNGINGYNEDINQESAPKASLRL
NP_001 KDSLLGDKGQTARTQRPADVIFATVRELVSGGRSVRFSEAEQRCVSRGFTPAQFQAALDE
470 480 490 500 510 520
>>NP_877577 (OMIM: 600592) DNA replication licensing fac (543 aa)
initn: 941 init1: 725 opt: 894 Z-score: 1053.1 bits: 205.2 E(85289): 6.4e-52
Smith-Waterman score: 1009; 37.6% identity (68.2% similar) in 510 aa overlap (151-655:1-464)
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 HKIRELTSSRIGLLTRISGQVVRTHPVHPELVSGTFLCLDCQTVIRDVEQQFKYTQPNIC
.: .:. : .: . . :. . .:
NP_877 MVVATYTCDQCGAETYQPIQSPTFMPLIMC
10 20 30
190 200 210 220 230
pF1KE2 RNPVCANRR---RFLLDTNKSRFVDFQKVRIQETQAELPRGSIPRSLEVILRAEAVESAQ
. : . : :. :.: :::. ::....:: . ..: :.::::. :....: .. ::
NP_877 PSQECQTNRSGGRLYLQTRGSRFIKFQEMKMQEHSDQVPVGNIPRSITVLVEGENTRIAQ
40 50 60 70 80 90
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 AGDKCDFTGTLIVVPDVSKLSTPGARAETNSRVSGVDGYETEGIRGLRALGVRDLSYRLV
::. . :: : .: . : : .: :.: .: :.: .:.:
NP_877 PGDHVSVTG--IFLP----ILRTGFR-----QV--VQGLLSETY--LEA-------HRIV
100 110 120
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 FLACCVAPTNPRFGGKELRDEEQTAESIKNQMTVKEWEKVFEMSQDKNLYHNLCTSLFPT
: ..:.. :: ...: .: ... : ...:..: .:. :
NP_877 ---------------KMNKSEDD--ESGAGELTREELRQIAE----EDFYEKLAASIAPE
130 140 150 160
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 IHGNDEVKRGVLLMLFGGVPKTTGEGTSLRGDINVCIVGDPSTAKSQFLKHVEEFSPRAV
:.:...::...::.: ::: .. .: ..::.::.:..:::..::::.:.......::.
NP_877 IYGHEDVKKALLLLLVGGVDQSP-RGMKIRGNINICLMGDPGVAKSQLLSYIDRLAPRSQ
170 180 190 200 210 220
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 YTSGKASSAAGLTAAVVRDEESHEFVIEAGALMLADNGVCCIDEFDKMDVRDQVAIHEAM
::.:..::..::::::.:: : :...:.:::.:::.::::::::::: :..::::.:
NP_877 YTTGRGSSGVGLTAAVLRDSVSGELTLEGGALVLADQGVCCIDEFDKMAEADRTAIHEVM
230 240 250 260 270 280
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 EQQTISITKAGVKATLNARTSILAAANPISGHYDRSKSLKQNINLSAPIMSRFDLFFILV
:::::::.:::. .::::: :::::::: :.:. .::.:::.: : ..:::::....
NP_877 EQQTISIAKAGILTTLNARCSILAAANPAYGRYNPRRSLEQNIQLPAALLSRFDLLWLIQ
290 300 310 320 330 340
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 DECNEVTDYAIARRI--VDLHSRIEESIDRVYSLDDIRRYLLFARQFKPKISKESEDFIV
:. .. .: .:..: : ::: : . .. .:::. . :. .: . . :.:.
NP_877 DRPDRDNDLRLAQHITYVHQHSRQPPSQFEPLDMKLMRRYIAMCREKQPMVPESLADYIT
350 360 370 380 390 400
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 EQYKHLRQRDGSGVTKSSWRITVRQLESMIRLSEAMARMHCCDEVQPKHVKEAFRLLNKS
: ..:.. . ..:.. ..: : ...::: :.::.. : :. . :.::.::.. :
NP_877 AAYVEMRRE--AWASKDATYTSARTLLAILRLSTALARLRMVDVVEKEDVNEAIRLMEMS
410 420 430 440 450 460
660 670 680 690 700 710
pF1KE2 IIRVETPDVNLDQEEEIQMEVDEGAGGINGHADSPAPVNGINGYNEDINQESAPKASLRL
NP_877 KDSLLGDKGQTARTQRPADVIFATVRELVSGGRSVRFSEAEQRCVSRGFTPAQFQAALDE
470 480 490 500 510 520
>>XP_005250405 (OMIM: 600592) PREDICTED: DNA replication (612 aa)
initn: 941 init1: 725 opt: 894 Z-score: 1052.2 bits: 205.2 E(85289): 7.2e-52
Smith-Waterman score: 1088; 37.1% identity (67.6% similar) in 558 aa overlap (106-655:23-533)
80 90 100 110 120 130
pF1KE2 STTIQEEFYRVYPYLCRALKTFVKDRKEIPLAKDFYVAFQDLPTRHK---IRELTSSRIG
: . : . :: :. .: :::. .. .:
XP_005 MMEQRSRDPGMVRSPQNQYPAELMRRFELYFQG-PSSNKPRVIREVRADSVG
10 20 30 40 50
140 150 160 170 180
pF1KE2 LLTRISGQVVRTHPVHPELVSGTFLCLDCQTVIRDVEQQFKYTQPNICRNPVCANRR---
:. . : :.:. :.:..: .:. : .: . . :. . .: . : . :
XP_005 KLVTVRGIVTRVSEVKPKMVVATYTCDQCGAETYQPIQSPTFMPLIMCPSQECQTNRSGG
60 70 80 90 100 110
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 RFLLDTNKSRFVDFQKVRIQETQAELPRGSIPRSLEVILRAEAVESAQAGDKCDFTGTLI
:. :.: :::. ::....:: . ..: :.::::. :....: .. :: ::. . :: ..
XP_005 RLYLQTRGSRFIKFQEMKMQEHSDQVPVGNIPRSITVLVEGENTRIAQPGDHVSVTGIFL
120 130 140 150 160 170
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 VVPDVSKLSTPGARAETNSRVSGVDGYETEGIRGLRALGVRDLSYRLVFLACCVAPTNPR
. : : : : :.: .: :.: .:.:
XP_005 PI-----LRT-GFRQV-------VQGLLSETY--LEA-------HRIV------------
180 190
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 FGGKELRDEEQTAESIKNQMTVKEWEKVFEMSQDKNLYHNLCTSLFPTIHGNDEVKRGVL
: ..:.. :: ...: .: ... : ...:..: .:. : :.:...::...:
XP_005 ---KMNKSEDD--ESGAGELTREELRQIAE----EDFYEKLAASIAPEIYGHEDVKKALL
200 210 220 230 240
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 LMLFGGVPKTTGEGTSLRGDINVCIVGDPSTAKSQFLKHVEEFSPRAVYTSGKASSAAGL
:.: ::: .. .: ..::.::.:..:::..::::.:.......::. ::.:..::..::
XP_005 LLLVGGVDQSP-RGMKIRGNINICLMGDPGVAKSQLLSYIDRLAPRSQYTTGRGSSGVGL
250 260 270 280 290 300
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 TAAVVRDEESHEFVIEAGALMLADNGVCCIDEFDKMDVRDQVAIHEAMEQQTISITKAGV
::::.:: : :...:.:::.:::.::::::::::: :..::::.::::::::.:::.
XP_005 TAAVLRDSVSGELTLEGGALVLADQGVCCIDEFDKMAEADRTAIHEVMEQQTISIAKAGI
310 320 330 340 350 360
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 KATLNARTSILAAANPISGHYDRSKSLKQNINLSAPIMSRFDLFFILVDECNEVTDYAIA
.::::: :::::::: :.:. .::.:::.: : ..:::::.... :. .. .: .:
XP_005 LTTLNARCSILAAANPAYGRYNPRRSLEQNIQLPAALLSRFDLLWLIQDRPDRDNDLRLA
370 380 390 400 410 420
550 560 570 580 590 600
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]